Un restaurant très prisé sert des plats par de petits bateaux qui naviguent jusqu'à la table des clients. Ran, Kogoro et Conan sont attablés lorsque vers 20h une serveuse découvre le corps d'un client. Il a été poignardé en pleine poitrine, le corps gisant sur une table basse.

Le professeur Agasa emmène les Détectives Juniors dans une maison appartenant autrefois à un de ses oncles. Le professeur y a caché plusieurs indices permettant aux amis de Conan de trouver des jouets. Mais à l'emplacement du trésor, ils découvrent des jouets déchirés à coups de couteau. Une personne se serait introduite dans la maison quand le professeur était absent.

Le professeur Agasa emmène les Détectives Juniors dans une maison appartenant autrefois à un de ses oncles. Le professeur y a caché plusieurs indices permettant aux amis de Conan de trouver des jouets. Mais à l'emplacement du trésor, ils découvrent des jouets déchirés à coups de couteau. Une personne se serait introduite dans la maison quand le professeur était absent.

Les Détective Boys sont en voyage de camping pour s'entraîner au jeu de marionnettes de l'école ! Lorsque les élèves disparaissent un à un avec leur marionnette. Un tueur en série a été repéré non loin du camp !

La famille Takeda a vu plusieurs de ses membres se suicider au cours des années passées. Si bien que certains pensent à une malédiction, tandis que d'autres soupçonnent un meurtrier d'en vouloir à leur famille. C'est pourquoi Kogoro a été engagé pour découvrir la vérité. Sur le chemin, il rencontre Hattori Heiji ainsi que son amie. Ils font également la rencontre d'un Américain, Robert, qui a connu la famille Takeda il y a quelques années. Le soir après le dîner, un des frères Takeda est introuvable. Il sera finalement découvert mort dans la même pièce où d'autres se sont suicidé avant lui.

Kazuha, l'amie de Heiji a été attaquée à l'extérieur de la maison pendant qu'elle était avec Ran. L'agresseur a utilisé une matraque électrique. De la drogue a également été trouvée dans les marionnettes que les frères confectionnaient.

Kazuha, l'amie de Heiji a été attaquée à l'extérieur du manoir pendant qu'elle était avec Ran. L'agresseur a utilisé un taser. De la drogue a également été trouvée dans les marionnettes que les frères confectionnaient.

Durant un spectacle aquatique, des plongeurs exécutent une chorégraphie dans un aquarium, au milieu des poissons. Lorsque vient son tour, la vedette du spectacle sort d'une coquille et apparaît morte noyée. Ses collègues deviennent les suspects principaux.

Un médecin demande à Kogoro de venir avec sa famille pour lui annoncer les résultats de ses analyses. Il lui suggère de ne plus boire autant. Lorsque le docteur réalise qu'il est le célèbre détective Mouri, il s'empresse de l'inviter à rester dîner. Aimant prendre un bain avant le souper, le docteur s'absente longuement dans la salle de bain. Une coupure d'électricité se produit alors. Lorsque la maîtresse de maison et la domestique vont voir si le médecin va bien, elles le retrouvent mort électrocuté par son rasoir electrique dans la baignoire.

Un médecin demande à Kogorô de venir avec sa famille pour lui annoncer les résultats de ses analyses. Il lui suggère de ne plus boire autant. Lorsque le docteur réalise qu'il est le célèbre détective Môri, il s'empresse de l'inviter à rester dîner. Aimant prendre un bain avant le souper, le docteur s'absente longuement dans la salle de bain. Une coupure d'électricité se produit alors. Lorsque la maîtresse de maison et la domestique vont voir si le médecin va bien, elles le retrouvent mort électrocuté par son rasoir électrique dans la baignoire.

