动画原创。柯南和灰原把捡到的猫还给饲主石上时，对面的高利贷事务所发生了命案，死者正是事务所的老板，他的后脑勺因遭到招财猫的重击而死，柯南发现吸尘器的集尘袋被人拿走，并且还在沙发下找到了招财猫的爪子，警方将出现在现场的村井千佳小姐带来，一番询问，村井承认了自己的罪行，就在警察准备带走犯人时，柯南将小五郎麻醉道出了这件命案的真凶！

【主线剧情】柯南、小兰和园子一起去医院看望国中同学的时候，遇到了拿着照片四处询问的本堂英祐，照片上的人正是水无怜奈，但英祐却坚持认为水无怜奈和姐姐是两个人，于是，小兰打电话给水无怜奈的超级粉丝庵野进行确认，没想到对方竟然说她打错了，随后一行人来到庵野家，他的母亲正准备出门取钱，柯南察觉到事有蹊跷，断定让她打钱的那个人根本就是诈欺犯，在大家的帮助下，诈欺犯被送往了警局，而寻找水无怜奈也进入了正题。

【主线剧情】超级粉丝庵野先生看过照片之后十分确定英祐的姐姐就是水无怜奈，他还特意播放了一段水无怜奈在火灾中献血的的影像，但即便如此，英祐还是不承认这个主播就是姐姐，因为她和曾给自己输过血的姐姐的血型不同。几日后，英祐再次来到事务所，说自己会去奥平家取妈妈留下遗物，碰巧小五郎也正准备去那里调查一年前发生的命案，于是，一行人来到奥平家，柯南从亲子手册上确定了英祐的血型，而另一边，小五郎也展开了调查。

【主线剧情】死者锻吾是被人捆绑溺毙在泳池中而死，他的一只手上还戴有前管家的手套，作为父亲的角藏认为凶手就是这栋宅邸中的某个人，闻听此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的结论，可是当晚，角藏的房间里就传出花瓶摔碎的声音，当大家赶到时，角藏已上吊身亡，在案发现场高木警官发现疑似角藏所留下的死亡讯息。

【主线剧情】警察分别对嫌疑人咏子、菊代和濑川进行了侦讯，可是每个人都有不在场的证明，这时，英祐突然发现自己与母亲的合照不见了，于是柯南，小兰陪他一起去泳池那边寻找，看着锻吾的死亡地点，柯南脑中重现当时的情景，他将所有的线索连成一线，真相浮出水面，随后，他用老方法让小五郎沉睡，并指挥高木重现凶手所使用的手法，没错能这么做的只有那个人！

【主线剧情】柯南向灰原讲述了本堂瑛佑的姐姐和水无怜奈并不是同一个人。柯南回家后兰告诉他，自从放寒假就联系不到本堂了，并且说在寒假之前好像听到本堂说过在杯子户中央医院发现了什么线索，柯南以为是水无怜奈所在的医院被本堂找到了。但其实本堂所讲的线索是指他音信皆无的父亲，他好像是找到了他父亲公司的同事…。

【主线剧情】杯户中央医院的护士雅江告诉柯南，本堂瑛佑在别家医院里动过手术一事。据说本堂曾患白血病，在搬来大阪前动了手术。随后，FBI成员James前来报告，潜伏在医院的黑衣组织成员就在右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道和急性腰痛的西矢忠吾这3人之中。James等人寻思着如何找出那人…。

【主线剧情】深夜，打算寻找组织同伙的楠田潜入了护士值班室。朱蒂等人虽打算进行抓捕，但是楠田趁乱逃走。随后，楠田驾车逃跑途中，发觉被赤井跟踪，遂自杀。朱蒂对组织调查怜奈病房的事情，没有成功稍感安心，但GIN，Vodka等人已经察觉Kir（怜奈）就在杯户中央医院一事。GIN为了营救出Kir，而在制订着下一步计划…。

【主线剧情】在FBI制定作战计划的同时黑暗组织就已经展开了行动，他们以楠田陆道的名义寄给FBI一盆花，就在柯南推测敌人的意图时，杯户中央医院突然涌来大波病患，这无疑也是黑暗组织的安排，在处理完花盆里埋的炸弹后，医院陆续出现送货员，而这些货物全部都是黑暗组织送的炸弹，如果医院爆炸，后果不堪设想，柯南和赤井秀一又会采取什么行动？

【主线剧情】在装有杯户中央医院的患者们的慰问品中，发现大约有60枚炸弹也混了进来。搜查官们在收缴炸弹的时候发现电视上居然出现了穿着住院服的水无怜奈。搜查官们奔向怜奈的病房，但看到的却是躺在床上的怜奈。原来电视上的影像是利用以前的资料进行剪辑处理合成的。组织根据炸弹的中放入的发信器，锁定了怜奈的病房。察觉到这点的James决定采取最后的手段…。

