어떤 사람에게 보고할 일이 있어서 숙박할 예정으로 외출한 다카기 형사. 다음 날, 미츠히코와 아이들은 어느 노인에게서 다카기가 보내는 선물이라는 소포를 사토 형사에게 전해줬으면 한다고 부탁받는다. 그 안에는 태블릿 단말기가 있었고 사토가 전원을 켜자 입에 테이프가 붙은 채 목에는 로프가 묶여있는 다카기가 비친다. 지상에서 몇 미터 위에 있는 판에 묶인 다카기는 누워 있어 몸을 뒤척이면 아래로 떨어지며 목이 매달리는 위험한 상황에 있자 경시청이 술렁이게 된다.

미츠히코는 후에모토의 이상한 말투를 떠올리고 사토에게 이야기한다. 노인이 '늦어도 내일, 모레에는'이라고 말했지만, 원래 '내일, 늦어도 모레에는'이 맞는 표현이다. 코난은 노인의 말투가 홋카이도의 방언이라는 것을 눈치채고, 자살한 3명 중 1명인 홋카이도 출신 영어 강사인 나탈리 쿠루마와 관련된 사람이 다카기를 납치했다고 판단한다. 그리고 마츠모토 관리관은 나탈리의 시신을 인계받은 같은 영어 회화 교실의 상사인 후에모토 류사쿠를 피의자로 단정짓게 된다.

다카기의 바로 아래에 있는 판 뒤에 설치되어 있는 시한폭탄을 보고 메구레는 나탈리가 자살한지 딱 1년이 되는 내일 오전 10시로 폭파 타이머가 설정되어 있을거라고 추리한다. 코난 일행은 영상을 보고 다카기가 있는 곳이 홋카이도라고 판단해 메구레와 사토는 헬기를 타고 홋카이도로 간다. 하지만 영상에 의지해 재건축 현장을 살펴봐도 다카기를 찾아낼 수가 없었다. 다음 날, 폭파 시간이 점점 다가오는 가운데 코난은 범인이 장소를 특정할 수 없게 한 트릭을 간파한다.

운송 차량을 훔친 범인을 따라 강아지가 사라지고 범인이 훔친 운송 차량에 시한폭탄이 적재되어 있다는 것을 알게된 소년 탐정단은 강아지와 차량 탈취범을 무사히 구하기 위해 고분분투하지만 오히려 차량 탈취범이 사실을 믿지 않게 된다. 언제 터질지 모르는 폭탄을 적재하고 있는 운송 차량을 차량 탈취범인 운전하고 있는 가운데 탐정단은 탈취범을 유도해 사건을 해결하고 강아지를 구출하며 공적을 쌓게 된다.

코난과 하이바라, 스바루, 다카기 형사는 출판사 사장이자 예능 가십 잡지 편집장인 카츠모토가 맨션에서 떨어진 현장에서 만난다. 카츠모토는 떨어지기 전에 「날 죽일 수 있다면 죽여봐라. 방문 열어놓고 기다리겠다. 도리어 당하게 해주겠다」라는 메일을 카메라맨인 오기노와 편집자인 카오리, 작가인 소데사키에게 일괄 전송했다고 한다. 그 세 명은 카츠모토를 원망하고 있었고 사건 현장 근처에 있어 밀어죽일 가능성이 높았지만 그 세 명은 방에 있었다는 알리바이가 있었다.

메구레 경부는 코난이 재촉한 거품과 김과 연기 실험을 실시하고 카오리의 커피의 김은 8분 정도, 오기노의 맥주 거품은 6분 전후, 소데사키의 담배 연기는 9분 이내로 사라진다는 결과를 얻는다. 이 실험에 의해 세 명에게 10분 이상 걸리는 범행은 불가능하다는 것이 판명된다. 하지만 코난은 세 명이 방을 나왔을 때의 이야기를 듣고 무언가를 깨닫고 코난은 코고로가 가난했던 학생 시절에 한 일을 떠올리고 누가 범인인지 간파한다. 코난은 다시 실험을 해 범인을 궁지에 몰아넣는다.

지난해 타계한 촌장을 뒤이어 지역 축제를 준비하는 미카의 초대를 받은 아가사 박사 일행 앞에서 전 촌장을 언짢게 생각하는 현 촌장의 언동을 을은 다음 날 현 촌장이 얼음 호텔에서 자다가 참변을 당한 것을 코난이 발견하게 된다. 비서인 오기가 촌장 살해범으로 몰리는 가운데 얼음 조각가인 시오타의 소매에 묻은 가루와 얼음 호텔 주변의 미끄러움을 보고 코난은 누가 범인이며 어떤 트릭을 썼는지 깨닫게 된다.

