【主线剧情】少年侦探团一行人坐阿笠博士的车去露营，但车子因为没油停在了半路而进退两难，正好古董车车主周藤豪贵路过此地，他不但没有帮助柯南他们还留下了狠毒的话离开，没过多久山上的别墅发生了爆炸事件，当大家赶到时，看到的却是在熊熊大火中燃烧的古董车和他悲痛欲绝的未婚妻银林惠奈，乍看似乎是起意外事故，可惠奈的态度引起了柯南的怀疑，难道凶手就是她？

从其他人的谈话中，柯南得知在这起爆炸事件发生之前，曾经也有油桶被打翻的情况，并且周藤豪贵死前所穿的衣服是未婚妻银林惠奈所送的羊毛衫，根据这些线索再加上灰原无意的提示，柯南将凶手锁定，他以警方要录口讯为由将不知情的凶手带走，并在车库中重现犯案时所用的手法让她自己露出了马脚。

柯南和小兰来到妃英理的事务所，期间，女子柔道冠军有沢悠子前来拜访，为了商量让她丈夫困扰的跟踪狂事件，一行人准备前往有沢家调查，不想出发前，她的丈夫说自己正在参加朋友的守灵可能会晚点回去，于是大家决定吃完晚饭再去会面，没想到当柯南他们如约到达时，有沢的丈夫已经陈尸家中，柯南和妃英理都察觉到有沢悠子很可疑，可是她却有不在场证明。

因为柯南和妃英理一直想不出嫌疑人有沢悠子所使用的手法，小兰趁机怂恿妃英理打电话给小五郎，没想到电话另一头却传来打麻将的声音，气愤的妃英理挂掉电话后，突然想起了小五郎以前常常使用的录音小把戏，如果死者也曾使用同样的手法骗有沢悠子的话，那么关于这起案件的所有的疑问都能迎刃而解。

最近，都市里出现了一名专门袭击长发女子的榔头男，警方根据目击者的通报找到了榔头男的住所并在周围展开了监视，期间，有三个人陆续进出过榔头男的房间，他们分别是宅配快递员、机车送货员和披萨外送员，考虑到这可能是凶嫌所使用的调虎离山计，警方匆忙冲进了他的房间，不想却发现一名疑似榔头男的人倒在屋内。

在屋内调查的过程中，柯南发现了多处疑点，干净的浴室、没有插电的刮胡刀、消失的牙刷以及洗衣机内的衣服，就在他苦思冥想到底谁是凶手时，园子无意中的一句话提醒了他，原来榔头男从一开始就不存在，这不过是都市传而已，就在目暮警官等人一头雾水时，柯南将园子麻醉，利用变声领结道出了真相。

30年前，庄堂胡桃被一位少年从车祸中救回一命，如今，她想把偶然中得的一亿奖金转送给自己的恩人，线索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海滩的记忆，期间，有两名男子前来认领，为了辨认谁才是正牌货，柯南他们来到了庄堂家，没想到在这里碰到了正在追查快要超过追诉期的杀人案的目暮警官，因为那名凶手身上也有一道伤痕。当晚，小五郎泡澡的时候，发现管家保谷泰辅背上有一道伤痕，胡桃回忆中的少年究竟是谁呢？

保谷的背上也有一条笔直的伤痕，保谷是犯人的可能性大幅提升。柯南从小五郎那里详细了解了20年前的事件经过之后，开始整理与少年有关的信息。柯南感觉少年就在这3个人当中。随后，大家在享用夜宵寿司的时候，柯南向小五郎发射了麻醉枪。柯南讲明了谁是那个少年。之后，目暮警部对剩下的2人展开了是否是20年前的犯人的甄别……

犯罪心理学家平栋在自家公寓被杀。在平栋的背上留下了一号类似“Z”的伤痕，目暮警部等人认为案犯是与松本追捕的连续杀人犯为同一人。赶往现场的松本指示佐藤刑事等人要详细搜查，高木则被派往调查过去3名受害者的家属与平栋事件之间的联系。柯南在听过高木有关调查3名受害者家属的情况后，发现了相连的共同点……

