Conan and Vi rescue a kitten from a tree and return him to his owner, Tamotsu Ishigami, the owner of a local café. A woman barges into the café exclaiming she found her boss, Kenzo Kanemaru, dead.

Conan, Ran, and Sonoko are visiting a sick friend in the hospital. There they meet Eisuke who tells them he is searching for his long lost sister who looks identical to Rena Mizunashi.

Conan suspects there is a hidden component to Eisuke's story and believes Eisuke is searching for Rena with an ulterior motive.

Kakuzō shows Kogoro a photograph of Tango's body in a pool and points to a white glove Tango is wearing. He reveals that the glove was the same glove their previous butler wore before a car accident killed him, and that Tango's murder occurred on the anniversary of the butler's death.

Conan's investigation leads him to realize how Kakuzō and Tango's murder was accomplished.

Conan contacts Jodie Starling to inform her Eisuke may be searching for Rena and learns from her that Eisuke's father, Ethan Hondō, was a spy for the CIA who were investigating the Black Organization.

The nurse tells Conan that she just remembered Eisuke had surgery for leukemia when he was young, raising the possibility Rena may in fact be his sister.

That night Kusuda is caught sneaking into the nurse's lounge photographing the patient list and the FBI proceed to apprehend him. Kusuda reveals that under his cervical collar are explosives which he will detonate if they attempt to arrest him.

The FBI plan on transporting Rena to another location in one of three identical vans, making the other two decoys. Elsewhere, the Black Organization cause food poisoning throughout restaurants in the city, release poisonous gas in public areas, and start a fire in a local theatre. These incidents cause a large number of people needing medical attention to flow into the hospital.

Rena appears on television while the FBI agents are gathering the small explosives which causes them to gather to Rena's room to investigate

Rena wakes up and knocks Camel unconscious, causing the car to crash. Once freed, she reunites with the other members of the Black Organization.

The Detective Boys run into Officer Takagi who tells them the president of a foreign talent agency was murdered only a few minutes ago. The police gather up three foreign suspects, one of which includes FBI Agent Camel. Camel is the prime suspect because of his physical features and refusal to answer the questions relating to his profession since the FBI's investigation in Japan must remain a secret. Conan calls Jodie to come and help prove Camel's innocence.

Jodie arrives and tells the police that Camel is an FBI agent and that they are a couple vacationing in Japan

Conan realizes why the culprit took the memo and tells Inspector Megure his plan to reveal the culprit.

Akai meets with Rena.

Kogoro is invited by a famous fortune teller named Reika Shiijou for an interview. Ran asks Shiijou to read her fortune; Shiijou tells her she will read it later and gives Ran her room key's diamond keychain as compensation. Later that evening, Shiijou's guests realize she has been in her room for far too long. Unable to open her door, they see her through the outside window dead.

Eri Kisaki is getting her hair done by her barber, Minayo Hasaka, prior to having dinner with Kogoro, Ran, and Conan that evening. Kogoro, who was on his way to pick up Eri, finds a dead body at a garbage collection point.

The police confirm that Hasaka was at the convenience store during the ten-minute period. Conan notices that there are strange scratch marks on the pole near the convenience store and the guard rail alley directly above the garbage collection point. Conan realizes how the murder is done, tranquilizes Kogoro, and impersonates him using the voice changing bow tie.

Eisuke returns to school and Ran and Sonoko take him to karaoke to celebrate his return. Conan notices that there is a strange man following them and presumes he is an FBI agent sent to keep an eye on Eisuke.

The police search the rooms of the four suspects for the blunt weapon used to murder Tatsumi Moniwa. Conan realizes that the man is not an FBI but a stalker who was targeting Sonoko. Upon investigation, Conan realizes who the murderer is.

After school, Conan receives a phone call from Jodie who tells him that the Black Organization has received a new member codenamed Bourbon.

Conan realizes who the arsonist is and reveals the identities of the "Red man", "White man", and "Yellow man" are related to types of cars

Subaru reveals that when the paper plane is unfolded, the symbols ··· — — — ··· is Morse code for SOS.

El senyor Honjo és l'encarregat de preparar una festa per celebrar els setanta anys del senyor Hirose, el president de l'Associació Nacional del Vi. Com que es tracta d'un personatge molt important del món dels vins, la festa inclourà una degustació dels millors vins francesos. En Kogoro, la Ran i en Conan també estan convidats a la festa, però mentre esperen l'arribada del senyor Hirose, en Conan és testimoni del que sembla un assassinat i decideix investigar.

Un home va junt amb el seu ajudant a l'oficina d'en Kogoro per proposar-li un nou programa: "24 hores amb en Kogoro Mouri". Aquest accepta, però, quan un dia després de planificar, el cap de l'home és assassinat i tot apunta a que el jove és l'assassí.

