某天突然神秘女子池波来到事务所说要寻找中学同学柴田。通过池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他们一行人立刻去了柴田家。就在进入池田家的时候却发现池田已经被杀害而死时手里捏着的正式池波年轻时的照片！而柯南对这位委托人不够完美的说词充满了疑问。在不断的调查中柯南发现神秘女子的疑团不断增多，池波究竟是何方神圣？

神秘女子池波女士寻找的中学同学柴田手里握着照片被杀，小五郎等开始向相关者讯问而柯南也弄明白了柴田手握照片的含义。“沉睡的小五郎”当众点破了池波女士的众多谎言但却判断凶手另有其人。而凶手留下的铁证就留在罪犯的手上，铁证面前犯人最终承认了罪行，但在犯人准备自我了结的时候被池波拦下，而池波女士的身份也最终揭晓。

服部收到了一封古怪的委托信，于是，他们一行人便来到了美国岛，没想到这封信的寄件人纱织却在三天前失去了踪影，当晚，岛上热烈的庆祝一年一度的儒艮庆典活动，传说有位吃过人鱼肉的长寿婆，任何人只要拿到她念过咒的儒艮之箭，就能实现长生不老的美梦，但就在庆典进行期间，沙织的朋友寿美竟然被人发现勒死在瀑布上，服部和柯南认为这是一起杀人事件并着手进行调查，然而在为寿美守灵的晚上又发生了一件惨案。

死者是奈绪子，柯南和服部在案发现场发现了鱼鳞和脚印，然而脚印的方向却通向大海，只靠这些零星的线索，根本无法抓到凶手。这时，君惠说她有今年祭典购买号码牌的名册，于是柯南一行人前往神社，悲剧再次发生，君惠为找名册死在仓库的大火之中。之后，柯南和服部分头行动，服部发现了新的线索，正巧此时柯南打来电话，他到底推理出了怎样的真相而让服部吃惊不已？上山找门胁时，和叶为救服部坠落悬崖，她能否化险为夷？

柯南将小五郎麻醉并召集岛上的所有人，准备将真相公之于众，但迟迟未见和叶和服部的身影，在警察的催促中，柯南只好开始对整个案件进行推理，虽然门胁和禄郎最有可能犯案但柯南却首先排除了他们二人的嫌疑，而当他指出真凶时，在座之人无一不感到震惊，这时，自救成功的服部及时赶到推理现场，更是说出了一个让凶手都意外的事实。

动画原创。伦太郎家的餐厅来了一个叫龟仓雄二的人，在他以报恩为目的来到这里之后，伦太郎家原本的冷清的餐厅因龟仓的努力而渐渐生意兴隆起来，可伦太郎总觉得事情没那么简单，便拜托少年侦探队进行调查。龟仓以想菜单为由总把自己关在屋子里，这让柯南等人觉得很可疑，这时，光彦想到了福尔摩斯里的红番联盟案件，于是大家便以这个案件为参考展开了调查，柯南认为光彦等人的推理都不可靠，然而事情的真相却将柯南狠狠打击了一番。

【主线剧情】柯南和小兰到电玩城拍摄大头贴的时候，却在这里遇到了一位专注于射击游戏任职帝丹高中的英文老师茱蒂，小兰在她的建议下向一个格斗游戏机挑战，最后却败在一个游戏玩家尾藤贤吾的手下，没有想到在与下个对手对决的途中，这个尾藤竟然意外的死在座椅上，调查之后排除了自杀的可能，那么，凶手一定就在那四嫌犯当中。

【主线剧情】柯南将园子麻痹，借用变声器将四个嫌疑犯中的其他三名排除，那么，剩下的那一个人就是凶手，之后柯南又拜托高木警官和小兰将案发时尾藤仍在进行格斗的场景重现，戳穿了凶手混淆大家视听的手法，至于凶手所使用的凶器虽然很早就被丢弃，但还是被柯南发现，凶器就在……

小兰抽空和园子一起去上陶艺课，柯南暗中尾随但被人发现，之后便和小兰她们一起做陶艺，这间陶艺教室除了担任讲师的美浓先生还有他的助手笠间菊代，这时，美浓的女婿素夫刚好回来，没有想到在他回来没有多久竟然不见了，最后大家在仓库内发现了被人用领带勒死的素夫的尸体。

