小五郎的事务所里来了一个叫春菜的大学生，委托小五郎找他的寻呼机朋友。春菜保存了秋悟先生的寻呼机和音乐盒，那以后，春菜的寻呼机上出现了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，却发现秋悟在给春菜送出寻呼机之前就已经死了，而走廊上还出现了奇怪的人影。接着众人就发现已经被击晕的阿稔。

小五郎询问阿稔有关邮票的事情却得到邮票已经不见了的回答，柯南也明白了小兰看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴殴打的真相。而柯南也指出春菜收到的音乐盒其实是秋悟托付给他人送出的。闹鬼的屋子的真实原因其实是有人背后操作。而秋悟先生的音乐盒其实也只是一般的旅游纪念品而已，真正贵重的是隐藏在音乐盒里暗语所指示出的邮票。

动画原创。园子和小兰差点被车撞了，由此认识了那个司机吉野千惠。千惠抱怨最近老是头昏，头痛。而她的丈夫却没有提醒小心路上断层的事情才导致了之前的惊险。小兰总觉得千惠丈夫的态度有些奇怪。在拜访千惠家的时候小兰她们得知千惠的丈夫为她购买了一千万日元的保险，疑团逐渐增多。经过调查，千惠丈夫的意图最终暴露出来。

动画原创。因为抽奖时抽到了一等奖，小五郎带着小兰和柯南来到位于深山的旅馆。宾馆的主人寺泉是爱车一族收藏了非常多的名车。在房间柯南无意中听到了奇怪的对话，此时寺泉找到小五郎说明自己最近突然到了恐吓信，希望小五郎能够保护他一直到名车展示场的开业仪式。突然，出现了三位不速之客。原来寺泉通过不光彩的手段收购了他们的爱车。在车展的当天却发现寺院死在了车上！

动画原创。雾之峰宾馆的主人寺院晚上开车出去兜风，第二天在停车场发现坐在车子里的寺院已经死了。在调查的过程中发现每个人和寺院似乎都有过节。柯南发现车罩上裂痕的疑点，而停车场看守的证词又增加了疑团。最终柯南发现了犯人的犯罪手法并当场演示给众人，而残留的焦油也暴露了凶手的身份。

柯南，小兰和小五郎一行三人到饭店避暑，正巧在这里碰到了和其他律师一起来这里度假的妃英理，当晚为了找寻酒醉未归的小五郎，竟然发现了死在密室里的律师律子，然而糟糕的是，小五郎竟然就睡在这个房间里，于是小五郎就以案件重要关系人的身份被带回了群马县警局，佐久作为辩护律师一同前去，而柯南和妃英理等人则留在现场进行调查。

柯南在垃圾桶里发现了被丢掉的便签纸，客房服务员也说自己曾在门外发现了一张写有奇怪内容的字条，这时，警方说在凶器电话线上发现了小五郎的指纹，案件的侦破进入了死胡同，凶手到底是谁呢？妃英理随意的一句话提醒了柯南，没错凶手就是那个人！得知了真相以后，柯南、妃英理和警方联手将凶手引入到他们设下的陷阱之中。

动画原创。小五郎等人乘坐BONNET公交车，来到一个叫“影秋村”的地方，中途上同车的村民奥村喝了自己带的茶后死亡了。小五郎和柯南自动在“影秋村”展开搜查。村民们就是否交给警察调查与警方发生了冲突。原来村民就是否将卡扭车作为观光车分成了两派而奥村作为反对派的代表同村长为代表的赞成派一直有冲突。此时村长船木出现并提出委托费为100万日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾随塔子的柯南却听到为了找他而进入神社的兰的尖叫声！？

动画原创。小兰发现“影秋村”的村长船木也被杀害。柯南发现矢部账户每月固定打入的汇款，在询问了驹井关于7年的事故之后确定了这次的杀人事件与七年前BONNET公交车发生的事故有关。在拜托教授调查了事故之后柯南发现凶手的身份并发现凶手欲重演悲剧，他独自登上观光车与犯人对峙阻止了悲剧的发生。

动画原创。小五郎等人为了品尝当地出产的优良啤酒，便来到了有森旅馆。在那里碰到了前来视察娱乐场所企业家城完英彦跟他的妻子演员备前千鹤。但夫妻的气氛却有些意外的尴尬。备前千鹤对饭店里的料理百般挑剔，态度非常恶劣。次日小兰和柯南众人去郊外烧烤。夜间，众人回到旅馆之后丈夫英彦发现千鹤一直锁在房间里不出来，进去之后发现千鹤竟已经死亡！

