Tre mesi dopo la battaglia di Geonosis, le Guerre dei Cloni impazzano in tutta la galassia. Ad Obi-Wan Kenobi viene dato il compito di guidare l'assalto su Muunilinst mentre Anakin Skywalker ottiene il comando delle forze spaziali. Anakin dice addio alla moglie segreta, la senatrice Amidala.

Gli ARC Trooper di Obi-Wan sono stati abbattuti sopra la capitale di Muunilinst quando l'assalto al pianeta del Clan Bancario ha inizio.

Immobilizzati dal fuoco dei droidi separatisti, gli ARC Trooper devono fare uso di tutto l'addestramento per raggiungere il loro obiettivo.

Mentre la battaglia di Muunilinst infuria nello spazio così come sulla terra, il capo del Clan Bancario San Hill ordina a Durge ed i suoi droidi di difendere la città.

Su Mon Cala, Kit Fisto e suoi soldati SCUBA devono difendere il consiglio Calamari contro i droidi Manta dell'esercito dei Quarren, alleati con i Separatisti. I cavaliere Mon Calamari Cavalieri, a cavallo del Keelkana, aiuteranno nella battaglia la Repubblica.

Il Conte Dooku arriva su Rattatak per osservare le lotte dei gladiatori presso il "Calderone". Una donna sensibile alla Forza batte ogni avversario in Arena e sostiene di essere un Sith.

Dooku sottopone Asajj Ventress ad un test con la spada laser prima di inviarla, su ordine di Darth Sidious, ad eliminare il Jedi Anakin Skywalker.

Il Generale Kenobi ed suoi soldati, a bordo delle speeder bike, si scontrano con il cacciatore di taglie Durge e le forze dei droidi del Clan Bancario Intergalattico.

Il Generale Kenobi e gli ARC trooper fanno irruzione nella sede del Clan Bancario ma Durge si dimostra inarrestabile, grazie al suo potere rigenerativo.

Anakin si dimostra ancora una volta il miglior pilota stellare della galassia mentre combatte i combattenti Geonosiani sopra Muunilinst.

Anakin insegue un misterioso pilota (Asajj Ventress) che pilota uno Starfighter Geonosiano e contro gli ordini di Obi-Wan, la insegue nell'iperspazio.

Il giovane Paxi Sylo guarda come Mace Windu distrugge droidi da battaglia dei Separatisti su Dantooine.

Dopo aver perso la sua spada laser, il Maestro Windu affronta con le sue mani i Super droidi da battaglia.

Il tempio Jedi sacro Ilum viene attaccato da droidi camaleonti proprio quando la Padawan di Luminara Unduli, Barriss Offee, sta completando la sua formazione.

Il Maestro Yoda, in viaggio sulla nave della Senatrice Amidala, convince il capitano Typho a fare una deviazione per Ilum per un'operazione di salvataggio.

Padmé, preoccupata per il Maestro Yoda, viene attaccato dai droidi camaleonti. Per sua fortuna riuscirà a salvarsi grazie all'aiuto di C-3PO.

Anakin ha seguito Asajj Ventress su Yavin VI. Anche se una squadra di cloni è stata inviata in soccorso di Anakin, dimostrano di non poter competere con il Sith.

Durante il loro scontro, Ventress conduce Anakin attraverso le giungle di Yavin VI e negli antichi templi Massassi un tempo dimora di Exar Kun.

Spinta sul ciglio di un dirupo, Anakin quasi cede al Lato Oscuro nel tentativo finale di sconfiggere Ventress.

La Repubblica ha vinto la battaglia di Muunilist, ma corre la notizia di un droide generale a caccia di Jedi sul pianeta Hypori. Lì, un gruppo di Jedi costituito da Ki-Adi Mundi, Shaak Ti, K'Kruhk, Aayla Secura, Tarr Seirr e Sha'a Gi sono caduti nelle grinfie del formidabile Generale Grievous.

Il Capitano Fordo e suoi soldati ARC vanno in salvataggio di Ki-Adi-Mundi, Aayla Secura e Shaak Ti da Grievous. Il Consiglio Jedi concede ad Anakin Skywalker il titolo di Cavaliere Jedi. In seguito la senatrice Amidala dona R2-D2 ad Anakin come co-pilota per il suo Jedi Interceptor.

A guidare la Terza Armata della Repubblica, il generale Kenobi e il comandante Skywalker fanno saltare in aria un generatore di scudi su Bomis Korri IV. Nel frattempo, le forze separatiste si muovono nei pianeti dell'Orlo Esterno, come Kashyyyk, Orto e Bal'demnic. Mentre Darth Sidious è pronto a mettere in atto l'ultimo piano, Obi-Wan e Anakin sono inviati su Nilvaan, dove il giovane Skywalker interrompe un rito di passaggio di un giovane nativo sconfiggendo un gigante Horax.

Coruscant viene attaccata dalle forze Seperatiste. Mace Windu prende il volo, mentre Yoda cavalca il suo Kybuck per difendere la città. Nel frattempo Saesee Tinn conduce le sue truppe in battaglia appena sopra l'atmosfera del pianeta. Su Nilvaan, Obi-Wan Anakin si offrono volontari per prendere parte alla prova del fuoco.

I Jedi Shaak Ti, Roron Corobb e Foul Moudama lottano per impedire che il Supremo Cancelliere Palpatine venga rapito dal Generale Grievous. Anakin scopre un laboratorio nascosto dove la Tecno Unione sta conducendo esperimenti di mutazione su guerrieri Nelvaan.

Shaak Ti continua a lottare disperata contro le MagnaGuard di Grievous. Anakin, circondato dai guerrieri Nelvaan mutati, deve distruggere il cristallo geotermico che alimenta il generatore di sifone. Nonostante riesca a danneggiarli gli organi interni, Mace Windu non riesce a salvare Palpatine che viene così portato via dal Generale Grievous. La fine di questo episodio segna l'inizio del film La vendetta dei Sith.