动画原创。小林老师被选为一起入室抢劫杀人案的陪审员，案件中，为被告人辩护的是妃英理，而对手正是九条检察官，虽然对被告不利的物证很多但在妃英理的据理力争下，二人在法庭上形成了平分秋色的微妙局势，期间，旁听的小林老师看见到了案发现场被挂反的画，这引起了柯南的注意。之后，柯南随小五郎来到案发现场，并在这幅画后面发现了被告人向死者借钱的借据，找到了对被告人如此不利证据，妃英理该如何应对？

动画原创。妃英理按照柯南的要求向被告人岩松询问了房间里消失花瓶的事情，岩松说他当时确实看到了花瓶，事情如柯南料想一般，就在这时，九条检查官打来电话说已经发现了凶器，面对突然出现的越来越多的不利证据，柯南决定帮助妃英理，他让元太等人打探出女佣和花瓶的事情，得到证实后，他又和小五郎暗中蹲守，终于掌握了决定性证据。开庭当天，柯南将小五郎麻醉，道出了事情的真相。

小五郎受邀参加浦井食品创立八周年的纪念宴会，浦井社长在每年的宴会上都会进行魔术或短剧之类的表演，所以宾客们也都非常期待他今年的表演，然而，宴会期间浦井社长却大叫一声倒了下来，就在大家都以为他今年表演是悬疑推理短剧时，柯南发现浦井社长真的停止了呼吸，警方查出他是中毒而死，当时离死者最近的人就是他的夫人浦井星江。

柯南从一开始知道凶手是谁，为了证实自己的想法他又进行了确认，没错，这个人就是浦井星江！虽然知道了凶手的真面目但是她到底使用了什么手法，因为案发时她正在为小兰看手相，根本没机会在浦井社长杯子里下毒，就在他专心思考案情时，千叶和佐藤的谈话给了他启发，同时小五郎乱丢的烟头也指向了关键的线索，于是，他麻醉小五郎说出真相。案件结束后，落寞的小兰看着别人的甜蜜不禁流下眼泪，今年的白色情人节能收到新一的回礼吗？

服部这次带来的案件是五年前去世的犬伏集团会长的养子女们接二连三离奇死亡的事件，而且据说案件是由身上缠绕火焰像犬一样的魔物所造成的，因为其中一名养子跟和叶的母亲是旧识，于是柯南和服部一起登门拜访探听详细情况，没想到对方的名字竟然是工藤伸一与工藤新一读音相似，在他们询问之前，伸一竟然被人设计成一氧化碳中毒而亡，之后，前来调查的警方从死者口中发现了一颗掉落的珍珠，这会是死者留下的死亡讯息吗？

为调查真相柯南、服部等人赶往犬伏家，大家从养女幸姬的口中听说了犬伏家的祖先曾烧死狗的事情后，便一起前往祭奠这只狗的墓碑，没想到竟然亲眼目睹了养女佐纪从悬崖坠落的场景，柯南和服部立刻赶往现场并发现那里留下了一点一点持续燃烧的火脚印，难道说炎之魔犬真的存在？之后，在院子里照顾犬伏家柴犬的和叶和小兰竟然也遭到魔犬的攻击……

遭到魔犬追击的和叶和小兰赶紧跑到屋里躲起来，没过一会，魔犬就消失了踪影只留下一串火脚印，以此同时，从佐纪案发现场找到玻璃球的柯南等人也赶来宅邸，据和叶和小兰回忆她们当时不仅闻到了洋葱味还看到脚印在跳动，这时，养子知晃说起了美我子溺毙沼泽旁边的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼泽进行查看，没想到魔犬再次出现。

柯南和服部等人得知了犬伏家兄妹几人改名的事情，而在和叶子和小兰的闲聊中服部和柯南领悟到了魔犬的秘密正在这时裟臣婆婆却突然倒下。而在小兰和叶子的提示下小五郎推理出幸姬变是此次事件的犯人。而当众人来到小屋里寻找幸姬的时候，魔犬却突然出现！但当魔犬扑过来时众人发现魔犬其实只是小狗，而服部和柯南也揭露了犯人的真面目。

阿笠博士带着少年侦探团到深山里挖竹笋的时候，车子突然出现故障，柯南等人被迫留在深山之中。为了避雨而来到这里别墅区的少年侦探团被一阵钢琴声所吸引，于是，大伙儿进入这栋别墅，虽然这里有人生活的痕迹却没有看到半个人影，而且留在现场的日记还写着可怕的内容，之后大家决定找出日记中出现的被绑架男孩，这时，屋内突然停电，伴随着少年侦探团的恐慌钢琴声再次响起。

