L'inspector Takagi és segrestat. La policia ha de treballar sota una gran pressió per localitzar-lo, ja que la seva vida està en perill. Està lligat, emmordassat i col·locat damunt d'un estret tauló de fusta, i tenen menys de tres dies per trobar-lo. El més inquietant de tot és: qui i per què l'han segrestat? Potser resoldre aquest enigma els podria ajudar a saber on és, però el temps corre en contra seu.

La policia continua sense saber on és l'inspector Takagi. En Conan s'adona que el segrest està relacionat amb un cas de suïcidi que va tenir lloc fa un any i amb la mort de l'inspector Date, amic i mentor d'en Takagi. Finalment troben el culpable del segrest d'en Takagi, però se suïcida amb verí abans de confessar on el té. La situació és cada cop més desesperada i el temps s'acaba.

La recerca de l'inspector Takagi comença a donar fruit, però porta dos dies segrestat i està al límit de les seves forces. A més, falta poc perquè la bomba esclati. La Sato i en Megure surten amb helicòpter a buscar-lo, però sense més pistes és com buscar una agulla en un paller. En Conan li llegeix els llavis a l'inspector Takagi: és a Komamae. Però queden només dos minuts perquè esclati la bomba...

Mentre la Mao passeja la Candy, la gosseta surt corrents i es fica dins d'una furgoneta de repartiment que tot seguit arrenca i se'n va. La Mao demana ajuda a la Lliga de Detectius Júnior perquè l'ajudin a trobar-la. Però el que sembla un cas senzill es complica: algú ha robat la furgoneta, i a dins hi ha una bomba de rellotgeria que no trigarà gaire a esclatar.

En Conan i l'Ai tenien previst anar a esquiar amb el doctor Agasa i els nens, però no han arribat a temps d'agafar l'autobús i li demanen a en Subaru Okiya que els acompanyi amb cotxe. Quan passen pel costat d'un gratacel, el director d'una editorial cau al buit des de la vint-i-sisena planta. Hi ha tres sospitosos, però tots poden demostrar que eren a casa seva fins que han sentit el crit..

Tots tres sospitosos tenen motius de sobres per haver assassinat el senyor Katsumoto, però els experiments amb la cervesa, el cafè i el cigarret demostren que les seves coartades són prou sòlides. Al final, en Conan desemmascara el culpable revelant el truc que ha fet servir per fabricar-se una coartada creïble. Mentrestant, l'Ai està cada vegada més a prop de descobrir la veritable identitat d'en Subaru Okiya.

El doctor Agasa i la Lliga de Detectius Júnior visiten un Festival de Gel convidats per la Mika Itakura, filla d'un bon amic del doctor. Aquella nit l'alcalde del poble, Taro Yamaguchi, mor assassinat mentre dorm en una de les casetes de l'hotel de gel del festival. Tot sembla indicar que el seu secretari és l'assassí, però en Conan, basant-se en les pistes que troba, no opina el mateix.

Un matí que l'inspector Takagi està fora de servei troba pel carrer una bossa amb trenta milions de iens. Molt sorprès, els porta a la comissaria del barri per si apareix la persona que els ha perdut. L'inspector, amb l'ajuda de la Lliga de Detectius Júnior, decideix investigar aquest cas tan misteriós. La pista d'aquests diners els portarà a un robatori amb homicidi que va tenir lloc fa 15 anys.

Tres mesos després de la mort de la Kaoru Sasamori, el seu exnòvio, un escultor molt excèntric, convoca en Kogoro Mouri, acompanyat de la Ran i del Conan, i els tres sospitosos de l'assassinat de la noia. Quan arriben al taller d'en Hikari Tsuge, l'escultor, el troben mort amb una obra d'art a l'escenari del crim que podria ser la clau del que sembla un assassinat envoltat de moltes ombres.

Deu anys enrere, el pare d'en Shinichi es va negar a investigar un cas que semblava clarament un assassinat, argumentant que el culpable no tornaria a aparèixer mai més. Ara, la Ran, la Masumi i la Sonoko han trobat un home mort al carrer. Al costat del cadàver hi ha un símbol escrit amb sang que el relaciona directament amb aquell cas que es va quedar sense resoldre fa deu anys.

La Masumi i la Sonoko convencen la Ran perquè truqui a en Shinichi i li demani ajuda per resoldre el cas. Gràcies a una pista d'en Subaru, en Shinichi descobreix la veritat i els fa anar a tots a l'escenari del crim, on demostra gràcies a en Conan que la seva teoria és correcta. D'altra banda, en Subaru descobreix el secret més ben guardat d'en Shinichi...

En Conan i la Lliga de Detectius Júnior, amb en Kogoro, la Ran i la Sonoko, són a Kyoto per embarcar-se en un creuer. Abans volen tastar uns dolços típics amb forma d'ocell, sobretot els de xocolata. Però a primera hora, quan arriben a la botiga, els dolços ja s'han esgotat. I a les altres botigues de l'empresa ha passat el mateix. En Conan i els seus amics hauran de resoldre aquest misteri.

