コナンは歩美、光彦、元太、灰原と共に阿笠博士が運転する車でキャンプ場へ向かうが、途中でガス欠になってしまう。その時、クラシックカーが通りかかり、その車を停車させる。事情を説明してガソリンスタンドまで乗せて欲しいと頼むが、運転する男性は「一生、ここで待ってなよ。クソジジイ」と毒づいて走り去ってしまう。

弓長警部は別荘にいた恵奈らに事情聴取を行い、豪貴が別荘に来た時、何をしていたかを確認。皆は王様ゲームをしていたと口を揃え、部屋に全員集まっていたと証言する。話を聞いた弓長は仮に発火装置があったとしても誰も操作できなかったと考える。続いて弓長はガソリン入りのポリタンクが運悪く倒れた理由を質問する。

英理は柔道の元全日本王者、有沢悠子から相談を受けている事を蘭とコナンに明かす。悠子の夫、嗣郎はストーカーに狙われているとビクついているという。だが、嗣郎の勘違いの可能性が高く、英理が家へ行って盗聴器や隠しカメラの有無を調べる事に。英理は悠子、コナン、蘭とホテルで食事した後、悠子の自宅へ。到着して間もなく、コナンは納戸で絶命した嗣郎を発見する…。

柔道の元全日本王者、有沢悠子の夫、嗣郎が絞殺される。英理は悠子が嗣郎にかけた電話の事が引っ掛かり、悠子が犯人と推理する。だが、死亡推定時刻の午後９時前後は一緒にホテルで食事をしていた。悠子が席を立ったのはトイレに行った10分のみ。英理、そしてコナンはどのような方法で嗣郎を殺害したか、推理を巡らせる。

米花公園で女性がハンマーで殴られる事件が発生。身長180センチ以上もあるという犯人はハンマー男と呼ばれ、髪の長い女性ばかり４人が被害者に。蘭と園子がハンマー男の話題を話していると、一緒にいたコナンが高木刑事と佐藤刑事を発見。２人はマンション３階の一室にいると思われるハンマー男を張り込み中だった。

証拠を掴むため、ハンマー男の部屋を調べる事に。ハンマー男が180センチ以上あるという噂を聞いていた蘭は実際の身長が低かった事に驚くと、高木は噂が一人歩きした都市伝説だと説明。コナンは都市伝説という言葉が引っ掛かり、部屋の状況を思い出す。コナンは園子に麻酔銃を発射。園子の声を借りた推理劇が始まる…。

蘭は名家のお嬢様が宝くじで1億円当選したTVニュースの事を話す。お嬢様は子供の頃に旅先で事故の時、庇って大ケガした少年にお礼として宝くじをあげたいと話していて、少年には傷跡があるらしい。その時、噂のお嬢様が現れる。その少年だという２人が名乗り出てきたため、小五郎にどちらが本物か見極めて欲しいという。

コナンは少年に関する情報を整理する。少年は海や魚に詳しく、真っ正直な性格。好きな物はジンジャーエールと寿司、焼きそば。あだ名はガリ。そして、子供の頃の楠本は痩せていて、伴場は勉強の虫だったという。情報を整理したコナンは誰が思い出の少年だったかに気付く。そして、コナンは庄堂にある相談を持ちかける。

連続殺人犯の時効まで後３日。TVに生出演した犯罪心理学者の平棟堂次は時効まで身を潜める犯人に対し、自分の所に来いと挑発する。平棟は歩美と同じマンションの住人で、歩美と哀がマンション入口で口笛を吹く男を目撃。コナンはその事を高木刑事に電話で伝えた後、平棟の部屋を訪ね、絶命した平棟を発見する。

コナンは被害者３人の遺族の話を聞き、共通するのは麻雀用語と土曜の夜に外出していた事と気付く。平棟がTV出演した時のコメントにも麻雀用語が使われていたため、コナンは土曜の夜に４人がどこかの麻雀荘で一緒に麻雀をしていたと推理。コナンは高木刑事、少年探偵団、哀と共に４人が立ち寄りそうな麻雀荘を探しに行く。

