【主线剧情】高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国，他帮助警方解决了很多棘手案件。某日，他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件，其中，有两名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟踪却被发现，黑衣给他灌下毒药后离开，当被警察发现时，工藤已变成了小孩儿的模样。

【主线剧情】趁警察不注意工藤逃到阿笠博士那里寻求帮助，这时担心工藤的小兰找也找到这里，为保护小兰安全，工藤隐瞒身份并在情急之下取名江户川柯南，阿笠博士将柯南托付给小兰照顾，回家后他们碰到了急匆匆出门办案的毛利小五郎，听说有黑衣人，柯南也跟着一起去。原来是董事长女儿谷晶子被绑架，在管家承认了自己是犯人且没有同伙后，却再次有人打来威胁电话……

【含主线信息】身体变小后柯南转入帝丹小学，并结识了步美、光彦和元太。某日，明星洋子来到毛利侦探事务所，说总感觉有人暗中监视她，为了更进一步了解真相，毛利一行人来到洋子住处，可开门后居然有具死尸横在门口，期间柯南发现了另一名演员优子的耳环并且还注意到洋子的经纪人山岸神态怪异，洋子、山岸、优子到底谁才是真正的凶手。

柯南和伙伴们去美术馆时捡到了一张画有奇怪符号的纸，大家自行成立少年侦探团去调查这些暗号，按照符号的指示先到达东京塔，在周围展开侦查却一无所获，休息的时候步美的新发现为柯南找到破解暗号的出口，大家一路寻找从东京铁塔到南部水族馆的标记，然而，事情并非那样顺利，柯南能破解暗号吗？暗中跟踪少年侦探团的黑衣人又是谁？

魔改剧情。小五郎带着小兰等人去京都参朋友的婚礼，在新干线上柯南看见了两名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼镜窃听到了不得了的事情——这辆新干线上有炸弹并且即将爆炸，眼看黑衣人离开新干线，柯南只能凭自己找到那只装有炸弹的黑皮箱，锁定了炸弹所在的车厢后，柯南对车厢里的四人进行试探，却毫无头绪，关键时刻元太的一句话提醒了他。

动画原创，园子和小兰被邀请去皆川家参加情人节派对，柯南悄悄尾随却被发现。皆川的母亲热情招待各位，但皆川却是一副不耐烦的样子，他拒绝了青梅竹马关谷香的巧克力，又对直道和若松冷嘲热讽，状态不佳的他决定外出透气，他的心仪对象好美也一起跟去，突然一声尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是谁在情人节制造了惨剧？

小川医生这两年来不断收到未署名的钱和玩具，实在是不知道来历，于是前往毛利侦探事务所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其实是中古品，而小兰也因此开始怀疑起柯南的身份。在前往小川医生工作的医院调查过程中看到柯南翻阅病例的小兰对柯南的怀疑也进一步加深。最终柯南在千钧一发之际成功解救了小川医生的孩子。而柯南也成功化解了小兰的怀疑。

城中美术馆冒出中世纪盔甲会自己走路的传闻，引起了小兰浓厚的兴趣打算一探究竟，没想到却意外地发现美术馆在一周后即将关闭。而购买美术馆的购买者真中计划将这里改造成酒店。小兰一行在参观地狱馆的过程中发现真中被钉在墙上，而在回放录像的时候发现竟然是展览的盔甲将真中杀害！但在回放了录影带和勘察现场之后柯南发现了犯人的犯罪手法并找出了真凶。

柯南和小兰在参加天下第一夜祭时碰到了作家世井，他让小兰帮忙拍了几张照片，这时，横沟警官找到世井说他的朋友今竹被杀，大家一起赶往犯罪现场，期间，世井用自己的文稿代替今竹的交给了《文艺时代》的记者，种种迹象表明世井就是凶手，可让人棘手的是此人有不在场证明——相机里那些照片，仔细推敲后柯南发现了其中的破绽。

某天一个自称是新一女朋友的量子前往毛利侦探事务所，此举引起了小兰极大的反感。其实量子被拜托看护著名足球运动员赤木英雄的弟弟赤木守，而小守竟遭绑架！迫于绑匪的压力量子不敢惊动警察才出此下策。在小兰拜访量子的时候柯南发觉了量子的难言之隐以新一的身份打来了询问电话。在柯南的推理帮助下终于找到被绑架的小守而英雄也在得知弟弟被找到后完美的赢得了比赛。

麻生圭二的人邀请来到月影岛，打听之后得知此人十二年前就在贝多芬的《月光》曲中诡异死去，至今岛上还流传着关于钢琴诅咒的流言，因为前任村长就是死在钢琴旁。柯南等人来的当天，正赶上前任村长的法事，突然钢琴声响起，大家冲进琴房后，看到的是资产家川岛先生的尸体。暮目警官到达的当晚，现任村长也被人刺死，身旁还留下了音符的暗号。

柯南注意到这些音符并将其解读，这时，当地的老警察说仓库里有麻生圭二留下来的乐谱，这种重要线索柯南自然不会放过，他和警察一起去找乐谱，而这期间，一直精神怪异的西本上吊死亡，脚下还留有遗书，柯南推断出这是他杀，当在看到麻生圭二留下来的乐谱后，柯南断定出了凶手，他利用变声领结和广播室说出真相。

柯南和步美他们一起玩捉迷藏的游戏，步美躲在一辆车的后车厢中，没想到竟然睡着。元太一直都找不到步美，最后柯南终于用无线电和她联络上了步美，但步美却在车的后备箱中发现了一个人头！刚好此时有件连续绑架少女杀人事件，柯南怀疑那辆车的两个男人就是那个事件的歹徒。为了救出步美柯南通过步美的描述利用滑板开始追踪步美。最终柯南成功追上了步美但所谓的连续杀人犯却是误会一场。

【魔改主线剧情】阿笠博士送给柯南一幅追踪犯人眼镜，柯南本想把发信器粘在小兰身上，却阴错阳差的粘在了来侦探事务所找爸爸的雅美手表上，根据女孩提供的信息柯南在赛马场找到了女孩的爸爸健三，事情本应就此结束，可第二天传来的却是健三的死讯，担心雅美有危险，柯南利用追踪器找到了一个高大的男人并非雅美，从柯南另一个参与此事的侦探口中得知此事并非寻人那么简单，深入调查过程中，又出现了一桩命案。

动画原创，柯南和小伙伴们在河里抓鱼时，发现对面的楼顶有人在射击河上的气球，并看到狙击手像是被人胁迫了一样，待那些人离开之后，柯南和伙伴们在对面的楼顶找到了留有3135134162数字的计算器，之后柯南便对着这些数字苦思冥想，认为求救者留下的162就是指162国道，找到相应的路段后，警察布好埋伏，却不见犯人身影，焦急等待的柯南突然意识到了暗号的真正含义。

少年侦探团帮隔壁班浩树找猫的时候，无意中在一户人家的浴室里发现尸体，柯南赶紧叫来警察调查，开门的是一个脾气很差的大叔，柯南冲进浴室却发现尸体不见了，而这个大叔却表示什么都不知道，自己则回二楼去睡觉让警察随便找，这时，臭脾气大叔的弟弟回家并帮忙一起寻找，经过一天的搜查，警察无获而返，但是不甘心的侦探团在夜里继续调查，柯南一人潜入，却遇到了危险……

毛利小五郎受古董收藏家丸传次郎之托，调查他太太丸稻子是否有外遇。结果遇到传次郎有客人来拜访。但是两三个小时过去后仍然不见传次郎的踪影，在进入的房间后发现传次郎已经被杀害！而房间的墙壁上也不满了剑痕。经过调查后犯罪嫌疑人锁定在了在小五郎之前来拜访传次郎的客人中。最终通过勘察现场柯南发现了死者留下了死亡讯息并最终找出了犯人。

动画原创。少年侦探团到商场看假面超人秀。在回去的路上，元太为了拿回忘在商场里的假面超人签名被关在了已经打烊的店里。谁知外表看似寂静的百货公司实际上却一点也不安静。戴著面具的人偶挟持了警卫和工作人员！看似单纯的强盗事件幕後竟还有共犯。遇上了强盗集团的少年侦探团正陷入极度的危险之中！最终少年侦探团的孩子们成功的化解了百货公司的危机。

柯南和小兰受邀请一起去参加初中老师松本的婚礼，没想到婚礼还没有开始老师就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老师有一个习惯，就是非常喜欢喝柠檬茶，因为那是她小时候的初恋情人最常拿给她喝的饮料。而犯人正是在柠檬茶里下毒来毒害松本的。在观看了录像之后柯南发现了犯人的目的，最后柯南让凶手现出原形，但是却也道出了一段令人心酸的往事。

动画原创。户屋英子是服装界的名设计师，但是她所设计的服装却抢先被其它的厂商发表上市。明明知道是她的秘书盗取商业机秘图利转售却又无可奈何。这天小兰被选为英子的模特和柯南，小五郎一起来到英子的公司。而就在这时突然发现英子的秘书美香被刺身亡。在勘察现场之后柯南最终发现了英子杀人的手法，而在铁证面前，户屋英子也承认了自己的罪行。

步美某日经过传说中的鬼屋，而且还看到屋内有鬼火！为了一探究竟柯南，步美，光彦还有元太一起出动来到这个传说中的鬼屋。因为屋主被杀后家里的其他人就突然间不知去向，于是许多闹鬼的传说就此传开。但在柯南和少年侦探团的各位探查之后发现了鬼屋中真的有人居住着！在调查了屋子之后柯南终于发现背后真正的秘密。最终杀害房子主人的凶手也自首承认罪行。

动画原创。小五郎作为顾问加入了洋子拍戏的剧组，拍摄结束后，小兰找男主角那智签名时却看到了他被摄影师安西威胁场景。晚上大家其乐融融的回旅馆聚餐，期间妙子曾回家取东西，她的未婚夫岛崎外出卖烟，回到旅馆后的妙子看到外出的安西神情充满恐惧。小兰和洋子外出买东西的路上，发现了死在神社的安西，柯南再次展现推理头脑，找出真凶。

小五郎三人阴错阳差的搭上了簱本家的豪华游轮，并遇到新婚夫妇夏江和小武，这时，簱本当家豪藏找孙女婿小武谈话，他识破了小武是自己害死的对头财诚勇夫的儿子。当大家都在餐厅用餐时，突然传来管家铃木的惨叫，豪藏遇害，大家把矛头指向小武并将他关进仓库，可是到了晚上，柯南又在夹板上发现了长孙女秋江丈夫的尸体，被禁足的小武也不见了踪影。

簱本家族的人聚在餐厅断定凶手就是小武 ，就在长女麻理子担心去厕所迟迟未归的儿子一郎时，游轮突然停电，随之而来的是一郎的惨叫，在黑暗中他被凶手刺伤了腿，小五郎在电源室发现这是有人蓄意的断电，他立刻命所有人留在餐厅，自己和柯南，小兰寻找线索，迷雾渐渐拨开，凶手真的是突然消失的小武吗？

动画原创。柯南、小兰和小五郎碰带了一个深情恍惚的少女，送去医院检查后，医生说少女暂时失去记忆，几人从仅有的信息中找到了她所住的饭店，柯南不停的询问让少女头疼而跑出酒店，突然有一辆汽车迎面开来，但少女灵敏被避开，调查过程中柯南发现这名女子身手矫健总能避开危险，她到底是什么人？为什么总遭到袭击？

动画原创。小兰的同学直子被绑架，当歹徒发现有警察时，便放弃交易开车冲进海里，直子再次下落不明，直子父亲的秘书花井很是担心。某日，小五郎突然接到不要在调查此事的要求，柯南察觉事有蹊跷，暗暗潜入直子家后听到了花井和直子爸爸的谈话，原来直子的爸爸再次接到歹徒电话，但他却不愿花五亿保女儿的性命，这让花井很生气，柯南躲在后备箱里，跟着他们来到交易场所，见到了所谓的「歹徒」。

动画原创。某天，小五郎，小兰和柯南三人走到坂口家时，讨论起了他的爱狗约翰和他八年前自杀的儿子，这是，突然冲出一名女子大喊小刚被约翰杀死，原来是坂口先生拜托小刚在他出差的时候照顾约翰，可没想到能酿成这样的悲剧，柯南在调查坂口儿子正人自杀的事时，发现正人的自杀和小刚有关，坂口成为最大的嫌犯，可他到底下了什么命令让约翰袭击小刚？

小五郎和他的大学同学在弁庆温泉旅馆举办柔道社同学会，参见的人都是小五郎的死党，大家一时兴起决定在烟火大会开始前打桌球消磨时间，只有由美一人回房休息，烟火大会开始前朋友们考虑到由美的脾气，便没去打搅她休息，结束后，大家一起去由美的房间，发现的却是由美举枪自尽的尸体，经过检查发现由美死于下午三点左右，也就是大家一起打桌球的时候。

经过小五郎和警察和志的勘查，推断出由美并非自杀而是他杀，小五郎也下定决心要为由美报仇亲手揪出犯人，并将目标锁定在阿淳、和志、行雄和纪子剩下的朋友中，这时，阿淳说自己曾在五点的时候看到过由美，案件出现了矛盾，死于下午三点的由美怎会在五点的时候出现，这到底是鬼魂还是凶手为了蒙蔽大家采取的手段？

动画原创。某天小五郎偶遇了大木田社长并把自己的名片给了他。之后的晚上大木田突发心脏病身亡，而小五郎和小兰，柯南为了配合调查也来到大木田的家里。在调查了现场之后柯南发现了大木田大量出汗的事实，而从现场外面的花和点心处发现了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社长和司机之间的矛盾后推理的方向也越加明确最终柯南以新一的身份告诉了暮目警官犯人的真实身份并抓获了犯人。