柯南和高木警官找到了4位被害人一起打麻将的麻将馆。根据店员的说法，4个人一边推理案件一边打麻将，但在说完完全犯罪的话题后，除了平栋以外就没看到其他几个人。而且柯南等人还得到了有可能是犯人的客人的消息。那位客人是因为强盗杀人而服刑15年，前几天才刚刚出狱的鬼保独郎。虽然抓住了鬼保但是……

动画原创。传说中的幽灵鬼屋里住进了一个奇怪的大叔，但当柯南他们赶去调查时看见的却是整齐的庭院。不幸的是这个整理庭院的大叔第二天就因病去世了，在庭院门口，少年侦探团遇到了前来取画的画商并从他的口中得知住在这里的人是画家和田，可是大家找遍了房子也没能找到画作，就在他们要放弃之时，来了两名前来看画的客人，而这个人正是和田失忆的阿姨，为了让疼爱自己的阿姨恢复记忆，和田到底创作了怎样一幅画？

动画原创。小五郎、柯南和小兰去镰仓看绣球花的时候遇见了一桩命案，死者是资产家矢口九卫门，警方立刻联系了死者的儿子禄郎、明彦和公夫，分别对他们进行侦讯，发现每个人都有作案动机和嫌疑，但他们却有不在场的证明。死者的三个儿子不但没有为父亲的死感到悲伤反而因为遗产分配问题争吵不休，看透真相的柯南将小五郎麻醉道出老先生的死因以及一个父亲的哀伤。

铃木次郎吉宅邸中的大保险柜——铁狸，是由幕府末期的机关师三水吉右门卫制造的无法攻陷的最强保险柜。针对铁狸，怪盗基德抛出了挑战书，扬言自己将打开那个击退了无数盗贼的坚固门扉，然而在铁狸外，次郎吉安装了与重量传感器联动的防盗装置，任谁想要接近保险柜都极其困难。在预告作案的当天，中森警官率领警队进行了严密的布防，可是基德的第二封预告信还是出现在了保险柜前，难道他已潜入宅邸？

柯南对于次郎吉在对付基德的警备配置过程中奇怪的行动困惑不解。根据瑞纪所言，最近他在日常生活中也有许多让人不解的行为。唯独晚餐要在自己的房间内享用，其后必定会少掉两张盘子。看上去神采奕奕，可是视察铁狸的时候却柱着拐杖，有时会一个人在房间内似乎在和谁交谈。就在柯南反复思索这一系列无法理解的行动时、预计基德会现身的时刻。次郎吉却义无返顾地扬长而去。当中村警部再次确认铁狸时……

动画原创。小五郎受浦生良造的委托帮忙找能够证明他清白的目击证人，本以为小事一桩，没想到出乎意料的困难。几日之后，浦生良造的遗体被人发现，因为五年前他曾有过含冤被抓的经历，因此不愿再次承受这样痛苦的他选择了自杀，然而，小五郎认为这是一起他杀事件，于是他联手老友竹冈一起调查。之后，他们找到了死者的外甥京介并将他锁定为嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，与此同时也找到了他的不在场证明，小五郎认为这都是自己所造成的结果，于是决定摘掉事务所的招牌。

动画原创。柯南认为这并非单纯的自杀事件，期间一定存在凶手X，于是他匆忙跑去调查，与此同时，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察觉到了蛛丝马迹，当他赶到与浦生良造初次见面的餐馆时碰巧遇见了柯南，两人一起寻找线索，虽然关键性的证据被暗中袭来的凶手抢走，但小五郎还是知道了凶手是谁，面对真相与友谊，身为侦探的小五郎该做何选择？