【主线剧情】BI制定了使用3辆车子进行掩护，转移Kir（怜奈）的计划。GIN准确判断出Kir（怜奈）乘坐的是3号车。组织决定跟踪3号车。驾驶车辆的CAMEL打算甩掉跟踪，却突然遭到装炸弹的盒子的袭击，3号车随之撞上护栏停了下来。随后，怜奈从副驾驶位置上跳了下来。之后，基安蒂打算解决掉CAMEL的时候，突然3号车发生了爆炸…！？

【主线剧情】柯南与元太、步美、光彦、阿笠博士，灰原等人一同前往新米花旅馆吃自助餐。途中，柯南向灰原讲述了之前的事情。到达后，看到高木警官的巡逻车也开了过来。据说是旅馆发生了杀人事件。被害人是租住在旅馆39楼的以培养外国演员为主的经济公司的社长。秘书说看到社长的上半身被手枪数次击中的话，被柯南听到了…。

【主线剧情】茱蒂老师以卡梅隆搜查官女朋友的身份出现瞒过了目暮警官，这时，千叶警官找到了一个装有雨衣和凶器的纸袋并且还在死者的便签本上发现了一句疑似死亡讯息的话，根据这些线索，就连第一个发现尸体的女秘书也成了怀疑的对象。另一方面，水无怜奈虽然重新回到黑暗组织，却遭到组织的怀疑，为了证实她是否被FBI所笼络，组织派给她一件任务，那就是杀掉赤井秀一。

【主线剧情】警方仍然将嫌疑犯关在一起进行侦讯，期间秘书伊莉娜和英文补习班的老师哈鲁暂时离开，就在他们离开后，柯南掌握到了关键线索，他让目暮警官准备四把椅子并对他们说一句“咒语”，到时候，凶手自然会露出马脚，到底是什么样的“咒语”？凶手又是这四名嫌疑人中的哪一个？与此同时，明知会有危险的赤井秀一还是按照水无怜奈所发的地址前去赴约。

【主线剧情】赤井和kir（怜奈）在来叶山路碰面了。此后，kir用手枪射穿了赤井的肺部。通过摄像机查看情况的GIN，向kir下达了继续行刺的命令。手捂腹部的kir用手枪向赤井的额头开了一枪。之后，由于巡逻车的出现，kir将赤井的遗体横放在了车上，并安置了定时炸弹后，乘车离去。随后，巡逻车在开到赤井的车附近的瞬间，炸弹爆炸了…。

动画原创。小五郎因参与某杂志的企划设计，与算命师紫条丽华进行着访谈，编辑田村雅生，星空出版社社长葛城健辅，柯南和小兰也一同在场。访谈后，算命师即为女演员绿川克拉拉进行了占卜。此后，丽华说要窥看小五郎的宿命，一个人满怀心事的来到2楼自己的房间。然后，出于担心晚上并未从自己的房间出来的丽华的柯南等人从阳台向房间窥看，却发现了流血倒地的丽华…

美容室的浴室，美容师叶坂皆代正在给与有才能的女性结婚的格斗家永作司朗理发。皆代是永作的前女友。此后，皆代又在店中给妃英理做了头发。小五郎和小兰、柯南开车前往去接准备共进晚餐的英理。不久小五郎等人在行驶到附近的盘坡道时听到了DANG、DOSA的声音。跑到车外的柯南，在悬崖下面的垃圾放置场上发现了一名倒下的男子…

格斗家永作司朗的遗体在垃圾场被发现，众人都向在附近经营美容店的，死者原恋人化妆师叶坂皆代投去怀疑的目光。但是，根据英理和便利店长的证言，皆代几乎是无法在犯罪时间作案的。尽管已经认定皆代就是犯人柯南，却在思考着如何能在短时间内将永作的尸体移动90米的诡计。随后，柯南在与小兰的对话中得到启示，识破了皆代的诡计…

【主线剧情】在水无怜奈的事件之后，原本受到FBI人身保护的本堂英祐终于返回了学校，为了庆祝英祐回来，大家在园子的提议下一起前往卡拉OK唱歌，而期间一直有一个神秘男子暗中尾随其后，莫非此人是保护英祐的FBI探员？可是，就在大家唱歌的时候，这名男子在隔壁的包厢里被人杀害，根据监视录影可以推断凶手就在来唱卡拉OK的客人之中。

