带走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名强盗杀害的银行员贤也的女友，为了替贤也复仇的她一再犯下罪行。同一时间小五郎等人借助安室的推理逐渐逼近事件的真相，并马上前往最后一位抢劫犯的住处，另外阿笠博士和世良等人也赶了过来，而柯南已经跟着情奈前往可能是最后一位抢匪的三位女性那里。

柯南已经从对三位女性的拜访中知道了真正的凶手，情奈小姐敷衍并粗糙的犯案手法让柯南非常担心她事后会做出傻事，但柯南推理中的疏忽让两人陷入了危机。持枪的劫犯挟持柯南和情奈驾车逃跑，知道了情况的众人都紧跟其后，最终世良出手救下了柯南，在营救过程中安室和昴撞了个照面，而两人都露出了诧异的表情。

少年侦探团和阿笠博士被之前在露营认识的夫妻招待吃烤肉，柯南等人受到了夫妻俩的热情招待，当他们还在吃烤肉时丈夫表示找不到手机，夫妻两人便一起去客厅寻找，但手机却在庭院的椅子下面，当步美拿去给他们时却看到了骇人的一幕。事件看似是丈夫采取防卫时不小心将刀刺向了妻子，但柯南却从事件中感受到了强烈的不协调感。

从纯夏女士的电话留言和宅司的表情中柯南看出了这并非是正当防卫，而是宅司利用自己太太的习惯策划的谋杀，他的所作所为会让夫妻之间走到尽头。得知妻子没有生命危险的宅司从安心到负罪感到恐惧的变化验证的柯南的推理，他与灰原在阻止了宅司自杀后解除了夫妻俩的误会，知道真相的宅司陷入了无尽的悔恨之中。

动画原创。接受汀小姐的邀请小五郎一行人来到了大滨海岸，在汀小姐的家里小五郎等人遇到了她的丈夫海四郎，两人因为冲浪的事情起了争执。傍晚海四郎找到小五郎等人表示汀小姐不见了，看到汀小姐发来的短讯后海四郎先行回到家中，而第二天早上小五郎等人却在海滩上发现了汀小姐的尸体，而她的尸体旁边却没有留下任何足迹。

动画原创。以幕末的长崎为舞台，有坂本龙马担任的侦探而活跃的推理剧，正在负责写脚本的编剧家耕作先生突然消失踪影，只写了一半的剧本则委托小五郎先生帮忙推理出剧中的真正犯人，调查了耕作房间的柯南等人发现了许多古董美术品窃盗团的简报，这一切似乎都有着隐情。失踪中的耕作先生利用邮件将后续的剧本传送过来，在剧本中出现了奇怪的台词。

动画原创。被袭击的迫田晕倒前指向了小兰，拥有空手道段数的小兰被怀疑，寻找到目击证人的柯南还从饰演过蝴蝶夫人的两位演员身上找到了小兰饰演角色的原型，而剧本内第二起杀人事件的死亡讯息也不知道蕴含着什么意义。案件变得更加扑朔迷离，拥有犯罪嫌疑的人越来越多，而在案件还没解决的情况下又有人遭到了袭击。

动画原创。在砂田善三叔叔的邀请下园子、小兰和柯南一起来到温室观看开花的金琥，在参观的过程中爱发脾气的善三叔叔和自己的两个儿子因为遗嘱的事情起了争执。吃过八代小姐做的晚饭后柯南等人听见了温室的警报声，赶过去的他们看到的是握着遗嘱惊慌失措的康之，而砂田善三已经死在了温室里。

少年侦探团在警视厅前面正等着和高木警官见面，却收到一个人送来的包袱，那人自称是高木警官让他送来给佐藤警官的，并说了一些奇怪的话，佐藤和少年侦探团打开一看发现是一台平板电脑，打开后其中竟然是高木被人绑架的视频，事发前高木没有告诉任何人自己行踪......

为了查出监禁高木警官的地点，警方持续搜查的时候三位关系者渐渐浮上台面，锁定了可能是嫌疑犯的人后警方马上进行潜入，虽然向嫌疑人澄清了事件的真相，但早已服毒的嫌犯在没有说出监禁地点的情况下死亡。另一方面，好不容易挣脱了双脚束缚的高木警官丢下了脚边的布后却发现了绑在木板下的定时炸弹。

为了某人的关系，高木警官竟然把快要掉下去的炸弹重新移到身边，通过对高木警官影像的分析柯南锁定了监禁的地点为北海道，寒鸦和只会在寒冷北海道北海道出现的日柱现象证明的柯南的观点，但他们依旧无法找到监禁高木警官的高层。高木警官故意踢下去的布引起的柯南的注意，在认真查看过影像后他找到了答案。

为了赶上先搭上巴士前往滑雪场的少年侦探团一行人，柯南和灰原只好请冲矢昂先生驾车前往，途中他们巧遇高木警官，正在和高木警官谈话的时候事件发生了。赶往现场后他们看到了从公寓高楼坠落的遗体，案发现场附近发现有三人认识坠落的男子，在搜查之后啤酒的泡沫、咖啡的热气和未燃完的香烟成为了三人不在场证明的证据。

泡沫、热气和烟的实验与室温并没有关系，在听到三人单独的问话后柯南锁定了凶手。再次来到公寓的柯南又实施了实验，事发时吵闹不停的闹钟和他们到达案发现场的时间成为了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在场证明假象的手法，案件的真相终于揭晓，而在真相的背后又隐藏着不为人知的悲剧。