【主线剧情】前往海边钓鱼的柯南等人，在和代替阿笠博士来迎接他们的冲矢昴一起回去的路上，顺道去了有着神奇传说的一角岩参观，在这里大伙儿看到岩石上面刻着“青鱼、鲤鱼、鲷鱼和比目鱼”四种鱼名并且还发现了一名身穿潜水服的女性遗体，虽然状似意外脱水而亡但这却瞒不过柯南的眼睛，根据口红和调节器他推断出这是一起杀人事件。

【主线剧情】根据岩石上的暗号以及死者潜水表上刻意抹去的字，步美、光彦和元太三人展开了讨论，虽然没有揭示出这些信息的含义但柯南和冲矢昴却从他们那里得到了启示，就在与死者一起潜水的三个同伴吵闹着要离开一角岩时，警察却在柯南的提醒下找到了杀人犯，没想到凶手竟然以步美为人质想要逃脱抓捕，所幸冲矢昴出手相救，然而这个成为大家英雄的人却总给灰原一种无形的压迫感。

动画原创。柯南、小兰和小五郎在百货公司吃饭的时候，结识了乐队吉他手中村悠介，之后，小兰和他一起去地下室拿取CD，没想到竟然在休息室看到了主唱渡边友纪子的尸体，警方立刻展开调查并且对乐队其他人进行侦讯，每个人都有杀人的动机和嫌疑，就在他们互相指责怀疑之时，柯南在八楼发现了关键性的线索，凶手果然就是那个人！

动画原创。小五郎曾抓捕过的杀人犯富樫文孝，在假释的第二天再次因为杀人被抓进了警局，小五郎深信决定重现做人的他不会再做出这种杀人的事情，便在侦讯室里劝导他说出真相，可是富樫却一直保持沉默。另一方面，柯南和高木警官再次来到案发现场进行调查，根据目击者的证词以及附近便利店的监视影像，柯南发现事情的真相并非那么简单，因为案发现场除了富樫还有另外一个人。

传说中驾驶白色FD横扫冬名山的银白魔女，引起了小五郎调查的兴趣，于是，他带着柯南和小兰向冬名山进发，浓雾弥漫的山中魔女的FD果然出现了，小五郎拼命追赶，而魔女却消失在没有路的云雾之中，他立刻与正在盘查的山村警官联系并拦下了所有的白色FD，有三组车手接受了盘查，银白魔女是否就在他们之中？

这三辆白色FD的后备箱中分别放置了钓鱼杆、高尔夫球袋和橡皮艇，就在警方准备进一步调查时，曾经与银白魔女有过一面之缘的山村警官的奶奶否认了银白魔女就在他们其中，虽然没能找到魔女，但柯南却注意到有一组车手的供词中有疑点，于是，他和小五郎再次驶向雾蒙蒙的冬名山，而魔女的白色FD也再次出现，这一次他们能成功狩猎魔女吗？

动画原创。游戏公司社长的恩田和美遭到凶手枪击身亡，小流氓大岭良介涉嫌重大因此被通缉，他在购物中心劫持一名少女作为人质正打算逃跑时，被柯南发现，他成功救出了女孩但自己却成为了新人质，大岭驱车摆脱了警方的追击，带柯南来到一处地下室躲藏，期间，柯南试图逃跑却遭到不明人士的枪袭，所幸大岭出手相救，柯南开始怀疑这个为自己负伤的人是否真的是杀人犯，或许这起杀人案的背后还隐藏着不可告人的内幕！

动画原创。差点被警察发现的柯南和大岭及时被阿笠博士带走，之后小五郎也赶到阿笠博士家，听完柯南的分析，大家决定先找到大岭当时所使用的空包弹手枪，被柯南找到的手枪成为了大岭洗清嫌疑的关键证据，接下来就是寻找将罪名嫁祸给大岭的真凶，柯南再次前往遭到枪袭的地下室，并在这里发现了凶手留下的线索，为了让凶手自己露出马脚，柯南计划了一出好戏……

