数々の難事件を解決する高校生探偵・工藤新一は、ガールフレンドの毛利蘭と遊園地でデート中、ジェットコースターで殺人事件にまき込まれた。

ズバ抜けた推理力で事件を解決したが乗客の中にいた怪しげな黒服の男たちが現金受け渡しする犯罪現場に遭遇。現場の証拠を押さえようとするが背後から襲われ気を失ってしまい･･･。

黒服の男に殴られ意識を失った新一が目覚めると、飲まされた毒薬のせいで身体が小学生くらいまでに縮んでしまっていた。新一は小学生・江戸川コナンと名乗り、黒服の男たちの情報を得るため私立探偵の父を持つガールフレンドの毛利蘭の家に居候することに。すると金持ちの娘が黒ずくめの男たちに誘拐されたという話が入る。

毛利小五郎の事務所に、アイドル・沖野ヨーコが訪ねてきた。何者かに後をつけられたり、部屋に侵入されているというのだ。調査のためコナンたちがヨーコの部屋に入ると、そこには男の刺殺死体があった…。コナンは小五郎を気絶させ、阿笠博士が発明した蝶ネクタイ型変声機を使って小五郎の声で事件の謎解きを始める。

偶然謎の図形と「ORO」という文字が書かれた紙を手に入れたコナンと同級生三人組。宝の地図に違いないと、早速捜索を開始したが、実はその暗号は、現在逃走中のイタリアの強盗団が隠したという金貨のありかを示したものだった。暗号を解読し、忍び寄る強盗団をかいくぐり、見事お宝にたどり着くことができるのか！？

京都に向かう新幹線でコナンに毒薬を飲ませた黒服の男たちそっくりな二人組に出会う。様子を探るため、盗聴器を仕かけたところ、アタッシュ・ケースに爆弾をセットし、新幹線ごとあと40分で爆破するという声が…。

蘭がバレンタインパーティーに招かれた。主催者の医大生・克彦に夢中な同級生の園子にむりやり付き合わされたらしいが、コナンは気が気ではない。テニス仲間が集まるパーティーで、仲間の一人・好美が贈ったチョコレートを食べた克彦が、苦しみ出し死亡する。駆けつけた目暮警部と小五郎は、好美が犯人だとにらむが…。

毛利探偵事務所に小川という依頼人がやってきた。二年前から毎月、送り主の名前も住所もデタラメなオモチャと現金が送られてきていて、今日送られてきた現金には、「2500万円払い終わりました。引き替えに、いただきに参ります」という意味不明の手紙が添えられていた。小五郎は手のこんだイタズラだと断定するが…。

夜な夜な甲冑の騎士が歩き回るというウワサの美術館。興味津々の蘭は、コナンと小五郎を連れ見学に行く。

だが最後の「地獄の間」でコナンたちが見たのは、ホテルに転業するため美術館を閉館すると決めた新オーナー・真中が、「天罰」と題された絵画の後ろで、絵と同じように喉を剣で串刺しにされて絶命している姿だった。

天下一春祭りの夜、ホテルの居室で人気作家・今竹智が殺害された。友人の笹井の犯行ではないかと疑われたが、笹井は祭りの会場にいたと主張し、証拠に蘭がシャッターを押したインスタントカメラを差し出した。完壁なアリバイに笹井は自信満々だが、コナンは笹井が犯人だと確信し、笹井のアリバイを崩す糸口を探し始める。

毛利探偵事務所に赤木量子と名乗る女子高生が、新一を探してほしいと訪ねてきた。量子と会ったこともないコナンは戸惑うばかりだが、蘭のほうは新一への怒りで我を忘れてしまっている。新一をとっちめようと、蘭はコナンを連れて量子の家に押しかけるが、その依頼が、あるプロサッカー選手の脅迫事件と関係する事を知り…。

謎の依頼人に伊豆の小島・月影島に呼び出されたコナンたち。依頼人は12年前にピアノソナタ「月光」を弾きながら死亡した有名なピアニストだったことを知る。謎の依頼主のことを調べるため訪れた公民館で営まれていた前村長の法要の最中、「月光」の第一楽章と共に村の資産家が殺され、これを機に次々と殺人事件が…。

公園でかくれんぼをするコナンたち。二時間たってもみつからない歩美にコナンがトランシーバーで連絡を取ると、歩美はなんと車のトランクの中。しかも、それは少女連続誘拐殺人事件の犯人の車だった！

スケボーの動力ソーラー・エンジンも日没が迫り、時間がたてば歩美の命も危ない。コナンは絶体絶命のピンチに陥る。

毛利探偵事務所に広田雅美と名乗る娘が、1か月前から行方不明になっている父を捜してほしいと依頼に来た。蘭は広田の飼っていた猫の名前が人気の競争馬の名前から付けられたことに気づき、競馬場であっという間に観客の中から広田を見つけ出す。

雅美との感激の再会となったが、その翌日、広田がアパートで絞殺された。

コナンたちが川原で遊んでいると銃声のような音とともに風船が破裂した。コナンが双限鏡で川の対岸を見ると、土手の向こうのビルの屋上で二人の男に拳銃を向けられライフルを構えている男を目撃。その現場に駆けつけると、謎の十桁の数字を表示した電卓が置かれていた。これは男がコナンに残したメッセージだろうか。

猫を探す依頼を受けたコナンたちは、猫が出てきた家の浴室で男の死体を発見した。コナンたちの通報で駆けつけた目暮警部は、その家を捜索するが、死体のあった浴室には一滴の血痕すら残っていない。コナンたちに見られずに死体を運び出すのは不可能だと判断した目暮警部は、コナンの通報がウソだと判断するが…。

コナンたちが、資産家の丸伝次郎の屋敷に妻の浮気調査報告のために訪れていた時、伝次郎自身が何者かによって惨殺された。残された伝次郎の手帳に名前が書き込まれていたのは、小五郎、伝次郎の主治医・波多野、彫刻家の阿久津、そして居合の道場主・諏訪の4人。はたして、この中に犯人がいるのか？

「仮面ヤイバーショー」を見にデパートを訪れたコナンたちは、元太が大事なヤイバーのサインを忘れ閉店間際のデパートにとりに戻るが、出入口が閉まり閉店後のデパートに取り残されてしまう。警備室に行ったコナンたちは、そこでヤイバーとジョッカー軍団の着ぐるみ姿で閉店後のデパートを狙う強盗団に遭遇してしまう。

今日は新一と蘭の中学の恩師・松本小百合先生の結婚式。式の時間が迫り、小百合は控室に一人で残った。妙な物音がして、コナンたちが控室に戻ってみると、純白のウェディングドレスに身を包んだ小百合が苛性ソーダの混入されたレモンティーを飲み吐血して倒れていた。容疑者は新婦の控室に出入りしたものに絞られる･･･。

トップデザイナーの芦屋映子に街でファッションモデルにスカウトされた蘭。衣装合わせのためビルに行くと、秘書の美香がエレベーターの中で殺害されているのに出くわした。暎子は床に残った靴跡を見つけビル荒らしに殺されたのだと断定するが、コナンは映子がエレベーターのボタンをハンカチで拭いたのを見逃さなかった。

歩美が幽霊屋敷を見つけてきた。コナンたち少年探偵団は、さっそく幽霊退治に乗り出すことになった。そこは5年前に殺人事件があった家で、現在は空き家のはずだ。一人でトイレに行った光彦の悲鳴に続き、元太の悲鳴が聞こえた。本当に幽霊なのか？コナンは床の隠し扉に気づき開けると、扉の向こうは地下への階段だった。

人気アイドル沖野ヨーコ主演のサスペンスドラマのロケが米花神社で行われた。そのドラマの推理監修として協力することになった小五郎はゴキゲンだ。しかしその日の夜、コナンたちが神社の前を通りかかると、撮影助手の安西が狛犬の前で血まみれで倒れていた。手掛かりは血で書かれた「コマイヌ」の文字だけ。

旗本島に旅行に来たコナンたち。偶然、旗本島の旧家・旗本一族が貸切りにした豪華客船に便乗させてもらうことになった。一族の当主・豪蔵は今日の結婚式の途中から機嫌が悪く、自室に引き上げて行った。夕食に姿を見せない豪蔵を迎えに行くと、自室で殺害されていた。遺産分配をめぐっての争いだろうと推察されるのだが…。

旗本一族のチャーターした豪華客船内で、当主の豪蔵が刺殺され、孫娘の夏江と結婚式を挙げたばかりの花婿・武が犯人と疑われ、倉庫に監禁された。これで一件落着かと思われたが、惨劇の幕はまだ下りていなかった。第二の殺人が起き、武が監禁されていた倉庫の扉が開いていて、武の姿が消えていた。真犯人は一体誰なのか？

二か月前にコナンの推理で逮捕された保険金殺人犯・湯田が、刑務所を脱走した。いつものようにコナンが小五郎の声を使って事件を解決したのだが、そうとは知らない湯田は、小五郎を恨んでいた。逮捕された時に「この礼は必ずしてやる」と言った湯田の言葉を思い出し、蘭は小五郎の身を案じる。小五郎に魔の手がしのびよる。

蘭の同級生・直子が誘拐され身代金の受渡しが埠頭で行なわれたが、誘拐犯の車は逃走途中、直子を乗せたまま海中に転落してしまった。しかし引き上げられた車には、直子も犯人の姿もなかった。その後事件当日、埠頭の対岸で不審なクルーザーがいた事を知り、コナンは直子たちが生きていると確信し、推理をはじめる…。

コナンたちは、学校帰りに坂口家の愛犬ジョンと遊ぶのを楽しみにしていた。ある夜、コナンが小五郎と蘭と共に坂口家の前を通りかかると、犬の鳴き声と悲鳴が聞こえ、若い女性が飛び出してきた。家の中では倒れた男性と唸っているジョンの姿が。コナンや蘭には人懐っこいジョンが訳もなく人を襲うとは考えられないのだが…。

小五郎の大学の柔道部の同窓会が開かれることになった。昔のアルバムを眺め、思い出話に花が咲く。中道が皆を卓球に誘うと、かつて恋人だった由美は疲れたから休むと言って部屋に戻ってしまう。由美を除いた全員で卓球を楽しんだ後、一同は花火大会に。しかし部屋に戻ってみると、側頭部を銃で撃ち抜かれた由美の姿が。

小五郎の大学の柔道部の同窓会で柔道部のマドンナだった堀田由美が死んだ。旅館の自室で頭を銃で撃ち抜いていたのだが、数々の証拠から自殺に見せかけた他殺とわかった。犯人は同窓会に集まった小五郎の親友の四人の内の誰か。だが、この時間は全員が卓球をしていたというアリバイがある。小五郎のつらい謎ときが始まる。