Després d'una sèrie d'agressions a empleats de la companyia Nova Imatge, un xantatgista demana 24 milions de iens al director per aturar els atacs. L'encarregat de fer l'entrega, a petició del xantatgista, és en Kogoro, però quan es dirigeix a lliurar el maletí amb una embarcació turística, els diners desapareixen com per art de màgia. En Conan i la Ran comencen a estudiar casos antics d'en Kogoro fins que troben un possible sospitós.

Després de l'aparició del senyor Nishizawa mort a la banyera de casa seva amb indicis ben clars de suïcidi, i tenint en compte que ell era el que se les havia tingut amb el director de l'empresa que el va fer fora a conseqüència d'un cas que havia portat el detectiu Mouri, sembla que està clar qui és el culpable, però en Conan comença a lligar caps i decideix dir-hi la seva.

La Yurika Suwayama, propietària del celler Suwayama, ha convidat en Kogoro, la Ran i en Conan a visitar les seves vinyes. Però el marit de la Yurika, un dels tres socis del negoci, apareix mort al celler, entre botes de vi. Tots els sospitosos tenen alguna coartada tret del tercer soci, que sembla el culpable, però en Conan descobrirà que hi ha una altra persona que té una coartada falsa.

Hi ha algú que entra cada nit al centre cívic de Beika i destrossa el jardí que cuiden els nens del barri. L'Ayumi, en Genta i en Mitsuhiko li demanen a en Kogoro que en descobreixi el responsable. El famós detectiu no sembla gaire disposat a ajudar-los fins que coneix la senyoreta Okamura, l'atractiva monitora del centre. Llavors, el que havia de ser un simple cas de vandalisme es converteix en una investigació per homicidi.

La Misaki, una jove alumna d'una acadèmia de noies, li demana a en Kogoro que torni a investigar el suïcidi de la seva germana gran. La noia es va penjar en una de les aules de l'acadèmia, i la Misaki i una professora, que eren al pati esperant-la, ho van veure tot per una finestra. En Conan, la Ran i la Sonoko van al lloc dels fets per mirar de demostrar que no va ser un suïcidi.

La Lliga de Detectius Júnior topa amb un cas ben estrany: un ovni s'ha estavellat a la riba d'un riu i ha esclafat una persona. Ben aviat es va veient que les coses no són el que semblen i que l'ovni no ve de l'espai, sinó del laboratori d'un físic obsessionat amb els extraterrestres. A més, la persona esclafada no és un home qualsevol, sinó el sicari d'un prestador evasor d'impostos.

La Lliga de Detectius Júnior surt d'acampada abans de viatjar amb el Tren del Misteri. El doctor Agasa i en Conan se'n van a comprar quatre coses que els falten i els altres van a buscar llenya al bosc. Mentre en recullen troben una persona que està enterrant un cadàver. L'assassí els veu i els comença a empaitar, però els nois fugen i s'amaguen a dins d'una cabana. Mentrestant, la Masumi Sera fa acte de presència a la botiga i s'uneix al grup d'acampada.

L'Ai es veu obligada a prendre l'antídot de l'APTX per salvar els seus amics, que estan atrapats dins la cabana en flames. Mentrestant, en Conan descobreix qui és l'assassí, que acaba confessant que té claustrofòbia i que ha mort la seva promesa en un atac de pànic. Els nens no saben qui és la noia misteriosa que els ha salvat i per localitzar-la li envien a en Mouri un vídeo que ha gravat en Mitsuhiko d'amagat.

En Conan i companyia pugen al Tren del Misteri per fer un viatge molt especial. Durant el trajecte es fa un concurs de deduccions. L'Ai nota la presència dels Homes de Negre, mentre en Conan i els altres es concentren en el que creuen que és un assassinat de broma, fins que s'adonen que un vagó ha desaparegut. I aquí comença la investigació.

En Conan i els seus amics han pujat al Tren del Misteri, una locomotora que ningú sap on va. Durant el trajecte, s'organitza un concurs de deduccions, un joc que es converteix en realitat amb la mort d'un passatger en un dels compartiments. En Conan i els seus comencen a investigar qui pot haver entrat al compartiment de la víctima, però els testimonis no encaixen. Mentrestant, l'Ai nota la presència inquietant dels Homes de Negre.

Durant un viatge amb el Tren del Misteri, on s'organitzava un concurs de deduccions, té lloc un assassinat real en un compartiment que, a priori, estava tancat amb un cadenat. En Conan descobreix el truc que l'assassí ha fet servir per entrar i sortir sense que el veiessin i desemmascara el culpable. Mentrestant, els Homes de Negre avancen perillosament cap a l'Ai, que està molt espantada.

Durant un viatge amb el Tren del Misteri, el que havia de ser un joc de detectius es converteix en un assassinat real a porta tancada. En Conan desemmascara l'assassí. Quan ja sembla que està tot solucionat, els Homes de Negre passen a l'acció i li paren una trampa a l'Ai perquè s'exposi. D'entrada sembla que els plans els surten a la perfecció, però se'n sortiran de debò?

