En Conan, en Genta, l'Ayumi, en Mitsuhiko i l'Ai Haibara se'n van a acampar amb el doctor Agasa, però quan estan a mig camí, es queden sense benzina. El doctor Agasa demana ajuda a un home que passa per allà amb un cotxe clàssic, però aquest, tot i que para, no els vol ajudar. Més tard descobreixen que l'home viu en una mansió dalt d'un turó, al costat de la carretera, on té lloc un terrible accident.

En Conan continua amb la investigació sobre l'accident, o l'assassinat, que ha acabat amb la vida d'en Goki Sudo. Per en Conan, és evident que es tracta d'un assassinat i la principal sospitosa és la promesa del mort, l'Ena Ginbayashi. La teoria del detectiu és que el foc al garatge que va matar en Goki no el va provocar cap cigarreta, però què, llavors? Quin havia estat el sistema d'ignició?

La Yuko Arisawa, excampiona de judo del Japó, acudeix a l'Eri Kisaki perquè el seu marit insisteix que fa temps que hi ha algú que el segueix. Tot fa pensar que l'assetjament va començar arran d'un accident de trànsit que va tenir, i quan arriben a casa de la Yuko per parlar amb el marit, se'l troben estrangulat. Tant l'Eri com en Conan sospiten que la Yuko podria tenir alguna cosa a veure amb l'assassinat.

Creixen les sospites que la Yuko Arisawa, excampiona de judo del Japó, és la culpable de l'assassinat del seu marit, en Shiro Arisawa. L'Eri Kisaki, mare de la Ran, comença a lligar caps i a refer tot el muntatge de la Yuko, i una trucada providencial d'en Kogoro l'hi acaba de fer veure tot més clar. Ara només falta trobar les proves que la inculpin.

Un home amb un martell ataca noies joves amb el pèl llarg, descobreixen on viu, però el troben inconscient i hi ha tres sospitosos, un missatger amb un camió, una missatgera amb una moto i un repartidor de pizzes.

Torna la Sonoko, la reina de les deduccions! El seu brillant raonament servirà per resoldre el cas i ajudarà la policia a descobrir qui s'amaga darrere de l'home del martell.

La Kurumi Shodo busca un home que la va salvar a la seva infantesa per agrair-li el gest donant-li un milió de iens. La pista per reconeixe'l és que ell es va fer una ferida horitzontal que li anava d'espatlla a espatlla. A la mansió de la clienta, mentre en Kogoro investiga el cas, topen amb en Takagi, en Chiba, l'Inspector Megure i el superintendent Matsumoto, que vigilen un assassí en sèrie.

A la mansió dels Shodo, en Conan, la Ran i en Kogoro sopen amb els dos homes que asseguren ser el salvador de la Kurumi i amb el majordom. Aleshores, en Conan dispara el seu dard anestèsic i exposa les seves deduccions. Després, la policia interroga els impostors. Al cap d'un temps, en Conan, l'Ai i la Lliga de Detectius Júnior veuen en un monitor del carrer el psicòleg criminalista Doji Hiramune, que provoca l'assassí en sèrie.

L'Ai i l'Ayumi s'han creuat amb l'assassí en sèrie de vint anys enrere al bloc d'apartaments de l'Ayumi. En Doji Hiramune, el psicòleg criminalista, també viu al mateix bloc i en Conan se'l troba mort. En Takagi va a interrogar les famílies de les víctimes anteriors amb en Conan, l'Ai i la Lliga de Detectius Júnior. En Conan dedueix que les víctimes feien servir l'argot del mahjong i que anaven a jugar-hi els dissabtes a la nit.

Les tres víctimes dels assassinats en sèrie jugaven al mahjong amb en Doji Hiramune, que és trobat mort. D'altra banda, en Takagi i en Conan descobreixen que en Dokuro Kibo va tenir una baralla amb en Hiramune al saló de mahjong i la policia el deté com a sospitós. En Takagi va a buscar l'Eiki Nabei, l'únic testimoni que coneix la veu de l'assassí. Paral·lelament, en Conan dedueix que l'assassinat l'ha comès un imitador.