Ran et Sonoko vont à la patinoire avec Conan. Ils tombent sur un groupe d'amis, tous pratiquants de tir sportif. Lorsque Sonoko va aux toilettes, elle trouve la porte fermée, une pancarte indiquant une brève pause nettoyage. Des feux d'artifice débutent, lorsque Sonoko voit une personne masquée sortir des WC. À l'intérieur, une des pratiquantes de tir est retrouvée assassinée d'un coup au cœur par un fusil.

Ran et Sonoko vont à la patinoire avec Conan. Ils tombent sur un groupe d'amis, tous pratiquants de tir sportif. Lorsque Sonoko va aux toilettes, elle trouve la porte fermée, une pancarte indiquant un entretien. Des feux d'artifice débutent, lorsque Sonoko voit une personne masquée sortir des WC. À l'intérieur, une des pratiquantes de tir est retrouvée assassinée d'un coup au cœur par un fusil.

Il y a 20 ans, un groupe de braqueurs ont commis des larcins pour plus de 400 M de Yens. Mais lors de leur ultime vol, une employée de banque a été tuée. Le leader du groupe a voulu se dénoncer, mais ses partenaires l'ont tué pour se protéger. Conan résout une énigme dans un journal. Le prix est un voyage en croisière. 10 invités seulement sont autorisés à monter. A bord du bateau, plusieurs meurtres se produisent. Il semblerait également que ces meurtres soient liés à l'affaire des braqueurs, qui a eu lieu 20 ans auparavant.

Un acteur a été tué. La police a cependant du mal à démêler le vrai du faux, lorsque 3 personnes, chacune à son tour, admettent avoir commis le meurtre de la même façon.

Haibara, après avoir remarqué la Porsche noire de Gin garée dans la rue, entre avec Conan dans le véhicule pour y déposer un micro-transmetteur. En écoutant la conversation, ils découvrent que l'Organisation secrète se prépare à commettre un autre meurtre. Conan et Haibara les suivent, mais Gin se rend compte qu'il y a un micro dans la voiture et prévient ses complices. Gin et Vodka arrivent à destination. Là, une réception a lieu. Durant l'exposition d'une diapositive, un lustre tombe sur un des invités qui est mort écrasé.

L'inspecteur Megure a été prévenu d'un possible meurtre par Conan, en utilisant la voix de Shinichi. Au milieu de la foule, Haibara est enlevée, certainement par Pisco, le complice de Gin et Vodka. Enfermée dans une cave à vin, elle tente de trouver un moyen de s'enfuir. Mais Vodka et Gin arrivent à l'hôtel.

Haibara consomme de l'alcool chinois Paikaru suivant les instructions de Conan. Cela lui permet de reprendre temporairement sa forme adulte et de s'échapper par la cheminée. Mais Gin la rattrape et tente de lui extorquer des informations en lui tirant dessus. Sauvée in extremis par l'intervention de Conan et du professeur Agasa, les 3 s'échappent en voiture. Gin et Vodka éliminent Pisco, car il a été pris en photo par un journaliste, sans s'en être aperçu. Il s'avère également qu'une femme donne directement des ordres à l'organisation. Elle serait actrice et vivrait aux USA.

Les Détectives Juniors se rendent dans un salon de thé, en attendant l'arrivée du Professeur Agasa. À l'intérieur, deux hommes conversent de manière agitée. Lorsque l'un des deux s'absente pour aller aux WC, un camion fou percute le bâtiment et tue le second homme, assis près de la fenêtre.

Un producteur de musique demande de l'aide à Kogoro, car il reçoit depuis quelque temps des lettres de menaces chez lui. Ces menaces semblent être dirigées contre son épouse. Dans son manoir, il reçoit la visite d'un musicien européen. Celui-ci semble avoir connu l'épouse du producteur il y a presque dix ans. Une vive dispute éclate entre le musicien et le producteur. Lorsque tous les invités montent pour savoir ce qu'il se passe, le musicien est retrouvé mort d'une épée plantée dans le dos.

Conan découvre que Red Nocturne a avoir avec l'homme empalé qui vient d'être assassiné. Était-ce le harceleur ?