히라누마가 떨어트린 가방을 사사누마가 주울 뻔한 것을 다카기 형사가 대신 주운 사건을 들은 코난은 다카기 형사에게 히라누마가 어떤 이유로 인해 아침에 조깅 중이던 사사누마에게 떨어트린 물건을 줍게 유도한 것일지도 모른다고 의견을 제시한다. 그리고 다카기 형사의 조사로 당사자 간에 접점이 있는 게 밝혀지고 히라누마가 보험금을 수령한 시기와 사사누마가 성묘간 시점을 근거로 사건의 진상을 밝히게 된다.

석 달 전 계단에서 추락사한 카오루를 살해한 범인을 알려주겠다던 히카루의 말을 듣고 방문한 작업실에서 히카루의 시체를 발견한 코고로 일행은 카오루의 오빠인 타카시, 히카루의 매니저인 마리코, 카오루의 발레리노 친구인 카즈미 중에 범인이 있음을 직감한다. 코난은 작업실 상태와 작업실 주변 상황을 따져 범인이 누구이며 예술가인 히카루가 어째서 카오루의 살해범을 석 달 후에 밝혀야 했는지 깨닫게 된다.

골목 뒷길에서 입에서 피를 흘린 채 숨이 꾾어져 있는 타카이치를 발견하게 된 코난과 세라 일행. 세라는 지면에 적힌 「죽을 사［死］」자를 보고 괴이한 살인사건이라 단정짓지만 경찰인 메구레 경부가 훓어본 현장은 경찰의 조사에 협력한 쿠도 유사쿠가 유일하게 내던졌던 10년 전의 사건의 현장과 유사했다. 코난은 세라 일행과 함께 10년 전 사건 현장의 사진을 확인한다. 유사쿠는 「죽을 사［死］」라는 글자를 남긴 범인은 더이상 나타나진 않을 것이라고 단정했지만...

세라는 신이치에게 전화해서 추리를 들어보자고 제안하고 코난은 허둥대며 화장실로 달려간다. 스바루는 란에게 어떤 말을 전하고 세라의 제안에 따라 전화를 건 란의 전화를 신이치로써 받은 코난은 사건 현장 상황과 함께 스바루에게 부탁받은 전언을 전해듣고 그 한 마디를 힌트로 삼아 사건의 진상을 파악한다. 이후 코난의 제안에 따라 사건 현장을 다시 방문한 세라 일행에게 코난은 신이치에게 사건을 들었다며 이번 사건과 10년 전 사건의 진상을 이야기하기 시작하는데...

이지스 함 승선을 위해 교토를 방문한 소년 탐정단의 보호자로서 따라온 코고로와 소노코. 란의 제안에 따라 화과자점을 방문한 탐정단 일행은 초코맛 화과자가 5개의 화과자점에서 사라진 사건과 조우. 탐문 과정에서 분홍색 자동차를 운전한 분홍색 드레스의 여성이 용의자로 떠오르지만 코난이 생각하기엔 선대 사장에 일어난 사건에는 모두가 모르는 다른 내막이 숨겨져 있다는 예감을 직면하게 되는데...

미국 국적 차량을 취급하는 회사의 사원이 습격당하는 사건이 연달아 발생하고 범인은 사장인 이시다에게 2400만엔을 요구하며 현금을 건네줄 인물로 모리 탐정을 지명한다. 모리 탐정은 범인의 지시에 따라 현금이 든 서류 케이스를 가지고 벚꽃놀이 크루즈선에 탑승, 코난이 스케이트 보드를 타고 배의 행방을 추격하는 동안 범인은 케이스를 배의 지붕 위에다 올려놓으라고 모리 탐정에게 지시한다. 이후 코난이 배의 행방을 잠시 놓쳐버린 사이 서류 케이스가 사라지는데...

이윽고 코난과 란은 니시자와의 아파트를 방문해 욕조에서 익사한 니시자와를 발견하는데 컴퓨터에서 유서가 발견되자 메구레 경부는 자살의 가능성이 높다고 판단한다. 하지만 빼앗긴 현금이 발견되지 않아 모리 탐정은 사건을 계속 수사를 진행하고 니시자와 주변인물인 부하 다나카와 상사 이시다에게 니시자와 살해 동기가 있음을 발견, 코난은 어사의 협력을 받아 범인의 도주 경로를 추리한다. 이후 코난이 모리 탐정의 자료를 훓어보고 마침내 사건의 진상에 도달하는데...

