Ran se despierta en el coche del profesor Agasa, ya que Haibara la durmió con un dardo anestesiante. Sin embargo, ella sigue teniendo cogida la mano de Conan. Así, su identidad sigue siendo un secreto. Días más tarde, el coche del profesor Agasa se queda sin gasolina y la liga juvenil de detectives le piden ayuda a un hombre que pada por allí, que se burla de su desgracia. Más tarde el coche del hombre explota y la principal sospechosa es su novia, Ena Ginbayashi.

Conan resuelve el caso creando una trampa para Ena, que hace que ella misma se descubra. Su truco consistía en la electricidad estática, y llevaba intentado matarlo tres semanas. Ella revela que lo mató porque se negó a ayudar a su padre cuando estaba a punto de morir.

La Abogada Kisaki recibe a una famosa Judoca cuyo marido es acosado, durante la investigación el esposo es asesinado todo apunta al acosador pero el extraño comportamiento de la esposa hace sospechar a Eri que hubo juego sucio.

Tanto Eri como Conan sospechan que Yuko, la mujer del muerto, fue quien urdió aquel plan. Sin embargo, a la hora del crimen tenía una coartada perfecta, estaba con ellos. Excepto por un lapso de tiempo de 10 minutos. ¿Cómo lo hizo?

Cuatro mujeres, con pelo largo, han sido atacadas, en todos los casos el arma ha sido un martillo, por lo que se cree que los hechos están relacionados con la leyenda del "Hombre Martillo". Conan, junto con el detective Takagi y la detective Sato, que estaban vigilando un apartamento sospechoso, van al apartamento luego de que chiba les presente a 3 sospechosos, cuando llegan encuentran a un hombre tirado con un golpe en la cabeza. ¿Será el hombre martillo?

Luego de investigar, Conan resuelve el caso y usa a "La Reina de la Deducción", Sonoko, para contarles toda la verdad a los presentes en el apartamento.

Una mujer ciega aparece en la agencia de Kogoro pidiéndole que encuentre a su primer amor, a quien le dará bastante dinero. El problema es que hay dos personas reclamando ser el niño de los recuerdos. También parece haber un asesino en serie dentro de la casa. ¿Quién es quién?

Sigue la investigación, y, mientras se duchaban, Kogoro descubre que el mayordomo de la mujer ciega también tiene una cicatriz en la espalda. Tras descubrir al chico de los recuerdos, Conan y la liga juvenil de detectives se embarcan en el caso de un asesino en serie que le hizo esa herida al superintendente Matsumoto. Quedan tres días para que el crimen prescriba, y Haibara y Ayumi dicen haberlo visto silbando "Let it be" en el apartamento de la última. ¿Ha vuelto a atacar?

El asesino en serie ha matado a un psicólogo criminalista, Hiramune, y, como en los casos anteriores, le ha dejado una marca en la espalda con sangre "Z". En los anteriores casos fueron "E", "S" y "W". Sato le dice a Takagi que si lo resuelve irá con él al balneario. Parece que hay tres sospechosos, el hijo de una de las víctimas, la mujer de la otra, y el hermano del siguiente. ¿Quién és?

La policía tiene a un sospechoso que parece ser el criminal que le hizo la herida a Matsumoto. Tiene antecedentes penales, así que no cabe duda. Pero Conan descubre que ese hombre es inocente y deberá enmascarar al verdadero asesino tras una clave de Mah-Jong. ¿Es el culpable quien menos nos esperamos? Esta historia tiene un final que hará cambiar la vida de Takagi. Si es que vive para contarlo.

La liga juvenil de detectives va a una mansión abandonada. Sin embargo, esta casa tiene ahora un bonito y cuidado jardín y un hombre se ha trasladado a ella. Sin embargo, los pequeños notan que no tiene placa con su nombre. Al día siguiente, el reciente dueño de la casa ha muerto, dejando un interesante misterio.

Conan, Ran y Kogoro viajan a Kamakura a hacer turismo, pero acaban descubriendo el cadáver de hombre cuyos sospechosos son sus tres hijos, los cuales discuten por quién se quedará la herencia. ¿Alguno de los hijos habrá matado al padre?

El tío de Sonoko recibe un nuevo mensaje de Kaito Kid. Esta vez su objetivo es la impenetrable caja fuerte de su familia, cuya puerta ningún ladrón ha conseguido abrir hasta ahora "La Iron Tanuki". Lo extraño es que el mensaje no es igual a los recibidos hasta ahora. ¿Podría tratarse de un impostor?

