动画原创。在流水亭吃饭的时候，柯南再次遇到谋杀案件，死者是绳文大学的新井副教授，同行的两人金田和岩间表示他们是为了庆祝新井晋升才来流水亭，调查后并没有发现可疑人物出现在新井遇害的八号房，而当时金田和岩间也都有不在场证明。但一切瞒不过柯南的眼睛，在查看了金田和岩间所在的三号房和送饭用的船只后，找到了凶犯难以逃脱的铁证。

阿笠博士以少年侦探团为对象进行了一场寻宝之旅，舞台就是阿笠博士的叔叔住的一个别墅，但在他叔叔过世的50年来，这栋本不该有人进出的别墅却发现有人来过的痕迹，他们还找到了一系列由月亮、星星和太阳组成的古怪暗号，连博士事先藏好的玩具也被人用刀划坏，这幢别墅一定暗藏玄机。

对暗号进行仔细研究后，柯南将其破解，顺着暗号的指引，他们找到了暖炉下新的图案，只是这个暗号指向了盘子，一切又回到了原点，柯南百思不得其解，之后，他注意到这些带有暗号物品的摆设位置，将他们连成一线，没错，机关就是天花板上的吊灯，将吊灯旋转后，二楼的密室被打开，然而这个阁楼上居然有一堆白骨！

动画原创。少年侦探队为准备儿童大会要表演的布偶戏，随一个叫海部大学生去雾之丘高原进行特训，可是当晚柯南发现同他们一起来的小朋友和相应的布偶都不见了，就在柯南和光彦去二楼进行调查的时候，元太和步美也突然失去了踪影，因为电话线被不明人士割断，两人跑到离这里最近的另一家民宿，却看到……

服部和女友和叶受人委托前往鸟取县傀儡岭的武田家，但却在途中迷路，还遇到了一位叫罗伯泰勒的外国人，这时，同样受到武田家的邀请，为他们解开傀儡岭蜘蛛之家谜团的柯南等人刚好从旁边经过，在他们到达的当天晚上，武田家的长子信一在木偶仓库的二楼吊死，接着和叶的身后出现了可疑的人影。

和叶被人带走不知去向，与此同时，柯南、服部和小五郎三人正对信一的死亡现场进行调查，期间，女佣盐谷给他们送来宵并讲述了三年前所发生的事情。当得知和叶被人掳走消息后，大家分头寻找，最终在仓库里找到了缠满细线的和叶，所幸生命没有受到威胁。之后，柯南和服部又发现了袭击和叶用的电击棒和BB弹，再次返回案发现场又找了新的线索，凶手就是那个人没错！

服部把武田家的人和罗伯叫到发生凶案现场的二楼仓库，柯南将小五郎麻醉，在黑暗之中道出凶手所使用的手法，当被问及凶手是如何在这个形如密室中的仓库作案时，柯南的回答却是凶手根本没有出现在凶案现场，那么凶手到底如何作案？信一为何会虐待自己的女儿美纱？美纱自杀的真正原因到底什么？是怎么样的误会导致武田家频频出现惨案？

动画原创。小五郎受推理迷林雅人之邀去米花町水族馆观看表演，没想到在表演现场却发生了命案，死者是女演员大沢美智子，警方在调查中发现大沢的膝盖处有贴布，询问了同事后得知，她的腿偶尔会疼痛，并且在检查了控制室和蚌壳装置没发现异样后，推断出大沢死于意外，然而，跟着警方一起调查的柯南还是发现了蛛丝马迹，认为这是一件有预谋的杀人案件。

【主线剧情】当新出医生得知来取健康检查结果的小五郎，就是传说中的大侦探之后，便邀请小五郎，小兰和柯南留在他家里吃便饭，但在饭前却突然停电，来电之后，大家在浴室里发现新出医生的尸体，同时，在浴缸里还发现了一把刮胡刀，乍一看像是因为触电而死的意外事件，但在柯南看来却是一场有预谋的杀人案件。

