【主线剧情】高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国，他帮助警方解决了很多棘手案件。某日，他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件，其中，有两名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟踪却被发现，黑衣给他灌下毒药后离开，当被警察发现时，工藤已变成了小孩儿的模样。

【主线剧情】趁警察不注意工藤逃到阿笠博士那里寻求帮助，这时担心工藤的小兰找也找到这里，为保护小兰安全，工藤隐瞒身份并在情急之下取名江户川柯南，阿笠博士将柯南托付给小兰照顾，回家后他们碰到了急匆匆出门办案的毛利小五郎，听说有黑衣人，柯南也跟着一起去。原来是董事长女儿谷晶子被绑架，在管家承认了自己是犯人且没有同伙后，却再次有人打来威胁电话……

【含主线信息】身体变小后柯南转入帝丹小学，并结识了步美、光彦和元太。某日，明星洋子来到毛利侦探事务所，说总感觉有人暗中监视她，为了更进一步了解真相，毛利一行人来到洋子住处，可开门后居然有具死尸横在门口，期间柯南发现了另一名演员优子的耳环并且还注意到洋子的经纪人山岸神态怪异，洋子、山岸、优子到底谁才是真正的凶手。

柯南和伙伴们去美术馆时捡到了一张画有奇怪符号的纸，大家自行成立少年侦探团去调查这些暗号，按照符号的指示先到达东京塔，在周围展开侦查却一无所获，休息的时候步美的新发现为柯南找到破解暗号的出口，大家一路寻找从东京铁塔到南部水族馆的标记，然而，事情并非那样顺利，柯南能破解暗号吗？暗中跟踪少年侦探团的黑衣人又是谁？

魔改剧情。小五郎带着小兰等人去京都参朋友的婚礼，在新干线上柯南看见了两名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼镜窃听到了不得了的事情——这辆新干线上有炸弹并且即将爆炸，眼看黑衣人离开新干线，柯南只能凭自己找到那只装有炸弹的黑皮箱，锁定了炸弹所在的车厢后，柯南对车厢里的四人进行试探，却毫无头绪，关键时刻元太的一句话提醒了他。

动画原创，园子和小兰被邀请去皆川家参加情人节派对，柯南悄悄尾随却被发现。皆川的母亲热情招待各位，但皆川却是一副不耐烦的样子，他拒绝了青梅竹马关谷香的巧克力，又对直道和若松冷嘲热讽，状态不佳的他决定外出透气，他的心仪对象好美也一起跟去，突然一声尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是谁在情人节制造了惨剧？

小川医生这两年来不断收到未署名的钱和玩具，实在是不知道来历，于是前往毛利侦探事务所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其实是中古品，而小兰也因此开始怀疑起柯南的身份。在前往小川医生工作的医院调查过程中看到柯南翻阅病例的小兰对柯南的怀疑也进一步加深。最终柯南在千钧一发之际成功解救了小川医生的孩子。而柯南也成功化解了小兰的怀疑。

城中美术馆冒出中世纪盔甲会自己走路的传闻，引起了小兰浓厚的兴趣打算一探究竟，没想到却意外地发现美术馆在一周后即将关闭。而购买美术馆的购买者真中计划将这里改造成酒店。小兰一行在参观地狱馆的过程中发现真中被钉在墙上，而在回放录像的时候发现竟然是展览的盔甲将真中杀害！但在回放了录影带和勘察现场之后柯南发现了犯人的犯罪手法并找出了真凶。

柯南和小兰在参加天下第一夜祭时碰到了作家世井，他让小兰帮忙拍了几张照片，这时，横沟警官找到世井说他的朋友今竹被杀，大家一起赶往犯罪现场，期间，世井用自己的文稿代替今竹的交给了《文艺时代》的记者，种种迹象表明世井就是凶手，可让人棘手的是此人有不在场证明——相机里那些照片，仔细推敲后柯南发现了其中的破绽。

某天一个自称是新一女朋友的量子前往毛利侦探事务所，此举引起了小兰极大的反感。其实量子被拜托看护著名足球运动员赤木英雄的弟弟赤木守，而小守竟遭绑架！迫于绑匪的压力量子不敢惊动警察才出此下策。在小兰拜访量子的时候柯南发觉了量子的难言之隐以新一的身份打来了询问电话。在柯南的推理帮助下终于找到被绑架的小守而英雄也在得知弟弟被找到后完美的赢得了比赛。

麻生圭二的人邀请来到月影岛，打听之后得知此人十二年前就在贝多芬的《月光》曲中诡异死去，至今岛上还流传着关于钢琴诅咒的流言，因为前任村长就是死在钢琴旁。柯南等人来的当天，正赶上前任村长的法事，突然钢琴声响起，大家冲进琴房后，看到的是资产家川岛先生的尸体。暮目警官到达的当晚，现任村长也被人刺死，身旁还留下了音符的暗号。

柯南注意到这些音符并将其解读，这时，当地的老警察说仓库里有麻生圭二留下来的乐谱，这种重要线索柯南自然不会放过，他和警察一起去找乐谱，而这期间，一直精神怪异的西本上吊死亡，脚下还留有遗书，柯南推断出这是他杀，当在看到麻生圭二留下来的乐谱后，柯南断定出了凶手，他利用变声领结和广播室说出真相。

