「元五番隊隊長・藍染惣右介（あいぜん　そうすけ）」の反乱以降、空席になっていた「三番隊」に新隊長が就任することになった。その名は「天貝繍助（あまがい　しゅうすけ）」。天貝は長い間、遠征任務についていて、最近、「瀞霊廷（せいれいてい）」に戻ったばかりの無名の男だった。新隊長就任の報は各隊を駆け巡る。しかし、当事者である三番隊の隊員たちは、複雑な気持ちを隠せないでいた。そんな雰囲気の中で隊舎に現れた天貝は、「三席」として登用する「貴船　理（きぶね　まこと）」という死神を連れてくる。

ある日の夜中、空座町（からくらちょう）に謎の「穿界門（せんかいもん）」が開き、謎の三人組が現世に現れる。その日の朝、登校した「黒崎一護（くろさき　イチゴ）」と「朽木（くちき）ルキア」の元に「虚（ホロウ）」出現の報が入る。いつものように退治に出かけようとする一護。と、その時、「伝令神機（でんれい　しんき）」に現れたホロウの反応が爆発的に増える。いきなり現れた大量のホロウに戸惑いながらも出動する一護とルキア。街中でホロウ退治をする二人は、謎の少女の魂魄と出会う。更にそれを追って二人の男が現れる。

一護のクラスに転入してきた謎の三人は、「霞大路瑠璃千代（かすみおおじ　るりちよ）」、「犬龍（けんりゅう）」、「猿龍（えんりゅう）」と名乗った。まるでお姫様のような振る舞いの瑠璃千代とむやみにあたりを警戒する犬龍・猿龍。あからさまに怪しい三人を不審に思う一護だったが、クラスメイトたちはあっさりと受け入れてしまう。その日の深夜、静まり返った街に謎の霊圧が現れる。その気配に気付いた一護が外に出ると、瑠璃千代たちが住む、裏の屋敷の屋根の上に犬龍が立っていた。

用心棒を引き受けた一護とルキアはさっそく瑠璃千代の護衛を始める。初めて現世に来た瑠璃千代は見るもの全てが珍しいらしく、いちいち一緒に歩く一護に解説を求めてくる。そんな瑠璃千代を思い切って遊びに連れ出すルキア。一護たちのおかげで現世を楽しんでいる瑠璃千代の姿を見た犬龍と猿龍は涙を流して喜ぶのだった。そんな二人に、一護はこれからどうするつもりなのか尋ねる。しかし犬龍の答えは歯切れが悪い。その日の晩、一護の妹「遊子（ゆず）」が瑠璃千代を黒崎家の夕食に誘う。

天貝を新隊長に迎えた三番隊は、日々の任務に勤しんでいた。しかし天貝が受けてくるのは『迷いネコ探し』や『呉服屋の特売の警備』、『他隊の隊舎の壁修理』など、およそ死神の仕事とも思えないようなものばかり。隊員たちの不満を感じた『吉良（きら）イヅル』は、副隊長として天貝に進言することにする。しかし逆に「前隊長・市丸（いちまる）ギンの裏切りで失った信用を取り戻すには、日々の地道な作業が必要」と諭されてしまう。一方、新三席に就任した貴船理は、その実力を発揮して隊員たちの間に徐々に溶け込み始めていた。

ある朝、瑠璃千代が突然姿を消してしまう。「霞大路家専用穿界門」を使用した形跡を発見した犬龍は、「尸魂界（ソウル・ソサエティ）」に戻ったと判断し、一護・ルキアと共に瑠璃千代の後を追ってソウル・ソサエティへ向かう。その頃、瑠璃千代は、屋敷で家臣の「雲井尭覚（くもい　ぎょうかく）」に見つかりながらもなんとかごまかしてどこかに出かけてしまっていた。瑠璃千代が出かけた直後にソウル・ソサエティに到着した一護たちは、手分けして瑠璃千代を探すことに。その最中、ルキアは十一番隊隊長「更木剣八（ざらき　けんぱち）」と会ってしまう。一護が来ているとを知った剣八はルキアに一護の元につれていけと迫る。