动画原创。少年侦探团在帮助步美邻居家的女孩三泽真央寻找小狗的时候遇到了千叶和高木，伪装成小五郎声音的柯南从目暮警官哪里得知了发生的事件，中午左右的两起爆炸事件的嫌犯已经抓住，但装有最后一枚炸弹的狐狸快递车却被毫不知情的劫犯抢走，而真央的小狗正是在这个被劫走的车里。为了防止意外再次发生，柯南带领着少年侦探团们一起寻找车子的下落。

动画原创。少年侦探团和阿笠博士一起应邀参加冰雕祭奠，而邀请他们的则是前任村长的女儿板仓美加小姐，来到祭奠的他们还看到了技艺精湛的冰雕师傅盐田。盐田先生为祭奠所设计的冰雕旅馆却成为了结束祭奠的诱因，现任的山口村长准备停止祭奠和东都休闲产业合作，就在大家忙着修理冰雕大门的晚上村长死在了冰雕旅馆之中，而晚上起来方便的光彦声称看到了村长的幽灵。

动画原创。和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上捡到了一个皮包，打开之后里面竟是3千万的巨额钞票，没过多久钞票的失主平沼先生便来到了警局。经过调查之后高木警官发现平沼先生丢钱的时间有所出入，仔细观察后的柯南得出了结论，平沼先生是在早上故意将钱放在路上，而他想把钱交给的则是有着晨跑习惯的笹本小姐，但他的用意却让众人很困惑。

动画原创。委托小五郎调查男友柘植是否有外遇的笹森小姐不幸从石阶上坠亡，三个月后小五郎又接到了柘植的电话，他表示会公开杀害笹森小姐的凶手。除了小五郎之外，在葬礼上吵成一团的三人也都被叫到了现场，但当他们一起进入房间后却发现柘植先生已经被人杀害，而杀害柘植先生的凶手必定也与笹森小姐的事件有所关联，而凶手就在受邀前来的三人里面。

小兰、园子和世良三人在上学途中发现了路旁的遗体，遗体的旁边留下了用血写下的“死”字，这就和十年前工藤优作唯一没有揭穿犯人的事件几乎一样，为了调查这两期案件的共同点，他们打电话给高木警官，但参与十年前案件的目暮警官看过遗体后却以窃盗事件定性，回忆着十年前的一幕幕柯南依旧没有明白自己父亲的用意......

看起来像是连续杀人的案件却被定性为盗窃事件，世良等人对警视厅产生了怀疑，而冲矢昴也在她们的谈话中知道了他现在所住房子的主人便是工藤新一。在园子和世良的怂恿下小兰打通了新一的电话，感到不妙的柯南急忙躲进厕所里，当小兰提到冲矢昴给新一的留言后柯南恍然大悟，这次案件的真相即将揭晓但柯南的秘密却被冲矢昴发现......

动画原创。新印象公司旗下的业务员们发生不断遭人袭击重伤的案件，犯人甚至胁迫新印象公司的社长要求支付现金，随后犯人进一步指明交付现金的必须是毛利小五郎，而警方还不知道犯人会以什么样的方式接受现金。犯人利用电磁铁取走现金的手法已被破解，而嫌疑人西泽也浮出水面，在小兰和柯南前往西泽家调查时却看到了他的尸体......

动画原创。在死去的西泽家里发现了作案的手法和遗书，看似自杀的现场还存在很多疑点，在现金还没有归还的情况下小五郎检查继续调查。西泽的好友田中和公司社长的互相指正引起了小五郎的怀疑，而一路探查的柯南看到了漂浮在宇田川河面上的部分钞票，经过整理之后柯南得知了这次事件的凶手，而他将代替感冒的小五郎为大家揭晓真相......

动画原创。少年侦探团利用连休来到了京都，他们是为了乘坐神盾舰体验航海的乐趣，但跟着他们一起前来的园子、小兰和小五郎却对小吃和酒更感兴趣。京都的日式甜点是小兰非常喜欢的甜点，但她购买的老店中却没有了巧克力口味，慌忙跑进来的社长竟然称所有分店的巧克力口味都凭空消失了，听到小五郎名号的社长急忙拜托调查......

动画原创。受百合香小姐之邀小五郎带着小兰和柯南前往了葡萄园，在那里他们看到了前来签合同的山口先生，而百合香小姐的丈夫健吾却带着契约不知所踪。水町带来的契约上已经有了健吾的签名，在水町带着小五郎等人参观葡萄园时百合香小姐依旧没能找到自己的丈夫，他们一起前往酒库后才发现健吾已经遇害，而除了水町之外其他的人都有不在场的证明。

动画原创。小五郎一大早便被少年侦探团缠上，他们委托小五郎调查的案件是米花町活动中心的花圃破坏事件，而在调查过程中与山崎小姐发生争执的花店老板奥田态度非常恶劣，因为小咲小姐的缘故小五郎决定介入调查。当众人晚上再次来到活动中心时花圃已经遭到了破坏，在破坏的花圃旁还看见了山崎小姐的尸体，奥田被当场抓住，但事件的真相到底是什么呢？

动画原创。园子中学时的好友矢内小姐拜托小五郎帮她重新调查姐姐的自杀案件，而她也是这次事件的目击者之一。被警方认定为自杀案件的这起事件还存在着很多疑点，事发当天正在商量明年创立祭的矢内小姐和顾问児玉老师看到了受害人在模型社里自杀的一幕，第一个赶到现场的是受害人的未婚夫柴垣老师，而柯南在还原现场时看出了端倪。

动画原创。为了完成写生作业的少年侦探团来到了米花市的郊外，在那里他们看到了草丛上的UFO，而这与一起杀人事件有着关联。正当柯南等人询问高木警官时UFO的主人小沼博士出现了，在调查研究所时发现了死者和自己要好的大哥万年先生都为大藏工作，小沼先生正好买了大藏的字画，而身藏巨款的大藏临死之前告诉死者和万年的讯息便是UFO。