Conan y Haibara se encuentran con un gato desaparecido, pero cuando encuentran a su dueño alguien es asesinado y Conan tendrá que encontrar a su asesino.

Conan le comenta a Heiji acerca de la información que consiguió del padre de Eisuke. Luego Conan, Ran y Sonoko van al hospital a visitar a una amiga de la secundaria y se encuentran con Eisuke quien estaba buscando a su hermana con una foto quien es idéntica a la presentadora de noticias Rena Mizunashi. Todos creen que en verdad su hermana sí es Rena, pero Eisuke dice que se trata de otra persona. Para salir de dudas, Ran propone ir donde un amigo de Kogoro quien es un fanático de Rena y podrá asegurar si se trata de ella o no.

Las sospechas de todos debido al supuesto parentesco entre Rena Mizunashi y Eisuke Hondou crecen cada vez más por lo que Eisuke decide confirmar su tipo de sangre y va a la casa donde su madre trabajaba para buscar su libreta de nacimiento. Kogoro casualmente es convocado por el dueño de esa misma casa para resolver el misterio que se cierne sobre la muerte de su hijo ocurrida 1 año atrás.

La libreta de Eisuke muestra que tiene sangre de tipo 0. El dueño de la casa sospecha que a su hijo lo asesinó alguien de dentro y sabe que él también será asesinado por venganza. Al final del capítulo se escucha un jarrón romperse desde el estudio del dueño y cuando todos van a socorrerlo se lo escucha gritar "¡No abran!". Aparece colgado junto a libros desparramados.

El detective Takagi encuentra un posible mensaje póstumo en uno de los libros cercanos a la víctima. Conan investiga a fondo la escena del crimen y finalmente se resuelve el caso (y se desvelan los anteriores). Al notar que Ran no está, Conan corre a buscarla pensando que está con Eisuke en el baño. Al entrar lo ve con el torso desnudo e inmediatamente descubre algo.

Ran le cuenta a Conan que Eisuke lleva semanas desaparecido y que lo último que le dijo fue que había conseguido una pista. Conan contacta a Jodie y se devela que el padre de Eisuke, Ethan Hondou, era un miembro de la CIA y que lo asesinó Rena Mizunashi hace 4 años. Jodie y Conan deciden ir a ver a Rena al hospital y una vez allí le preguntan a una enfermera sobre Eisuke, esta les advierte que no fue el único en preguntar por Rena.

La enfermera le dice a Conan que recuerda a Eisuke de pequeño ya que tuvo que ser operado a causa de su leucemia. Hay 3 posibles espías de la organización y el FBI se dispone a investigarlos con la ayuda de Conan, finalmente solo queda uno.

El miembro de los Hombres de Negro va a la recepción del hospital de noche para ver si Rena está hospitalizada en él. Aparecen los del FBI y Jodie lo apunta con la pistola, pero éste amenaza que tiene una bomba en su cuello y que ante cualquier movimiento en falso lo hará explotar. Consigue huir en coche, pero Akai y Conan lo persiguen hasta que él se suicida. Más tarde, Jodie le relata a Conan el pasado de Akai en la Organización, mientras que Eisuke Hondou y Mizunashi Rena se encuentran en el hospital.

James y Jodie se reúnen con los demás agentes del FBI para explicar el plan y entre ellos aparece un nuevo miembro llamado Andre Camel. Al final de la reunión llegan Conan y Akai, quienes sin haber estado presente en la reunión, ya se imaginan en que consiste. Luego ocurren 3 accidentes casi simultáneos cerca del hospital, intoxicación por alimentos, asfixia por humo tóxico y un incendio. Esto hace que mucha gente vaya al hospital Haido y los agentes del FBI no pueden controlar el ingreso de las personas.

Los agentes del FBI siguen visitando las habitaciones de los pacientes para sacar las bombas que han sido enviadas por los Hombres de Negro. En la televisión de las habitaciones sale Rena en una habitación de hospital diciendo que está bien. Los agentes acuden rápidamente a la habitación de Rena y al llegar se dan cuenta de que ella sigue allí inconsciente. Akai y Conan llegan también diciendo que eso fue un plan de los Hombres de Negro para saber la ubicación exacta de Rena, pues en las bombas también había un rastreado, por lo que deciden sacar a Rena en una de las caminonetas del FBI.

Gin ordena a los demás para ir detrás de la camioneta que lleva a Rena. Ella despierta y ataca a Andre haciendo que la camioneta se estrelle. Gin y los demás llegan y se sorprenden al ver que Rena sale de la camioneta. Ella les explica que ya había recuperado el conocimiento y justo cuando deciden eliminar a Andre, la camioneta explota. Por otro lado, los agentes del FBI quedarán impactados al descubrir la verdad de todo el plan elaborado por Akai y Conan.

