Kogoro wird von einer bildhübschen Frau aufgesucht, die ihn bittet, einen Jungen aus der Mittelschule zu finden, mit dem sie früher im selben Kendo-Club war. Sie möchte ein Foto von ihm zurückfordern, das er seit 30 Jahren hat...

Die Polizei hält Frau Ikenami, Kogoros geheimnisvolle Klientin, für die Mörderin und bittet sie, zum Revier mitzukommen, aber sie scheint ihre Rechte erstaunlich gut zu kennen und weigert sich. Conan macht sich ran, den Fall zu lösen!

Kogoro, Ran und Conan fahren mit Heiji und Kazuha auf die Insel Bikuni, weil Heiji einen mysteriösen postalischen Hilferuf von einer Saori Kadowaki erhalten hat, die von einer Meerjungfrau umgebracht werden soll. Tatsächlich ist Saori seit drei Tagen verschollen!

Heiji, Conan und Kogoro finden neben der toten Naoko Gummistiefelspuren, die direkt ins Meer führen. Außerdem ist Naokos Körper mit Fischschuppen übersät...

Conan findet heraus, dass es nicht Kimies Leiche war, die nach dem Brand im Schuppen gefunden worden war - sondern die von Saori!

Der kleine Rintaro beauftragt die Detective Boys, einen merkwürdigen Mann zu überprüfen, der sich unter einem Vorwand in das Restaurant seiner Familie eingeschlichen hat und unentgeltlich dort arbeitet. Seit er da ist, floriert das Geschäft, das Geld für Modernisierungsmaßnahmen hat er selbst vorgestreckt aber irgendetwas scheint nicht zu stimmen...

Ran, Sonoko und Conan treffen in einer Spielhalle Jodie, die Englischlehrerin von Ran und Sonoko. Sie zeigt Ran ein neues Kampfspiel, bei dem man über eine Virtual-Reality-Ausrüstung die Schläge tatsächlich spürt. Ran wird dabei von einem jungen Mann herausgefordert, der sie auch besiegt. Kurz darauf ist er tot!

Durch die Position der Einstichstelle wird klar, dass nur eine Person als Mörder in Frage kommt!

Sonoko, Ran und Conan nehmen an einem Töpferkurs teil. Den Kurs leitet der alte Töpfermeister Mino mit Hilfe seiner Frau Kasama. Später taucht sein Schwiegersohn Moto auf. Dieser vertraut Kasama an, eine Lebensversicherung zu ihren Gunsten abgeschlossen zu haben. Kurz darauf wird Moto ermordet!

Weil Inspektor Megure den Mordfall im Töpferkurs nicht aufklären kann muss Conan mal wieder ran!

Conan und Ai fahren mit den Detective Boys und Dr. Agasa in einem Bus in den Skiurlaub. Ihnen fallen zwei Männer auf, die bereits während der Fahrt volle Ski-Montur tragen und große Koffer dabei haben. Diese Männer kapern den Bus und nehmen die Passagiere als Geiseln. Kann Conan sich und seine Freunde aus dieser brenzligen Situation befreien?

Conan erkennt, dass die beiden Entführer eine Komplizin im Bus haben, die den Auslöser für eine Bombe am Handgelenk trägt...

Kogoro wird von einem jungen Mann namens Ueda beauftragt, dessen Kollege Yoshimura sich bedroht und verfolgt fühlt. Als sie gerade in dessen Wohnung gehen wollen, sehen sie Yoshimura herabstürzen. Die Polizei glaubt an einen Unfall, aber Conan ist misstrauisch.

Conan und die Detective Boys sind bei Freunden von Professor Agasa eingeladen. Weil der Sohn des Hauses in Kürze nach England zieht, möchte er alle Sachen, die er nicht mehr braucht, verschenken. Er hat außerdem einen Hund namens Doyle, der im Laufe des Tages plötzlich verschwindet...