유리카의 초대의 따라 야마나시 현을 방문한 코고로 모녀와 코난 일행. 유리카의 포도원을 방문해보니 레스토랑 경영자인 야마구치가 계약을 기다리는 가운데 포도원 주인이자 농학자로 와인 납품 계약을 꺼린 켄고가 실종. 행방을 수색하던 중 목이 졸린 채 발견된 켄고를 죽인 범인으로 공동경영자인 미즈마치가 지목되지만 사건 현장을 감식한 코난은 진짜 범인이 다른 인물이라는 사실을 알게 되는데...

소년 탐정단의 의뢰로 화단이 털려 난장판이 된 사건 현장을 방문하게 된 모리 부녀. 지역 센터의 소장인 야마자키는 화단털이범으로 오쿠다를 의심하는 가운데 직원인 오카무라가 코고로를 친가가 운영하는 찻집으로 초대해 접대하는 동안 탐정단이 현장 잠복을 요청. 현장인 지역 센터에 도착한 코고로와 탐정단이 발견한 살인 사건의 용이자로 오쿠다가 의심되는 가운데 코난은 진상을 파악하게 되는데...

고등학교와 대학교가 동시에 운영되고 있는 세이비 학원의 대학생인 언니 나기사의 자살을 직접 목격한 미사키가 소노코를 통해서 코고로에게 의뢰. 용의자는 세이비 학원의 재무담당인 시바사키와 연극담당인 코다마, 그런데 한때 코다마와 시바사키는 대학교 동기로 교제하다 헤어진 경험이 있었는데...

오누마의 창고에서 사라졌던 UFO에 압사당한 채 발견된 이와부치를 조사하다 만넨 사다오가 오쿠라 킨지가 숨겨놓은 재보를 찾으러 오누마의 연구실에 침입한 사실이 드러나고 오누마의 연구실에서 족자를 발견. 한편 오쿠라 킨지는 족자를 팔러 오누마의 창고에 오지 않고 오누마를 사무실로 불렀다는데...

아가사 박사와 소년 탐정단 일행은 아가사 박사의 차로 군마의 캠프장에 방문하지만 코난과 아가사는 근처의 가게로 사러 나간 사이에 장작을 주우러 간 겐타와 미츠히코, 아유미와 아이 일행은 어떤 남자가 여성이 유체를 묻고 있는 것을 목격하다가 범인에게 들켰다는 것을 알아차리고 황급히 근처의 산장으로 도망치는 동안 경찰은 여성의 유체를 발견하고 코난은 일행이 사건에 연루된 것을 알게 되는데 그때 범인은 겐타 일행이 있는 산장에 가까워 지는데...

야마무라 경부는 우사기, 요네즈미, 이와쿠마로부터 사정을 들었음에도 결정적인 증거도 없어 누가 범인인지 밝혀낼 수 없었다. 한편 코난과 세라는 아가사의 말을 힌트로 여성의 유체가 손가락으로 무언가를 지시한다는 것을 눈치채고 누가 범인인가 간파하게 된다. 그렇지만 범인이 일으킨 산장의 불꽃은 더 넓게 번지고 있어서 연기에 감싸여 의식이 흐릿한 아유미 앞에 산막 문의 후드를 뒤집어쓰고 도끼를 쥔 수수께끼의 여성이 나타나 겐타 일행에게 다가가는데...

코난 일행은 행선지를 알 수 없는 벨트리 급행에 승차했다. 이 열차에는 승차객을 위해 추리 퀴즈가 준비되어 있었다. 코난 일행은 7호차 B실을 들여다보는 순간, 후드를 뒤집어 쓴 남자가 총을 승객인 무로하시에게 발포한다. 코난은 이상한 낌새를 눈치채서 7호차 B실에 돌아가는데...

8호차 B실에서 죽어있던 무로하시. 8호차는 지로키치의 친구인 자산가의 가족으로 마음 편히 타고 싶다고 요청하게 되어 타게 된 차량. 하지만 첫 운행 했던 1개월 전에 자산가의 파티에서 화재가 일어나 일가는 대부분 사망하게 된다. 코고로는 이번 사건은 화재에 얽힌 복수극이라고 추리하는데...

