Le matin suivant la transformation d'Ichigo en Shinigami, nul membre de sa famille ne se souvient des évènements de la veille. Même le souvenir de Ichigo en train de tuer un Hollow est oublié. Il se rend à l'école où il trouve Rukia qui a pris la difficile apparence d'une nouvelle élève. Puisqu'Ichigo a pris la majeure partie de ses pouvoirs de Shinigami, elle lui ordonne de prendre sa place jusqu'à ce qu'elle récupère la pleine possession de sa force. Ichigo refuse sa demande, jusqu'au moment ou une ombre mystérieuse se met à suivre Orihime Inoue, une camarade de classe de Ichigo, joviale mais au triste passé...

Chad, un camarade de classe de Ichigo se voit offrir une perruche maudite. Il ramène l'oiseau au lycée, ce qui lui attire une flopée de moqueries en raison de sa grande taille. Sentant une énergie spirituelle émaner de l'oiseau, Rukia ressent le besoin de procéder à un Konso sur celui-ci afin d'aider son âme à s'éteindre. Ce même soir, c'est un Chad blessé qui est amené à la clinique Kurosaki. Ichigo et Rukia ressentent la présence d'un dangereux Hollow qui émane de la blessure de Chad. Le matin suivant, Chad se sauve de son lit d'hôpital et ne parvient pas à être retrouvé...

Rukia se rend à la boutique de Urahara, un homme à la fois mystérieux et distant. Elle récupère la commande qu'elle y avait passé et qui comprend un Gikongan, un remède qui force les âmes à sortir du corps de leur propiétaire. Mais quand Rukia donne un Gikongan à Ichigo, c'est un garçon totalement différent qui commence à se déchaîner...

Ichigo et Rukia partent à la recherche du corps d'Ichigo, possédé par une âme altérée. Ichigo le trouve dans une école primaire, mais l'autre est devenu trop fort et prend la fuite. Au milieu de la bataille, Rukia reçoit un message sur son Pager l'informant qu'un Hollow a été aperçu, mais en manque de batteries, elle se retrouve dans l'incapacité de confirmer sa position...

Le 17 juin est le jour anniversaire de la mort de Masaki Kurosaki, la mère de Ichigo. Chaque 17 Juin, la famille Kurosaki abandonne toutes ses activités afin de se rendre sur sa tombe. Ichigo a bien l'intention de s'éloigner pendant une journée de ses devoirs de Shinigami, mais il trouve Rukia en train de l'attendre au cimetière. Lorsqu'elle apprend comment la mère d'Ichigo est morte, elle suggère que le Hollow qui a poursuivi Ichigo est peut-être le même qui a tué sa mère. Refusant de l'écouter, Ichigo s'enfuit. Au même moment, un Shinigami du nom de Saidoh apparaît afin de ramener Rukia à la Soul Society...

Orihime découvre qu’elle possède elle aussi des pouvoirs lorsqu’un Hollow à l’apparence de pieuvre surgit dans le lycée, attaquant les élèves à l’aide d’étrange graines. Alors qu’Orihime essaie de se protéger du Hollow, ses camarades, sous l’emprise des graines, s’en prennent à elle…

C’est le dernier jour de classe avant les vacances d’été et pendant que les autres élèves discutent de leurs projets de vacances, Ichigo se prépare à suivre l’entraînement d’Urahara afin de pouvoir pénétrer dans la Soul Socity et de sauver Rukia. Sous les conseils de Yoruichi, Chad et Orihime vont eux aussi commencer leur entraînement afin d’apprendre à maîtriser les pouvoirs qui se sont éveillés en eux...

Ichigo passe le troisième test de l’entraînement d’Urahara et parvient à entendre le nom de son Zanpakutô. Alors qu’il profite d’un repos bien mérité, il reçoit un appel de la boutique Urahara. A son arrivée au magasin, il apprend que Chad, Orihime et Uryu se sont eux aussi préparés pour le voyage vers la Soul Society et rencontre enfin Yoruichi, un étrange chat noir qui possède des pouvoirs spirituels. Urahara leur présente la machine de conversion spirituelle qui va permettre à leur âme de voyager vers la Soul Society...