コナンはブレーキが効かずに暴走した車の事故を防ぐ。何者かがブレーキホースに穴を開けていて、警察は殺人未遂事件として捜査を進める。運転していた細尾は所有する二表の面を市川海老蔵に渡しに行く途中だった。海老蔵は来月上演する「七つ面」でこの面を使うという。頭取の松原は預かった面をロッカーに保管するが…。

金子に会いに行く途中で拉致されたコナンが目覚めると、そこは取り壊し作業真っ只中のビルの中だった。コナンは携帯がない事に気付き、DBバッジのスイッチを入れるが無反応。自力で脱出を図ろうとする。蘭たちはコナンと連絡が取れないため、GPSを使ってコナンの携帯の位置を確認。路地に落ちている携帯を発見する。

小五郎、コナン、蘭は人気腹話術師の天願リイチのライブにやってくる。小五郎は天願から仕事を依頼されたのだ。ライブの演目は相棒の人形に魂を乗っ取られた腹話術師が妻を殺害するという内容だった。ライブ後、小五郎たちが楽屋に向かうと、天願の弟子、登川春臣と天願の妻、天願和子の会話が聞こえてくる。

人気腹話術師の天願の妻、和子がトロフィーで殴られて殺害される。天願は多重人格に陥り、和子を殺害しろと命じる人形の人格が出現していた。天願は意識がない時に殺害したかもしれないと自白する。だが、目暮警部は現場の状況から和子と浮気した天願の弟子の登川を容疑者と疑う。

コナンは蘭、小五郎、平次、和葉と長野の旅館を訪れる。平次は名物の葛湯を飲んだ後、写真を小五郎に見せる。それは鎌を背負った人物が露天風呂の湯の上を走っている写真だった。平次は人を切りつける妖怪の鎌イタチに似ていると指摘。その時、この写真を雑誌に掲載したライターの中間、ライバル誌ライターの小柳が現れる。

コナン、蘭、小五郎、平次、和葉は妖怪、鎌イタチの写真が撮影された旅館を訪れる。旅館にはライターの中間、小柳も取材に来ていた。そして、暗闇の蔵の中で平次、小五郎、小柳が肌を切られ、皆の脳裏に鎌イタチの事がよぎる。この後、女将の高美の義父、盆蔵が離れで殺害される。盆蔵の胸には鎌が刺さっていた。

長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は川中島古戦場跡を見学。そこに事件の聞き込みをしていた大和警部、上原刑事、諸伏警部が現れ、その直後に三枝警部、鹿野警部補、秋山巡査部長もやってくる。これから強盗犯の潜伏先に行くという三枝、鹿野、秋山。待ち合わせた班長の竹田警部が来ないらしく、3人は現場に踏み込む事に。

長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は長野県警の竹田警部が殺害される事件に遭遇。そして、自宅で首を吊った鹿野警部補も発見される。大和警部の携帯には鹿野から「我は毘沙門天 啄木鳥を滅ぼす 軍神なり」というメールが届いていた。大和は鹿野を床に降ろすが、すでに鹿野は絶命。鹿野の額にもXの印がつけられていた。

長野県警の竹田警部、鹿野警部補、秋山巡査部長が次々と殺害される事件が起きる。黒田捜査一課長は現場の状況から3人を殺害した容疑で大和警部を指名手配する。予告通りなら、犯人はあと2人の命を狙おうとしていた。コナンは手がかりを探すため、半年前の銀行立てこもり事件の話を由衣刑事から聞く。

朝、コナンは小五郎、蘭と一緒に喫茶ポアロに行ってモーニングセットを食べる。安室透がサンドイッチを作り終えると、店員の榎本梓はそのサンドイッチを男性客に運ぶ。男性客はハムサンドを食べた後、すぐにカウンターにいる安室を見る。コナンはこの不審な行動をとる男性客の事が気になっていた。

コナン、元太、光彦、歩美、灰原は阿笠博士と一緒にホテルベイカーウエストのケーキバイキングにやってくる。コナンたちがケーキを食べていると、プチファルコン（小さな玩具のヘリコプター）が飛んでくる。元太のケーキの上に落ちたプチファルコンは女優の北見沙弥のものだった。

