動畫原創。委託人表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們在搭乘湯之山縣的列車上，遇到了兩名爭吵的醫生佐藤、伊達，期間伊達曾生氣離開。在換乘休息的途中，警方在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發現屍體，柯南洞察到伊達神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎麼樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

動畫原創。清潔公司的董事藤井被樓上掉下的重物砸死，警察在屍體旁邊發現了一個沒有指紋的口風琴，柯南認為這並不是簡單的意外事件而是謀殺，警察去清潔公司社長中山的辦公室進行調查時，這裡的監視器引起了柯南的興趣，在對監視器進行了簡單的操作後和攝影內容簡單回查後，兇手浮出水面。

【主線劇情】柯南、小蘭和小五郎參加了福爾摩斯旅行團，但這次旅行的主辦人旅店的老闆金谷，被人鎖在車裡推下山崖還引發的爆炸，而被孤立無法與外界聯繫的旅客，因為不希望再出現死者，都集合在旅店房間裡，說自己已經知道兇手是誰的綾子，在車庫裡爆炸身亡，就在大家討論誰是兇手時，突然停電，藤澤被某人用碎冰錐刺傷。

【主線劇情】兇手看似打破窗戶逃了出去，但柯南和服部發現兇手就在屋內，並且否定了兇手是老闆的猜測，而剛才的停電也是人為的。期間，服部一直很在意柯南的種種反應，對柯南產生了懷疑。事件漸漸明晰，服部和柯南知曉了兇手是誰以及他殺死老闆和綾子的手法。為了保護自己是工藤的秘密，柯南將服部麻醉說出真相，讓他沒想到的是，就是這個舉動讓服部肯定了柯南就是工藤。

動畫原創。少年偵探團在兒童跑腿活動中，扮演活動紀錄。一行人跟在兒童小宏後面攝影，可是小宏總是亂跑，期間還曾跑進過，一幢將要拆掉的廢棄大樓裡，小宏在躲過了兩次人為製造的意外後，被人擄走，柯南從記錄的中發現了蛛絲馬跡，他們來到廢棄大樓，並在地下室找到了小宏和一具屍體，這時，兇手將少年偵探團關到樓中，而外面拆除大樓已經開始，少年偵探團能否逃過一劫？

小五郎應畫家花岡之邀前來談話，可是等了許久仍沒見到花岡的身影，就在小五郎生氣要離開時花岡出現，與此同時，另一位住在對面的女插畫家蝶野打來電話說要自殺，柯南等人親眼看到蝶野從樓下墜落，趕到現場時蝶野已死，而這個看似自殺的案件其實是他人謀殺，兇手就是花岡，可蝶野從樓上跳下時，花岡正和大家在一起，他到底是怎麼做到的？

動畫原創。七年前載滿相當於十億日元金子的竜神號，突然出現在敷島海面。以幽靈船為噱頭的村長三上邀請小五郎來演講，而他的真正目的是拜託小五郎找到金子的所在。演講時，小五郎差點喪命講台，兇手很有可能是島上的守衛浜田，和旅行社職員上原，兩人也似乎是舊識。當晚小五郎一路追蹤襲擊他的武士，卻被人打暈掉入了兇手的陷阱，成了殺害浜田的兇手。

動畫原創。就在警察要強行帶走小五郎時，柯南在機械室和浜田的屍體上發現的有力證據幫他洗清了嫌疑，而目前最有可能殺人的就是上原，當大家要暗中逮捕上原時，木下出面說自己去勸他自首，五分鐘後，屋內響起槍聲，上原射傷木下逃跑。柯南重新回到竜神號調查並和鈴一起進入海軍山洞，卻在這裡發現上原的屍體…

這天，少年偵探團跟著阿笠博士一起來到電影「哥美拉」的拍攝現場由博士的朋友三上導演帶著參觀。但這是電影的製片人龜井說出了電影要在今年結束的事實。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被暗殺！當少年偵探團的各位趕到片場時看到了哥美拉刺殺龜井的現場！追蹤哥美拉後只找到被燒死的哥美拉服。看似毫無頭緒的現場在柯南縝密的勘察下最終發現了犯人的身分。