元太は荒れ放題の洋館に変なおじさんが住み始めたとコナン、光彦、歩美に報告。偵察に行く事に。コナンらは住人の和田六郎と不動産屋の獅子倉安夫が言い争いながら屋敷から出てくる場面に遭遇する。翌日、元太は和田が亡くなった事をコナンらに伝える。コナンらは和田が屋敷に越してきた理由が気になり、屋敷を訪ねる。

鎌倉へと旅行に来ていたコナンと蘭、小五郎はお寺を探して坂を上ると、そこにはお屋敷が。地図を見ていると、銃声が轟き、屋敷の裏手から男が逃走。コナンは屋敷の書斎で絶命した老人を発見する。被害者の資産家、矢口久衛門は猟銃で至近距離から胸を撃たれ、部屋にある金庫のダイヤルには無数の傷跡が残されていた。

怪盗キッドが鈴木次郎吉に予告状を送りつける。キッドの狙いはカラクリ師、三水吉右衛門の鉄狸と呼ばれる大金庫。だが、予告状の絵がいつもと違うため、次郎吉はキッドの偽者と考え、中森警部にも協力を強く求めない。園子は次郎吉が落ち着いている事に違和感を覚える。コナンもこの事件の裏には何かあると確信する…。

コナンは次郎吉の一連の不可解な行動を振り返り、予告状の行の最後に書かれた７つの文字から何かに気付く。そこへやってきた瑞紀は部屋のクローゼットに眠った次郎吉が縛られていると報告。中森は部下と共に次郎吉に変装したと思われるキッドを追って外へ。そして皆がいなくなった金庫室前。そこにキッドが姿を現して…。

古美術商の衣笠栄が殺害された事件の犯人として警察に疑われる消費者金融オーナーの蒲生良造。蒲生は曙町でのアリバイ証人探しを小五郎に依頼する。だが捜査は難航し、小五郎は催促の電話を毎晩もらう。小五郎は蒲生に進展がないと報告。蒲生は「絶望だ」と落胆して電話を切る。翌朝、郊外で蒲生の首吊り死体が発見される。

小五郎は衣笠殺害事件で無実の新井を犯人と疑い、自殺に追い込んだ責任を取り、看板を下ろす事に。蒲生が自殺した日、隣の住人が新井の声を聞いたのは午後８時頃。コナンはその時間が８時半以降なら新井の犯行が可能だと訴える。自分自身で事件を解決すれば小五郎が立ち直ると考えるコナンは事件を振り返り何かに気付く。

神奈川の島の防波堤で江尻太志と海釣りを楽しんだ少年探偵団。沖矢昴が漁師、井田の漁船に乗ってコナンらを迎えに来る。船上から夕日を眺めている時、歩美が一角岩に気付く。すると井田は一角岩の伝説について語る。コナンらは漁船から降りて一角岩に立ち寄る事に。そして脱水死したウエットスーツ姿の女性を見つけ出す。

ダイビング中に行方不明になった赤峰光里が一角岩で脱水死した状態で発見される。光里は岩壁にダイイングメッセージを残していた。一緒にダイビングをしたのは大戸、青里、開田の３人。大戸によれば、光里は海の中は１人になりたいとワガママを言い、半年前にもそれが原因で光里が潮に流されるトラブルがあったという。

特設ステージでバンドが演奏するデパート屋上のビアガーデンにやってきた小五郎、コナン、蘭。ライブ後、ドラムの中村悠介は地下１階の警備室で鍵を借り、先に楽屋に入って毛布にくるまれた何かを発見。悠介は毛布から出た手の指にはめられた指輪からヴォーカルの渡辺友紀子と気付き、小五郎を呼んで欲しいと蘭に頼む。

富樫文孝と袴田恒夫は刑務所を出所。小五郎は刑事時代に逮捕した殺人犯、富樫を出迎えるが、すぐに姿を消してしまう。その日の夜、保護司の桜庭武彦が殺害され、富樫が容疑者として逮捕される。模範囚だった富樫が仮出所の日に殺人を犯した事が信じられずにいた小五郎は、送検する午後４時まで富樫を取り調べする事に。

