El detective Takagi es secuestrado. La policía tiene que trabajar bajo mucha presión para averiguar su paradero, ya que su vida pende de un estrecho tablón, además una cuenta regresiva marca los segundos... ¿Serán capaces de encontrar a Takagi antes del tiempo límite?

La Policía sigue sin saber el paradero del detective Takagi, Conan se da cuenta que el secuestro está enlazado con un caso de suicidio, y con la Muerte del detective Date, amigo y ex-superior de Takagi. Encuentran al culpable del secuestro de Takagi, pero este se suicida antes de decir donde se encuentra. ¿Encontraran a Takagi antes de que termine la cuenta regresiva?

La búsqueda del detective Takagi da más frutos, pero ya lleva 2 días ahí y puede morir en poco tiempo, la bomba también falta poco para que estalle. Sato termina la búsqueda y se da cuenta que esta en el tercer distrito de Komamae. Solo quedan dos minutos para que estalle la bomba. ¿Logrará rescatarlo?

Todo comienza con un perro que entra a una camioneta de reparto. Los jóvenes detectives buscan al perro con Mao, su dueña, y terminan implicándose en un caso de robo del coche y de bombas. Conan podrá avisarles a los secuestradores del coche que llevan una bomba?

Otro caso de asesinato se aproxima con Conan, Takagi, Subaru y Ai en él. Con tres sospechosos, Conan tiene enfrente coartadas. Como Espuma de Cerveza, Vapor de un Café, y Humo de Cigarro. Cual es el truco que uso el asesino para realizar el asesinato?

Conan resuelve el caso, y da a la luz la solución de la coartada falsa. Una triste verdad, y una foto de hermandad son la que causan este asesinato.

En el festival de Hielo, sucede un asesinato, todo implica que el ayudante fue el asesino pero Conan cree lo contrario, basándose en las pistas dejadas, Conan resuelve el Caso y revela al asesino.

Fuera de servicio, en una mañana el detective Takagi se encuentra una mochila con Treinta millones de yenes, en esto está implicado un caso de robo y aesianto, Takagi junto con la liga juvenil de detectives van en busca del asesino.

Kogoro es llamado por un personaje de un caso anterior, donde ocurrió el asesinato de su cliente, este personaje lo llama porque revelará la verdad del caso. Pero es encontrado muerto, todo lleva a los otros 3 invitados, ya que cada uno tenía un motivo.

Hace 10 años Yusaku abandonó un caso en el que apareció un cadáver con el carácter de "muerte" escrito en sangre al lado... Creían que se trataba de un asesino en serie, pero Yusaku prometió que no volvería a pasar eso nunca más. Entonces van Ran Sera y Sonoko por la calle y se encuentran con un cadáver que tiene el mismo carácter escrito en sangre al lado. Así que van a casa de Shinichi para buscar una foto del caso de hace 10 años y compararlo. Allí se encuentra Subaru Okiya.

El caso que su padre no pudo resolver... ¿lo podrá resolver su hijo? ¿Qué cosas extrañas hay en la vida de Subaru?

Conan y los demás se dirigen al puerto de Kyoto por lo que primero llegan a la estación de Kyoto. Mientras están visitando los alrededores de la ciudad ¡Se involucrarán en un caso!

Un intento de asesinato y un suicidio son los ingredientes del caso que ocupa en esta ocasión a Mouri y a Conan.

Los cerezos del río y una búsqueda de Conan y Ran a través de la corriente iluminará la verdad.

Conan, Kogoro y Ran van a un almacén de vino donde un agrónomo es asesinado.

En una cama floral de una extraña floristería aparece asesinada la jefa de la misma, en lo que parece ser una sospechosa caída.

Kogoro es llamado para investigar un caso de aparente suicidio en un instituto femenino, pero parece que esa no es toda la verdad.

En Beika ha aparecido un extraño objeto con forma de platillo volante. Cuando la policía se dispone a retirarlo, debajo del misterioso objeto aparece un cadáver. El crimen no ha sido perpetrado por alienígenas y Conan deberá buscar al verdadero culpable.

La liga juvenil de detectives se va de acampada antes de viajar en un tren de misterio, el Bell Tree, y mientras se dirigen a buscar leña, se encuentran con alguien enterrando un cuerpo y este trata de matarlos. Por otro lado, Sera hace acto de presencia delante de Conan uniéndose a ellos. ¿Qué ocurrirá?

Haibara se ve obligada a tomar el antídoto del APTX para poder salvar a los niños, quienes en su afán de agradecerle a la joven extraña, suben un vídeo de ella en internet, grabado por Mitsuhiko, para averiguar su identidad. ¿Qué consecuencias traerá la difusión de su rostro en la red?

Vermouth informa a Gin de que Sherry estará a bordo del Bell Tree, según información de Bourbon. Este estará a bordo del expreso con el fin de conseguir su objetivo, capturar de una vez por todas a la traidora de Sherry. Conan y sus amigos inician la travesía, al parecer ajenos al peligro, y en lo que parece ser un concurso de deducciones.