코고로는 이번 살인사건을 화재사건이 얽힌 복수극이라고 추리한다. 그 시각 6호차에서는 화상 입은 남자와 세라가 조우한다. 세라난 화상입은 남자를 아카이로 생각하여 혼란을 겪지만... 그 후에 코난은 8호차의 복도로 모두를 모이게 한다. 코고로에게 마취총을 발사하여 잠자는 추리쇼를 여는데...

코난이 범인을 쫓아 추궁하고 있을 때에 6호차 E실에서 유키코는 베르무트하고 대치하고 있다. 베르무트는 아이를 밝혀내기 위해 발연제로 연기가 피어오른다. 코난 일행은 이걸 화재로 착각해서 앞차로 피난하고 아무도 없는 8호차에서 쉐리의 모습으로한 아이가 돌아온다. 그러자 아이 뒤에 버본이 오는데...

소노코의 별장에 온 코난, 코고로, 란은 묘한 사건으로 알게 된 대학생인 모모조노가 머물고 있는 별장에서 죽은 동료인 우리우의 생일을 축하하기 위해 와 있던 서클 동료인 우메지마 마치, 이시쿠리 사부로, 타카나시 노보루와 만나게 된다. 한편 이시쿠리를 따라 코난도 이시쿠리의 방으로 휴식하러 가고 잠시 후에 이시쿠리의 방에서 나는 큰 소리로 인해 깬 코난은 죽은 이시쿠리를 발견한다. 문과 창문은 잠겨있어 코난은 밀실 살인이라고 판단하는데...

요코미조 경부가 사정청취를 해서 모두의 행동을 확인한 바에 따르면 모모조노, 우메지마, 다카나시는 식사 전후에 이시쿠리의 방에 들어갔다. 다카나시는 이시쿠리와 싸웠다고 고백하는데 원인은 올해 겨울에 이시쿠리의 농담으로 목숨을 잃은 서클 동료인 우리우의 일이었다. 작년의 우리우 생일에도 이시쿠리가 장난을 쳤던 것에 착안, 모리 코고로는 3명 중에 이시쿠리를 살해할 동기가 있다고 판단하고 아무로는 모두에게 범행의 기회가 있었다고 생각하게 되는데...

형사 시절의 코고로에게 체포되었던 본래 은행 강도범인 히무로가 「지금부터 당신때문에 사람이 죽는다」는 전화로 코고로에게 예고하고 가까이에 있던 히무로에게 예고의 의미를 추궁하는 사이 히무로의 부하였던 누마오가 폐 빌딩에서 낙하하고 즉사한다. 히무로는 누마오의 배반에 의해 체포되었기에 코고로는 히무로가 누마오를 원망해서 살해했다고 추리하지만 누마오가 떨어지기 15분 전에는 히무로는 코고로와 함께 있어서 코고로는 히무로에 의해 궁지에 몰리게 되는데...

코난 일행과 버스에 탄 겐타는 5층 건물 옥상에서 서로를 붙잡고 싸우는 두 사람을 눈치채고 겐타는 한명이 상대를 옥상에서 밀어 떨어뜨리는 것도 목격하고 현장으로 달려간다. 피해자인 대금업자 오가타는 의식이 없었지만 생명에 이상은 없었지만 119번으로 신고한 통행인 카오루는 오후 2시 10분에 오가타가 길 위로 떨어졌다고 증언하는데 겐타가 밀어 떨어뜨리는 순간을 봤던 것은 사건 신고 10분 전인 2시였다. 과연 10분의 오차가 있는 추락 사고의 숨겨진 진실은...

공사 현장의 쇠파이프가 떨어지는 사고가 일어나 쇠파이프의 아래에서 죽은 이노마타가 발견된다. 파이프를 고정하는 밴드에는 인위적으로 자른 흔적을 발견한 코고로는 살인사건이라고 생각한다. 다카기 형사는 쇠파이프가 떨어진 직후 현장에 급히 뛰어온 관계자인 카네다, 무라세, 노지마에게 피해자인 이노마타를 살해할 동기가 있음을 알아낸다. 밴드를 잘랐던 나이프가 현장에서 발견되자 코고로는 범인을 추리하지만 지목당한 카네다는 무죄를 강력히 주장하는데...

코난 및 헤이지 일행은 자살의 가능성도 있는 밀실 살인 사건을 재조사한다. 그리고 코난 일행은 현장의 맨션의 방을 조사해 사건을 해결하지만 이 사건에는 같은 맨션에 사는 주식 브로커인 누노우라가 얽혀있다. 돌아가려던 코난 일행은 올라가는 창문이 있는 엘리베이터 안에서 누노우라가 권총으로 자신을 쏴대는 장면을 목격하게 된다. 다카기 형사는 자살이라고 판단하지만 헤이지는 타살이라고 단정짓고 맨션 주인 3명을 수상한 인물로 지목하는데...

