아버지의 동료를 발견했다고 말한 혼도 에이스케(문재수)가 사라진다. 컴퍼니라는 말은 CIA의 별칭으로 그의 아버지가 이 곳에 속해있을 때 CIA가 미즈나시 레나(손예나)의 신변을 배회하고 있다고 추리한 코난이 FBI의 조디에게 상담한다. 그의 아버지는 CIA의 NOC인 이산(or 에단) 혼도(문성태)로, 4년 전에 죽었다고 밝혀진다.

FBI와 함께 병원에 간 코난은 입원일을 통해 검은 조직이 파견한 요원으로 의심가는 인물을 3명으로 좁히고 조그만 비밀 카메라로 3명의 병실을 추적한다.

FBI 요원들이 검은 조직이 파견한 요원을 추격하지만 잠복하고 있던 요원이 권총 자살하므로 결국 조직에게 미즈나시 레나(손예나)가 있는 병원을 알려주게 되었다.

3대의 차를 보내 조직을 교란시키기로 한 작전을 세운 아카이 슈이치(이상윤)과 코난. 한편, 이상한 냄새 소동과 화재와 집단 식중독을 동시에 발생시켜 병원을 마비시킨 조직은 위치추적기가 달린 폭탄을 보낸다.

미즈나시 레나(손예나)의 완치 영상 소동으로 그녀가 있는 병실을 조직에게 알려주게 된 FBI. 이 때를 대비하여 3대의 차로 조직을 교란시키는 계책을 실행한다.

3번 차 조수석에 있는 사람이 키르라고 추리하는 진. 안드레 케멀(앤드루 케멀)의 운전실력으로 키르 뺏기기 작전을 성공한 아카이 슈이치(이상윤). '각성' 편에서 있었던 병실 뒷이야기와 이산(에단) 혼도(문성태)가 죽었을 때의 이야기가 나온다.

미즈나시 레나(손예나)의 정체는 CIA의 NOC로, 그녀를 조직에 환원시킨 것이 작전이라고 FBI에 털어놓은 코난과 아카이 슈이치(이상윤)는 당분간 조직이 나오는 태도를 지켜보는 것이 낫다고 판단한다. 그 후, 뉴 베이카 호텔에 식사하러온 코난과 소년탐정단. 갑자기 사이렌 소리가 울리며 달려온 다카기(신형선) 형사로부터 살인 사건의 전모를 듣게 된다.

용의자 안드레 캐멀(앤드루 케멀)의 혐의를 풀기 위해 조디가 달려와 애인이라고 둘러댄다. 조직으로 돌아온 키르에게 진이 아카이 슈이치를 암살하라는 지령을 내린다.

FBI 수사관 안드레 케멀(앤드루 케멀)이 용의 선상에 오른 연예 프로덕션 사장 살인 사건이 풀리게 된다. 한편 진의 계략에 의해 미즈나시 레나(=키르)의 전화를 받은 아카이 슈이치(이상윤)는 라이하 고개로 향한다.

아카이 슈이치(이상윤)가 키르에 의해 살해당한다. 이후 아카이 슈이치의 부재를 확인하게 되는 조디 수사관의 모습을 베르무트가 보게 된다.

쓰레기장에서 발견된 남자를 살해했다고 의심되는 용의자가 사건 당시에 키사키 에리(노애리)의 머리를 염색해주고 있었다는 알리바이를 가지는 에피소드.

스쿠터와 급커브 오르막길을 이용하여 미용실에서부터 쓰레기장까지 시체를 운반한 트릭을 밝혀 살인 사건을 해결하는 에피소드.

코난 일행과 함께 온 노래방에서 어찌된 일인지 사색이 되어서 돌아온 에이스케(문재수)가 용의자 중 하나가 되면서 의심을 받는 에피소드.

코난이 범인의 정체와 트릭을 밝혀 에이스케(문재수)의 용의를 풀고 귀가하는 길에 자신의 정체를 혼도 에이스케에게 밝히게 되는 에피소드.

조디 수사관이 코난에게 버본에 대한 정보를 준 후에 귀가하던 탐정단에게 사건을 의뢰한 소년과 그 아버지가 방화 사건으로 인해 병원에 있는 가운데 방화범을 찾아내는 에피소드.

방화범의 정체를 알아낸 코난이 오키야 스바루(최수현)를 자신의 양옥집에 들이게 되고, 이루 란(유미란) 일행의 제안으로 쿠도 신이치(남도일)로써 오키야 스바루(최수현)와 추리 대결을 하게 되는 에피소드.

종이 비행기 사건을 주제로 추리 대결을 하는 두 사람이 동시에 사건의 진상과 그 해법을 알아내는 에피소드. 이후 조용히 버본을 마시는 오키야 스바루(최수현)의 모습을 볼 수 있다.

