小五郎、コナン、蘭は、ワイン収集家の日下の自宅パーティに招かれた。ソムリエの外村とワインの利き酒勝負を始めた日下は、ワインセラーに改造した地下室に自慢の逸品を取りに行く。が、日下は４０分たっても戻らない。探しに行った小五郎は、電子錠でロックされたワインセラーの中で絞殺されていた日下を発見する。

福引の１等賞が当たり、南紀白浜１泊旅行にやってきたコナン、小五郎、蘭の３人は５人の医大生グループと知り合う。写生旅行だという５人には、女王然とした金持ち令嬢の真紀を中心にした複雑な人間関係があるようだ。翌日、真紀に教えられたルートで観光を楽しんでいたコナンたちは、真紀が刺殺されたという知らせを聞く。

南紀白浜でコナンたちが知り合った医大生・真紀が刺殺されたのは、顔見知りの犯行だとコナンは考えた。だが、真紀の５人の仲間たちには、それぞれアリバイがあった。藤が自分のアリバイを証明するために見せたデジカメの写真に疑問を抱いたコナンは、藤がいたと主張するアドベンチャーワールドで調査を始める。

服部平次に誘われて、コナンと蘭、小五郎は有名な３人のスポーツ選手がオーナーの大阪のレストラン、「Ｋ３」の開店記念パーティに参加した。蘭に、３人のオーナーたちはビルの窓を利用したパフォーマンスの手助けを頼む。夜空に窓の灯で作った「Ｋ」の文字が浮かび上がった時、一発の銃声が響きわたった。

銃声がした部屋にかけつけたコナンと服部平次は、そこで新聞記者のエドが殺害されているのを発見した。コナンと平次はエド殺害のトリックと犯人を解明するため捜査を開始する。３人のオーナーには殺害は不可能と判断するコナンだが、捜査が進むにつれ、一番認めたくない真実がそこにはあった。

東京に帰る新幹線内でコナンたちは、麻薬密売人の小倉千造を護送中の佐藤刑事と高木刑事に偶然遭遇した。佐藤刑事が出払ってしまっている最中、トイレに行きたいと席を立つ小倉に一人付き添う高木刑事。小倉をトイレの外で待っていると、突然うめき声が聞こえ慌ててドアを開ける。そこには自殺を図る小倉の姿があった。

新幹線で護送中に被疑者の麻薬密売人・小倉が死亡したのは、自殺に見せかけた殺人事件だと佐藤刑事は断定した。爆弾騒ぎを起こして、その隙に被疑者を前の車輌のトイレに行かせ、自殺の偽装をさせる。その指示を出せた可能性のある乗客は３人。コナンは３人が手に持っていたという新聞に着目する。

いつも元気な元太の様子がおかしい。給食は残すし、コナンたちを避けるように一人で学校から帰ってしまう。コナンたちが問い詰めると、元太はひったくりの犯人を目撃して命を狙われていると訴える。初めは本気にしなかったコナンたちも、元太の頭上めがけてデパートの看板が落下してきたのを見て真実だと悟り対策を考える。

事件の調査のため依頼された葵屋旅館の主人に会う群馬県警の山村刑事、コナン、蘭、小五郎。その事件には４年前に死亡した赤いジャケットの男と、その男が主人にあずけたアタッシュケースが関係しているという。しかし、すでにアタッシュケースは毛利小五郎を名乗る別の男が持ち去っていた。

首を吊って死亡していた毛利小五郎のニセモノ。そばにあったアタッシュケースの中に入っていた５年前のスポーツ新聞と長い毛髪を見て、コナンは殺人事件だと断定した。捜査するにつれ、スポーツ新聞が何かの隠し場所を示す暗号だと気付いたコナンは、４年前に死亡した赤いジャケットの男の持ち物から犯人を追い詰める。

ストーカー調査のために依頼人の建築家・金沢柳一郎のもとに来たコナン、蘭、小五郎。3ヶ月前から毎週のように写真が送られてくるが、全く心当たりがないという。その日の夜、金沢の庭内で夕食の最中に一発の銃声が鳴り響く。12時間で一周するヒマワリ館と呼ばれる屋敷の部屋の中で金沢は銃で撃たれ死亡していた。

伊豆の海に遊びに来た阿笠博士とコナンたちは漁師の吉澤と下条と知り合う。2人は海のルールを無視し手荒な漁をする荒巻と話し合いをするため、ホテルのレストランで待ち合わせをする。約束の時間になっても荒巻が現れないので、もう一人の漁師根津が電話をかけるが、電話越しに聞こえたのは波の音だけだった…。