コンピューター・ソフト会社の社長・大木田が死亡した。遺体に外傷はなく、毒物を飲んだ形跡もないことから、突然死だと思われた。しかしコナンは家中がコンピューターで快適な温度に管理されているはずなのに、遺体が多量の汗をかいている事に気づく。急激に温度が上昇しただけで心臓発作を起こすとは考えにくいのだが。

小五郎に高名な弁護士・巽から妻の浮気調査の依頼があった。しかし、その日、自宅で縛り上げられて空の浴槽に押し込まれていた巽の妻の遺体が発見された。死亡推定時刻に小五郎と一緒にいた巽には完璧なアリバイがあるはずだが、コナンは、何か釈然としないものを感じる。全ての推理の出発点は、あのホテルだ。

小五郎がゲスト出演した人気番組の生放送終了直後、プロデューサー・諏訪が、ミーティングルームで殺された。諏訪はここで番組終了後に司会の松尾と打合せをすることになっていた。番組降板の噂もあった松尾に目暮警部が問い正すが、生番組の司会をやっている自分に犯行は不可能だと自分のアリバイに自信たっぷりだ。

蘭が新一とデートだと言って、うれしそうに出かけて行った。「新一はオレなのに」とコナンは気が気でない。不安になったコナンは無理やり待ち合わせの喫茶店までついていく。客の観察をしているその時、トイレから男の絶叫が響きわたった。トイレの個室の中で心臓をナイフで一突きされた女性が血まみれで倒れていた。

川原にキャンプにやってきたコナンと少年探偵団の四人は、阿笠博士から宝物の在りかだという古い絵地図をもらいはりきって宝探しを始める。地図に従って森の中の目印をたどっていくと、途中で怪しげな二人組の男にでくわすが、男たちは四人を見てあわてて立ち去った。その後地図に書かれた暗号の謎を解いていくのだが…。

蘭とコナンは同級生・園子の別荘に招待された。そこには園子の姉と姉の大学時代の映画研究会の仲間も集まっていた。蘭が森の中で顔に包帯を巻いた男に斧で襲われた。そして山荘の電話線は切断され、吊り橋が落とされていた。その夜、コナンたちは森の中で、バラバラに切断された脚本家の知佳子の惨殺死体を発見する。

包帯男に蘭が再び襲われたことで、全員が食堂で夜明かしすることになった。知佳子が連れ去られた時に首に付けていたチョーカーを綾子が玄関で見つけ、知佳子殺しの謎が新たに浮上する。内部の犯行だとすると、蘭がなぜ二度までも襲われるのか。コナンは山荘に到着した時の出来事を思い出す。

歩美が歯科医・沢木葉子に歯を抜いてもらった夜、あるマンションで殺人事件が起こった。第一発見者は隣室に住む葉子。葉子には、歯科医院で歩美と一緒にテレビを見ていたというアリバイがあった。が、歩美は眠ってしまって番組の最初と最後しか見ていないという。コナンはどこかにトリックが隠されているとにらむが…。

小五郎に人捜しの依頼が来た。手掛かりは赤いスポーツカーのナンバーと、依頼人・典子が描いた似顔絵だ。信州でその男と知り合ったという典子の話に、小五郎は勝手に恋の相手だと決めつけるが、コナンは似顔絵の表情が陰険なのが気になった。コナンは小五郎にこのことを指摘するが、相手にされず一人で調査を開始した。

赤鬼村の火祭会場で、燃えさかる櫓の中から焼死体が発見された。殺人事件として捜査が始まったが、被害者の根岸は小五郎が阿部という男の依頼で3日間尾行をしていた相手で、しかも二人は互いに五億円の生命保険をかけていた。状況から、犯人は阿部に違いない。が、小五郎によって阿部のアリバイは完璧に証明されていた。

資産家の一人娘・四井麗花の誕生パーティーに招かれた小五郎と蘭、コナン。わがままな麗花の一言で、麗花の花婿候補と目されているヨットクラブのメンバー四人が家政婦の米、コナンたちと共に別荘に残ることになった。そんな中で麗花が行方不明になり、捜している最中に、二階堂が庭の噴水で溺死しているのが発見された。

人里離れた別荘で資産家令嬢・麗花の花婿候補の一人・二階堂が不審な溺死を遂げ、蘭までもが同様の手口で襲われた。行方不明だった麗花も浴室で溺死体となっていた。三件の犯行はこの夜別荘にいた同一人物によるものに違いない。全身ずぶ濡れの麗花の死体の状況から、コナンはシャワーを利用したトリックを見破る。

コナンと小五郎、蘭は米花高校野球部の遠征試合を応援に行った。相手は昨年の地区大会優勝校で、今年も優勝候補ナンバーワンの修好学園。試合は思わぬ展開で米花が逆転勝利したが、試合直後、修好学園の理事長室で昨年の優勝旗がズタズタに引き裂かれているのが発見され、校長は、野球部の大会出場を辞退すると宣言した…。

園子に誘われ、人気バンド「レックス」の打ち上げパーティーに参加した蘭とコナン。しかし、ボーカルの達也が、ヒット曲を熱唱した直後に吐血して倒れ、死亡した。死因は青酸カリ中毒。警察は昔のバンド仲間だったカラオケボックスの店長を疑うが…。コナンはカラオケボックスに全員を集め、店内放送を使って推理を始める。

毛利探偵事務所にコナンの母親だという女が現れた。蘭や小五郎の手前、ウソだとも言えず、コナンは女の車に乗り込んだが、コナンに母親などいるわけがない。案の定、女はコナンの正体が工藤新一だと知っていて誘拐したのだ。謎のベールに包まれていた世界的推理作家と元美人女優の新一の両親がついに登場する特別編。

小五郎と蘭、コナンは、山道で車が故障して困っていた、堀田重工の会長・堀田耕作を別荘まで送っていった。別荘では堀田の誕生パーティーが開かれるところだったが、息子たちがケンカを始めて険悪な雰囲気になった。その夜、堀田の寝室が爆破され、堀田が死亡。小五郎は行方不明になった次男を疑うが…。

高級住宅街で会社社長・児島郁子が顔にパックしたまま、ガウン姿で絞殺された。防犯カメラの映像とガードマンの証言から、死亡時刻が夜の9時すぎの18分間と推定される。容疑者は専務の吉岡、娘の千尋、証券マンの泉の三人。来客の予定があったのに、ガウン姿でパックをしているのは不自然だと気づいたコナンだが…。

雪山にスキーに来たコナンと蘭、小五郎は、貸別荘の鍵を無くして医大教授・大山将の別荘で電話を借りることにした。別荘には大山の弟子の助教授や助手たちが集まり、コナンたちも鍋パーティーに招待される。食後、一人別室でテレビを見ていた大山の惨殺死体が発見された。コナンは大山のダイイングメッセージに気付く。

元高飛び込み女子選手がオーナーであるスポーツクラブが新装オープンすることになった。その前日に招待されたコナン、蘭、小五郎だが、高飛び込みの代表選手の西条と他のインストラクターたちが対立しているところを目撃してしまう。その夜、西条の死体がプールに浮いているのが発見された。西条の死は事故か殺人か。

新一に会うために、蘭のところへ“西の高校生探偵・服部平次”と名乗る少年が押しかけてきた。風邪気味のコナンは服部に飲まされた中国酒でフラフラになる。蘭が服部をにらみつけているところへ小五郎の依頼人が訪れる。小五郎と蘭、コナン、服部の四人で依頼人の外交官宅へ出向くと、外交官は何者かに毒殺されていた。

服部に飲まされた中国酒のせいで気分が悪くなったコナンは、外交官・辻村勲の殺害現場で倒れてしまう。辻村を毒殺したトリックを暴いた服部は、辻村の父・利光を犯人だと決めつける。そこへ、突然、新一が現れ、服部の推理の間違いを指摘する。新一は、真犯人を突き止め、辻村夫婦の過去を掘り起こす。

図書館で逆向きにケースに入れられて包装された変な洋書を見つけたコナンは、ここの図書館の職員が行方不明になっていることを知る。警察は手掛かりを見つけられずに帰っていったが、コナンは少年探偵団の3人と一緒に閉館した図書館の内部を捜索する。そして児童図書の書棚で背表紙のない本に隠された麻薬を発見した。

お気に入りのアイドル・沖野ヨーコの推薦でチャリティーゴルフ大会に出場することになった小五郎は、早朝のゴルフ練習場にやってきた。ド下手な小五郎の練習にコナンが見飽きた時、サラリ－マンの4人連れが入ってきた。部長の橘がドライバーに持ち替え、振り下ろした瞬聞、激しい爆発音と共にもうもうと黒煙が上がった。

コナン、蘭、小五郎が一泊することになった山寺には、若い女をさらって高い木に登り、そこに死体を吊してその肉を食うという霧天狗の伝説が伝わっていた。修行僧たちは小五郎に、2年前に若い修行僧が伝説と同じような死に方をした事件を話そうとするが、和尚に一喝される。翌朝、和尚が高い梁から吊されて息絶えていた。

マンションのベランダで会社社長・井本が、日課にしていた太極拳の最中に何かで後頭部を一撃されて死亡した。マンションには、井本の妻・貴子、井本夫妻の仲人・土橋、マンションの住人で釣具店主の寺沢がいて、それぞれに殺害の動機がある。コナンはベランダの手すりについた傷から、釣り竿を使ったトリックを見破るが…。

小五郎が監修したゲームソフトの発表パーティーで、コナンは自分を小さい体にした黒ずくめの男たちの仲間らしい大男を見かける。手掛かりをつかもうと、尾行を始めると、大男はトイレで爆死した。爆発は大男がクロークでアタッシュケースを受け取った直後だったことから、コナンは大男の取引相手を捜し出そうと知恵を絞る。

温泉旅行から帰る途中、コナン、蘭、小五郎は乗換えの駅で殺人事件に遭遇する。殺されたのは、コナンたちと同じ列車に乗り合わせた医師会のメンバーで、並行して走っている別の路線の車内で毒物を注射されて死亡していた。コナンは、医師会のメンバー・伊達をあやしいとにらむが、別の列車の中にいては、犯行は不可能だ。

おじゃマンボウ清掃会社の専務が、落ちてきた鉄材で頭を打って死亡した。現場は会社近くの細い路地。日曜日の今日は社長の中山と秘書の麻木だけが出社していた。偶然現場に居合わせたコナンは、事故に見せかけた殺人事件のトリックに挑戦する。