柯南一开始就知道凶手是谁，但他却苦于找不到证据，然而当他无意间看到勒在素夫脖子上的领带，没错，证据就是这个！另一边，目暮警官发现素夫死前所买保险的受益人是菊代，而且在素夫消失的这段时间她也曾来过仓库以及根据美浓所提供的证词，这一切线索不得不让警方怀疑杀死素夫的凶手就是菊代，而菊代也是百口莫辩。这时，柯南将园子麻醉，借助变声器将事情的真相一一道出！

【主线剧情】为了在春天享受滑雪之乐，阿笠博士带着少年侦探队搭公车前去滑雪，没想到在新出老师和茱蒂老师上公车之后，灰原居然开始全身发抖，就在这个时候，穿着一身滑雪装的两个男人将公车劫持，柯南以座位为掩护，本打算偷偷利用行动电话通知警方，然而却被歹徒识破并拿走了电话，歹徒是怎么准确的洞察到柯南的行动？坐在最后的三名乘客到底谁是歹徒的同伙？他们又是通过什么来传递信号?

【主线剧情】柯南本想找坐在旁边的灰原商量，可是灰原依旧浑身发抖，并在茱蒂老师询问灰原身份时，对柯南发出暗示，柯南突然意识到可能有黑衣组织的人在车上，然而当务之急是找出歹徒的同伙，当公车驶入隧道时，歹徒让咳嗽的乘客和新出老师换上他们的衣服并准备带走一名人质以方便逃脱，所幸柯南看穿了他们的计划，他指挥少年侦探队做好准备，在公车出隧道的一瞬间采取行动……

动画原创。某日，一个叫上田丈二的医师找到小五郎，拜托他调查自己的朋友吉村遭到不明人士恐吓的事情，当他们来到吉村所在的公寓刚准备上楼时，突然听到有东西坠落的声音，柯南急忙跑去，却发现吉村的尸体，目暮警官赶来之后，对吉村的公寓进行了仔细的调查，而柯南却将注意转移到了住在六楼的上田身上。

阿笠博士的朋友加纳照也由于近日就要搬家的缘故，所以计划将用不到的东西送给朋友，柯南等人在这里遇到了加纳在爱犬协会的朋友纲岛吉雄、土佐林和莲木志乃，就在大家思考要带什么东西回家作纪念的时候，加纳家饲养的一只小狗道尔不见了，后来大家在焚化炉里找到道尔脖子上的项圈，但幸运的是焚化炉里并未发现狗的骨骸，那么，道尔到底被歹徒藏在哪里了？他又打算怎么带走道尔呢？

光彦建议让亚瑟闻道尔的味道帮忙找道尔，可亚瑟却从和式里叼出一个坐垫，柯南发现和式里的坐垫比之前多了一个，他又将道尔听到时钟之后发生的事情全部梳理了一遍，并且还在客厅的走廊上找到了曾经出现在焚化炉里的玻璃棉，有了这些线索一切谜题迎刃而解，找到道尔之后，少年侦探分工合作，将它失踪时的场景重演一遍，揪出了藏匿道尔的歹徒。

动画原创。小五郎带着小兰、柯南应邀去参加精通葡萄酒的日下的宴会，那里还邀请了众多葡萄酒爱好者。但是去酒窖里取珍藏已久的葡萄酒的日下却始终没有回来。小五郎和日向夫人前往酒窖看看状况时才发现日向已经被杀害。柯南无意发现了地上的刻意痕迹推理出凶手的犯罪手法。另一方面警官调查后门确认无法盗用钥匙进入。而在高木警官的亲身试验后“沉睡的小五郎”道出了凶手的犯罪手法并指出了手绢上酒渍的证据。

动画原创。小五郎因为中了彩票带着小兰和柯南一起享受可以在南纪白滨住上一晚的旅行，并在那里结识了写生旅行的医科大学学生新庄真纪，由良达彦，宮原加奈子，藤浩太，三井元，五人之间似乎有着复杂的关系。第二天毛利他们偶然遇见了藤浩。正巧慌张的三井给藤浩的手机打来了电话说三段壁的树林里发现真纪胸口中刀被杀。而柯南发现散落在现场钥匙的疑点。