漁師の吉澤と下条・根津の3人と話し合いのためホテルのレストランで待ち合わせをしていた荒巻が海で遺体で発見された。園子がトンチンカンな推理をするが、コナンはそれをヒントに殺害方法と犯人を突き止める。荒巻の携帯に残された着信履歴から犯人を追い詰めるが…。

ペンションオーナーの村上紫郎と弟の立柴金次とともに癒しの森にあるペンションにやってきた、コナン、蘭、小五郎。村上と立柴が夕食用の山菜採りから戻ると、２人の父であり村長である村上竜蔵が自宅で殺害されたとの知らせが届く。村長宅からペンションまでは１時間の距離があり、兄弟２人に犯行は不可能に思えたが…。

小五郎のもとに沖野ヨーコから友人で女優の草野薫の婚約パーティの招待状が届いた。同じく招待された、元アースレディースの岳野ユキと星野輝美とともに、薫が風呂から出た時にアースレディースの衣装で出迎えてビックリさせようという計画だが、薫は一向に出てこない。心配になり見に行くと、そこには無残な薫の姿が…。

婚約パーティの最中に襲われた沖野ヨーコの友人で女優の草野薫。その場にいた全員の身体検査をしたが薫を襲った凶器は見つからなかった。最近ストーカーに付きまとわれていると言っていた薫の証言と部屋の中から見つかった盗聴器により、外部の人間による犯行と思われたが…。

オークス牧場にやってきた、コナン、蘭、小五郎は、従業員の竹内早苗に牧場を案内してもらっていた。その時、突然暴れ、逃げ出す牧場主・大楠友之の愛馬マダムリープ。引き止めるマダムリープの蹄に血がついているのに気づいたコナンは、馬小屋で頭から血を流した装蹄師・杉山の遺体を発見する。

学校帰りに公園で遊んでいたコナンたち少年探偵団は、不信な行動をとる燕（つばくろ）財閥会頭秘書の堺に出会う。話を聞くと、燕財閥会頭・燕健三の孫・秋夫が誘拐されたというのだ。健三は孫の安全を考え警察の捜査も断るが、コナンは絵を描くことが大好きな秋夫の絵の中から監禁場所のヒントを見つけ出す。

佐藤刑事に見合いを勧める佐藤刑事の母。仕方なく了承し顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。同じときコンビニ強盗を追う高木刑事。よそよそしい佐藤刑事を見て白鳥警部はある賭けをもちかける。その賭けとは日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となることだった。

母に進められ、佐藤刑事が顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となってしまう。だが肝心の高木刑事は目撃者たちのバラバラの証言から、犯人を絞れないでいた。果たして、高木刑事は日没までに佐藤刑事を迎えにいくことができるのか？

島根県・松江に旅行にやってきたコナン、蘭、小五郎は、ホテルのロビーで大阪から連句旅行に来ていた短大国文科助教授・安藤礼子たち５名の連句の会の仲間と知り合う。翌日、八重垣神社に来ていた蘭とコナンのもとに連句仲間の1人・牛窪が亡くなったとの知らせが届く…。

島根県・松江の旅行先で安藤礼子たち連句の会のメンバーと知り合ったコナンたち。しかし、仲間の１人牛窪が翌日何者かによって殺害された。牛窪の供養の為にもと、連句の会のメンバーは句会を開き、コナンたちもそれに参加した。そしてその連句の会の中でコナンは犯人を追い詰めていく…。

午前2時15分に発生した大地震。翌朝、帝丹神社の境内で落ちてきた鈴で頭を強打し倒れていたさい銭泥棒・浦沢が逮捕された。帝丹神社からの帰り道、コナンたち少年探偵団は、空き巣に入られ、その際に頭を強打し気絶したという被害者の竹中と出会う。コナンたちは浦沢の不可解な行動を紐解いていく…。

アニマルショーにやってきた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。その時、アニマルショーのスポンサー、ランディ・ホークと間違われてインタビューを受けていた外国人のジェイムズ・ブラックを助ける。ジェイムズは助けてくれたお礼にランチに招待したいと言い車を取りにいくが、駐車場で誘拐されてしまった。

アニマルショーの帰り、ショーのスポンサー、ランディ・ホークと間違われて困っていた外国人のジェイムズ・ブラックを助けた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。しかしジェイムズは駐車場で誘拐されてしまう。ジェイムズがストラップに残した手がかりを元にコナンたちは犯人を追い詰めていく…。