Akai les sigue explicando a Jodie, James y al resto de agentes del FBI sobre el plan que elaborado junto con Conan. Al día siguiente la liga juvenil de detectives van al restaurante de un hotel para comer buffet cuando se estacionan patrullas en el hotel y ven al inspector Takagi. Éste le dice que un productor de talento acaba de ser asesinado en una de las habitaciones del hotel.

Jodie llega a la escena del crimen para aclarar que Andre es un miembro del FBI y se hace pasar por su novia. Luego mientras se sigue con la investigación Conan hace notar que el jefe estaba escribiendo algo antes de morir y se dan cuenta de que había escrito "Bring my tux". Por otro lado, Rena está llamando al estudio de televisión para renunciar a su cargo de presentadora cuando Gin le apunta con una pistola, le dice que para volver a confiar en ella debe matar a Akai Shuichi.

El inspector Megure y los demás siguen sin entender el significado del mensaje. Jodie quiere mandarle un mensaje a Akai para que les ayude a resolver el mensaje, pero su celular está fallando y Conan le presta el suyo. Conan aprovecha para darle una pista a Jodie quien luego de escucharlo también deduce al culpable. Sin embargo, los demás todavía no lo entienden y Conan se los dice en el oído. Aunque el plan de Conan no convence, demuestra ser una prueba infalible luego de descubrir al criminal. Mientras Akai se dirige a reunirse con Mizunashi Rena.

Akai se dirige al sitio donde quedó encontrarse con Kir. Al llegar, descubre que ella ya lo estaba esperando y le dispara. Mientras cae Akai ve de lejos el porsche de Gin. Luego Kir deja una bomba en el coche de Akai y se retira. En dirección contraria a ella, pasa una patrulla y en ese momento explota la bomba. Por otro lado, Conan y los demás ya se están retirando y Jodie le pregunta si quiere ir al hospital para despedirse de los miembros del FBI, pero Conan le dice que mejor se va a su casa rápido porque es viernes 13.

Kogoro está reunido con una famosa vidente en su casa lujosa con motivo de una entrevista para una revista. Como siempre Kogoro se hace el que sabe mucho y Conan y Ran también se encuentran allí. Después de la charla, Kogoro, La vidente y Reika salen al jardín para tomarse una foto y allí el jefe de la compañía de Reika les explica a Conan y Ran que en varios lugares de la casa Reika ha puesto unas ventanas que tienen su rostro y su signo de zodiaco que es el escorpión. Más tarde, Reika es asesinada en una habitación cerrada.

Conan, Kogoro y Ran se dirigen a una peluquería a recoger a Eri, cuando escuchan un sonido fuerte. Detienen el auto y Conan descubre que se trata de un joven que ha sido asesinado y arrojado al basurero. El inspector Megure con Takagi, quienes identifican al joven como un luchador profesional, creen que el culpable debe ser alguien lo suficientemente fuerte como para cargarlo y arrojarlo.

Conan está investigando los alrededores de la peluquería y la tienda a donde fue la joven cuando se ausentó mientras le cortaba el pelo a Eri. Conan se da cuenta de algunas marcas en las barandillas de seguridad y en el piso y gracias a una pista de Ran logra resolver el misterio.

Conan, Ran, Sonoko y Eisuke van al karaoke para celebrar el retorno de Eisuke a las clases. Eisuke se ausenta por un rato y cuando regresa lleva un rostro de preocupación. Ha pasado cerca de una hora y cuando ya están a punto de retirarse del karaoke escuchan un grito. Habían asesinado a un cliente del karaoke. Conan se da cuenta de que han asesinado al sujeto que los estaba siguiendo y recuerda la expresión de preocupación de Eisuke y lo ve como un posible sospechoso.

Mientras continua la investigación, Conan escucha la palabra "Black Jack" y eso le da la pista para resolver el caso. Ya camino a casa, Conan se va diciendo que tiene que ir a comprar un libro y Eisuke lo persigue. Una vez que Conan y Eisuke están solos, Eisuke le dice a Conan que ha decidido regresar a los Estados Unidos para unirse a la CIA y seguir los pasos de su hermana, pero que antes quiere declararse a Ran pues le gustó desde la primera vez que la vio.

Conan recibe una llamada de Jodie quien le avisa que Rena se comunicó con ella diciéndole que hay un nuevo miembro de la organización llamado Bourbon. Un niño llamado Kaito les pide ayuda a los Detective Boys para que investiguen sobre uno de los inquilinos de su apartamento quien hace algo sospechoso por las noches. Al día siguiente, Conan y los demás se sorprenden al ver que el apartamento donde vivía Kaito se ha incendiado.

Conan ha resuelto el caso y sabe la identidad del sujeto amarillo quien incendió el apartamento de Kaito. Le cuenta al inspector Yuminaga y a los demás que primero dedujo quienes eran los sujetos rojo y blanco para luego deducir el amarillo. En la casa del profesor Agasa, Okiya le dice si es que puede quedarse a vivir con ellos pues su departamento se incendió. Agasa le dice que no hay problema, pero Ai no está de acuerdo. Por eso Conan le ofrece las llaves de la casa de Shinichi. Después, tendrán que resolver el misterio de unos aviones de papel con distintas marcas.

