La novia de Conan, Ai Haibara, ha vuelto a desarrollar un nuevo antídoto para su proceso de encogimiento. Conan está dispuesto a probarlo de inmediato, con la esperanza de recuperar su antigua forma como Shinichi Kudou. Pero las cosas resultan diferentes de lo esperado. Cuando Conan toma la droga, se encuentra 10 años en el futuro y conoce a sus antiguos compañeros Genta, Mitsuhiko y Ayumi, que ahora son adolescentes. También se encuentra con Ran, y hay algunas sorpresas.