柯南并没有从步美找到的照片中发现重要的线索，便将破案的关键再次锁定日记，仔细反复查看之后，柯南发现了其中的端倪，于是，他再次来到琴房确认自己的发现，没想到步美等人放在门口的背包不翼而飞，而且大家还注意到了钢琴旁边凳子的变化，一切如柯南所料，他让步美、元太和光彦等人高唱欢快的歌曲，果然将躲在黑暗中悄悄观察他们的人揪了出来。

柯南等人在来自英国的戴安娜女士的邀请下一起前往伦敦旅行，为了通过关卡，柯南利用灰原的药暂时恢复工藤新一的身份。到达英国后，柯南兴奋的来到福尔摩斯博物馆参观，期间遇到了著名网球选手格拉斯的弟弟阿波罗，柯南以福尔摩斯徒弟的身份从他的口中得知有一名可疑男子给了他一张奇怪的字条，并告诉他将有人死在他的面前，这个男子的目的是什么？字条的内容又有何含义？

为了尽快解开这张充满危险气息的暗号文字，柯南、阿笠博士、小兰和小五郎兵分两路分头调查，在贝克街福尔摩斯的雕像下小兰还遇到了著名网球选手格拉斯。下午与戴安娜女士共进晚餐的时候柯南和阿笠博士人不见踪影，于是小兰外出寻找，期间她打电话给工藤希望借助他的力量解开暗号，这时，大本钟响起，破解第一行暗号的工藤却在无意之中暴露了自己在伦敦的事情。

来到伦敦的柯南不小心以新一的身份向小兰暴露在伦敦的事实，而此时柯南喝下了回国用的解毒剂暂时以新一的身份出现！在继续调查的过程中小兰从以前新一说过的话中得到启发发现了人偶的秘密。而之后通过与新一电话中发现了更多的线索。这时小兰和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波罗的协助下小兰留在教堂的纸片，而上面写着的就是接下来的线索。

小兰和小五郎按照指示来到了车站，就在这时阿波罗发现了在车站里奇怪的男人并得到了接下来的线索U字。之后小兰一行来到了接下来的提示的瓷器店而这时阿波罗和母亲一起离开剩下小五郎和小兰继续寻找线索。第二天在警方的要求下小兰众人继续破解没有完全解开的暗号，而就在众人解开暗号来到会场之后，柯南发现赛场上的米奈芭有些不对劲！

比赛中的米奈芭的状态不佳，柯南发现她丢在地上的护腕从而发现犯人利用护腕告诉米奈芭自己已经锁定她的事情。柯南用阿波罗的票进入会场寻找犯人，但面对易容高手的罪犯，柯南缜密的分析了米奈芭的击球之后发现了犯人的真正目标不是米奈芭而是她的母亲！而阿波罗则告诉了柯南米奈芭如何每次在球场上准确找到母亲的方法。

到了抢七局的关键时刻，米奈芭打出了关键的一球，通过最后一球的拉锯战柯南不断观察犯人的位置。拉锯战之后米奈芭失掉了最后一球就在这时她提出了异议，通过慢镜头的回放最终取得了这一局的胜利，而柯南也通过拉锯战找到了犯人所在的位置。在父母的帮助下柯南顺利的进入赛场。就在柯南要制止罪犯之时却被人认了出来，最终米奈芭和柯南联手组织了罪犯。

解决了暗号事件回到日本的柯南终于恢复了正常的生活，在放学回家的路上元太提议大家进入即将拆迁的大楼内来玩捉迷藏。就在这时元太发现有奇怪的敲打墙壁的声音，柯南发现这是有人发出的求救声音，就在他们在搜寻的过程中发现了在检查大楼的两个工人。两人告诉柯南他们那是他们发出的响声不用在意但在柯南的推理下少年侦探团们开始寻找被困的人，就在这时之前的检查工人却抓住了小哀，究竟应该这应该办！

就在光彦拨通报警电话之时，检查的工人以小哀作为威胁，没有办法下光彦挂断了求救电话。犯人们商议着要放弃赎金处理掉一切，少年侦探团的各位陷入了危机，就在这时步美注意到柯南发出的信号，按照指示给依次给步美，柯南，元太和阿笠博士的手机打电话来分散犯人的注意力，但因为声音太大反而引发了犯人的注意。而此时犯人也发现了孩子们的计谋开始寻找光彦他们，柯南利用麻醉枪也终于制符了犯人们。

受小林老师之托的少年侦探团在视听教室找防范犯罪录音带，这时，千叶警官突然出现，虽然他嘴上说是为了怀念母校，但实际目的却是为了找13年前一个女孩子留给他的情书回复，询问过详细情况后，大家帮他一起在众多录影带中找女孩留下的信息，最终，柯南找到了女孩的回复，得知对方也喜欢自己的千叶，准备在今晚的同学会向这名女生表白，曾经错过这段感情的千叶警官能找到自己的幸福吗？

