하이드 호텔에 도착한 코난 일행이 호텔 케이크 카페를 발견하자 마자, 주차장에서 큰 소리가 나고 주차장에선 송금 사기 주모자인 우에스미가 머리에 피를 흘리고 쓰러져 있는 걸 발견한 에피소드. 그 자리에 있던 일행은 정황 상 자살이라고 판단하지만 그 때 코난 일행과 같이 있었던 세라가 나타나 이 사건은 살인이라고 지적하고 돌연 자신은 코난과 같은 탐정이라고 밝히며 미소짓는다.

송금 사기의 주모자인 우에스미가 호텔에서 뛰어내려 자살한 듯 하지만 코난과 탐정인 세라는 누군가가 살해했다고 추리하는데 별관에는 한밤중에 유령이 나온다는 소문을 일행이 듣는 에피소드. 한밤중에 움직이는 전동 휠체어 이야기에 주목한 코난은 우에스미가 사용하던 휠체어에 남아있는 상처에 주목하고 코난은 현장의 상황에서 범인이 우에스미를 살해한 트릭을 간파, 거의 동시에 범인을 알아챈 세라가 모든 사람들 앞에서 고의로 서투르게 풀어놓은 추리를 들은 코난이 세라가 제시한 추리의 오류를 고교생 탐정 쿠도 신이치로서 바로잡는다.

모리 탐정 일행에게 사건을 의뢰하러 도쿄에 온 핫토리에게 먼저 모리 탐정 사무소에 우연히 와 있던 세라가 코난이 사건을 신이치에게 알려주는 조건으로 이 사건을 통해 동쪽의 쿠도와 서쪽의 헤이지 중 어느 쪽이 명탐정인지 추리 승부를 내자고 제안하는 도중 헤이지에게 레스토랑 화장실에서 남자가 죽어 소동이 일어났으며 첫 발견자가 손님을 가게에서 나가지 하지 말라고 점원에게 지시한 것 같다는 카즈하의 연락을 받고 패밀리 레스토랑에 도착하여 첫 발견자인 캐멀 수사관을 만나 사건을 수사하는 에피소드.

탐정 사무소에 작가인 미츠이, 유치, 니헤이가 온 후, 사와구리 이사오가 돌연 나타나 갑자기 권총을 들이댄다. 사와구리 이사오의 여동생인 사와구리 미쿠는 미스터리 작가로서 작가 3명과 SNS 친구였는데 지난 달에 사와구리 미쿠가 온천 여관에서 손목을 그어 자살한 상태. 하지만 이사오는 3명 중에 누군가가 살해했다고 생각하고 있어 결국 사건을 해결해 달라고 코고로에게 부탁한다. 이사오는 범인을 살해하고 자살하려는 생각이었는데 아가사의 집에 있던 코난은 이사오가 오기 전 세라의 제안에 란이 건 전화를 통해 사무소의 상황을 어렴풋이 깨닫게 된다.

사와구리에게 란의 휴대전화가 통화 중이었다는 사실을 들키지만 코난은 변성기를 사용해 쿠도 신이치로 연기해 사건을 해결하겠다고 사와구리에게 약속하고 사건의 자료를 사진으로 촬영해서 아가사 박사의 컴퓨터에 보내라고 지시한다. 그 무렵, 사무소 밖에는 특수 수사반인 SIT가 대기하고 있으며 특수 급습부대인 SAT도 범인을 저격할 기회를 노리고 있다는 사실을 알고 저격을 유도하는 언행을 과감하게 한 세라에게 란(미란)은 희생자를 내면서까지 신이치는 사건을 해결하지 않는 인물임을 알리게 된다.

미츠이를 범인이라 생각하고 살해하려는 사와구리지만 코난(신이치)은 통화중인 전화로 사와구리를 멈추게 하고 미츠이가 범인이 아니라고 밝힌다. 사와구리 미쿠의 데뷔작인 「사신의 장례」의 내용을 사와구리에게 알려주는데 이 작품은 사신의 환각을 본 연쇄살인범이 자살한다는 결말로, 사와구리는 사신의 환각을 본 미쿠가 자살했다고 생각해 동요한다. 그 때를 틈타 SIT가 사무소에 돌입해 사와구리는 체포되지만, 코난(신이치)는 「사신의 장례」의 내용을 도용하여 희생자를 만들려는 사와구리의 범행을 저지하기 위해 가짜 추리를 한 것임을 밝히게 된다.