En Genta Kojima comenta amb els seus amics de la Lliga de Detectius Júnior que hi ha una casa al carrer Tres que fa molta por i que és possible que estigui embruixada, i no entén com pot ser que un home se n'hi hagi anat a viure. En Mitsuhiko també ho troba molt estrany, i proposa als seus amics que la vagin a escorcollar, però, quan hi arriben, veuen que la casa és molt bonica.

Anant pel carrer, en Conan, la Ran i el seu pare senten un tret que els porta a descobrir un home mort a casa seva. Després d'identificar la víctima, la policia localitza els seus tres fills, i sembla que tots tenen motius per haver-lo assassinat: l'home era ric, però, després de molts anys de donar-los diners, havia deixat de fer-ho. Diverses pistes assenyalen cada un dels fills, però el cas és més complicat del que sembla.

En Kaito Kid envia una carta a en Jirokichi Suzuki, el guardià de la caixa forta Toixó de Ferro, on li diu que la robarà quan la foscor engoleixi la lluna. La caixa forta és obra del llegendari Kichiemon Samizu i per les seves característiques i mesures de seguretat es considera inexpugnable. Però no hi ha res inexpugnable per en Kaito Kid, com sap molt bé l'home que fa anys que intenta capturar-lo, l'inspector Nakamori.

A casa del senyor Jirokichi Suzuki continua la incògnita sobre si en Kaito Kid es presentarà per robar la caixa forta el Toixó de Ferro. Mentrestant, tothom fa conjectures sobre qui podria ser en Kaito Kid, un mestre de la disfressa capaç de fer-se passar per qualsevol que es proposi. De moment, hi ha tres sospitosos: la minyona, el secretari del senyor Suzuki i el guardaespatlles, però segur que és un d'aquests, en Kaito Kid?

En Ryozo Gamo encarrega al detectiu Mouri que busqui algun testimoni que li serveixi de coartada d'un crim, però no troba ningú. Tot d'una, en Gamo apareix penjat. La policia ho considera un suïcidi, però en Kogoro sospita que es tracta d'un assassinat. Poc després es troba amb en Takeoka, un amic seu que va haver de deixar la policia per la detenció errònia del senyor Gamo. Tots dos sospiten del nebot de la víctima.

Les investigacions d'en Kogoro i en Takeoka provoquen que un home innocent se suïcidi, i això fa que en Kogoro es deprimeixi i es proposi tancar l'agència de detectius. En Conan l'ajuda a descobrir un muntatge telefònic, i això li permet resoldre el cas per ell mateix. L'endemà, en Kogoro es troba amb en Takeoka en una platja plena de records, i li revela les seves sorprenents deduccions.

Els membres de la Lliga de Detectius Júnior se'n van a pescar a Kanagawa amb en Conan i l'Ai. Al vespre, els ve a buscar en Subaru Okiya, un jove que l'Ai sospita que és de l'organització dels Homes de Negre. De camí cap a casa, els nens fan parada a la Roca de la Banya, on hi troben unes inscripcions en una pedra amb els noms de quatre peixos i el cadàver d'una jove submarinista.

Han trobat morta la submarinista Hikari Akamine a la Roca de la banya. Allà també hi troben un missatge pòstum amb els misteriosos noms de quatre peixos. En Conan està convençut que es tracta d'un assassinat. Amb l'ajuda de l'Ai, de la Lliga de Detectius Júnior, en Conan esbrina el significat del missatge format pels noms de peixos, i això li permet descobrir el nom de la persona que va abandonar la noia a l'illa.

En Conan, la Ran i el seu pare veuen l'actuació d'un grup de música a la terrassa d'uns grans magatzems. Un cop acabat, el bateria va a parlar amb ells i la Ran l'acompanya al vestidor, però, quan hi entren, troben la cantant morta a terra. Durant la investigació surten a la llum diversos conflictes entre els membres del grup, i sembla que tots tinguin algun mòbil per cometre l'assassinat. En Conan descobrirà qui és l'assassí.

En Kogoro Mouri es retroba amb en Fumitaka Togashi, un assassí que ell mateix va detenir anys enrere i que acaba de sortir de la presó després de complir condemna. Aquella mateixa nit, el seu agent de llibertat condicional mor assassinat i tot sembla indicar que el culpable és en Togashi. Però en Kogoro està convençut de la seva innocència i està disposat a demostrar-ho.

