在园子的邀请下，柯南、小兰随她一起前往杯户饭店享用“蛋糕吃到饱”，然而在搭公车的途中他们遇到了一位截拳道高手，这位与小兰势均力敌的对手到底是什么人？到了杯户饭店后，得知蛋糕吃到饱餐厅已经截止入场的小兰和园子大失所望，这时，突然传来尖叫声，有一名男子从高处坠楼身亡，目击人昼川表示楼顶有人影闪过，但当柯南赶到楼顶时却只发现了外套和鞋子。

警方、柯南以及公车上遇到过的侦探世良真纯一起进入别馆进行调查，他们在二楼发现了带有钓鱼线的电动轮椅，在死者坠落的六楼发现了窗户下方的油漆和油桶，加之别馆使用的是前后各有一扇门的电梯，将这些线索全部串联起来之后，柯南发现凶手就是那个人！世良先柯南一步破解案件并场景重新，然而结果却并非大家所期待的那样，人偶并没有坠楼，到底是哪里出现了错误？

柯南对服部说到世良一直在打听关于他的事情，刚好这边服部又收到委托案件。他就和和叶一起去了毛利侦探事务所。再坐巴士的途中，和叶为了到经过的家庭餐馆买咖喱而中途下了车。之后，服部就先一个人去了毛利侦探事务所。不久服部接到和叶的电话得知她所在的那个餐馆的洗手间里死了人，现场各种混乱，而第一个发现者是个很奇怪的大个子不知其名的外国人，而且他熟悉各种凶案场面。于是，在旁边的世良就提议让工藤和服部进行推理的对决，看看谁最优胜。不久，柯南和服部他们就一起赶到了和叶所在的那个餐馆。另外，据警察们调查，死者的死因是中毒。而那个不知其名的第一发现者竟然是......

毛利侦探事务所突然出现了一个带着手枪和炸弹的男子，他将小五郎、小兰和在之前案件中结识的小兰的新同学世良真纯都挟持成人质。这个名为沢栗熏的男子是一个月前在温泉旅馆自杀的推理小说家沢栗未红的哥哥，他因为不相信妹妹的死是自杀，因此前来要求沉睡的小五郎替他解开案件背后的真相，而他所带来的三位女士也正是他怀疑的对象，他扬言找到真凶后自己将会与对方同归于尽，面对如此棘手的案件，柯南该如何解决平安救人质？

柯南以工藤新一的身份联系沢栗熏，并让他拍照传送这三位嫌疑犯的签名书，期间，新一得知了沢栗熏的外号莺鸟并推敲出了沢栗未红取绰号的规则，根据死者生前在SNS留下的信息，新一知道了凶手是谁，但他却无法冒着牺牲两条人命的风险揭露真相，所幸警方的狙击手已经就绪，然而，小兰却做出了让人吃惊的举动……

在小兰做出大胆举动的同时新一也开始了推理，当沢栗熏得知最后离开妹妹房间的人是光井后，便将枪口指向她，但新一却说凶手不是她，紧接着他说起了死者的成名推理作品，将沢栗未红与书中主人公的命运向联系，正是这种亦真亦幻的错觉导致她自杀死亡，听到新一这样的推理，沢栗熏难以接受，就在他精神崩溃之时，警察冲进来将他制服，虽然最大的威胁解除，但这起案件并未结束。

动画原创。巧克力甜点师辻元先生在世界大赛上获奖的巧克力让小兰和园子非常期待，而辻元和他的美女店铺设计师真悠子小姐的浪漫爱情也让很多人憧憬。铃木财团的协助让辻元的店铺将在明天开业，而园子和小兰则是这个店铺的第一组客人，在辻元展示自己获奖的作品时发生了意外，这并不是一起普通的事故，柯南已经看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隐情。

一封寄给服部平次奇怪的信件，里面有着一个月前杀害设计公司社长若松耕田先生的杀人凶手寄来的东西，和叶代替感冒的服部依照信上的指示和朋友一起拜访了若松先生的大阪老家，在哪里他们看到了一个头发很长令人毛骨悚然的人，而这个人在停电的时候却消失的无影无踪，更奇怪的是若松先生刻在瓷砖上的死亡讯息也跟着消失了。