코난과 란, 소노코는 세계 대회에서 우승한 쇼콜라티에인 츠지모토의 가게 오픈 행사에 초대받는다. 가게가 오픈한 다음 날에 츠지모토와 매장 책임자인 마유코의 약혼을 발표할 거라고 한다. 그러나 행사 중에 식탁보에 불이 옮겨붙는 바람에 츠지모토는 온 몸이 불길에 휩싸여 사망한다. 유미나가 경부는 불행한 사고라고 하지만, 코난은 매장 안의 이상한 점을 깨닫고 사고로 위장해 츠지모토를 살해한 범인의 교묘한 과학적 트릭을 간파한다.

카즈하와 헤이지가 범인의 초청을 받았다는 말에 코난 일행은 헤이지 일행과 같이 코헤이의 본가를 방문해 아내인 세리카에게서 사건이 일어났던 날의 이야기를 듣는다. 본가에는 사건이 있었던 날, 별장에 있던 아들인 이쿠로와 전무인 시이나 마사시게, 수석 디자이너인 후지나미 스미오, 비서인 사타케 요시미, 가정부인 요네하라 사쿠라코가 있었다. 사건 당일의 이야기를 듣는 카즈하 일행 앞에서 다음 사장을 노리는 이쿠로는 시이나와 후지나미가 가져온 바움쿠헨을 먹자마자 괴로워하며 쓰러지게 된다.

요네하라는 코헤이가 남긴 다잉메시지가 S였다고 증언한다. S 다음 글자는 손으로 가려져 안 보였다고 한다. 살해당한 아들, 이쿠로를 빼고 나머지 모든 사람의 이니셜은 S 였다. 그 후, 본가의 목욕탕 타일이 별장과 오사카 집의 목욕탕 타일과 같다는 것을 알게 되고, 코난과 헤이지는 그것을 보고 범인의 트릭을 간파한다. 그 무렵, 별장을 검증하던 야마토 경부 일행도 그것을 깨닫고 코헤이가 남긴 다잉메시지를 발견하지만, 뜻밖의 단어였다.

코난과 헤이지는 비서인 사타케가 한 말을 힌트로 범인이 이쿠로를 독살한 트릭을 간파한다. 코난과 헤이지의 예상대로 이쿠로의 방문 손잡이에서 범인이 묻힌 것으로 보이는 가루로 된 독이 검출된다. 독은 처음부터 이쿠로의 손에 있었던 것이다. 가루 독은 손잡이 근처 바닥에도 떨어져 있었고, 코난은 범인의 슬리퍼에 가루 독이 묻어있을 거라고 생각한다. 타일 이야기를 하지 않은 사장의 아내인 세리카가 수상하다고 생각하는 코난과 헤이지. 하지만 세리카는 서재에서 독을 먹고 죽어있었다.

이쿠로가 바움쿠헨을 먹기전에 손을 씻었다는 것을 알게되고, 그의 손에 독이 묻어있었다는 추리는 틀렸다는 것을 깨닫는 코난과 헤이지. 이쿠로의 방문 손잡이에 붙어있던 독은 가짜였다. 그리고 코난과 헤이지는 쟁반에 남은 두 개의 바움쿠헨에서 독이 묻어있는 조각을 이쿠로가 선택하도록 한 범인의 교묘한 트릭을 간파한다. 그들은 범인이 누구인지, 그리고 세리카를 살해한 트릭도 알아내지만, 증거를 찾아내지 못하고 있는 상황을 맞이하게 된다. 결국 용의자들이 음료수를 마시는 모습을 보고, 착시를 이용해 살인을 저지른 진범을 잡을 방법을 알아내게 된다.