小五郎と蘭と一緒に「シャーロックホームズ・フリーク歓迎ツアー」に参加したコナンだが、ツアーの主催者・金谷が車に乗ったまま崖から転落、炎上してしまった。孤立した参加者たちは一室に閉じこもるが、第2の事故が起こってしまう。ツアーに参加していた服部平次と共にコナンは犯人との知恵くらべをすることになった。

ツアーの主催者・金谷に続いて綾子が爆死。さらに、藤沢がアイスピックで襲われるに及んで、ツアーの参加者たちは戦々恐々としていた。犯人は残ったメンバーの中にいるのか、それとも、死んだはずの金谷なのか？服部平次と共に犯人のトリックを推理していくが、平次はコナンの正体に疑いを持ちはじめる。

商店街のイベント“初めてのおつかい大会”に記録係として参加した少年探偵団の面々とコナンは、参加者のひろしの突飛な行動にてんてこ舞。一度は姿を見失ったひろしをやっと見つけたかと思えば、今度はそのひろしに危険が迫る。本人が何も気付かないまま間一髪で難を逃れたものの、ついに何者かに連れ去られてしまう。

コナンと小五郎たちの目の前で女性イラストレーターがマンションのベランダから転落、死亡した。直前に師匠の花岡に予告電話をかけていたことから、投身自殺かと思われたが、コナンは転落前に女性が死んでいたと見抜く。一番怪しいのは、離れたデザイン事務所にいた花岡だ。自殺に見せかけるトリックの方法は一体何だ！

水軍伝説の伝わる瀬戸内海の小島・敷島では、7年前に金塊を積んで沈没したはずの小型船・竜神丸が浜に打ち上げられた。講演会を依頼されて島にやって来た小五郎は10億円の金塊探しも依頼される。が、小五郎の代わりにくす玉の紐を引いた村役場の職員がガソリンを浴びて火だるまになった。何者かが小五郎の命を狙ったのだ。

竜神丸のキャビンから灯台守・浜田の惨殺死体が発見され、現場で気絶していた小五郎に殺人容疑がかかった。島民たちの怒りに小五郎と蘭共々八つ裂きにされかねない不穏な雰囲気に、コナンは小五郎を麻酔銃で眠らせ、小五郎の声で小五郎がはめられた罠を暴き出す。小五郎を罠にはめた真犯人は金塊を狙っているに違いない。

映画「大怪獣ゴメラ」の撮影所を見学に行ったコナンと少年探偵団の子供たちは、ゴメラ役の俳優・松井の案内でセットや怪獣の着ぐるみを見て大喜び。が、松井がゴメラに刺され、逃げたゴメラを追うコナンたちは、スタジオでゴメラがシリーズの中止を決定したプロデューサーを刺殺するところを目撃する。

小五郎の刑事時代の先輩で暴力団担当の警部・寺岡からバーベキューパーティーに招待された小五郎、蘭、コナン。寺岡は暴力団の幹部から呼び出され、一人で会いに行くと言う。心配した小五郎は寺岡に付き添っていくが、寺岡が入っていったコンテナ置場から銃声が聞こえ、暴力団幹部・松山が喉を撃たれて死亡した。

ビアガーデンで誘拐事件に気づいたコナンは、小五郎、蘭と共に、脅迫されているらしい歯科医・遠藤を家まで尾行する。急患のふりをして入り込んだ3人は、4歳の息子・圭太が誘拐され、身代金を要求されていることを知る。圭太の監禁場所の手掛かりは「カニ」と「クジラ」。コナンたちは水族館やカニ料理店を調べまくるが…。

街灯の壊れている夜道で大学生が側頭部を鈍器で一撃されて死亡した。現場付近で凶器は発見されなかった。真っ暗闇の中で誰が、どうやって殺害したのか？直前まで前のマンションで一緒に酒を飲んでいた仲間と現場にいた友人、それぞれ動機はある。コナンは向かいのビルの屋上を利用した密室からのトリックに挑戦する。

公演を目前に控えた有名劇団に脅迫状が送られてきた。調査を依頼された小五郎たちの目の前で主演女優の大手祥子がリハーサル中に死亡する。服毒自殺を演じる心中シーンで青酸化合物を飲まされたようだ。衆人監視の中、祥子だけに確実に毒を飲ませる方法はあるのか？祥子殺しの動機を持つ容疑者が次々と浮上するが…。

コナンたちは阿笠博士の申し込んだ「伊豆ミステリーツアー」に博士の代わりに参加した。ツアーの中に紛れ込んでいる主催者を見つけ出すと、極秘のプログラムのフロッピーがもらえるという。謎の主催者はコナンの父・工藤優作の書いたミステリーの主人公・闇の男爵（ナイトバロン）に扮してツアー中に事件を起こすらしい。

ツアーに参加した7人はナイトバロンという名の幻のコンピューターウィルスのフロッピー目当てに参加したことが判った。そんな中、プログラマーの江原が転落死した。江原がナイトバロンの衣装を身に着けていたことから、ツアーの主催者は江原で、酒に酔った上の事故と見られた。が、衣装は何者かに着せられたことが判明。

ナイトバロンに襲われた警官は空手の達人だった。ナイトバロンは蘭のキックもかわしている。こんなことができるのは、空手の日本チャンピオンだった前田しかいない。コナンは死んだ江原の部屋の防犯ロックを外からかける方法を横溝刑事と小五郎に教え、小五郎たちは改めてツアーのメンバーのアリバイを確認する。

早朝からハイキングに出かけていたコナンたちは、若い男が変死した現場に遭遇する。男が飲んだと思われる毒入りの清涼飲料水は、小五郎が自動販売機から2本出てきたと喜んだ清涼飲料水と同じ商品だった。事件は自動販売機を利用した無差別殺人と考えられたが、死んだ男にはストーカーで警察に通報された前歴があった。

園子の別荘に招かれた蘭とコナンは、園子の姉の婚約者・富沢雄三を紹介される。雄三の父・哲治は隣の別荘の持ち主で、富沢財閥の会長だ。その夜、哲治が惨殺され、停電中の暗闇でコナンたちは偶然、殺害の場面を見てしまう。犯人の顔は、紛れもなく雄三のものだった。が、雄三にはそっくりな顔をした三つ子の兄弟がいた。

少年探偵団のメンバーたちと海に遊びにきたコナンは、春日財閥の御曹司・輝彦と恋人の忍と知り合い、モーターボートに乗せてもらって大はしゃぎ。夕方になって、コナンたちは先に帰ったはずの忍の名前と「SOS」とメッセージの入ったペットボトルを拾う。メッセージが本物だと考えた4人は、忍を捜して海辺の洞窟に入り込む。

映画「死神陣内」の主役・死神陣内を演じる俳優・南条隼人の元に死神陣内の名で殺人予告状が届けられた。警護が南条の事務所を取り巻く中、映画と同じ死神陣内の扮装をした人物が現れたが、コナンのキックも小五郎のタックルもかわして逃走する。その直後に銃声が響きわたり、南条が事務所で射殺死体となって発見される。

金融会社の社長・肥田が毒殺された。肥田は一人で残高の確認をしていた。被害者の親指と数枚の札から毒物反応が検出され、札を数える際に親指をなめる被害者のクセを知っている者の犯行と思われる。が、肥田の親指、札、ドアノブ以外から毒物反応は出てこない。密室の中で、誰がどうやって肥田の指だけに毒を塗ったのか？

名家・長門家の当主・長門道三の誕生パーティーに呼ばれた小五郎は、道三の初恋の人を捜してほしいと依頼された。その夜、道三の次女・康江の夫、光明が何者かにベランダから突き落とされて死亡。その直前に包丁を口にくわえた長男・秀臣が目撃されている。コナンは服部平次と二人で事件の真相を探り始める。

池の底から秀臣の死体が発見され、事件をほのめかすかのような遺書も見つかった。鑑識の結果から、光明を殺害した直後に入水自殺したものと思われたが、コナンと平次は遺書の文面に不自然な箇所を見つける。秀臣の部屋で事件前日に録音された留守番電話のメッセージを聞いた二人は、推理を裏付ける遺留品を発見する。

閉店間際の銀行で、コナンは蘭、園子と銀行強盗に遭遇する。拳銃を持った犯人は、背後から殴りかかろうとした行員を射殺。銀行内がパニックに陥った隙をつき、別の行員が飛びかかって犯人を射殺してしまう。犯人を倒した行員の勇気ある行動で解決したと思われる事件だが、コナンは何か不自然なものを感じて調査を始める。

コナンが捕り損ねた野球の打球が絵を描いている男のキャンバスに当たった。男はコナンが見覚えのある画家で、記憶喪失のようだ。突然苦しみだした男を、病院に運ぶが、男は病院を抜け出し、翌日、絞殺死体となって発見される。遺体の鞄の中に銀杏の葉が入っているのを見たコナンは、少年探偵団の仲間たちと調査を開始する。

武道館でのコンサートの開幕直前に、人気デュオ・TWO－MIXの二人が誘拐された。事件を目撃したコナンと少年探偵団の子供たちは、犯人から連絡役に指名され、大はりきりで事件解決を目指すが……。コナンの声を担当する高山みなみが参加し、ヒットチャートをにぎわせているTWO－MIXが劇中に登場。

誘拐されたTWO－MIXを救出するため、歩美になりすまして犯人に新曲のデモテープを届ける役目を買って出たコナン。だが、コナンに手柄を独り占めされたくない元太たちは目暮警部にコナンの行方をたどる追跡メガネを渡さなかった。自分たちだけで事件を解決しようと、TWO－MIXが監禁されている倉庫までたどりつくのだが…。

ある夜、ケガで入院中の小五郎が病室の窓ごしに殺人を目撃した。あわてて警察を呼び、現場と思われる病室に急行するが、そこには死体はおろか、事件の痕跡は何もなかった。精神科の医師・白井はストレスによる幻覚だと決めつけるが、コナンは小五郎が見たのは窓ガラスを利用したトリックだったことに気づく。

スキー場で小学校時代の恩師・米原と出会ったコナン、蘭、園子は、米原が現在の教師仲間と借りた貸別荘に招侍される。吹雪で別荘に足止めされたコナンたちは、押しかけてきた新聞記者から3年前に米原の学校で何か事件があったことを聞く。険悪な雰囲気になる教師たち。その夜、米原と園子が何者かに襲われる。

