Shukichi a changé de comportement ces derniers temps. Bien rasé et bien apprêté, il s’éclipse régulièrement sans laisser à Yumi le début d’une explication. Décidée à résoudre ce mystère, Yumi le prend en filature et découvre que son conjoint entraine des apprentis en shôgi. Sur le chemin, elle embarque Conan qui, ça tombe bien, cherche des informations sur la riche famille Haneda. Arrivé au lieu d’entrainement, l’un des apprentis est retrouvé mort par strangulation. Une récente affaire impliquant la mort d’un joueur de shôgi ressemble étrangement à celle-ci, laissant présager des meurtres en série. Shūkichi se met en danger. Conan et Shūichi Akaï viennent à sa rescousse !

Conan, Yumi, Shûkichi et le groupe d’étude du shôgi découvrent dans l’appartement le corps sans vie de Genda, joueur professionnel et membre du groupe. La police intervient et interroge les suspects, qui semblent tous avoir un alibi en béton au moment du meurtre…

Conan et Shûichi partent à la recherche de Shûkichi, kidnappé par l’assassin des joueurs de shôgi. Shûichi parvient à localiser son frère, et pendant qu’il se dirige vers le lieu de la séquestration, Conan lui explique comment il est parvenu à identifier le meurtrier.

Le professeur Agasa emmène avec lui les Détectives Juniors, à l’exception d’Ai qui craint le froid, faire du ski en montagne. Proches de l’arrivée, ils rencontrent deux hommes, leur voiture enlisée dans la neige. Après les avoirs aidés à se dégager, les deux hommes révèlent être venus pour faire de la chasse sportive. Plus tard dans la journée, alors qu’elle est sur un télésiège, Ayumi est témoin du meurtre d’un des deux hommes par l’autre. Ayant remarqué ce détail gênant, celui-ci décide de l’éliminer à son tour. En plein voile blanc, une course poursuite est déclenchée, d’autant que l’assassin n’est pas seul.

Ayumi est témoin du meurtre du docteur Yokoyama Takeru par Ishibashi Kengo, président d'une société de fabrication de médicaments, dans une station de ski. Ishibashi réalise ce qui s'est passé et tente de poursuivre Conan, Ayumi, Mitsuhiko et Genta. Alors qu'ils s'enfuient, ils se retrouvent hors de la piste de ski et doivent marcher dans la neige, où ils rencontrent deux des hommes de main d'Ishibashi qui les attendent. Bien qu'ils utilisent leur traîneau pour échapper à leurs poursuivants, les hommes de main rejoignent Ishibashi et reprennent leur recherche des Detective Boys. Les enfants se retrouvent dans une cabane. Alors que Conan utilise son téléphone pour tenter d'entrer en contact avec le monde extérieur, il parvient à joindre le professeur Agasa, mais...

Cela fait maintenant 1 mois qu’Amuro et sa bande évolue au sein de l’Académie de police. Désormais autorisés à des sorties, c’est au cours de l’une d’elle qu’Amuro découvre le secret qui entoure le père de Date. Ce dernier a dû quitter la police après un an d’hôpital, selon Date, du fait de sa faiblesse lors du braquage d’une supérette. Ce soir, les deux jeunes hommes vont revivre cette expérience.

La traditionnelle fête d'Halloween approche, quand 3 voisins débarquent au café Poirot car on leur a volé les citrouilles qu'ils avaient fièrement préparé pour l'occasion. Conan et Azusa partent mener cette enquête pour le moins surprenante.

Une nouvelle aventure racontée par Ayumi et ses dessins. Cette fois, alors que les Détectives Juniors sont en voiture avec le professeur Agasa, une étrange lumière clignote par la fenêtre d'un immeuble, ce qui attire la foule. Un homme est ligoté, et une bombe est sur le point d'exploser.

En balade en ville, les détectives juniors tombent sur une grand-mère qui se plaint d’avoir été poussée du haut d’un escalier. Aucun témoin. Sauf peut-être un homme qui choisit de garder sa langue. Les détectives décident d'enquêter sur lui, persuadé qu’il prépare un mauvais coup. Désormais accusé, l’homme ne peut s’en sortir qu’en avouant une vérité inavouable.