这天是米花大学的校庆，小五郎作为毕业嘉宾带着柯南，小兰和园子前来参加。这是米花大学学生辻荣尊座邀请小兰来帮忙看看僵尸表演是否到位。 之后柯南，小兰和园子在尊座和贵士的带领下参观了他们设计的绝叫病栋，就在被他们精湛的设计和表演吓到的同时发现成员之一安菜没有按计划起身吓人，走进之后发现安菜已经中毒身亡！随着调查的深入，一个月之前桥口中毒身亡的事情也逐渐浮出水面。

在参加大学校庆的柯南和小兰等人遇到了杀人事件，就在警官要判定为自杀事件的时候，在柯南的引导下警方判断此次为他杀事件。而安菜在小兰她们进来之前已经死亡，但此时如何让桌子摆动的事情成为了破案的关键，而表演时站在安菜周围的三人成了重点怀疑对象。经过对现场的调查柯南很快发现了犯人的犯罪手法和犯人的身份，在确凿的证据面前犯人最终承认了罪行，并说出了杀死安菜的理由。

园子的次郎吉叔祖父要举办龙马展，而怪盗基德则发出了预告状。但奇怪的是这次基德发出的是归还物品的预告状！而从叔祖父那里园子他们了解到这次次郎吉只是借出了博物馆场地，而展览的主办发则是樽见。为了对抗基德，几次郎在展览场地安排了特别“基德归还处”就在众人在处处提防怪盗基德的时候柯南发觉了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？

在铃木财团的支持下龙马展的保全措施做的非常好，而柯南在厕所思考之前遗失的龙马遗物的时候基德忽然出现！柯南追着基德来到展馆内部的时候发现园子的袖子上粘到了奇怪奇怪的东西，而柯南也发现了基德所谓下雨的真实含义。基德按照约定来到了展馆内而樽见利用假的被盗信息来出售赝品的事实也最终曝光。

动画原创。这天园子和小兰带着少年侦探团的孩子们来到孤岛上，问此事正好碰到电视剧的拍摄。而导演和主演则是之前的话题演员宫坂裕弥，而摄影助理冲田则被迫作为替身完成危险的跳崖的镜头。这时因为下雨拍摄被迫中断，剧组人员回到了酒店。就在众人在酒店休息时发现宫坂被刺身亡！而犯人就在野营地的几人之中！

动画原创。来到野营地拍摄宣传片的话题演员宫坂被杀害，而凶手就在野营地之中。而与宫本有正面冲突的山本，冲田和冴子嫌疑重大。就在柯南去勘察犯罪现场之时，美妃看到鹰山从窗边逃走，就在众人追寻鹰人来到悬崖之时发现鹰人已经坠崖身亡！而就在看了冲田的录像后柯南发现了凶手的犯罪手法，犯人最终也承认了自己的罪行。

动画原创。天来到公园惊醒乐队指挥训练的步美总是会遇到一个奇怪的人，这天在少年侦探团的各位陪同下步美又一次遇到这个醉酒的跟踪狂。第二天当她们再次来到这里时却发现这个叫做与田的男人的尸体！看似是醉酒事故，但在询问了死者的同事之后得知死者恐高的事实。最终在调查现场后柯南确定了此次是杀人事件并找出了凶手的真实身份。

连续三年都会在生日时会收到恐吓信的保科琉璍子，为了今年的生日会能够顺利举行而邀请毛利作为保镖。来到保科宅邸的小五郎众人发现屋子里有着众多的时钟，而对于时钟的准时性屋子的主任琉璍子也似乎有着非常人的执着。在参观屋子的时候柯南众人还得知了屋子以前发生的事故，就在生日宴会中刚刚吹熄蜡烛的琉璍子突然被刺身亡！

对时钟狂热的保科琉璍子在自己的身日宴会上被刺身亡。在调查来宾是古垣透露出犯人肯能是个胖子的证词，而在调查了所有客人后并没有发现符合猜想的嫌疑人。在听到大时钟的零点报时后柯南发现了犯人利用报时的大时钟的杀人手法和凶手的身份。凶手最终承认了因为为好友报仇而杀人的事实。

动画原创。这天小五郎在赛马之后来到小酒馆巧遇了同样赛马的几位同好。在屋外抽烟的小五郎遇到了来找他的小兰和柯南，就在众人回到小酒馆时忽然发现酒馆老板娘被刺身亡！在警方调查了酒馆的几位客人之时发现扇小姐为了挽救自己的舞蹈班向老板娘借钱的事实，而其他几位客人也多少有把柄被老板娘抓住。柯南在勘察现场后发现了犯人的身份！

动画原创。这天柯南陪同小兰和园子来练瑜伽减肥，这时他们碰到来参加减肥班的出川，而出川厚子故意的刁难的态度迫使教练里月跪下息事宁人。而在晚上的训练厚子也早退走掉，独自回到屋里。训练之后保子因为敲不开出川的门而来找里月，但开门之后出现的确实中毒身亡的出川！在勘察现场之后肯纳发现了犯人的犯罪手法，犯人也承认了因为报仇而杀人的事实。