コナンたちはホテルでブログ人気ランキングを争う女優の北見沙弥、庄野杏奈と知り合う。そして、沙弥の秘密をブログに載せている杏奈が密室で殺害される事件が発生。コナンは現場の状況、行動から沙弥が犯人と睨む。コナンは504号室で沙弥から話を聞き、杏奈の部屋に入った方法と凶器の目星をつける。

夜、OLの中島亜里紗とトリュンペルマン・スーザンが米妙寺へ続く石段を歩いていると、全身を青白く光らせた異形の生物が出現。その生物は宇宙人と名乗り、亜里紗は笑いながら宇宙人とスーザンが並ぶ動画を撮影する。その時、石段の上の方から「宇宙人だ」と驚く男性の声が聞こえてくる。

小五郎は鳥海コンツェルンの御曹司、鳥海から失踪した婚約者、元子の捜索を依頼される。小五郎とコナンが捜査をすると、3日前の夜に元子は大家に引っ越しする事、会社の上司に仕事を辞める事を電話で伝えていた。聞き込みは順調に進み、コナンたちは最後の接触者と思われる老人のしげみに会って話を聞く。

小五郎が人気アイドル歌手リサのボディガードを頼まれ、コナンと蘭はライブを鑑賞する。そしてライブ開始直後、仮面を被った2人組がリサを誘拐しようとする事件が発生。混乱の中、同じコスプレ姿の蘭がリサに間違われて誘拐される。小五郎とコナンは犯人を追うが途中で見失って…。

蘭が人気アイドル歌手リサに間違われて誘拐される。犯人の竹山と伊原のアジトにはリサとグルになって誘拐を仕組んだSNSのやりとりが残っていた。だが、コナンはリサになりすました別の共犯者がいると睨む。竹山は蘭を閉じ込めた冷蔵庫を山中に不法投棄する。冷蔵庫が密閉されていれば、酸素がなくなる危険な状況で…。

小五郎、コナン、蘭は温泉帰りに台風に遭遇し、セールスマンの穂刈、工場経営者の武上、バックパッカーのカール、議員秘書の紀子、近所に住む老人のふね、駅長の稲垣、駅員の雅子という7人と駅で一晩過ごす事に。小五郎は駅の温泉から出た後、上着のポケットに紙切れが入っている事に気付く。

米花金融から3千万円を強奪した宍戸は2時間後に事故死。宍戸は事故前に3千万円をどこかに隠していた。小五郎は曇柄寺の住職、了全から建て替え工事を中止しろと脅迫電話をかけてきた犯人を捜してほしいと依頼される。小五郎は脅迫電話と消えた3千万円に接点があると睨み、様々な推理を展開するが…。

米花金融から3千万円を強奪した宍戸は2時間後に事故死。宍戸は事故前に3千万円をどこかに隠していた。小五郎は曇柄寺の住職、了全から建て替え工事を中止しろと脅迫電話をかけてきた犯人を捜してほしいと依頼される。小五郎は脅迫電話と消えた3千万円に接点があると睨み、様々な推理を展開するが…。

レストランの倉庫でオーナーの飛鳥の遺体が発見され、コナンはソムリエ山田、ウエイター鴻江、ウエイトレス嶺子の中に犯人がいると睨む。目暮警部は第1発見者の比護とヨーコへの疑いを強める。コナンは飛鳥が寝ていた時にかけていた毛布の不審な点に気付き、嶺子たちの証言を思い出して事件の真相に近づく…。

豪雨の中、コナンら少年探偵団はトイレを借りるため、森にある洋館を訪ねる。コナンは館にいたアニキとノッポと話して2人が住人ではなく強盗だと気付く。探偵団はナイフを持った強盗2人から逃げながら縛られた住人の雨宮真樹を救出。コナンたちは真樹と一緒に家の中を逃げ回る。夫の雨宮翔はどこにいるかわからなかった。