És realment aquell home l'homicida? Hi ha diversos punts que no encaixen. Com, per exemple, l'assassinat es va cometre dins d'un pis totalment tancat, un tros de pastís i una tassa de cafè a la taula, i l'estranya desaparició de la noia que ajudava al sospitós.

Jirokichi Suzuki decides to bait Phantom Thief Kid with the Purple Nails, a pair of high-heeled footwear with embedded jewels worth a fortune, in an attempt to capture him

Kogoro is hired by the Torada family to solve the murder of Yoshirō Torada; Yoshirō was swept away by a tornado and was found by an unknown culprit, who instead of helping him, left a dead centipede beside Yoshirō and left him to die. .

En Conan i els seus continuen investigant les misterioses morts de diversos membres de les famílies Torada i Tatsuo i arriben a la conclusió que totes estan inspirades en el Furinkazan, un estendard de guerra. Després de la mort d'en Shigetsugu Torada, l'inspector Yamato dona el cas per tancat, però això només és una estratègia per desemmascarar el culpable de totes les morts. Els consells del Furinkazan ajudaran els detectius a resoldre el cas.

Avui, el Cafè Poirot està ple d'homes malcarats amb un posat sospitós. Llavors, el Conan reconeix l'agent Takagi, que li explica que són policies que investiguen un assassinat. La víctima, el Sr.Torihira, era el cap d'en Sugihito, el germà de l'Azusa. En Sugihito és el principal sospitós: les seves empremtes digitals són a l'arma del crim, no s'ha presentat a la feina i han trobat una camisa seva tacada amb la sang de la víctima.

Uns homes misteriosos ataquen la Kimiko, una noia que guarda un diari ple d'endevinalles que són pistes per trobar un tresor. En Conan i els seus amics salven la noia, que demana ajuda al detectiu Mouri. Com que sembla que el tresor ha de ser a Tsuwano, la ciutat natal de la Kimiko, tots es desplacen cap allà, però els homes misteriosos els han seguit, perquè en continuen fent de les seves.

Després que uns homes misteriosos segrestin en Mitsuhiko, l'Ai i la Kimiko, en Conan i els seus reben una trucada en què els diuen que si no troben el tresor aviat, faran mal als tres segrestats. Seguint les pistes que donen les endevinalles de l'avi de la Kimiko, finalment troben el tresor al fons d'una cova i els segrestats recuperen la llibertat, però el tresor no és com se l'imaginaven els segrestadors.

En Makoto Okuda envia una carta a en Heiji explicant-li que en Shinichi va cometre un error en un cas que va investigar fa cosa d'un any. A la carta li demana que es presenti amb en Shinichi a Okuho de l'Est, el poble on va tenir lloc el doble assassinat, però quan hi arriben resulta que en Makoto fa temps que ha desaparegut i que l'assassí podria ser un ésser llegendari que volta pel bosc. En Conan i companyia descobreixen que en Makoto Okuda venerava en Shinichi fins que el detectiu adolescent va anar a Okuda de l'Est i va arribar a la conclusió que l'alcalde havia provocat un doble suïcidi. A més, cada vegada es fa més evident que l'ésser llegendari del bosc ha de ser una persona de carn i ossos que té alguna relació amb el cas que estan investigant.

La periodista que volia fer públic l'error d'en Shinichi és apunyalada, i totes les proves l'assenyalen a ell com a culpable. En Heiji creu en la innocència del seu amic, i haurà de descobrir l'autèntic culpable abans que es faci fosc. En Heiji descobreix l'autèntic culpable, i el veritable Shinichi apareix per demostrar la seva innocència. Però l'efecte de l'antídot està a punt d'acabar-se i en Shinichi s'haurà d'afanyar a amagar-se per evitar que la Ran descobreixi que en Conan és ell.

En Conan ha recuperat el cos d'en Shinichi gràcies a l'antídot de l'Ai, però no sap quant de temps li durarà l'efecte. Mentre tornen a casa per l'autopista, en Heiji, en Shinichi i companyia veuen un cotxe amb un sol ocupant que circula fregant la tanca de seguretat. Quan l'aturen, comproven que el conductor ha mort estrangulat. Amb l'ajuda dels agents Sato i Takagi, els joves detectius comencen a investigar el cas.

Una companyia de teatre ha contractat en Kogoro perquè investigui els estranys incidents que han passat durant els assajos d'una obra de teatre. Segons la llegenda, cada vegada que es representi aquesta obra, hi haurà un mort a la companyia. Quan investiga entre bastidors, en Conan descobreix un pla per assassinar un dels actors, però abans de poder fer-hi res, l'assassí en potència el troba i l'empresona dintre d'un sarcòfag d'attrezzo.