Trois mois après la bataille de Geonosis, la guerre des clones fait rage à travers la galaxie. Obi-Wan Kenobi est chargé de donner l'assaut sur Muunilinst alors qu'Anakin Skylwalker reçoit le commandement des forces spatiales.

L'élite des Troopers ARC d'Obi-Wan sont abattus dans la capitale de Muunilinst alors que l'assaut sur la planète natale du clan des banquiers intergalactiques commence.

Encerclés sous le feu des droïdes ennemis, les Trooper Arc doivent utiliser toutes leurs ressources pour atteindre leur cible.

Avec la bataille de Muunilinst qui fait rage dans l'espace ainsi que sur terre, San Hill ordonne à Durge et ses IG-lanciers de défendre la ville.

Sur Mon Calamari, Kit Fisto et ses Troopers Scuba défendent le conseil Calamari contre les Manta Droïdes sous-marin, qui appartiennent à la ligue de l'isolement Quarren. Les chevaliers de Mon Calamari chevauchent des Keelkana géant afin de fournir un renfort aux forces de la République.

Le comte Dooku arrive sur Rattatak pour assister aux combats de gladiateurs du Chaudron. Une femme sensible à la force bat chaque adversaire dans l'arène et prétend être une Sith.

Dooku soumet Assajj Ventress à un test au sabre laser avant de l'envoyer trouver et éliminer Anakin Skywalker.

Le général Kenobi et ses Troopers Arc montent sur des speeder bikes pour affronter le chasseur de prime Durge et les droïdes du clan des banquiers intergalactiques.

Le général Kenobi et ses Troopers Arc envahissent le quartier général du clan des banquiers intergalactiques mais Durge reste dans la course et affiche des pouvoirs de régénération presque imparable.

Anakin se montre, une fois de plus, être le meilleur pilote de Starfighter de la galaxie luttant contre les combattants Geonosian au dessus de Muunilinst.

Anakin poursuit un pilote mystérieux qui le provoque à bord d'un Geonosian Fanblade Starfighter et contre les ordres d'Obi-Wan Kenobi, le poursuit dans l'hyper espace.

Le jeune Paxi Sylo assiste à la bataille qui oppose Mace Windu aux droïdes séparatiste soutenus par un énorme tank sismique sur Dantooine.

Maître Windu se bats contre des Super Droïdes de combat et perd son sabre laser dans la bataille Il se voit contraint de se battre à main nue.

Le temple Jedi sacré sur Ilum est attaqué par des droïdes caméléon au moment où le Padawan de Luminara Unduli, Barriss Offee, termine sa formation. Elles se retrouvent ensevelies sous des décombres.

Maître Yoda, voyageant à bord du vaisseau de la sénatrice Amidala, persuade le capitaine Typho de faire un détour à Ilum pour monter une opération de sauvetage.

Padme qui s'inquiète de ne voir revenir Maître Yoda, se met en route pour le rejoindre. Pendant ce temps Yoda détruit les droïdes caméléon et sauve Luminara et Barriss.

Anakin a suivi le mystérieux pilote sur Yavin VI. Malgré qu'Obi-Wan Kenobi ait envoyé un escadron de Troopers pour aider Anakin, ces derniers ne sont pas de taille à affronter Assajj Ventress.

Assajj Ventress mène le combat contre Anakin et le conduit à travers la jungle de Yavin VI vers les anciens Temples Massassi autrefois habités par Exar Kun.

Poussé à bout par Assajj Ventress, Anakin bascule presque vers le côté obscur de la force afin de la vaincre.

La République a gagné la bataille de Muunilist, mais au même moment de terribles nouvelles arrivent. Un nouveau type de droïde a ouvert une chasse aux Jedi sur la planète Hypori. Là, un groupe de Jedi composé de Ki-Adi Mundi, Shaak Ti, K'Kruhk, Aayla Secura, Tarr Seirr et Sha'a Gi sont acculés par le redoutable général Grievous.

Le capitaine Fordo et ses Troopers Arc sauvent Ki-Adi Mundi, Aayla Secura et Shaak Ti. Pendant ce temps le conseil Jedi accorde à Anakin Skywalker le titre de Chevalier Jedi. La sénatrice Amidala lui fait cadeau de R2-D2 en tant que co-pilote pour son Jedi Interceptor.

Le général Kenobi et le commandant Skywalker dirigent la troisième armée de la République, et font exploser un générateur de bouclier sur Bomis Korri IV. Pendant que les forces séparatiste se déplacent sur d'autres planètes, Dark Sidious lance son opération finale. Obi-Wan et Anakin sont envoyés à Nilvaan, où le jeune Skywalker perturbe le rite de passage d'un jeune indigène en battant un Horax géant.

Coruscant est attaquée par des forces séparatistes. Mace Windu défend les airs tandis que Yoda monte son Kybuck pour défendre la ville. Pendant ce temps Saesee Tinn mène ses troupes au combat dans l'espace. Sur Nilvaan, Obi-Wan porte Anakin volontaire pour passer l'épreuve du feu.

La Jedi Shaak Ti, Roron Corobb et Foul Moudama se battent pour garder le chancelier suprême Palpatine alors que le général Grievous tente de le capturer. Anakin trouve un laboratoire caché où l'Union Techno mène des expériences de mutation sur les guerriers Nelvaan.

La tournure des évènements devient désespérée pour Shaak Ti qui se bat contre les gardes Magna de Grievous. Anakin, entouré par les guerriers Nelvaan modifiés, doit détruire le cristal géothermique alimentant le générateur de siphon. Sur Coruscant Mace Windu se précipite pour faire face au général Grievous.