小五郎、コナン、蘭は海と池が繋がり、潮の満ち引きで景色が変わる公園にやってくる。コナンは潮が引いて現れた沈下橋に倒れている男性を発見。遺体の首には絞められた痕があり、小五郎は事件と事故、両方の可能性を探る。公園管理人の丹波は朝の引き潮の時、遺体はなかったと証言して…。

小五郎、コナン、蘭は事故の現場に遭遇する。八木沼が立体駐車場の非常階段から転落して絶命したのだ。階段の上にいた美咲は八木沼が襲ってきたと証言。1週間前、美咲の自宅に侵入した八木沼は美咲の夫、滝沢彰を殺害し、金庫から1億円相当の宝石を強奪。小五郎は八木沼が口封じで美咲を襲ったと推理するが…。

コナン、蘭、園子は世良が行きつけのラーメン店に案内される。その店は移転前に毒殺事件があった「ラーメン小倉」だった。店内では常連客の荘野由奈、水科宗輔、仲西修が食事をしていた。コナンは調味料をたくさん使う3人の行動を不思議に思う。3人が帰った後、店員の彩代は先日、近くで強盗殺人事件があったと明かす。

1週間前、頓田を殺害後、「ラーメン小倉」に逃げ込んだ犯人。容疑者はその時、店にいた常連客の荘野、水科、仲西に絞られる。事件後、犯人とすれ違った由美の元カレ、羽田は犯人が走る度に奇妙な音がしたと証言。コナンは羽田の話を聞いて何かを閃く。そして、コナンと世良は店にあるトイレの給水タンクを調べ…。

米戸橋近くの河原でUFOの目撃情報があり、コナンたちは河原にUFO観測に行く。その頃、「おもちゃのながい」店主の長井は借金取り立て屋の大城を米戸橋へ連れていく。この後、河原にいたコナンたちはブーメラン型の玩具と大城の遺体を発見。コナンはUFO騒動の真相に気付いて…。

小五郎、コナン、蘭がゾンビ映画のロケ地の貸し別荘を見に行くと、そこに平次、和葉が現れる。あるカップルがこの別荘付近で首の骨が折れたゾンビを轢いたらしく、平次は真相を確かめにきたのだ。この後、ゾンビ映画の続編の予告を撮るために映画スタッフたちもやってくる。撮影中、プロデューサーの原脇がいなくなり…。

コナンたちはゾンビ映画のロケ地の貸し別荘で絶命したプロデューサーの原脇を発見。スマホには原脇が青酸カリを飲む動画が残っていた。車を運転できるのは亡くなった原脇のみ。携帯の電波も圏外のため、コナンたちは警察を呼ぶ事ができない。夜、腹痛で寝込む小五郎は別荘の周りにゾンビがいると蘭と和葉に伝える。

ゾンビ映画のロケ地の別荘で原脇の遺体に続き、絶命した恭子が発見される。スマホには恭子がゾンビのような原脇に首を噛まれる動画が残っていて、部屋からは原脇の遺体が消えていた。コナンと平次は今回の事件と8年前の事件は関係があると考える。そして、洋服ダンスの仕掛けからトリック、犯人を見破って…。

小五郎は拳銃を持った強盗犯を追って建物の屋上へ。結局、警察が強盗犯を逮捕するが、強盗犯は逃走中に拳銃を捨てた事が判明する。高い所がダメな小五郎は発砲された恐怖も重なり、軽いショック状態に。2日後、詐欺容疑の先物取引グループ代表の榊が保釈直後に肩と足を撃たれる。この拳銃は強盗犯が捨てたものだった。

小五郎とコナンは秘書の深海が金融業経営者の宝田に包丁を突き刺している現場を目撃する。だが、すでに遺体は絞殺されて2時間が経過。小五郎は深海が息絶えていると気付かずに刺したと考える。宝田は殺人予告が届いたと小五郎を呼んでいたのだ。目暮警部は金融の被害者が宝田に復讐したと推理して…。