En rentrant de l'école, les Détectives Juniors tombent sur une alliance mêlée d'un crochet, avec un autre crochet à proximité. S'agissant probablement d'un 'SOS', ils décident d'entamer une enquête qui les mène dans une résidence avec de nombreux appartements.

Au centre commercial, les Détectives Junior prennent des reçus et lisent la liste des articles achetés. Un des ingrédients d'un client intrigue Conan, car il pourrait être toxique. Les jeunes amis commencent alors leur enquête pour savoir qui est ce mystérieux client.

Kogoro est invité à une œuvre de charité, qui lève des fonds pour les familles ayant subi un décès à la suite d'un accident de la route. Sur le chemin, il tombe sur une lettre de menace. Sur place, tous les invités admettent avoir reçu eux aussi ces mêmes lettres. Le lieu de la réception est un ancien manoir, dans lequel se trouvent d'innombrables masques. La propriétaire de la demeure demande à Kogoro d'enquêter sur la mort de la femme d'un des invités, mais le soir même, un coup de fil réveille Kogoro et Conan. Une voix trafiquée les avertit d'un meurtre. Ils découvriront le corps de la propriétaire avec de nombreux masques placés dans son lit.

Engagé pour protéger une riche femme d'un âge avancé, Kogoro se rend au domicile de celle-ci. Un coup de feu résonne dans la chambre de la dame, mais la porte est fermée à clef. Au sol, la dame a une blessure par balle au niveau du front. Le fils, la fille ainée et la domestique de l'héritière sont soupçonnés, les 3 ayant des dettes.

Dans un chalet éloigné de la ville, Kogoro fait la rencontre d'un acteur jouant un détective à la télé. Il est accompagné de diverses personnes travaillant avec lui. Après une soirée arrosée, l'acteur remonte dans sa chambre pour se reposer. Il appelle peu après Kogoro sur son portable, et l'invite à le rejoindre pour continuer à parler de son travail. La conversation est coupée. Ensuite, un coup de feu retentit. L'on remarque un trou dans la fenêtre de l'acteur, qui git sur le sol, une balle dans la tête.

Conan découvre que la balle extraite de la plaie n'a pas subi de déformation. Il y avait également des rayures à l'intérieur du projectile. Le tueur aurait en effet vissé la balle sur une flèche, puis retiré la flèche après impact, laissant croire que la balle a été tirée d'un fusil.

Le professeur conduit les Détectives Junior en forêt, pour y faire du camping. Ils tombent sur une caverne et y pénètrent en pensant y trouver un trésor. Hélas, ils tombent sur des criminels transportant un cadavre. Conan est touché par balle en tentant de fuir.

La police ayant été prévenue par Haibara et Agasa, les criminels ont pu être appréhendés. Ran se propose de donner du sang à Conan. Il semble qu'elle connaisse déjà son groupe sanguin. Conan se demande alors si son identité a été compromise.

Ran et Sonoko se préparent pour la pièce de théâtre. Conan est présent. Heiji s'est poudré le visage et déguisé pour faire croire à Ran que Shinichi et Conan sont deux personnes distinctes. Hélas sa petite-amie le démasque. Un homme s'effondre parmi les spectateurs. Il a été empoisonné par une boisson.

Le meurtre a été résolu par Shinichi. Il a pris un prototype d'antidote créé par Haibara, qui elle, s'est déguisée en Conan pour lui permettre de cacher son identité.

Haibara est mécontente du choix de Shinichi. Elle trouve qu'il s'expose trop en apparaissant en public. Elle continue de jouer le rôle de Conan pour le moment. Ran et Shinichi vont au restaurant, lorsqu'un meurtre par balle est commis. Un grand patron est tué par balle dans l'ascenseur.

Après avoir résolu le meurtre, Shinichi subit les effets du prototype de l'antidote. Il se retrouve à nouveau dans le corps de Conan. Haibara l'aide à reprendre son apparence. Ran se demande ce que Shinichi voulait lui dire au restaurant.