阿笠博士与柯南、少年侦探团、哀来到回转寿司店。客人我妻有意刁难元太，并木店长提醒他后却反而被他威胁“我要搞垮你的店”。身为知名美食作家的我妻放出豪言说，凭一篇报道就能逼得你一星期内关门大吉。骚动过后，我妻吃完寿司却遭到毒杀。能够在盘子上涂毒的只有与我妻有过争执的并木，加上别的客人相园、武村总共3个人……

目暮他们思索犯人是如何让我妻拿取有毒的碟子。阿笠推理认为毒是被涂在我妻点的寿司上，可是与我妻有过宿怨的武村、相园、并木无法做到在盘子上涂毒。之后柯南从元太的话语中得到提示注意到了某件事，从可以自由地拿取一次性手巾这点上看穿犯人使用的巧妙手法。于是柯南假借阿笠的声音的解决剧即将上演……

日卖电视台的特别节目《全国小岛先生选手权大赛》即将开始，冠军将会赢得一千万元的奖金和一幅价值不菲的水墨画轴，幸运的是元太的父亲经过层层筛选获得了参加决赛的资格，然而，就在比赛开始之前，主办者小岛权作不知被谁推下了楼梯因而导致死亡，其中能够使用这个楼梯的人就只有进入决赛的三名小岛先生，元太的父亲也成为了嫌疑人之一，问题的关键是到底谁才是元太的爸爸？

警方在将这三个嫌疑人分开侦讯之后，又在死者的包里发现了一把手枪和强盗集团百鬼夜行留下的字条，并从小岛权作的秘书那里得知，他举办此次活动是为了寻找杀死自己爱犬的同叫小岛的强盗头目，于是柯南利用与死者相同的方法找出凶手，虽然证据被销毁，但他巧施妙计让凶手自己主动承认了罪行。

动画原创。为了让扭伤脚的柯南疗养脚伤，大伙儿一起来到城崎温泉，然而，小兰却突然失踪，柯南从光彦他们所拍的照片上看到小兰和一个小女孩在一起，同时照片上还出现了一个行踪可疑的男人。这时，柯南他们遇到了服部，他受人委托前来找一个叫阳菜的女孩，而她正是和小兰在一起的那个孩子。据阳菜的父亲周平所说，在阳菜失踪的同时他美术馆里的展品彩虹之子也不翼而飞。就在大家四处进行寻找时，阳菜和小兰遇到了危险。

动画原创。从昏迷中醒来的阳菜趁父母争吵之际悄悄溜出医院，按照歹徒的指示去拿彩虹之子，而这一切都在柯南的预计范围内，他让服部暗中进行追踪，期间，小兰用她捡到的步美的徽章联系上了少年侦探团并暗示她所在的地点，虽然歹徒发现了服部等人，但柯南还是找到了阳菜和歹徒要去的地方，见势不妙想要逃跑的歹徒被得到救援的小兰一招制服，然而，幕后的指使者却另有其人。

动画原创。小五郎，柯南和小兰三人在前往泡温泉的路上遇到了一起交通意外，其中驾驶红色车子的速水当场死亡，另一位车主车谷整司则身受重伤，据当地交警说发生车祸的原因可能是因为冲撞路线现象，但柯南却并不认为这是单纯的交通事故，因为他之前曾在便利店见过这两辆车子，当时明明是开往不同的方向为什么会如此巧合的发生相撞，调查之后，事情果然如他料想一般，这是一起有预谋的杀人案。

阿笠博士的金龟车在半路抛锚，导致他和灰原只能在路边等便车，碰巧这时来了一辆前往东京的车子，车主是一对古怪的情侣，并且灰原还在车内发现了弹孔和血迹，更恐怖的是她听到这对情侣说要找到柯南把他弄个半死之类的话，惊恐的灰原趁机打电话向柯南求救，没想到一直按照柯南指示的她竟然被这对情侣抓个正着，这两个人是黑暗组织成员吗？柯南又是出于什么原因让灰原和博士乖乖被抓？