猛吹雪に閉じ込められた山荘で、蘭たちの恩師・米原の同僚・杉山が死体となって発見され、自室に閉じこもっていた下田も殺された。下田の首には縄で絞められた跡がくっきりと残っているが、どこからも縄は出てこない。犯人は下田の部屋のそばにいた3人の中にいる。コナンは手掛かりを求めて山荘の周辺を再調査するが…。

ワイドバンドレシーバーで誘拐犯の脅迫電話を聞いてしまったコナンと少年探偵団の子供たちは、レシーバーから聞こえてくる情報だけを頼りにどこの誰とも判らない被害者と犯人の居場所を突き止めようとする。犯人は川田という男に娘を殺されたくなかったら言うことをきけと、無茶な要求を次々に突きつける。

北海道でツルを観察していたコナンと蘭、小五郎は、ツルの世話をする老人と出会う。老人の家に招待されたコナンたちは、老人が引退した実業家で、全財産をツルのために村に寄付するという遺言書を作成中だということを知る。老人の弟と子供たちは猛反対。手続きが終了する直前に老人はボウガンの矢で射抜かれ、死亡する。

吸血鬼の小説で有名なホラー作家･虎倉大介の依頼でドラキュラ荘と呼ばれる彼の山荘を訪れた小五郎と蘭、コナンは、豪雨のために山荘に一泊することになった。その夜、一人で書斎にこもっていた虎倉は、ドラキュラの衣装を身に着け、十字架上で白木の杭を胸に打ち込まれていた凄惨な死体となって発見される。

ホラー作家･虎倉大介を惨殺した犯人を特定するためには、殺害現場である書斎が完全な密室状態にあったという謎を解かなくてはならない。この夜、山荘にいた虎倉の妻たちの前で、小五郎は謎解きをしてみせると豪語する。案の定、小五郎の推理は的外れだったが、全員に殺害の動機と機会があったことが判明する。

生け花アーティスト・岡野利香に殺人を予告する脅迫状が届いた。脅迫状には、利香の世界芸術大賞受賞パーティー会場となる紅花ベイサイド・ホテルに｢死の花が咲く｣とある。パーティー当日、会場を訪れた小五郎、蘭、コナンの3人はホテルの支配人の死体を発見する。小五郎と目暮警部は遺体の状況から絞殺と断定するが…。

骨折で入院した小五郎の病室に銀行強盗の容疑者が入院していた。被害にあった銀行の行員の父親も同室で、強盗の仲間たちは行員の娘を人質に、仲間の口封じをするよう脅迫していた。容疑者を監視する警官の中にも仲間が紛れ込んでいて、行員は通報することもできずにいる。動揺する行員の姿に事件を見抜いたコナンだが……。

小五郎のもとに奇妙な依頼が舞い込んだ。半年前、見事な手際で殺人を実行し、姿を消した名うての殺し屋･狐(フォックス)に間違って自分の殺しを依頼してしまったというのだ。殺人を阻止し、狐を捕らえるために、依頼者の不動産会社社長が実行を指定した山の縦走にコナンたちも同行することになる。

殺し屋･狐の標的ではないはずの大学生･平井が殺され、山小屋で恭子の死体が発見された。恭子も背中にナイフを突き立てられていて、狐の第2の殺人かと思われた。小五郎は自分の正体を明かし、犯人捜しを始める。コナンが恭子の正体に勘づいた時、恭子の連れの河辺と依頼人の潮、山小屋の管理人の老婆の姿が消えていた。

スキーに来たコナンたちは、古びた民宿に泊まることになる。他の宿泊客はドラマで雪女を演じた女優・木下明子と専属のスタント･ウーマン浅沼洋子だけだ。蘭が露天風呂で雪女の幽霊を見た夜、明子が遺書を残して姿を消した。翌朝、雪女の衣装を着た明子の凍死体が発見され、睡眠薬を飲んだ上での自殺と思われるが…。

酔って帰宅中の小五郎は、中学校の裏手で知り合いの佐知子と出会う。あわてた様子で車に乗り込もうとしていたが、なぜか小五郎をドライブに誘う。大喜びの小五郎だが、ドライブから戻ると佐知子のルームメイトが自宅のマンションで殺されていた。小五郎の証言で佐知子のアリバイは成立。事件は強盗殺人事件かと思われた。

変死した世界的なマジシャン･九十九元康の妻が、蘭の母・妃英理の紹介で小五郎を訪れた。夫の死の真相を調査してほしいというのだ。巧妙なトリックと痛ましい犯行の動機を見事推理したコナン。だが、蘭はそんなコナンの様子を見て、コナンの正体が新一だという確信を強める。蘭に詰め寄られたコナンは…。

市川産業の会長･市川孝太郎に呼ばれた小五郎は、二人の娘の行動を監視してほしいと依頼される。親族会で小五郎は、性格の悪そうな長女と次女の様子をうかがう。コナンは長女･一重が地下室でワインに毒を注入するのを目撃するが、何者かに襲われ意識を失う。が、その間に孝太郎は一重が勧めたワインを飲んで急死してしまう。

小五郎は人間国宝の陶芸家･菊右衛門に招待され、コナン、蘭と共に東京郊外の家を訪れた。小五郎のファンだという菊右衛門老人は高価な作品を惜しげもなく小五郎に与え、歓待する。小五郎に見せようとした新作の壺「風水丸」が割れてしまい、落胆する菊右衛門。翌朝、とんでもない事件が小五郎とコナンを待ち構えていた。

人間国宝の陶芸家･菊右衛門の息子の嫁･益子の死は、新作の壺「風水丸」を壊したことを苦にしての自殺かと思われた。が、素足で首を吊っていた益子の足が汚れていないことに気づいたコナンは、一人で殺人事件の証拠探しを始める。益子をワナにかけ、自殺に見せかけて殺した犯人をコナンは追い詰めていく。

蘭たちの中学の先輩だった内田麻美が新一の留守宅を訪ねてきた。新一を誕生パーティーに招待したいのだという。新一の代わりに園子、小五郎、コナンがそのパーティーに参加することに。麻美の誕生パーティーは、盛り上がったが、寝込んでしまった麻美を残して全員でカラオケに行っている間に別荘が火事になってしまう。

蘭のおかげで麻美は一命をとりとめた。ケーキのローソクの火が何かに引火したのが火事の原因らしい。消し忘れの事故か、それとも麻美自身が火をつけたのか？コナンは火事の前後で別荘の家具の配置が変わっていることに気づき、焼け跡を調べ始める。そして、燃え残ったファックス用紙から仕組まれた火事のトリックを見破る。

探偵の心得を教えてほしいという時代劇俳優の土方幸三郎の自宅マンションに招かれた小五郎とコナン、蘭は、離婚騒動の渦中にある土方の妻・永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで変死するのを目撃する。沖田は勇美の不倫の相手と噂される俳優だ。一人で部屋にいたと言い張る沖田は、身の潔白を主張するが…。

時代劇俳優の土方幸三郎の妻・永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで絞殺され、現場の状況から沖田が犯人と思われた。だが、真犯人は巧妙なトリックを使って沖田の犯行に見せかけていた。コナンは詰めかけた取材記者たちの前で小五郎に麻酔銃を撃ち込み、事件の全貌を解き明かす。

小五郎はミステリー作家の中村操という人物から、死んだ祖父から譲り受けた洋館で不思議な出来事が続いているという手紙を受け取り洋館を訪れた。有名な時計職人・出淵紋時郎の家だったという洋館の内部は、動物の絵や飾りのついた食器と家具、様々な時計が所狭しと並べられていた。

時計職人・出淵紋時郎が住んでいたという洋館は、やはり妙な家だった。1時10分に鳩時計から3匹の鬼が飛び出して鳴き始める。屋根裏部屋で人の気配がしたり、書斎にファイルしてあった犯罪記事も気にかかる。コナンも小五郎も謎の意味がつかみきれないでいると、蘭が家の中にライオンだけが飾られてないことに気づく。

有名な賞を受賞した報道写真家・柳瀬隆一と授賞式で知り合ったコナンたちは、柳瀬に付きまとうルポライター中井の姿を見かける。その夜、中井が｢命を狙われている｣と小五郎に電話をかけてきた。コナンが中井のマンションに行くと、火ダルマの中井が転落してくる。向かいの高速道路では、柳瀬がこの光景を写真に収めていた。

洋館の庭に野球のボールを入れてしまったコナンたちは、ボールを取らせてもらおうと頼みに行くが、洋館の主･綿貫義一に追い返されてしまう。しかたなく毛利探偵事務所に戻ると、テレビの「仮面ヤイバー」に出てくるモグラ星人そっくりの幸田という男が小五郎を訪れ、綿貫に殺された妹が庭に埋められていると言いだした。

謎の洋館の主･綿貫が妹を殺して庭に埋めたと言い張っていた幸田が、宝石店に強盗に入った。逃走中の幸田はマンホールを利用して綿貫邸に入り込み、庭のあちこちを棒で突き刺している。コナンは張り込み中の歩美たちと合流し、幸田に自首を促す。幸田は駆けつけた目暮警部に、盗んだ宝石は分散して庭に埋めたと告白する。

歩美をひいて逃げた黒塗りの車を追いかけたコナンと元太、光彦は、休業中の工場の前で車を見失ってしまう。が、2、3分後にまた現れた車はコナンたちの目の前で交番に乗り付け、運転していた宍戸という男が自首をした。そのころ、車を見失った工場内で社長の刺殺体が発見され、宍戸が工場の元従業員だったことが判明する。

蘭は園子の代わりに1日だけフランス料理の教室に習いに行くことになった。有名な料理研究家･上森美智が自宅で開いている教室には、蘭の他に三人の生徒が集まっていた。コナンと小五郎も試食につられてついて行ったが、美智は気難しく、生徒たちや助手を怒鳴り散らしている。突然家の明かりが消え、美智が苦しみ始める。

有名な料理研究家・上森美智は、細い針のような凶器で何者かに背中を刺されて死亡した。授業に参加していた蘭以外の3人の生徒と助手の祐子の4人全てが、殺人の直前に家の明りが消えるように氷を使って配電盤に細工をすることは可能だった。しかも、それぞれに美智に恨みを抱いているようで、全員に動機がある。

元太と光彦が｢この学校は呪われている｣と言い出した。夜になると不思議なことが起きるようになったというのだ。歩美も夜の教室で不審な人影を見たが、相談した教頭先生が学校に出てこなくなったとおびえている。コナンと少年探偵団は謎を解明しようと夜の学校に入り込み、真相を突き止めることにする。