【主线剧情】智明发现自己外婆的脚受了伤，因为警察要对阳子进行侦讯，所以小兰就主动提出帮助智明，自从小兰见到智明就总是一副很中意的样子，不是黑暗中紧抱智明的胳膊就是和他拉手，而且在她的脸上总是出现一片绯红，这些全部让柯南看在眼里，心里不禁大吃飞醋，难道小兰变心了吗？柯南在房间的二楼发现了碎片，并在房间中发现了可以解释小光为何会花费一分钟的时间去打开总开关证物，接下来，就是揭穿真相的时间。

小兰，园子和柯南在溜冰场认识了五个自称是陶土射击爱好者的朋友，就在大家等待看烟火的时候，洗手间却传来园子的尖叫，大家慌忙赶到现场时，看到的却是千寻遭人用散弹枪击中胸部倒坐在洗手间的惨状，她的尸体旁边留下了一个用血写成的S状文字，于是小五郎推断这个英文字母代表着「凶手就是佐野泉」的信息，但高木和目暮警官却推翻了他的猜测，之后，警方在死者的携带行动电话上发现了KIX的字样。

虽然现在清楚了凶手的犯案手法，但还是不能将犯人锁定在一个人身上，这四名一同前来的朋友都有犯案的嫌疑，柯南在厕所外面和内部都发现了地上带有血迹的线条，并且他还从四人的交谈中得知半年前因散弹枪走火而死亡的成田，经过推断，他已经知道了真相，就在这时，小五郎却叫来所有人，说他已经知道了谁是真凶！

因为柯南猜对了海豚旅行团所出的谜题，于是，为三人赢得了一次免费乘坐交响乐号去小笠原的机会，能登上这艘船的只有十名乘客，在登记途中，小五郎碰见了老警察鲛崎，但听乘务员说这艘船上还有第三名侦探，小兰和柯南也无意中发现了这次活动的组织古川，夜晚，大家聚在一起讨论此次前来的乘客，当听到叶才三这个名字时，每个人都面露惊讶之色。

原来这个叫叶才三的人，就是二十年前「四亿元强盗杀人案」的主谋，鲛崎和小武郎急忙赶到叶才三所在的101号房却发现屋内空无一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交响乐号也没有发现叶才三的身影，如果挨过今晚，法律将不再追诉他们二十年前所犯下的罪行，叶才三和他的同伙也将恢复自由之身。十二点之后，甲板上传出枪声旗子也被人点燃，柯南发现了一张写有奇怪语句的纸钞，这时，船尾发生爆炸，而在这熊熊大火之中，隐约可见一具尸体。

尸体被烧焦，根本无法辨识他的身份，只能从穿着姑且判断是蟹江，柯南发现这具尸体整过容，并推断出龟田和鲸井也是叶才三抢劫杀人案的同伙，当大伙赶到龟田的房间时，却发现他也消失不见了，柯南和服部推理出现分歧两人决定各自行动，可在调查期间服部遭遇危险，没过一会儿，甲板上再次响起枪声，心虚的鲸井决定交代一切，这时，鲸井突然被不明人士射伤，鲛崎赶到甲板时却看到……

在甲板船头的尸体不是别人，正是让大家误认为已经死亡的蟹江，之后，柯南又在船的外围发现绳索梯子，这说明蟹江一直藏身于此伺机而动，并且柯南还在船头栏杆上发现了剥落的油漆和烧焦的痕迹，将所有的线索串联起来，凶手渐渐浮出水面，这时，柯南接到一通电话，原本很担心平次的他却突然对小兰调侃起了服部，服部是否真的平安？这件与二十年前案件相关的凶案真相到底是什么？

动画原创。静冈县的横沟警官特地找到小五郎拜托他调查一起怪异的案件，此次案件的受害者是演员小宫山，虽然被害者只有一名，但是前来自首说自己是凶手的却有三人并且这几人都有理有据的说出了自己的动机和行凶方式，由于事情紧急，横沟希望小五郎可以尽快做出推理。赶到案发现场时，柯南再次对证人进行询问，并得知了事情的真相，凶手是自首三人中的一人？还是另有神秘四人？

【主线剧情】在放学回家的路上，柯南和灰原发现了黑衣组织中琴酒的车子，柯南在车上装了发信器和窃听器进行跟踪，但被琴酒发现，他也因此察觉到灰原的存在。柯南和灰原根据窃听器听到的地址，来到琴酒和匹斯可等人要进行杀人计划的杯户饭店，这里正举行电影导演的追悼会，在放映幻灯片期间，政客吞口重彦被杀。