小五郎、コナンは深海が宝田に包丁を突き刺す現場を目撃するが、すでに遺体は絞殺されて2時間が経過。深海は息絶えていると気付かずに刺したのだ。妻の美香はアリバイがなく、物証も見つかって絞殺した容疑者に浮上。これで宝田の遺産は鮫二が相続する事に。コナンは鮫二が美香をハメたと疑い、鮫二にカマをかける。

蘭、園子、世良は女子高生バンド結成に向け、コナン、安室と共に貸しスタジオへ練習に行く。ここでコナンたちはガールズバンドのギターの染花、ベース&ボーカルの唯子、キーボードの留海、ドラムの萩江を見かける。この後、スタジオで仮眠していた萩江が絞殺される事件が発生。メンバー3人が容疑者として疑われるが…。

スタジオでガールズバンドの萩江が絞殺される事件が発生。バンドメンバーの染花、唯子、留海が犯人と疑われる。目暮は萩江が他のバンドとよく揉めていたと知り、外部の犯行もあると考える。コナンは3人から話を聞いた後、スタジオでの練習風景の動画を確認。コナン、世良、安室は映像を見て事件の真相に近づく。

コナン、蘭、園子は国内最大の熱気球大会にやってくる。レース中、チャンピオンの水口慎吾の気球に奥田晃宏の気球が激突し、水口の気球はどんどん落下していく。その時、妻の水口有紗が気球から墜落して絶命。レース前、水口と奥田がケンカしていたため、警察は奥田が故意に水口の気球にぶつかったと疑う。

小五郎、コナン、蘭は山をハイキング中、唸り声のような天狗の声を耳にする。麓の民宿に宿泊したコナンたちは翌朝、町の指定史跡、天狗の洞窟を見学する事に。この時、コナンは天狗のお面をつけ、天狗の祠の下で首を吊っている遺体を発見。それは町長の真山だった。小五郎は洞窟に誰もいない状況から自殺と判断するが…。

OLの純子は頓比町の殺人事件の容疑者として逮捕される。純子は被害者の勝井から金銭をタカられ、耐えられずに犯行に及んだという。だが、小五郎は犯行時刻に米花町で純子を目撃。頓比町と米花町は車で1時間の距離にあり、小五郎は純子の犯行は不可能と目暮警部に伝える。アリバイは成立し、純子は釈放されるが…。

雨の中、裏通りから鈍い音が響く。小五郎とコナンが駆け付けると、交差点付近に停まる車の運転席で菊池が気絶。前方では血を流した堤が絶命していた。目を覚ました菊池は堤の遺体を見て愕然となる。菊池と堤は会社の元同僚だった。この後、堤の上着から遺書が発見され、小五郎は飛び出し事故ではなく、自殺と判断するが…。

小五郎はコナン、恵を車に乗せて海沿いの国道を走る。半年前、礼美が自宅アパートで首を吊って自殺。隣に住んでいた恵は礼美の自殺を阻止できなかった自分を責めていた。偽名を使って借金取りから逃げ回っていた礼美。コナンは最後だけ本名で部屋を借りた事に疑問を抱く。コナンは他にも不可解な点に気付いて…。

コナン、歩美、光彦、元太、哀は阿笠博士と共に米花デパートへ行く。この時、最上階にある高級レストランの料理長、細越が階段の所でクレーマーに腹部を刺される事件が発生。コナンは犯人が階段を使って逃走したと別々の階にいた元太、光彦、歩美に連絡。逃走する犯人を見た元太、光彦、歩美だが目撃情報は三者三様で…。

米花デパートでレストラン料理長の細越がクレーマーに刺される事件が発生。容疑者はフリーターの鎌屋、主婦の充子、シェフの宮台の3人に絞られる。犯人を見た元太、光彦、歩美だったが証言はバラバラ。コナンは改めて元太たちと話し、目撃した時の状況を詳しく聞く。そして証言が食い違った理由、誰が犯人なのかを見破る。