动画原创。备前千鹤在饭店房间里上吊，因而被众人认为是自杀。在柯南的启发下小五郎发现千鹤是他杀的肯能性。在警方的询问下众人都有杀害千鹤的肯能。在调查饭店的屋顶之后柯南发现了犯人飞翔一般的作案手法和留下的证据。在证据面前凶手最终承认了罪行，同时道出了和千鹤和自己弟弟的过往以

及杀害她的原因。

步美无意中看到了连续纵火的犯人，便前去警局做相关的供词，之后，少年侦探队与高木和佐藤警官开始展开调查，然而没想到当天居然是佐藤父亲的殉职忌日，大家也不禁谈起了这件“愁思郎案件”，佐藤警官还碰到了父亲高中时的老友，这时，目暮警官打来电话让白鸟和高木前去抓捕纵火犯嫌犯，期间高木想通了十八年前所发生的案件的真相，可当他打电话给佐藤时，却没有注意到凶手就在身后。

高木刚说完十八年的抢匪就在佐藤正义警官的四位老友之中后，便突然失去了音讯，按照柯南的建议，佐藤警官急忙赶到他们四人所去的酒屋，却发现他们早已离开，根据老板的供词柯南推理出了谁是当年的歹徒，他告诉佐藤后，让她自己去了结这宗案件。另一边，步美等人私自跟踪纵火犯遇到危险，幸亏柯南及时赶到才得以获救，而这名纵火犯也被警方逮捕。

动画原创。柯南、小兰和小五郎回家的路上，看到一间公寓里有人发生了争吵，正准备上前阻止时，一位老人说这种争吵已成家常便饭，不用理会。然而，第二

天居然在这间公寓里发现了尸体，就在小五郎懊悔没能救人时，事务所突然冲进了一位叫中本的年轻人，他声称自己是无辜的，虽然昨晚看似自己和死者在一起发生了争吵，可这根本就是死者所演的独角戏，随后小五郎又找到了能证明他清白的录音带，本以为一切尘埃落定，柯南却发现了其中的蹊跷。

动画原创。小五郎受堂本观光社长堂本荣造之邀，来到天部山参加空中缆车的开幕典礼，虽然有传言说只要靠近天女像就会遭到诅咒，可堂本观光却执意在神像的附近开通了观光缆车。开幕会结束之后，所有来宾都试搭乘缆车，当缆车行驶到神像内部的隧道时，车内突然停电漆黑一片，只能听到荣造的惨叫，待缆车驶出隧道，大家发现荣造居然在这间密室般的缆车中消失了，之后他的女儿里菜在神像的手掌上发现了他的尸体。

当大家赶到神像处时，荣造早已气绝身亡，闻讯赶来的警察也迅速介入调查，当前唯一可以确定的是，凶手就在当时搭乘缆车的人之中，柯南注意到了山下的工人休息室便趁大家不注意的时候跑去调查，却在这里发现……有了这样东西，一切谜题迎刃而解，他提出让大家再次搭乘缆车以场景重演的建议，并麻醉小五郎说出了事情的真相。

动画原创。正当少年侦探团在西多摩郡龙神山游玩之时，突然从山上坠落一辆汽车。虽然看似事故，在柯南的提示下警方判断这个事件不是事故而是谋杀。光彦偷偷的从事故现场拿到写着暗语的纸条。从写着暗号的纸片入手，光彦，步美，元太3人一起来到了暗号所指示的地点，在这里他们发现了大量被盗的车辆和先前谋杀案的凶手。

动画原创。小五郎等人代替园子的父亲铃木史郎出席茶会。茶会举办的公馆里有着可以变化五种颜色的池塘，池子正中建有由渡廊连接的茶室五彩庵。在等待的过程中众人听说了魔物的传说。终于见到宗师青野木之后却意外听到这是他泡的最后一壶茶的宣言。在第二天众人再次来到在这个有五彩传说的茶室的时候却意外发现青野木家的一家之长上吊身亡。

动画原创。青野木亮藏是在形成密室的茶室中被杀的，横沟警官开始询问时却发现没有人到过茶室,所有人都有不在场证明。在调查茶室外围的时候柯南发现了凶手的犯罪手法和证据。“沉睡的小五郎”召集大家道出了凶手利用一根绳子的作案手法和犯人的身份。在铁证下凶手终于承认自己的罪行并道出了原因。

为了采集蘑菇少年侦探队一行人全部进了山里，忙着采菇的时候，元太竟然误入狩猎区。无奈之下，大家只好兵分两路分头寻找，没想到灰原和光彦居然发现被人猎杀的尸体，害他们自己反成了射杀的目标。另一边，找到元太之后，大伙儿便和三名猎人一起沿着山区的小路寻找灰原和光彦的踪影。

