Ai et Conan sauvent un chaton blessé, coincé dans un arbre, puis ils le ramènent chez son propriétaire, le gérant du bar « cha cha ». Subitement, la concierge du bureau de prêt d’en face accoure et demande de l’aide : elle vient de trouver le cadavre du maître des lieux, assassiné par une de ses statuettes porte-bonheur, un manekineko.

Conan fait part de ses déductions sur le père de Eisuke Hondo à Heiji par téléphone. Eisuke est ensuite aperçu par Conan dans un hôpital, en train de poser des questions sur Rena Mizunashi, qu'il pense être sa sœur. Afin de l'aider dans ses recherches, Ran lui propose d'aller voir un ami de Kogorô, grand fan de la présentatrice, afin de comparer des photos. Cependant, en essayant d'appeler cet homme, Conan se rend compte qu'il est embarqué dans une affaire frauduleuse, qu'il va falloir résoudre pour pouvoir avancer dans l'enquête.

Des indices contradictoires n'arrêtent pas d'apparaître dans l'enquête de Eisuke et (en secret) de Conan pour savoir quelles sont les relations entre la sœur du jeune homme et la présentatrice de télévision, Rena Mizunashi. Alors que Kogorô est embauché par un homme pour résoudre une vieille affaire de meurtre, on apprend que c'est le propriétaire de la maison dans laquelle a grandi Eisuke. Les Môri et Eisuke vont donc chez cet homme.

Une affaire éclate quand le propriétaire de la maison où Eisuke a grandi est retrouvé assassiné, pendu dans son bureau. De plus en plus convaincu que Rena Mizunashi et la sœur d'Eisuke sont deux personnes différentes, Conan va devoir résoudre l'enquête du pendu pour pouvoir avancer dans l'enquête d'Eisuke.

Kogorô l'endormi résout l'affaire du pendu en chambre close.

Conan apprend que l'énigmatique Eisuke Hondo est porté disparu par ses camarades de classes, et qu'il a peut-être découvert l'endroit où est cachée Rena Mizunashi. Encore plus inquiétant, un tristement familier numéro de téléphone a été entendu là-bas. Le jeune détective décide de travailler en collaboration avec les agents du FBI pour dénouer ce mystère.

Épaulé par les agents sur place, Conan mêne l'enquête pour dénicher l'homme de l'Organisation caché dans l'hôpital d'Haido. Il apprend aussi, d'une infirmière, un secret médical sur Eisuke qui pourrait bien tout changer

Grâce à l'aide de Conan, le FBI a pu identifier le membre de l'Organisation caché dans l'hôpital. Leur tentative de l'appréhender se termine néanmoins en un échec. Conan apprend des agents James Black et Jodie Starling des informations sur le passé de Shuichi Akai, et décide d'élaborer un plan avec lui.

Le FBI prépare un plan pour évacuer Rena Mizunashi de l'hôpital Haido, qui n'est plus sûr. Cependant, Akai et Conan semblent avoir mis au point leur propre plan. Les choses vont cependant s'accélérer quand James Black reçoit un colis piégé. Ce n'est que grâce à l'habileté de l'agent nouvellement appointé, André Camel, que tous s'en sortent indemnes. Les problèmes ne font cependant que commencer.

Alors que le FBI essaie de protéger les civils de l'hôpital Haido des machinations des hommes en noir, ils se font duper par ces derniers et doivent hâter leur plan pour déplacer la présentatrice de télévision Rena Mizunashi. Leur ruse est cependant mise à jour, et le destin de l'opération semble reposer sur les épaules de l'agent Camel

Rena Mizunashi est récupérée par l'Organisation des hommes en noir. Conan et Akai dévoilent aux agents du FBI les ficelles du plan qu'ils ont fomenté la veille. La véritable identité de la présentatrice et de Eisuke Hondo est aussi révélée.

Après l'affaire de l'hôpital Haido, le professeur emmène les Detective Boys à un célèbre hôtel pour déguster un buffet. Une affaire éclate dans l'enceinte de l'hôtel, et l'agent du FBI André Camel, qui passait par là par hasard, est parmi les suspects principaux.

Alors que l'agent Jodie est appelée par Conan pour blanchir l'agent Camel des soupçons qui pèsent sur lui, les choses sont aussi compliquées de l'autre côté de la loi. Rena Mizunashi est accusée de traîtrise par l'Organisation, et va devoir prouver sa loyauté d'une manière irrécusable.

Conan résout l'affaire de l'hotel et lave par la même occasion l'agent Camel de tous soupçons. Une partie de son passé commun avec Akai est dévoilée. Ce dernier est sur le point de prouver la force de sa dévotion pour sa cause.

L'agent Akai rencontre Rena Mizunashi sur une route désertique de montagne. Plus tard, l'agent Jodie fait face à de très mauvaises nouvelles, même si Conan semble en savoir plus qu'il n'en laisse paraitre.

Un directeur d’édition tient le scoop du moment ! Il a réussi à réunir le célèbre détective Mouri et une grande cartomancienne pour une entrevue dont le résumé sera transmis dans le prochain numéro de son magazine. La rencontre a lieu dans le manoir de cette dernière, mais tout ne se passe pas comme prévu…

Eri et Kogorô sont censés diner ensemble pour la première fois depuis bien longtemps. Cependant, alors qu'elle est au salon de coiffure pour se préparer pour le soir, un crime au commis par sa coiffeuse, voulant s'appuyer sur le témoignage de la reine du barreau comme défense. Un alibi parfait, si ce n'était pour la capacité de déduction de Conan.

The police confirm that Hasaka was at the convenience store during the ten-minute period. Conan notices that there are strange scratch marks on the pole near the convenience store and the guard rail alley directly above the garbage collection point. Conan realizes how the murder is done, tranquilizes Kogoro, and impersonates him using the voice changing bow tie.