暗闇の中、コナンはふいに目覚める。歩美たちと買い物に行く途中、ビルの一室で金庫をこじ開ける人影を目撃したコナン。この時、コナンは犯人に襲われ、長方形の箱に閉じ込められたのだ。その頃、小五郎は依頼を受け、唐橋グループ会長、唐橋剛太郎の遺言状を盗んだ犯人を捜していた。

コナンは金庫破りの犯人に襲われ、棺桶に閉じ込められる。小五郎は剛太郎の遺言状を盗んだ犯人を捜し、容疑者を3人の子供たちに絞る。光彦は蘭から小五郎が依頼された事件の話を聞き、コナンが目撃した盗難事件と関係があると推理。哀たちは剛太郎の棺桶にコナンがいる事に気付くが、すでに霊柩車は火葬場に向かっていて…

千葉刑事は3ヶ月前に起きた不可思議な事件を捜査していた。杯戸高校の敷地内で顔をコンクリにめり込ませて窒息死していた雑誌編集者の中津。遺体と一緒にコンクリで倒れていたUFOマニアの朽木に容疑がかけられる。朽木は容疑を否認し、UFOから降りて来た宇宙人が浮いたまま中津を殺害したと証言する。

顔をコンクリにめり込ませて窒息死した中津。一緒に倒れていた朽木は容疑を否認し、UFOから降りて来た宇宙人が中津を殺害したと証言。防犯カメラにもUFOのような影が映っていた。コナンは千葉刑事らと朽木の家を訪ね、朽木から話を聞く。この時、コナンは部屋であるモノを見つけ、朽木の不可解な行動の理由に気付く。

由美は将棋の王将戦のニュースを見て、羽田が棋士だった事を初めて知る。数年前に羽田から封筒を渡され、7つ揃うまで開けないで欲しいと言われた由美。一緒にいた佐藤刑事は封筒の中身を婚姻届と推測。今朝、由美は封筒を挟んだ雑誌をゴミ捨て場に出していた。由美たちはすぐにゴミ捨て場に行くが、雑誌はなくなっていた。

管理人の八塚は封筒に入った婚姻届を隠し、パソコンに8ケタの数字のパスワードを仕掛ける。部屋にあった暗号を解いて8ケタの数字を入力すれば封筒の在処を知る事ができるのだ。コナンは1枚では成立しない暗号かもしれないと考え、皆ともう1枚の暗号を探す事に。途中、由美は暗号の紙が直書ではなくコピーだと気付く。

小五郎はコナン、蘭を連れて大分の別府温泉にやってくる。小五郎の本当の目的は旅行ではなく、失踪した仲代電気の社長令嬢、仲代麻奈美を見つけ出す事。麻奈美は別府にいる元恋人の早見裕之に会いに来ている可能性が高かった。同じ頃、佐藤刑事たちは大分で拳銃強盗の犯人を追っていた…。

仲代電気の社長令嬢、麻奈美が誘拐され、身代金1億円入りのバッグは誘拐犯の荻久保竜次がドローンで持ち去る。佐藤刑事たちも拳銃強盗犯として荻久保を追っていた。荻久保は共犯の裕之と落ち合い、身代金を山分けするという。佐藤たちは裕之と落ち合う前に荻久保を逮捕するが、バッグの1億円はいつの間にか消えていた。

蘭は桜を見て工藤新一と出会った時の事を思い出す。13年前、蘭は保育園で同じ組の男子にいじめられる。そんな蘭に声をかけてきたのが入園したばかりの新一だった。歌の時間、新一は保育士の江舟が蘭をずっと見ている事に気付いて訝しむ。この後も新一は蘭をひいきする江舟の行動をあやしいと感じる。

13年前、保育園で出会った新一と蘭。新一は蘭をひいきする保育士、江舟の不審な行動を優作と有希子に教える。優作は江舟の不可解な行動の理由に思考を巡らせる。翌日、変装した優作は園児たちの様子を見に行き、停車中のバンの中で運転手が園児の写真を撮り、ニタリと笑う姿を目撃する。