어느 유명한 점성술사가 밀실 상태인 자신의 집무실에서 죽은 채 발견되는 에피소드. 열쇠 고리가 힌트

모리(유명한) 탐정이 기획 회의를 위해 기획사 사장과 함께 찾아간 제작자의 집에서 제작자가 독살을 당한 채 발견되는 에피소드. 시체 발견 후 기획사 사장의 상태의 이상함을 눈치챈 코난이 진실을 찾아 단서를 추적하기 시작한다.

코난이 현장에 남겨진 단서를 토대로 사건에 숨겨진 서글픈 진실을 눈치채고 안타까운 진실을 밝혀내는 에피소드.

괴도 키드를 잡지 못하자 불안해진 지로키치(정지로) 영감이 키드에게 도전장을 내밀자 순간 이동 마술로 대응하여 지로키치(정지로) 영감의 작전을 무력화시키는 키드의 활약상(?)을 밝히는 코난의 모습을 볼 수 있다.

서로 원수지간인 토라다 가문과 타츠오 가문 사이에서 풍림화산(風林火山)을 모방한 연쇄 살인 사건이 일어나고, 그 사건을 조사하던 도중에 타츠오 가문의 여성이 목을 매달아 죽고, 그 뒤 불에 탄 시체를 발견하는 에피소드.

6년 전에 사고사한 순경이 사실 진범인에게 살해당한 것이라는 것을 밝히고, 진범인이 풍림화산(風林火山)이 아닌 풍림화산음뢰(風林火山陰雷)를 모방하여 야부사메를 우승한 사람을 살해하려는 것을 저지하는 에피소드.

조부의 일기장이 표적이 되고 있다고 말하며 사건을 코고로에게 의뢰한 의뢰인(키미코)을 따라 코난은 일장에 숨겨진 암호문을 찾아내고 이에 따라 일행은 암호 해독을 위해 키미코의 친가가 속한 시마네의 쓰와노로 향하게 된다.

키미코의 조부께서 남긴 일기장의 암호를 해독해, 보물 찾기를 하는 코난 일행 앞에 괴한이 나타나 미츠히코 일행을 인질로 잡고 보물을 찾으라고 종용하는 가운데 차근하근 암호를 해독하여 목상에 도착한 코난 일행 앞에 미츠히코 일행을 인질로 사로잡았던 괴한이 나타나 목상을 건네라고 요구하는데...

와인 협회장의 고희연에 모리 부녀(유명한, 유미란)와 코난 일행이 초대되어 연회 즐기는 도중 최고급 와인의 맛이 달라진 것을 알게 되고 코난이 와인 평론가에게 시달리던 와인 애호가가 자신의 와인 창고에 평론가를 가둔 사실을 폭로하는 에피소드.

코난으로 작아지기 전 신이치(남도일)가 촌장이 아들과 아내를 살해했다고 밝혀낸 사건에서 신이치(남도일)의 추리가 틀렸다고 하는 편지로 인해 현장을 간 헤이지(하인성), 카즈하(서가영), 란(미란), 코고로(유명한), 코난은 어떤 사건을 맞이하게 된다. 촌장의 아들이 반년 전부터 행적을 감췄다는 소식을 듣고서 코난이 실종되고 코난을 찾는 도중에 호수에서 신이치(남도일)가 기억을 잃은 채 발견된 것이다.

호수에서 발견된 신이치(남도일)은 범인이었던 촌장의 입양된 아들이 성형수술한 얼굴이었다. 진짜 신이치(남도일)이 나타나 사건을 해결. 도중에 코난으로 다시 돌아오지만, 때마침 핫토리(하인성)의 연락으로 도착한 하이바라(홍장미)가 해독제를 주면서 다행히 위험한 상황을 피할 수 있었다. 란(미란)이 신이치(남도일)에게 묻고 싶은 말이 있는듯 하지만, 계속 주저한다.

사건을 해결하고 집으로 돌아가던 중, 고속도로에서 달리던 자동차에서 살해된 남자를 발견한 일행. 때마침 그곳을 지나던 다카기 형사(신 형사)와 사토 형사(오 형사)에게 신이치(남도일)와 핫토리(하인성)은 고속도로 톨게이트를 폐쇄해달라고 지시하고, 사건을 해결한다. 한편 란(미란)은 계속해서 신이치(남도일)에게 무엇인가를 물어보려고 하지만 그때마다 기회가 되지 않고 사건이 해결되자 그때를 맞추어 신이치(남도일)에게 무엇인가를 묻게 된다.

전편과 이어지는 내용이 잠시 나타나며 아가사 박사에게 모욕적인 말을 했던 남자가 갑자기 차고에서 화염에 휩싸여 죽게 되는 에피소드.

정전기의 특성을 이용해 남자를 죽인 범인에게 자백을 받아내는 에피소드. 이야기 말미에 오키야 스바루가 소리없이 지나간다.