【主线剧情】警察分别对接近过死者的几位嫌疑人进行侦讯，又对他们的包厢展开了搜查，试图在这其中找到消失的凶器，然而却一无所获，期间，警方冲洗出了受害者相机中的照片，发现全都是以园子为主进行拍摄的，就在嫌疑人吵闹着要离开之际，柯南将园子麻醉道出真相。回家的路上，英祐告诉柯南自己将离开日本前往美国，并且他还证实了柯南就是新一的猜想。

【主线剧情】以灰原为目标的黑暗组织展开了新的调查，执行此任务的人代号波本。另一方面，同校学生杉浦开人拜托少年侦探团调查住在他们家的奇怪房客，可当柯南他们第二天赶到时，却发现公寓已被大火烧毁，在这片废墟中，警方找到了杉浦开人的日记，他分别给三名房客起绰号为红、白、黄，而黄色的人很有可能就是放火的人。

【主线剧情】放火烧木马庄家的嫌疑人分别是细井、冲矢和真壁这3名房客。柯南看了开人的日记后得知了真相。随后，因一件意想不到的事情发生，某房客想在搬家前一直借住在工藤家。于是，兰约园子去工藤家打扫，正巧遇见了那人。两人发现他拥有侦探般的推理能力，于是园子向兰提议让他与新一一较高下。2人的推理对决就此展开……。

根据纸飞机上的图案，柯南和冲矢几乎在同一时间明白这是急救用的摩斯密码，而投纸飞机的人想传达的则是紧急求救的信息，之后，小兰将其他两只纸飞机发到新一的手机上，将这三个带有暗号的纸飞机串联在一起，新一推断出被绑架的人就是电视上成日报道的代田社长以及他所在的地点，得知这些以后，小兰不顾自己的安危冲进了绑匪的据点。

动画原创。小五郎、柯南、小兰和白鸟一行人应本城之邀，前来参加葡萄酒协会会长广濑的70岁寿宴。宴会开始前，柯南和小兰两人遇到了发生争执的本城和赤丸，并且在搭乘缆车的时候，柯南还目睹了本城杀害赤丸的场景，于是，他迅速赶往现场，却发现尸体早已被本城转移。然而，品酒环节的一个纰漏，让柯南推断出了事情的真相，他巧妙用计将本城的罪行公之于众。

小五郎接受制作公司社长染井等人的请求，决定出演紧随侦探的24小时的节目。为了讨论节目内容，小五郎带着柯南和小兰随节目制作公司的社长染井彰吾一起前往东都电视台制作人中目赖策的家中商讨方案，没想到大门竟然上了锁而且按门铃也没有回应，于是请来管理员打开门进入公寓，出现在他们眼前的是因喝下毒咖啡而身亡的中目的尸体，从在桌面和地面上打翻的咖啡痕迹，柯南看出这是一起密室杀人案……

最有可能犯案的就是第一个冲进房间的染井社长，于是，高木打电话给公司，其中有同事表示曾在案发时间见过染井出入药店，而这件事也从药店员工那里得到了证实，这无疑是染井摆脱嫌疑的最好证明，可他为何只字不提？之后，柯南又注意到了桌子上的蛋糕，在他的提醒下，高木还原了被伪装的案发现场，事已至此，染井主动承认自己的罪行，但柯南却指出凶手另有其人……

园子的叔叔次郎吉因为抓不到基德而整日噩梦缠身，于是，他再次策划了基德抓捕计划，这次他以宝石凉鞋“紫色指甲”为诱饵，并将展示台设在基德不能使用滑翔翼的银座正中央地面上，在粉丝们的期待下基德出现并成功拿到宝石，就在这时，四个路口被巨大的网子隔开，犹如笼中鸟的基德从容不迫，放出烟雾后瞬间移动到了30公尺高的大楼，因为其中一颗宝石是赝品，于是他宣布自己次日还会再来。

为防止基德混入人群，次郎吉将所有人都隔离在防护网外，在众粉丝表示不满的同时，基德也宣告自己不会在如此冷清的舞台表演，在他的煽动下，粉丝们冲破包围网。魔术表演开始以前，他找到死对头柯南并在他身上安装了窃听器，一切准备就绪，基德顺利拿走了宝石鞋子，然而就在他通往楼顶的途中，看破瞬间移动的柯南出现在楼顶……

小五郎和柯南、小兰拜访居住在长野县的一户名叫虎田的人家，以便从现任家主虎田直信那里获知，有关不久前他的儿子义郎遭遇龙卷风摔死的事情。是谁对濒死的义郎见死不救呢，直信的妻子达荣认为是和虎田家有过节的龙尾家窝藏凶手。另一方面，龙尾家的住宅内，平次与和叶正在听现任家主龙尾为史讲述，有关不久前他的儿子康司被人绑架杀害的事情。为史的母亲盛代则认为义郎的死是对龙尾家充满憎恨的虎田家的某人为了杀害康司的借口罢了。接受各自委托的柯南、平次在调查案件的过程中相遇，便决定共同探究事件的真相。但是，柯南和平次在发现犯人前，一起新的杀人事件却发生了……