コナンと園子は京極が稽古をする大阪の道場にやってくる。館長の高見は京極の恩人だった。コナンたちが少年部の稽古を見学していると、梶芳が契約書のサインをもらいにやってくる。この後、道場の展示コーナーに置かれた大切な黒帯が盗まれる。犯人と疑われた京極は高見に試合を申し込み…。

小五郎、コナンはマンション4階の部屋の前にいる早紀の友人の舞子、管理人の吉江、宅配員の松田から助けを求められて部屋を調べる。そして住人の前原と妻の早紀の遺体を発見。目暮警部は現場の状況や皆の証言から強盗を装った早紀が前原を殺害後、被害者のフリをしようとした時に過って窒息死したと推理する。

高級住宅街にある公園で迷惑男の天城の遺体が発見される。遺体の傍らには血痕が付着した町内会長、番藤の診察カードが落ちていて、目暮たちは番藤の自宅に話を聞きに行くが…。番藤は酒に混ぜた農薬を飲んで服毒死していた。高木刑事と千葉刑事は番藤が天城を刺殺後、観念して自決したと推理するが…。

刺殺された迷惑男の天城の遺体が発見され、容疑者の町内会長、番藤も農薬を飲んで自決。番藤が天城を刺殺後、観念して自決したと思われたが…。今度は番藤の自宅で発見された遺留品から大学講師の千野が2人を殺害した容疑者に浮上する。だが、コナンは不可解な点に気付き、真犯人が千野をハメたと睨む。

雲丸山を登山するコナンたちは宿泊する山小屋で栄子、芦塚、林田、岳美と知り合う。4人は3年前に事故で転落死した登山サークルの仲間、元木の命日で集まっていた。翌朝、1人だけ崖下のテントで寝ていた岳美が殺害された状態で発見される。夜中に近くの山にデータを取りに行った気象観測所員の林田が犯人と疑われるが…

小五郎は空き巣の犯人を捕まえてほしいと純子に依頼される。その時、マンション裏の駐車場で純子の隣りに住む北上の遺体が発見される。小五郎は北上が自宅の704号室から泥酔して転落死した事故と推理。目暮警部たちは704号室を調べ、コナンは防犯対策が万全だった北上が玄関の鍵をかけていなかった事に疑問を持つ。

不動産社長の樋山は阿笠が開発したハサミを持ったまま殺害され、コナンと沖矢は阿笠に同行して現場にやってくる。第一発見者は元駄菓子屋の仙波。この事件は被害者がハサミを持っていた点、現場の蛇口が開きっ放しだった点など、17年前の未解決事件に酷似していた。

不動産社長の樋山がハサミを持ったまま殺害される。この事件は現場の状況が17年前の未解決事件に酷似していた。コナンと沖矢は第一発見者の元駄菓子屋の仙波が犯人で間違いないと考えるものの、凶器とそれを現場の離れに持ち込んだ方法まではわからずにいた。この後、コナンたちは玄関のボディーガード2人から話を聞き…

小五郎は霊魂探偵の堀田と対談する事になり、打ち合わせのためにコナンとホテルに向かう。小五郎たちは東都テレビの古栗と合流後、堀田の部屋を訪ねるが応答はなし。午前9時頃、小五郎たちはホテルボーイに鍵を開けてもらって部屋に入る。小五郎はベランダから何者かが逃げる人影を目撃。ベッドでは堀田が絶命していた…。

小五郎とコナン、東都テレビの古栗は霊魂探偵の堀田が宿泊するホテルの402号室を訪ね、逃げる犯人と殺害された堀田を発見する。コナンは402号室のドアを開けた時の事を思い出しながら部屋の気になる所を調べる。コナンと世良はすでに犯人の目星をつけていた。

小久保衛は伯母の小久保直子の自宅を訪ね、殺害された直子を発見する。直子はメイドの恵美と2人暮らし。犯行時刻、恵美は買い物していて家にいなかった。珍しい古書を集めていた直子は古書店主人の狭山から贋物を買っていた事が判明する。目暮警部は衛、恵美、狭山の中の誰かが犯人と考えるが、3人にはアリバイがあった。