小五郎、コナン、蘭が冬名山を車で通りかかると、群馬県警の山村警部らが検問を行っていた。山村は４年ほど前、走り屋の聖地である冬名峠に白いFDに乗った銀白の魔女と呼ばれる伝説の女性ドライバーがいた事を明かす。最近、銀白の魔女が再び峠に現れ、勝負を挑んで事故を起こす走り屋たちが続出しているという。

銀白の魔女の事を相談した宮本由美から連絡をもらった蘭は検問にひっかかった白いFD３台の事を報告。助手席にいた間船、半藤、遠田の腕はいずれも魔女の腕とはほど遠く、３組とも帰してしまった事を由美に伝える。由美は車に同乗している佐藤刑事に魔女の話題をふる。数年前、佐藤は冬名峠に通っていた時期があったのだ。

蘭、園子とショッピングモールにやってきたコナンは事件に遭遇。拳銃を持った犯人が５歳の結城佳代子を誘拐したのだ。コナンは佳代子を救出するが、犯人の大嶺は代わりにコナンを車に乗せて逃走。コナンはラジオのニュースで大嶺が殺人犯である事を知る。ビルの機械室へと連れてこられたコナンは隙を突いて逃げ出す。

コナンと大嶺は身を隠すため、阿笠博士の自宅へ。コナンは大嶺が犯人ではないと考えていた。コナンが拳銃の入手方法を訊ねると、大嶺はインターネットで改造モデルガンと空砲３発を購入したと告白。だが、撃ったら弾丸は本物で、拳銃はビルの敷地内に投げ捨てたという。コナンは大嶺が捨てた拳銃を捜そうと提案する。

阿笠博士と回転寿司にやってきたコナン、少年探偵団、哀。元太らが落とした皿を拾っていると、客の我妻留造が言い掛かりをつける。騒ぎに気付いた店長の並木段児がやんわり注意すると、我妻は店を潰すと脅す。コナンらは店を出ようとしたその時、我妻が突然苦しみだして絶命。コナンは青酸系の毒で殺害されたと推理する。

皆が毒の皿を我妻に取らせた方法を推理していると、元太はお腹が空いたと言い出す。元太は鮮度が落ちた寿司を捨てるのは勿体ないと言って寿司を眺める。この後、コナンは入口に置かれた使い捨てのお手拭きが自由に取れる事から犯人が使ったトリックを見破る。そしてコナンは変声機を使い、阿笠の声を借りて解決劇を始める。

元太は父親が全国コジマさん選手権に出場する事をコナンらに報告。優勝者は賞金１千万と猪の掛け軸が貰えるという。選手権は腕立て、のど自慢、漢字の書き取りを行い、勝ち上がった５人がスタジオで優勝を争う段取り。この後コナンらは落選者たちに遭遇。元太に父親から連絡が入る。元太の父親は最後の３人に残ったという。

全国コジマさん選手権を企画した小嶋グループ会長、小嶋権作が殺害される事件が発生。それぞれ控え室にいた３人の容疑者、文太、元次、岩吉に事情聴取を行うが３人の証言に怪しい点は見つからない。この時、高木刑事は選手権の成績を確認。３人が平凡な成績だった事から選手権は成績優秀者を選んでいなかった事が判明する。

コナンは療養のため、小五郎らと共に兵庫県の城崎温泉にやってくる。蘭は温泉に向かう途中で歩美、哀とはぐれ、その直後に歩美のBDバッジを拾う。この後、蘭は歩美、哀の後を追い、路地から飛び出してきた少女とぶつかってしまう。蘭は少女を家まで送っていくとコナンに連絡するが、そのまま行方不明になってしまう。

コナンがホテルで推理する中、平次らは夏穂から陽菜宛に届いた手紙を頼りに３年前に家族旅行で訪れた城崎温泉駅を捜索する。その頃、ロープウエイ山頂駅にやってきた蘭と陽菜はマスク、サングラス姿の何者かに襲われる。陽菜は何とか逃げ出すが、その人物は蘭を連れ去っていく。平次らは山頂駅で気を失った陽菜を発見する。