动画原创。大名鼎鼎的巽律师找小五郎来酒店谈事情，他希望小五郎可以找到自己妻子外遇的证据。晚上，小五郎等人经过巽律师家时，看到有好多警察，原来是巽太太被人谋杀，柯南在现场发现了订书针，而嫌犯最大的就是巽律师，可是凶案发生时他正和小五郎在一起，拥有完美的不在场证明，柯南决定重回酒店开始调查，洗衣输送管，酒店闹铃声还有订书针，将这些串在一起，真相只有一个。

小五郎录制全日本侦探社的录制节目时，制作人诹访被射杀，主持人松尾的嫌疑最大，因为他是射击高手，并且他曾在播放侦探短片的四分钟内离开过摄影棚，但柯南怎么也想不明白，他是如何在这么短的时间内往返于九楼和四楼之间，在了解了大楼构造后，柯南终于明白了凶手的伎俩，他麻醉了小五郎并借来摄像机，向全国实况转播了小五郎的推理秀。

得知小兰要去约会，柯南死缠烂打的跟着一起去了咖啡店，为哄柯南回家，小兰外出给他买蛋糕。小兰离开后，咖啡店里依次来了几位客人，有凶巴巴的女人、花花公子、美女律师、大学生和大块头男士，正在柯南猜测哪位是小兰的约会对象时，厕所传来惨叫，原来是凶巴巴的女人在厕所被人杀掉，但在柯南和美女律师的推断下，凶手浮出水面，之后柯南才知道小兰的约会对象居然是……

动画原创。阿笠博士带少年侦探团来到野外，并交给他们一张地图让他们去寻找宝藏，路上困难重重，但大家不畏艰险互相扶持，终于接近终点，柯南解开天之水与天之石的暗语，顺利找到了藏有宝物的底下通道，这里有两大袋珠宝，然而在途中碰到过的两个行迹可疑的男人突然出现，柯南采用智斗将他们打到后，又发现了一个大木箱，这才是阿笠博士想让他们找到的宝藏。

小兰受邀来到园子家的别墅，参加园子的姐姐绫子大学电影社的社员的聚会。被太田邀请在雨中散步小兰，突然遭到神秘绷带男的袭击，还好柯南等人赶到小兰才免遭伤害，大家决定报警可电话却打不通，而门外的吊桥也被人砍断，接着大家看到绷带怪人掳走知佳子，并森林里找了知佳子被肢解的尸体，深夜，绷带怪人潜入小兰房间，想要置小兰于死地。

柯南为保护小兰扭伤了脚，为安全考虑，大家决定集中到餐厅等待天亮。突然屋内停电，黑暗中，绷带怪人再次出现攻击小兰，但被小兰躲开。柯南根据目前找到的线索，确定凶手就是电影社部员中的其中一人，在想通了凶手为何多次袭击小兰的原因后，他将园子麻醉，借助园子之口，道出真相和凶手。

动画原创。柯南要陪步美拔牙时，被叶子医生婉拒。而当晚七点半不动产老板中本被杀，发现尸体的人就是叶子和管理员，虽然叶子有杀人的动机，但由于步美的证词，叶子有不在场的证明，因为她那时正在陪步美看七点半开始的假面超人。柯南一人在叶子家附近调查，看到叶子家和诊所一样的窗帘，柯南便知道了叶子的手法，并且那副假面超人的扑克也成了重要的证据。

动画原创。毛利侦探事务所来个叫典子的女人，她拜托小五郎帮她调查一个叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿丧服去扫墓的典子，便暗中跟踪，她离开后，柯南从典子的朋友那里得知，原来此人是典子的男友，但在六月份遇车祸而死，察觉到典子找北川是想复仇，他赶紧打电话给小五郎，当大家赶北川住处时，典子已至，柯南利用她死去男友最爱的虾蛄仙人掌让她放弃复仇。

就在小五郎因跟踪一个男人三天而大赚一笔高兴时，电视上播报出一个名叫根岸的人在红鬼村火祭被烧焦的消息，谁想此人正是小五郎跟踪了三天的人，而嫌疑最大的就是继承了根岸五亿财产的阿部丰，可根岸被杀的时候，阿部丰在外旅行，因此他有充分的不在场证明，可这些没能瞒过柯南的眼睛，他还是解开了阿部丰的「不在场证明」。

小五郎带柯南和小兰为四井集团董事长千金丽花庆生，宴会结束后，大家的车都遭到不明人士的破坏，丽花决定住在别墅，一班追求者也表示留下来陪她。当晚，丽花莫名失踪，大家在寻找丽花时，二阶堂被溺死在喷泉旁边，之后，小兰也遭到同样手法的袭击，被柯南所救，凶手利用空调致使停电，因此可以确定犯人就是别墅里的人，这时，丽花浸在水里的尸体被发现。

丽花身上有被捆绑的痕迹，柯南在调查中扭开水龙头的时候，发现水居然是从莲蓬头流出，确定了凶手之后，接下来就是找证据，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的声音让三船、五条、六田、一枝脱下外套，更加确定了自己的推测，在黑暗的别墅中，柯南指出凶手，而凶手的杀人动机则源于两年前。

动画原创。柯南小兰等人在修好高中看棒球赛时，理事长室的优胜锦旗被人割破，就在大家议论谁是犯人时，棒球队主投小伟自首说这件事是自己做的，而他的母亲却说是她做的，柯南认为事情不会那么简单，便和园子偷偷溜到理事长室，仔细观察了锦旗后，他知道了犯人是谁，并利用变声领结将大家叫到理事长室揭露了凶手。

园子、小兰和柯南三人一起参加摇滚乐团雷克斯的庆功宴，卡拉OK包厢内，大家都因雷克斯乐团将要解散而面露悲伤，在主唱达也演唱完《血红的维纳斯》后，中毒猝死，在场的人都有作案的嫌疑，柯南无意看到达也以前的乐团照片后，便明白了凶手是谁，他躲在暗处以工藤新一的身份将凶手揭露，而因这场凶案牵扯出的爱恨情仇也无疑让所有人扼腕叹息。

【主线剧情】某日，一个自称柯南妈妈的陌生女人来接他，柯南第一反应就是她可能是黑衣组织的人，因为她清楚柯南家的底细以及他的真实身份，期间，柯南虽趁机逃脱，但去找阿笠博士的时再次候被抓，他听到了那个女人和一个面具男讨论交易药物的事情，待他们离开后柯南按照那伙人留下了线索找到交易地点，可不幸的是他行迹暴露，面具人对他枪口相向……

动画原创。小五郎开车的时候帮助了车子出故障的堀田耕作，为表谢意，耕作留小五郎三人参加他的庆生聚会，期间耕作因儿女们的争吵以及女儿文子的到来大发雷霆而离席，之后，他的房间发生大爆炸，柯南在现场发现了儿子良二送给耕作的威士忌盒子，本以为良二是凶手，没想到他莫名失踪，大家又将矛头指向文子，可文子却说自己虽恨父亲，可凶手不是她，这时，柯南看到了室外的化肥……

动画原创。女性实业家儿岛郁子在家中被杀，死的时候她身着睡衣脸敷面膜，在这个案件中有三名嫌疑人，TM证券营业所的警卫泉、死者的女儿千寻以及尸体发现者吉冈，他们都曾在死者生前与她见面，泉可以暂时排除嫌疑，因为案发时他正好碰见小五郎，可千寻却说他有杀人动机，三名嫌疑人陷入了互相揭露动机之中，「凶手的指针」在他们三人徘徊，可真相只有一个。

大家一起去滑雪的时候，小五郎弄丢了别墅的钥匙，三人正愁没地儿住的时候，医科大学的大山教授认出小五郎并邀请他们去自己的别墅，并正巧碰上了大山教授学子们的聚会，期间，中原驱车下山买下酒菜，趁这个机会大家也都各自活动，可中原回来后，却发现大山教授被杀，柯南在现场根据教授留下的线索找到凶手。

动画原创。柯南去体育俱乐部馆参观时，正巧看到水上运动的西条、成濑和木岛发生争执的一幕，而体育俱乐部负责人佐伯和跳水代表西条也存在着某些不愉快。当晚，小五郎接到目暮警官的电话说西条死亡，因为没找到什么有用的线索，警方准备以意外死亡结案，可是柯南注意到这是件谋杀案，柯南找到目击证人并从他的绘画中看透事情的真相，凶手一定就是那个人。

【主线剧情】某日，侦探事务所来了一名不速之客，关西高中生侦探服部平次，他此次前来是要找工藤一较高下，这时，达村外交官的夫人前来拜托小五郎调查她儿子的女友幸子，跟着夫人一起来到府邸时没想到正好碰上达村外交官被人毒杀的现场，而且这是一件密室杀人，服部找到破案线索并成功破解了密室杀人的手法，而柯南却因感冒喝下服部给他的白干酒发高烧昏倒身体异常痛苦。

【主线剧情】小兰找来医生时，却发现柯南不见了，她四处寻找来到了犯罪现场，而服部已经开始了对凶手的指认，凶手就是死者的父亲利光，他本人也主动承认，这时，工藤新一出现，他推翻了服部的推测，并对凶手重新指认，服部甘愿认输，警方带走凶手后，工藤因心痛难耐顾不上和小兰说句话就躲了起来变回柯南，休息了三天后，他意识到老白干是让他恢复原形的方法。

柯南在朋友们去图书馆做读书报告时，警察突然来询问图书馆职员玉田失踪一事，馆长津川表示自己也不清楚，警察做了简单的搜寻后离开。但少年侦探团留到夜晚做深入调查，期间馆长曾鬼鬼祟祟的来过一次，等他离开后，大家发现馆长在利用图书馆进行贩毒交易，当他们找到被馆长杀害的玉田的尸体时，没想到馆长也发现了他们，少年侦探团能否顺利脱险？

动画原创。因洋子推荐慈善高尔夫大会，小五郎抓紧练习，而在高尔夫球场还有其他一行人打球，分别是某开发部的经理橘、课长安井、主任大久保和社员南，橘和安井的技术非常好，安井将球打完后，休息了一会儿便离开了，这时，球场突然发生爆炸，橘死亡，除离开的安井外，其他两人均受伤，小五郎顺利的推理出凶手就是安井，但柯南确认为真凶另有其人……

小五郎带小兰和柯南看上山看樱花时，因为迷路和爆胎被困在山上，这时又下起了雨，他们找到了一家寺院投宿，这里除了主持以外还有四个修行僧宽念、屯念、木念、秀念，在交谈中，柯南等人模糊的知道了下雨天雾天狗杀人的传说。第二天，宽念在修行的房间发现了主持被吊在房梁上的尸体，而同样的事情曾在两年前也发生过。

暮目警官赶来寺院展开调查，就在大家一筹莫展准备离开时，独自调查的柯南从被强大力量打破的墙壁、切口变形的走廊木板、被丢在树林里的角窗碎片和胶带中洞察到了凶手的犯案手法，以及凶手就在四个修行僧当中，他用阿笠博士给他的纽扣扩音器道出真相，而两年前以同样手法杀死修行僧忠念的居然另有其人。

动画原创。柯南、小兰和小五郎散步的时候，听到附近大楼传出女声的尖叫，闻声赶到的柯南等人发现不动产社长井本被杀，经过排查，犯人锁定在了曾经卖渔具的寺沢、来借钱的土桥和协商离婚的妻子贵子三人身上，柯南发现了凶手的法案手法后，利用简单的道具，提醒小五郎，最终犯人难逃法网。

【主线剧情】柯南随小五郎参加「名侦探小五郎推理公馆」电玩游戏的发布会时，碰到了游戏制作公司满天堂的三名员工中岛、上田和竹下，三人慌乱的存放行李后，赶往会场，期间，柯南偶然听到一高大黑衣男子的通话，并从中得知此人和黑衣组织有关，可还没能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南发现这是意料之外的杀人事件，柯南能否得到更多的关于黑衣组织的线索？

动画原创。委托人为表示感谢，招待小五郎三人温泉旅行，他们在搭乘汤之山县的列车上，遇到了两名争吵的医生佐藤、伊达，期间伊达曾生气离开。换乘休息的途中，警察在与汤之山线列车路线基本相同的花之街线列车上发现尸体，柯南洞察到伊达神情怪异有犯罪嫌疑，可他是怎么样在两趟不一样的列车上游走杀人的？

动画原创。清洁公司的董事藤井被楼上掉下的重物砸死，警察在尸体旁边发现了一个没有指纹的口风琴，柯南认为这并不是简单的意外事件而是谋杀，警察去清洁公司社长中山的办公室进行调查时，这里的监视器引起了柯南的兴趣，在对监视器进行了简单的操作后和摄影内容简单回查后，凶手浮出水面。

【主线剧情】柯南、小兰和小五郎参加了福尔摩斯旅行团，但此次旅行的主办人旅店的老板金谷，被人锁在车里推下山崖还引发的爆炸，而被孤立无法与外界联系的旅客，因为不希望再出现死者，都集合在旅店房间里，说自己已经知道凶手是谁的绫子，在车库里爆炸身亡，就在大家讨论谁是凶手时，突然停电，藤泽被某人用碎冰锥刺伤。

【主线剧情】凶手看似打破窗户逃了出去，但柯南和服部发现凶手就在屋内，并且否定了凶手是老板的猜测，而刚才的停电也是人为的。期间，服部一直很在意柯南的种种反应，对柯南产生了怀疑。事件渐渐明晰，服部和柯南知晓了凶手是谁以及他杀死老板和绫子的手法。为了保护自己是工藤的秘密，柯南将服部麻醉说出真相，可让他没想到的是，就是这个举动让服部肯定了柯南就是工藤。