道に迷って偶然訪れた海辺の町で、コナンと蘭は若い女性の水死体を発見する。足首に重りの石を結びつけ、外傷も見当たらないことから、検死を担当する医師の田中は自殺だとほのめかす。水死した女性・光子の親友・智子は、その田中が殺したのだと主張するが、光子の死亡推定時刻の田中のアリバイは小五郎の証言で成立する。

蘭は父・小五郎と別居中の母・英理を別々に伊豆のホテルに誘い、久々に家族そろっての夏のバカンスを計画した。計画通りに進んで大喜びの蘭だが、知らずに鉢合わせした小五郎と英理は大あわて。さっそく、夫婦ゲンカを始めてしまう。そんな時、小五郎が知り合ったダイビングサークルの女子大生が海で溺れ、仲間が救助する。

蘭が計画した父・小五郎と別居中の母・英理と家族そろっての夏のバカンスは散々なことになってしまった。小五郎と英理は険悪なムードだし、海で溺れたダイビングサークルの女子大生は、ウミヘビに咬まれて意識不明の重体のままだ。計画的な殺人だと見抜いたコナンは、被害者の貴和子の仲間4人の中に犯人がいるとにらむ。

ある夜、毛利探偵事務所に人気推理小説家の新名任太朗の娘が訪ねてきた。彼女によると新名夫妻は2ヶ月前から行方不明となり、原稿だけが毎週同じ時間に編集部にファックスで送られてくるという。編集部へ向かったコナンは、作品の中の本人が登場するシーンを見て、それが作者からのメッセージだという事に気付く。

行方不明のミステリー作家・新名任太朗夫妻はどこかに監禁されているのか？コナンは新名の原稿に登場する新名本人のセリフが暗号になっていることに気づく。最初のセリフから読み取れるのは｢助けてくれ…｣。だが、その後のセリフの解読ができない。犯人が新名夫妻を監禁している目的は何なのか？コナンはあせる。

服部平次の招待で大阪見物を楽しむはずだったコナンと蘭、小五郎の3人は連続殺人事件に巻き込まれてしまう。コナンたちの乗ったパトカーの上に死体が落ちてきて、同じ手口の殺人事件がこれで3件目だということを知る。平次はコナンが犯人に刺される夢を見たと言うが、コナンは4件目の殺人事件にもかかわってしまう。

コナンは小五郎・蘭・歩美・元太、光彦と一緒に食事に行く途中で人気テレビ番組｢仮面ヤイバー｣の登場人物の格好をした若者と出会う。若者に番組のファンクラブの仮装パーティーに招待された小五郎と子供たちだが、メンバーの一人が拳銃を持って乱入し、レンジャーポリス姿の本田を撃ち、自分も自殺するのを目撃してしまう。

小五郎は以前の依頼人、山崎開発の女性社長の招待でコナンと蘭を連れて岩美渓谷沿いの社長の別荘を訪れた。山崎社長は岩美町の町長と提携してスパリゾートの建設を計画している。が、前祝いの酒宴の最中に二階の自室で山崎社長がスズメバチに襲われ、ベランダから崖下に転落、死亡してしまう。

沖野ヨーコのコンサートのチケットを落としてしまった小五郎は、コンサートに行けなくなったと嘆いている若い女性・青島全代を見つける。全代はチケットを譲る代わり自分と妹を車で会場まで送ってほしいという。自宅まで妹を迎えに行った小五郎たちは、ガムテープで目張りされバスルームで死んでいる妹・美菜を発見する。

ガムテープで目張りされ、密室状態になった浴室で発見された青島美菜の死を、目暮警部と小五郎は自殺と断定した。が、コナンは自殺に見せかけた殺人事件だと確信していた。犯人を追い詰めるためには、犯行後に密閉された浴室から脱出する方法を突き止め、犯行の決定的な証拠を発見しなくてはならない。

大人気のお天気お姉さん・浅野亜紀のメッセージを聞いた元太たちは、亜紀に会いにテレビ局を訪れる。亜紀はコナンのポケベルの番号を控えて｢仕事を頼む時は連絡する｣と約束。が、亜紀は電話に呼び出されたきり行方不明になり、代役を立てて番組が始まってしまう。そして、コナンのポケベルに謎の数字が次々と表示される。

会社社長・石本は何者かに｢殺してやる｣と脅迫されていた。犯人を捜してほしいと依頼された小五郎の目の前で石本が銃で撃たれ、石本の後側にいた来賓の代議士・高田の胸に弾丸が当たり、高田代議士は死亡した。コナンはパーティー会場で挙動不審だった男が照明用の足場に立っているのを目撃するが…。

パーティー会場で小五郎が調査を依頼された会社社長･石本に向かって発射された銃弾は、高田代議士の胸を貫いて死亡させた。犯人と思われる挙動不審の恐喝屋･平岡の転落死体が翌日発見され、事件は解決したと思われた。石本は平岡に脱税をネタに脅迫されていたと告白するが、コナンは事件の真相は別のところにあるとにらむ。

蘭のクラスに旅回り一座の二代目座長･玉之助という美少年が転校してきた。一座の通し稽古に招待された蘭は園子とコナン、歩美や元太、光彦を誘って見に行くが、玉之助と座員たちの間が何かギクシャクしている。公演を5日後に控え大急ぎで新作の台本を執筆中だった玉之助一座の座付き作家･近石が何者かに殺害されてしまう。

旅回り一座の座付き作家が殺されたのに続き、女性座員の一人が殺され、二代目座長・玉之助も何者かに襲われて負傷してしまった。警察は一座の経理係も兼ねていた被害者の糸江が不正経理が発覚するのを恐れて玉之助を襲ったと考えているらしい。コナンは、玉之助と糸江のほかにもう一人の人物が現場にいたと推理する。

銀行の裏口で現金輸送車の襲撃事件に出くわしたコナンは、ターボエンジン付きスケボーで犯人を追跡するが見失う。単なる強盗事件として捜査が開始されたが、犯人の一味と思われるガードマンと元レーサーが殺され、遺留品の口紅から銀行窓口のお姉さんに容疑がかかる。この事件にはもっと裏があると見抜いたコナンだが…。

コナンのクラスに灰原哀という名の奇妙な少女が転校してきた。クールな態度で歩美たちをあしらう哀だが、コナンだけには興味を示す。少年探偵団に依頼された事件の調査に哀を誘い、コナンと一緒に同級生の俊也の兄を救い出し、事件を解決する。その復路、哀を家まで送る途中でコナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く。

元日の国立競技場にサッカーの天皇杯決勝を観戦に行ったコナンたちの目の前でサッカーボールに銃弾が撃ち込まれた。この銃弾は身代金を要求する脅迫電話の犯人が、脅迫が本物だと見せつけるためのものだった。犯人の指示通り、現金が入ったバッグが用意され、駆けつけた刑事たちが競技場内で張り込みをするが…。

五千万円の身代金入りのバッグを持ち去ろうとした犯人は刑事たちに取り押さえられたが、床に転がっていた携帯電話からもう一人の犯人が仲間の解放と、さらに10億円の現金を要求してきた。試合終了までに金を用意しなければ観客を殺すという。目暮警部は捕らえた男を解放し、大観衆の中に潜むもう一人の犯人の姿を捜すが…。

園子がインターネットでアクセスしている「奇術愛好家連盟」の集まりが雪の山中にあるロッジで開催された。蘭も園子と一緒に参加することになり、小五郎とコナンは車で二人を送っていく。その帰り道、カーラジオのニュースで蘭が参加している集まりのリーダーが自宅で殺されたことを知り、あわててロッジに引き返すが…。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりは連続殺人事件の様相を呈してきた。ボードリーダーの西山が自宅で殺されたのに続き、雪の山中で孤立したロッジでは浜野の死体が雪の降り積もる裏庭に放置されていた。疑心暗鬼に陥るメンバーから西山と影法師との口論のいきさつを聞いたコナンは第三の事件に身構えるが…。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりで二人が殺され、蘭と園子までがボーガンの矢で狙われた。林の中に落ちていたボーガンと、木の幹に空けられた穴、矢が撃ち込まれた風呂場の外に落ちていたホチキスの針。犯人の正体とトリックを見破ったコナンはひもやホチキスなどの小道具を集め、謎解きの準備を始める。

歩美は「緑美容室」の美容師・美香から自宅でカットしてあげるという申し出を受け、コナンたちと一緒に美香のマンションに行く。が、美香は何者かに殺されていた。美香の首の前方にだけ索条痕があり、美容室の店長・緑の態度に不振を抱いたコナンは、緑が気にしていた不燃ゴミ置き場を捜索するが…。

阿笠博士とキャンプに来たコナンたちは、森の中にそびえ立つ西洋風の城に迷い込み、城の主人・間宮満の招きで城に一泊することになる。間宮家の長女で満の妻が焼死したという不気味な塔、チェス盤をかたどった庭など、いわくあり気な事件や事柄が続いている城らしい。コナンは怪しげな雰囲気漂う城の内部を捜索するが…。

キャンプの途中で見つけた古城に一泊することになったコナンたちは、いわくあり気な住人たちから、宝の在り処を示すらしい城の謎を聞かされ、興味を持つ。が、早々にコナンが行方不明になり、阿笠博士までもが姿を消してしまう。残された哀、歩美、光彦、元太の子供たち四人は自分たちだけで二人を捜し出そうとするが…。

小学校の創立記念日にコナンと、哀、歩美、元太、光彦の5人は、リバイバルの映画「大怪獣ゴメラ」を見に行く。この映画館は不動産屋の張田の嫌がらせで閉館に追い込まれ、今日が最後の上映だという。コナンも昔に戻って映画を楽しもうとするが、映画の上映中に首を吊った張田のシルエットがスクリーンに映し出される。

コナンたちが見に行った映画館で、上映中に首を吊った男のシルエットが映し出され、自殺、他殺両面での捜査が始まった。遺体で発見された不動産屋の張田は、この映画館を閉館に追い込んだ張本人だ。多額の借金を苦に自殺したと考える目暮警部たちだが、コナンは光彦の証言から、何者かがトリックを使って殺害したとにらむ。

風邪で学校を休んだ歩美が、一人で留守番をしていると、何者かがマンションに侵入してきた。逃走中の強盗殺人犯だと思い込んだ歩美は押し入れに隠れ、コナンたちに少年探偵団バッジでメッセージを送る。声の出ない歩美はおもちゃのピアノの音と目覚まし時計の音声を組み合わせてSOSを伝えようとするのだが…。

コナンのライバル、服部平次が結婚式に出席するため上京した。ガールフレンドの和葉と一緒に東京見物がしたいと、小五郎、コナン、蘭を呼び出す。結婚式で花嫁になる楓と、森園家の執事・重松に出会い、コナンたちと平次、和葉は森園家に招待される。豪華な食事を振る舞われた5人は、帰り際、殺人事件に遭遇する。