动画原创。被害的真纪的因为钱包不见了，被疑为是强盗杀人。乍看之下虽然像是强盗杀人，柯南却肯定凶手是这些大学生一行人中的某人。虽然怀疑藤浩的不在场证明是否可以确立，这时这一行人中复杂的人际关系一点一点浮现出来。这次的杀人事件中，隐藏着另外一个邪恶的计划。在“沉睡的小五郎”的解说下凶手最终浮出水面来。

受到服部的邀请，小五郎、小兰和柯南前往大阪参加一个名为3K餐厅的开幕酒会，餐厅老板是前职业拳击手里卡巴雷、美国职棒投手迈克诺德和柯南的偶像职业足球选手雷卡迪斯三人，没有想到就在柯南等人协助他们进行一场秘密计划的时候，枪声突然响起，柯南和服部匆忙赶到发出枪声的房间，发现美国报社记者埃德麦肯竟然被人枪杀横尸屋内，警方立刻对所有来宾进行排查，另一边服部发现柯南的表现很反常。

在收集线索时，柯南并没有像以前一样提出很多的质疑，反而竭尽全力的反驳服部的推测，之后他们在某个房间里发现了本不该出现在这里的拖把，有了这样东西，凶手的犯案手法就完全被破解了，但柯南仍然不甘心自己的这种猜测，于是他想要找到能推翻自己想法的证据，然而，事与愿违，越是深究事情就越是向自己不愿承认的方向发展，面对如此不可置信的真相，柯南又该作何选择？

柯南在从大阪回来的新干线中遇上了佐藤警官、高木警官。两人正在押送毒品的秘密贩卖者小仓。途中车内发现可疑的炸弹包裹。就在佐藤前去查看之时留下高木警官的时候，犯人小仓要求去厕所，却在厕所中用刀刺自己的腹部身亡。而在调查的过程中佐藤发现小仓血迹的疑点，并推断出这是他杀时间而非自杀。

佐藤警官推理出小仓原本逃脱的计划，柯南指认出进入厕所的关键的三人。在调查了三名嫌疑犯以及携带物品之后柯南解析出犯人的犯罪手法和遗留的证据。在“沉睡小五郎”的推理下指出了刀子方向的不自然方向套出了犯人的口误。虽然凶手一再否认，但随声携带的报纸成为了逃不掉的铁证。在罪犯逃跑的过程中被高木警官一罐子击晕，案子最终成功告破。

柯南和少年侦探团几天来一直觉得元太的举止怪怪的，便追问元太，元太说他因为目击了连续抢劫案的罪犯而正被追杀，这时从商场顶楼有铁材向元太落下来让原本以为只是元太想多了的柯南众人也认真起来了。元太声称见到连续强盗犯却忘记在哪里看到的。在不断的回忆前几天的事情之后少年侦探团的各位终于找到元太看到盗贼犯。

柯南他们接受了委托，决定去解开似乎与穿红色夹克衫的自杀者有关联的公文包之谜，在去葵屋旅馆的途中，遇见了山村刑警于是一起前往。小五郎等人到达旅馆后，却听说已经有个自称“毛利小五郎”的人先到了旅馆，不久之后却发现假冒的小五郎在自己的屋子里上吊死亡了。而在死者的随身物品中有一份过期的报纸和夹在其中的头发，在柯南的提示下小五郎解开头发的秘密慢慢接近真相。

在解开头发的假象之后警方开始全面调查旅馆。柯南推理出了犯人的犯罪手法之后提示小五郎和山村刑警发现报纸里登载的相扑战绩的秘密。之后在众人的设计中凶手露出马脚被抓现行。而犯案的动机也是因为五年前抢劫案后劫匪之间的分在不均所引起的。虽然犯人一再的否认但遗留在灯上被压在灰尘之下的指纹却说明了一切，罪犯最终承认罪行。

动画原创。金泽氏由于被迷样的狙击者所威胁，委托小五郎调查。小五郎等人到了建筑师金泽氏的别墅。大家在巴比0时突然听到枪声，循声去看时金泽氏已经被杀害。毛利和警官发现了凶手杀人的机关推测犯人可能是外部人员但在柯南的调查下发现了凶手就是在岛上的内部人员。在罪证面前凶手最终承认了罪行同时道出了因为金泽偷盗自己设计而最终走上不归路的事情。