这两人竟然是长野县警官上原由衣和大和敢助，他们此次前来的目的是让柯南和小五郎帮忙破解沾满鲜血的赤壁之谜！于是一行人来到案发的希望之馆，这里曾经住着六个很有才华的年轻人，自从三年前一名女性小葵心脏病发去世之后，她的丈夫明石周作就独自一人留在馆内生活，可是他却被人锁在馆内的屋中活活饿死，如今能看到的只有他留下的奇特死亡讯息，这时，大和警官的死对头诸伏高明警官也来到馆内进行调查。

意外的是门把上留下的指纹竟然是诸伏高明警官的部下，为找寻更多线索，大和刻意让柯南跟着高明警官去曾经住在别馆里的翠川尚树、山吹绍二、百濑卓人和直木司郎家进行询问，高明警官谎称在门把上检验出他们的指纹来观察他们的反应，不所料直木司郎听说了这件事之后神色紧张，就在大家以为他是凶手，准备进一步进行调查时，直木司郎被人杀死，而他家里的其中一面墙壁被涂成了红色。

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三个嫌疑人展开询问，可是每个人都有不在案发现场的证明，与此同时，只身一人在公馆思考赤壁之谜的高明遭到了凶手的袭击，在失去意识之前他向大和传了一条“孔明之死”的讯息，当柯南他们赶到公馆后这里已是熊熊大火，所幸上原由衣及时将高明救出，把他送到医院的时候，小兰对医生们不同颜色的衣服表示好奇，而这个问题正好给了柯南和大和提示，让他们破解了赤壁之谜！

案件终于有了眉目，就在柯南和大和针对谜题展开讨论时，高明从昏迷中苏醒，三人一起计划了一出空城计。他们故意对三个嫌疑人放出关键信息，引诱他前去直木司郎家找重要的证据，果然不所料凶手暗中潜伏在直木司郎家附近，为了让狡猾的他放松警惕，柯南联合小兰、大和等人上演了一场能证明周遭没有警察的犯罪戏码，引诱凶手自投罗网。

动画原创。小五郎受邀来到Nijimura品牌店，却正好目击社长仁地村被人绑架的画面。社长的妻子兼副社长沙希，按照绑架犯的要求带着一亿赎金搭电车解救人质，就在电车开往中户吕铁桥的时候，沙希按照指示将包包从窗户丢到河里，而此刻正赶上泄洪，包包随着增加的河水被冲走，待警方在五公里外的河岸发现时，赎金已经被犯人拿走，而社长仁地村也被杀害。虽然事情已经结束，但柯南和小五郎却重返现场进行调查，并发现……

【主线剧情】为了陪光彦把压岁钱存进账户，柯南、步美和灰原等人一起来到帝都银行，可元太因为吃太多胃痛了起来，就在博士和灰原外出买药期间，一波带着面具的抢匪突然闯进银行，前来取钱的茱蒂老师以及一名貌似赤井秀一的人也成为了他们的人质，虽然茱蒂用美人计在厕所独立击倒一名抢匪，却不幸被同伙发现，事已至此，少年侦探团成为了将徒制服的唯一希望！

【主线剧情】柯南用变声领结将其中一名抢匪引到厕所并和大家一起将他制服，根据茱蒂老师提供的线索即抢匪注重时间以及让认识的人互相捆绑这两点，柯南推断出了抢匪的目的以及他们的逃跑计划，于是，少年侦探团在柯南的指挥下相互配合，争分夺秒的把即将爆炸的炸弹送进电梯里，之后，柯南又将计就计把混在人质中剩下的三名人质揪了出来，本以为一切就此结束，没想到……

动画原创。为了出席宴会，小五郎来到一家理发店刮胡子，这里除了店长还有一名正在敷脸的客人，就在小五郎享受敷脸的时候，店内突然发生巨响，他和那位客人拿掉毛巾后，发现店长已经横尸躺在了地上，在尸体的旁边有一个假发和飞镖，根据这些警方将嫌疑犯锁定在飞镖爱好会中的三名成员，而且三个人都有犯罪的动机，这时，步美提供了重要的证词，柯南也发现了事情的真相，没错，凶手就是他！