继轻井泽别墅中的若松先生遇害之后，他的儿子玉郎也在东京的家中被毒杀，不可思议的是除了玉郎吃掉的那块蛋糕意外并没有发现其他的蛋糕上有毒。于此同时，大和敢助警官等人注意到了被杀害的若松先生浴室的瓷砖是运用了一种名为阴影钻石错视的会引发视觉错觉的形状，总算让若松社长的死亡讯息再次显现出来，而现实出的字母竟是SON。

通过大和警官对若松社长死讯的调查，已经被毒杀的玉郎便是杀害自己父亲若松的凶手，这使案件更加扑朔迷离，柯南和服部一方面拜托高木警官改变方向调查仰慕若松社长的人，一方面开始调查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目标锁定在大家的拖鞋上，唯一没被检查的社长夫人却死在了自己的房间里。

社长夫人就好像是在签名的时候被默默溜进来的幽灵毒害了一样，就像是寄给服部奇怪信件的人类擅自虚构出来的不正常的存在所下的毒手。门把和拖鞋上所撒的毒粉只是掩人耳目的手段，而饥饿的玉郎也是因为贾斯特罗错觉选择了有毒的蛋糕，和高木警官的对话后柯南和服部已经知道了凶手的办案手法，但他们现在依然缺少决定性的证据。

阿笠博士为了鉴定古董壶的价值而在影音网站上传了影像，没想到却引起了这次的绑架事件。就在柯南等人重新购买咖喱食材的那段时间内，在家里的阿笠博士被电晕，而和博士在一起的步美也被绑架了，而绑架犯的目标却是让柯南他们寻找简讯中的猫，在柯南等人来回奔波时绑架犯又发来了讯息，声称找到猫的绑架犯释放了步美，但他们的真正目的到底是什么？

根据绑架犯的做法柯南判断是熟悉阿笠博士家的人所为，而最近前来查看古董壶的三组人便成了被怀疑的对象，他们所发来的小猫照片是小兰妈妈上传的音像，而这一切只是为了带走步美的借口，因为他们真正的目的是阿笠博士价值连城的波斯地毯。通过阿笠博士对三组人的描述后柯南锁定了目标，而步美的耳朵和真正地毯上都留有决定性的证据。

红色喷漆事件是近期发生的恶性连续破坏车辆案，没想到千叶警官的车子也遭到毒手，接到报警电话和由美警官一起赶来的女警新人竟然就是千叶警官的初恋情人淼子，知道这些的柯南等人顺水推舟让千叶和淼子一起调查此案，想要借此机会让迟钝的千叶回想起来，而在两人调查的地下停车场内却发生了追撞事故，而这次事故似乎与红色喷漆事件有着关系。

事故现场的三人里面可能就有近期恶性循环破坏车辆案的凶手，为了帮助迟钝的千叶警官步美等人用尽了办法，但不解风情的由美警官却时常打断两人的独处，在得知了真相之后由美仿佛看到了唯一单身的自己惨淡的生活，她对两人的妨碍更加变本加厉。在被破坏的车子中柯南看到了他们的共同点，这是凶手想要强迫闭上双眼的驾驶员睁大眼睛的报复行为。

照经营管理出租公寓的桐谷贵江婆婆的说法，小五郎每个礼拜都会到她家里帮忙解决难题，对此感到难以置信的小兰和柯南一起来到了桐谷婆婆家里等待，而出现的却是自称婆婆孙女男友的恩田，而他特地打扮成小五郎的目的只是为了探望婆婆的情况。婆婆管理的出租公寓内传来了惨叫，作为房客的傅川先生被害，而真正的凶手就在发现尸体的三个房客之中。

看似自杀的案件还存在着很多疑点，现场留下的物件和快速转台的情况让柯南明白了作案手法，而能够作为决定性证据的物品还藏在真正的凶手身上。奶奶受到的讯息让恩田的谎言不攻自破，而作为冒牌小五郎的他正处于尴尬的境地，察觉到背后隐情的柯南并不准备揭穿他，柯南还准备让这个冒牌的小五郎展现名推理指出真正的凶手。