動畫原創。小五郎的學長寺岡請他們吃烤肉的時候，突然接到一個名叫松山的人的電話，為勸說此人回歸正道，寺岡匆忙趕去約見的碼頭，小五郎也要求一同前往，小蘭和柯南尾隨其後，到達碼頭後，寺岡單獨去見松山，可不一會兒，大家就聽到了槍聲，松山因手槍走火意外死亡。暮目警官說手槍上除了寺岡和松山還有第三個人的指紋，柯南仔細思考之後，斷定這枚指紋就是讓犯人認罪的完美證據。

動畫原創。在酒店吃飯時，一個神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟踪並進一步詢問得知，此人名叫遠藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報警，小五郎決定幫他。隔天，犯人打來電話要錢，遠藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據點的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質救出。

動畫原創。這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時巧遇大學時代的同學大村。因為有事商量他們一同到了大村的公寓。在屋裡喝茶說話時，窗戶玻璃突然碎了而在樓下的馬路上突然有個男人倒地身亡。在警方調查下發現死者生田是在和同學聚會的途中出去後死亡的。而在勘察了現場之後柯南發現了犯人使屍體自動摔下的手法並以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認了罪行並坦白了自己殺人的原因。

動畫原創。小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當所有的嫌疑都指向和水杯有關係的館岡和中山時，塩田卻搖頭否認，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動規定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費住宿並可獲得一個包含某種病毒程式的磁碟。但在旅途中不知什麼人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之後柯南打電話詢問阿笠博士關於程序的事情得知了病毒的事情。晚餐後回房間時柯南和小蘭偶遇和明子發生口角的前田並被前田邀請卻觀看夜景。就在這時暗夜公爵卻是墜樓生死！

這個從天而降死亡的人是江源，但從領結和皮帶等細節可以看出暗夜公爵並不是江源，警察去江源房間搜查時，發現房門居然上有防盜鎖，兇手把江源推下後是怎麼逃脫的？當警方對其他人偵訊時，暗夜公爵將看守江源屍體的空手道高手打昏，還出現在了柯南、小蘭和佐山面前，並完全躲開了小蘭攻擊，難道說兇手就是…

看到防盜鎖上膠帶的痕跡，又透過試驗證實自己的推測，柯南輕鬆破解密室難題。在調查過程中，柯南在銅像附近找到了自己掉落的鋼筆，他注意到酒店下的風，詢問得知這叫“公主風”，將“公主風”和其他七位旅客的房間位置結合，柯南斷定兇手就是那個人，這時，小蘭急匆匆跑來說找到可以洗清前田嫌疑的證據，柯南利用小五郎展開了一場精彩的推理和實驗。

動畫原創。柯南三人在去郊遊的路上聽到一聲慘叫，趕到現場的時候發現一名男子痛苦的躺在地上垂死掙扎，不一會就氣絕身亡，在他的旁邊有一瓶卡滋曼，化驗結果顯示，這名男子是中毒而死，有名警員說這個人是米花之狼，曾經跟蹤一個女孩。警方找到這個叫西谷的女孩，詢問後並未發現異常，但柯南認為案件定有蹊蹺，經過反覆調查和設想，他終於明白了犯人的作案手法。

園子邀請柯南和小蘭到家中別墅度假而富澤財閥的別墅也建在旁邊。當晚別墅突然停電向外看時，柯南眾人正好目擊到富澤的父親被殺害的現場，凌子看到兇手的樣子，犯人竟然是死者的兒子熊三！在警方逮捕熊三時發現剛到達的老大和老二和熊三面貌竟然一模一樣。但在柯南的調查下最終鎖定了犯人並已園子的身份揭露了犯人的身份。

動畫原創。少年偵探團在海灘度假的時候，偶然認識了春日財團的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時撿到了小忍發出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們在一個洞窟找到小忍，原來這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出醜惡嘴臉以步美為人質，關鍵時候小蘭趕來，將春日制服。