小五郎はコナンと蘭をつれてレストラン・花乱亭に食事をしにきた。閉店後、小五郎が店の前を通ると、隣の工事現場からでてきたコックの和田実が花乱亭の主人の妻・礼子の車に乗る所を偶然見かけた。そして翌朝、主人の花岡茂が頭部強打により死亡していた。一見、隣の工事の揺れで花瓶が落ち、頭を強打したかに見えたが…。

雪で旅館までの道が封鎖されて困っていたコナン、蘭、小五郎は、大門工業の社長の息子・大門良郎のはからいで大門家に宿泊させてもらえることとなった。しかし翌朝、大門家の当主・大門源一郎が自室の離れで遺体となって発見される。源一郎の部屋からは沖滑秀友の鎧と刀が忽然と消えていた…。

大門家に宿泊した翌朝、コナンたちは離れで大門家の当主・大門源一郎の遺体を、更にオーディオルームで沖滑秀友の鎧を着た長男・一樹の遺体を発見した。一樹が死亡した部屋についていた不可解な傷から、コナンは一樹が自殺ではなく秀友伝説を利用して殺された殺人事件であると確信する。

平次と和葉の二人が訪れた浪花中央体育館で開催された、近畿剣道大会で殺人事件がおこる。平次の活躍により事件はその日のうちに解決となった。平次の自宅で念願のてっちり料理を堪能したコナンたちだが、翌日大阪城で、またしても巧妙な殺人計画に遭遇することになった。大阪を舞台にした２大殺人事件のスペシャル編。

蘭の母・妃英理に対抗する、検察のマドンナ・九条玲子。その彼女の担当する事件の被告人弁護を引き受けることとなった妃は、今回弁護する宇佐美真治という男のアリバイを証明するため調査を開始。妃は、宇佐美の別れた妻に会うために訪れた居酒屋で、小五郎と再会。アリバイの鍵を握っているのは、なんと毛利小五郎だった。

蘭の母・妃英理が弁護する宇佐美真治のアリバイの鍵を握っているのは、なんと小五郎だった。しかし、公判当日、小五郎は九条により検察側の証人として呼び出されてしまう。宇佐美のアリバイを証明するために訪れた宇佐美のマンション内で見つけた居酒屋“美枡”のマッチを見て、コナンは事件解決の糸口を見つける。

バレンタインデーを目前にして、コナンたちは山奥の吹渡山荘というロッジに行くことになる。ロッジには、二垣というルポライターと恋人の亜子、亜子の友だちの実果、銃を背負った二人連れの中年男性がいた。夕方から吹雪になり、ニホンオオカミの取材の為ロッジを出た二垣を心配する亜子と実果は森の中を捜しに行くが…。

コナンたちは、山奥の吹渡山荘というロッジでまたしても殺人事件に遭遇してしまった。宿泊客の酒見が言う通り、雪崩でトンネルが埋まってしまったため、警察の到着はいつになるか分からない。二垣が所持していた遺品の中で手掛かりになりそうなは、カメラの中のフィルムだけ。そのフィルムの最後に写っていたものは…。

吹渡山荘というロッジでおこった殺人事件。チョコレートが事件の謎を解く重要なカギになるとはコナンにも予想できなかった。事件のトリックと犯人に思い当たるコナン。しかし証拠がない。その時、蘭と園子、実果と亜子が昼間チョコレート作りをしていたキッチンの中で、吹雪と共に動かぬ証拠がロッジの中に入ってくる。

死んだ妻の形見の時計を探してほしいと毛利探偵事務所にやってきた護田。小五郎に追い返され、ため息をつく護田に、コナンは時計探しを買って出る。コナンたちは護田の家中を探し回るが、時計は中々見つからない。そして、亡くなった奥さんでないと操作が難しく、護田は使っていないという洗濯機の中を探し始める…。

護田のマンションで時計探しの真っ最中に、オーディオルームで映画を鑑賞していた出月映子という中年女性が花瓶で頭を殴られて殺害された。そんな時コナンは、事件の他にもうひとつ気になる情報を聞き、蘭の身を案じるが、目の前の事件の謎を解決するため、戸棚の中で証拠を確認し、オーディオルームに急ぐ。

蘭は黒いニット帽の男が気になって仕方がなかった。バスジャック事件の以前にも会ったはずだが、思い出せない。このことを考えると新一が姿を消した時と同じ不吉な胸騒ぎがする。その帰り道、喫茶店に寄ったコナンたちは、封筒を抱えてうずくまっている男を発見する。その封筒には、『○×△』と血で書かれていた。