动画原创。少年侦探团在儿童跑腿活动中，充当活动记录。一行人跟在儿童小宏后面摄影，可是小宏总是乱跑，期间还曾跑进过，一幢将要拆掉的废弃大楼里，小宏在躲过了两次人为制造的意外后，被人掳走，柯南从记录的中发现了蛛丝马迹，他们来到废弃大楼，并在地下室找到了小宏和一具尸体，这时，凶手将少年侦探团关到楼中，而外面拆除大楼已经开始，少年侦探团能否逃过一劫？

小五郎应画家花冈之邀前来谈话，可是等了许久仍没见到花冈的身影，就在小五郎生气要离开时花冈出现，与此同时，另一位住在对面的女插画家蝶野打来电话说要自杀，柯南等人亲眼看到蝶野从楼下坠落，赶到现场时蝶野已死，而这个看似自杀的案件其实是他人谋杀，凶手就是花冈，可蝶野从楼上跳下时，花冈正和大家在一起，他到底是怎么做到的？

动画原创。七年前载满相当于十亿日元金子的竜神号，突然出现在敷岛海面。以幽灵船为噱头的村长三上邀请小五郎来演讲，而他的真正目的是拜托小五郎找到金子的所在。演讲时，小五郎差点丧命讲台，凶手很有可能是岛上的守卫浜田，和旅行社职员上原，两人也似乎是旧识。当晚小五郎一路追踪袭击他的武士，却被人打晕掉入了凶手的陷阱，成了杀害浜田的凶手。

动画原创。就在警察要强行带走小五郎时，柯南在机械室和浜田的尸体上发现的有力证据帮他洗清了嫌疑，而目前最有可能杀人的就是上原，当大家要暗中逮捕上原时，木下出面说自己去劝他自首，五分钟后，屋内响起枪声，上原射伤木下逃跑。柯南重新回到竜神号调查并和铃一起进入海军山洞，却在这里发现上原的尸体……

这天，少年侦探团跟阿笠博士一起来到电影“哥美拉”的拍摄现场由博士的朋友三上导演带着参观。但这是电影的制片人龟井却说出了电影要在今年终结的事实。突然从休息室传出了松井的哀嚎声，原来松井竟然被人刺杀！当少年侦探团的各位赶到片场时看到了哥美拉刺杀龟井的现场！在追踪哥美拉后只找到被焚烧的哥美拉服。看似毫无头绪的现场在柯南缜密的勘察下最终发现了犯人的身份。

动画原创。小五郎的学长寺冈请他们吃烤肉的时候，突然接到一个名叫松山的人的电话，为劝说此人回归正道，寺冈匆忙赶去约见的码头，小五郎也要求一同前往，小兰和柯南尾随其后，到达码头后，寺冈单独去见松山，可不一会儿，大家就听到了枪声，松山因手枪走火意外死亡。暮目警官说手枪上除了寺冈和松山还有第三个人的指纹，柯南仔细思考之后，断定这枚指纹就是让犯人认罪的完美证据。

动画原创。在酒店吃饭时，一个神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟踪并进一步询问得知，此人名叫远藤，他的儿子被人绑架，为保儿子安全而没有报警，小五郎决定帮他。次日，犯人打来电话要钱，远藤听到了儿子说有螃蟹和鲸鱼，这是找到犯人据点的唯一线索，小兰、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鲸鱼的地方，柯南想起了漏掉的线索，顺利找到有「螃蟹和鲸鱼」的地方，将人质解救。

动画原创。这天小五郎带着小兰和柯南到外面吃完饭时巧遇大学时代的同学大村。因为有事商量他们一同到了大村的公寓。在屋里喝茶说话时，窗户玻璃突然碎了而在楼下的马路上突然有个男人倒地身亡。在警方调查下发现死者生田是在和同学聚会的途中出去后死亡的。而在勘察了现场之后柯南发现了犯人使尸体自动摔下的手法并以小五郎的声音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最终承认了罪行并坦白了自己杀人的原因。

动画原创。小五郎的师傅塩田，在剧院找到了处理威胁事件的小五郎，而此时，他们正赶上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戏码，可祥子却在演戏中被真正的毒杀，当所有的嫌疑都指向和水杯有关系的馆冈和中山时，塩田却摇头否认，期间小五郎意外受伤而离开。思考陷入瓶颈的柯南，从塩田突然谈起的芥川龙之介的《蜘蛛丝》得到启示，找出了凶手。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆参加推理之旅。活动规定，如果能够找出推理之旅的主办人就可以免费住宿并可获得一个包含某种病毒程序的磁盘。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南从栏杆上推了下去！之后柯南打电话询问阿笠博士关于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房间时柯南和小兰偶遇和明子发生口角的前田并被前田邀请却观看夜景。就在这时暗夜公爵却坠楼生亡！

这个从天而降死亡的人是江源，但从领结和皮带等细节可以看出暗夜公爵并不是江源，警察去江源房间搜查时，发现房门居然上有防盗锁，凶手把江源推下后是怎么逃脱的？在警察对其他人侦讯时，暗夜公爵将看守江源尸体的空手道高手打昏，还出现在了柯南、小兰和佐山面前，并完全躲开了小兰攻击，难道说凶手就是……

看到防盗锁上胶带的痕迹，又通过试验证实自己的推测，柯南轻松破解密室难题。在调查过程中，柯南在铜像附近找到了自己掉落的钢笔，他注意到酒店下的风，询问得知这叫「公主风」，将「公主风」和其他七位旅客的房间位置结合，柯南断定凶手就是那个人，这时，小兰急匆匆跑来说找到可以洗清前田嫌疑的证据，柯南利用小五郎展开了一场精彩的推理和实验。

动画原创。柯南三人在去郊游的路上听到一声惨叫，赶到现场的时候发现一名男子痛苦的躺在地上垂死挣扎，不一会就气绝身亡，在他的旁边有一瓶卡滋曼，化验结果显示，这名男子是中毒而死，有名警员说这个人是米花之狼，曾跟踪一个女孩子。警方找到这个叫西谷的女孩，询问后并未发现异常，但柯南认为案件定有蹊跷，经过反复调查和设想，他终于明白了犯人的作案手法。

园子邀请柯南和小兰到家中别墅度假而富泽财阀的别墅也建在旁边。当晚别墅突然停电而向外看时，柯南众人正好目击到富泽的父亲被杀害的现场，凌子看到凶手的样子，犯人竟然是死者的儿子熊三！在警方逮捕熊三时发现刚刚到达的老大和老二和熊三面貌竟然一模一样。但在柯南的调查下最终锁定了犯人并已园子的身份揭露了犯人的身份。

动画原创。少年侦探团在海滩度假的时候，偶然认识了春日财团的大少爷和他的女朋友小忍。元太玩球时捡到了小忍发出的SOS求救漂流瓶，顺着漂流瓶的方向，他们在一个洞窟找到小忍，原来这都是春日的安排，眼看海水满潮，无法原路返回，大家在柯南的指挥下顺利从洞穴另一边逃出，看到小忍还活着，春日露出丑恶嘴脸以步美为人质，关键时候小兰赶来，将春日制服。

动画原创。小五郎参加电影《死神阵内》试映会时，主演南条的太太拜托他帮忙处理最近收到的恐吓信，但南条却不以为然。夜晚各家媒体守在南条公司下等待死神阵内的出现，可没想到死神真的出现了，在大家追死神的时候，南条被杀，警方在凶案现场发现了许多黑色绝缘胶带，一波未平一波又起，去六楼的南条经理人吉野遭到枪袭，大家都认为电台导演大野嫌疑最大，但大野却说有一个人比他更有杀人动机。

这天小五郎把打同样喜欢麻将的肥田叫出来打麻将，可左等右等肥田都没出现，于是决定到肥田的金融公司去看个究竟。当他们到达肥田的住所时却发现肥田已经死亡！在询问死者习惯的时得知肥田有把钱弄成扇形并舔手指数钱的习惯，而小五郎根据这个判断凶手就是饭野。但在勘察现场之后柯南推理出犯人并不是饭野而是另有其人。最终在铁证面前凶手承认了自己的罪行。

【主线剧情】米花博物馆将要举办珠宝展，园子家的「黑暗星辰」也要参展，可在此之前，园子家收到了一封来自怪盗基德的盗取通知信，柯南解开通知信的暗号后来到杯户市立饭店屋顶，基德在月色中凭空到来，将警方内部搞的一团糟后，顺利逃跑，并留下通知信说他定会盗走「黑暗星辰」。宴会当天，园子的母亲给上船的每个人都发了一颗黑珍珠，混淆视听，可基德手法更高一筹，他伪装成了铃木会长登上船只。

茶木警官让所有宾客互相做暗号，防止基德混入其中，这时，船内突然暗了下来，光束中基德出现，铃木夫人毫不犹豫开枪射向他，一片混乱中，铃木夫人解释这是她请来的真田魔术师，小兰在纸牌魔术中抽到了基德的留言，而这时一颗颗散落的珍珠在地上爆炸，宾客们躁动不安，戴在铃木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉着小兰来到机房说他已知道谁是基德……

一群人为长门会长庆祝生日的时候，他的女婿光明不知被何人袭击发出惨叫，此时大家在楼下的阳台上看到长子秀臣口中含刀，当大家赶到时，光明已被推到铁栏杆外面气断身亡，案发之后的第二天，警方在池塘底部发现秀臣，看似自杀的尸体留下一封遗书，而且他违背常理的衣服，透露出秀臣是在案发前就被人毒害投入池塘中。

为找到更多的线索，柯南和服部对长门家的门卫和厨师等人逐一进行询问，并且在对个个房间的搜查中，找到了女仆口中的床单，而且根据秀臣房间的电话留言，两人重新推断出了秀臣的死亡时间，一切准备就绪，服部叫来目暮警官，重现当时犯案的场景，凶手就是那个人，但逼死凶手绝不是一个侦探想要的结果。

动画原创。小兰和园子去东都银行取钱的时候，碰上了抢银行的歹徒，他用枪威胁银行职员谷口将现金装入背包，趁歹徒放松警惕，苏醒过来的银行职员前岛正要从背后攻击的时候，电话铃声突然想起，前岛被射伤，此时，银行一片惶恐，谷口冲上去扑倒歹徒将他击毙。当警察赶到时，柯南注意到了电话铃声，他认为此事并非单纯的抢劫案，而是另有内幕。

动画原创。打棒球时，元太不小心伤到一名流浪画家，送到医院检查才知道他失去了记忆，后来画家悄悄离开。几日后，画家的尸体被发现，为调查真相，少年侦探团出动，他们按照画家的素描找到了一户叫早濑的家中，主人热情招待这群孩子，柯南留意到这位夫人丈夫的遗像和死者很相像，进一步调查后，他将银杏、窗户、烧焦的痕迹、带眼镜的被害者、墙壁上的画串联起来，没错！凶手就是她。

少年侦探团，在机缘巧合下和最受欢迎组合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃饭，高山为找搭档永野椎菜，一人跑出了演唱会的会场。后来在餐厅外，歹徒当着柯南的面将高山推入车中绑架，他们要求少年侦探团拿着TWO-MIX最新的歌曲练习带去交换人质，歹徒在电话里让少年侦探团把警察甩掉并让步美一人前去，于是柯南和步美调换身份。

柯南离开时虽交代元太他们把追踪眼镜交给警方，但想要立功的侦探团却私自行动，并利用眼镜找到柯南的位置，正要打电话报警的时候被歹徒发现。眼看就能将TWO-MIX解救，柯南却因元太等人的绑架，再度落入敌人手中，他戳穿歹徒想要练习带的目的后，歹徒恼羞成怒点燃屋内的汽油，柯南等人能否成功逃脱？

动画原创。小五郎骨折住院，某天夜晚他看到对面的房间有杀人的黑影，匆忙赶去后，却发现屋里什么都没有，接下来的几天，发生了同样的事情，主治医师白井说可能是因为疲劳而产生的幻觉，但柯南却认为事件没那么简单，他陪夜的当晚也看到了杀人场景，两人一起跑出去，当他赶到小五郎身边时，却发现小五郎已昏倒，旁边还躺着已经死去的江藤医生，小五郎就这样糊里糊涂的成了「杀人凶手」……

小兰、园子和柯南三人滑雪时，意外的碰到小兰的小学老师米原等人，并在他们的邀请下住进了滑雪别墅里，当晚，园子和米原被人袭击，之后还发现了迟到的杉山被人勒死的尸体，他们三个人手上分别写着「美」「奈」「子」三个字，看到这些字下田回到自己房间躲起来，柯南和阿笠博士联系后得知三年前杯户小学发生过自杀案件，当时自杀的学生就叫望月美奈子。

这时，二楼传来老师们的惨叫，柯南和小兰跑上去发现下田被人勒死，柯南立即开始找凶器，但并未找到，唯一能确定的是，凶手就在中村、米原和坂井之间，接下来的搜寻中，柯南在下田脖子上发现了头发，凶手就是那个人！可是该通过谁之口揭穿凶手呢，园子昏睡不了解案情，正值苦恼之时，他想到以工藤的的身份让小兰用便携电话说出真相，而小兰却在得知真相后痛哭不已。

放学后，光彦一伙儿聚在一起研究宽波段接受器时，无意中接听到了一个绑架恐吓电话，大家都很担心这个被绑架的女孩性命，便决定根据这通电话找到女孩，柯南根据歹徒陆续打给女孩爸爸的电话，和伙伴们一步步找到了被害人和歹徒的位置，成功解救人质。

动画原创。柯南、小五郎和小兰驱车去北海道看丹顶鹤，偶然认识了饲养丹顶鹤的大伯，他邀请柯南他们去自己家入住，大伯的弟弟阿保热情招待他们，就在这个时候大伯的儿子阿浩和女儿则子为财产的事儿而来。之后，柯南等人一起去泡了温泉，回到屋子的时候发现大伯被人用十字弓射杀，而阿浩则跑去警局自首，但柯南依据自己对现场的勘查认为凶手另有其人。