动画原创。阿笠博士住在乡下的老友龙太郎那里刚好有元太他们想要的深山楸形虫，在柯南等人捉虫回来时却发现龙太郎大叔倒在了地上，门口的佛像也不翼而飞，再留下“深山楸形”几个字后龙太郎便晕了过去。与龙太郎有土地边界问题纠纷的周平和时常会偷盗佛像的庆都因与“深山楸形虫”有关系而被怀疑，经过调查而前往道之站的柯南认为凶手另有其人。

动画原创。少年侦探团在路上发现了一张地图，光彦认为这是闯空门犯罪的地图，于是去地图上做标记的三户人家去通知，就在大家准备把地图交给警官时，附近的香月先生被发现头破血流地倒在米花街道地下通道的台阶下，发现遗体的八木泽先生和他狗cool，地图也被偷走了，地图实际上是八木泽先生画的遛狗时要注意的三户人家，柯南认为犯人就在三户人家之中。

动画原创。正在和立野巡警交谈的柯南等人看到了精神恍惚的贵和子小姐，前去询问时才得知她要拜访的大冈先生死在了家中，今天前来拜访的贵和子小姐和久荣先生都是被大冈勒索的人，用勒索得来的钱财用来赌博的大冈让两人非常痛恨，但他们却说自己并没有杀死大刚先生，案发现场醒目的缩写字母K，这个令人疑惑的死前讯息成了破案的关键。

动画原创。急着跑进侦探事务所的千叶警官拜托小五郎找人，与他在咖啡馆相识的美绪小姐最近遭到了恐吓，从厕所回来的千叶警官得知美绪小姐似乎遇到了什么事而逃回家中，四处寻找拿错雨伞的美绪小姐时千叶警官又遭到了不明车子的袭击。正在和小五郎他们四处寻找美绪的千叶接到了通报，而卷入杀人事件中的年轻小姐便是美绪。

柯南和小兰跟着小五郎一起参加他的老朋友结婚前的庆祝会，在热闹的气氛中新娘加门初音小姐前往美甲沙龙做指甲，但是没想到两小时后初音小姐留下了“永别了”这句话后随着停车场的爆炸声变成了一具尸体，从掉落在案发现场的假指甲上采集到的皮屑与新郎伴场的DNA几乎完全吻合，而初音小姐雇来的侦探安室透也将事件的矛头对准了伴场。

被初音小姐雇佣的侦探安室透在调查伴场先生时发现了一件事，初音小姐和伴场先生都是从同一间饭店获救的婴儿，两人都是在身份不明的情况下在同一所教会中抚养长大，听到这些之后的初音非常在意。所有的证据都指向了伴场先生，在车底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，这背后或许有着令人悲伤的事实。

动画原创。在小兰的跆拳道社学姐镜堂奈奈美的邀请下，少年侦探团的众人来到了镜堂家寻找传闻中的宝藏，非常热衷建筑的上一代家主镜堂征太郎在这座宅邸中设下了各式各样的机关，而没有入口和窗户的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美带领他们在宅邸四处参观时突然听到了女性的惨叫声，奈奈美的母亲不幸从塔上坠亡，前去调查凶手的途中灰原却不见了踪影。

动画原创。在警方介入调查奈奈美母亲的坠亡事件时，少年侦探团的孩子们却不见了踪影，而现代当家的助手长濑先生也不见了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各样的机关，在塔内他们还遭到了神秘人物的追赶，当柯南反应过来时身边的伙伴们都消失不见，独自寻找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所说的话语，暗黑之塔宝藏的秘密即将揭晓。

动画原创。接受汀小姐的邀请小五郎一行人来到了大滨海岸，在汀小姐的家里小五郎等人遇到了她的丈夫海四郎，两人因为冲浪的事情起了争执。傍晚海四郎找到小五郎等人表示汀小姐不见了，看到汀小姐发来的短讯后海四郎先行回到家中，而第二天早上小五郎等人却在海滩上发现了汀小姐的尸体，而她的尸体旁边却没有留下任何足迹。