下校途中コナンたちは、喫茶店前のエスカレーターで殺人事件に遭遇する。刺殺された中条は抱えている封筒に血で書いた『○×△』というダイイングメッセージを残していた。暗号が何を表すのか、コナンたちにも、目暮警部にも分からなかった。その時コナンはジョディの言葉から、血文字の暗号を解くヒントを得る…。

コナンたちは、歩美と大森静というお婆さんと一緒に公園で猫の世話を手伝っていた。翌日、約束の時間になっても現れない静を心配したコナンたちは静のアパートに行ってみる。が、静は応答しない。コナンたちは、何の情報も得られなくて困り果てていた。そこへ静が特に可愛がっていたブルースという名の野良猫が現れた…。

風邪で寝込んだ蘭は、見舞いに来た園子に「誰かに覗かれているようで怖い」と訴える。「今時、お化けなんて…」と笑い飛ばす小五郎に背後から老人が声をかけた。音無芳一というその老人は、コナンに「亡霊を見に来るか？」と誘う。幽霊話に興味を持ったコナンと小五郎は、嫌がる蘭を連れて老人のアパートについていく。

新出医院で出会った老人の「亡霊が出る」という言葉に惹かれてアパートについて行ったコナンたちは、老人の言葉通りの怪現象を体験する。コナンは謎ばかりのアパートに興味津々。窓から覗く不気味な人影と、老人が見たという人魂の仕組みが理解できない。コナンは小五郎にばかり蛾がとまるのを見て、あることに思い当たる。

歩美が何かを必死で探し回る高木刑事を見かけたというので、コナン、元太、光彦も歩美と共に公園に駆けつける。高木刑事はこの公園でケンカの仲裁をした後、警察手帳が紛失していることに気づいたと打ち明ける。ケンカをしていたのは半崎という売れない歌手とそのマネージャーの杉山という男だというが…。

コナンは阿笠博士に小五郎の事件調書の情報が警視庁から盗まれていたことを明かした。黒の組織が関係していると察した阿笠博士は、親友の服部平次を呼び寄せていた。コナンは２人に、杯戸シティホテルの事件の中に犯人のピスコの仲間がいたはずだと話す。コナンと平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディを調べ始める…。

コナンと服部平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディが黒の組織のメンバーかもしれないと疑い、ジョディの住むマンションを訪れる。だが、連れ立って食事に出ようとした３人の目の前で隣室の住人・高井が墜落死した。高井はどのようにして窓から落下するように仕向けられたのか。密室殺人事件の謎を解くカギとは…。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士は、東都競技場で行われた東京スピリッツ対ノワール東京のサッカーの試合を観戦した。負けたノワール東京の戦力が落ちた原因の一つに、主力ＦＷだった比護選手の移籍があげられる。そんな話をしながら乗った帰りの電車内で、コナンたちはノワール東京の熱狂的サポーター・赤野の悲鳴を聞く。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士が観戦したサッカーの試合の帰りの電車内で、悪名高いフーリガンの赤野が何者かに刺殺された。容疑者と睨んだノワール東京サポーターの吉良蓮絵と大葉悦敏、東京スピリッツサポーターの船戸三昭の３人はそれぞれアリバイを主張し、証明できたのは車輛に乗っていたということだけだった…。

歩美、元太、光彦の３人は廃ビルの中で探偵ごっこをしている最中、本物の殺人事件現場を目撃する。歩美は探偵バッジでコナンに連絡を取るが、軽トラックの荷台に飛び乗った元太と光彦を追うはずみでバッジを落としてしまう。軽トラックの荷台で段ボール箱に隠れた３人は死体と一緒にどこかへ運ばれていく。

山道で車がガス欠し困っていたコナンと蘭、小五郎は、通りかかった木山家具社長の馬島に助けられ、晩餐会に招待された。馬島の勧めで別棟の洋館のサロンに案内されたコナンたちは、そこで社長秘書の橋本、木山インテリア社長の遠藤、フリーライターの木山智則と知り合う。どうやら３人とも馬島に恨みを抱いているらしい…。

木山家具社長の馬島宅に一泊したコナンたちは、翌朝馬島の絞殺死体を発見する。容疑者４人の証言から、事件のトリックを考え続けるコナン。犯人はどうやって足跡もつけずに遺体を庭の真ん中まで運んだのだろうか？その時、ごみ箱に捨てられていた脅迫状が発見される。それは馬島を洋館の屋上に呼び出すものだった。