Kaito Kid hace algo imposible y Conan deberá descubrir quien es. Sus principales sospechosos son la novata criada, el serio y el torpe asistente. O ¿Puede que sea el tío Jirokichi?

Kogoro recibe a un cliente, el cual le solicita conseguir un testigo para su coartada, ya que es sospechoso de un asesinato. Unos días más tarde, y sin éxito en la búsqueda del testigo, el cliente aparece muerto. Parece ser un suicidio, ¿o será algo más? Luego parece haber otro suicidio y Kogoro pensando que fue por su culpa le dice al inspector Megure que va a cerrar su agencia. ¿Será así?

Kogoro cierra su negocio, pero aún así sigue investigando el caso en secreto. Junto con Conan, va descubriendo pistas que le llevan hacia la verdad. ¿Se quedará cerrada definitivamente la agencia de detectives Mouri?

Agasa tiene problemas y por eso Subaru Okiya va a buscar a la liga juvenil de detectives. Haibara siente algo muy extraño, como de costumbre, en él. En una roca encuentran "Caballa, carpa, besugo, pez plano", y al lado, un cadáver de una chica.

Haibara sigue notando la presencia extraña de Okiya. Tres hombres son sospechosos de haber matado a la chica, culpable que encontrará Conan y que los pondrá en una situación muy difícil de la que serán salvados por alguien inesperado.

Kogoro, Ran y Conan van a cenar a un restaurante donde toca un famoso grupo musical. Tras la actuación, uno de los miembros de la banda aparece muerto en el camerino. ¿Quién será el culpable?

Un hombre que arrestó Kogoro y que parecía reformado vuelve a ser sospechoso del asesinato de un hombre, ya que la vecina dice haberlo visto con el arma homicida (Un cenicero), en la mano. Pero ciertos detalles, como varios hombre que parecían ajenos al caso, la cámara de seguridad de una tienda y si el asesino era diestro o zurdo revelarán la única verdad.

Kogoro, Conan y Ran pasarán el peor invierno en la autopista. Al parecer, según la leyenda, una bruja montada en un coche deportivo provoca accidentes en la carretera; y cuando todos van en el coche de Mouri, se cruzan con el FD blanco de la bruja, quien hace el gesto del desafío.

La abuela del Inspector Yamamura declara haber visto a alguien saludándola que puede ser la bruja. Hay seis sospechosos, repartidos en grupos de dos. Dos mujeres, dos hombres y una mujer y un hombre. ¿Logrará Conan encontrar a la bruja?

Conan ve un secuestro en un aparcamiento y logra poner en libertad a la niña secuestrada, pero el criminal le coge como rehén. Se llama Oomine y es sospechoso de haber matado a un hombre rico. Sin embargo, el criminal parece aliarse con Conan.

Conan, junto con la ayuda de personas como Ran, Kogoro, Sonoko o Agasa intentará encontrar al verdadero criminal que hizo que pareciera que Oomine era un asesino. Finalmente, lo encuentra entre tres sospechosos.

La liga juvenil de detectives va a comer a un restaurante de sushi giratorio. Cuando se van a ir, un hombre se cae de su silla muerto. La policía encuentra entre la gente del restaurante a tres personas sospechosas que lo odiaban.

No hay restos de veneno en ningún sitio, y Conan empieza a preguntarse si se tratará de un crimen imposible. Tampoco los sospechosos llevaban nada sospechoso. Pero un comentario de uno de los niños hará que Conan resuelva el caso y se disponga a explicarlo por boca de Agasa.

Agasa y la liga juvenil de detectives van a un concurso, el de los "Señores Kojima", ya que el padre de Genta tiene ese mismo apellido. Pero el presidente, quien no parece interesado en el concurso sino más bien en otra cosa, es asesinado, y, por ciertas pistas, los sospechosos son los tres finalistas entre los que se encuentra el padre de Genta.

Conan va preguntando al Detective Takagi pistas, para saber quien es el culpable, el verdadero objetivo por el que el presidente asesinado organizó el concurso, y sobre todo, para probar la inocencia del padre de Genta, aunquen no sabe cual de los tres sospechosos es. Mientras, Genta está preocupado por si a su padre le ha pasado algo.