코난은 겐타, 아유미, 미츠히코, 하이바라와 함께 아가사 박사님의 집에서 카레를 만든다. 그러다 박사님이 몇 년 전에 낡은 양탄자와 같이 구입한 항아리 이야기가 나온다. 박사님은 항아리의 가치가 궁금해서 동영상 사이트에 감정을 원한다는 영상을 올려두었다. 그 후, 코난 일행이 물건을 사러 간 동안에 집에 있던 박사님이 누군가에게 습격당하고 아유미가 유괴당하는 사건이 발생한다. 그러던 중, 아유미 휴대폰에 고양이를 찾으라고 범인이 보낸 문자가 도착한 것을 발견한다.

코난은 항아리 동영상을 보고 박사님 댁에 찾아온 젊은 자매와 중년 부부, 그리고 아버지와 아들 세 쌍 중에 범인이 있을거라 생각한다. 박사님은 좀 있어 보이려고 양탄자 위에 항아리를 두고 감정을 부탁했었다. 이상하게도 고양이 이야기를 한 사람은 없었는데, 코난은 범인이 찾던 고양이와 동영상 사이트에 올라온 키사키 에리의 고양이가 놀랄만큼 닮았다고 생각한다. 그리고 아유미가 납치당해서 겪은 일을 들은 코난은 범인의 진짜 목적이 다름 아닌 양탄자에 있음을 밝혀낸다.

코난 일행은 영화를 보고 돌아오는 길에 차량털이를 당한 차를 발견한다. 차 내부 천장에는 붉은 스프레이로 「죽어」라고 써져있었는데, 그 차는 알고보니 치바 형사의 자동차였다. 교통과의 유미는 같은 수법을 쓴 차량털이는 3건이나 있었고, 치바는 4번째 피해자라고 한다. 그 후, 백화점 주차장에서 추돌사고가 일어나고 동시에 차량털이를 당한 차도 발견된다. 차량털이 용의자는 주차장에 있던 메이와, 시게이, 후쿠치의 세 명으로 좁혀지게 된다.

차량 털이 용의자는 메이와, 시게이, 후쿠치 3명으로 좁혀진다. 코난은 피해자의 자동차를 여러 방향에서 찍은 사진을 확인한다. 그리고 무언가를 눈치 챈 코난은 유미에게 최근 이 근처에서 어린이 교통사고가 없었는지 묻는다. 코난의 추리대로 지난 달에 고등학교 선생님이 승합차로 사고를 냈었다고 한다. 유미에게서 자세한 이야기를 들은 코난은 차량털이가 노리는 차의 특징을 알게 되고, 용의자 3명 중에서 누가 범인인지 간파하고 함정을 파게 된다.

코난과 란은 코고로를 안다는 연립주택 주인인 키리타니와 우연히 만난다. 그 후, 코고로가 올 듯 해서 코난과 란은 키리타니의 집에 간다. 하지만 그곳에 나타난 것은 코고로 행세를 하는 대학생인 온다였다. 온다는 애인인 키리타니의 손녀에게 코고로 행세를 해달라는 부탁을 받았다고 이야기한다. 그런데 키리타니와 있었던 코난 일행은 키리타니가 주인인 옆의 연립주택에서 살던 덴카와의 사체가 발견된다. 코난은 사체를 발견한 주민인 반나이, 이시가메, 효우도 중에 범인이 있다고 생각하게 된다.

코난은 반나이, 이시가메, 효우도 중에 범인이 있을거라 확신한다. 그러던 중에 키리타니의 휴대전화에 손녀딸이 보낸 문자로 도착한 것으로 인해 온다가 털어놓은 이야기가 거짓말임을 알게 된다. 코난은 채널이 재핑될 때의 상황을 연립주택의 주인인 키리타니에게서 듣고 덴카와를 살해한 범인의 트릭을 간파한다. 한편 반나이와 두 명은 온다가 가짜 코고로라는 사실을 눈치채고는 추리를 해보라고 강요한다. 결국 온다는 진짜 코고로에게서 사건의 진상을 들었다는 코난의 지시에 따라 추리를 시작하게 된다.

