Der Kopfgeldjäger Spike und sein Partner Jet begeben sich auf die Jagd nach dem Dealer Asimov Solensan. Dieser wird wegen Mordes und des Diebstahls der Droge "Bloody Eye" gesucht, die in ihren Konsumenten extreme Wutanfälle auslöst.

Spike und Jet erhalten die Aufgabe, einen Hund zurückzuholen, der aus einer Forschungseinrichtung gestohlen wurde. Die beiden verfolgen den Dieb Abdul Hakim zum Mars. Während ihres Auftrags schließen sie eine besondere Freundschaft.

Die Glücksspielerin Faye Valentine ist auf der Flucht. Ein Casino-Inhaber macht ihr ein Angebot.

Spike und Jet planen gemeinsam einen Überfall auf eine Gruppe Ökoterroristen. Faye verfolgt derweil einer anderen Spur. Sie geht zurück zu einem verlassenen Raumschiff und entdeckt dort einen magischen Koffer, den sie mitnimmt.

Spikes Vergangenheit holt ihn ein, als er ein Mitglied des Roten Drachen verfolgt.

Spike und Jet treffen das musikalische Genie Wen, doch etwas an ihm scheint seltsam. Sie fragen sich, ob es eine Verbindung zwischen Wen und dem Stein gibt, den Spike von einem sterbenden Mann erhalten hat. Außerdem jagen sie einen Verbrecher.

Das Team jagt einen gefährlichen Terroristen. Auf dem Weg trifft Spike auf die Frachterpilotin VT und die beiden werden schnell Freunde. Doch dann findet sie heraus, dass Spike ein Kopfgeldjäger ist. Sie müssen zusammenarbeiten, um zu überleben.

Die Crew verfolgt einen Schurken auf Venus. Dort machen schwebende Pflanzen manche Menschen krank, obwohl sie früher zur Erhaltung der Umwelt dienten. Auf der Flucht trifft Spike auf einen Jungen, der unbedingt von ihm lernen will.

Die Crew der Bebop stößt auf eine geniale Hackerin namens Ed, die der Crew beitreten will.

Die Bebop landet auf Ganymede zum ersten Mal, seitdem Jet den Ort vor acht Jahren hinter sich ließ. Ein alter Freund aus seiner ISSP-Zeit sagt ihm, dass er weiß, wo Jets ehemalige Freundin ist. Jet möchte mehr über sie erfahren.

Eine seltsame, giftige Kreatur dringt in die Bebop ein und infiziert die halbe Besatzung. Die gesamte Verantwortung liegt daraufhin auf Spike und Ed. Sie müssen die Kreatur zerstören und herausfinden, von wo sie herkommt.

Jet verfolgt einen Sträfling, der entkommen ist. Faye leert den Safe und versteckt sich in Callisto.

Lin ist nicht so loyal gegenüber Vicious, wie er vorgibt. Jet jagt Faye, die nach Gren sucht.

Spike und sein Team untersuchen eine Reihe von Diebstählen und die Zerstörung der Erde.

Faye denkt über ihre Vergangenheit nach. Ein Mann scheint mehr über ihre Schulden zu wissen.

Auf einem Gefängnisschiff trifft Jet auf einen Partner aus seiner Zeit bei der ISSP. Der Gefangene, der die Leitung über das Schiff übernimmt, ist verantwortlich für die Verletzung von Jets Arm. Jet möchte sich an ihm rächen.

Ed und Ein suchen nach Essbarem. Unwissentlich bringen sie halluzinogene Pilze mit.

Faye verspielt bei den Pferderennen ihr Geld. Spike und Jet öffnen ein Paket und finden ein Video.

Spike muss auf die Erde fliegen, denn sein Raumschiff wurde bei einer Mission schwer beschädigt und muss deshalb repariert werden. Er vertraut sein Raumschiff einzig und allein den Menschen der Erde an. Jet und Faye treffen auf Piraten.

Spike sieht einen Mord mit an und kann sich seither nicht mehr halten. Der Serienkiller muss diesen Zeugen töten, doch Spike kann ihm bislang entkommen. Doch dann geht er einen Deal in einem verlassenen Vergnügungspark ein und das Chaos bricht aus.

Jet erhält eine neue Nachricht, die sie auf eine besondere Spur navigiert. Sie sucht bei dem Grab eines alten Freundes weiter nach Informationen. Jet muss noch einen weiteren Fall lösen. Es ist die verschwundene Tochter von ihrem Freund.

Spike möchte gerade noch rechtzeitig einen Terroristen schnappen, der es geschafft hat, in einem Kuscheltier Sprengstoff zu platzieren. Doch er trifft bei der Mission auf einen weiteren Kopfgeldjäger und es entsteht ein Kampf zwischen den beiden.

Faye entdeckt ein altes schon längst vergessenes Video, welches sie dazu verleitet sich mit ihrer Vergangenheit zu beschäftigen. Ed und sie versuchen zusammen nach Antworten zu suchen und gelangen in ein veraltetes Waisenhaus.

Jet und Spike wollen ihre ganzen Sorgen mit Alkohol verdrängen. Sie wollen sich nicht mit ihren Problemen beschäftigen, sondern stattdessen vergessen. Doch sie wissen nicht, was Syndikat hinter ihrem Rücken schon längst geplant hat.

Spike hat es endlich geschafft, doch mit Julia zu vereinen. Sie planen nun gemeinsam die Flucht vor dem Syndikat. Sie möchten sich selbst schützen. Doch die beiden ahnen nicht, welche Ereignisse sich noch zutragen werden an dem Tag.