コナン、蘭、園子、沖矢はミュージシャン、波土のライブのリハーサルの見学に。波土は１７年前に作った曲「ＡＳＡＣＡ」を新曲としてライブでお披露目するらしく、コナンと沖矢の脳裏にＲＵＭの事がよぎる。波土は作詞中のため、コナンたちは会場に入れず、マネージャーの佳苗、レコード会社社長の布施、雑誌記者の梶谷と話していると、安室と梓もやってくる。この後、消防員たちがステージ上で首を吊って絶命した波土を発見して…

ライブ会場のステージ上で絶命した状態で発見されたミュージシャンの波土。目暮警部は佳苗、布施、梶谷を容疑者と考える。コナンは波土の免許証、蘭の足元に並ぶ証拠品のロープを見てハッとなる。この後、コナンは梶谷が撮影した会場に入る波土の顔を見て、ある事に気付く。コナンは現場からなくなった物を確認した後、安室、沖矢とステージ上を調べて事件の真相、犯人が被害者を釣りあげたトリックを見破って…

コナンたちは玉木古書店店主、玉木裕次郎と息子の一朗が言い争う現場に偶然立ち会う。店は老朽化し、一朗は裕次郎に早く店を畳んでほしいと思っていた。後日、コナンたちは古書店の横にある公園にやってくる。この後、コナンたちは古書店の本棚が将棋倒しになっている事に気付く。裕次郎は本棚の下敷きになって倒れていた…

コナン、灰原、歩美、元太、光彦は阿笠博士の知り合いの別荘に遊びに行き、ケガをした凄腕ハッカーの伊勢原を発見。伊勢原はゾロと呼ばれる強盗犯、溝呂木の仲間だったが、裏切り者として命を狙われていた。コナンはそんな伊勢原を助け、追ってくる溝呂木と仲間から必死に逃げるが、断崖絶壁に追いつめられる。

コナンは伊勢原と一緒に逃げるが2人とも断崖絶壁から落下する。伊勢原と断崖から落下中、コナンはベルトからサッカーボールを噴出。コナンはこのボールを使い、伊勢原と断崖の真下にある洞窟へ転がり込んでいた。コナンは伊勢原に協力してもらい、溝呂木の新たな犯行を阻止しようとするが…。

今年は織田信長が岐阜に入城して450年目。コナン、歩美、元太、光彦、灰原、阿笠博士は岐阜市の記念イベントを見に来ていた。夜、コナンたちは5人組の折り紙戦隊、ノブナ・ガイザーのショーを見学。宿に戻った後、光彦は１人でノブナ・ガイザーにサインをもらいに行って行方不明になる。

コナンと蘭は平次、和葉に誘われ、静岡の宿里村にやってくる。村長の殿輔は徳川埋蔵金の発掘を手伝ってもらうため、平次の他に考古学者の道貴、歴史学者の康克、小説家の史絵、ルポライターの肇を村に呼んでいた。ここは鵺伝説が残る村だった。夜、皆は村の朽ちたホテルに宿泊するが…。

コナン、蘭、平次、和葉は徳川埋蔵金の発掘を手伝うため、静岡の宿里村にやってくる。夜、康克が殺害される事件が発生。康克の背中には獣に襲われたような爪跡が残っていて、肇は鵺にやられたと騒ぐ。この後、再び不気味な鳴き声が響き渡り、コナンたちがいる草むらのあちこちから炎が燃え上がる。

徳川埋蔵金の発掘を手伝うため、静岡の宿里村にやってきたコナンたち。夜、化け物の鵺に襲われたような傷跡を残して康克、道貴が殺害される。コナンと平次は事件の真相に辿り着き、犯人のトリックを再現してみる事に。朝4時、平次は鵺の正体がわかったと言って皆をホテル前に集める。

小五郎は不思議な仏像の謎を解くため、コナン、蘭と方斗寺にやってくる。本堂の十一面観音は勝手に横や後ろを向く事があり、そうなった後は必ず悪い事が起きるという。この日も仏像は後ろを向いていて、住職の福原栄鏡の妻、昌子と娘の由佳はまた悪い事が起きるかもしれないと不安になる。