Tanto Okiya como Conan le piden a Sonoko y Ran respectivamente si tienen otro avión de papel. Sonoko le pregunta cómo supo que el avión era un mensaje de S.O.S. y Okiya les explica que las marcas del avión en realidad son códigos Morse y que estos significaban las siglas de auxilio. Ran, siguiendo los consejos de Shinichi, va a salvar al dueño de los aviones de papeles.

Invitan al famoso Kogoro Mouri junto a Ran, Conan y al inspector Shiratori a un evento, el cual es para probar los mejores vinos, y se cree que sucedió un asesinato el cual nadie sabe que ocurrió, el único que lo hace es Conan que lo presenció. Conan tratará de resolver el caso.

Un hombre va junto con su ayudante a la oficina de Kogoro, para proponerle un nuevo programa "24 horas con Kogoro Mouri". Éste acepta, pero cuando quedan unos días después para planificar, el jefe del hombre es asesinado y todo apunta a que el joven es el asesino.

¿Es realmente ese hombre el homicida? Hay varios puntos que no encajan. Como, por ejemplo, el asesinato se cometió dentro de un piso totalmente cerrado, un trozo de tarta y una taza de café en la mesa, y la extraña desaparición de la chica que ayudaba al sospechoso.

Kaito Kid efectúa un robo a la vista de un montón de personas entre las cuales estaba Conan, y tras obtener un objeto de gran valor muestra su "teletransportación" ¿Será capaz Conan de resolver el truco?

La familia Torada llama a Kogoro, Ran y Conan. Su hijo fue asesinado hace unos años y creen que el asesino es alguien de la familia Tatsuo. A su vez, la familia Tatsuo llama a Heiji y Kazuha porque su hijo también fue asesinado supuestamente por alguien de la familia Torada. El elemento común, es que, en ambos crímenes, al lado se encontró un ciempiés muerto.

Las cosas se ponen cada vez peor, aparte de los dos hombres muertos atrás, Ayaka Tatsuo y Shigetsugu Torada también han sido asesinados. ¿Podrán encontrar Heiji y Conan al homicida que tantas muertes ha causado?

Conan, Ran y Kogoro van a desayunar a la Cafetería Poirot cuando notan un ambiente extraño, para su sorpresa descubren que el lugar está lleno de Policías que buscan al hermano de la Camarera que es sospechoso de homicidio.

Hay un desconcertante código de un abuelo y Conan tratará de resolverlo con la liga juvenil de detectives, y luego Mitsuhiko y Haibara son secuestrados ¿que pasará con ellos?

Haibara y Mitsuhiko son secuestrados y para liberarlos, Conan deberá terminar rápido el código y desatar todo este misterio.

Shinichi Kudo recibe el correo de un pueblo de un caso resuelto hace un año. Conan, Kogoro, Ran, junto con Heiji y Kazuha deciden visitar el pueblo y se dan cuenta de que el pueblo odia a Shinichi. Conan se dirige a la cabaña que menciona la carta, pero resulta ser una trampa para atraparle. Más tarde, Conan se da cuenta de que la medicina que tomó para el resfriado fue en realidad el prototipo del antídoto de la APTX 4869 y que se convertirá de nuevo en Shinichi Kudo. Más tarde, Shinichi se encuentra en el lago sin memoria. Después él se encuentra envuelto en un asesinato de una periodista que iba a revelar un secreto sobre él. Al parecer, el asesinato está relacionado con la misteriosa persona del bosque, el Shiragami.

Ran se despierta en una cabaña en el bosque y se da cuenta de que alguien le curó las heridas. Después, ella, Kogoro, Kazuha y Heiji ven una habitación con fotos de Shinichi con marcas de cuchillo en ellas. Heiji vuelve a casa de los Hinohara y desvela que el Shinichi amnésico es en realidad Makoto, que usó la cirugía estética. Entonces el Shiragami entra en la habitación y se descubre que es Shinichi. Finalmente, Makoto es arrestado y todos se dirigen al hotel. A medio camino el efecto del antídoto empieza a desaparecer, y Heiji ayuda a Shinichi a llegar al baño donde estaba Haibara, que le da otro antídoto. Más tarde, mientras vuelven, el grupo de Kogoro descubre a un hombre estrangulado en su coche y se detienen para investigar.

La investigación reduce los sospechosos a tres conductores conocidos de la víctima que estaban cerca del lugar del crimen. Después de resolver el caso, el efecto del antídoto comienza a desaparecer, y cuando Shinichi va a escapar, Ran coge su mano y le dice que quiere oír la respuesta a su pregunta, y que no lo dejará ir nunca más.

La Directora de una Compañía de Teatro contrato a Kogoro para investigar los extraños incidentes de una obra que está a punto de ser estrenada, Conan descubre que están a punto de cometerse varios crímenes durante la misma ¿Podrá evitarlos?