에노모토 아즈사의 오빠가 용의자로 지목된 사건의 진범이 에노모토 아즈사를 꾀어낸 것을 눈치챈 코난의 문자를 받은 사토 형사가 진범을 붙잡는다는 내용의 에피소드.

가면극에 숨겨진 악의와 살의를 느낀 코난이 가면극의 이면에 숨겨진 악의와 살의를 추적하여 가면극을 무사히 마무리 짓고 배우들의 은밀한 음모를 밝혀내는 에피소드.

키사키 에리 일행이 간 집에서 의뢰인의 남편이 죽은채 발견되는 에피소드. 키사키 에리가 의뢰인에게 유리한 증언을 하는 모습을 본 란이 사건이 미궁에 빠질 것을 염려하여 모리 코고로에게 연락하나 키사키 에리가 만류하고 코난의 엉뚱한 발언을 힌트로 삼아 스스로 사건을 해결하게 된다.

키사키 에리 일행이 간 집에서 의뢰인의 남편이 죽은채 발견되는 에피소드. 키사키 에리가 의뢰인에게 유리한 증언을 하는 모습을 본 란이 사건이 미궁에 빠질 것을 염려하여 모리 코고로에게 연락하나 키사키 에리가 만류하고 코난의 엉뚱한 발언을 힌트로 삼아 스스로 사건을 해결하게 된다.

연속 살인 사건의 범인의 아지트를 잠복 근무하던 사토(오지인) 형사 일행이 살인 사건 현장을 돌연 방문하게 되는 에피소드.

방 안에서 죽은 남자를 죽인 인물이 누구인지 알아내는 에피소드. '망치남'의 정체를 보고받은 시라토리 경부(백동훈 형사)가 진범을 체포한다.

유명한 맹인 자산가가 자신의 첫사랑을 찾아 달라고 모리 코고로에게 의뢰하는 에피소드. 칠흑의 추적자와 관련있는 이야기.

자산가의 첫 사랑이 사실은 집사였다는 사실을 밝혀내는 에피소드. 자산가의 첫사랑을 사칭하던 사람이 20년 전의 연쇄 살인 사건의 용의자로 의심을 받는다.

20년 전 두 사람, 15년 전 한 사람을 살해한 연쇄 살인범에게 폭언을 퍼부은 범죄 심리학자가 자택에서 살해당한 에피소드. 피해자의 등에는 칼로 알파벳 Z가 쓰여져 있었음. 연쇄 살인범에게 살해당한 4명의 피해자들은 20년 전 한 마장에서 마작을 두고 있었다고 함.

4명을 살해한 연쇄 살인범이 사실 네 번째로 살해당한 범죄 심리학자였고, 피해자들의 유족 중 세 번째 피해자인 변호사의 아들이 범죄 심리학자를 살해했다는 것을 밝혀내는 에피소드. 다카기(신형선)가 범인에게 총을 맞지만, 기적(?)적으로 마작 패에 맞아 살아남게 된다. 다카기(신형선)와 사토(오지인)가 첫 키스를 한다.

유령 저택에 살다가 병사한 화가가 남겼다는 할머니를 위한 "명화" 찾는 에피소드. "명화"의 정체는 꽃이 만발한 저택 자체였음.

괴도 키드가 지로키치(정지로) 영감의 최강금고를 털러오겠다는 예고장이 공개되고 최근에 지로키치 영감이 희한한 행동을 하는 사실이 알려지며 경호원, 비서, 하녀 중 한명이 괴도 키드일 가능성이 밝혀진다.

괴도 키드가 지로키치(정지로) 영감의 최강금고를 털러오겠다는 예고장의 내용의 의미를 간파하고 누가 괴도 키드인지 알게 된 코난이 지로키치(정지로) 영감의 부탁을 받고 사람들을 꾀어내어 괴도 키드의 범행을 도와주는 에피소드.

어느 자산가의 죽음으로 인해 "유산"의 행방을 가지고 삼형제가 싸우는 이야기. 나중에 "유산"의 정체가 가족과의 추억으로 밝혀지게 됨.

모리(유명한) 탐정에게 의뢰한 노인이 죽은 채 발견되고 대학 동창이었던 전직 형사와 조우하여 사건을 조사하던 중 노인의 아들이 죽게 되는 사건을 다룬 에피소드.

모리(유명한) 탐정에게 의뢰한 노인이 실은 대학 동기였던 전직 형사이며 교묘하게 두 인물을 죽이고 사건에 끼어들었음을 모리(유명한) 탐정이 추억의 장소에서 밝히는 에피소드.

가까이 오는 어선을 침몰시킨다는 일각 바위의 위에서 여성 다이버가 탈수사한 채 발견되는 에피소드.

코난이 다잉 메시지를 알아내어 범인의 이름을 밝히는 에피소드. 오키야의 활약이 나타나며 범인의 인질극이 끝나게 된다.