小五郎が運転するレンタカーで温泉に行ったコナンと蘭。午後２時過ぎ、前方の交差点で事故が発生。コナンは少し前にコンビニで見かけた２台の車と気付き、赤い外車のワイパーが動いている事を不審に思う。蘭は緑の車から自動車整備士の車谷整司を救出する。この後、赤い外車からフリーター、速水隼の遺体が運び出される。

コナンが留守番していると阿笠博士から連絡が入る。発明品の新作発表会の帰り道に車がエンスト。業者はレッカー移動した後、阿笠は財布をどこかに落としてしまったという。小五郎に迎えに来てもらうつもりだった阿笠に対し、コナンは小五郎が浮気調査に出ていると伝える。その時、女が運転する車が阿笠と哀の前に現れる。

長野県警の大和敢助警部と上原由衣刑事に捜査協力を求められた小五郎はコナン、蘭と共に長野の森の中にある希望の館へ。最初、館には若者６人が住んでいたが、５、６年前からは館で知り合って結婚した夫婦しか住んでいなかったという。敢助は遺体が発見された部屋に小五郎らを案内。当時、中の人間は餓死していたという。

部屋の内側のドアノブと赤いスプレー缶に付いていた指紋が高明の部下のモノと判明。高明は倉庫に花を添えるために新米刑事と館を訪れ、明石周作の遺体を発見したと告白。部屋に閉じ込められればノブに手をかけるのが普通だが、明石の指紋は付いておらず、壁を塗った赤いスプレー缶からも明石の指紋は出てこなかったという。

コナンは敢助らが高明を監視している事に気付く。すると敢助は高明も容疑者の１人だと明かす。直木司郎の死亡推定時刻である昨夜10時から11時のアリバイを確認。３人の証言により、司郎が明石に金をせびっていた事、司郎がイタリアに行くと話していた事が明らかに。その頃、高明は死亡の館の赤い部屋を訪ねる。

ダイイングメッセージの謎を解いたコナンと敢助。だが証拠は何もなく、犯人を逮捕できない。するとコナンは直木司郎がイタリアのレッチェに行くと話していた話題を出し、司郎が証拠を隠した場所に気付く。敢助らはそれとなく司郎が証拠を隠した場所を容疑者３人に伝える。すると夜、犯人は司郎のアパートに現れて…。

小五郎に調査を依頼した仁地村正平が誘拐される。犯人の手紙には身代金を入れたバッグを沙希に持たせ、指定した駅で下車しろと書かれていた。新たな指示が出され、指示に従って身代金のバッグを川の上流に落とす。すぐにコナンらは下流を調べるが、すでに身代金は犯人が回収した後。翌日、殺害された正平も発見され…。

ジョディは死んだ赤井に似た男を見かけた後にお金を下ろすため、ていと銀行へ。行内に銃声が響き渡る。銀行強盗が威嚇して発砲したのだ。トイレに来ていたコナンらの耳にも銃声が届く。強盗はシャッターを閉めろと行員に命令、客は一ヵ所に集められる。ジョディは横の客を見て驚く。それは先ほど見た赤井に似た男だった…。

コナンは強盗に成り済まして強盗の１人の携帯に連絡を入れる。そして光彦らと協力し誘き出した強盗を退治。次にコナンは推理のため、ジョディから聞いた強盗たちの行動を整理する。倒した強盗が目出し帽を脱いでいた事から強盗たちの狙いに気付いたコナンは光彦らに指示を出し、強盗たちの計画を阻止しようとするが…。

理髪店の椅子に座る小五郎。隣りの先客は顔にタオルを載せていた。店主が小五郎の顔にシャボンを塗ってタオルを載せた直後に物音が響く。先客は床に倒れた店主の海老原に声をかけるがすでに絶命。胸にはダーツの矢が刺さっていた。小五郎は窓の外から矢が飛んできたと推理するが、コナンは現場を見て違和感を抱き…。