动画原创。柯南与毛利小五郎等人受名小说家虎昌先生委托调查其妻子的外遇事件，于是小五郎带着小兰和柯南来到被称为吸血鬼山庄的虎昌家。当天晚上在书房看电影的虎昌先生却被人杀害！而凶案现场的门被从内部反锁，屋外的积雪已深，却未留下任何脚印，是真正的密室杀人案件。加之因为大雪警方也无法前来使得案情疑云重重。

动画原创。当晚发生杀人案件的书房是完全的密室，而屋外的雪地上也没有脚印。犯人是怎样到书房的呢？在大家都将凶嫌箭头指向搞外遇的妻子和情夫时，柯南却看出破绽。一桩多年前的恩怨所埋下了愤恨的杀机的事实渐渐浮出了水面。最终柯南发现了凶手的犯罪手法并将其公之于众，而凶手也最终承认了因为妹妹的去世而起杀念的事实。

动画原创。在插花艺术家冈野利香的个人纪念发表会上，酒店的经理白木突然离奇死亡，柯南注意到白木胸前的花，在偷偷潜入冈野利香的房间后，成功找到氟化氯和氢酸硅化物，看来凶手还要继续杀人，当柯南看到舞台冈野利香用以表演的花朵时，便急忙阻止它们绽放，因为白木死亡的秘密就藏在这些花朵之中。

小五郎因赶着去看洋子演唱会，从楼上摔下而骨折，和他同病房的有一个老人和因车祸受伤的年轻人。某天，柯南和朋友们去医院看望小五郎时，碰见老人的儿子关口，当大家讨论起近期发生的银行抢劫案时，关口和同病房的年轻人都神色怪异，注意到这点的柯南，暗中观察得知关口被那伙银行强盗威胁，但最终在柯南和少年侦探团的帮助下，关口的女儿得以解救。

动画原创。半年前银狐在完成了一件不露痕迹的暗杀后，消失匿迹。某日，一个叫潮文造的房屋中介公司社长，来事务所委托小五郎找出银狐，接受了他的委托后，柯南和小兰也随他们一起来到丹原山，进行登山活动，同行的还有五个登山者高梨恒、平井健一，能势新吾、三枝恭子和河边晃，而银狐很可能就在其中，第一条命案很快就发生了，当晚，小五郎也遭到袭击……

动画原创。次日，山岳庄内发出小兰的惨叫，柯南等人赶到后发现恭子被人刺杀，就在大家推测出谁是凶手时，河边晃、潮文造和管理员都不见了踪影，小五郎认为潮文造有危险便急忙跑入山中，不想却碰上地震，他们救了河边晃后返回山岳庄，河边晃承认了自己的罪行，但却否认自己是银狐，那么银狐到底是谁？潮文造又是出于什么样的目的委托小五郎？

动画原创。柯南、小兰和小五郎去滑雪的时候，和扮演雪女的明子以及她的替身住在了同一家旅社，期间，小兰曾看到雪山上有雪女出没。大家在愉快的滑雪回来后，柯南注意到一同出去的明子和洋子却并没有一起回来，当晚洋子邀请大家一起喝酒，明子因为咳嗽并未参加，次日，洋子跑来找小五郎说明子留下遗书自杀了，找到尸体后，柯南发现这根本就不是自杀，而是被人谋杀，凶手就是那个人！

动画原创。小五郎和朋友分开，一个人醉醺醺的在街上游荡时，碰到了有过几面之缘的佐知子，她邀请小五郎和她一起兜风，之后，小五郎在送佐知子回到家时，发现她的室友和美被杀，最有可能的人就是佐知子，但是她当时和小五郎在一起，有充分的不在场证明，那么到底是时间的错乱？还是凶手另有其人？

九十九七惠通过妃英理的介绍来到毛利侦探事务所，她拜托小五郎帮她重新调查丈夫著名魔术师九十九元康的死因，一行人来到九十九家中，见到了元康的三个学生真田一三 、三好麻子和白地裕士，简单的照面之后，他们来到元康的死亡现场——地下室，柯南仔细进行现场勘查，发现了电话上一串奇怪的数字，期间，小兰对柯南起了疑心，而暗中观察他，但柯南毫无意识。

破解密码后，元康留下的线索居然是……案件解决之后，小兰找借口把柯南带到了工藤家，并戳穿柯南就是新一的身份，这时，工藤的母亲有希子从美国回来，在她的帮助下，柯南逃过了小兰的质问。 次日，有希子带柯南来到乡下，原来她是受儿时朋友广美所托，来鉴别刚从巴西回来的叔父义房的「真假」，晚上，义房说他早就知道大家的怀疑，并从身上拿出一封恐吓信。

柯南用自己的方式证实了义房身份并未伪造，经过院子的时候，广美和有希子谈起了15年前自己母亲从这里落井死亡的事，突然，柯南看到了木门那边有个可疑人影。当晚，大家轮流洗澡时，去外面加柴的广美发出叫声，她看到了可疑人影，并在古井发现了二妈真知子的尸体，而家里的汽车也莫名被停到了森林。这时，薮内家的律师赶来宣读遗嘱，期间，义房差点被人蓄意设计的十字弓杀死。

柯南向大家分析凶手是有目的的要杀某个人，这时，警察说他们在木柴那里找到了一盒磁带和包有雨衣的凶器，听过磁带之后，柯南揭穿了想要杀死义房的凶手敬子，但当问及真知子的死亡时，敬子却矢口否认，柯南说凶手确实不是敬子而是另有其人，还没待他讲完案件，那个鬼鬼祟祟的墨镜男出现了，他居然是……

动画原创。收到市川产业的会长的委托而且参加了在会长家开的party的小五郎他们，为了确定公司的继承人调查了会长的女儿们。在柯南跟踪一重小姐时却不慎被人晕倒，当他起来赶往会场的时候市川却因为突发心脏病倒地身亡。但市川真的是因为突发心脏病死亡却引发了市川的女儿们的争论。而从包里搜出的注射器的一重也成为了头号嫌疑犯。但在柯南推理下最终发现了真凶的身份。

小五郎他们接到了陶艺家的菊右卫门说的电话邀请他们到自己的家里来。原来菊右卫门是让小五郎来看他的新作“风水丸”。就在媳妇土屋益子去仓库拿新作的时候竟然不小心把“风水丸”打破了！而在晚上的宴会中土屋益子也因为醉酒不起而被抱回了房间中。但在第二天早上，从仓库里传出了陶器的破碎声，当大家跑过去的时候发现益子竟然上吊身亡。

土屋益子虽然被认为是因为打破了菊右卫门的新作“风水丸”而内疚自尽的，但柯南在看到现场的血迹时发现了不正常的地方，最终确定这是一起杀人事件并推理出了犯人的犯罪手法和凶手的身份。而在铁证面前凶手也最终承认了罪行，坦白了因不愿意益子继续将自己的作品作为师父的作品来欺骗他人而杀人的事实。

柯南等人参加了麻美这个自称是新一的初恋情人，在别墅举办的生日聚会，因为她睡着了大家就留她一个人在别墅，剩下一群人则上街去唱卡拉OK，这时，沢井发现别墅方向发生了火灾，可麻美还在屋里睡觉，所幸小兰将门踢开救出了麻美。

在医院醒过来的小兰看到麻美平安无事便和园子一起出去买东西，但等她们回来之后却发现麻美不见了。另一边，柯南还在为找出事故原因向消防员询问现场状况，并下山去沢井等人去的便利商店询问当时他们买东西的场景，在老板指出有一人行动奇怪后，柯南便知道了放火就是那个人！

小五郎收到古装剧演员土方幸三郎的邀请后被带到公寓里，大家在这个五楼的屋子阳台欣赏风景的时候，竟然看到土方的太太永仓永美的尸体，在隔壁演员冲田家的阳台上倒下来，冲田否认自己杀人，但警方和小五郎都认为他是唯一有可能犯案的人，但柯南却在土方原本悲痛的脸上看到一丝恐怖的笑容，便对冲田犯案的说法产生怀疑，最后柯南找到足以推翻整个案子的有力证据。

某天，小五郎收到一封请求信，一个叫中村操的人说他搬进继承的别墅之后，就碰到很多诡异的事情，到达后，柯南发现这个别墅确实充满谜团，大门扶手缺少的雕像，别墅里随处可见动物时钟，所有数字型时钟相同的刮痕，在屋顶的阁楼里好像有人，跟十年前疾风窃盗集团有关的新闻资料，高尔球袋上的DEMON字样，另外，还有从鸽子时钟里出来的恐怖妖怪，解开这些谜团的钥匙在哪里呢？

柯南注意到恐怖妖怪的头上分别有「R」「L」「N」三个字母，并将数字时钟上被划痕分开的11：0结合起来，解开了屋内的谜题，在他的提醒下，小五郎也逐渐的明白了这些暗号的含义，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗号，再次回到了鸽子时钟下面，让他们惊讶的是这次从时钟里出现的不是妖怪而是……

动画原创。在某颁奖典礼上，摄影师柳濑因抓拍到火灾现场而获奖，但记者中井突然说了一些莫名其妙的话，还往柳濑身上撒了石灰粉。之后，中井给事务所打来电话，说自己将要被杀但话还没说完就被迫中断，柯南匆忙赶到时，中井的家中已经失火，巧合的是，柳濑就在对面拍照片，柯南知道这是有人蓄意为之，他请阿笠博士帮忙找到证据后，在节目的录制现场借小五郎之口揭露真相。

动画原创。少年侦探团不小心将棒球打到隔壁别墅的院子里，捡棒球的时候却被别墅的主人绵贯义一赶了出来，在回到侦探事务所的路上，大家碰到一个跟假面超人里鼹鼠星人很像幸田正夫先生，他说他妹妹一个月前突然下落不明，一定是被绵贯杀掉埋在院子里，待他离开后。少年侦探团偷偷溜进院子挖尸体，这时，珠宝店发生抢劫案，凶手正是幸田正夫，他的目的到底是什么。

动画原创。原来幸田把从宝石店里偷来的宝石分散埋在了绵贯家的院子里，而警察追过来时幸田称宝石被埋到了院子里而警方则不得不挖开整个院子。但警察在挖掘后并没有发现尸体。少年侦探团的各位在调查了绵贯家附近之后发现了绵贯杀害早苗的事实和藏尸的地点。在少年侦探团们的的指引下警方最终找到了早苗的遗体，而遗落的大波斯菊的种子最终说明了早苗锁在的地点。

动画原创。少年侦探团因成功抓捕强盗而大出风头，某日，大家一起外出的时候，步美被一辆急驶而过的红色轿车撞伤，柯南用滑板载着光彦和元太一起去追肇事车辆，奇怪的是，每到转角车子都会停下来，好像故意等他们一样，当柯南等人追到石仓工厂时，车子不见踪影，之后，车子有突然出现并一路驶向警察局，没过得多久，柯南等人得知石仓工厂发生了命案……

动画原创。小兰到上森老师的烹饪教室去上课，菜做到一半屋里突然停电，这时，烹饪老师上森美智却不知道被什么人刺伤了背部之后身亡，这名凶手利用绳子和冰块早就事先制造了一个会自动断电的装置，调查结果还发现，凶手从外部进入屋内行凶的可能并不成立，那么凶手就是屋内除去柯南三人的其他几名学生。

动画原创。找到凶器成了破案的关键，小五郎发现抽屉里的冰镐少了一根，加之对大家物品的检查认定矢代就是凶手，可是柯南却发现消失的冰镐被用来固定植物了，继而小五郎又认定上森的儿媳熏凶手，熏指出这里的每个人都有杀人动机并否定自己是凶手，到底谁是凶手呢？这时，柯南从目暮警官和小五郎的谈话中得到启示，找到凶器之后，没错，凶手就是那个人！

学校里最近发生了很多诡异的事情，而且教导主任在没请假的情况下也消失了好几天，当柯南向老师和校长问及此事时，大家也都避而不语，为调查真相少年侦探团夜探帝丹小学，附有学生名字的娃娃，移动的人体模型，窗户后面的黑影，楼梯上的烟雾和扶手上的红色颜料，以及自己班级里突然出现的十几个黑影，虽然这一切看似扑朔迷离，但是真相只有一个。

小兰和柯南潜水的时候，发现了一名女子的尸体，镇上的验尸医生田中认为这是一起自杀事件，但被害人的朋友却口口声声说一定是田中杀的，原来田中为和院长女儿订婚而抛弃了死者，虽然田中的嫌疑最大，但是他却有不在场证明，小五郎干着急没办法，而柯南则从捡垃圾的爷爷那里找到了一个破洞的游泳圈，并用空瓶子做了个简单试验，犯人的手法他已完全明白。

小兰为了让她父母亲之间的感情有机会复合，便策划了一场海滩之旅，大家在这里认识了几名大学生，但其中一个叫贵和子的女生在潜水的时候被海蛇咬到而有生命危险，之后，小兰回想起自己看到的海蛇身上有两个小翅膀一样的东西，然而这个看似意外的事件，其实是有人蓄意操作。

贵和子的未婚夫雅彦打来电话希望朋友们可以把保险证送到医院，于是，一群人便驱车赶往医院，途中柯南从小兰和她妈妈妃英理的谈话中得到启示，赶到医院时贵和子还没有脱离危险，柯南麻醉小五郎后，让大家来到院长室将整个案件的来龙去脉详细分析，并找出了蓄意谋害贵和子的凶手。

