少年侦探团在警视厅前面正等着和高木警官见面，却收到一个人送来的包袱，那人自称是高木警官让他送来给佐藤警官的，并说了一些奇怪的话，佐藤和少年侦探团打开一看发现是一台平板电脑，打开后其中竟然是高木被人绑架的视频，事发前高木没有告诉任何人自己行踪......

为了查出监禁高木警官的地点，警方持续搜查的时候三位关系者渐渐浮上台面，锁定了可能是嫌疑犯的人后警方马上进行潜入，虽然向嫌疑人澄清了事件的真相，但早已服毒的嫌犯在没有说出监禁地点的情况下死亡。另一方面，好不容易挣脱了双脚束缚的高木警官丢下了脚边的布后却发现了绑在木板下的定时炸弹。

为了某人的关系，高木警官竟然把快要掉下去的炸弹重新移到身边，通过对高木警官影像的分析柯南锁定了监禁的地点为北海道，寒鸦和只会在寒冷北海道北海道出现的日柱现象证明的柯南的观点，但他们依旧无法找到监禁高木警官的高层。高木警官故意踢下去的布引起的柯南的注意，在认真查看过影像后他找到了答案。

动画原创。少年侦探团在帮助步美邻居家的女孩三泽真央寻找小狗的时候遇到了千叶和高木，伪装成小五郎声音的柯南从目暮警官哪里得知了发生的事件，中午左右的两起爆炸事件的嫌犯已经抓住，但装有最后一枚炸弹的狐狸快递车却被毫不知情的劫犯抢走，而真央的小狗正是在这个被劫走的车里。为了防止意外再次发生，柯南带领着少年侦探团们一起寻找车子的下落。

为了赶上先搭上巴士前往滑雪场的少年侦探团一行人，柯南和灰原只好请冲矢昂先生驾车前往，途中他们巧遇高木警官，正在和高木警官谈话的时候事件发生了。赶往现场后他们看到了从公寓高楼坠落的遗体，案发现场附近发现有三人认识坠落的男子，在搜查之后啤酒的泡沫、咖啡的热气和未燃完的香烟成为了三人不在场证明的证据。

泡沫、热气和烟的实验与室温并没有关系，在听到三人单独的问话后柯南锁定了凶手。再次来到公寓的柯南又实施了实验，事发时吵闹不停的闹钟和他们到达案发现场的时间成为了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在场证明假象的手法，案件的真相终于揭晓，而在真相的背后又隐藏着不为人知的悲剧。

动画原创。少年侦探团和阿笠博士一起应邀参加冰雕祭奠，而邀请他们的则是前任村长的女儿板仓美加小姐，来到祭奠的他们还看到了技艺精湛的冰雕师傅盐田。盐田先生为祭奠所设计的冰雕旅馆却成为了结束祭奠的诱因，现任的山口村长准备停止祭奠和东都休闲产业合作，就在大家忙着修理冰雕大门的晚上村长死在了冰雕旅馆之中，而晚上起来方便的光彦声称看到了村长的幽灵。

动画原创。和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上捡到了一个皮包，打开之后里面竟是3千万的巨额钞票，没过多久钞票的失主平沼先生便来到了警局。经过调查之后高木警官发现平沼先生丢钱的时间有所出入，仔细观察后的柯南得出了结论，平沼先生是在早上故意将钱放在路上，而他想把钱交给的则是有着晨跑习惯的笹本小姐，但他的用意却让众人很困惑。

动画原创。委托小五郎调查男友柘植是否有外遇的笹森小姐不幸从石阶上坠亡，三个月后小五郎又接到了柘植的电话，他表示会公开杀害笹森小姐的凶手。除了小五郎之外，在葬礼上吵成一团的三人也都被叫到了现场，但当他们一起进入房间后却发现柘植先生已经被人杀害，而杀害柘植先生的凶手必定也与笹森小姐的事件有所关联，而凶手就在受邀前来的三人里面。

小兰、园子和世良三人在上学途中发现了路旁的遗体，遗体的旁边留下了用血写下的“死”字，这就和十年前工藤优作唯一没有揭穿犯人的事件几乎一样，为了调查这两期案件的共同点，他们打电话给高木警官，但参与十年前案件的目暮警官看过遗体后却以窃盗事件定性，回忆着十年前的一幕幕柯南依旧没有明白自己父亲的用意......

看起来像是连续杀人的案件却被定性为盗窃事件，世良等人对警视厅产生了怀疑，而冲矢昴也在她们的谈话中知道了他现在所住房子的主人便是工藤新一。在园子和世良的怂恿下小兰打通了新一的电话，感到不妙的柯南急忙躲进厕所里，当小兰提到冲矢昴给新一的留言后柯南恍然大悟，这次案件的真相即将揭晓但柯南的秘密却被冲矢昴发现......

