오페라의 유령을 고안한 일본 연극 극단에게 오페라의 유령과 유사한 사건들이 터지고, 무대 담당자가 살해되면서 극단장이 누명을 쓰게 되는 에피소드. 협박장의 암호가 사누키 암호를 이용하였다.

시사회 대기 중 소년(어린이) 탐정단의 사진을 찍었던 사람이 옛 애인의 죽음과 관련된 친구가 살해한 것처럼 꾸미기 위해 자살하려는 계획을 막는 에피소드.

어떤 작가가 자신 대신 글을 쓰다시피 한 자신의 제자를 죽이고 완전범죄처럼 꾸미고 집을 나간 후, 그 집에 소년(어린이) 탐정단이 가지고 놀던 야구공이 제자의 집에 들어가 그 제자의 시체를 발견하고, 서랍장의 책과 장난감 등이 뒤집혀 있는 모습을 발견하는 에피소드.

범인이 어떤 이유로 책과 장난감을 뒤집었는지 밝히는 에피소드. 코난이 탐정단 아이들에게 역할을 배분해서 사건 해결을 유도한다.

코난이 신이치(남도일) 시절 자주 읽었던 추리 소설의 노작가가 신간 출간을 앞두고 살해되자 진상을 밝히는 에피소드. 초밥과 생강절임이 사건 해결의 단서가 된다.

드라마의 영향으로 빨간 손수건이 많이 달린 산에 놀러온 코난.란(미란).소노코(보라) 일행이 드라마 방송 AD라 소개한 사람의 시체를 발견하는 에피소드.

빨간 손수건의 정체를 알아차리고 범인을 밝혀내는 에피소드. 마지막에 범인의 패거리들이 몰려와 란(미란).코난.소노코(보라)가 위기에 처하나, 마지막에 쿄고쿠 마코토(오경구)가 출연하는 통에 범인 패거리들을 일망타진한다.

깐깐한 바른생활 사나이가 자신의 은사를 죽음으로 몰고간 여인을 살해한 사실을 코난 일행이 밝혀내는 에피소드.

코바야시 담임이 급우와 어울리지 못했던 두 학생의 이름을 추리 문제에 넣어 화목을 다지는 에피소드.

학교에 전시된 후 도난당한 재래석과 한장이 찢어진 채 반환된 동화책이 사건의 중심이 되는 에피소드.

죽은 뮤지션의 시체를 본 아이가 거대한 망치를 보았다고 주장하여 목격 장소를 추정하는 에피소드. FBI요원들은 한달이 넘도록 의식불명인 레나(손예나)의 정체를 파악하기 위해 고심중이고, 코난은 막연하게 증언을 하는 아이를 파악하며 거짓말이 아니라는 혼도(문재수)의 모습을 보며 혼도(문재수)가 레나(손예나)와 관련이 있다는 것을 발견한다.

거대한 망치가 빌딩의 조명과 커피포트 광고였다는 것을 밝히고 뮤지션을 죽인 범인을 밝혀내는 에피소드. 코난이 레나(손예나)에 대해 캐물으려는 혼도(문재수)를 경계한다.

혼도 에이스케(문재수)가 알아낸 쓰레기를 교환하는 수수께끼의 고액 아르바이트를 조사하러 가다가 살인 사건에 휘말리는 에피소드. 살인사건이 일어난 집의 아들이 미즈나시 레나(손예나)의 사고 현장에 있었던 아이였다.

범인이 별을 좋아하던 피해자를 어떻게 창 밖으로 불러내어 총을 쏴 죽였는지 밝혀내는 에피소드. 코난이 살인사건 피해자의 아들이자 레나(손예나)의 사고 당시 있었던 아이에게 접근했던 여성이 베르무트였다는 것을 파악하고, 미즈나시 레나(손예나)가 죽였었던 사람의 이름이 혼도(문성태)였음.

아가사(브라운) 박사와 같이 간 스키장에서 다른 사람들과 사이가 나빴던 여대생이 연못 한가운데에서 익사한 채 발견되는 에피소드. 코난은 아가사(브라운)과 아이(홍장미)와 지난 일을 얘기하면서 혼도(문재수)의 진정한 정체를 궁금해 한다.

범인이 눈사람과 소금을 이용하여 어떻게 살인사건을 사고사로 위장하려 했는지 밝혀내는 에피소드.

어리숙하게 보이는 어느 청년이 사실은 며칠 전에 일어난 절도 사건의 범인임을 밝히는 에피소드.

괴도 키드가 어찌된 일인지 보석이 아닌 명화를 훔치겠다고 예고장을 보내고 이윽고 화가의 집에서 강도 살인 사건이 벌어지는 에피소드.

괴도 키드와 관련된 강도 살인 사건의 진상을 파악한 코난이 신형사로 위장하여 사건 현장에 잠입한 괴도 키드의 정체를 밝히는 에피소드.

코고로(유명한), 란(미란)과 코난이 온천으로 가면서 빌린 렌터카에 범인이 속도를 늦추면 폭발하는 폭탄을 설치하고 코고로(유명한) 가족을 살해하려는 에피소드.

10년 전, 신이치와 란이 밤에 초등학교 도서관에서 이상한 일을 겪는 에피소드.