柯南等人循着灰原留下的记号一路寻找，因为凶手就在同行的三名猎人之中，灰原和光彦就在大树下面留下一些散落的蘑菇作为暗号，躲在丛林里期望柯南能有所行动制服凶手。柯南果然不负众望，破解了灰原留下的暗号，正准备麻醉凶手时，却又有所犹豫，并大声喊出了灰原和光彦，柯南到底有何用意？

动画原创。小五郎等人在去海豚乐园的路上，遇到了几位正在进行大学同学聚会的女子。为了接另一位大学同学，他们一起前往海豚乐园饭店却意外发现她们等待已久的藤村直美被杀害了。经过调查之后柯南确认了凶手的身份并向大家演示了凶手利用雪糕的犯罪手法。再自己留下的证据面前，凶手最终承认了罪行。

动画原创。小五郎的车子出了故障，求助于偶尔路过的橘律师。因为车子一时之间修不好，便到了橘律师的别墅。橘律师因为贪污事件相当出名。突然小兰发现出海的橘律师的船翻船，橘律师死亡，而柯南也发现原本橘律师身上的救身衣不翼而飞。而橘律师最近收到一个化名“T.K”的恐吓信。名字缩写为T.K的熊田达也的嫌疑剧增。

动画原创。柯南在调查橘律师钓鱼的小船之后发现可疑的痕迹和莫名遗失的船锚。之后衫村小姐说出熊田达也事情的真相。在看到约翰的狗屋的牌子之后柯南发现了凶手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向众人阐述了凶手利用潮水涨落的犯罪手法和杀害熊田达也的发法。而凶手也主动承认了罪行并道出了杀人的理由。

为陪园子买东西，柯南和小兰来到一家百货公司，可小五郎却莫名奇妙的被牵扯进目暮警官等人为引诱歹徒现身而设下的圈套，之后，目暮警官表示他们正在调查一起连续的殴打妇女案，柯南在这些受害人的照片中发现她们都是这家百货公司客人的这一共同点，这时，小兰却在百货公司的地下停车场发现了一名女性的尸体，虽然目暮警官立刻进行办案，但柯南却发现他与平常有所不同。

警方从案件相关人的口中得知，一年前被害者曾在这个停车场撞死过一个小男孩，之所以出现车祸就是因为当时被害者穿着厚底鞋而无法及时刹车，一番追查后，柯南发现凶手就是……与此同时，只身在百货公司内的园子遭到了凶手追杀，在黑暗的百货大楼里很难锁定园子的位置，危机时候，目暮警官及时出现挡住了凶手的袭击，但他却因此受伤。数日后，大家一起去医院看望目暮警官时，从松本那里得知了目暮警官的秘密。

【主线剧情】打算盗取铃木财阀家的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件，那是工藤新一和怪盗基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事务所里收到一封附有支票的不明发信人的信函，并且在其上方还有一行奇怪的话语。

小五郎带着小兰和柯南来到“黄昏别馆”，途中还偶遇了同是侦探的千间降代，当他们到达之后才发现，此次受邀前来的茂木遥史、大上祝善、枪田郁美和白马探都是名侦探，而在这栋别墅内随处可见陈年的血迹。在晚宴上，本以为能一睹这位别墅主人尊容的各位侦探却扫兴的发现，他居然头戴面罩，并且还阻断了所有道路，要求侦探们在这栋孤立无援的别墅内帮他寻找宝藏。

大家小心翼翼的吃完晚餐后，这具代替主人的假人偶再次开口并讲述了四十年前在这栋别墅中所发生的惨案，而他的目的则是让悲剧重演，这时，大上祝善当着大家的面中毒死亡，而和小五郎、茂木一起开车去察看吊桥状况的千间也因车子爆炸而生死未卜，返回别墅之后，柯南、小五郎和茂木在钢琴房中发现了很多线索，然而却突然响起了枪声，三人赶到时，白马探已经死亡，随后，枪田郁美的尸体也在电脑房被发现。

茂木认为小五郎是凶手而开枪将他射伤，当前来“黄昏别馆”的所有名侦探都命丧黄泉时，电脑上居然出现了一行关于宝藏的信息，一直躲在监视器操控室的神秘幕后黑手终于按捺不住露出了真面目，没想到这个人居然是……柯南引导她说出了整件事的真相，而这时，本应死去的侦探们居然都出现在门口，可到底是怎么回事？这栋别墅的宝藏又是什么？