코난과 헤이지는 용의자 3명의 방을 찾아내 범인을 간파하지만 아직 자살로 그럴싸하게 꾸민 트릭의 수수께끼가 남아 있었다. 그리고 코고로의 말을 힌트로 트릭의 수수께끼를 알아낸 코난과 헤이지가 알아낸 바로는 엘리베이터의 문 내부에 스프레이로 써진 「안녕」이란 문자는 트릭을 맞추기 위해서 필요한 문자였다. 결국 헤이지는 다카기 형사의 협력을 받아 누노우라가 엘리베이터 안에서 자신의 관자놀이를 권총으로 쏴댄 순간을 재현하여 모두의 앞에서 트릭을 파헤치고 범인을 몰아넣는데...

시즈오카에 있는 별장에 도착한 코고로, 코난, 란은 별장의 소유자인 미스테리 작가 카이도 치카, 남편인 카이도 유이치, 제자인 시무라 사치코를 만날 수 있었다. 치카가 체험담을 듣고 싶다고 모리 코고로를 별장에 초청한 것이다. 치카는 유이치와 사치코가 외출하고 2명이 없는 시간에 코고로에게 털어놓고 이야기한다. 다음 날 아침, 별동에 숙박하던 코난 일행은 모두가 모여 있는 오모야로 가서, 각자의 방에서 죽어있던 사치코, 유이치, 치카를 발견한다.

오오타키 경부는 헤이조로부터 부탁받아 가족이 유산상속으로 다툰다는 양옥으로 향하고 코난과 헤이지는 코고로, 란, 카즈하와 오오타키와 동행한다. 오오타키에 의하면 반년 전에 양옥 근처의 숲에서 여성의 유체가 발견되어 범인은 흡혈귀라는 소문이 있다고 하며 의심받는 것은 양옥의 장남인 토라쿠라 하쿠야였다. 이후 양옥의 한 방에서 유산상속으로 다투는 가족이 모이고 란과 카즈하는 자기 방에서 자고 있는 하쿠야를 부르러 간다. 그런데 관을 열자마자 가슴에 말뚝이 꽂힌 채 하쿠야가 가로로 누워있었는데...

여전히 관의 주인인 하쿠야의 행방은 모르는 가운데 미나, 하루, 루리, 죠헤이의 휴대전화로 하쿠야로부터 식당으로 모이라는 메일이 일제히 전해진다. 코난 일행이 식당에서 기다리는데 창문 밖에 거꾸로 하쿠야가 머리를 내밀고 홀연히 사라진다. 그 후 다락방에서 아사노부의 유체가 발견되고 죠헤이는 모습을 감췄던 카미요의 일을 걱정한다. 코난과 헤이지는 하쿠야의 방을 조사하여 마루 밑에 있는 숨은 통로를 찾아내고 심령사진의 트릭도 간파하게 되지만...

코난과 헤이지는 키시하루, 루리, 마나, 죠헤이, 코가를 모이게 하여 하쿠야가 관에서 사라진 트릭과 벽의 장식 거울에 하쿠야의 머리가 비쳐있었던 심령사진의 트릭의 수수께끼를 푼다. 코난 일행은 하쿠야를 범인 1명으로 생각하고 몇 시간도 모습을 보이지 않은 카미요가 공범이라고 추리하지만 그 시각 수위에게서 숲에 사람이 죽어있다는 연락이 온다. 그런데 수위한 발견한 시체는 숲에서 말뚝에 묶인 채 교살당한 카미요인데...

헤이지는 군마 현경에서 오오타키 경부, 코고로에 연락하여 새로 살인사건이 일어났다고 보고한다. 헤이지는 범인이 짐작은 가지만 풀지 못한 트릭이 있다고 전했다. 전화 중에 코난은 자신의 무릎에 뭔가가 부착되어 있는 걸 눈치채는데 부착된 것은 숲에서 카미요의 시체를 조사했을 때 묻었던 진흙으로 왠지 진흙에는 소금이 섞여 있었다. 그리고 코난과 헤이지는 코고로와 전화를 주고 받음으로 진흙이 부착되어 있던 이유를 깨닫고 범인의 트릭을 간파하지만...