动画原创。在砂田善三叔叔的邀请下园子、小兰和柯南一起来到温室观看开花的金琥，在参观的过程中爱发脾气的善三叔叔和自己的两个儿子因为遗嘱的事情起了争执。吃过八代小姐做的晚饭后柯南等人听见了温室的警报声，赶过去的他们看到的是握着遗嘱惊慌失措的康之，而砂田善三已经死在了温室里。

通过新架设的侦探事务所网页得到了一份乍看之下很简单的委托，当小五郎带着柯南、小兰和安室前往更改的见面场所后依然没有见到委托人，再次回到事务所的他们又收到了委托人的讯息，佯装离开事务所的他们发觉了其中的蹊跷，再次回到事务所的他们准备揭穿嫌犯的手法，但在这时他们却听到了厕所里传来的枪声。

结束大致的案件询问之后柯南一行人决定开车送圭小姐回家，却发现圭小姐家中被安装大量的窃听器，在寻找窃听器的安装地点时竟然找到了一具男尸。另一方面跟着打算买东西的圭小姐而离开公寓的柯南被绑架，接到小兰的电话后阿笠博士立即和灰原在昴先生的陪同下开始追踪，而了解了事情始末的世良也前去和小兰会面。

带走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名强盗杀害的银行员贤也的女友，为了替贤也复仇的她一再犯下罪行。同一时间小五郎等人借助安室的推理逐渐逼近事件的真相，并马上前往最后一位抢劫犯的住处，另外阿笠博士和世良等人也赶了过来，而柯南已经跟着情奈前往可能是最后一位抢匪的三位女性那里。

柯南已经从对三位女性的拜访中知道了真正的凶手，情奈小姐敷衍并粗糙的犯案手法让柯南非常担心她事后会做出傻事，但柯南推理中的疏忽让两人陷入了危机。持枪的劫犯挟持柯南和情奈驾车逃跑，知道了情况的众人都紧跟其后，最终世良出手救下了柯南，在营救过程中安室和昴撞了个照面，而两人都露出了诧异的表情。

少年侦探团和阿笠博士被之前在露营认识的夫妻招待吃烤肉，柯南等人受到了夫妻俩的热情招待，当他们还在吃烤肉时丈夫表示找不到手机，夫妻两人便一起去客厅寻找，但手机却在庭院的椅子下面，当步美拿去给他们时却看到了骇人的一幕。事件看似是丈夫采取防卫时不小心将刀刺向了妻子，但柯南却从事件中感受到了强烈的不协调感。

从纯夏女士的电话留言和宅司的表情中柯南看出了这并非是正当防卫，而是宅司利用自己太太的习惯策划的谋杀，他的所作所为会让夫妻之间走到尽头。得知妻子没有生命危险的宅司从安心到负罪感到恐惧的变化验证的柯南的推理，他与灰原在阻止了宅司自杀后解除了夫妻俩的误会，知道真相的宅司陷入了无尽的悔恨之中。

动画原创。以幕末的长崎为舞台，有坂本龙马担任的侦探而活跃的推理剧，正在负责写脚本的编剧家耕作先生突然消失踪影，只写了一半的剧本则委托小五郎先生帮忙推理出剧中的真正犯人，调查了耕作房间的柯南等人发现了许多古董美术品窃盗团的简报，这一切似乎都有着隐情。失踪中的耕作先生利用邮件将后续的剧本传送过来，在剧本中出现了奇怪的台词。

动画原创。被袭击的迫田晕倒前指向了小兰，拥有空手道段数的小兰被怀疑，寻找到目击证人的柯南还从饰演过蝴蝶夫人的两位演员身上找到了小兰饰演角色的原型，而剧本内第二起杀人事件的死亡讯息也不知道蕴含着什么意义。案件变得更加扑朔迷离，拥有犯罪嫌疑的人越来越多，而在案件还没解决的情况下又有人遭到了袭击。