森園家の執事･重松は密室で殺害された。容疑者は犯行時刻に屋敷にいた森園家の当主･幹雄、息子の菊人、娘の百合江、そして菊人の婚約者･楓、重松を父のように慕う使用人の桜庭の五人に絞られた。コナンと平次は、凶器を発見したことを伏せたまま、関係者全員の前でトリックを再現して犯人を告げる…。

園子に付き合って、蘭とコナンは星美山保養所に星を見るためにやってきた。やはり天体観測に来ていた宇宙科学専攻の大学院生3人と知り合うが、大きな賞を受賞したばかりの野中が天体写真を撮影中にテレビ中継塔から転落死。コナンたちは望遠鏡のレンズごしに転落の瞬間を目撃するが…。

北海道に招待されたコナン、蘭、小五郎の三人は“北斗星3号”のA寝台で優雅な列車の旅を楽しむはずだった。食堂車で出会った宝石店オーナーは強盗を撃退した事件で話題の人物だったが、乗客の一人に射殺される。コナンは宝石強盗とこの殺人事件が幼い時に読んだ父・優作の未発表小説と同じ筋書きだということに気づく。

車内で出雲を射殺し、逃亡した犯人と思われる男・浅間の死体もトンネル内で発見された。コナンの父・優作の未発表小説の筋書き通りに進む事件に疑問を抱いたコナンは、列車に潜入していた母・有希子と協力して調査を始める。問題の原稿は銀行強盗事件に巻き込まれた編集者が浅間たち強盗団に奪われたものだった。

コナンたちは事件の証言をするため警視庁に行った。応対してくれた高木刑事は先輩の佐藤刑事に片思いをしているらしい。そんな時、強盗の被害にあった銀行の支店長が二人の刑事を訪ねてくる。支店長が自宅に電話すると妻の悲鳴が聞こえ、支店長宅に駆けつけると、エアロバイクの横に支店長夫人の遺体が横たわっていた。

銀行の支店長の増尾が警視庁に事情聴取に来ている時に、彼の妻が自宅で殺害された事件は、銀行の襲撃犯の犯行という線で捜査が続けられている。コナンは増尾が犯人だと確信し、本棚とエアロバイクに残されたわずかな痕跡から増尾の完璧なアリバイを崩し、十数キロ離れた自宅にいる妻を殺害するためのトリックに挑む。

遊園地の絶叫マシーンに一番乗りしようと、コナンと少年探偵団の子供たちは早朝の市電に乗り込んだ。他に乗客は鉄道研究会の大学生３人だけ。途中下車して線路脇で市電の写真を撮り始めた大学生の一人が乗っていた脚立が倒れ、市電は急停止する。その学生は無事だったが、車内では、もう一人の学生が血まみれで倒れていた。

小五郎は蘭とコナンを遊園地に連れてきた。が、蘭は違う遊園地に行きたかった上に、小五郎の目的が近くの競艇場だったと知って大憤慨。罰として小五郎にバンジージャンプを命じる。クレーンの上で小五郎が躊躇していると、アトラクションの「仮面ヤイバー・ショー」の俳優が先に飛び降りた。見物の子供たちは大喜びだが…。

小五郎はコナンと蘭を連れて、学生時代に家庭教師をしていた教え子の崎原恵に会いに行った。再会できた喜びも束の間、小五郎たちの目の前で車が爆発、恵の妹・寛美が死亡する。車は恵のもので、ガレージから出すのを手伝った寛美が犠牲になった。小五郎は恵のためにも、必ず真犯人を捕まえると決意するが…。

小五郎の教え子だった恵の夫･崎原は、高橋という男と互いの妻を殺す交換殺人を計画し、実行した。が、高橋が仕掛けた爆弾で死亡したのは恵の妹･寛美だった。崎原と高橋は犯行を認め、事件は解決したかに見えた。コナンは恵が高度な運転技術を持つことを知り、事件にはまだ裏があると睨む。

蘭がバスで知り合った老人が突然いなくなった。心配した蘭は老人を捜すが、その足取りは全くつかめない。同じバスで居眠りをしていた園子は最初からそんな老人はいなかった、蘭が寝ぼけたのだと決めつける。が、帰宅した蘭のポーチの中に見覚えのないMOが入っていた。コナンはMOの調査を阿笠博士に依頼するが…。

蘭とコナンを誘って伊豆の海岸にやってきた園子の目的は、言わずと知れた男探し。今回はわざと古びた旅館に泊まって、お嬢様のイメージを払拭しようと涙ぐましい努力を重ねる。そんな園子にキザな大学生・道脇が言い寄ってきた。道脇は園子たちをレストランに誘い、1年前の女性刺殺事件を話して聞かせる。

せっかくのバカンスだというのに、殺人事件に遭遇するわ、旅館で襲われるわで、園子は散々な目にあった。道脇に誘われて呪いのレストランに出かけた園子にまたしても危険が迫る。駐車中の道脇の車が、眠っている園子を乗せたまま動き出したのだ。車が崖下に転落する間際に、蘭が窓ガラスを蹴破り園子を救出するが…。

小五郎は学生時代に住んでいたアパートの大家・光江に相談があると呼び出され、コナンと蘭を連れてきれいなマンションに改築されたかつてのボロアパートを訪れる。光江は同じフロアの別室に住む孫の真がふさぎ込んでいる理由を聞き出してほしいという。光江と共に真の部屋に入った小五郎たちは、浴室で真の遺体を発見する。

コナンたちが学芸会の練習をしているところへ佐藤刑事に追われた殺人事件の容疑者・東田が逃げ込んできた。歩美を人質にして逃走する東田を追い詰めて逮捕した佐藤刑事だったが、手違いから杯戸美術館のトイレに東田と共に手錠でつながれてしまう。身動きの取れない佐藤刑事は、高木刑事とコナンたちに真犯人探しを頼む。

佐藤刑事に逮捕された被疑者の東田の無実の訴えを証明するため、再調査を始めた高木刑事とコナンたちは、被害者の村西真美の部屋と、同じマンションの東田の部屋を調べた。そこで4つの疑問浮かび上がった。手錠でつながれたまま身動きの取れない佐藤刑事と東田がいる杯戸美術館は、阿笠博士が解体ショーで爆破する予定だ。

環状線に乗ったコナンと小五郎、蘭の3人は乗客の女性が遺体で発見されたところに居合わせる。遺体を発見したのは女性の同僚3人で、死亡した橋本清美は先に帰宅したはずだった。清美は車内で死亡し、環状線を一周してしまったらしい。清美の耳に毒物を注入されたような痕があり、小五郎は殺人事件の可能性があるとにらむ。

蘭とコナン、小五郎は懸賞で伊豆の旅行が当たり、新規オープンのホテルにやってきた。ホテルは立派な五重塔のある幻塊寺という古い寺のある丘の麓に建っている。この寺には戒律を破ると五重塔の祟りがあるという言い伝えがあるという。翌朝、五重塔からつり下げられた観光会社のオーナーの遺体が発見される。

観光会社のオーナー・小田の死は、祟りを恐れる幻塊寺の関係者をパニックに陥れた。地元警察は自殺の線で捜査を進めるが、境内の草むらに落ちていた小田のネクタイピンと、服に付いていた草の種から、コナンは小田が草むらで殺害されたと確信する。だが、遺体を塔の先端まで吊り上げたトリックが分からない。

コナンたちは料理が船に載せられ店内の水路を通って部屋に運ばれるという趣向で評判の料亭・流水亭にやってきた。コナンは料理を運ぶ船の動きに興味津々。そんな時、隣の部屋の三人連れの一人が別の客室で刺殺される。死んだのは大学の助教授で、この日は彼の昇進祝いだったという。コナンは船を使ったトリックを疑う。

沖縄旅行を楽しむために少年探偵団の子供たちとコナン、蘭、小五郎は羽田空港からジャンボジェット機に乗り込んだ。コナンの寝顔を見て、蘭は１年前の新一との旅行を思い出す。新一の両親に招待されて二人でロスに向かったその機内で起こった殺人事件は、高校生探偵・工藤新一のデビューを飾った記念すべき事件でもあった。

阿笠博士は伯父が残した別荘にコナンと少年探偵団の子供たちを招待し、隠されている宝を探してほしいと頼む。コナンは50年間誰も足を踏みいれていないはずの別荘に何者かが住み着いていた形跡に気づく。だが、このことは不思議な記号が書かれた食器のかけらと共に博士が仕組んだ宝探しゲームの筋書きにはないものだった。

別荘から不思議な記号のついた品物が10個も発見され、同じ模様のついたハガキが伯母に送られてきたことを阿笠博士が思い出したことから、コナンは暗号を解く手掛かりを見つける。暗号を解き、屋根裏に通じる隠し階段を発見。屋根裏部屋を探索するコナンたちの背後に、おもちゃを壊した犯人の影が忍び寄る。

町内の子供会で人形劇をやることになったコナンたちは、他の子供たちと高原のペンションで合宿することになった。演出をする青年と知り合いの光彦は大はりきりで練習に口を出し、子供たちの反感を買う。休憩後、練習を再開する時間になっても三丁目の子供たちと演出の青年が姿を見せず、人数分の人形も消えてしまった。

事件を依頼された小五郎と、コナン、蘭は絡繰峠の蜘蛛屋敷と呼ばれる鳥取県の旧家・武田家に向かう途中、服部平次と和葉、米人カメラマンのロバートを拾う。武田家当主の信一は、先日納屋で首を吊った出入り業者の根岸を殺した犯人を見つけてほしいと言う。その夜、信一が人形倉の梁から首を吊った無残な姿で発見される。

人形倉の梁に吊された絡繰人形の匠で武田家当主の信一の死は、蜘蛛御前の祟りに見せかけた殺人事件だとコナンと平次は推測する。二人が信一の事件に気を取られている間に、和葉が何者かに襲われる。体を糸でグルグル巻きにされて首を吊られそうになった和葉を間一髪のところで救出したコナンたちだったが…。

蜘蛛御前の祟りに見せかけた武田家当主・信一殺しのトリックを解明し、真犯人を割り出したコナンと平次は、関係者を人形倉の二階に集め、謎解きショーを始める。倉の外から信一の首を絞めた方法を説明したコナンは、犯人の狙いと一連の事件の関係を説明するため、武田家の人々に辛い事実を告げなければならなかった。