코난 일행은 투구벌레를 잡기 위해 아가사 박사의 오랜 친구인 료타로가 사는 고신 지방에 간다. 밤이 되어 코난 일행이 곤충을 채집하는 동안 집에 있던 료타로는 누군가에게 습격당하고 료타로가 역에서 자랑하던 가마쿠라 시대 불상을 도둑맞는다. 료타로가 의식을 잃기 전에 남긴 「미야마사슴벌레(미야마쿠와가타)」라는 힌트를 보고 이케다와 케이가 용의자로 떠오르지만 코난은 다른 사람이 범인이라고 판단한다.

코난 일행은 도서관에 가다가 미츠히코가 누군가 직접 그린 지도를 줍는다. 지도에는 4채의 집이 그려져 있고 각각의 집 안에는 후지키, 카츠키, 오가, 에구치라는 성이 적혀져 있었다. 마지막으로 카츠키家를 방문하고서 어젯밤에 카츠키 에이타로가 지하 횡단보도를 건너다 사망했다는 사실을 알게 된다. 에이타로의 시신을 발견한 것은 명견인 쿨이며 이후 누군가가 지도를 훔쳐가고 코난은 방문했던 3집 중에 범인이 있을거라고 주시한다.

코고로와 함께 있던 코난과 란은 근처 주민과 서서 이야기를 하던 타테노 스미오 순경과 우연히 마주친다. 그 때 근처 집에서 코쿠부 키와코가 나오는데 코난은 키와코의 손에 피가 묻어있는 것을 보게 된다. 키와코가 나온 집에는 오오오카 젠키치가 살해당해 있고 현장에는 피로 K라는 다잉 메시지가 쓰여 있었으며 설탕이 엎어져 있었다. 그리고 코가네 카츠토시가 키와코가 오기 전에 오오오카의 집에 왔었다는 것을 알게 된다. 키와코와 코가네는 오오오카에게서 공갈 협박을 당하고 있었고 두 사람 다 이니셜이 K였다.

카페에서 자주 만나는 미오가 생명의 위협을 느낀다며 상담을 받은 치바 형사는 정말로 미오의 생명이 위험하다고 느끼고 코난 일행과 함께 미오의 집을 찾는다. 피해자는 3일 전에 교통형무소를 출소한 카라시마였는데 사건의 자세한 내용을 들은 메구레 경부는 정당 방위일 가능성이 높다고 생각하지만 코난은 사건 현장을 살펴보고 정당 방위가 아님을 알게 된다.

웨딩 이브를 맞은 예비 부부인 라이타 밤바와 카몬 하츠네를 축하해주기 위해 파티에 참석한 코고로 일행. 파티 도중에 네일 살롱으로 나간 하츠네의 전화를 받은 라이타는 갑자기 잘 있으라는 하츠네의 목소리를 듣고 비오는 가운데 주차되어 있던 자동차의 폭발 장면을 보게 된다. 경찰이 방문, 자동차 안에 있던 하츠네의 주검을 조사한다. 목격자의 진술로 미루어 정황 상 신부의 자살로 추정되지만 인조 손톱에 남아있던 피부의 유전자가 신랑인 라이타의와 유사한 것으로 나타나 라이타가 용의자가 된다.

사설탐정에 의해 신랑인 밤바가 신부인 하츠네를 죽이고 범죄 사실을 은폐했을 것이라는 추리가 나온 와중에 과거 하츠네가 자신과 밤바의 이야기를 듣고 표정이 굳어졌다는 사실이 드러난다. 어렸을 적 호텔 화재 사고에서 양측 다 부모를 잃고 본인만 목숨을 건져 동일한 교회에 맡겨진 과거를 듣고 코난은 슬픈 진실을 직감한다. 나중에 웨딩 이브에 화염 속에 다시 들어갈 운명을 맞이한 하츠네가 원래 자신의 동생이었으며 결국 자살을 감행했다는 추리를 들은 밤바는 하염없이 눈물을 흘리게 된다.