動畫原創。小五郎參加電影《死神陣內》試映會時，主演南條的太太拜託他幫忙處理最近收到的恐嚇信，但南條卻不以為然。夜晚各家媒體守在南條公司下等待死神陣內的出現，可沒想到死神真的出現了，在大家追死神的時候，南條被殺，警方在兇案現場發現了許多黑色絕緣膠帶，一波未平一波又起，去六樓的南條經理人吉野遭到槍襲，大家都認為電台導演大野嫌疑最大，但大野卻說有一個人比他更有殺人動機。

這天小五郎把打同樣喜歡麻將的肥田叫出來打麻將，可左等右等肥田都沒出現，於是決定到肥田的金融公司去看個究竟。當他們到達肥田的住所時卻發現肥田已經死亡！在詢問死者習慣的時得知肥田有把錢弄成扇形並舔手指數錢的習慣，而小五郎根據這個判斷兇手就是飯野。但在勘察現場之後柯南推理出犯人並不是飯野而是另有其人。最後在鐵證面前兇手承認了自己的罪行。

【主線劇情】米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開通知信的暗號後來到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來，將警方內部搞的一團糟後，順利逃跑，並留下通知信說他定會盜走「黑暗星辰」。宴會當天，園子的母親給上船的每個人都發了一顆黑珍珠，混淆視聽，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會長登上船隻。

茶木警官讓所有賓客互相做暗號，防止基德混入其中，這時，船內突然暗了下來，光束中基德出現，鈴木夫人毫不猶豫開槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她邀請的真田魔術師，小蘭在紙牌魔術中抽到了基德的留言，而這時一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們躁動不安，戴在鈴木夫人身上的“黑暗星辰”也被偷走，柯南拉著小蘭來到機房說他已知道誰是基德…

一群人為長門會長慶祝生日的時候，他的女婿光明不知被何人襲擊發出慘叫，此時大家在樓下的陽台上看到長子秀臣口中含刀，當大家趕到時，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發之後的第二天，警方在池塘底部發現秀臣，看似自殺的屍體留下一封遺書，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發前就被人毒害投入池塘。

為找到更多的線索，柯南和服部對長門家的門衛和廚師等人逐一進行詢問，並且在對個個房間的搜查中，找到了女僕口中的床單，而且根據秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時間，一切準備就緒，服部叫來目暮警官，重現當時犯案的場景，兇手就是那個人，但逼死兇手絕不是一個偵探想要的結果。

動畫原創。小蘭和園子去東都銀行取錢的時候，碰上了搶銀行的歹徒，他用槍威脅銀行職員谷口將現金裝入背包，趁歹徒放鬆警惕，甦醒過來的銀行職員前島正要從背後攻擊的時候，電話鈴聲突然想起，前島被射傷，此時，銀行一片惶恐，谷口衝上去撲倒歹徒將他擊斃。當警察趕到時，柯南注意到了電話鈴聲，他認為此事並非單純的搶劫案，而是另有內幕。

動畫原創。打棒球時，元太不小心傷害一名流浪畫家，送到醫院檢查才知道自己失去了記憶，後來畫家悄悄離開。幾日後，畫家的屍體被發現，為調查真相，少年偵探團出動，他們按照畫家的素描找到了一戶叫早瀨的家中，主人熱情招待這群孩子，柯南留意到這位夫人丈夫的遺像和死者很相像，進一步調查後，他將銀杏、窗戶、燒焦的痕跡、帶眼鏡的被害者、牆壁上的畫串聯起來，沒錯！兇手就是她。

少年偵探團，在機緣巧合下和最受歡迎組合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃飯，高山為找搭檔永野椎菜，一人跑出了演唱會的會場。後來在餐廳外，歹徒當著柯南的面將高山推入車中綁架，他們要求少年偵探團拿著TWO-MIX最新的歌曲練習帶去交換人質，歹徒在電話裡讓少年偵探團把警察甩掉並讓步美一人前去，於是柯南和步美調換身分。

柯南離開時雖交代元太他們把追蹤眼鏡交給警方，但想要立功的偵探團卻私自行動，並利用眼鏡找到柯南的位置，正要打電話報警的時候被歹徒發現。眼看就能將TWO-MIX解救，柯南卻因元太等人的綁架，再度落入敵人手中，他戳穿歹徒想要練習帶的目的後，歹徒惱羞成怒點燃屋內的汽油，柯南等人能否成功逃脫？