某天，小说家任太朗的女儿香保里来到小五郎的事务所，拜托他找两个月前留下纸条就突然失踪的父母，可奇怪的是任太朗每个星期连载的小说却会按时传真到出版社，于是，柯南一行人赶到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了几点难以理解的部分，然而这些就是拯救任太朗的主要线索，柯南从小说中读出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什么？

就在警方焦头烂额的想暗号含义时，远在大阪的服部给出版社打来电话说自己已经破解暗号即就是「请快点救我」，但接下来的信息却难以用同样的方法读取。柯南看着这些文字也无计可施，然而别人的对话却突然点醒了他，他以另外一种方法解读出作者的所在和目前的状态后，便引导警方和小五郎发现了其中隐藏的信息，但当大家赶到任太朗的所在地时，却并没有发现任何歹徒……

【主线剧情】服部平次邀请柯南与毛利和小兰来大阪参观旅行，一行人在旅行途中遇上一件离奇坠楼死亡事件。而这与之前的杀人案有着惊人的相似，疑似连续杀人案件。在柯南与平次对案情细心的推敲下发现整个案情指向一位女关系人，而就在这时她却惨遭灭口，案情越趋险。

柯南和服部发现所有的被害者都有开车的记录，深入调查后服部等人察觉到事情可以追溯到20年前，因为所有的被害者都毕业于同一所驾校，并且毕业那天，他们的教练因酒驾而丧生，案情刚有进展小兰就接走了柯南，途中他们逮捕了和此事相关的通缉犯沼渊，而另一边，服部则前去找和被害者们同一届毕业的乡司议员，在等待的过程中，服部从20年前那张驾校的毕业照上发现了事情的真相。

动画原创。柯南等人受邀参加假面超人影迷俱乐部的派对，派对还没开始多久，突然冲出一名叫三岛的男子将假扮成突击警察的本田先生射杀，继而自己又举枪自尽。所幸的是本田穿了件防弹衣，只是轻微受伤，并无生命危险。眼见不一定为实，在大家都以为三岛是自杀的时候，柯南察觉到这其实是件蓄意谋杀案。

动画原创。小五郎被山崎社长邀请去拍摄宣传广告。在吃饭的时候听到玻璃破碎的声音，跑过去看的时候发现山崎社长从窗户里掉出来摔到悬崖下死，而房间竟然是密室状态！调查后发现死因是因被大量蜜蜂追赶而不慎掉入山谷，但柯南在调查现场之后发现事实并非如此，黏在门把手上的奇怪东西最终让柯南发现了凶手的身份和犯罪手法。

前往洋子演唱会的途中，小五郎弄丢了门票，这时，碰巧遇到了一个叫青岛全代的小姐，她表示如果能接她妹妹听演唱会，就愿意把多余的门票让给小五郎。当大伙儿到全代的家时发现她的妹妹美菜在一个密闭的浴室中状似自杀死亡多时，这个浴室的门窗缝隙全部从内部用胶带贴住，经过鉴识胶带上只有美菜一个人的指纹，虽然警方认为这是自杀案件，但种种疑点表明这绝对是谋杀。

柯南和从便利商店调查回来的高木警官交谈的时候，注意到了门上的血，这时，美菜的未婚夫也带病赶来，他说自己曾来找过美菜，但在门外等了半天也没人开门，根据这些信息柯南知道了凶手谁以及她所谓的密室手法。但案件还未查清，小五郎就急着要去看演唱会，柯南看准时机将他麻醉，用变声领结说出真相。

动画原创。少年侦探团从事务所的答录机上听到天气播报员浅野亚纪的留言，便私自决定代替小五郎去处理事件，来到电视台后，亚纪热情招待大家，还记下了柯南的call机的号码，期间，亚纪接到了一通电话匆匆离去。在等待的过程中，柯南的call机收到了亚纪发来的留言，根据这些陆续发来的数字，大家推断出亚纪一定是遇到了危险，经过反复推敲和琢磨，柯南终于明白了其中的含义，并按照这个讯息找到了被绑架的亚纪。

动画原创。在一个相扑类派对上小五郎接到了石本诚二的委托，因为他收到了一封不明来路的恐吓信，威胁要将他杀害，当会场灯光转暗，来宾致词时，高田议员经过石本的后面，居然有一发从控制照明室射出的子弹略过石本的肩膀，直接贯穿了高田议员的胸部，混乱中，柯南发现一可疑男子，但第二天，这名男子平冈治郎却陈尸在一栋废弃大楼里，原来大家都被真正的歹徒玩弄股掌。

动画原创。次日，暮目警官来到石本的公司询问案件，石本说出了自己曾被平冈威胁的事，本以为案子就以认定平冈为凶手了结的时候，躲在社长室的柯南发现曾与幸子见面的男子从屋子里拿走了一个遥控器，而这名可疑男子其实是幸子的男朋友柴田健一。小五郎让所有案件相关人员来到派对现场并说柴田就是凶手，可由于他的错误判断，柯南只好再次将他麻痹以找出真凶。

动画原创。小兰的班上转来了一个叫伊东玉之助学生，受到他的邀请小兰和柯南一行人来到他的剧团参观排练过程，柯南发现成员之间似乎有什么问题，没过多久一桩杀人案件发生了，案发时所有人正好都在舞台排练，而且柯南等人就坐在观众席，那个逃过柯南和剧团人视线犯案的凶手应该就在其中。

动画原创。玉之助半夜悄悄出门，妹妹小惠和柯南暗中跟踪到了剧团，两人刚进剧团就在舞台上发现了被人打昏了玉之助和剧团经理系江的尸体，而她的身边有一张纸条和许多木屑。虽然玉之助昏迷但是他却被认定为重要嫌犯，当柯南再次来舞台调查时，他突然想到了什么便匆忙赶往医院，并通知警方好好保护玉之助，犯人果真去了医院，但他身手灵敏，躲过了警察的追捕，没错，这个人就是半年前消失的江户小子！

【魔改主线剧情】某天，柯南发现有人正在抢劫运钞车，虽然奋力追赶，但还是让抢匪驱车逃跑，之后，警方发现抢匪的车并认定这是一起单纯地抢劫事件。可事情并未就此结束，参与抢劫的两名抢匪被杀，并在凶案现场发现了银行职员广田雅美的口红，虽然雅美嫌疑最大但案件还有许多疑点，这时，柯南意识到她有危险，用发信器追踪到达后雅美已死，而这件事的幕后黑手居然是……

【主线剧情】柯南的班级转来了一个叫灰原哀的女生，而同一天少年侦探队也收到了同校俊野帮忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家进行调查，发现了一张夏目漱石的肖像画，俊野说曾有一个黑衣女人很赏识这幅画，听到这些，柯南马上联想到了黑衣组织，便急忙带领侦探队走街串巷的寻找线索，期间，在便利店遇到的一个使用假钱的男子引起他的注意，于是，一路尾随，推理出了这名男子的去向。

柯南没想到元太等人也悄悄的跟着他，这时，俊野提起哥哥曾打来电说自己和夏目漱石一样的小说家在一起，柯南仔细想了想便明白哥哥想要传达的信息。一家在警局旁边的报社引起了少年侦探团的注意，柯南断定这就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察却不相信他们的话，无奈之下，柯南用变声领结给暮目警官打电话，于此同时，元太等人却私自潜入了报社……

虽然少年侦探团被发现且命悬一线，不过幸好柯南及时赶到，大家得以解救，至于这个黑衣女人根本不是组织里的人。回家的路上，灰原识破柯南的身份并说自己是黑衣组织的人，而阿笠博士现在已经……，听到这些，柯南匆忙赶去博士家却发现博士安然无恙，而这时灰原也回到家，原来她因为姐姐的事情已经背叛了组织并且服用了和柯南一样的药让身体变小，走投无路之下来到工藤家，被博士发现而收留。

为了找寻灰原存有药物资料的磁盘，柯南一行找到了她姐姐明美的老师广田教授，赶到时却发现教授死在一个密封的室内，经过鉴识认定是后脑勺遭到重物撞击而死，但这其实是一件蓄意杀人案，可疑人物锁定在白仓、细矢和盛冈三人身上，就在柯南的推理遇到瓶颈时，灰原的一句话点醒了他，他用阿笠博士的声音道出真相。

元旦当天，少年侦探团一起到国立竞技场看足球决赛，却看到l了足球被枪射中，这时，正在为天皇杯决赛进行转播的日卖电视台，接到了歹徒索要五千万元的恐吓电话，如果让他发现比赛中止让观众撤离的状况，他将立刻对场内的观众进行扫射，电视台依照歹徒的指示将钱袋准备好之后就在周围埋伏了带待命的警官，然而警察只抓到了歹徒同伙，歹徒通过电话说因为日卖电视台的报警所以要杀鸡儆猴，情况愈发危机。

因为以全场观众为人质，歹徒更加猖狂，在带走了五千万元之后，又要求在比赛结束前追加十亿元，否则就射杀观众，他还揭露出了隐藏在人群中的警察并让他们撤离。虽然暮目警官趁着歹徒打电话的机会让在现场的警察搜寻可疑人士，但却一无所获，歹徒到底是怎么打电话且同时观察观众席上的动静呢？又是如何避开大家的耳目呢？

柯南随小五郎送园子和小兰到山里的别墅，参加在网上认识的魔术爱好者见面会，在回家途中，柯南从收音机中听到魔术爱好者的西山务在家被杀，而且还留下杀人将继续的留言，之后小五郎和柯南急忙赶回去却看到与山外唯一连接的桥正在燃烧，身患发烧的柯南冲入大火一个人到达别墅，很快第二个受害者滨野的尸体在雪地中被发现， 但周围却一个脚印都没有。

滨野是被凶手勒死放置在雪地中间的，他是怎么完成这种不可能的犯罪？在须镰的提醒下，大家想起了没有来参加的会员影法师，并认为他最有嫌疑，期间，田中说要上楼披件衣服，但突然从外面射入一支箭，与此同时浴室也遭遇同样的情况，冲出屋外后，大伙在树林了发现了十字弓和一些箭，柯南一边询问大家滨野遇害时的情况，一边对别墅进行检查，并在浴室窗户下发现了订书针，之后又受酒瓶上图案的启发，他知道了事情的真相！

柯南找来订书机、剪刀和绳子后，就突然不见了踪影，就在大家忙着找他时，一声尖叫把所有人引到了再次被箭射穿窗户的房间，继而，柯南又不顾大家阻挠跑到树林里，趁园子不注意的时候将她麻醉，借她之口指挥小兰把凶手的杀人方法再现，将一切解释清楚之后，就是揭穿凶手了，他就是…

动画原创。少年侦探团碰到了绿美容馆的店长绿和店员美香发生争执，因从中听到美香要辞职的信息，步美表示很遗憾，但美香说可以帮步美剪次头发。次日，大家陪步美去美香公寓时，却发现她横尸家中，之后警方介入调查并从死者的指甲缝中发现蓝色塑胶碎屑，这时店长绿也赶来确认尸体，柯南从她的表情和怪异的举止断定她就是凶手，可是凶器到底是什么？在灰原的提醒下，柯南把目标转向垃圾，一番搜查后却一无所获，柯南这次真的判断错误吗?

阿笠博士带少年侦探团到野外去露营，可却在回程的途中在森林里迷路，误打误撞来到了一个被森林环绕的古堡，所幸主人很热情的邀请大家入住古堡，然而住在里面的间宫家族好像隐藏这什么秘密，之后，柯南在房间的密室里发现一具骷髅，就在这时，有人从背后将他打晕。

柯南一直到吃晚饭的时候都还不见踪影，博士去找他时也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人决定在古堡进行搜索，然而他们却没有发现凶手正悄悄跟在他们后面，大家跟着灰原来到柯南消失的密室，并发现了血迹和石头上的留言，古堡越来越诡异，之后，光彦和元太也不知了去向，步美和灰原进一步深入古堡，就在她们也发现那具骷髅时，凶手出现。

帝丹小学校庆这一天，少年侦探团拿着阿笠博士送给大家的电影折价券一起去看电影，大家争执之后决定去看哥美拉的三部片子，没想到今天是这家

电影院最后一天营业，柯南等人成了最后一批观众，就在欣赏电影之际，荧幕上却出现了一个黑影，原来这个黑影就是迫使电影院关门的张田的遗体，在警方要以自杀确定这件案子的时候，光彦却说一句让大家惊讶的话！

光彦说他看到友里百合子在厕所前拼命擦眼泪，这虽然让大家大吃一惊，但是百合子说自己只是去厕所调整隐形眼镜而已，这说法合情合理，可柯南总觉得还有疑点，之后灰原一句无意的话语让柯南终于明白了事情的真相，于是，他急忙的跑去作案现场找到了证据，正巧阿笠博士也赶来接他们，柯南就借阿笠博士之口并重演凶手在放映室的杀人手法，将凶手绳之以法。

动画原创。步美生病一人在家休息，就连有电话打进来她也因熟睡也没有接听，但过了一会儿，步美听到有人撬门的声音，不禁想起了前些日子歹徒入室杀人的事情，可她还没来得及报警，歹徒就破门而入了，她慌忙躲在床下，用少年侦探的徽章联系柯南，因为不能说话她就用假面超人闹钟声音代替自己传达求救讯息，可元太光彦确认为步美在恶作剧，柯南会弃之不理还是解开暗号呢？步美又会展开怎样的自救？

平次与和叶为代替母亲参加朋友的婚礼而来到东京，就在大家一起游览东京的时候，与即将举行婚礼的森园家的管家重松相遇，在他的要请下，柯南一行人来到森园家，不幸的是，重松当晚不知被何人在密室所杀，事情还没有一个结果，大批媒体却蜂拥而至，警方也赶来介入调查，这时，和叶发现片桐风和樱庭带着同样的坠子。

