黒崎一護（くろさき　いちご）・15歳。ユーレイの見える高校生。特異な能力ゆえに心霊現象のトラブルに巻きこまれる毎日を送る一護は、最近自分の霊力がさらに強くなっていることを感じていた。ある日、街中で幽霊の女の子を襲って化け物が暴れているところに遭遇する一護。化け物の姿は一護以外見えていない。女の子をかばって逃がそうとする一護。襲いかかってくる化け物。その時、黒装束の少女が現れ、刀をかまえて化け物に立ち向かっていった。

死神化した一護がホロウを撃退した翌朝、一護の家族は昨夜の事件をまったく覚えていなかった。不思議に思いながら登校する一護は、学校で転校生としてやってきた昨夜の死神・朽木（くちき）ルキアと再会する。死神の能力の大半を一護に奪われたルキアは、自らの能力が戻るまで死神代行として戦うことを一護に迫る。しかし、ルキアの命令を拒否する一護。その頃、一護のクラスメイト・井上織姫（いのうえ　おりひめ）のもとに不穏な影が忍び寄ろうとしていた。

ホロウとは尸魂界（ソウル・ソサエティ）へと導かれなかった人間の魂が墜ちたもの。ホロウに墜ちた魂は、亡くした心を埋めるために生前もっとも愛した肉親の魂を求める。織姫の兄が墜ちたホロウが狙うのは、当然妹・織姫の魂だった。急いで織姫の家を目指す一護。しかし、すでにホロウは織姫の家に現れていた。無理やり肉体から魂を抜かれてしまう織姫。一緒にいたクラスメイトのたつきも組み伏せられる。果たして一護は間に合うのか？

一護のクラスメイトのチャド（佐渡泰虎／さど　やすとら）が『呪いのインコ』を学校に持ってきた。インコに霊的な気配を感じ、魂葬（こんそう）を行うことを決める一護。文句を言いながらも自ら死神の仕事をこなしはじめる一護に感心するルキア。その日の夕方、ケガをしたチャドが黒崎医院に運び込まれる。チャドの体についた傷から強烈なホロウの気配を感じる一護とルキア。チャドがホロウに狙われている？そして翌朝、チャドの姿が病室から消えた。

『呪いのインコ』に取り憑いていたホロウ・シュリーカーと戦うルキアとチャド。力が戻っていないルキアとホロウを見ることが出来ないチャドは連携しながらなんとかホロウと互角に戦う。しかしこれまでに何人もの死神を撃退してきたシュリーカーは何重にも罠をはっていた。そのころ一護は、インコの少年の魂の凄惨な記憶にショックを受けて倒れた一護の妹・夏梨（かりん）を家に送っていてルキア達の危機に気付いていなかった。

死神としての活動に必要な物資を仕入れるため、浦原商店を訪れるルキア。店長の浦原喜助（うらはら　きすけ）は飄々としてつかみどころのない人物であるが、この店には浦原が尸魂界から買いつけた不思議な品物が売られていた。ちょうどルキアが前から注文していた義魂丸（ぎこんがん）というアイテムも入荷したところだという。それは死神と化した一護が抜けた後の一護の体に仮の魂を入れて動かす為のアイテムだった。さっそく使ってみる一護だったが…。

改造魂魄（モッドソウル）に体をのっとられた一護は、ルキアと共にその行方を追う。近所の小学校に現れた改造魂魄を見つけた一護だったが、その能力で強化された足技に苦戦をしいられて取り逃がしてしまう。さらに戦闘の最中にルキアの伝令神機（でんれいしんき）にソウルソサエティからホロウ出現の連絡が入るが、電池切れで正確な位置が分からない。一方逃げだした改造魂魄は、ホロウが小学生を襲おうとしている気配に気がついていた。

6月17日は一護の母・真咲（まさき）の命日。その日は何を差し置いても墓参りに行く黒崎家。一護は死神代行も休むつもりでいたが、霊園には先回りしたルキアが待っていた。「おふくろは死んだのではなく殺された」と聞かされたルキアは、霊力の強い一護を狙ったホロウが真咲を殺したのではないかと話す。それは一護の触れられたくない傷だった。強がって走り去る一護。そこへ、現世の滞在日数を過ぎても戻らないルキアを連れ戻す為に西堂（さいどう）という死神が姿を現す。

一護達の前に姿を現したグランドフィッシャー。疑似餌を使って霊力の強い魂を持つ人間を襲い続ける最悪のホロウ。一護はその疑似餌を見て愕然とする。それは６年前、母の死の際に一護の前に現れた少女の姿をしていたのだ。「どういうことだよ…。テメエ、まさか！」怒りにまかせてグランドフィッシャーに斬りかかる一護。しかし、冷静さを欠いた攻撃は簡単にかわされて逆にピンチに陥る。さらに一護を助けようとしたルキアも吹っ飛ばされてしまう。

カリスマ霊媒師・ドン観音寺（かんおんじ）が悪霊を退治する人気テレビ番組「ぶらり霊場突撃の旅！」のロケが空座町（からくらちょう）にやってくる。しかし心霊番組が大嫌いな一護は、織姫や啓吾がどんなに騒いでも興味を示さない。ところが一心（いっしん）と遊子（ゆず）に付き合わされてロケ見物に出かけることになってしまう。周囲のバカ騒ぎにうんざりする一護は、ロケ現場でホロウに墜ちかけている地縛霊を見つける。さらに観音寺がその地縛霊に余計な刺激を与えてしまい…。

