En Shinichi Kudo és un detectiu adolescent que tot sovint ajuda la policia a resoldre casos. Durant una trobada amb la Ran Mouri, la seva amiga de la infància, en un parc d'atraccions, en Shinichi veu dos homes vestits de negre fent un intercanvi sospitós. El descobreixen i li fan prendre un verí experimental amb la intenció de matar-lo. Tanmateix, un efecte secundari fa que en Shinichi s'encongeixi i es converteixi en un nen petit. Amb l'ajuda del doctor Agasa, el seu veí inventor, adopta la identitat d'en Conan Edogawa, nom format a partir dels d'Arthur Conan Doyle i Edogawa Ranpo. Així vol evitar que els que l'han encongit, l'Organització dels Homes de Negre, el trobin i el matin a ell i als del seu voltant. Precisament per aquesta raó decideix no revelar la seva identitat a ningú més. Se'n va a viure a casa de la Ran i el seu pare, el mediocre detectiu privat Kogoro Mouri, on espera investigar sobre els que l'han encongit.[3]

En Shinichi es matricula a l'escola primària, on fa amistat amb un grup de nens que formaran la Lliga de Detectius Júnior, i resol els casos en nom d'en Kogoro Mouri fent ús d'un llaç transformador de veu i un rellotge amb dards anestèsics creats pel doctor Agasa.

Durant la investigació per desemmascarar l'Organització i trobar un antídot del verí que l'ha empetitit, en Shinichi coneixerà antics membres d'aquest grup criminal, com l'Ai Haibara —qui s'ha pres el verí per fugir-ne—, i ajudarà l'FBI a infiltrar-hi una agent com a espia.