福引で当てた食事券を使うため、コナンたちは横浜・中華街へとやってきた。が、目的の店で食事券を使うことができず途方に暮れていると、川端という映画プロデューサーが蘭をスカウトしたいと声をかけてきた。と、突然、川端が喉元を押さえて苦しみだし死亡した。捜査に当たった横溝警部の弟は小五郎が怪しいと決めつける。

川端の死因となった毒物が入っていたと思われる容器がトイレで発見された。小五郎は店に入ってからトイレに行っていないが、それでも横溝警部は小五郎を疑い続ける。コナンは食卓を囲んでいたメンバーと横溝警部に事件を再現しながら、食事中に何が起こったのか、その真相と真犯人について、謎を一つ一つ解き明かしていく。

横浜・中華街で事件が解決した直後、蘭は高熱で倒れてしまう。朦朧とする意識の中で蘭は新一と二人でアメリカに住む新一の両親に会いに行ったときのことを思い出していた。新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ブロードウェイで評判のミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた…。

新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた。舞台はギリシャ神話の「金の林檎」を題材とし、男優・ヒースが演じる主人公が３人の美女の中から一人を選ぶというものだ。クライマックス、天使に変身したヒースが舞台中央から空中を舞うはずが…。

新一の母・有希子に連れられて観たミュージカルの上演中に、主演男優・ヒースが何者かに射殺された。犯人は舞台上にいた４人の女優の中にいると考えた新一だが、見知らぬ日本人の少年に秘密を打ち明けるはずがない。スタッフの口を開かせたのは、"ナイトバロニス"としてアメリカの人気者になっていた有希子だった。

夏休み恒例のラジオ体操に姿を見せない光彦を心配した阿笠博士とコナンたちは光彦の家を訪れる。光彦の部屋に残されていたラジオ体操の出席カードからコナンは、光彦が以前から計画してどこか遠くへ行ったと考える。真面目で協調性を重んじる光彦が、コナンたちに背を向けて単独行動を取る理由は何なのか？

内緒でどこかへ出かけてしまった光彦を探すため、群馬県のある森の中までやって来たコナンたちは、群馬県警の山村刑事と出会い、連続殺人犯・沼淵が森の中に逃亡したことを知る。コナンたちは光彦を捜す3つの手掛かりを元に捜索を開始。光彦の身を案じ、探偵バッジで呼びかけるが…光彦はすでに沼淵に捕まっていた。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。二人が推理するのは、１年前、『鬼亀島』と呼ばれる無人島で奇妙な文字を背にして餓死した男の遺体が発見されたという事件だった。小五郎にどうしても負けたくない平次は、コナン、蘭と和葉、スタッフ６人とともにクルーザーに乗り込む。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で沖縄にやって来た平次とコナンたちは、スタッフとともにクルーザーで無人島に渡る。が、スタッフの１人・伊江が絞殺死体で発見され、乗ってきたクルーザーも消えていた。廃墟のような金城家の別荘で救助船を待つ間、コナンたちは金城家に起きたという不幸な事件の話を聞く。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。島の町長・金城の周辺で起きた事件の数々は、今回の事件と関わりがあるのか？コナンと平次は伊江と下地の殺害方法の違い、別荘の椅子に書かれた名前の不自然さ、そして蘭と和葉との会話から、伊江を殺した犯人のトリックに気づく。

コナンと少年探偵団、蘭、園子、小五郎は飛行機で熊本にやって来た。観光している道中、園子が携帯電話を拾いメール画面を示す。そこには「その子…会いたい！明日11時に待っている」とある。園子は自分と同名のその子の恋の手助けをしようと、直接待ち合わせ場所に行き、メールの差出人に携帯電話を渡そうと考える。

汚職疑惑の渦中にある国会議員・成増健三の主催するテニス大会に参加するため熊本にやって来たコナンたち。試合会場を抜け出して携帯電話を届けに行く最中、蘭が何者かに誘拐された。あせるコナン。蘭が伝えてきた"殺人計画"は進行しているに違いない。計画の全容をつかむためにも、蘭の居場所を早く突き止めねば…。

小五郎とコナン、蘭は、工務店社長・河井に招待され、河井の知り合いの金融業者・山崎と共に屋形船に乗りこんだ。米花湾の中程で、コナンたちは対岸の夜景と花火を楽しみながら料理をごちそうになり、河井と山崎は舳先で釣りをしていた。その時、河井たちにビールを届けに行った船長の娘・サオリの悲鳴が聞こえる。