小五郎はコナン、蘭を連れ、ロボットを作る久須美工機の工場にやってくる。社員の谷崎、堀内、一色の中の誰かが明星テクニクスにパーツを横流ししていて、小五郎は社長の久須美から犯人の特定を依頼されていた。夜、小五郎、コナン、蘭は情報漏洩犯を現行犯逮捕するため、工場内に身を潜めるが…。

鳥丸は奥米花にある由の家に強盗に入って逃走。鳥丸は山道の前方にいた元太を払い倒して逃げる。この後、鳥丸は角を曲がった所で権野に激突。2人は崖を転げ落ちる。鳥丸は気絶した権野の服に着替え、代わりに権野に自分の服を着させる。鳥丸は権野を犯人に仕立て上げようと企んだのだ。頭を打って記憶を失った権野は…。

コナンは蘭、園子、世良とデパートの水着売場にやってくる。コナンはその場を離れ、婦人服売場「シムサ」の前を通りかかり、店員の南部、客の二塚、客の指原とその部下の八卷の4人が揉めている現場を目撃する。この後、コナンと蘭たちが「シムサ」の様子を見に行くと、悲鳴が聞こえてくる。

コナンたちが訪れたデパートの婦人服売場の更衣室で女社長の指原が何者かに絞殺される。指原は左手と右手にダイイングメッセージを残していた。目暮警部は店員の南部、客の二塚、指原の部下の八卷から話を聞く事に。犯人の目星をつけたコナンと世良は園子たちとの会話をヒントにトリックを見破って…。

コナン、元太、光彦、歩美は土砂降りに見舞われ、洋館で雨宿りさせてもらう。家主の太田黒の妻、智恵子は車椅子の生活をしていたが2カ月前に崖下に落ちて事故死。太田黒は半月前から智恵子が霊になって現れると話していて、コナンたちも屋敷で黄色い光の幽霊や勝手に動く車椅子を目撃する。

１０年前、幼い工藤新一はひょんな事から海水浴に来ていた赤井秀一の家族と知り合う。この後、車が崖から海に落ちる事故が発生。秀一はこの車が事件に絡んでいると睨み…

１０年前、強盗犯の車が崖から海に落ちる事故が発生。強盗犯の１人は沈む車から逃げ、海水浴客に紛れ込む。赤井秀一は幼い新一に協力し、容疑者を３人に絞り込むが…。

毛利探偵事務所に立体絵本とピンクのスマホが届く。この絵本は連続爆弾事件の予告状になっていた。犯人は病死した絵本の作者の腹違いの兄で、爆弾製造の前科がある蛭川卓司だった。爆弾を仕掛けた場所はなぞなぞになっていて、コナンは小五郎、目暮警部、出版社編集長の朝永博之らと協力して仕掛けられた爆弾を捜索するが…

毛利探偵事務所に立体絵本とピンクのスマホが届く。この絵本は連続爆弾事件の予告状だった。3つ目の爆弾を仕掛けた場所のなぞなぞは「7のまんなか」。コナンたちは7で表すものとその真ん中とは何かを考える。警察官は総動員で木、緑、ファがつく場所、会社、学校などの捜索に取り掛かるが…。

コナン、蘭は大阪から来た平次、和葉と錦座のイルミネーションを見に行く事に。蘭と和葉が夕飯の仕度をしている間、コナンと平次は喫茶ポアロで時間をつぶす。コナンたちの隣の席にやってきたのは米花大学の大積、唯、安斉、永塚。4人は唯の誕生日会をやるという。この後、ブレーカーが落ちて店内が暗くなる。

喫茶ポアロでブレーカーが落ちて店内が暗くなった間に安斉が包丁で背中を刺される事件が発生。目暮は唯、大積、永塚、和田の中に犯人がいると睨む。コナンと平次は犯人が返り血を浴びないトリックを見破るが、そのトリックを使える人物に犯行は不可能だった。この後、和田は唐突に百人一首の歌を詠みあげて…。