Après une longue absence, Eisuke Hondo revient à l'école de Ran et Sonoko. Ils croisent par hasard Conan, et les filles les emmènent au karaoké pour célébrer le retour du jeune Eisuke. Un homme étrange qui les a suivis toute l'après-midi est cependant retrouvé mort dans une des cabines du karaoké. Le sort d'Eisuke est peut-être en jeu dans cette affaire, car Conan le soupçonne d'avoir refusé le programme de protection rapprochée des témoins du FBI.

The police search the rooms of the four suspects for the blunt weapon used to murder Tatsumi Moniwa. Conan realizes that the man is not an FBI but a stalker who was targeting Sonoko. Upon investigation, Conan realizes who the murderer is.

Jodie apelle Conan pour lui annoncer quelque chose de très grave. Rena Mizunashi, infiltrée dans l'Organisation des hommes en noir, leur a dévoilé l'arrivée à Tokyo d'un nouveau membre, extrêmement dangereux et spécialiste de la collecte d'informations. Son nom de code : Bourbon. Une enquête donnée aux Detective Boys permets à Conan de réfléchir sur cette nouvelle situation. Cependant, l'immeuble dans lequel les enfants devaient enquêter est incendié dans la nuit. En tentant d'élucider ce crime avec l'aide de l'inspecteur Yuminaga, ils font la connaissance d'un mystérieux étudiant, Subaru Okiya

Conan résout le mystère du pyromane jaune. L'énigmatique Subaru Okiya rend visite au professeur Agasa et lui demande s'il pourrait rester pour loger chez lui, étant donné que son appartement a brulé dans l'affaire précédente. Conan lui propose à la place de loger chez lui, dans la résidence des Kudô, et ce malgré les réticences d'Ai.

Peu après, une étrange affaire d'avions en papiers codés attire l'attention de Conan. Il semble cependant ne pas être le seul à travailler sur sa résolution. De leur côté, Ran et Sonoko font la rencontre de Subaru chez Shinichi.

Conan essaye de résoudre l'énigme des avions en papiers codés le plus vite possible, car la vie d'un homme est en jeu. Subaru fait de même, et fait preuve d'une capacité de déduction comparable à celle de Shinichi.

Kogoro is invited as a guest to a wine appreciation party hosted by a wine collector named Murozou Honjou. While exploring the villa, Conan and Ran notice Honjou in an argument with a wine critic named Gorou Akamaru. From afar, Conan witnesses Honjou smashing a brick into Akamaru's skull. Conan runs to their location but is unable to find evidence of the assault.

Kogorô est approché par une chaîne de télévision qui veut lui consacrer une émission spéciale. Cependant, pendant les négociations, le producteur est retrouvé mort chez lui et la collègue de son assistant est introuvable. Ce crime pourrait bien en cacher une autre vérité, plus tragique encore.

Conan investigates reveals that Somei tampered with the evidence to suggest Nakama was alone during his time of death.

L'oncle de Sonoko, Jirokichi Suzuki, se ruine la santé pour essayer d'attraper son ennemi juré, l'Insaisissable Kid. Il devise un plan, consistant en l'exposition d'une paire d'escarpins sertis de joyaux au milieu d'un carrefour fréquenté. À l'étonnement général, le Kid arrive à les voler et se téléporte en une vingtaine de secondes en haut d'un bâtiment. Il promet de ré-effectuer son tour le lendemain, et Conan doit chercher coûte que coûte l'astuce utilisée.

Kogorô est appelé pour une affaire des plus étranges, où un homme a été retrouvé mort, un cadavre de mille-pattes posé à son côté. Par hasard, Hattori Heiji est aussi sur l'enquête, lui appelé par la famille rivale de celle de la première enquête, dont l'un des membres a aussi été assassiné, un mille-pattes déposé près du cadavre. Les détectives de l'Est et l'Ouest vont s'associer à nouveau, avec l'aide d'un membre des forces de l'ordre bourru du nom de Yamato Kansuke.

Kansuke Yamato reveals that Shigetsugu hooked his fishing rod onto the railroads power lines resulting in his death. He shows them Shigetsugu's diary which explains that the four victims were the cause of Kuroto Kai's death and deduces the culprit who murdered the three victims.

Kogoro, Ran, and Conan are at their usual diner but learn that their waitress' brother is a suspect in a murder.

The Detective Boys are at a shrine dedicated to Shōin Yoshida, a famous figure of the Meiji Restoration. While there, they witness two men attempt to wrestle a book from a woman named Kimiko Kobayakawa. After the two men flee, Kobayakawa explains that the two men are after her grandpa's diary which contains the location of a treasure which could buy a country.

The kidnappers call Kobayakawa's phone and demands Conan's group to find the treasure before nightfall.

Heiji takes Kazuha, Kogoro, Ran, and Conan to East Okuho after receiving a letter from Makato Okuda addressed to Shinichi; The letter tells Shinichi to meet with him so he could explain Shinichi's deduction mistake from his past investigation.

Heiji and the others find Ran unconscious in a shed and realize the Shiragami carried her there to address her wounds. Heiji's investigates and realizes how the culprit is framing Shinichi.

Shinichi and Heiji reveal that the victim died while driving evidenced by his body temperature. They are able to narrow the list of suspects to three people by examining the time on their toll tickets and matching it with the victims.

Kogoro is invited by the manager of a theater to investigate strange occurrences. While Conan goes off to investigate on his own, he overhears Hiroshi Komazuka, one of the main actors, plan on switching a fake rapier with a real one to murder Robert Banno, another main actor, in the sword fight scene of the play