En Conan, la Ran i en Kogoro van amb la Sonoko al seu xalet. L'objectiu del viatge és que l'Amuro li faci d'entrenador de tenis a la Sonoko. Però quan són a la pista passa una cosa desagradable: una noia llança una raqueta al cap d'en Conan i tots corren cap a la casa de la noia perquè el vegi un metge. Allà descobreixen que els tres amics que s'hi estan han quedat per celebrar l'aniversari d'un company mort.

La Sonoko convida en Conan, la Ran i en Kogoro al seu xalet. Un dels seus objectius és jugar a tenis amb l'Amuro. Un cop a la pista, una noia llança una raqueta al cap d'en Conan, que perd el coneixement. El traslladen a una habitació d'una casa pròxima, on hi ha tres amics reunits per celebrar l'aniversari d'un mort. Quan es desperta, en Conan es troba un cadàver a la mateixa habitació, que aparentment ha estat tota l'estona tancada.

Un atracador que va passar anys a la presó perquè en Kogoro el va descobrir es venja del detectiu parant-li una trampa i fent-lo quedar com un incompetent violent. L'escàndol salta a la premsa i a les xarxes socials, i el nostre home travessa un dels moments més baixos de la seva carrera. La intervenció d'en Shinichi com a Kogoro Dorment en un programa de ràdio en directe el podrà salvar?

En Conan i la Lliga de Detectius Júnior veuen com un home n'empeny un altre des del terrat d'un edifici. Quan arriben al lloc dels fets, descobreixen que han passat deu minuts des del moment de l'incident fins que la víctima ha quedat estampada a la vorera. Després de les investigacions pertinents, en Conan comença a lligar caps i els hi fa saber a tots a través del doctor Agasa.

La caiguda d'una pila de tubs en un edifici en construcció provoca la mort del promotor de l'obra. Els sospitosos són les úniques tres persones que hi havia al solar, el xòfer de la víctima, l'arquitecte i el cap de l'obra. El ganivet que han fet servir per tallar una de les cintes que aguantaven els tubs és del xòfer, però en Conan comença a sospitar que tot plegat ha estat un pla molt més enrevessat.

En Heiji i la Kazuha han vingut des d'Osaka per investigar un cas a Tòquio. Aparentment és un suïcidi, però en Heiji sospita que podria ser un assassinat. Un cop resolt el cas, quan ja se'n van cap a casa, veuen com un home se suïcida dins l'ascensor del mateix edifici. En Heiji i en Conan de seguida s'adonen que ha estat un homicidi i interroguen els tres sospitosos i veïns de la víctima.

El presumpte assassinat que en Heiji, la Kazuha i l'inspector Otaki han vingut a investigar a Tòquio ha resultat que era un suïcidi. Quan ja marxaven, han vist com un home es matava d'un tret a l'ascensor del mateix edifici. Aquesta vegada, el que semblava un suïcidi resultarà ser un assassinat, i entre els veïns hi ha tres sospitosos. En Conan i en Heiji descobriran l'enginyós truc que ha fet servir el culpable.

Una escriptora de novel·les de misteri convida en Kogoro i els seus acompanyants a casa seva i els diu que el seu marit i la seva ajudant estan embolicats. L'endemà, en Kogoro, la Ran i en Conan se'ls troben morts a tots tres. Entra en escena la policia, amb l'inspector Yokomizo, i el forense els comunica que els han assassinat amb tres verins diferents. En Conan dedueix que es van activar uns circuits diabòlics.

En Heizo Hattori envia l'inspector Otaki a una mansió per assistir a una reunió en què s'ha de decidir qui heretarà la finca. En Conan i en Heiji se li colen al cotxe per acompanyar-lo. Darrere seu els segueixen en Mouri, la Ran i la Kazuha. Al vespre, la Ran i la Kazuha troben el propietari de la mansió a dins d'un taüt amb una estaca clavada al pit, però quan tornen a obrir el taüt, descobreixen que ha desaparegut.

Mentre esperen que reobrin el túnel i l'inspector Otaki i el detectiu Mouri puguin tornar, en Conan i en Heiji comencen a investigar el cas, però troben una pista molt estranya: a la foto que la Ran ha fet de la família hi apareix en Hakuya vestit de vampir. Més endavant la Hikaru veu una ombra a la finestra del menjador, novament en Hakuya que, però, ràpidament desapareix mentre tots veuen astorats un rat-penat que s'allunya volant.

El que sembla un seguit d'assassinats en sèrie en una mansió aïllada enmig de la muntanya està donant més d'un maldecap a en Heiji i en Conan. L'amo de la casa, que segons alguns s'ha convertit en un vampir, continua sense aparèixer. Per afegir més tensió a la situació, sembla que una de les minyones de la casa és una noia molt estranya. Però de mica en mica alguns indicis comencen a encaixar.

A la mansió dels Torakura, on s'han reunit tots els germans per parlar de l'herència familiar, té lloc un nou assassinat. Després de trobar el cadàver al bosc, en Conan i en Heiji tenen molt clar que l'assassí no és un vampir capaç de volar, sinó una persona covarda amb molta sang freda. Però els cal trobar les proves per demostrar-ho als germans, que desconfien de les habilitats investigadores d'un nen i un alumne d'institut.