A bordo del tren sucede un asesinato en uno de los vagones. Mientras Conan, Mouri y Amuro investigan la tensión aumenta, Masumi Sera también se encuentra a bordo y por lo visto Shuichi Akai, también. También Subaru Okiya y una misteriosa mujer se encuentran viajando dentro del tren. Haibara detecta la presencia de los Hombres de Negro en el tren y Vermouth confirma a Gin que Sherry se encuentra a bordo.

Mientras el caso de asesinato sigue siendo investigado Subaru se acerca a Haibara pero esta huye corriendo. Más tarde, Sera y Shuichi Akai se cruzan, ante la sorpresa de esta. Conan duerme a Kogoro y resuelve el caso. Al mismo tiempo, Shuichi Akai secuestra a Sera, pero en realidad ese no es el verdadero Shuichi Akai, sino Vermouth disfrazada.

Yukiko, que estaba también a bordo del tren, arrincona a su amiga y empiezan a tener una interesante charla, pero Sharon inicia un incendio en el tren. Con una gran humareda por los vagones, aparece Haibara transformada en Sherry, que sabe que no tiene escapatoria. En ese momento "alguien" la encuentra y se enfrenta a ella revelando su verdadera identidad... es Bourbon que tiene preparado un plan para capturarla con ayuda de Vermouth. Cuando todo parece indicar que es el fin, un invitado muy especial sale a escena.

Tras los acontecimientos en el Mystery Train donde Kid ha falsificado la muerte de Sherry, como compensación por todo lo ocurrido, Mouri, Ran, Sonoko y Conan son invitados a unas pistas de tenis donde, contra todo prognóstico, se encuentran a Amuro. Por suerte este no sospecha nada de la verdadera identidad de Conan. El pequeño detective se desmaya por causa de un golpe de raqueta y cuando despierta en su cuarto se encuentra con un cadáver. Pero la habitación estaba cerrada... ¿Quién ha sido el culpable?

Conan investiga el caso de asesinato... Con Bourbon acechando. Tras resolverlo gracias a "Kogoro el durmiente", Amuro contacta con Vermouth y le explica que aunque en primer momento decidió acercarse a Mouri porque tenía una cierta relación con Sherry, ahora que esta está "muerta" ha encontrado algo extraño cerca de él... A Conan.

Kogoro Mouri se ve envuelto en un caso en el que el principal sospechoso es un antiguo delincuente que el mismo Kogoro detuvo hace un tiempo. Lo que parece un simple accidente acaba transformándose en un posible caso de asesinato y una trampa en la que el principal objetivo es desacreditar al Gran Detective Kogoro Mouri. ¿Qué es lo que realmente se esconde tras el caso?

Conan y la liga juvenil de detectives son testigos de la caída de un hombre desde lo alto de un edificio. Lo extraño del caso es que desde que el hombre empezó a caer hasta llegar al suelo se estableció un periodo de 10 minutos.

Todo empieza como un día normal para Kogoro, Ran y Conan, pero mientras buscan donde comer escuchan un fuerte estruendo. ¿Qué habrá pasado? ¿Conan resolverá el misterio de este caso?

Heiji, Kazuha y Otaki visitan al detective Mouri para consultarle sobre un caso, pero tras resolverlo, se encuentran con un misterioso asesinato en un ascensor, aparentemente imposible.

Una vez que Heiji y Conan resuelven el caso, Otaki recibe una llamada del comisario de la policía de Kansai, Heizo Hattori, solicitándole que vaya a investigar un misterioso caso de unos vampiros.

Mouri es invitado por una escritora para que cuente sus famosas historias de detective, pero parece estar más interesada en contar sus problemas que en escucharlo. A la mañana siguiente, la escritora, su esposo y su aprendiz mueren envenenados.

Acompañando a Otaki, Conan, Heiji, Mouri, Ran y Kazuha se van a una mansión donde los vampiros cometen asesinatos. El dueño de la misma está cerca de su lecho de muerte y su herencia se encuentra muy latente entre los presentes. Misteriosamente, Kazuha y Ran le encuentran en un ataúd con una estaca en el pecho, pero al volver a abrirlo desaparece sin dejar rastro.

Conan y Heiji empiezan a investigar el caso pero se encuentran con una extraña pista, en una misteriosa foto de la familia aparece un difunto. Más tarde aparece el cuerpo de un humano disfrazado como un vampiro pero tras desaparecer, se convierte en un murciélago.

Lo que parece ser una serie de asesinatos en serie sin resolución les está dando más de un quebradero de cabeza a Heiji y Conan. Para añadir más tensión, parece ser que la sirvienta de la casa es una persona muy extraña.

Después de encontrar el cuerpo de otro familiar más, Conan y Heiji se percatan de que no existe ninguna criatura con alas cometiendo los crímenes es un cobarde asesino con mucha sangra fría.