警察在案发现场发现了一个笔记本，上面以流动日记的形式写着这四名死者害死甲斐先生的秘密，根据这个笔记本，大和警官推测凶手就是因为内疚而动手杀人的繁次。但是还有疑点并未解开，于是，柯南和服部两人再次来到了绫华的死亡现场，并从一名警察那里听到了关键的线索，凶手就是……

证券员岛平贵文被人用来福枪打死，而嫌疑人正是咖啡店服务员小梓的哥哥杉人，为抓捕逃逸的嫌疑犯，警方从小梓着手调查，就在这时，杉人给妹妹发来了一张照片，同时门铃响起，小梓收到了哥哥寄来的包裹，看过包裹后，小梓以外出买东西为由摆脱了警察的监控，这个包裹到底向小梓传达了什么讯息？

动画原创。在东京的松阴神社，少年侦探团及时救下了被男子袭击的小早川公子小姐，为了寻找她爷爷藏起来的足以买下国家价值连城的宝藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口车站，遇到了自称是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到这并非他的真名，到达之后，他们又发现了新的暗号，顺着线索来到了萩市，没想到袭击公子小姐的人那些人将灰原、光彦和公子小姐带走。

动画原创。决定解开公子的祖父遗留下的日记本中的暗号，同时探寻宝藏的柯南一行人。在寻宝途中，公子和光彦，哀被多名男子绑架，被迫承受着要立刻找出财宝的压力。此后，柯南接连不断地破解出暗号，找到了可能埋藏有宝藏的木箱前。此时，用光彦等人作为人质的男子们现身，要求他们交出木箱。柯南将小五郎用麻醉枪射倒，开始上演推理秀……

【主线剧情】工藤收到屋田诚人的信，信上说他一年前办的案子有差错让他重新调查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他们一起前往那个村庄。柯南只身来到了信上所说的地址，不想被关进了小木屋，就在这时，他因为误食解药的身体开始发生变化，逃脱期间掉进了旁边的湖里，被人发现时他已经失去记忆。为了让他想起过去，服部一行带着新一来到了当时的案发现场日源村长家，并在这里碰见了记者河内深里以及屋田诚人的同学水川萌生。

　　虽然没找到什么关键线索，但小五郎他们却从当地人口中得知了死罗神的传说，难道这一切都是死罗神的惩罚？次日一大早，新一就独自前往日源村长家，当服部赶到时，竟然看到新一满身是血的站在记者河内深里旁边，他深信凶手一定不是新一，于是在警察赶到前将他藏到了后车厢，并且还特意交代让小兰、和叶等人暂时瞒过警察，可小兰却突然跑进了森林……

【主线剧情】小兰从昏迷中醒来时发现自己在一个小木屋里，并且身上的伤也被人包扎好了，这时，小五郎他们也找到了这里，服部在隔壁的房间发现了很多新线索，他把案件从新理顺后，将所有人都叫到了村长家，并指认这个用刀刺伤河内深里的人就是他身旁的工藤新一，没想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主动承认自己的罪行，就在这时，死罗神出现。

　　死罗神和服部一唱一和，两人一起揭穿了假新一的身份并且还将当年村长及其妻子遇害一案再次向大家说明，而这个死罗神自然也就是工藤新一本人。案件结束后，新一的身体再次发生变化，幸亏灰原的及时赶到，新一才保住了秘密不被发现，在驱车回家的途中，一辆车很危险的在马路上行驶，当大家努力将其拦下后却发现开车的人已被人勒死。

【主线剧情】根据死者身上残留的余温，新一和服部推断出凶手就在这附近，他们借用偶然碰见的高木警官的权力封锁了收费站，并且很快将犯人锁定在三个人身上，之后，他们又在死者的车窗上发现了两个小孔，这无疑是揪出凶手的关键性线索，然而，灰原给新一的药即将失效，新一该如何应对？小兰一直吞吞吐吐想要告诉他的话又是什么？

动画原创。小五郎应邀去一个剧团监控现场状况，查看中柯南误入道具室，没想到他竟然在那里听到了演员驹塚的杀人计划，而且自己还十分不幸的被驹塚发现并监禁了起来，计划逃跑的这段时间内，演员伴野和矢吹陆续来到这里在道具上做手脚，得知了三个心怀鬼胎的人所制定的杀人计划后，柯南能否在戏剧开始前阻止他们的杀人行动？