Un muchacho está cuidando la casa de su vecino cuando el perro de este, llamado John, lo ataca, cayendo así el joven por las escaleras y muriendo. Ahora, se ha decidido sacrificar al perro. Sin embargo, Ran y Shinichi conocían a ese perro desde su infancia, y Conan tendrá que demostrar que John no es un perro que ataque porque si a la gente, y probar sus sospechas... que el dueño del perro lo ha orquestado todo.

Un hombre al que Conan casualmente le había recogido algo que le había caído, muere esa misma noche de un ataque al corazón. Sin embargo, Conan no está tan seguro de eso. El problema es el método, la casa tiene un fuerte y costoso sistema de seguridad ya que era un hombre importante y no hay rastros de veneno. El primer sospechoso para Conan será el joven ayudante de ese hombre. ¿Logrará Conan resolver este nuevo intrincado caso?

Una mujer es encontrada muerta y el principal sospechoso es su marido, un prestigioso abogado. El gran problema viene cuando, como no, el sospechoso tiene una coartada perfecta, se encontraba junto a Kogoro a la hora estimada de la muerte. ¿Será el marido de la difunta el responsable de éste crimen perfecto en apariencia, o no? ¿Cuál es el secreto de la coartada irrefutable?

Kogoro es invitado para participar en un programa de televisión, sin pensar que se vera involucrado en otro caso. Conan está seguro de quien es el asesino pero es imposible.

Ran dice que tiene una cita y Conan insiste en ir con ella. Cuando están allí, ocurre un asesinato con 4 principales sospechosos.

El profesor Agasa da un mapa del tesoro a los niños y ellos tendrán que seguir las pistas, pero hay más gente detrás de ese tesoro.

Ran es invitada por la hermana de Sonoko a una reunión de antiguos alumnos. Cuando Conan y Ran llegan, ven a un extraño hombre vendado en el puente. Después, una de las chicas es asesinada. ¿Quién es este hombre?

El hombre vendado intenta asesinar a Ran. ¿Por qué Ran? ¿Qué ha hecho para poner en peligro la identidad de ese hombre?

Ayumi va al dentista y se produce un asesinato, en el cual su dentista es la principal sospechosa.

Una mujer llega a la agencia de detectives Mouri pidiendo que encuentre a un hombre. Ella dice que fue un antiguo exnovio, pero Conan duda de ello.

Un hombre gana 5 billones de yenes después de la muerte de otro hombre. Parece sospechoso pero tiene una coartada perfecta. ¿Qué ocurre entonces?

Durante un campeonato de béisbol, la bandera de la victoria es encontrada rota. Todos empiezan a mentir intentando encubrirse unos a otros, pero Conan encuentra la verdad.

La hija de una familia rica desaparece y un hombre es asesinado en la villa. Conan se preocupa aún más cuando Ran es atacada y casi muere ahogada. ¿Quién es el asesino y por qué ataca a Ran si solo se conocen desde ayer?

La muchacha aparece finalmente muerta en el cuarto de baño y gracias a las pistas que el asesino deja, Conan resuelve el caso.

Un cantante es asesinado tras cantar una de sus canciones. Cuando la policía es incapaz de encontrar pistas, se habla de un suicidio. Conan descubre la verdad y usa su propia voz (la de Shinichi) para resolver el caso.

Una mujer aparece y dice ser la madre de Conan, a pesar de que técnicamente no se supone que tiene una madre. Conan es puesto a dormir y cuando se despierta escucha a la mujer y a un hombre enmascarado hablando sobre drogas para encoger y un asesinato. ¿Quién será el misterioso hombre de la máscara?¿Habrán descubierto la identidad de Conan?

Cuando Conan, Ran y Kogoro van de camino hacia un caso, un hombre les pide que le acompañen a su fiesta de cumpleaños. Ese mismo día, es asesinado. ¿Quién ha cometido este crimen?

Una mujer es asesinada y hay tres posibles sospechosos. Uno de ellos miente sobre su coartada pero. ¿Quién miente y por qué?

Conan, Ran y Kogoro van a las montañas a esquiar y allí se encuentran con un doctor y sus aprendices, los cuales les invitan a pasar la noche con ellos. La cosa se complica cuando el hombre es asesinado y las pistas apuntan a uno de los estudiantes.

Ocurre un accidente y un nadador profesional muere al darse un golpe en la cabeza. Conan duda que sea un accidente.

Después de hacerle una llamada a Ran con la voz de Shinichi, Conan vuelve a casa y descubre que Heiji Hattori, un detective de secundaria del oeste de Japón, está buscando a Shinichi para poner a prueba sus habilidades como detective. Heiji ayuda a Conan con su resfrío y le ofrece una bebida alcohólica china. Luego Kogoro va a investigar a casa de un diplomático que aparece asesinado. Conan empieza a encontrarse mal y parece que Heiji resolverá el caso.

Heiji concluye que el asesino es el padre de la víctima ya que él estaba en la habitación donde se encontró la cadena y la aguja. Sin embargo, aparece Shinichi y revela que la deducción de Heiji es incorrecta, ya que el licor que Heiji le dio le hizo recuperar su cuerpo. Tras resolver el caso, Shinichi deberá huir para no tener que enfrentarse a Ran y encoger de nuevo. ¿Será capaz de hacerlo?

Conan y la liga juvenil de detectives sospechan del comportamiento de un librero, por lo que deciden pasar la noche en la biblioteca para investigar.

Mientras Kogoro entrena golf, ocurre una explosión y un hombre muere. ¿Ha sido un accidente o un asesinato?

Hace dos años uno de los monjes del templo muere a manos del Dios del Viento. Ahora, el caso se repite, pero Conan está seguro de que esto no es una leyenda, sino un asesinato.

Kogoro, Ran y Conan salen a pasear, en su camino encuentran un pájaro inconsciente en el suelo, cuando de repente escuchan un grito en lo alto de un edificio. Un asesinato se ha cometido.

Durante una recepción en un hotel, Conan se encuentra con uno de los hombres de la Organización llamado Tequila, pero este muere al explotar una bomba. Conan investigará las causas de la muerte, encontrando así más información sobre los hombres de negro.