C’est l’été à l’Académie de Police. Matsuda et Hagiwara se voient proposer de rejoindre les démineurs de la Brigade d’intervention. Morofushi, accompagné de Date, continue son enquête sur l’homme au tatouage en forme de verre à pied. C’était sans compter sur un camion fou, trainant une voiture sur une route sans issue. Une histoire qui va resserrer les liens d’amitiés déjà présents.

Dans le voisinage de Mitsuhiko, des étudiants d'un club de figurines finissent de peindre leurs œuvres pour un concours. Alors que les Détectives Juniors leur rendent visite, un des étudiants a un accident tragique dans une pièce adjacente au salon où tous les autres étaient réunis. Pourtant, un détail intrigue Conan.

Conan et Kogorō marchent dans la rue tout en se questionnant sur les interrogations régulières de Megure, comme quoi Kogorō attire les crimes. D’ailleurs, un nouveau crime vient de se produire. Aux côtés des inspecteurs Takagi et Chiba, Kogorō et Conan mènent l’enquête sur une jeune femme assassinée chez elle. Son petit ami accuse le patron de celle-ci, et tout semble aller dans ce sens. Mais sa femme refuse de parler.

Ran, Sera et Sonoko sont invitées à l'anniversaire d'une amie de classe et de sa sœur, mannequin et actrice. Conan, malade, les accompagne car Mouri n'est pas à l'agence ce jour-là. La fête se passe bien jusqu'au moment du gâteau où un des invités tombe, avec le symbole du châtiment divin sur sa tête. Pendant que nos détectives en herbe tentent de résoudre le mystère, Sera aperçoit une étrange pilule dans la boîte à médicaments de Conan.

Conan, Ran, Sonoko et Sera assistent à la fête d'anniversaire de leur camarade de classe Sekizawa Yumi et de sa sœur aînée et mannequin Sekizawa Remi. Pendant la fête, alors que les lumières du restaurant ont été éteintes pour un diaporama, le coiffeur et maquilleur Hanasaki Mizutoshi, qui avait dragué les sœurs Sekizawa, est entendu en train de gémir de douleur. Lorsque les lumières se rallument, le cadavre de Hanasaki est sur le sol. De plus, les mots "punition divine" ont été inscrits sur son front... Pendant ce temps, Sera se souvient du jour où sa mère Mary a été transformée en enfant.

Kogorō reçoit un jeune homme qui affirme que sa copine a été enlevée par un mouton rouge. Lorsqu'il se rend sur le lieu du rendez-vous le soir, la fille apparait souriante leur apprenant qu'il s'agit d'un jeu sur les réseaux sociaux. Toutefois, alors que Ran et Conan courent à la rencontre de Kogorō, ils se font dépasser par ce même mouton rouge, et à peine plus loin, un homme est retrouvé tué par coups de couteau. Plus surprenant, la victime et les deux protagonistes de l'enlèvement s'avèrent tous travailler dans le même restaurant.

Alors que Kogoro enquête sur le faux enlèvement du jeu du mouton rouge destiné à tester le courage et l'amour d'un petit ami, Conan et Ran tombent sur quelqu'un qui porte un costume de mouton rouge dans la rue, la nuit.

Une enquête en apparence classique. La police de Tokyo tombe sur un homme, assassiné avec un objet de sa maison. Rapidement, la police appréhende un suspect. Celui-ci était déjà suspect, trois ans auparavant, dans une affaire supervisée par l'inspecteur Megure. Ici, l'homme semble avoir un alibi, mais c'est trop gros pour l'inspecteur, qui fait appel à Kogorō.

Kogoro est appelé par un riche producteur de glaces, qui vit sur son île avec ses trois fils et sa gouvernante. L'homme est sur son lit de mort, et veut réécrire son héritage pour céder toute sa fortune à l'un de ses fils uniquement. Il demande à Kogoro d'enquêter sur les trois afin de décider lequel est le plus digne d'être son successeur. Mais rien ne se passera comme prévu, et dès le début l'ambiance est électrique entre les trois possibles héritiers, jusqu'à ce que l'un soit déclaré manquant.