阿笠博士带柯南和少年侦探团去伊豆的海水浴场游玩，无意中听到了当地的渔夫下条和吉泽与新加入的渔夫荒卷的争吵，双方还约定晚上8点餐厅里见。但荒卷却迟迟没有出现最后被发现死在了沙滩上。在现场调查之时柯南发现船上留下的纽扣的疑点，而死者满是划痕的手机使柯南发现了犯人的真实名目，但是犯人的杀人动机又是什么呢？

柯南等也到同一个餐厅吃饭，听说与这几个渔夫相约的人在海边溺死了。伊豆海边发生了杀人事件。柯南已经确认了犯人的真实身份并利用因为泡到海水里无法确定死亡时间这个baga套出了犯人的话，面对现实，犯人最终承认了自己的罪行。因为杀死了自己的父亲而怀恨在心，最终痛下杀手。但自己的这番行为却得不到同伴的赞同发怒的凶手最终在小兰的话语中认识到自己的错误。

动画原创。旅馆主人紫郎和弟弟金次迎接了来到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他们遇到了兄弟俩的父亲龙藏，龙藏的蛮不讲理让柯南他们吃惊不小，但因牛奶投递员蓝子的出现，气氛缓和许多。但就在几小时后，龙藏在自己家被人杀害了。在调查现场后柯南找出了杀害龙藏的凶手，其实就是自己的亲人，因为得不到父亲赞同和支持而疼下杀手。

柯南他们应洋子之邀去出席冲野洋子原本所属的偶像团体“地球少女”的另一位成员――草野薰和演员剑崎的订婚party。大家建议观看完薰和剑崎共同出演的电视剧后再祝福，害羞的薰就独自一人去洗澡了。但是去寻找一直没从浴室回来的薰的柯南和剑崎却发现了颈部流血、倒在了浴盆里的薰。警方也介入调查现场。

倒在浴室的薰被送到医院。因为找不到杀害她时所使用的凶器而被认为是外部人所为，柯南从写着祝福话语的彩色信纸上发现是内部人所为。在独自调查现场的时候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然并推理出了犯人和犯人的犯罪手法。柯南单独面对犯人说出自己的推理，犯人在证据面前承认了自己的罪行，因为愧疚之前便已经决定自杀的犯人在柯南的救助下活了下来而熏也抢救成功渡过危险。

动画原创。柯南和小兰被小五郎带到OK牧场在途中迷路，巧遇恰好路过的牧场工作人员后一行人终于到达牧场。小五郎因为要看马术，到了马场便参观了起来。但是马场的装蹄师杉山突然死亡！虽然看起来是被事故但在柯南的调查下发现这其实是一起有预谋的谋杀案！虽然大楠给马喂了巧克力使马异常兴奋，但真正杀死杉山的另有其人。

动画原创。少年侦探团在公园看到了可疑的男人。他们知道那个男人是为了向绑架燕秋夫的犯人交赎金的之后，来到了燕宅。原来燕财阀的孙子秋夫被人绑架了。在看了秋夫的画之后柯南发现秋夫有留下画画地方特征的习惯，寻找秋夫画里留下的讯息成了关键所在。在少年侦探团的各位的齐心协力下终于找到绑架秋夫的嫌疑犯的地方并成功救出了秋夫。

受不住母亲一再的唠叨佐藤警官决定去相亲，来到相亲地点出现的竟是白鸟警部！得知这一情况的由美让暗恋佐藤已久的高木去找佐藤。本来是准备相亲中途借口逃走的佐藤警官被激与白鸟警部约定，如果日没之前高木还没来就与白鸟结婚！将就在高木急急忙忙前来的过程中居然遇到了便利店强盗。不愿看到有情人擦肩而过的柯南决定出手帮助高木！

巧遇上新出老师的三人继续关注事态发展。在隔壁房间偷看的柯南一边看一边以新一的声音联系高木。而以日落前为约定的誓言之吻让大家更替高木担心。在柯南的帮助下，高木推理出了犯人。但在追捕犯人之后，日落也就在眼前了。垂头丧气的高木欲放弃但最终决定坚持下去。时间到，佐藤警官遵守预定但关键时刻，“高木”警官竟然出现了？