警方看到落地窗的锁上有血迹，并在玻璃碎片上了发现了一个小洞，柯南和平次作出大胆推测，期间，柯南因看到远处树上挂着的不明物体差点坠落阳台，而当时在旁边的菊人却因为惧高症，没有伸出援手，所幸有惊无险。在树上找到凶器之后，两人将所有的线索串联起来，没错，凶手就是那个人！他们将所有人都叫到案发现场，说樱庭就是凶手，可事实真是如此吗？

动画原创。柯南、小兰和园子一起在天台上等待看流星，和他们一起的还有三个东都大学研究所的学生，期间，野中和秋本去对面的电视转播塔进行摄影，临走前秋本告诉他们会有人造卫星经过，让他们注意观测。过了一会，秋本从转播塔那边回来，留下野中一人摄影，就在大家看向对面的时候，野中从塔上坠落，赶到现场后，他已气绝身亡，这到底是意外事故还是有人蓄意谋杀？

柯南，小兰和小五郎一行三人搭乘开往北海道的特快列车北斗星三号，在通过隧道的时候珠宝商人出云被人枪杀，凶手将车窗射穿跳出车外逃跑，之后警方又在隧道之中发现了疑似歹徒的男人，这宗命案的过程简直跟柯南的爸爸工藤优作一篇未发表的推理小说一模一样，期间一个言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的谎言后，她终于暴露了身份。

原来这名行迹可疑的女士是柯南的妈妈有希子，她将此行的目的告诉柯南后，大家就一起聚到休息室听小五郎的推理，期间，警察在隧道里浅间的尸体上发现了胶带碎片，突然灵光一现，柯南知道了谁是凶手以及他的犯案手法，却苦于没有证据，按照小说的剧情，柯南还有被杀的可能，苦恼之时，有希子提议干脆将计就计让凶手自己现身，于是一场揪出凶手的好戏上演。

作为青色古堡的探险事件的参考人，阿笠博士和少年侦探团的各位被叫到了警视厅。随后2亿元抢劫事件的受害人东都银行的增尾行长也来了。增尾在给家里的妻子打电话时，电话的那头传来了惨叫声。当警方赶到增尾家时发现妻子加代已被人刺死！虽然看起来是外部的入室杀人，但在柯南的推理下最终发现了凶手杀人的事实。

马上赶到增尾家的众人发现增尾的妻子已经被杀害了。看似是强盗杀人的事件中柯南却从中发现了疑点，经过推理最终发现了犯人的犯罪手法在。在柯南的提醒下高木警官揭露了犯人的骗局。另一方面佐藤警官拒绝了白鸟警部的邀请转而邀请高木警官一同吃饭就在这时出现的暮目警官却让高木产生了误会。

动画原创。少年侦探团一大早搭乘开往米花乐园的电车，当柯南以为没人和他们一样时，就来了三个大学生也上了这趟电车，他们是铁道研究社的，来这里是为了拍摄地上电车的照片，期间，川崎下车去前方拍摄行驶的电车，可就在电车急速向前时，他突然从梯子坠落到铁轨上，幸亏司机及时刹车，他才得以保住一命，然而大家刚松了一口气，却发现堀井横尸车厢……

动画原创。小五郎带小兰和柯南去日卖乐园游玩，正好碰上剧场演出，假面超人的表演横跨整个乐园，可就在他表演从高空弹跳的动作时，脚踝的橡皮突然断裂，假面超人的表演者西野掉落河中而死，这起案件乍一看是意外，但柯南注意到橡皮有灼烧的痕迹并非自然断裂，于是推断出这是谋杀，在对案发现场进行调查和相关人员的侦讯后，凶手浮出水面！

动画原创。小五郎曾教过的学生崎园惠在自己的娘家碰到了一起车子被人安装炸弹而被引爆的案件，在爆炸中丧命的人是小惠的妹妹宽美，她在代替不会倒车的姐姐小惠倒车出库的时候惨遭意外，警方一开始怀疑嫌犯是个叫高桥的人，认为这个人和小惠的先生和夫共同筹划了交换杀人计划，原本企图杀害小惠，没想到却误杀了宽美，就在他们俯首认罪，事情告一段落的时候，柯南注意到了小惠。

动画原创。发生了这种不幸的事，小五郎带着柯南、小兰来到小惠家看望她，期间，柯南借上厕所之名跑到二楼的书房进行调查，他发现在电话线和墙壁连接的地方有胶带的痕迹，之后又跑去案发时的车库，看到车库的上方的窗子，更加确定了自己的推测——这起汽车爆炸事件另有隐情，数日后，小五郎再次来到小惠家，然而此次前来的目的却是……

动画原创。园子和小兰购物结束坐公交的时候，有一位自称是设乐的老人坐在了小兰旁边，他说自己认识小兰并打算去趟毛利侦探事务所，聊着聊着小兰睡着了，醒来的时候老人已经离去，可是小兰却很担心老人的安危，执意要去公车站找老人，这时，柯南发现小兰的包里多了一张磁片，这张机密磁片的内容到底是什么？老人又到底去了哪里？

在盛夏到伊豆去做海水浴时，有一个叫道胁的男子主动和园子搭讪，并邀请三人一起吃饭，期间，道胁谈起了当地有名的男子杀害褐色头发女生的事，就在这时，有人匆忙跑来说有一名褐发女子在小树林遇害。晚上，柯南三人在等待道胁接他们共进晚餐时，园子却遭到了不明人士的攻击。

次日，大家来到传说有幽灵的饭店，园子因没有休息好而一人留在车上休息 ，用餐结束的时候，柯南看到车子居然开始沿路向悬崖的方向下滑，柯南和小兰急忙跑去追车子，所幸在坠落之前将园子救出。因为有了阴影，园子要走了去警察局，可是路上却被不明人士跟踪，道胁提议兵分两路，小兰和柯南将跟踪狂制服，没想到这个人居然是……而柯南突然意识到园子有危险，当他们赶到时，园子已经被歹徒持刀相向……

动画原创。小五郎受学生时代认识的房东太太宗田光江之托，开导她最近不知为何事而消沉的孙子阿真，数次敲门无人回应，光江用备份钥匙把门打开，却发现屋内一片狼藉，而且墙壁上还涂满了用红色蜡笔画的线，大家在浴室发现了割腕而死的阿真，光江让柯南找来医科大学的房客城户，但已经为时已晚，小五郎断定这是自杀案件，但光江和柯南却认为是被人抹杀，这时，大家注意到了在建筑模型里的钥匙，也就是说这是密室杀人事件！

少年侦探团在废弃大楼为园游会练习的时候，逃逸的嫌犯在佐藤和高木两位警官的追击下闯了进来，嫌犯从屋顶逃到隔壁的美术馆，但佐藤警官还是在厕所将他逮捕，但由于操作失误，她将自己和歹徒都用手铐铐住无法自由活动，嫌犯东田声称他是无辜的，逃跑完全是为了参加女儿的婚礼，最后佐藤警官决定让高木和少年侦探团在一定的时限中找到真凶。

柯南在死者村西真美家发现了四处疑点，在少年侦探队的提醒和暗示下，高木终于知道了案件的真相，大家找到真凶用证据让他承认罪行。而另一边，杯户美术馆则即将在市民的瞩目和阿笠博士的热带彩虹炸弹中爆破，可佐藤警官和东田还在美术馆内，情况危急，佐藤警官真的会葬身美术馆吗？

动画原创。柯南等人搭乘环形电车的时候，突然从二号车厢里传来惨叫，一名女子横尸车厢，发现尸体的是死者的三名同事，柯南注意到死者耳朵发黑并且有被针状物刺过的痕迹，由此推断是被人毒死的，警察赶到后对死者的三名同事进行侦讯并检查了他们的物品，柯南发现其中一人物品很是可疑，没错，凶手就是她！柯南已将谜底已经解开。

动画原创。柯南等人来到一所盖有五重塔的乡间寺庙，因为这里要开发观光而导致寺方和观光公司产生了争执，次日，观光公司的社长小田英明被人发现尸体吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的传说一样，凡是破坏寺庙戒律，都会尝到恶果。在对尸体及其周围调查后，柯南找到了真正的案发现场。

动画原创。就在警察找不到任何线索想要以自杀结案时，柯南把在案发第一现场找到的领带别针交给警方，这就推翻了自杀的说法，但想要抓到凶手，还需要找到更加有决定性的证据。这时，柯南注意到了在案发现场发现的绳子，他突然想到什么，就跑到旁边的枯井，一切不出他所料，凶手就是那个人，他再次将小五郎麻醉，揭秘流传至今的五重塔传说以及凶手！

动画原创。在流水亭吃饭的时候，柯南再次遇到谋杀案件，死者是绳文大学的新井副教授，同行的两人金田和岩间表示他们是为了庆祝新井晋升才来流水亭，调查后并没有发现可疑人物出现在新井遇害的八号房，而当时金田和岩间也都有不在场证明。但一切瞒不过柯南的眼睛，在查看了金田和岩间所在的三号房和送饭用的船只后，找到了凶犯难以逃脱的铁证。

小兰在去冲绳旅行的飞机上想起了一年前新一在飞机上首次处理命案的事情，当时正值深夜，飞机上所有的人都在睡觉，突然传来一声尖叫，一名叫大鹰的男子在厕所被人杀害，碰巧目暮警官也在飞机上，于是新一和目暮警官一起对机舱上所有可疑的人进行了调查，在寻找凶器无果后，新一想到凶器一定就在凶手身上。

新一要求在次对嫌犯的物品进行搜查，可依旧没有发现可疑物品，之后，新一在鹭沼的座位上发现了底片的碎片，并将所有人的证词、座位上的底片、墙壁上的血渍和被害人口袋被弄湿都串成了一线，虽然鹭沼的嫌疑最大，但新一却说凶手不是他，因为他被真凶所利用，推理一步步接近真相，让大家出乎意料的是凶手居然是……

阿笠博士以少年侦探团为对象进行了一场寻宝之旅，舞台就是阿笠博士的叔叔住的一个别墅，但在他叔叔过世的50年来，这栋本不该有人进出的别墅却发现有人来过的痕迹，他们还找到了一系列由月亮、星星和太阳组成的古怪暗号，连博士事先藏好的玩具也被人用刀划坏，这幢别墅一定暗藏玄机。

对暗号进行仔细研究后，柯南将其破解，顺着暗号的指引，他们找到了暖炉下新的图案，只是这个暗号指向了盘子，一切又回到了原点，柯南百思不得其解，之后，他注意到这些带有暗号物品的摆设位置，将他们连成一线，没错，机关就是天花板上的吊灯，将吊灯旋转后，二楼的密室被打开，然而这个阁楼上居然有一堆白骨！

动画原创。少年侦探队为准备儿童大会要表演的布偶戏，随一个叫海部大学生去雾之丘高原进行特训，可是当晚柯南发现同他们一起来的小朋友和相应的布偶都不见了，就在柯南和光彦去二楼进行调查的时候，元太和步美也突然失去了踪影，因为电话线被不明人士割断，两人跑到离这里最近的另一家民宿，却看到……

服部和女友和叶受人委托前往鸟取县傀儡岭的武田家，但却在途中迷路，还遇到了一位叫罗伯泰勒的外国人，这时，同样受到武田家的邀请，为他们解开傀儡岭蜘蛛之家谜团的柯南等人刚好从旁边经过，在他们到达的当天晚上，武田家的长子信一在木偶仓库的二楼吊死，接着和叶的身后出现了可疑的人影。

和叶被人带走不知去向，与此同时，柯南、服部和小五郎三人正对信一的死亡现场进行调查，期间，女佣盐谷给他们送来宵并讲述了三年前所发生的事情。当得知和叶被人掳走消息后，大家分头寻找，最终在仓库里找到了缠满细线的和叶，所幸生命没有受到威胁。之后，柯南和服部又发现了袭击和叶用的电击棒和BB弹，再次返回案发现场又找了新的线索，凶手就是那个人没错！

服部把武田家的人和罗伯叫到发生凶案现场的二楼仓库，柯南将小五郎麻醉，在黑暗之中道出凶手所使用的手法，当被问及凶手是如何在这个形如密室中的仓库作案时，柯南的回答却是凶手根本没有出现在凶案现场，那么凶手到底如何作案？信一为何会虐待自己的女儿美纱？美纱自杀的真正原因到底什么？是怎么样的误会导致武田家频频出现惨案？

动画原创。小五郎受推理迷林雅人之邀去米花町水族馆观看表演，没想到在表演现场却发生了命案，死者是女演员大沢美智子，警方在调查中发现大沢的膝盖处有贴布，询问了同事后得知，她的腿偶尔会疼痛，并且在检查了控制室和蚌壳装置没发现异样后，推断出大沢死于意外，然而，跟着警方一起调查的柯南还是发现了蛛丝马迹，认为这是一件有预谋的杀人案件。

【主线剧情】当新出医生得知来取健康检查结果的小五郎，就是传说中的大侦探之后，便邀请小五郎，小兰和柯南留在他家里吃便饭，但在饭前却突然停电，来电之后，大家在浴室里发现新出医生的尸体，同时，在浴缸里还发现了一把刮胡刀，乍一看像是因为触电而死的意外事件，但在柯南看来却是一场有预谋的杀人案件。

【主线剧情】智明发现自己外婆的脚受了伤，因为警察要对阳子进行侦讯，所以小兰就主动提出帮助智明，自从小兰见到智明就总是一副很中意的样子，不是黑暗中紧抱智明的胳膊就是和他拉手，而且在她的脸上总是出现一片绯红，这些全部让柯南看在眼里，心里不禁大吃飞醋，难道小兰变心了吗？柯南在房间的二楼发现了碎片，并在房间中发现了可以解释小光为何会花费一分钟的时间去打开总开关证物，接下来，就是揭穿真相的时间。