Conan et Ran accompagnent Kogoro au manoir d'un client, le fabricant de glaces Morikawa Yuzan. Atteint d'un cancer et n'ayant plus beaucoup de temps à vivre, Yuzan demande à Kogoro d'évaluer ses trois héritiers potentiels. Son troisième fils Morikawa Yuzaburo est retrouvé mort dans une pièce fermée à clé. De plus, son deuxième fils Morikawa Yujiro, qui avait disparu depuis la veille, est retrouvé mort dans le réservoir de boissons gazeuses. Son fils aîné, Morikawa Yuichiro, s'effondre en disant qu'il est le prochain et s'enferme dans sa chambre.

Les Détectives Juniors tombent sur une mode sur le net : celle d'explorer des lieux hantés et de les filmer. Il se trouve qu'ils entendent justement parler d'un ancien hôpital abandonné où roderaient une homme en fauteuil roulant, un bébé rouge et une chirurgienne armée d'un scalpel. Ils partent explorer ce lieu étrange.

Accompagnés de leur professeur Mlle Kobayashi et de l'inquiétante assistante Mlle Wakasa, les Détectives Juniors vont chercher des poules dans une ferme qui va bientôt être détruite. Dans le bus, trois hommes étranges qui se rendent aussi à la ferme, avec un objectif différent, sont présents. Mais aussi Amuro qui semble en mission. Sur place, pas de poules à première vue, ni de propriétaire, et une étrange pièce de Shogi au sol.

Conan et ses compagnons se rendent dans un ranch pour récupérer des poulets pour leur école primaire et se retrouvent entraînés dans une situation dangereuse. Un homme prétendant être le jeune frère du propriétaire du ranch prend Ayumi en otage et enferme Conan, Amuro, Mitsuhiko et Kobayashi dans le sous-sol du bureau. Ils y découvrent le corps du propriétaire du ranch et de Kazami Yuya. Conan réussit à entrer en contact avec Haibara et les autres à l'extérieur, mais... Quels sont les objectifs des trois hommes qui visitent le ranch et le jeune frère du propriétaire ?

Etonnant personnage cet homme que croisent Kogoro et Conan en visitant un ami à l'hôpital ! Tandis qu'il apprend qu'il lui reste moins de six mois à vivre, il se réjouit, et se félicite même d'avoir contracté une assurance vie au nom de sa femme. Mais l'affaire s'assombrit lorsqu'il est retrouvé, quelques jours plus tard, mort dans sa baignoire. Suicide ou meurtre, l'affaire ne s'arrête pas là et le fantôme de cet homme revient hanter les rues de Beika...

Un homme en voiture, un chat sur la route, embardée et un piéton fini renversé. Le fautif, paniqué, décide d'embarquer l'accidenté pour l'hôpital, dit-il sous l'œil d'un témoin. Mais il n'est pas amené à l'hôpital. Plus tard la compagne de l'homme accidenté appelle l'agence de Kogoro pour qu'il retrouve son mari à tout prix. Mais le prix se révèle élevé, car le cadavre a en réalité été pris en otage. Qui a besoin d'un corps à ce point ? Et qui s'amuse à demander une rançon pour un cadavre ?

Les Détectives Juniors sont de sortie. Alors qu'ils se promènent dans la rue, ils entendent des cris dans une maison avoisinante. N'écoutant que leur courage, ils se ruent à l'intérieur et tombent nez-à-nez avec une dame et sa belle-mère qui viennent de faire une chute du haut des escaliers. Mais la marâtre les accuse d'être des cambrioleurs quand elle les aperçoit. Nos jeunes héros restent à proximité, et se rendent compte que le mari de la dame est en train de nettoyer le haut de l'escalier. Plus tard, alors que les deux femmes partent faire un jogging, elles se font renverser par une voiture et sont amenées aux urgences grâce aux DJ qui venaient d'aider l'homme. Qui était la personne à bord de la voiture, pourquoi en vouloir à ces deux femmes ? Une enquête par Conan et ses jeunes amis.

La division 1 de la brigade patine. L'homme qu'ils ont arrêté deux jours plus tôt pour meurtre, qui a avoué et s'est rendu n'est pas le seul à avoir tenté de tuer la victime. Rien ne colle dans ce qu'il raconte, ni l'heure du crime, ni l'arme, ni la méthode pour entrer dans le domicile. Qui donc est le réel meurtrier et comment s'y est-il pris ?