El detectiu Kogoro Mouri va amb cotxe amb la Ran i en Conan per una carretera de muntanya plena de revolts i amb molta boira. En un control de carretera troben l'inspector Yamamura, que els explica que estan buscant un cotxe que sol circular per allà i que desafia els que hi passen a fer una cursa. Però sembla que la conductora és una bruixa, perquè és capaç de fer anar el cotxe per sobre la boira.

Later that day, Conan realizes the culprits created a mirage of driving into the air and tells Kogoro they shall capture the witch tomorrow. The next day Conan reveals the pair with the fishing gear to be the culprit.

El president d'una empresa de videojocs ha aparegut assassinat d'un tret de bala en un parc de la ciutat. Les càmeres de seguretat han gravat en Ryosuke Oomine, un delinqüent fitxat per la policia, mentre l'apuntava amb un revòlver. Quan es veu acorralat, l'Oomine agafa una nena com a ostatge en un centre comercial. En Conan la salva, però el sospitós el segresta a ell, el fa pujar a un cotxe i se l'emporta.

En Ryosuke Oomine és el principal sospitós de l'assassinat del president d'una empresa de videojocs. Per fugir de la policia, ha agafat en Conan com a ostatge, però, quan algú els dispara al lloc on s'amaguen, en Ryosuke acaba ferit de bala per protegir en Conan. Quin sentit té que l'assassí protegeixi l'ostatge, quan podria haver aprofitat per escapar-se? La veritat està oculta, i el nostre detectiu favorit no pararà fins a revelar-la.

En Conan, l'Ai i la mainada van a un bufet giratori de sushi. L'àpat resulta divertit i emocionant, però el crític gastronòmic Ryuzo Agatsuma comença a buscar brega al restaurant i mor de cop. Detecten verí al seu plat, però tot i escorcollar els sospitosos no troben altres rastres de verí. Què ha fet l'assassí per aconseguir que l'Agatsuma fos l'únic que agafés el plat enverinat i com ha pogut desaparèixer l'objecte d'on ha sortit el verí?

Les tres persones sospitoses d'assassinar en Ryuzo Agatsuma han tingut discrepàncies amb ell. En Conan descobreix que aquest crim només era possible en un bufet giratori de sushi i exposa les seves teories amb la veu del doctor Agasa. Aprofitant el funcionament d'aquests bufets i que la víctima era esquerrana, l'assassí ha organitzat un muntatge enginyós amb què ha amagat les proves del crim. Però les deduccions d'en Conan permeten trobar les proves.

El pare d'en Genta ha estat escollit per participar en un concurs de televisió. Després d'una sèrie de proves, s'escollirà l'home amb el cognom Kojima més ben preparat del país. El premi són molts diners i una obra d'art molt valuosa. Just abans de la final, l'organitzador del concurs, en Gonsaku Kojima, cau escales avall i es mata. Però no ha sigut un accident i el pare d'en Genta és un dels sospitosos.

El pare d'en Genta és sospitós de l'assassinat de l'organitzador del concurs on ha quedat finalista. Els altres dos finalistes també són sospitosos. En Conan vol trobar el culpable sense conèixer la identitat del pare d'en Genta, per no deixar-se influir pels sentiments. Amb l'ajuda de l'inspector Takagi, comença a fer encaixar les peces del trencaclosques. Té sentit, el concurs? Com els han escollit, els finalistes? I, sobretot, qui és l'assassí?

En Conan i els seus amics de la Lliga de Detectius Júnior se'n van de visita a la ciutat termal de Kinosaki a fer la ruta dels balnearis. Són allà per un motiu molt concret que afecta en Conan. Un cop allà, la Ran topa amb una nena i tot seguit desapareix. On és la Ran? El seu mòbil sembla que està apagat o fora de cobertura, i ningú l'ha vist ni en sap res.

Han segrestat la Ran, i la Haruna s'està recuperant a l'hospital. Està inconscient i no els pot dir res. Tothom està molt preocupat, ningú sap qui pot tenir la Ran, i el misteri de la desaparició de l'escultura "El nen de l'arc de Sant Martí" continua sense resoldre's. L'única pista que tenen per resoldre el cas i trobar la Ran és la carta que la mare de la Haruna va escriure a la seva filla.