하이바라와 탐정단 일행은 모리 란에게 찾아온 나나미 선배의 집에 비보가 숨겨져 있다는 소식을 듣게 된다. 한편 비보가 숨겨져 있으리라 짐작되는 탑에는 출입구도 환기창도 없다는 것을 알게 된다. 하지만 나나미 선배의 엄마의 비명을 듣고 찾아간 탑에서는 여주인 미사코가 탑에 추락한 듯한 자세로 숨진채 발견된다. 함께 현장에 모여든 나나미 선배의 가족들은 순간 출입구나 환기창이 없는 탑에서 추락사한 듯한 여주인 미사코의 상태를 보고 당황하게 된다.

하이바라가 화장실에서 사라진 것을 계기로 비밀 통로가 있을 것이라고 직감한 코난 일행은 친구를 구하기 위해서라도 탐험을 강행한다. 한편 탐험을 진행하면서 탐정단 일행은 지하도에서 길을 잃고 해메게 된다. 하지만 코난은 다른 탐정단 멤버들을 구출하기 위해서 비밀 통로인 지하도를 순회한다. 한동안 지하도를 돌아다닌 코난은 이윽고 어두운 탑의 비보가 무엇이며 사건의 진실을 깨닫게 되고 어두운 탑에 감춰진 비보를 둘러싼 비밀에 대하여 밝혀내게 된다.

이마오카 나기사의 권유로 오오하마 해변을 방문하게 된 코고로 일행은 험한 날씨에 바다에 나가고자 하는 나기사와 그런 아내를 말리려는 카이시로의 언쟁을 보게 된다. 이후 아내가 사라졌다며 카이시로가 코고로 일행의 숙소를 방문하게 되나 나중에 카이시로가 아내의 행방을 문자로 알려온다. 이튿날, 해변가를 걷던 코고로 일행은 나기사의 시체를 보고 파도치는 바다에서 서핑을 하다가 사고로 목숨을 잃었다고 판단하지만 코난은 35세 연상의 남편 카이시로를 범인으로 판단하는데...

소노코의 숙부인 스나다 젠조의 온실을 방문하게 된 코난과 란 일행은 온실에 있는 금장 선인장을 보는데 장남인 야스유키와 차남인 나오키가 나타난다. 프로 골퍼인 야스유키와 수입차 딜러인 나오키는 아들들에게 유산을 주지 않기로 유언장을 고쳐 쓴 젠조와 마찰을 빚는다. 그 후 코난 일행이 거실에서 가정부인 야츠시로 미사와 이야기하고 있는데 온실 방범벨이 울린다. 코난 일행이 온실 앞으로 가니 그곳에는 유언장을 손에 들고 있는 야스유키가 있었고 온실 안에는 젠조가 쓰러져 있는데...

케시츠카 케이는 얼마 전에 사망한 오빠의 유품에서 열쇠를 찾아내고 그 열쇠에 맞는 동전 사물함을 찾아달라고 코고로에게 의뢰한다. 약속한 날, 코고로는 케이를 가장한 남자에게서 문자를 받고 외출한 사이 남자는 사무소 직원인 척 하고 케이를 만나 그녀를 꽁꽁 묶은 후에 열쇠에 대해 캐물었다고 한다. 코고로 일행이 사무소로 돌아오자 남자는 초조해하며 자살하고 코난은 케이의 증언을 듣고서 거짓말이라는 것을 알아챈다.

화장실에 들르려고 케이의 방에 들른 코난 일행. 방에 도착하자마자 아무로는 방에 도청기가 설치되어 있다는 것을 눈치채고 도청기를 찾아내기로 한다. 그 사이 코난은 물건을 사러 간다는 케이를 따라 그녀의 차 뒷자리에 타게 되고 코고로는 방에서 남자의 사체를 찾아내게 된다. 그로 인해 아무로는 케이가 들키는 것이 두려워 도망쳤다고 추리하는데 그 무렵, 코난은 케이가 준 주스를 마시고 잠이 들게 된다.