現世に戻ってきた一護は「浦原（うらはら）商店」で今後の対策を練っていた。店主の浦原喜助（きすけ）の話では、最近、店で扱う商品の原材料になるある種の「霊子（れいし）」が不足しているということだった。それは自然現象として起きることではなく、裏で何者かが動いている可能性が高い。とりあえず今後の様子を見るということで浦原商店を後にする一護たちの前に霞大路家の暗殺部隊を率いた「貫井半左（ぬくい　はんざ）」が現れ、そして空座町各所での戦いが始まる。一方、ソウル・ソサエティでは雲井が霞大路家の後継を巡って暗躍を続けていた。

一護たちの実力を見誤って瑠璃千代暗殺に失敗した霞大路家・暗殺部隊の隊長である貫井は、強力な魔刀『獏爻刀（ばっこうとう）』を持つ刺客の部隊を編成して再び現世に向かう準備をしていた。その頃、現世では、雲井たちの襲撃に備えて犬龍たちが屋敷に結界を張り、一護たちも交代で瑠璃千代の警護に当たっていた。物々しい警備体制に、状況を知らない瑠璃千代は戸惑いを隠せない。その晩、瑠璃千代は、「自分は無意識に他人に迷惑をかけているのではないか？」と一護に問うのだった。その時、貫井たちの霊圧が現世に現れる。

「獏爻刀」を携えて現世にやってきた貫井半左と刺客たちは、一護たちに一対一の戦いを挑んでくる。一護と貫井が戦いのため移動したあと、瑠璃千代の屋敷に現れたのは、不気味な獏爻刀を持つ「銅虎（どうこ）」。銅虎は手にした獏爻刀の刃を体内に取り込んで攻撃してくる。一方、一護の同級生で仲間の「石田雨龍（いしだ　うりゅう）」は「霧の獏爻刀」を持つ「九頭竜（くずりゅう）」と遭遇し、同じく一護の仲間「茶渡泰虎（さど　やすとら）」の前に現れた「厳牙（げんが）」は、かつて一護が倒した刺客が持っていた「斬撃を塊に変える獏爻刀」で攻めてくる。同じ刀を違う刺客が使うことに困惑する茶渡。　それぞれの戦いは激しさを増していく。

ルキア、石田、茶渡と刺客たちの戦いは続く。獏爻刀『烈雷(れつらい)』の力を体内に取り込んで攻めてくる銅虎。全身が武器と化す銅虎の前に苦戦するルキア。九頭竜と戦う石田は、獏爻刀『白霧(しらぎり)』の霧の空間に閉じ込められ、気配の感じられない敵に追い詰められる。茶渡は、敵の厳牙が使う獏爻刀『角翼(かくよく)』と力と力の勝負に打って出る。そして一護もまた、貫井の霊圧を喰らってパワーアップした獏爻刀『砕我（さいが）』の前に苦戦していたが、前回の戦いでその弱点を見つけていた一護は、そこを攻めてゆく。

貫井は獏爻刀「砕我」の弱点を利用し、一護を捕らえるための罠として使う。その策略にはまってしまい、獏爻刀・砕我の鏡の空間に閉じ込められてしまった一護。その空間は、閉じ込めた相手の記憶の中にある思い出を使って悪夢を見せる。一護の前に現れたのは、在りし日の母「真咲（まさき）」の姿だった。母との思い出からその死までを見せつけられる一護は、精神的に追い詰められていく。幻影の真咲の前になす術のない一護。その時、一護の体から巨大な霊圧があふれ出す。

尸魂界（ソウル・ソサエティ）では、隊首会で天貝が「護廷十三隊全体による合同演習」を提案していた。しかし、「更木剣八」や「涅（くろつち）マユリ」をはじめ、そういうことに興味がない隊長たちによって反対されてしまう。各隊の連携の悪さに憂いを感じていた「浮竹十四郎（うきたけ　じゅうしろう）」と「京楽春水（きょうらく　しゅんすい）」はそんな天貝を励ます。そんなある日、瀞霊廷内に「メノス」が侵入したという報告が入る。我先に出撃する各隊の死神たち。しかし、どこにもメノスの姿は発見されず、指揮系統が混乱した死神たちは大混乱に陥ってしまう。