【主线剧情】在吞口重彦被杀的瞬间柯南捡到了一条紫色的手帕，之后又发现了一个破碎的美术灯吊环，根据这两条线索柯南展开了调查，可没想到调查期间灰原却被不明人士带走，柯南以眼镜为媒介联系到灰原，得知她被关在了饭店内的一个酒窖里，柯南让灰原喝下老白干，这时，在饭店外面的柯南却看到了金恩，而在酒窖的灰原身体也正在发生变化。

【主线剧情】琴酒离开酒窖后，躲在烟囱中的灰原则依靠她变大的身体，爬到屋顶，然而刚给博士报完平安，她的身后就响起了枪声，原来在酒窖里的时候琴酒就发现了她。而另一边，柯南也得知了杀害吞口重彦的凶手，也就是代号匹斯可的真实身份，在调查清楚灰原所在的位置后，柯南飞速赶到，就在琴酒准备射杀灰原时，柯南向琴酒发射了一枚麻醉针，灰原趁机从烟囱返回酒窖，岂料待她苏醒过来匹斯可已出现在她的面前……

动画原创。博士请大家在一个叫Peach Sunny的咖啡店吃甜点，期间，在靠窗位置有两个正在争吵的人引起柯南的注意，就在博士刚赶到咖啡店时，突然冲进了一辆卡车，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方赶来后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企画的社长大原，意外发生时，大原正好去了厕所，所以才保住性命，这场看似意外的案件其实是有人蓄意杀害，那么，凶手是谁？他又采用了什么样手法？

动画原创。柯南、小兰和小五郎一行三人受到加那娱乐集团的会长加纳善则之托，保护他近来频频被人骚扰的妻子美咲出席晚会，然而晚会中途突然发生停电，美咲在自己房间里被不明人士袭击，所有人都怀疑犯人就是今天晚会的主角杰拉尔天马，可是紧接着杰拉尔天马就被人杀害了。

动画原创。晚到的杰拉尔·天马被剑杀死，和天马有过争吵的加那善成为了头号嫌疑人。柯南则在勘察现场的时候发现窗台上不自然的痕迹，而钢琴上奇怪的东西也吸引了柯南的注意，最终柯南揭穿了像谜一样的人物的真面目同时也解开了杀害天马的凶手所用的犯罪手法。在铁证面前凶手最终承认了自己的罪行并说出了杀人动机。

动画原创。少年侦探团在放学的途中发现勾在S形钩子上的结婚戒指。光彦说这是某个人的SOS的求救信号，少年侦探团的成员们开始搜索现场正在建的公寓。虽然中途误会了岛明夫妇，但是在大家的搜查下，柯南最终发现戒指的真真含义和“上原美里”的疑点。独自面对犯人的柯南再次使用麻醉针逃离危险并救出被囚禁的上原美里。

动画原创。少年侦探团在超市里玩从收银条上的物品名称猜晚饭的菜名的游戏。其中发现了可疑的收银条，柯南她们开始寻找买这些东西的人，想要阻止他。通过分头寻找自行车灯少年侦探团的成员们最终找到了犯人，但中途却失去了犯人的行踪。在元太无意的提醒下，柯南他们抓到犯人现行。最终柯南用脚力增强鞋制服了犯人。

动画原创。小五郎他们去参加为了交通事故的孤儿们的慈善活动，被邀请到发起者的社长家里。社长的苏芳红子在收集面具。连被称作被诅咒的假面的面具也用来装饰。为了不让这些面具出来作怪，晚上0点就会把这件假面之屋锁掉。当天晚上苏芳红子在自己的卧室被杀害，卧室上了两道锁，处于密室状态。同时在苏芳红子的尸体周围被诅咒的假面散落了一地。这真的是诅咒吗？

目暮警官在现场调查时发现，不管是气窗还是屋内被封锁上的门，都没办法通过，能够进出的只有被苏芳上了两道锁的门，并且还在每个面具的嘴边都发现了被害者的血，由于没有在雪地上找到凶手出入的脚印，所以有可能犯案的就是屋子里的七个人，警方对他们逐一进行侦讯，在他们的口供中，柯南发现有一人很可疑，虽然柯南曾掉入凶手的陷阱，但在想明白了事情的始末后，真相却只有一个！