케이의 본명은 우라카와 세리나였으며 은행 강도에게 살해당한 켄야의 여동생이 아닌 같은 은행에 근무하던 직원이었다. 세리나는 강도 3명에게 복수하기 위해 계획을 세웠으며 탐정사무소 화장실에서 발견된 진짜 케이는 은행 강도들 중 한 명이었다. 코난은 세리나가 자살로 가장하고 케이를 살해했다고 추리하는데 케이의 멘션에서 사체로 발견된 몸집이 작은 남자도 강도였다. 마지막 강도를 찾아내려고 3명의 여성에게 접근하는 코난은 세리나와 그 세 명의 집을 방문하기로 한다.

개별적으로 3명의 집에 방문한 코난은 누가 홀쭉한 강도인지 알아냈지만 알려줄 수는 없다고 세리나에게 말한다. 코난은 세리나가 강도를 살해하고 자살할거라고 생각하고 있었기 때문이다. 한편 아가사와 하이바라, 스바루는 코난을 구출하러 출발하고 아무로는 코고로와 란과 함께, 그리고 세라도 각각 강도의 집으로 가고 있었다. 결국 코난은 자수하겠다고 약속한 세리나에게 누가 강도인지 알려주지만 코난의 이야기를 몰래 엿들은 권총 강도 일행 중 한 명이 현장을 습격하게 된다.

캠핑장에서 알게 된 인연으로 코난 일행은 초대된 곳으로 가게 된다. 바람기 있는 타쿠시와 질투심 많은 스미카는 코난 일행 앞에서 화려한 부부싸움을 시작하고, 타쿠시와 스미카는 사라진 휴대폰을 찾으러 거실로 간다. 그 후, 안뜰에서 휴대폰을 찾아낸 아유미가 거실을 들여다보니 스미카가 타쿠시에게 칼을 휘두르고 있었다. 큰일이 난 것을 알게 된 코난 일행이 거실로 달려가자 가슴에 칼이 꽂힌 스미카가 쓰러져 피를 흘린 채 발견된다.

휴대폰을 발견하고 타쿠시와 스미카 부부에게 전해주러 가는 아유미를 우연히 동영상으로 찍고 있던 하이바라. 코난은 그 동영상을 보고 스미카의 휴대폰에 음성메시지가 남아있는 것을 발견한다. 음성메시지에는 스미카가 타쿠시를 위협하던 순간의 목소리가 남아있었다. 코난은 음성메시지 마지막에 「멈췄어?」하고 익살맞게 말하는 것을 듣고서 예상치 못한 사고의 진상에 도달하는데 갑자기 스미카의 퇴원 소식을 들은 타쿠시가 사라져 버린다.

나가사키에 여행을 온 코고로와 코난, 그리고 란. 그곳에서는 탐정인 사카모토 료마가 살인 사건에 도전하는 드라마를 촬영하고 있었다. 하지만 각본은 미완성인 상태였고 범인을 모르는 채 촬영을 시작했다고 한다. 극본가인 타츠미 코우사쿠는 호텔에서 실종되었고 다음 날에 이어지는 각본을 스탭에게 보냈다. 코난은 각본에 있는 암시적 대사가 타츠미의 메시지라고 생각하고 실종된 이유와 관련이 있을 것이라 추리한다. 그 후 제작진 중 1명이 얻어맞는 사건이 발생해서 촬영 현장은 긴장감에 휩싸이는데...

코난은 나비부인 역할을 오페라 가수인 미우라 타마키씨와 키와 테이코씨가 맡았다는 것을 알고 란의 역할인 미우라네 오테이와 무언가 관련이 있을거라 확신한다. 란의 무죄가 증명되고 나자 경찰은 이 부근에서 목격되었다는 타츠미 코사쿠를 범인으로 의심하고 코난은 드라마의 '九'라는 다잉 메시지가 현실의 범인과 연결되는 힌트라고 짐작한다. 그러던 중에 사자나미 쵸지로가 전망대 근처에서 타츠미에게 맞는 사건이 발생한다. 다음 날 코난은 촬영장면을 발판으로 삼아서 진실에 가까워지는데...