蘭の母で弁護士の英理は、検察のマドンナ・九条玲子検事の担当する事件の被告の当番弁護士を引き受けた。事件は不動産業の事務所で社長の他殺死体が発見され、事務所荒らしの常習犯の井上隆志が逮捕されたというもの。井上は空き巣の現場を社長に見つかり、争いになり社長の頭をガラスの灰皿で殴ったと自供したが…。

蘭の母・英理が当番弁護士を引き受けた事件の公判が始まり、九条は井上に大津を殺害する動機があることを明かし、英理を窮地に追い込む。コナンは小五郎と共に殺害現場に行き、大津殺害の瞬間にトリックが存在したことに気づく。事件現場の社長室を調べるのに立ち合った有馬の証言から、コナンは事件の真相に思い当たる。

観光のため山口県下関市にやってきたコナンたちは、そこで、秋田谷徹、野島栄子、大坪圭介、井坂茜と知り合う。４人は自殺したもう一人の仲間、本堂和行の13回忌と、大坪と茜の婚約を祝うために集まったのだという。その夜、４人に案内された先で、本堂を自殺に追い込んだ張本人だという針尾という男が現れた。

コナンたちは針尾の殺害現場に遭遇し、小五郎は前日に知り合った4人を事情聴取することを提案する。下関警察署に集められた4人は、それぞれアリバイを主張。針尾に変装して犯行時刻を偽装することが犯人の狙いだ。それが事実ならば、誰にでも針尾の殺害は可能。謎を解く突破口を見つけたコナンは、聞き込みを始める。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。スター選手のヒデやナオキを生で見ようと大群衆が沿道に押しかけている中、コナンたちは捜査のために変装した佐藤刑事・白鳥警部と遭遇する。本庁に妙なファックスが届き、それが以前に関わった事件と似ているのだ。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。だが、このパレードを妨害するというファックスが送られ、コナンたちの目の前で高木刑事の車が爆発。コナンは、爆発の直前に撮影していたテープの中を見て、ビデオに映っていないものに事件のカギがあるとにらむ。

最近、曙町で連続している空き巣事件の犯人を捕まえようと、コナン、歩美、元太、光彦は曙町にやってきた。人通りのない住宅街で手がかりを探していると、傍らのマンションから女性の悲鳴が聞こえてきた。コナンたちが駆けつけると、部屋の主・細野早苗がソファを指さしている。そこでコナンは、老女の他殺死体を発見する。

コナンと少年探偵団の子供たちを連れて強盗事件の実況検分をしながら、佐藤刑事は３年前の連続爆破事件を思い出していた。犯人の罠にかかり、殉職していった松田刑事。その時、またしても爆弾予告の電話が鳴る。1,200 万人の東京都民を人質に警察への恨みを晴らそうとする犯人にコナンも刑事たちも怒りを燃やす。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れてロケ現場の洋館にやってきた。そこで出会った出演者の雨城瑠璃は小五郎と英理の中学の同級生だった。撮影が始まると、主役の風見良輝はなぜか機嫌を悪くして現場から立ち去ってしまう。その後、瑠璃の悲鳴とともに二階の一室に血まみれの風見の遺体があった。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎が訪れた洋館で起こった殺人事件。捜査のために殺害現場を訪れたコナンは、床に貼ってあるガムテープに付着していた綿を見て、凶器と犯人に気づく。早速小五郎に麻酔針を打ち込もうとするコナンだが、なぜか麻酔針が出ない。仕方なくコナンは小五郎に事件のヒントを与えることに。

毛利探偵事務所に３人の依頼人が訪れた。行方不明の有名なシステムエンジニア・板倉を捜してほしいという。コナンが追い続けている黒の組織のメンバー・テキーラと似た風貌の男を見かけたと聞き、この事件に関係しているのではないかと考える。コナンたちは３人の依頼人とともに板倉が潜伏していた部屋を訪れるが…。

コナンの指摘で事件は心臓発作に見せかけた殺人事件と断定された。板倉の持ち物のＭＯディスクに直接関係のありそうな書き込みはなかった。だがコナンには、黒の組織の手がかりがつかめるかもしれない貴重な資料だ。眠りの小五郎の推理ショーを始めたコナンは、パソコンの操作を説明するふりをしてＭＯのコピーを作成する。