10년 전, 쿠도 유사쿠와 쿠로바 도이치의 비밀스러운 관계의 진상이 밝혀지는 에피소드.

키사키 에리(노애리) 변호사를 찾아간 모리 란(유미란)이 에리(노애리)의 평소와 다른 옷차림과 없어진 반지로 인하여 의심하는 것을 목격한 코난이 모리 란(유미란)에게 진실을 알려주는 에피소드.

범인이 방송에 나온 재수 옴 붙은 남자를 이용해 노인을 뺑소니로 죽이려다 실패하는 에피소드.

어느 지하주차장 건물에서 소년탐정단과 안면을 튼 독일인이 범인에 의해 상해입는 에피소드.

겐타(뭉치)가 범인으로 몰리는 상황에서 독일어로 인해 범인이 누군지 밝혀지는 에피소드.

스토리 안에서의 시간이 방송 당시의 실제 시간과 동일하게 흘러가는 가운데 사건을 해결하는 에피소드.

연동된 별개의 두 사건인 시체 소실 살인 사건과 탐정 코시엔 도중 일어난 탐정 밀실 살인 사건으로 이루어져 있다.

코고로(유명한)의 지인이 누군가에 의해 살해당하는 에피소드. 해바라기가 사건의 힌트!

어느 귀곡 산장에서 한 여자가 일행이나 집주인중 누군가에 의해 살해당하는 에피소드.

일행 중의 한명이 집주인과의 관계가 증명되면서, 범인의 정체도 동시에 밝혀진다.

아유미가 알고 지내던 여성이 고마워하는 수염 기른 제복 경찰이 드라마 현장에서 제복을 훔친 것을 알아내고 가짜 경찰이 누군지 밝혀지는 에피소드.

핫토리 헤이지(하인성)가 코난에게 전화를 해서 자신이 알아낸 정보를 알려주는 장면이 나온다.

핫토리 헤이지(하인성)가 알려준 내용을 토대로 찾아간 장소에서 중요한 정보를 얻게 된다.

살인 둔기인 고양이 인형(마네키네코)의 파편을 밟은 고양이로 인해 사건의 내막이 밝혀지는 에피소드.

대담을 앞둔 어느 추리소설가가 자신의 자택에서 독살당한 채 밀실 안에서 발견되어 코난이 모리(유명한) 탐정을 재우지 않고 밀실 살인 사건을 해결하는 에피소드.

방송국에서 어느 프로덕션 사장이 칼로 살해당하고 사건의 용의자로 지목된 연예인의 알리바이를 마침 그 자리에 있던 코난이 무너트리며 범행을 입증하는 에피소드.

쿠죠 검사가 얽힌 살인 사건을 쿠죠(서영주) 검사와 키사키(노애리) 변호사가 협력하여 법정에서 진범을 정신적으로 압박함으로써 해결하는 에피소드.

헤이지(하인성)와 신이치(남도일)가 서로 모르는 시절인 중학교 2학년 시절 스키장에서 일어난 사건을 서로 다른 접근법으로 동시에 해결하는 에피소드.

우연히 병원에서 혼도 에이스케(문재수)를 만나게 되고 에이스케는 미즈나시 레나(손예나)로 보이는 사진을 가지고 있었음에도 자신의 누나 혼도 히데미(문재인)이라고 말한다. 실랑이하다 여자 아나운서 수집가의 집에 가기로 합의해 전화를 계속 거는데 상대편에서 전화를 잘못 걸었다고 성낸다.

이 사건이 유행하는 보이스피싱이라는 결말을 맞게 된다. 뒷 이야기에서 미즈나시 레나(손예나)의 혈액형이 AB형이라는 영상을 보게 된다.

미즈나시 레나(손예나)와 혼도 에이스케(문재수)의 혈액형이 달라 이론 상 혈연 관계가 없음이 판명되나 코난은 수긍하지 않는다. 에이스케의 제안으로 모자 수첩을 확인하러 그의 어머니가 살아계실 때 가정부로 일했던 저택으로 가게 된다. 문재수와 함께 저택을 방문한 모리 탐정은 오쿠다이라(오영달) 회장의 의뢰를 받은 후, 회장이 목맨채로 죽은 모습으로 발견되자 자살로 단정하지만 코난은 석연치 않은 점을 발견하고 타살로 추론한다. 이후 에이스케와 란(유미란)의 대화로 인해 사건의 진상을 파악하게 된다.

미즈나시 레나(손예나)와 혼도 에이스케(문재수)의 혈액형이 달라 이론 상 혈연 관계가 없음이 판명되나 코난은 수긍하지 않는다. 에이스케의 제안으로 모자 수첩을 확인하러 그의 어머니가 살아계실 때 가정부로 일했던 저택으로 가게 된다. 문재수와 함께 저택을 방문한 모리 탐정은 오쿠다이라(오영달) 회장의 의뢰를 받은 후, 회장이 목맨채로 죽은 모습으로 발견되자 자살로 단정하지만 코난은 석연치 않은 점을 발견하고 타살로 추론한다. 이후 에이스케와 란(유미란)의 대화로 인해 사건의 진상을 파악하게 된다.