Ran, Kogoro, la liga juvenil de detectives y Conan van a los baños termales de Kamakura ya que este último tiene la pierna lastimada por no haberse fijado al caminar mientras veía a Ran conversando con el doctor Araide. Allí coincidirán con Heiji y Kazuha. Ran se topará con una niña y empezará a seguirla ya que ve algo extraño. Casualmente, Heiji, Conan y Kogoro están investigando la extraña desaparicíón de la pequeña. Finalmente, un hombre con un extraño traje deja inconsciente a Ran y se dispone a hacer lo mismo con la asustada niña.

La niña consigue escapar y le cuenta todo a su familia, Conan, Heiji, Kogoro, Kazuha y la liga juvenil de detectives ¡El hombre que la estaba siguiendo ha secuestrado a Ran! Pero, ¡Ran tiene una de las insignias de detective! ¿Podrá Conan salvarla antes de que le pase algo grave?

Conan, Ran y Kogoro se encuentran en la autopista, hablando sobre temas entre los que se encuentra la afición de Kogoro por Yoko Okino, cuando dos coches colisionan y se produce una horrible explosión. Lograrán sacar vivo a uno de los conductores. ¿Habrá sobrevivido el otro? ¿Fue premeditado? La clave la tiene el arcoíris.

Haibara y Agasa, por algunos motivos, deben subir al coche de dos desconocidos haciendo autostop. Pronto descubren que quieren "Semimatar" a Conan y el detective Mouri, mandarlos a ellos volando. Si a esto añadimos que hay marcas de sangre, de balas y llevan una pistola en la guantera ¡El misterio está servido!

Por petición del inspector Kansuke Yamato y Yui Uehara, viejos conocidos, Ran, Conan y Kogoro irán a la Mansión de la Muerte, donde antes vivían un grupo de personas y cada uno de ellos tenían los kanji de un color en su nombre, y uno de ellos murió de inanición encerrado por alguno de ellos. También coincidirán con Koumei, un policía rival de Yamato y deberán resolver el misterio del mensaje póstumo de la víctima, la pared roja y las sillas blanca y negra antes de que ocurra algo más.

Tras tomar declaración a los cuatro sospechosos, Shoji Yamabuki, Takuto Momose, Naoki Midorikawa y Shiro Naoki, este último es asesinado en su apartamento por estrangulamiento. Sentado en una silla como en el caso anterior y teniendo frente a él. Una pared roja. ¿Quién de los tres restantes es el asesino?

Mientras Koumei está sentado en la primera escena del crimen, en la Mansión de la Muerte, alguien le golpea, dejándolo inconsciente. Yamato recibe un mensaje al móvil "El difunto Koumei", y una llamada en la que Yui le dice que la mansión está en llamas. Por suerte, Koumei no ha muerto y se recupera en un hospital... Finalmente, un comentario de Ran hace que Yamato y Conan vean la verdad.

Koumei ha despertado, y entre él, Conan y Yamato, contando además con la ayuda de Yui, Ran y Kogoro, utilizarán con suma habilidad la "Estrategia del vacío". El culpable, es la oscuridad de la noche, intenta llegar hasta el apartamento de la segunda víctima, Naoki, para obtener algo, sin saber que va a ser pillado por unos hábiles detectives.

El dueño de una famosa marca de bolsos contrata a Kogoro Mouri para que le ayude con una denuncia, pero estando allí, Kogoro, Ran y Conan presencian el secuestro del hombre. Más tarde, su mujer recibe una nota del secuestrador con unas instrucciones y pidiendo dinero... pero algo no encaja.

Jodie está con sus compañeros del FBI, cuando, al dirigirse al banco, ve a Akai. Sin podérselo creer, va al banco igualmente, y allí unos atracadores lo asaltan. La señorita Jodie choca con un hombre y es... ¡Akai! Conan y la liga se encontraban allí también y deberán enfrentarse a los ladrones.

Jodie, Conan, Ayumi, Genta y Mitsuhiko se ponen a prueba contra la banda, ya que Agasa y Haibara habían salido en el justo momento del atraco. ¿Lograrán los atracadores completar su plan y robar todo el dinero del banco? ¿Hay algún explosivo oculto allí? ¿Está realmente vivo Shuichi Akai? ¿Podrá hacer algo la joven agente del FBI?

Kogoro va al barbero. A su lado hay otro cliente a la espera de ser atentido, cuando de pronto un ruido estridente hace que él se de cuenta de que el barbero ha sido asesinado... Tras llegar Conan, la liga juvenil de detectives y Takagi y Megure, los sospechosos serán reducidos a tres, dos inocentes y un criminal.