小兰，园子和柯南在溜冰场认识了五个自称是陶土射击爱好者的朋友，就在大家等待看烟火的时候，洗手间却传来园子的尖叫，大家慌忙赶到现场时，看到的却是千寻遭人用散弹枪击中胸部倒坐在洗手间的惨状，她的尸体旁边留下了一个用血写成的S状文字，于是小五郎推断这个英文字母代表着「凶手就是佐野泉」的信息，但高木和目暮警官却推翻了他的猜测，之后，警方在死者的携带行动电话上发现了KIX的字样。

虽然现在清楚了凶手的犯案手法，但还是不能将犯人锁定在一个人身上，这四名一同前来的朋友都有犯案的嫌疑，柯南在厕所外面和内部都发现了地上带有血迹的线条，并且他还从四人的交谈中得知半年前因散弹枪走火而死亡的成田，经过推断，他已经知道了真相，就在这时，小五郎却叫来所有人，说他已经知道了谁是真凶！

因为柯南猜对了海豚旅行团所出的谜题，于是，为三人赢得了一次免费乘坐交响乐号去小笠原的机会，能登上这艘船的只有十名乘客，在登记途中，小五郎碰见了老警察鲛崎，但听乘务员说这艘船上还有第三名侦探，小兰和柯南也无意中发现了这次活动的组织古川，夜晚，大家聚在一起讨论此次前来的乘客，当听到叶才三这个名字时，每个人都面露惊讶之色。

原来这个叫叶才三的人，就是二十年前「四亿元强盗杀人案」的主谋，鲛崎和小武郎急忙赶到叶才三所在的101号房却发现屋内空无一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交响乐号也没有发现叶才三的身影，如果挨过今晚，法律将不再追诉他们二十年前所犯下的罪行，叶才三和他的同伙也将恢复自由之身。十二点之后，甲板上传出枪声旗子也被人点燃，柯南发现了一张写有奇怪语句的纸钞，这时，船尾发生爆炸，而在这熊熊大火之中，隐约可见一具尸体。

尸体被烧焦，根本无法辨识他的身份，只能从穿着姑且判断是蟹江，柯南发现这具尸体整过容，并推断出龟田和鲸井也是叶才三抢劫杀人案的同伙，当大伙赶到龟田的房间时，却发现他也消失不见了，柯南和服部推理出现分歧两人决定各自行动，可在调查期间服部遭遇危险，没过一会儿，甲板上再次响起枪声，心虚的鲸井决定交代一切，这时，鲸井突然被不明人士射伤，鲛崎赶到甲板时却看到……

在甲板船头的尸体不是别人，正是让大家误认为已经死亡的蟹江，之后，柯南又在船的外围发现绳索梯子，这说明蟹江一直藏身于此伺机而动，并且柯南还在船头栏杆上发现了剥落的油漆和烧焦的痕迹，将所有的线索串联起来，凶手渐渐浮出水面，这时，柯南接到一通电话，原本很担心平次的他却突然对小兰调侃起了服部，服部是否真的平安？这件与二十年前案件相关的凶案真相到底是什么？

动画原创。静冈县的横沟警官特地找到小五郎拜托他调查一起怪异的案件，此次案件的受害者是演员小宫山，虽然被害者只有一名，但是前来自首说自己是凶手的却有三人并且这几人都有理有据的说出了自己的动机和行凶方式，由于事情紧急，横沟希望小五郎可以尽快做出推理。赶到案发现场时，柯南再次对证人进行询问，并得知了事情的真相，凶手是自首三人中的一人？还是另有神秘四人？

【主线剧情】在放学回家的路上，柯南和灰原发现了黑衣组织中琴酒的车子，柯南在车上装了发信器和窃听器进行跟踪，但被琴酒发现，他也因此察觉到灰原的存在。柯南和灰原根据窃听器听到的地址，来到琴酒和匹斯可等人要进行杀人计划的杯户饭店，这里正举行电影导演的追悼会，在放映幻灯片期间，政客吞口重彦被杀。

【主线剧情】在吞口重彦被杀的瞬间柯南捡到了一条紫色的手帕，之后又发现了一个破碎的美术灯吊环，根据这两条线索柯南展开了调查，可没想到调查期间灰原却被不明人士带走，柯南以眼镜为媒介联系到灰原，得知她被关在了饭店内的一个酒窖里，柯南让灰原喝下老白干，这时，在饭店外面的柯南却看到了金恩，而在酒窖的灰原身体也正在发生变化。

【主线剧情】琴酒离开酒窖后，躲在烟囱中的灰原则依靠她变大的身体，爬到屋顶，然而刚给博士报完平安，她的身后就响起了枪声，原来在酒窖里的时候琴酒就发现了她。而另一边，柯南也得知了杀害吞口重彦的凶手，也就是代号匹斯可的真实身份，在调查清楚灰原所在的位置后，柯南飞速赶到，就在琴酒准备射杀灰原时，柯南向琴酒发射了一枚麻醉针，灰原趁机从烟囱返回酒窖，岂料待她苏醒过来匹斯可已出现在她的面前……

动画原创。博士请大家在一个叫Peach Sunny的咖啡店吃甜点，期间，在靠窗位置有两个正在争吵的人引起柯南的注意，就在博士刚赶到咖啡店时，突然冲进了一辆卡车，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方赶来后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企画的社长大原，意外发生时，大原正好去了厕所，所以才保住性命，这场看似意外的案件其实是有人蓄意杀害，那么，凶手是谁？他又采用了什么样手法？

动画原创。柯南、小兰和小五郎一行三人受到加那娱乐集团的会长加纳善则之托，保护他近来频频被人骚扰的妻子美咲出席晚会，然而晚会中途突然发生停电，美咲在自己房间里被不明人士袭击，所有人都怀疑犯人就是今天晚会的主角杰拉尔天马，可是紧接着杰拉尔天马就被人杀害了。

动画原创。晚到的杰拉尔·天马被剑杀死，和天马有过争吵的加那善成为了头号嫌疑人。柯南则在勘察现场的时候发现窗台上不自然的痕迹，而钢琴上奇怪的东西也吸引了柯南的注意，最终柯南揭穿了像谜一样的人物的真面目同时也解开了杀害天马的凶手所用的犯罪手法。在铁证面前凶手最终承认了自己的罪行并说出了杀人动机。

动画原创。少年侦探团在放学的途中发现勾在S形钩子上的结婚戒指。光彦说这是某个人的SOS的求救信号，少年侦探团的成员们开始搜索现场正在建的公寓。虽然中途误会了岛明夫妇，但是在大家的搜查下，柯南最终发现戒指的真真含义和“上原美里”的疑点。独自面对犯人的柯南再次使用麻醉针逃离危险并救出被囚禁的上原美里。

动画原创。少年侦探团在超市里玩从收银条上的物品名称猜晚饭的菜名的游戏。其中发现了可疑的收银条，柯南她们开始寻找买这些东西的人，想要阻止他。通过分头寻找自行车灯少年侦探团的成员们最终找到了犯人，但中途却失去了犯人的行踪。在元太无意的提醒下，柯南他们抓到犯人现行。最终柯南用脚力增强鞋制服了犯人。

动画原创。小五郎他们去参加为了交通事故的孤儿们的慈善活动，被邀请到发起者的社长家里。社长的苏芳红子在收集面具。连被称作被诅咒的假面的面具也用来装饰。为了不让这些面具出来作怪，晚上0点就会把这件假面之屋锁掉。当天晚上苏芳红子在自己的卧室被杀害，卧室上了两道锁，处于密室状态。同时在苏芳红子的尸体周围被诅咒的假面散落了一地。这真的是诅咒吗？

目暮警官在现场调查时发现，不管是气窗还是屋内被封锁上的门，都没办法通过，能够进出的只有被苏芳上了两道锁的门，并且还在每个面具的嘴边都发现了被害者的血，由于没有在雪地上找到凶手出入的脚印，所以有可能犯案的就是屋子里的七个人，警方对他们逐一进行侦讯，在他们的口供中，柯南发现有一人很可疑，虽然柯南曾掉入凶手的陷阱，但在想明白了事情的始末后，真相却只有一个！

动画原创。小五郎和兰和柯南住进了建在山里的山庄。在那里住宿的客人中有“城市猎人”节目的演员砂冈和工作人员。小五郎和大家一起去烧烤，不久听到了枪声，砂冈被杀害了。经过调查每个人都有很充足的不在场证明，而调查证据也显示凶手竟是从对面的悬崖开的枪。柯南经过分析后将凶手锁定在三人之中。

动画原创。砂冈被枪杀了，来福枪在山里被发现所以认为是外部的人干的。但是有疑点，柯南在询问了小五郎之前与砂冈的电话内容之后明白了明白山庄里的人物也可以杀人后，柯南发现了散落的玻璃碎片，明白了犯罪的手法。再一次的借毛利小五郎的身份指出了犯人。而犯人的计划也因为鞋子上粘到的玻璃碎片宣告失败。

动画原创。小五郎接受电视节目制作公司社长古川悦子的委托去保护他的母亲。然后在古川家等待悦子回来的时候知道了家属和女佣之间发生了很多金钱上的纠纷。悦子回来后去母亲的房间叫母亲时从母亲的房间传来了枪声。悦子的母亲被击中头部死亡。经过调查，柯南发现了凶手残留下来的证据正是遥控器上指纹的漏洞。最终凶手承认了自己的罪行。

【主线剧情】少年侦探队本来是跟着阿笠博士一起出来露营，没想到居然在森林中发现了一个钟乳石洞穴，柯南四人立刻进洞探险，却在这里碰到了一伙儿搬运尸体的歹徒，而柯南为了掩护大家逃跑中弹受伤，之后，便血流不止，元太背着柯南寻找出口，可身后的歹徒也循着声音疾步追来，失去了柯南的指引，少年侦探团剩下的三人会采取什么样的行动？

【主线剧情】看着奄奄一息的柯南，步美建议大家自己想办法，三人按照石头上的文字推断出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。紧接着柯南被立刻送到医院进行治疗，又在小兰碰巧知道血型的情况下给他输了血，小兰最近的奇怪反应让柯南意识到自己的身份或许已经在小兰面前暴露，就在他打算向小兰坦白时，灰原拿枪对准柯南。

【主线剧情】灰原这么做的目的是要叮咛柯南坦白有风险，让他谨慎考虑，并在他面前摆出三个选择，柯南会如何抉择？另一边，帝丹高中园游会的当天，话剧在体育场上演的时候，观众席竟然出现了谋杀案件，这时，突然出现了一位迷之少年，当他摘掉隐藏身份的帽子时，在场的所有人都惊呆了，许久未露面的工藤新一居然会出现在这里，然而，和叶却揭穿了这个家伙的真实身份。

【主线剧情】虽然对现场进行了调查，但警方无论如何都找不到决定性的证据，束手无策之时，小五郎提出了他的自杀论，并且得到了目暮警官的认同，就在警方准备以自杀结案时，话剧中的黑衣骑士突然出现，在否定了自杀论之后，他摘掉面具，而面具下面正是那张让小兰朝思暮想的面容，没错，真正的工藤新一登场，在进行了一番精彩绝伦的推理后，他却再次昏倒……

【主线剧情】没想到灰原调配的解毒剂能够长久的维持这具变大的身体，而与新一能同时出现在小兰面前的柯南其实也灰原伪装的，这样就完全解除了小兰的怀疑，之后，新一将小兰约到米花中央大楼的瞭望餐厅吃饭，并想乘此机会表明心迹，然而却在这时发生了命案，新一暂时抛下小兰去解决案件，并且成功推断出了凶手就是大场先生。

【主线剧情】虽然可以确定凶手就是大场先生，但是还有两个疑点未能破解，就在新一深入调查的时候，他的身体突然一阵疼痛，药物正在渐渐失效，他强忍住即将变小的身体所带来的痛苦，坚持将案件的真相公诸于众，案件完美解决之后，新一又变回了柯南，再次的突然离开，他将如何向小兰解释？

小五郎的事务所里来了一个叫春菜的大学生，委托小五郎找他的寻呼机朋友。春菜保存了秋悟先生的寻呼机和音乐盒，那以后，春菜的寻呼机上出现了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，却发现秋悟在给春菜送出寻呼机之前就已经死了，而走廊上还出现了奇怪的人影。接着众人就发现已经被击晕的阿稔。

小五郎询问阿稔有关邮票的事情却得到邮票已经不见了的回答，柯南也明白了小兰看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴殴打的真相。而柯南也指出春菜收到的音乐盒其实是秋悟托付给他人送出的。闹鬼的屋子的真实原因其实是有人背后操作。而秋悟先生的音乐盒其实也只是一般的旅游纪念品而已，真正贵重的是隐藏在音乐盒里暗语所指示出的邮票。

动画原创。园子和小兰差点被车撞了，由此认识了那个司机吉野千惠。千惠抱怨最近老是头昏，头痛。而她的丈夫却没有提醒小心路上断层的事情才导致了之前的惊险。小兰总觉得千惠丈夫的态度有些奇怪。在拜访千惠家的时候小兰她们得知千惠的丈夫为她购买了一千万日元的保险，疑团逐渐增多。经过调查，千惠丈夫的意图最终暴露出来。

动画原创。因为抽奖时抽到了一等奖，小五郎带着小兰和柯南来到位于深山的旅馆。宾馆的主人寺泉是爱车一族收藏了非常多的名车。在房间柯南无意中听到了奇怪的对话，此时寺泉找到小五郎说明自己最近突然到了恐吓信，希望小五郎能够保护他一直到名车展示场的开业仪式。突然，出现了三位不速之客。原来寺泉通过不光彩的手段收购了他们的爱车。在车展的当天却发现寺院死在了车上！