一護の仲間たちともすっかりとけこんでいるルキア。なんのかんのありながらも毎日死神の仕事を遂行する一護。今日も指令にしたがってホロウ退治に出かける２人だったが、指示のあった場所にはホロウの姿はなかった。その場にいた霊の話から確かにホロウが現れたということは確認できたのだが…。仕方なく残っていた霊の魂葬をする一護たち。その２人を物陰からじっと見つめる影があった。

死神を憎む最後の滅却師（クインシー）・石田雨竜（いしだ　うりゅう）が、一護に勝負を持ちかけてくる。それは、『撒き餌を使ってホロウを街におびき寄せ、どちらがより多くのホロウを倒せるか』という最悪の方法だった。拒否する一護の意向を無視して勝負を開始する石田。空座町に次々とホロウが集まってくる。ホロウは霊力の高い人間から襲う習性がある。家族の身を案じて走り出す一護。しかし、ホロウに狙われているのは夏梨たちだけではなかった。

チャドと夏梨に続き、織姫とたつきの元へもホロウの魔の手が迫る。学校に出現したのは、種子を飛ばして人間を操り、他の人間を襲わせる卑劣なホロウだった。操られた生徒たちに囲まれる織姫とたつき。なんとか逃げ出そうとするが、ついにたつきにまでも種子が撃ち込まれてしまう。たつきは体の自由を奪われながらも必死に抗うが、業を煮やしたホロウの直接攻撃で吹き飛ばされてしまう。その瞬間、織姫の中に眠っていた何かがはじけた。

押し寄せるホロウの大群に別々に立ち向かう一護と石田。戦いの最中語られるクインシー滅亡の歴史。そして石田が死神を憎む理由。死神を見返す為に意地を張って一人で戦い続ける石田だったが、予想を越えて出現してくるホロウの群れに内心で焦りを感じ始めていた。そんな石田に対して自分の戦う理由を話し、力を合わせて戦うことを持ちかける一護。戸惑う石田。その時、巨大な力をもつ新たな敵が２人の前に出現しようとしていた。

一護の妹・遊子（ゆず）に洗濯してもらったコンは、ついでに人形用のドレスや花飾りで見事にドレスアップされてしまう。激怒するコンだったが、一護はまともに相手にしない。一護達とは数々の困難を乗り越えた本当の仲間だと思っていたのにまったく大事にされてないと感じたコンは黒崎家を飛びだす。そして本当の自分の居場所を求める旅に出かけるのだったが…。一方ルキアは、現世になじんでしまっている自分に違和感を感じ始めていた。

ルキアの前に現れた尸魂界からの使者。ホロウとの戦いの為の死神の部隊・護廷十三隊の六番隊隊長の朽木白哉（びゃくや）と副隊長の阿散井恋次（あばらい　れんじ）。白哉はルキアの兄、恋次はルキアの幼なじみである。斬魄刀（ざんぱくとう）を振るい、ルキアから死神の力を奪った人間の居場所を聞き出そうとする恋次。思いもかけない人物達の登場に激しく動揺するルキア。そのころ一護はコンから、思いつめた表情のルキアが出ていったことを知らされていた。

斬魄刀の真の力を解放して一護に襲い掛かる恋次。その猛攻の前に成すすべの無い一護。しかしルキアは知っていた。一護は、目の前の敵がいかに強大でも退くことをしないということを。このままでは一護が殺される！ルキアは恋次に飛びかかり、必死にその攻撃を妨げようとする。「逃げろ！一護！」叫ぶルキア。その時、崩れ落ちていた一護が自らの斬魄刀を拾い上げて立ち上がる。そして、一護の体からかつてない強大な霊圧が流れ出す。

圧倒的な白哉の攻撃に何も出来ずにルキアを尸魂界に連れ戻されてしまった一護。かけつけた浦原によってかろうじて一命を取りとめた一護は、ルキア奪還の為に尸魂界に行くことを決意する。翌日、学校に顔を出した一護は、クラスメイト達からルキアの記憶がまったく消えていることに呆然とする。しかし、思いもかけない人達がルキアの存在を憶えていた。そして、死神の力を失った一護の力を取り戻す為の浦原の特訓が始まる。

死神としての力を取り戻す最終試練「絶望の縦穴（シャタードシャフト）」。因果の鎖を断ち切られて肉体から霊体を切り離された状態の一護は、72時間以内に死神の力を取り戻さないとホロウになってしまう。浦原商店地下の特訓場に掘られた深い縦穴の底で冷たい汗を流す一護。そのころ、一護と供に尸魂界に行ってルキアを助けることを決意した織姫とチャドは、自らの力を自在に使いこなせるように夜一（よるいち）の特訓を受けていた。

尸魂界では、白哉のルキア処刑に対する対応を巡って三番隊隊長の市丸（いちまる）ギンが白哉の前に姿を現していた。そのころ、死神の力を取り戻した一護は浦原によって斬魄刀の特訓を始めていた。斬魄刀にはそれぞれに名前があり、所有者が名前を呼ぶことで秘められた力が解放される。解放されていない斬魄刀しかもたない一護は、己の内に眠る斬魄刀の力を呼び出すことを迫られる。そして、一護たちが尸魂界に出発する日を向かえる。