水族館の水中ショーに招待されたコナンたちは、ショーの主役・大沢美智子がショーの最中に溺死体で発見されるところを目撃する。美智子の足に湿布が張られていたことから、肉離れを起こしたための事故と思われた。が、コナンは美智子のプロ意識の高さと素潜りの実力を考えると、不自然なことが多過ぎると考える。

体調を崩して病院に行った小五郎は、検査結果を家族と一緒に聞きに来るようにと言われ、動揺する。診察をした医師・新出から酒を控えるようにと忠告され、重病ではないと知り小五郎は一安心。その夜、小五郎とコナン、蘭は新出家の夕食に招待され、新出家の家族と食卓を囲むが、肝心の新出が入浴中で待たされることに。

新出医院の院長の入浴中の感電死は、不幸な事故と思えた。が、不審な点が多いことに気づいた目暮警部は、停電中の全員の行動を再現してもらうことにする。事件の停電時間は一分間。だが、再現した暗闇の中ではお手伝いのひかるがブレーカーを上げるのに34秒しかかからなかった。コナンはこの空白を埋める証拠を発見する。

コナンと蘭、園子の三人は遊園地にあるスケートリンクで冬の夜のイベントである花火大会を待っていた。寒さに我慢できずにトイレに駆け込んだ園子は、若い女性の射殺死体を発見する。遺体の近くには血で書かれた文字のようなものがある。これが被害者のダイイング・メッセージなのだろうか？

トイレの壁に残された血文字から、小五郎は千尋殺しの犯人は佐野泉だと決めつける。だが、被害者は即死状態だったと思われ、自分で文字を書き残すのは不可能だ。千尋の携帯電話に残された「KIX」の文字が事件の謎を解くカギだとにらんだコナンは、千尋の仲間たちの会話から、千尋の残した暗号を解くヒントを得る。

クイズに応募したコナンたちは、見事豪華クルーザーの旅をゲットする。乗客は他に8人。服部平次と小五郎の先輩の元警視　鮫崎もいた。鮫崎は二十年前の現金強奪事件の主犯・叶才三と同じ名の乗客がいると知り色めき立つ。が、その時、非常用縄ばしごの箱の中から乗客の一人・蟹江らしい焼死体が発見される。

横溝刑事に内密の捜査を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れて静岡に向かう。横溝刑事を悩ませている事件は、有名なベテラン俳優が楽屋で死亡し、３人の共演者がそれぞれ犯行を自供したというものだ。静岡に到着早々、県警の課長に真犯人は誰なのか名推理を聞かせてほしいと迫られ、小五郎は窮地に追い込まれる。

黒の組織に発見される夢を見た哀はコナンに心の動揺を見抜かれ、子供を演じ続けろと忠告される。その直後、哀は組織のメンバー・ジンの車を発見。コナンは車に発信器と盗聴器を仕掛け、追跡をする途中で組織の暗殺計画を知る。計画を阻止するため、コナンは暗殺が予定されているホテルに一人で乗り込む決心をする。

黒の組織の暗殺計画を知り、ホテルに駆けつけたコナンと哀の目の前で呑口議員が死亡する。犯人のピスコは議員の周辺にいた７人の中にいる。混乱した人込みの中で、哀はピスコの手でホテルの酒蔵に閉じ込められてしまう。メガネ型携帯電話で連絡を取ったコナンは哀にパイカル（白乾児）という酒を見つけて飲めと指示する。

ホテルの酒蔵に監禁されてしまった哀は、コナンの指示でパイカル酒を飲み、古い暖炉の中に隠れる。その直後に酒蔵に入ってきたジンとウォッカは、仲間のピスコと哀を見つけられずに立ち去る。暖炉の中で哀は元のシェリーの姿に戻り、煙突から脱出を試みる。が、ホテルの屋上に出たシェリーを一発の銃弾が襲う…

阿笠博士と坂の途中にある喫茶店に行ったコナンたち少年探偵団の面々は大はしゃぎ。子供たちはアイスクリームやパフェを注文してゴキゲンだったが、坂の上に停車中の宅配便のトラックが店に飛び込み、客の一人が死亡する。不幸な事故だと誰もが思った。が、コナンは死亡した男の連れの不審な行動に疑問を抱く。

音楽産業グループの会長の妻に不気味な脅迫状が送られてくるという。脅迫状には、極秘に進めている日本人シャンソン歌手・ジェラール天馬の日本デビューの契約をかねて開く内輪のパーティーで事件が起こることが暗示されている。小五郎と蘭、コナンは会長の知り合いの家族と偽ってパーティーに潜入することになるが…。

ジェラール天馬は青銅のアーサー王の剣が背中に突き刺さり息絶えていた。死の直前まで、天馬と口論をしていた義則に容疑が掛かるが、義則は頑に犯行を否認する。グランドピアノの蓋が開いていたことを不審に思ったコナンは、遺体の下の床についた傷跡とピアノの内部にあった紫色のシミから事件のトリックを追う。

下校途中にS字フックのついた指輪が落ちてきた。コナンと少年探偵団の子供たちは二つのS字フックに繋がれた結婚指輪を『ＳＯＳ』のサインだと考え、女の人がどこかに監禁されていると思い込む。指輪に彫られたイニシャルを頼りに、子供たちは道路に面した窓のある九つの部屋の大捜索に取りかかる。

拾ったスーパーのレシートでその家の献立を推理して遊んでいたコナンと少年探偵団の子供たちは、6枚まとめて捨てられていたレシートを拾う。そこには食料品と日用品などのほかに「クロニン」という薬品の名前が印刷されている。毒性の強いクロニンを何に使うのか？コナンたちはレシートを捨てた人物を探そうと決意する。

大物歌手・蘇方紅子が主催するチャリティーショーにゲスト出演することになった小五郎は、他のゲストと共に世界各国のおびただしい数の仮面が飾られた蘇方邸に招かれる。深夜、「呪いの仮面の使者」と名乗る人物の電話で起こされた小五郎、コナン、蘭の3人は、鍵のかかった寝室で惨殺された蘇方紅子の遺体を発見する。

伊豆・天城山中の山荘に遊びに来たコナンと小五郎、蘭の3人は人気テレビ番組「アーバンハンター」のスタッフたちと知り合う。番組の親睦会ということだったが、主演俳優の砂岡とスタッフとの間はギクシャクした雰囲気。その夜、小五郎たちとの酒宴で悪酔いした砂岡が自室に引き上げた後、ライフルで射殺されてしまう。

伊豆の山荘で知り合った人気テレビ番組「アーバンハンター」の主演俳優・砂岡を射殺した犯人は山荘内にいるとコナンは確信する。が、誰もが物理的に犯行は不可能と思われた。谷向かいの岩場から狙撃したように見えるのは犯人の偽装工作に違いない。コナンは弾丸の小さな傷から複雑なトリックを崩す突破口を発見する。

小五郎はドラマ制作会社の社長から母親の身辺警護を依頼された。依頼人の古川悦子の母・勝江は、三日前に襲われてケガをしたという。古川邸を訪れた小五郎とコナン、蘭の3人は、古川家の家族仲の悪さに呆れ、メイドの梓も勝江にひどい仕打ちを受けているらしいことを知る。その直後、勝江の部屋から銃声が響く。

コナンと少年探偵団の子供たちは阿笠博士の車で山にキャンプに出かけた。薪拾いの途中で鍾乳洞を見つけた光彦と元太、歩美は、コナンの制止を振り切って中に入る。だが、洞窟の奥で男の射殺死体を発見し、コナンが犯人の一人に銃で撃たれて重傷を負う。子供たちはコナンを背負って鍾乳洞の中を逃げ回ることに…。

鍾乳洞で仲間を殺した強盗一味と遭遇してしまった少年探偵団の子供たちは、銃弾を受けて負傷したコナンを背負って出口を捜す。石碑の謎を解き、出口に通じる『龍の道』を見つけた子供たちだったが、脱出直前に強盗一味に捕らえられてしまう。万事休すと思った瞬間、警官隊に救出され、コナンは病院に担ぎ込まれるが…。

蘭に全てを打ち明ける決心をしたコナンに銃口を向けた哀は、打ち明ければ蘭も組織に狙われると諭し、コナンに三つの選択肢を示す。コナンの退院と前後して蘭の学園祭が始まった。蘭が主役を演じる芝居を見るため、客席にはコナン、小五郎、和葉が座っていた。その客席で、高校のOBの一人が死亡、芝居は悲鳴で中断される。

蘭の芝居の上演中に起こった殺人事件の容疑者は4人。小五郎は容疑者の１人である蜷川彩子が一方的に婚約を破棄したと知ると、失恋のショックと、あてつけのための自殺と決め込む。が、蘭と舞台で演技をしていた黒衣の騎士が異議を唱え、仮面の下の素顔を見せる。その顔は紛れもなく工藤新一のものだった。

哀の作った解毒剤で元の体を取り戻した新一だったが、薬を飲んだ目的は蘭に安心させることにあった。蘭に大事な話があると言ったきりその機会を失ってしまった新一は、蘭を高層ビルの展望レストランに誘う。新一の姿に安心しきっている蘭に新一が話を切り出そうとした時、またしても殺人事件が発生。

父と母の思い出の展望レストランで遭遇した殺人事件。専用エレベーターの中で社長を射殺したのは、社長令嬢の恋人・大場だとにらむ新一だったが、肝心なところで解毒剤が切れ始める。大場のトリックを突き崩し、自供に持ち込む。コナンの姿に戻る前に、新一には蘭に伝えたい言葉があった。待ち続ける蘭の元へ急ぐ新一。

再び小学生・江戸川コナンとして蘭の家での居候生活が始まった。毛利探偵事務所を若い女性・春菜が訪れ、連絡の取れなくなったポケベル友達にもらったオルゴールを返したいと依頼してきた。ベル友の緒方秋悟の家を訪ねた春菜とコナンたちは秋悟が死亡していることを聞かされ、遺族から妙な質問を浴びせられる。

春菜のベル友・緒方秋悟の家で、蘭が老人の影を見た直後に秋悟の孫・稔が襲われたにも係わらず、緒方家に何者かが侵入した形跡は見つからない。秋悟の遺品の中で時価2億円もする切手が見当たらず、家族で探していたことが判明。コナンは、事件の犯人と切手の行方の両方を追う。

蘭と園子はホテルの入り口近くで車に轢かれそうになる。車を運転していたのは、フラワーデザイン講師の吉野千恵という女性で、最近めまいや頭痛がひどいので運転を誤ったと二人にわびる。蘭は千恵の夫･昭夫の様子が不自然なことが気になり、千恵のめまいや頭痛の原因を調べてみようと決心する。