Yoko Okino, la star de Kogoro, passe au bureau du détective pour lui faire part d'une affaire. Alors qu'elle était sur le repérage d'un tournage dans une maison où une disparition à eu lieu un an plus tôt, un des membres de la famille disparaît et est retrouvé mort quatre jours plus tard dans le grenier. Seul indice dans cet étrange cas, une photo de cartes à jouer envoyée par la victime à son frère. Kogoro est bloqué aux toilettes mais l'énigmatique Wakita prend part à l'enquête alors qu'il venait apporter des sushis.

Okino Yoko vient à l'agence de détectives, et Wakita Kanenori et Conan finissent par devoir résoudre l'affaire qu'elle décrit et qui s'est déroulée dans une certaine villa. Les personnes présentes dans la villa lors de l'affaire avaient toutes sortes de relations avec la femme disparue il y a deux ans, ce qui leur donne des motifs possibles pour tuer la victime du meurtre. Alors qu'il tente de résoudre l'affaire en se basant sur les choses que Yoko a trouvées étranges, Conan reçoit un message de Kogoro, qui se trouve dans la salle de bain... ?

Alors que l'instructeur Onizuka réprimande ses cadets policiers, Morofushi repère l'avis de disparition d'une jeune fille disparue la nuit précédente. Ses amis lui demandent pourquoi il s'intéresse tant à cette jeune fille, mais il se contente d'expliquer qu'elle ressemble à une fille avec laquelle il jouait lorsqu'il était enfant et refuse de s'étendre sur le sujet. Sous l'impulsion de ses amis, Morofushi finit par s'ouvrir et commence à leur raconter les meurtres dont il a été témoin lorsqu'il était enfant...

Alors que les Détectives Juniors jouent au foot, ils envoient par mégarde leur ballon sur une femme, enregistrant un message sur un dictaphone. Elle s'énerve d'abord sur Genta puis fond en excuses lorsqu'elle se rend compte de ce qu'elle fait. Ils se quittent après avoir sympathisé avec la femme, au moment où la pluie se met à tomber. Le lendemain, elle est retrouvée morte dans une voiture abandonnée non loin. Son dictaphone a disparu, mais elle tient une boucle d'oreille dans la main. Un homme dans une camionnette de livraison stationne près de l'endroit où le corps a été retrouvé. Quel lien avec la victime ?

Conan, Ran et Kogoro arrivent dans une usine d'œufs de poule. Kogoro est chargé d'enquêter sur les causes des événements étranges qui se produisent depuis quelques semaines chez le poulet sexer Nanba et de lui servir de garde du corps.

Conan, Ran et Sonoko sont arrivés à un nouveau lieu de rendez-vous. Lorsqu'ils découvrent la vieille Kamogawa Haru anxieusement assise sur un banc, ils vont lui parler, pensant qu'elle est peut-être perdue. C'est alors qu'un homme apparaît. Conan et ses amis pensent qu'il s'agit du fils de Haru, mais il s'agit en fait de son petit ami, Kazama Joji. Remarquant que Haru est assez riche, Sonoko pense que Kazama, qui est assez jeune pour être le fils de Haru, est un chercheur d'or et la met en garde contre cette relation, mais le couple l'envoie promener...

Kae Nishiwaki sollicite Kogorô afin qu’il découvre qui s’introduit chez elle en son absence pour lui laisser des cadeaux. Se rendant dans l’appartement de la jeune femme, Kogorô et Conan y trouvent une valise, nouveau présent offert par le mystérieux intrus. À l’intérieur se trouve le corps sans vie de la supérieure de Kae…

Invités à un mariage, Conan et Kogorô voient mourir la future mariée en pleine cérémonie, victime d’un empoisonnement. Une enquête débute afin de découvrir qui a pu commettre une telle atrocité en ce jour aussi mémorable.

Conan et Kogoro passent devant un centre commercial lugubre. Ils tentent de faire quelques achats dans un magasin de légumes, mais le propriétaire, Yamazaki, semble apathique. C'est alors que débarquent Madame Gaga, une productrice qui redonne vie à des centres commerciaux délabrés, et son assistant Rabbit Suzuki. Madame Gaga annonce qu'un événement de lutte professionnelle sera organisé pour revitaliser le centre commercial. Les propriétaires des magasins s'entraînent et Kogoro accepte de participer à l'événement en tant qu'arbitre, mais...