Kogoro, Ran y Conan van a un nuevo restaurante de Moda. Este se distingue por que la comida es llevada a las habitaciones por unos barcos a motor. En medio de la comida se siente el grito de una de mujeres del personal. Ha habido un asesinato.

Conan, el profesor y la liga juvenil de detectives van a visitar la vieja casa abandonada de un tío del profesor. El profesor les tiene preparado un pequeño juego de búsqueda del Tesoro. Conan encuentra extrañas pruebas de que ha habido alguien viviendo en esa casa. Además aparece un nuevo código en la casa.

Después de haber descubierto los juguetes del Tesoro destrozados, llaman a la policía. Pero esta no aparecerá pronto. A pesar del peligro, Conan y los demás no pueden dejar de buscar las respuestas del misterioso código.

El grupo de teatro del Colegio de Conan se va una cabaña a ensayar una obra con títeres, con un nuevo profesor. Después de la cena, de repente los niños van desapareciendo junto con sus títeres.

Heiji, Kazuha, Kogoro, Ran y Conan van a una mansión para resolver un caso. Allí, ocurre un asesinato y Kazuha es capturada.

Heiji y Conan encuentran a Kazuha antes de que le pase nada malo y comienzan a encontrar pistas de quién puede ser el asesino.

Heiji y Conan resuelven el caso y mediante una demostración, explican los diferentes casos que ocurrieron en esa mansión.

Conan, Ran y Kogoro asisten a un espectáculo en el que la protagonista muere ahogada. Conan comienza a ver todas las instalaciones y se da cuenta de que eso no es un accidente.

Tras un malentendido en la clínica del doctor Araide, este les invita a cenar en su casa esa noche, pero tras un apagón, descubren el cuerpo del doctor Araide electrocutado en su bañera. Además Ran se comporta de forma extraña con Tomaki, el hijo del doctor, y Conan se pone celoso.

Conan consigue resolver el caso haciéndose pasar por Kogoro. Después de eso, solo queda descubrir qué es lo que ocurre con Ran.

Conan, Sonoko y Ran van a un parque de atracciones a patinar. Allí conocen a un grupo de amigos. Una de las chicas del grupo, Chihiro Itami dice que Oda, otro miembro del club de tiro al plato, está fuera del grupo. Poco después esta chica, Chihiro, va al baño. Tras ella, va Sonoko. Sonoko ve que están limpiando los lavabos y justo cuando se aleja un poco, una persona sospechosa sale corriendo del cuarto de baño de las mujeres. Cuando Sonoko entra, encuentra el cadáver de Chihiro Itami.

Conan empieza a investigar el asesinato de Chihiro Itami, que fue asesinada al empezar los fuegos de un disparo en el pecho y descubre que el asesino es alguien del grupo y que el caso está relacionado con la muerte de Narita; un antiguo miembro del club de tiro al plato que murió en un supuesto accidente al disparársele la escopeta mientras la limpiaba. Al final del capítulo, Sonoko recibe una llamada de su novio Makoto y se pone muy feliz.

Heiji, Conan, Ran y Kogoro se ven envueltos en un caso que ocurrió hace 20 años, la misma noche en que el caso se cierra. Ocurre un asesinato y Heiji y Conan comenzarán a investigar. Además de esto, Conan se dará cuenta de algo muy importante en un futuro.

Kogoro junto a Ran y Conan es invitado a participar en la investigación de la muerte de un actor famoso, liderada por el detective Shisouka. El caso se vuelve confuso al interrogar a las 3 personas que estaban en el edificio con él, ya que cada uno individualmente se dice ser el asesino.

Haibara y Conan ven el coche de Gin por las calles de Tokio y deciden ponerle un micrófono. Gracias a él, oyen que se va a celebrar una fiesta con todos los hombres de negro, a la que Haibara y Conan asistirán también.

Conan y Haibara van a la fiesta y allí la niña es secuestrada, pero gracias a que tiene las gafas de Conan, podrá hablar con él. El pequeño le dice que busque datos y que beba algo del Baikal que hay en la habitación.

Haibara recupera su verdadero cuerpo e intenta escapar, pero por el camino se encuentra con Gin y Vodka, los cuales comienzan a disparar. ¿Podrá salvarse Shiho?