Genta findet Glaswolle auf dem Boden, und auch Conan findet eine Menge davon im Brennofen hinter dem Haus, wo er auch das Halsband des Hundes gefunden hat. Das bringt ihn auf eine Spur!

Bei einer Weinparty, zu der auch Kogoro, Ran und Conan eingeladen sind, wird der Gastgeber auf einmal tot in seinem Keller gefunden. Wer hat ihn umgebracht und vor allem warum? Conan und seine zwei Freunde starten die Ermittlungen!

Ran, Conan und Kogoro haben eine Reise gewonnen: Meer und weißer Sandstrand! Vor Ort lernen sie fünf Medizinstudenten kennen, die zur Naturbeobachtung im Urlaubsort Nanki Shirahama sind. Die Beziehung zwischen den fünf ist für Conan und seine zwei Freunde schwer einzuschätzen, aber irgendwas stimmt hier nicht!

Das Gefühlschaos des Studenten Fuji stellte sich als nicht übertrieben heraus, denn einer seiner Freunde wird während ihres Aufenthalts ermordet. Kogoro rätselt gemeinsam mit der örtlichen Polizei über die Hintergründe des Raubmordes. Conan allerdings führt seine eigenen Ermittlungen und nutzt die Beziehung der vier anderen Studenten zu dem Opfer, um hinter das Geheimnis zu kommen und den Täter zu fassen.

Drei Sportprofis eröffnen gemeinsam in Osaka ein Restaurant. Kogoro, Conan und Ran werden zur Eröffnungsparty des Lokals eingeladen. Einer der Gäste allerdings scheint keine gute Laune mitgebracht zu haben: Es handelt sich um den Sensationsreporter Ed McCay. Dieser beschimpft lautstark die Sportler und sucht nach Skandalen. Als bei einem der abendlichen Programmpunkte der Feier ein Schuss fällt, wird der Reporter tot aufgefunden. Da muss Conan ans Werk!

Anscheinend haben alle drei Restaurantbesitzer und Sportler ein Alibi für den Mordfall. Als die Tat begangen wurde, waren alle in unterschiedlichen Räumen - aber Conan findet dennoch viele Hinweise, die einen der drei Sportler als verdächtig erscheinen lassen!

Conan und seine Freunde fahren mit einem Schnellzug von Shinkansen nach Tokyo. Auf der Fahrt treffen sie die beiden Polizeioffiziere Sato und Takagi, die einen Drogenhändler überführen.

Es wird deutlich, dass der Drogenhändler doch umgebracht worden ist! Die Polizei hat bereits zahlreiche Verdächtige im Visier und meint, dass der Mörder wohl auch für die falsche Bombendrohung verantwortlich zu machen ist, weil er damit die Beamten voneinander trennen wollte. Als sich Conan die Zeitungsschnipsel der Drohung noch einmal genauer anschaut, fällt ihm allerdings etwas auf - eine mögliche Spur zum Täter!

Als sich Genta während einer Mittagspause in der Schule seltsam verhält, machen sich Conan und seine Freunde Sorgen um ihren Kumpel. Genta ist der Meinung, dass ihn jemand umbringen möchte. Zuerst glauben sie ihm nicht, als dann aber ein erster möglicher Mordversuch passiert, sind sie wachsam, und Conan beginnt seine Ermittlungen!

Conan fährt gemeinsam mit Kogoro und Ran zu einem Gasthaus nahe des Kashiraga-Waldes. Dort soll Kogoro aufklären, was es mit einem Aktenkoffer auf sich hat, dessen Besitzer nun - fünf Jahre später - tot aufgefunden wurde. Jemand kam ihnen allerdings zuvor und hat den Koffer bereits, als Kogoro getarnt, mitgenommen.

Nachdem Kogoros Doppelgänger tot aufgefunden wurde, stellen sich Kogoro, Ran und Conan viele Fragen: Hat er wirklich Selbstmord begangen? Und wie kann das mit dem Mann vor fünf Jahren in Verbindung gebracht werden?