动画原创。小五郎接受电视节目制作公司社长古川悦子的委托去保护他的母亲。然后在古川家等待悦子回来的时候知道了家属和女佣之间发生了很多金钱上的纠纷。悦子回来后去母亲的房间叫母亲时从母亲的房间传来了枪声。悦子的母亲被击中头部死亡。经过调查，柯南发现了凶手残留下来的证据正是遥控器上指纹的漏洞。最终凶手承认了自己的罪行。

动画原创。小五郎和兰和柯南住进了建在山里的山庄。在那里住宿的客人中有“城市猎人”节目的演员砂冈和工作人员。小五郎和大家一起去烧烤，不久听到了枪声，砂冈被杀害了。经过调查每个人都有很充足的不在场证明，而调查证据也显示凶手竟是从对面的悬崖开的枪。柯南经过分析后将凶手锁定在三人之中。

动画原创。砂冈被枪杀了，来福枪在山里被发现所以认为是外部的人干的。但是有疑点，柯南在询问了小五郎之前与砂冈的电话内容之后明白了明白山庄里的人物也可以杀人后，柯南发现了散落的玻璃碎片，明白了犯罪的手法。再一次的借毛利小五郎的身份指出了犯人。而犯人的计划也因为鞋子上粘到的玻璃碎片宣告失败。

【主线剧情】少年侦探队本来是跟着阿笠博士一起出来露营，没想到居然在森林中发现了一个钟乳石洞穴，柯南四人立刻进洞探险，却在这里碰到了一伙儿搬运尸体的歹徒，而柯南为了掩护大家逃跑中弹受伤，之后，便血流不止，元太背着柯南寻找出口，可身后的歹徒也循着声音疾步追来，失去了柯南的指引，少年侦探团剩下的三人会采取什么样的行动？

【主线剧情】看着奄奄一息的柯南，步美建议大家自己想办法，三人按照石头上的文字推断出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。紧接着柯南被立刻送到医院进行治疗，又在小兰碰巧知道血型的情况下给他输了血，小兰最近的奇怪反应让柯南意识到自己的身份或许已经在小兰面前暴露，就在他打算向小兰坦白时，灰原拿枪对准柯南。

【主线剧情】灰原这么做的目的是要叮咛柯南坦白有风险，让他谨慎考虑，并在他面前摆出三个选择，柯南会如何抉择？另一边，帝丹高中园游会的当天，话剧在体育场上演的时候，观众席竟然出现了谋杀案件，这时，突然出现了一位迷之少年，当他摘掉隐藏身份的帽子时，在场的所有人都惊呆了，许久未露面的工藤新一居然会出现在这里，然而，和叶却揭穿了这个家伙的真实身份。

【主线剧情】虽然对现场进行了调查，但警方无论如何都找不到决定性的证据，束手无策之时，小五郎提出了他的自杀论，并且得到了目暮警官的认同，就在警方准备以自杀结案时，话剧中的黑衣骑士突然出现，在否定了自杀论之后，他摘掉面具，而面具下面正是那张让小兰朝思暮想的面容，没错，真正的工藤新一登场，在进行了一番精彩绝伦的推理后，他却再次昏倒……

【主线剧情】没想到灰原调配的解毒剂能够长久的维持这具变大的身体，而与新一能同时出现在小兰面前的柯南其实也灰原伪装的，这样就完全解除了小兰的怀疑，之后，新一将小兰约到米花中央大楼的瞭望餐厅吃饭，并想乘此机会表明心迹，然而却在这时发生了命案，新一暂时抛下小兰去解决案件，并且成功推断出了凶手就是大场先生。

【主线剧情】虽然可以确定凶手就是大场先生，但是还有两个疑点未能破解，就在新一深入调查的时候，他的身体突然一阵疼痛，药物正在渐渐失效，他强忍住即将变小的身体所带来的痛苦，坚持将案件的真相公诸于众，案件完美解决之后，新一又变回了柯南，再次的突然离开，他将如何向小兰解释？