El profesor invita a comer Conan y la niños. Mientras comen, un camión entra al restaurante matando a una persona. Conan se da cuenta de que la situación no fue solo un accidente.

El dueño de una productora contrata a Kogoro, debido a las amenazas que su esposa ha recibido desde la negociación de un contrato con un nuevo cantante, Gerard Tenma. Asiste junto a Ran y Conan a una fiesta que se dará por el nuevo contrato.

Tras la muerte de Gerard, Conan busca las pistas que llevan a descubrir al asesino.

Del cielo cae una señal, un anillo de matrimonio con 2 ganchos en forma de S. Los niños inmediatamente lo entiende como un llamado de auxilio. Pero en el edificio de donde parece haber caído, no hay ninguna ventana abierta. Con la iniciales de la pareja del anillo como pistas, buscan el departamento de la persona en apuros.

Conan y la liga juvenil de detectives, comienzan un pequeño juego de adivinanzas en el supermercado, leen las boletas dejadas por los clientes tratando de adivinar que plato van a cenar. Los problemas comienzan cuando en un grupo de boletas se encuentra una con un veneno. Indagando a través de las otras boletas tratan de averiguar las verdaderas intenciones del comprador.

Kogoro es invitado por Beniko Suou a su mansión, para que se una a un evento de caridad. Las amenazas del "Fantasma de las máscaras malditas" que todos los invitados recibieron no son tomadas en cuenta, pero la casa sigue extrañas reglas debido a la maldición que tiene una colección de máscaras con una mueca sonriente. Una extraña llamada del "Fantasma" en medio de la Noche despierta a todos, la dueña de la casa es asesinada.

Kogoro es contratado por la Dueña de una productora de Dramas para proteger la vida de su madre que fue atacada unos días antes. En la espera se enteran de los conflictos que la señora tiene con el Hijo, la hija y la sirvienta. Pero cuando van a buscarla, se siente un disparo, la señora fue asesinada.

Conan, Ran y Kogoro, en unas vacaciones en una cabaña en las montañas, conocen a al actor de una conocida serie de detectives, Sunaoka Kazuyoshi, que se encuentra relajándose con el equipo de producción de su programa. Pronto aparecen los roces entre los integrantes del equipo y Sunaoka. Un extraño disparo se siente en la noche después de cenar, Sunaoka fue asesinado.

Conan, usando a Kogoro, resuelve el caso de la muerte de Sunaoka Kazuyoshi, el actor principal del programa de detectives Urban Hunter.

La liga juvenil de detectives va de acampada con el profesor Agasa y entran en una cueva para explorar. Allí se topan con unos ladrones que han asesinado a uno de sus compinches y que disparan a los niños, dando a Conan en el abdomen.

Conan es operado del disparo y en ese momento se da cuenta de que Ran sabe que él es Shinichi. Al día siguiente, el pequeño cuenta todo a Heiji, quien le dice que se lo cuente a Ran de una vez. Pero esa misma noche, Haibara aparece y apunta a Conan con una pistola.

Ran tiene el papel protagonista de una obra de teatro junto a Tomoaki Araide. Conan, Kazuha y Kogoro van a verla y ocurre algo extraño: el caballero negro, protagonista de la obra, se salta el papel, abraza a Ran y casi la besa, pero en ese momento ocurre un asesinato y un misterioso muchacho hace su aparición.

Heiji comienza a resolver el caso pero Conan no le presta ninguna atención. Finalmente, el inspector Megure concluye que el caso es un suicidio, pero el caballero negro le detiene y comienza a explicar su teoría. Tras esto, se quita el yelmo y aparece Shinichi Kudo.

Shinichi consigue recuperar su verdadero cuerpo mientras Haibara se hace pasar por Conan para que Ran deje de sospechar. Shinichi decide que ya es hora de contar a Ran todo lo que siente, y la cita en un lujoso restaurante, pero ocurre un asesinato y el detective va a resolverlo.

Mientras resuelve el caso Shinichi se da cuenta de que el efecto del antídoto está cediendo y que en breve, volverá a convertirse en Conan.