Spike Spiegel et son partenaire Jet Black parcourent la galaxie à la recherche d'un baron de la drogue et sa petite amie.

Spike et Jet arrivent sur Mars où ils poursuivent un voleur de chiens. En jouant au chat et à la souris avec le malfrat, ils font la connaissance d'un nouveau personnage.

À court d'argent, Spike et Jet se rendent dans un casino de l'espace. Ils tombent alors sur une charmante fugitive, prête à tout pour sauver sa peau.

Spike et Jet tentent de capturer le leader d'un groupe d'écoterroristes. Faye met la main sur une mystérieuse valise abandonnée dans l'épave d'un vaisseau spatial.

Alors qu'il tente de retrouver un membre haut placé des Dragons Rouges, Spike tombe nez à nez avec un vieil ennemi.

Spike et Jet pourchassent un criminel accusé d'avoir dérobé un morceau de météorite dans un labo et qui, malgré son âge avancé, garde l'apparence d'un petit garçon.

Alors que l'équipe suit la trace d'un dangereux poseur de bombes, Spike fait la connaissance d'une camionneuse qui accepte de leur venir en aide.

L'équipe décide de recruter un jeune hacker dans l'espoir de localiser un criminel utilisant de puissants lasers pour dégrader la surface de la Terre.

Pendant que Jet rend visite à une ex-fiancée qu'il n'a jamais vraiment oubliée, Spike se lance à la poursuite d'un nouveau malfrat.

Après avoir infiltré le Bebop, une étrange créature à la morsure venimeuse s'en prend à Jet, Faye et Ein. Spike et Ed volent alors au secours de leurs amis.

Faye quitte le Bebop après avoir vidé le coffre-fort de l'équipe. Tandis que Jet se lance à sa poursuite, Spike tente de retrouver la trace de Julia, son ex-petite amie.

Gren raconte son passé à Faye et ses relations avec Vicious. De son côté, Jet retrouve la piste de Faye et de Julia.

En tentant de capturer le cerveau d'une série de cambriolages, Spike et son équipe se rapprochent peu à peu de la vérité au sujet de la destruction de la Terre.

Lors d'un moment de mélancolie, Faye replonge dans ses souvenirs avant de faire la connaissance d'un homme détenant la clé de ses origines et de sa lourde dette.

Quand des détenus prennent le contrôle d'un vaisseau-prison, Jet est appelé à la rescousse et se retrouve nez à nez avec la personne qui lui a fait perdre un bras.

Le Bebop fait face à une pénurie de nourriture. Partis à la recherche de vivres, Ed et Ein mettent la main sur des champignons hallucinogènes.

Pendant que Faye joue son argent aux courses de chevaux, un mystérieux paquet arrive pour elle sur le Bebop. Spike et Jet décident de l'ouvrir.

Après avoir endommagé son vaisseau lors d'une mission, Spike tente de le réparer avec l'aide de son concepteur. Jet et Faye combattent un groupe de pirates.

Témoin d'un meurtre, Spike devient la cible d'un tueur en série psychopathe qui l'oblige à régler ses comptes dans un parc d'attractions.

Après avoir reçu un étrange message, Jet décide d'aider la fille d'un vieil ami à retrouver son père, disparu dans de mystérieuses circonstances.

Sur le point d'arrêter un terroriste, Spike se retrouve nez à nez avec un autre chasseur de primes qui le prend malencontreusement pour un dangereux criminel.

Sans en avertir Spike ni Jet, Faye infiltre une secte dont le gourou a mis au point un système permettant de numériser l'esprit humain pour le rendre immortel.

Accompagnée d'Ed, Faye se rend sur Terre dans l'espoir d'y retrouver ses racines. De leur côté, Jet et Spike entament une mission potentiellement lucrative.

Jet et Spike tentent de noyer leur chagrin dans l'alcool, loin de se douter que le leader des Dragons Rouges a ordonné l'assassinat de tous ses anciens membres.

Réuni avec Julia, Spike organise leur fuite loin des Dragons Rouges, à présent dirigés par Vicious, mais le destin ne tarde pas à se mettre en travers de son chemin.