압둘 하킴은 애완동물 상습 절도범. 어느 연구소에서 실험 동물인 개 아인을 훔쳐 쫓기는 신세가 된 후 실험동물을 넣어 두었던 가방을 날치기 당한다. 그 때 하킴을 쫓고 있던 스파이크도 등장하여, 세 무리의 사람들과 한 마리 개의 추격전이 시작된다.

카지노 소행성에 도착한 제트와 스파이크. 그곳에서 스파이크는 사기꾼 기질이 농후한 여자 딜러 페이와 만난다. 그녀는 뒷거래 상대와 스파이크를 착각한다.

현상범 데커를 쫓고 있던 스파이크는 헤비메탈을 좋아하는 여자 트럭 운전수 VT와 만난다. 한편 페이는 데커를 잡으려다 자신의 기체인 레드 테일까지 파괴당하고 만다.

스파이크는 금성에서 이상한 남자 로코로부터 제자로 받아달라는 부탁을 받는다. 로코는 스파이크에게 어떤 꾸러미를 맡기고 사라진다. 아무래도 수배범인 듯 한 그를 추격하다가 스파이크는 사막에 사는 로코의 여동생 스텔라와 만난다.

누군가가 인공위성을 해킹하여 위성 레이저로 지구에 그림을 그리는 사건이 발생한다. 래디컬 에드워드라는 정체불명의 해커는 대체 누구일까?

제트가 경찰 생활을 했던 가니메데 위성에 정박한 비밥호. 그곳에서 제트는 오래 전에 해어졌던 연인 알리사의 소식을 묻는다. 그녀를 찾아간 제트를 맞이한 사람은 알리사의 현재 애인 린트였다.

비밥호 안에서 제트가 누군가에게 습격을 당해 의문의 병으로 쓰러진다. 그리고 페이와 아인마저 차례차례 쓰러지고, 스파이크는 수수께끼의 생물과 대결한다.

위성 칼리스토 상공. 우연히 줄리아라는 암호를 들은 스파이크는 비밥호를 뛰쳐나온다. 뿔뿔이 흩어진 비밥호 일행들. 그리고 페이는 칼리스토 거리에서 수수께끼의 남자 글렌과 만난다.

글렌과 레드 드래곤의 간부인 비셔스는 옛 동지다. 이번 거래는 두 사람의 인연으로 시작되었다. 습격 당하는 스파이크. 그리고 제트와 재회한 페이. 줄리아의 행방을 아는 남자 글렌은...

게이트 공단으로부터 의뢰 받아 게이트 습격사건의 배후를 추적하던 비밥. 하지만 그 배후에는 게이트에 관련된 비밀이 숨어있었다. 그리고 에드가 인터넷으로 대결하고 있던 전설의 체스 마스터가 조사선상에 떠오르게 된다.

아무도 모르는 페이의 과거, 그것은 냉동 보존에서 깨어난 그녀가 체험한 담담한 연애담이었다. 제트가 잡아온 현상범은 바로 그 추억 속의 남자. 하지만 너무나 달라진 모습에 페이는 실망하는데...

의문의 소포가 페이에게 도착한다. 페이는 빚 청구서라고 지레짐작하고 도망치지만, 내용물은 수수께끼의 비디오였다. 지금은 단종된 구식 비디오데크를 찾아 스파이크와 제트는 이곳 저곳을 찾아 나서는데...

현상금 사냥꾼 스파이크와 제트는 소행성 티와나로 도망친 현상범 아시모프를 쫓는다. 그는 여자와 함께 화성으로 도망치려던 중 훔친 불법 마약을 사용하는데...

과격한 환경보호단체 리더인 트윙클을 잡은 스파이크 일행. 하지만 그녀의 부하들이 바이러스 폭탄으로 위협하여 상금을 무효화시킨다. 지난번 스파이크 일행의 돈을 들고 튄 의문의 여자 페이도 등장하는데...

스파이크의 옛 스승인 마오가 현상 수배된다. 하지만 그것은 스파이크를 유인하려는 함정이었다. 마오를 죽인 남자는 스파이크와 악연인 사내 비셔스. 두 사람의 운명적인 대결이 시작되는데...

현상범 지라프를 쫓는 스파이 일행. 그러나 지라프는 휠체어를 탄 남자 제브라와 그의 양자인 웬을 추격하다가 수수께끼의 말을 남긴 채 총에 맞고 만다. 지라프와 제브라는 예전에 동료 사이였다. 스파이크 일행은 그 일을 조사하는데...

위상차공간을 이동중인 범죄인 수송선에서 반란이 일어난다. 주모자는 제트가 경관이었던 시절에 쫓던 범인 우다이. 제트는 예전 동료였던 파드로부터 우다이를 같이 잡자는 제안을 받는다. 우다이는 과거 제트가 왼팔을 잃고 ISSP로부터 은퇴하게된 사건의 범인이었다. 제트와 파드는 둘이서 추적을 시작하는데...

연료와 식량이 끊긴 채 표류하던 비밥호는 행성 이오에 불시착한다. 식량을 찾아 나선에드와 아인은 거리에서 수상한 노인 도미노와 만난다. 조사해 보니 불법 버섯 매매 혐의로 상금이 걸려있는 듯 하다. 에드와 아인은 잽싸게 추격 개시. 그곳에 남녀 현상금 사냥꾼들이 나타나는데...

오랜만에 정비를 위해 정비공 두한이 있는 지구를 찾아온 스파이크. 복구가 끝난 소드피시 II로 우주 해적 스타쉽 파이어리츠를 따라가지만, 갑자기 기체의 통제를 잃고 지구로 떨어지기 시작하는데...

어느 날 밤 스파이크는 경찰 고위 관리가 암살당하는 것을 목격한다. 암살자는 그 모습을 보고 살아남은 자는 없다는 전설의 살인자, 매드 피에로 통푸. 통푸의 습격을 받은 스파이크는 어떻게든 도망치지만, 통푸의 추적은 계속되는데...

옛 친구 파오에게서 도착한 한 통의 편지. 편지에는 수수께끼의 말들만 적혀 있다. 파오를 수색하던 제트는 파오가 위상차 공간 내에 갇혀 있음을 알게 된다. 한편 파오의 손녀 메이파를 노리는 자객의 그림자가 드리우는데...

폭탄 테러범 TB를 잡은 스파이크. 하지만 그곳에 라이벌 현상금 사냥꾼 앤디가 나타난다. 웬일인지 스파이크를 TB로 오해한 앤디. 그 와중에 TB는 도망쳐버린다. 비밥호는 TB의 다음 폭발 목표로 향하지만 그곳에 또다시 앤디가 나타나는데...

인터넷상에서 활동하고 있는 스크래치라는 전자 종교단체가 있다. 두뇌를 스캔하여 인격을 데이터화해, 인터넷상에서 살아가자는 교의를 가지고 있다. 행방불명자가 속출하자 교주인 론데스에게 상금이 걸린다. 페이는 몰래 스크래치에 잠입하는데...

조직 레드 드래곤 내에서 반란을 일으키는 비셔스. 그리고 스파이크와 줄리아에게 추격자가 따라 붙는다. 스파이크는 과거 부하였던 신과 접촉하여 비셔스와 줄리아의 행방을 알게된다. 한편 방랑하던 페이는 우연히도 줄리아와 마주치게 된다.

드디어 줄리아와 재회한 스파이크. 하지만 그것도 잠시뿐. 레드 드래곤을 장악한 비셔스, 모든 것의 매듭을 지으려하는 스파이크. 그것을 막으려 하는 페이, 그리고 제트. 결국 싸움은 시작된다.