Hi ha hagut una accident entre dos cotxes en una cruïlla molt perillosa que la gent de la comarca coneix com "la cruïlla de la por" per la quantitat d'accidents que hi arriba a haver. En l'accident, el conductor d'un dels dos cotxes mor quan el cotxe s'encén per l'impacte, però és realment un accident? D'entrada bé ho sembla, tot els indicis apunten que sí, però en Conan no s'ho acaba de creure.

L'"escarabat" del doctor Agasa, per variar, s'espatlla quan aquest torna d'una fira d'invents. Per si no n'hi hagués prou, el doctor també perd la cartera i decideix trucar a en Conan per veure si en Kogoro el pot anar a buscar. Però en Kogoro no hi és, i una parella estranya i inquietant s'atura a la parada d'autobús on s'esperen el doctor i l'Ai, que l'acompanya, i s'ofereix a portar-los.

En una mansió al mig d'un bosc, algú ha tancat un home en una habitació i l'ha deixat morir de gana. El cadàver ha aparegut assegut en una cadira blanca, davant d'una paret vermella. L'inspector Yamato, de la prefectura de Nagano, ha demanat ajuda a en Kogoro per resoldre el cas. L'objectiu és revelar el misteri abans que ho faci el seu amic i rival, l'inspector Morofushi, més conegut pel nom de Komei.

Una mansió al mig del bosc i sis ocupants. Fa tres anys, l'única dona del grup hi va morir d'un atac de cor. Ara, el seu marit ha aparegut mort, davant d'una paret vermella. El principal sospitós, un dels antics ocupants de la casa, apareix estrangulat al seu pis. També està assegut davant d'una paret vermella. La primera paret era un missatge de la víctima, però la segona l'ha pintat l'assassí. Què vol dir, tot plegat?

La rivalitat entre els inspectors Yamato i Morofushi rebrota quan aquest últim decideix investigar el cas pel seu compte. Després de molt rumiar, a l'habitació del primer crim, en Komei Morofushi aconsegueix desxifrar l'enigma de la paret vermella. Però llavors un desconegut li clava un cop al cap i cala foc a la casa amb ell a dintre. L'inspector, abans de desmaiar-se, envia un missatge a en Yamato: "El difunt Komei."

En Conan i els inspectors estan a punt de resoldre el misteri de la paret vermella. Mentre eren a l'hospital, un comentari casual de la Ran sobre el color de les bates dels cirurgians els en ha donat la clau. Per desxifrar el missatge de la primera víctima, s'ha de mirar cap a una altra banda. Entre tots tres, posen en pràctica una estratègia tradicional xinesa per enxampar el culpable in fraganti.

L'amo de la fàbrica de bosses de mà Nijimura demana a en Kogoro Mouri que investigui les empreses de la competència que li copien els productes, però just quan s'anaven a trobar, algú segresta l'empresari. La seva dona rep una carta en què els segrestadors reclamen un rescat. El detectiu i la policia segueixen la dona quan va a portar els diners del rescat en una bossa de mà, però els diners desapareixen.

La Jodie veu un home clavat al difunt Shuichi Akai a la ciutat, però li perd la pista. L'Agasa i tota la mainada acompanyen en Mitsuhiko al banc, i allà en Genta ha d'anar al lavabo. Aleshores, apareixen uns atracadors. Entre els ostatges hi ha la Jodie i l'home que s'assembla a l'Akai. La Jodie deixa KO un atracador i es troba en Conan, l'Ayumi, en Genta i en Mitsuhiko. A fora del banc, l'Ai sospita que l'atracament no és normal.

La policia envolta el Banc Teito. A dins, en Conan fa servir el telèfon d'un atracador per desempallegar-se d'un altre. La resta d'atracadors planegen fer-se passar per ostatges i quedar-se els diners robats per internet, però primer volen fer esclatar els explosius. En Conan i la Lliga de Detectius ho eviten, però tot d'una un atracador apunta a en Conan, que se salva miraculosament perquè l'home que s'assembla a l'Akai dispara a l'atracador.

El detectiu Kogoro Mouri entra en una barberia i, mentre té la cara tapada amb una tovallola que li posa el barber abans d'afaitar-lo, es produeix un assassinat: algú clava un dard enverinat al cor del barber. Comença immediatament la investigació i en Conan hi intervé, encara que el detectiu no ho vulgui. L'ajuda de la Lliga de Detectius Júnior també serà molt important per resoldre el cas.