Kudo Shinichi, de diecisiete años, es un joven detective prodigio. Durante una investigación, dos matones a la fuerza, suministran a Kudo con un veneno experimental que inesperadamente lo convierte en un niño pequeño en lugar de matarlo. Para ocultar su identidad mientras busca a la organización que intentó matarlo, Kudo toma el nombre de Edogawa Conan. Su ex novia, Mouri Ran, y su padre investigador privado con cerebro de liebre se llevan a Conan. Atrapado en un cuerpo endeble, Conan resuelve crímenes, a veces ayudado por los niños de la Liga de Detectives Junior y los inventos de su viejo amigo, el Dr. Agasa.

En Shinichi Kudo, un noi de 17 anys i estudiant de secundària, és un dels millors detectius del país. Quan va a un parc d'atraccions amb la seva amiga Ran Mouri es veu involucrat en un cas d'assassinat, però el resol amb facilitat. Després, a l'hora de marxar veu uns homes, molt sospitosos, que estan duent a terme una transacció il·legal, però no s'adona que un d'ells se li acosta per darrere. Aleshores en Shinichi cau desmaïat al terra pel cop que ha rebut i, instants després, els homes de negre li fan prendre un fàrmac (APTX-4869) que fa que el seu cos s'encongeixi fins a prendre forma d'un cos de nen de 7 anys. A partir d'aquí comença la història. Mentre va resolent casos i més casos, ha d'amagar la seva identitat real a tots els seus amics (i s'inventa el nom de Conan Edogawa), si no vol que es trobin en perill, i ha d'atrapar els Homes de Negre per poder tornar a tenir el seu cos en l'estat original.

高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！

如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。

谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南开始大显身手！

少年偵探柯南遭人惡意下毒變成小孩，他不遺餘力破解各種匪夷所思的案件，同時追查對他痛下毒手的組織。

Stagione 1