福引きで当てた無料招待券で小五郎とコナン、蘭は、伊豆高原の霧ヶ峰ホテルに泊まる。バス便もない不便な山中のホテルだが、カーマニアの社長･寺泉のコレクションを集めたスーパーカーの展示場が明日オープンするという。小五郎が探偵と知った寺泉は、届いた脅迫状を見せ、警備を依頼する。

コナンたちの泊まった霧ヶ峰ホテルの社長・寺泉はスーパーカーの展示場のオープン直前に死体で発見された。運転席で排気ガスによる一酸化中毒死ということから、小五郎は不幸な事故と決めつける。が、コナンは発見された時の車の状況が不自然なこと、寺泉に恨みを抱く容疑者が多いことなどから殺人事件の可能性を疑う。

軽井沢のホテルにやって来た小五郎と蘭、コナンは、偶然、蘭の母・英理と出会う。英理の後輩弁護士・碓氷律子と酒の席で盛り上がった小五郎は、夜遅くなっても部屋に戻らない。英理と蘭、コナンは小五郎を捜している最中に密室状態の自室で殺されている碓氷を発見。碓氷のベッドの中では小五郎が眠りこけていた。

小五郎は別居中の妻・英理の後輩弁護士・碓氷律子の殺害容疑で警察に連行されてしまった。英理はコナンと蘭の手を借りて小五郎の無実を証明するため、行動を開始する。英理は律子の部屋のドアに貼ってあったメモとドアチェーンの細工から密室のトリックを見抜き、犯人に罠を仕掛ける。

コナンと蘭、小五郎はハイキングを楽しむつもりで昔懐かしいボンネットバスに揺られていた。が、その車中で地元・影鍬村の観光開発反対派のリーダーで、村の助役・奥村が毒殺される。バスに乗っていた賛成派の青年団長・矢部に容疑がかかり、小五郎は賛成派の村長から事件の解決を依頼される。

コナンたちがハイキングにやって来た影鍬村で、観光開発の反対派と賛成派のリーダーが相次いで殺され、蘭も負傷してしまった。蘭の肩についた痣から、蘭に体当たりをして逃げたのは矢部と判明。しかし、コナンは犯人を矢部と決めつけるには疑問が多すぎると感じ、阿笠博士に頼んで7年前のバス事故を調べ直す。

山奥の古風なホテルを訪れたコナンと蘭、小五郎の3人は実業家の城元と女優の備前千鶴夫妻と知り合う。映画の主役を降ろされて機嫌の悪い千鶴は夫の城元やホテルの従業員らに当たり散らし、わがままで横柄なその態度に、コナンたちもあっけに取られる。翌日、コナンたちは山頂の高原に遊びに出るが…。

女優の備前千鶴は自室で首を吊って死亡していた。死亡推定時刻は小五郎と千鶴以外の全員が外出していた午後２時。ドアに施された細工と千鶴が素足で踏み台にしたはずの電話帳に足の指紋がないことが判明し、殺人事件としての捜査が始まる。コナンは犯人の侵入経路を考え、ホテルの屋上であるものを発見する。

歩美が放火犯人を目撃した。歩美とコナンたち少年探偵団の子供たちは連続放火事件を捜査する警視庁で証言をし、佐藤刑事、高木刑事、白鳥刑事と現場検証に同行することになる。現場に行く途中で、佐藤刑事は交差点で花を供え、合掌した。この日は18年前に強盗殺人犯を追跡中に殉職した佐藤刑事の父の命日だった。

高木刑事は電話で「１８年前の事件の犯人がわかった」と佐藤刑事に伝えている最中に何者かに襲われ、消息が途絶えた。高木の身を案じる一方で、父を殺した犯人が父の友人の中にいるという高木の指摘に佐藤刑事は動揺する。佐藤刑事が聞き込みをしている間に、歩美たちは連続放火犯人を見かけ、勝手に追跡を始める。

コナンたちが酔った小五郎を家に連れ帰る途中、激しく言い争う声と物音を聞いた。翌日、そのアパートで男の刺殺体が発見され、小五郎はショックを受ける。そんな小五郎のところに事件の容疑者が現れ、ケンカはアリバイ工作のための偽装で自分は無実だと訴える。名誉挽回のため真犯人探しに乗り出す小五郎だが…。

小五郎、コナン、蘭の３人は天部山ロープウェイの開通式に招待された。ロープウェイは昔から住民に信仰されてきた巨大な天女像の下にトンネルを掘って開通させたため、地元住民の反対運動が起こり新聞に書き立てられていた。堂本観光社長・堂本栄造は地元の声を無視して開通式を強行したが…。

阿笠博士の車で九十九折峠を登っていたコナンたち少年探偵団の子供たちは、頂上付近から転落する乗用車を目撃。コナンたちが救助に掛けつけるが、運転手は死亡。ただの事故ではないと見抜いたコナンが事故現場を再調査に出かけている間に、手掛かりを隠し持っていた光彦、歩美、元太の３人は暗号の解読を始める。

茶会の招待状をもらった小五郎とコナン、蘭は、「五彩の水御殿」と呼ばれる水面が五色に変化する池の中央に建てられた茶道の家元・青野木亮蔵の屋敷を訪れた。魔物が棲むという伝説もある池の中の茶室に亮蔵は一人でこもり準備をする。客間で待つコナンたちは、池が赤く染まり始めた午後２時、茶室の異変を知る。

魔物伝説が伝わる水面が五色に変化する池に建てられた「五彩の水御殿」と呼ばれる茶室で茶道の家元・青野木亮蔵が伝説と同じように首吊り死体で発見された。現場は密室状態の茶室の中。関係者全員にアリバイがあることから、捜査は自殺の方向に傾く。が、他殺だと確信するコナンは、一人で証拠探しを始める。

コナンは阿笠博士と少年探偵団の子供たちと一緒に紅葉の山に松茸狩りにやってきた。松茸探しに夢中になった元太が、狩猟区域に迷い込み、コナンたちは元太を捜すため二手に別れて狩猟区域に入る。哀と光彦はそこでハンターの射殺死体と一匹の子熊を発見するが、その直後に二人を狙って銃弾が撃ち込まれる。

松茸狩りに来て射殺死体を発見した哀と光彦は殺人犯に追われ、熊が出るという狩猟区域を逃げまどう。二人は自分たちを捜すコナンたちに気づくが、一緒にいる３人のハンターの中に犯人がいた。旅館からの連絡で事件を知ったコナンが二人の残した暗号を解いた時、一行の前に巨大な熊「十兵衛」が立ちはだかる。

「ドルフィンランド」に行く途中のモノレール乗り場でコナンと蘭、小五郎は3人の美女と出会う。彼女たちが待ち合わせているもう一人の美女に興味津々の小五郎は、ドルフィンランドに隣接するホテルまでついていく。が、もう一人の美女・直美は密室で殺されていた。一見、強盗殺人のような現場の様子にコナンは疑問を抱く。

小五郎と蘭、コナンは海辺の道を走行中に車が故障、近くの家に助けを求める。そこは有名な弁護士・橘の別荘で、3人は勧められるまま一泊する。翌日、コナンと蘭は海釣りに出た橘のボートが沖合で転覆するのを目撃。水死体で発見された橘の遺体から睡眠薬が検出され、自殺、他殺両面からの捜査が始まる。

弁護士の橘殺害の容疑者・熊田は、同じ町のアパートの自室で首を吊っていた。小五郎は熊田が橘を殺して自殺したと考えるが、コナンは熊田が橘に弁護を依頼して無罪を勝ち取った2年前の事件にカギがあるとにらみ独自に調査を始める。被害者の実家を訪れたコナンは、そこである物を発見する。

コナンたちは園子に付き合って杯戸百貨店にやってきた。コナンと一緒に蘭と園子を待っていた小五郎は目暮警部たちに連続婦女殴打事件の犯人に間違われる。事件の被害者は若い女性ばかりの３人。襲われた当時、派手な格好をしていたという以外に共通点がないため、佐藤刑事が変装してオトリ捜査をしていたのだ。

連続婦女殴打事件は、蘭が杯戸百貨店の地下駐車場で４人目の犠牲者の遺体を発見したことで殺人事件になった。コナンは遺体から靴が脱げ落ちたのを見て、犯人は車を運転する厚底ブーツの女性を狙ったことを見抜く。コナンが犯人の目星をつけたころ、厚底ブーツでトイレを探していた園子に犯人の金属バットが振り下ろされる。

『黄昏の館』の晩餐会に招待された小五郎、蘭、コナンは、小五郎の他に５人の名探偵が招待されていたことを知る。探偵が次々と殺されていく中で、コナンは館の謎と怪盗キッドを暗示させる招待主を突き止めようとする。新一と怪盗キッドの攻防の過去と、キッドの哀しい素顔の一部を明らかにするスペシャル編。

毛利探偵事務所を中年の和服の美女が訪れ、中学の同級生捜しを依頼した。依頼人・静華に一目惚れの小五郎は大張り切りで調査を開始。尋ね人の柴田四朗の剣道大会の写真からすぐさま行方を突き止め、静岡の柴田のマンションを訪ねるが、そこには依頼人・静華の写真を握り締めて絶命した柴田の遺体があった。

静華の依頼で捜し当てた柴田四朗は、自宅マンションで撲殺されていた。静岡県警の横溝刑事は静華に容疑をかける。が、静華は堂々とした態度で事情聴取を拒否。コナンは四朗の手に写真とは別の物が握られていた痕跡を発見し、真犯人を追い詰めていく。

奇妙な手紙を受けとった服部平次とコナンたちは人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島に渡った。が、手紙の差出人・沙織は行方不明になっていた。この日は年に一度の奇祭『儒艮（ジュゴン）祭り』の日で、不老不死のお守りとされる儒艮の矢を授かろうと人々が集まっていた。島の人々は沙織が人魚の祟りを恐れていたと話す。

人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島で年に一度の奇祭『儒艮（ジュコン）祭り』の夜、コナンたちに助けを求めた沙織の幼なじみ・寿美が人魚のような姿で滝の中から首吊り状態で発見され、その通夜の席でまた、新たな事件が起きる。依頼人・沙織の行方も分からぬまま、平次とコナンは連続殺人事件の謎に挑む。

人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島で起きた三つの連続殺人事件。被害者の３人は平次とコナンに助けを求め、行方不明になっている沙織の幼なじみだ。県警は沙織の父・弁蔵を事件の犯人と決めつける。だが、コナンは神社に集まった島民たちに、“眠りの小五郎”のポーズを取らせた小五郎の声で意外な真相を語り始める。