动画原创。某天小五郎突然接到了出演节目的邀请，而带着小五郎和柯南来到电视台休息室的小五郎却没有见到作为答题嘉宾的洋子小姐。在拜访堺校长的时候小五郎他们遇到了同样来找堺校长的君岛。君岛带来了自己的清朝瓷器藏品来希望能够让本间老师来鉴定。而就在彩排时君岛突然发现自己的藏品不见了！而柯南则推理出犯人仍然将花瓶留在电视台！

动画原创。君岛带着自满的藏平来参加电视节目，但在彩排时花瓶却离奇失踪！作为名侦探的小五郎也身负重任来寻找失踪的花瓶。而在分析众人之后小五郎发现举止怪异的山崎，但山崎藏起来的是洋子的手绢而非花瓶。而在调查了现场之后柯南发现了犯人偷藏花瓶的手法，并以小五郎的身份揭露了犯人的身份。而君岛带来的花瓶也只是赝品而已。

动画原创。这天小五郎带着柯南和小南外吃吃饭，回家的途中遇到故意向须坂和中北的汽车，柯南用自己的充气足球阻止了再次撞向两人的汽车。作为答谢片寄邀请小五郎一行来到家里，而小五郎他们在门口碰到了发生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍时发现倒地身亡的片寄爷爷！而在调查过程中须坂拿出了老爷让保管的钥匙，而盒子里留下的却是一封暗号信。

动画原创。资产家片寄王三郎在家中中毒身亡，而片寄留下了一封暗号信来提示自己的财产所在地。中北无意的话点醒了柯南，而就在这时牺牲者再一次出现！这次是野笛小姐被箭射中中毒身亡，而在附近的树屋找到了弓，而爱好弓的荻人成了头号嫌疑人但就在这时却传来荻人坠崖的消息。最终在柯南的推理下找出了犯人，而一场遗产争夺战也浮出水面。

动画原创。这天作为地区体验采访的嘉宾，小兰和柯南来到了冈山。在参观美术馆的时候遇到失去记忆的奇怪女人，而在经过检查后发现身上还有扭打的痕迹。而赶来小五郎接受了调查她过去的委托。通过她画的画小兰她们开始寻找她的记忆，而就在这时柯南发现她们被跟踪了。在来到野崎家的大宅之时出现了认识她的人而她的名字是吉濑万由美，找回名字的万由美却突然逃走了！

动画原创。就在万由美好不容易找到自己的身份的时候却突然逃走了，而她遗失的纸条上写着“要知道真相就一个人来”的信息！而就在柯南追过来之后发现险遭毒手的万由美。在众人调查神社时得知万由美之前曾来过这里。晚上万由美又再次的险遭绑架，但凡人却留下了一份借条，借此柯南推断出了犯人的身份，而所谓的好友的身份也最终暴露出来。

寒假的这天柯南发烧了休息，而原本约定好的在步美家的纸牌游戏也没有办法参加。就在和步美通电话时忽然有个叫做正南的小男孩说有陌生人闯进家中敲开了步美家的门，但之后他的父母便过来把他带走了。看似小孩子的恶作剧但柯南却发现其实他们不是真的父母，正南可能真的面临危险！于是少年侦探团的各位来到正南的家里一探究竟。

来到正南家里的少年侦探团的各位开始玩起了花牌，而游戏中正南好像利用花牌向小哀他们传递了什么信息。缺少柯南的少年侦探团的各位开始分析正南的用意，通过小哀的推理确定了正南的母亲的所在地，就在这时小哀突然发现了陌生的手机，而此时两名犯人也露出了真相。突然门铃响了起来！就在犯人开门接收快递的时候柯南和高木赶来救援！

因为小兰不在家，柯南和小五郎决定去杯户町的一家拉面馆吃饭，虽然这家饭馆标榜的是美味的要死的拉面，但店面却相当破旧，随后，想要在这条商业街炒地皮的奸商西津也来到这里并与老板小仓、店员彩代以及隔壁理发店长谷中发生了激烈争吵，使这里的气氛变得一团糟，唯一值得安慰的是端出的拉面果真是绝顶美味，然而，西津却在吃完拉面后倒地身亡，是意外还是谋杀？

经过调查警方并未在拉面里发现毒物反应，反而在被害者的衣服内侧以及他随身携带的物品中发现毒物，据拉面店老板说这也可能是西津打算逼走他们而准备放在拉面里的毒药，不想却害死自己的意外事故，这种说法得到了目暮警官的认可，就在他准备以自杀或意外结案的时候，暗中观察而看透真相的柯南将小五郎麻醉道出真相。