高个子、蓬松头、功夫了得的赏金头目阿布杜尔·哈奇姆从研究机关抢走了一只秘密开发的数据犬，准备进行巨额的交易。结果，那只狗经过一系列意外离开哈奇姆来到了斯派克手中。斯派克和杰特打算以狗为诱饵引出哈奇姆，接着研究机关的人也加入到那里。围绕柯基犬的三方追逐的闹剧就这样展开了……最后，具有极高智商、又跳又叫的叫做艾因的柯基犬也成为了BEBOP号的一员。

追踪携带大量危险炸药的赏金头目德卡的途中，斯派克与女卡车司机V.T.相遇了。V.T.的本名被谜团所保包围，如果能够说中她的名字就可以得到一笔巨款。V.T.和斯派克告别后，偶然发现了德卡乘坐的卡车，并尾随其后进入了小行星带的危险的废矿山。德卡在突然发生的爆炸中死亡，V.T.也在爆炸中昏了过去。由于德卡的卡车中携带了大量炸药，废矿山随时都有着一触即发的危险。闻讯赶来的斯派克以性命为赌注终于使得众人脱离危险。之后，斯派克也意外地得知了V.T.的本名。

为了拯救由于金星病而失去视力的妹妹斯特拉，洛可·波纳罗冒着危险，从自己所属的皮卡罗犯罪集团中偷走了能够治疗金星病的特效药草「Grey Ash」。逃亡途中，与斯派克相遇的洛可将药草委托给斯派克，然后消失了。感到为难的斯派克找到了洛可的妹妹斯特拉，了解了洛可纯粹为了妹妹的心情。斯派克来到和洛可约定的地点，皮卡罗一伙也在那里等待着。激烈的枪战中，洛可被打中胸部丢掉了性命。被托付了「Grey Ash」的斯派克为洛可的妹妹准备了手术费，同时带去的还有哥哥死亡的讯息。

杰特在BEBOP号的仓库遭到不明物体袭击，被咬后出现了一个奇怪的伤口。紧接着，菲和艾因也遭到了袭击，都倒在了地板上。爱德也失踪了。为了查明真相，斯派克全副武装，开始了与谜之生命体的战斗。终于制服了怪物的斯派克发现这个生物是从放置了几年的冰箱里产生的，于是打算将冰箱扔到飞船外的宇宙空间，而在最后关头又被突然出现的宇宙生命体袭击了。在失去重力、自动航行的BEBOP号中，斯派克一行人跳起了华尔兹……

「红龙」的干部毛恩来被人以高额赏金悬赏。过去受到过毛恩来照顾的斯派克看到这个消息后立即展开了调查。然而在那之前，毛恩来就已经被斯派克在「红龙」的死对头比夏斯杀害了。另一方面，打算独占赏金的菲也落入了比夏斯的陷阱。比夏斯以菲为人质叫出了斯派克，两人在教堂再次相遇了。

被星际押送的乌代等死刑犯杀死船上的所有警察、夺取了囚犯运输船。从警察时代的同伴法德那里听到这个消息的杰特感到左臂又疼痛起来。乌代正是让杰特失去左臂的仇人。杰特再次成为了警察时代的绰号所形容的那样，成为了一条咬住就不会松口的「黑狗」，开始执着地追踪乌代。然而，当杰特突破重重阻碍终于和乌代面对面时，却听到了令他难以置信的真相。原来当年让杰特中埋伏并射击其左臂的正是杰特的搭档法德。突然出现的法德击毙了乌代。对峙的杰特和法德经过短暂的沉默后，互相扣动了扳机……

蘑菇商人多米诺因为贩卖毒蘑菇成为了被通缉的赏金头目。被多米诺的飞船撞到的BEBOP号来到了木卫一进行修整。爱德受到几天没有进食的斯派克一行的委托出去寻找食物，在路上碰到了为了给哥哥报仇而追踪多米诺的青年夏夫特以及为了赏金而追踪多米诺的女赏金猎人科菲。一番喧哗后、爱德带着多米诺丢下的毒蘑菇，作为赠品分给了缺钱而饿肚子的BEBOP号上的每个人。食用了毒蘑菇的三人，进入了各自的幻想世界。另一方面，了解了多米诺是赏金头目后，爱德带着艾因再次开始了搜索。夏夫特和科菲的再次加入使得这场大追踪剧再次展开。

两个人在荒废的地球上追赶着不断落下的陨石，不断地更新着地球的地图。这两个人就是爱德的父亲阿帕德里和他的助手玛辛泰亚。阿帕德里由于潜心于绘制地图的工作，已经忘记了女儿离开的事情。跟女儿再会的时候，阿帕德里为了追赶落下的陨石又离开了。反复观看录像带，终于取回过去记忆的菲丢下一句「对不起」之后离开了BEBOP号。爱德下定了追赶父亲的决心而离开了BEBOP号，艾因也尾随而去。和最开始一样，BEBOP号只剩下斯派克和杰特两人。