动画原创。少年侦探团利用连休来到了京都，他们是为了乘坐神盾舰体验航海的乐趣，但跟着他们一起前来的园子、小兰和小五郎却对小吃和酒更感兴趣。京都的日式甜点是小兰非常喜欢的甜点，但她购买的老店中却没有了巧克力口味，慌忙跑进来的社长竟然称所有分店的巧克力口味都凭空消失了，听到小五郎名号的社长急忙拜托调查......

动画原创。新印象公司旗下的业务员们发生不断遭人袭击重伤的案件，犯人甚至胁迫新印象公司的社长要求支付现金，随后犯人进一步指明交付现金的必须是毛利小五郎，而警方还不知道犯人会以什么样的方式接受现金。犯人利用电磁铁取走现金的手法已被破解，而嫌疑人西泽也浮出水面，在小兰和柯南前往西泽家调查时却看到了他的尸体......

动画原创。在死去的西泽家里发现了作案的手法和遗书，看似自杀的现场还存在很多疑点，在现金还没有归还的情况下小五郎检查继续调查。西泽的好友田中和公司社长的互相指正引起了小五郎的怀疑，而一路探查的柯南看到了漂浮在宇田川河面上的部分钞票，经过整理之后柯南得知了这次事件的凶手，而他将代替感冒的小五郎为大家揭晓真相......

动画原创。受百合香小姐之邀小五郎带着小兰和柯南前往了葡萄园，在那里他们看到了前来签合同的山口先生，而百合香小姐的丈夫健吾却带着契约不知所踪。水町带来的契约上已经有了健吾的签名，在水町带着小五郎等人参观葡萄园时百合香小姐依旧没能找到自己的丈夫，他们一起前往酒库后才发现健吾已经遇害，而除了水町之外其他的人都有不在场的证明。

动画原创。小五郎一大早便被少年侦探团缠上，他们委托小五郎调查的案件是米花町活动中心的花圃破坏事件，而在调查过程中与山崎小姐发生争执的花店老板奥田态度非常恶劣，因为小咲小姐的缘故小五郎决定介入调查。当众人晚上再次来到活动中心时花圃已经遭到了破坏，在破坏的花圃旁还看见了山崎小姐的尸体，奥田被当场抓住，但事件的真相到底是什么呢？

动画原创。园子中学时的好友矢内小姐拜托小五郎帮她重新调查姐姐的自杀案件，而她也是这次事件的目击者之一。被警方认定为自杀案件的这起事件还存在着很多疑点，事发当天正在商量明年创立祭的矢内小姐和顾问児玉老师看到了受害人在模型社里自杀的一幕，第一个赶到现场的是受害人的未婚夫柴垣老师，而柯南在还原现场时看出了端倪。

动画原创。为了完成写生作业的少年侦探团来到了米花市的郊外，在那里他们看到了草丛上的UFO，而这与一起杀人事件有着关联。正当柯南等人询问高木警官时UFO的主人小沼博士出现了，在调查研究所时发现了死者和自己要好的大哥万年先生都为大藏工作，小沼先生正好买了大藏的字画，而身藏巨款的大藏临死之前告诉死者和万年的讯息便是UFO。

柯南一行人在阿笠博士的陪同下一起去山上露营，在柯南和博士前去买东西时碰巧遇到了世良真纯。另一方面，在山上捡拾柴火的灰原等人碰到了正在掩埋尸体的可疑人物，无法与柯南联系的他们只能逃到了山中的小木屋内，但让他们没想到的是这里便是凶案的事发现场，在柯南等人开始调查三个有嫌疑的人时小木屋却烧起来了。

因为山上时常有人白天生起营火的缘故，柯南并不能根据浓烟判断小哀等人的位置，柯南现在急于找出凶手问出同伴的下落。火势蔓延的很快，小哀迫于无奈只能吃下解药带着孩子们冲出了木屋，柯南已经根据自己的推理找到了真正的凶手，但被光彦传出去的影片将会带给他们很大的麻烦。

柯南与伙伴们一起搭乘上了铃木号特快车参加活动，位于八号车的伙伴们神情非常诡异，车厢里举办的是推理游戏，柯南和少年侦探团等人也顺势参加，而小哀能够清楚的感受到暗地里接近她的黑影，正在进行的推理游戏竟然转变成了真正的密室杀人事件，柯南能从人群中揪出凶手来吗？

正在进行的推理游戏却变成了真正的杀人事件，在列车到达名古屋前柯南他们要在乘客中揪出真正的凶手来，在他们四处寻找线索的时候灰原却忍受着内心的煎熬。内心忐忑不安的灰原正在受到组织的威胁，组织的黑影已经更近一步接近灰原，她绝对不能以这种摸样被人杀害。

围绕着由推理游戏急转成的杀人事件，柯南在询问过车内有嫌疑的人后渐渐有了线索，事件背后的凶手终于露出了马脚，正在他上演推理秀时却有其他的事情发生。单独出去的小哀至今未归，而世良真纯也被神秘人物电晕带走，但这个车上还藏着不一般的人物，最后谁是赢家现在还没有定论。