Der reiche Architekt Ryuichiro Kanazawa wohnt in einer Villa auf einer Klippe und ruft Conan und seine Freunde zu Hilfe, da er sich seit Neuestem ständig beobachtet fühlt. Als die drei sich gerade auf den Weg zu ihm machen, erfahren sie, dass ihr Auftraggeber während einer Feier in seinem eigenen Garten erschossen wurde. Weit kann der Täter nicht sein!

Conan und seine Freunde wollen den Tag am Izu-Strand verbringen. Dabei holt sich Ai allerdings einen Sonnenstich und dann werden sie auch noch Zeuge von einem schlimmen Streit zwischen den Fischern Shimojo und Yoshizawa, sowie dem Neuling Aramaki. Abends wollen sie sich in einem Restaurant aussprechen - aber der Neuling taucht nicht auf!

Da sich nun alle sicher sind, dass Aramaki tot ist, machen sie sich auf die Suche nach dessen Mörder. Alle Hauptverdächtigen haben ein Alibi, und so muss Conan die Ermittlungen weiterführen, er ist sich sicher, dass trotzdem einer von seinen Verdächtigen schuldig ist. Ein Alibi ist nicht immer genug!

Während der schönen Sommerzeit fahren Conan, Ran und Kogoro gemeinsam in den Wald der Heilung, da sie dort in einer Pension unterkommen können, die von Ryuzo und seinen beiden Söhnen geleitet wird. Die Atmosphäre wirkt allerdings wegen Ryuzos Führungsstil kalt und unbehaglich. Als er dann auch noch einige Stunden später tot aufgefunden wird und keiner der beiden Brüder ein Alibi hat, muss Conan ran, um den Fall zu lösen.

Conan und seine Freunde werden zu einer Hochzeit eingeladen. Während der Feier wird auf die Braut ein Mordanschlag verübt, und Conan versucht herauszufinden, wer ein Motiv für die Tat haben könnte. Was er allerdings nicht weiß: Die Musikerin hat ein dunkles Geheimnis!

Die Braut wird blutüberströmt in einer Badewanne gefunden. Da viele in der Nähe des Leichenfundorts waren, aber keine Tatwaffe zu finden ist, sind die Ermittlungen für Conan nicht sonderlich einfach. Es hätte auch ein Außenstehender sein können, aber dann wirft Conan noch einmal einen genauen Blick auf die Glückwunschkarten und meint den Täter entlarvt zu haben!

Conan und Ran sind gemeinsam auf der Okusu-Ranch. Im Stall finden sie den Tierpfleger der Ranch, Moto Sugiyama, tot auf. Die beiden erkennen deutlich, dass er durch einen Tritt an den Kopf umgekommen ist. Obwohl die Polizei der Meinung ist, dass es sich um einen Arbeitsunfall handelt, hat Conan eine andere Theorie und geht dieser nach...

Conan, Ayumi, Genta und Misuhiko sehen einen Mann, der auf dem Gehweg Rechnungen verteilt und sie anschließend wieder einsammelt und schnell verschwindet. Das kommt ihnen sehr verdächtig vor! Sie holen ihn ein und halten ihn fest. Es stellt sich heraus, dass der Mann als Sekretär bei einer Finanzgruppe arbeitet und der Sohn seines Chefs entführt wurde. Conan und seine Freunde wollen helfen!

Die Polizistin Sato soll bald auf einen potenziellen Heiratskandidaten treffen. Conan, Ran und Sonoko wollen den Auserwählten natürlich vorher einmal sehen und sind erstaunt, als es sich dabei um niemand anderen als Inspektor Shiratori handelt!

Von einem Versteck aus, belauschen Conan, Ran und Sonoko die Unterhaltung von Sato und Inspektor Shiratori. Sie reden bereits über Zukunftspläne. Als Sato dann aber erwähnt, dass sie dem anderen "Heiratskandidaten", Kommissar Takagi, noch Zeit bis zum Abend gibt, um einen aktuellen Einbruchsfall aufzuklären, möchte Conan diesem unter die Arme greifen.