动画原创。雾之峰宾馆的主人寺院晚上开车出去兜风，第二天在停车场发现坐在车子里的寺院已经死了。在调查的过程中发现每个人和寺院似乎都有过节。柯南发现车罩上裂痕的疑点，而停车场看守的证词又增加了疑团。最终柯南发现了犯人的犯罪手法并当场演示给众人，而残留的焦油也暴露了凶手的身份。

柯南，小兰和小五郎一行三人到饭店避暑，正巧在这里碰到了和其他律师一起来这里度假的妃英理，当晚为了找寻酒醉未归的小五郎，竟然发现了死在密室里的律师律子，然而糟糕的是，小五郎竟然就睡在这个房间里，于是小五郎就以案件重要关系人的身份被带回了群马县警局，佐久作为辩护律师一同前去，而柯南和妃英理等人则留在现场进行调查。

柯南在垃圾桶里发现了被丢掉的便签纸，客房服务员也说自己曾在门外发现了一张写有奇怪内容的字条，这时，警方说在凶器电话线上发现了小五郎的指纹，案件的侦破进入了死胡同，凶手到底是谁呢？妃英理随意的一句话提醒了柯南，没错凶手就是那个人！得知了真相以后，柯南、妃英理和警方联手将凶手引入到他们设下的陷阱之中。

动画原创。小五郎等人乘坐BONNET公交车，来到一个叫“影秋村”的地方，中途上同车的村民奥村喝了自己带的茶后死亡了。小五郎和柯南自动在“影秋村”展开搜查。村民们就是否交给警察调查与警方发生了冲突。原来村民就是否将卡扭车作为观光车分成了两派而奥村作为反对派的代表同村长为代表的赞成派一直有冲突。此时村长船木出现并提出委托费为100万日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾随塔子的柯南却听到为了找他而进入神社的兰的尖叫声！？

动画原创。小兰发现“影秋村”的村长船木也被杀害。柯南发现矢部账户每月固定打入的汇款，在询问了驹井关于7年的事故之后确定了这次的杀人事件与七年前BONNET公交车发生的事故有关。在拜托教授调查了事故之后柯南发现凶手的身份并发现凶手欲重演悲剧，他独自登上观光车与犯人对峙阻止了悲剧的发生。

动画原创。小五郎等人为了品尝当地出产的优良啤酒，便来到了有森旅馆。在那里碰到了前来视察娱乐场所企业家城完英彦跟他的妻子演员备前千鹤。但夫妻的气氛却有些意外的尴尬。备前千鹤对饭店里的料理百般挑剔，态度非常恶劣。次日小兰和柯南众人去郊外烧烤。夜间，众人回到旅馆之后丈夫英彦发现千鹤一直锁在房间里不出来，进去之后发现千鹤竟已经死亡！

动画原创。备前千鹤在饭店房间里上吊，因而被众人认为是自杀。在柯南的启发下小五郎发现千鹤是他杀的肯能性。在警方的询问下众人都有杀害千鹤的肯能。在调查饭店的屋顶之后柯南发现了犯人飞翔一般的作案手法和留下的证据。在证据面前凶手最终承认了罪行，同时道出了和千鹤和自己弟弟的过往以

及杀害她的原因。

步美无意中看到了连续纵火的犯人，便前去警局做相关的供词，之后，少年侦探队与高木和佐藤警官开始展开调查，然而没想到当天居然是佐藤父亲的殉职忌日，大家也不禁谈起了这件“愁思郎案件”，佐藤警官还碰到了父亲高中时的老友，这时，目暮警官打来电话让白鸟和高木前去抓捕纵火犯嫌犯，期间高木想通了十八年前所发生的案件的真相，可当他打电话给佐藤时，却没有注意到凶手就在身后。

高木刚说完十八年的抢匪就在佐藤正义警官的四位老友之中后，便突然失去了音讯，按照柯南的建议，佐藤警官急忙赶到他们四人所去的酒屋，却发现他们早已离开，根据老板的供词柯南推理出了谁是当年的歹徒，他告诉佐藤后，让她自己去了结这宗案件。另一边，步美等人私自跟踪纵火犯遇到危险，幸亏柯南及时赶到才得以获救，而这名纵火犯也被警方逮捕。

动画原创。柯南、小兰和小五郎回家的路上，看到一间公寓里有人发生了争吵，正准备上前阻止时，一位老人说这种争吵已成家常便饭，不用理会。然而，第二

天居然在这间公寓里发现了尸体，就在小五郎懊悔没能救人时，事务所突然冲进了一位叫中本的年轻人，他声称自己是无辜的，虽然昨晚看似自己和死者在一起发生了争吵，可这根本就是死者所演的独角戏，随后小五郎又找到了能证明他清白的录音带，本以为一切尘埃落定，柯南却发现了其中的蹊跷。

动画原创。小五郎受堂本观光社长堂本荣造之邀，来到天部山参加空中缆车的开幕典礼，虽然有传言说只要靠近天女像就会遭到诅咒，可堂本观光却执意在神像的附近开通了观光缆车。开幕会结束之后，所有来宾都试搭乘缆车，当缆车行驶到神像内部的隧道时，车内突然停电漆黑一片，只能听到荣造的惨叫，待缆车驶出隧道，大家发现荣造居然在这间密室般的缆车中消失了，之后他的女儿里菜在神像的手掌上发现了他的尸体。

当大家赶到神像处时，荣造早已气绝身亡，闻讯赶来的警察也迅速介入调查，当前唯一可以确定的是，凶手就在当时搭乘缆车的人之中，柯南注意到了山下的工人休息室便趁大家不注意的时候跑去调查，却在这里发现……有了这样东西，一切谜题迎刃而解，他提出让大家再次搭乘缆车以场景重演的建议，并麻醉小五郎说出了事情的真相。

动画原创。正当少年侦探团在西多摩郡龙神山游玩之时，突然从山上坠落一辆汽车。虽然看似事故，在柯南的提示下警方判断这个事件不是事故而是谋杀。光彦偷偷的从事故现场拿到写着暗语的纸条。从写着暗号的纸片入手，光彦，步美，元太3人一起来到了暗号所指示的地点，在这里他们发现了大量被盗的车辆和先前谋杀案的凶手。

动画原创。小五郎等人代替园子的父亲铃木史郎出席茶会。茶会举办的公馆里有着可以变化五种颜色的池塘，池子正中建有由渡廊连接的茶室五彩庵。在等待的过程中众人听说了魔物的传说。终于见到宗师青野木之后却意外听到这是他泡的最后一壶茶的宣言。在第二天众人再次来到在这个有五彩传说的茶室的时候却意外发现青野木家的一家之长上吊身亡。

动画原创。青野木亮藏是在形成密室的茶室中被杀的，横沟警官开始询问时却发现没有人到过茶室,所有人都有不在场证明。在调查茶室外围的时候柯南发现了凶手的犯罪手法和证据。“沉睡的小五郎”召集大家道出了凶手利用一根绳子的作案手法和犯人的身份。在铁证下凶手终于承认自己的罪行并道出了原因。

为了采集蘑菇少年侦探队一行人全部进了山里，忙着采菇的时候，元太竟然误入狩猎区。无奈之下，大家只好兵分两路分头寻找，没想到灰原和光彦居然发现被人猎杀的尸体，害他们自己反成了射杀的目标。另一边，找到元太之后，大伙儿便和三名猎人一起沿着山区的小路寻找灰原和光彦的踪影。

柯南等人循着灰原留下的记号一路寻找，因为凶手就在同行的三名猎人之中，灰原和光彦就在大树下面留下一些散落的蘑菇作为暗号，躲在丛林里期望柯南能有所行动制服凶手。柯南果然不负众望，破解了灰原留下的暗号，正准备麻醉凶手时，却又有所犹豫，并大声喊出了灰原和光彦，柯南到底有何用意？

动画原创。小五郎等人在去海豚乐园的路上，遇到了几位正在进行大学同学聚会的女子。为了接另一位大学同学，他们一起前往海豚乐园饭店却意外发现她们等待已久的藤村直美被杀害了。经过调查之后柯南确认了凶手的身份并向大家演示了凶手利用雪糕的犯罪手法。再自己留下的证据面前，凶手最终承认了罪行。

动画原创。小五郎的车子出了故障，求助于偶尔路过的橘律师。因为车子一时之间修不好，便到了橘律师的别墅。橘律师因为贪污事件相当出名。突然小兰发现出海的橘律师的船翻船，橘律师死亡，而柯南也发现原本橘律师身上的救身衣不翼而飞。而橘律师最近收到一个化名“T.K”的恐吓信。名字缩写为T.K的熊田达也的嫌疑剧增。

动画原创。柯南在调查橘律师钓鱼的小船之后发现可疑的痕迹和莫名遗失的船锚。之后衫村小姐说出熊田达也事情的真相。在看到约翰的狗屋的牌子之后柯南发现了凶手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向众人阐述了凶手利用潮水涨落的犯罪手法和杀害熊田达也的发法。而凶手也主动承认了罪行并道出了杀人的理由。

为陪园子买东西，柯南和小兰来到一家百货公司，可小五郎却莫名奇妙的被牵扯进目暮警官等人为引诱歹徒现身而设下的圈套，之后，目暮警官表示他们正在调查一起连续的殴打妇女案，柯南在这些受害人的照片中发现她们都是这家百货公司客人的这一共同点，这时，小兰却在百货公司的地下停车场发现了一名女性的尸体，虽然目暮警官立刻进行办案，但柯南却发现他与平常有所不同。

警方从案件相关人的口中得知，一年前被害者曾在这个停车场撞死过一个小男孩，之所以出现车祸就是因为当时被害者穿着厚底鞋而无法及时刹车，一番追查后，柯南发现凶手就是……与此同时，只身在百货公司内的园子遭到了凶手追杀，在黑暗的百货大楼里很难锁定园子的位置，危机时候，目暮警官及时出现挡住了凶手的袭击，但他却因此受伤。数日后，大家一起去医院看望目暮警官时，从松本那里得知了目暮警官的秘密。

【主线剧情】打算盗取铃木财阀家的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件，那是工藤新一和怪盗基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事务所里收到一封附有支票的不明发信人的信函，并且在其上方还有一行奇怪的话语。

小五郎带着小兰和柯南来到“黄昏别馆”，途中还偶遇了同是侦探的千间降代，当他们到达之后才发现，此次受邀前来的茂木遥史、大上祝善、枪田郁美和白马探都是名侦探，而在这栋别墅内随处可见陈年的血迹。在晚宴上，本以为能一睹这位别墅主人尊容的各位侦探却扫兴的发现，他居然头戴面罩，并且还阻断了所有道路，要求侦探们在这栋孤立无援的别墅内帮他寻找宝藏。

大家小心翼翼的吃完晚餐后，这具代替主人的假人偶再次开口并讲述了四十年前在这栋别墅中所发生的惨案，而他的目的则是让悲剧重演，这时，大上祝善当着大家的面中毒死亡，而和小五郎、茂木一起开车去察看吊桥状况的千间也因车子爆炸而生死未卜，返回别墅之后，柯南、小五郎和茂木在钢琴房中发现了很多线索，然而却突然响起了枪声，三人赶到时，白马探已经死亡，随后，枪田郁美的尸体也在电脑房被发现。

茂木认为小五郎是凶手而开枪将他射伤，当前来“黄昏别馆”的所有名侦探都命丧黄泉时，电脑上居然出现了一行关于宝藏的信息，一直躲在监视器操控室的神秘幕后黑手终于按捺不住露出了真面目，没想到这个人居然是……柯南引导她说出了整件事的真相，而这时，本应死去的侦探们居然都出现在门口，可到底是怎么回事？这栋别墅的宝藏又是什么？

某天突然神秘女子池波来到事务所说要寻找中学同学柴田。通过池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他们一行人立刻去了柴田家。就在进入池田家的时候却发现池田已经被杀害而死时手里捏着的正式池波年轻时的照片！而柯南对这位委托人不够完美的说词充满了疑问。在不断的调查中柯南发现神秘女子的疑团不断增多，池波究竟是何方神圣？

神秘女子池波女士寻找的中学同学柴田手里握着照片被杀，小五郎等开始向相关者讯问而柯南也弄明白了柴田手握照片的含义。“沉睡的小五郎”当众点破了池波女士的众多谎言但却判断凶手另有其人。而凶手留下的铁证就留在罪犯的手上，铁证面前犯人最终承认了罪行，但在犯人准备自我了结的时候被池波拦下，而池波女士的身份也最终揭晓。

服部收到了一封古怪的委托信，于是，他们一行人便来到了美国岛，没想到这封信的寄件人纱织却在三天前失去了踪影，当晚，岛上热烈的庆祝一年一度的儒艮庆典活动，传说有位吃过人鱼肉的长寿婆，任何人只要拿到她念过咒的儒艮之箭，就能实现长生不老的美梦，但就在庆典进行期间，沙织的朋友寿美竟然被人发现勒死在瀑布上，服部和柯南认为这是一起杀人事件并着手进行调查，然而在为寿美守灵的晚上又发生了一件惨案。

死者是奈绪子，柯南和服部在案发现场发现了鱼鳞和脚印，然而脚印的方向却通向大海，只靠这些零星的线索，根本无法抓到凶手。这时，君惠说她有今年祭典购买号码牌的名册，于是柯南一行人前往神社，悲剧再次发生，君惠为找名册死在仓库的大火之中。之后，柯南和服部分头行动，服部发现了新的线索，正巧此时柯南打来电话，他到底推理出了怎样的真相而让服部吃惊不已？上山找门胁时，和叶为救服部坠落悬崖，她能否化险为夷？