八号车厢里的杀人事件已经侦破，而有希子与苦艾酒的对峙还没有结束，在八号车厢制造火灾假象后等待着小哀的是波本。与苦艾酒所计划的一样，随着列车的爆炸苦艾酒的任务也告一段落，正在品味胜利成果的她却又看到了和少年侦探团一起的小哀，这一切的背后还有所隐藏，前来协助柯南的究竟是何方神圣？

为了补偿先前被卷入铃木号特快车内发生的恐怖事件，园子邀请毛利一家和柯南前往度假，而暴露身份的波本竟然以网球特别教练的身份也出现在那里，被球拍砸到的柯南不幸受伤，简单的治疗之后他被带到附近网球社成员的别墅休息，当他醒来时却发现房间里有一具不自然的尸体。

与这起密室杀人事件有关的三人都被问话，柯南对这起在自己身旁发生的杀人事件已经有了眉目，但在波本面前他没有办法利用麻醉枪。无法让小五郎沉睡的柯南只能将大家向案件的真相诱导，而在这场推理中解密的正是波本，案件虽然顺利解决，但案件的背后又是一个悲伤的故事。

动画原创。正在用餐的毛利突然接到了一通电话，而打来的人是曾近因为银行抢劫而被毛利逮捕的冰室，在电话中冰室说有一个人会因为毛利死去。毛利与冰室冲突的一面被很多人目睹，而曾经指正过冰室的沼尾不幸坠亡，毛利不光名声受到了影响还间接为冰室做了不在场证明，看到整日酗酒的毛利后柯南准备出场了。

动画原创。揭开暑假序幕的星期天，阿笠博士陪着少年侦探团看完电影后往家赶，在电车上他们看到远方的楼顶上发生了命案，但到达现场后目击坠落的时间却是他们看到案情发生后的10分钟。五层的建筑不可能坠落这么长时间，为了找出案情的真相柯南立即对案发的大楼展开了调查。

动画原创。毛利一家和柯南想要去的餐馆正在施工，很多以前的建筑都被重建或者改造，正当毛利感叹的时候工地里传来了很大的声音。建筑器材的散落发生了命案，被压在钢管底下的是朱古先生，而捆绑钢材的带子上有被割过的痕迹。最有可能作案的便是在场的三人，而这三个人都有作案动机，在检查了命案现场后柯南有了线索。

以大阪发生的事件为契机，平次等人特地来到东京搜查，事件现场是一所公寓的房间，经过柯南和平次的调查后判定这是一起自杀案件，利落解决案件的柯南等人准备乘坐电梯回去时又发生了命案。乍看之下发生在眼前的是自杀案件，但柯南和平次发现了很多疑点，根据高木警官打听的结果，柯南等人锁定了三名嫌疑人。

乍看之下发生在眼前的命案无疑是自杀事件，但诸多的疑点让柯南和平次沿着他杀的方向调查，在询问过有嫌疑的三人后柯南和平次有了初步的判断，但现在还不清楚的是办案的手法。毛利小五郎的调侃让柯南和平次灵机一动，在三名嫌疑人到达现场后服部利用平板电脑还原了命案的经过。

动画原创。在静冈县写小说的推理作家海棠千贺小姐招待毛利小五郎来她住的别墅，希望小五郎分享关于名侦探的办案经验，没想到见面后却没有要听小五郎分享的意思，而是一直在说自家人内部的矛盾。次日早上醒来的柯南等人发现海棠一家还没起床，再到卧室后才发现海棠夫妇以及海棠小姐的徒弟幸子小姐全部都被毒杀。

案件解决后大龙警官却并没有要回到大阪的意思，发现大龙警官的异样后柯南和平次等人一路尾随来到了深山里的洋房，房里的兄弟姐妹们围绕着遗产继承话题明争暗斗，洋房主人卧室里的棺材存在着诸多的疑点，小兰和合叶在棺材里看到了骇人的一幕，整个事件笼罩在吸血鬼那毛骨悚然的气息之中。

洋房的主人传了封群组讯息集合所有的兄弟姐妹，此时大家看到了浮现在窗边惊悚模样的主人，一起目击了飞翔在天空中的怪物，随后他们还发现了次男的尸体，案件愈发的破朔迷离。这起灵异的命案和之前洋房主人未婚妻的事故有着千丝万缕的关系，而策划那起事故的正是兄弟姐妹中的某人。

这起灵异杀人事件所用到的手法柯南和平次基本都清楚了，在他们为大家揭示了这些看似诡异的手法后又发生了命案，这次被害的是消失已久的长女。案件又陷入了谜团，担心被害的人们都躲在自己的房间里，而女仆小光的一个提示让柯南和平次找到了新的线索，但他们现在还缺少决定性证据。

经过不断的调查，柯南和平次终于知道了这起事件的始末，而小光这时又收到了来自洋房主人的简讯。假冒小光的合叶在小兰的帮助下一同打倒了埋伏在南蛮房间里的凶手，败露了行动的凶手趁着昏暗的光线从暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而凶手在灯光下显现出来的脸是……