柯南和步美他们一起玩捉迷藏的游戏，步美躲在一辆车的后车厢中，没想到竟然睡着。元太一直都找不到步美，最后柯南终于用无线电和她联络上了步美，但步美却在车的后备箱中发现了一个人头！刚好此时有件连续绑架少女杀人事件，柯南怀疑那辆车的两个男人就是那个事件的歹徒。为了救出步美柯南通过步美的描述利用滑板开始追踪步美。最终柯南成功追上了步美但所谓的连续杀人犯却是误会一场。

【魔改主线剧情】阿笠博士送给柯南一幅追踪犯人眼镜，柯南本想把发信器粘在小兰身上，却阴错阳差的粘在了来侦探事务所找爸爸的雅美手表上，根据女孩提供的信息柯南在赛马场找到了女孩的爸爸健三，事情本应就此结束，可第二天传来的却是健三的死讯，担心雅美有危险，柯南利用追踪器找到了一个高大的男人并非雅美，从柯南另一个参与此事的侦探口中得知此事并非寻人那么简单，深入调查过程中，又出现了一桩命案。

动画原创，柯南和小伙伴们在河里抓鱼时，发现对面的楼顶有人在射击河上的气球，并看到狙击手像是被人胁迫了一样，待那些人离开之后，柯南和伙伴们在对面的楼顶找到了留有3135134162数字的计算器，之后柯南便对着这些数字苦思冥想，认为求救者留下的162就是指162国道，找到相应的路段后，警察布好埋伏，却不见犯人身影，焦急等待的柯南突然意识到了暗号的真正含义。

少年侦探团帮隔壁班浩树找猫的时候，无意中在一户人家的浴室里发现尸体，柯南赶紧叫来警察调查，开门的是一个脾气很差的大叔，柯南冲进浴室却发现尸体不见了，而这个大叔却表示什么都不知道，自己则回二楼去睡觉让警察随便找，这时，臭脾气大叔的弟弟回家并帮忙一起寻找，经过一天的搜查，警察无获而返，但是不甘心的侦探团在夜里继续调查，柯南一人潜入，却遇到了危险……

毛利小五郎受古董收藏家丸传次郎之托，调查他太太丸稻子是否有外遇。结果遇到传次郎有客人来拜访。但是两三个小时过去后仍然不见传次郎的踪影，在进入的房间后发现传次郎已经被杀害！而房间的墙壁上也不满了剑痕。经过调查后犯罪嫌疑人锁定在了在小五郎之前来拜访传次郎的客人中。最终通过勘察现场柯南发现了死者留下了死亡讯息并最终找出了犯人。

动画原创。少年侦探团到商场看假面超人秀。在回去的路上，元太为了拿回忘在商场里的假面超人签名被关在了已经打烊的店里。谁知外表看似寂静的百货公司实际上却一点也不安静。戴著面具的人偶挟持了警卫和工作人员！看似单纯的强盗事件幕後竟还有共犯。遇上了强盗集团的少年侦探团正陷入极度的危险之中！最终少年侦探团的孩子们成功的化解了百货公司的危机。

柯南和小兰受邀请一起去参加初中老师松本的婚礼，没想到婚礼还没有开始老师就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老师有一个习惯，就是非常喜欢喝柠檬茶，因为那是她小时候的初恋情人最常拿给她喝的饮料。而犯人正是在柠檬茶里下毒来毒害松本的。在观看了录像之后柯南发现了犯人的目的，最后柯南让凶手现出原形，但是却也道出了一段令人心酸的往事。

动画原创。户屋英子是服装界的名设计师，但是她所设计的服装却抢先被其它的厂商发表上市。明明知道是她的秘书盗取商业机秘图利转售却又无可奈何。这天小兰被选为英子的模特和柯南，小五郎一起来到英子的公司。而就在这时突然发现英子的秘书美香被刺身亡。在勘察现场之后柯南最终发现了英子杀人的手法，而在铁证面前，户屋英子也承认了自己的罪行。

步美某日经过传说中的鬼屋，而且还看到屋内有鬼火！为了一探究竟柯南，步美，光彦还有元太一起出动来到这个传说中的鬼屋。因为屋主被杀后家里的其他人就突然间不知去向，于是许多闹鬼的传说就此传开。但在柯南和少年侦探团的各位探查之后发现了鬼屋中真的有人居住着！在调查了屋子之后柯南终于发现背后真正的秘密。最终杀害房子主人的凶手也自首承认罪行。

动画原创。小五郎作为顾问加入了洋子拍戏的剧组，拍摄结束后，小兰找男主角那智签名时却看到了他被摄影师安西威胁场景。晚上大家其乐融融的回旅馆聚餐，期间妙子曾回家取东西，她的未婚夫岛崎外出卖烟，回到旅馆后的妙子看到外出的安西神情充满恐惧。小兰和洋子外出买东西的路上，发现了死在神社的安西，柯南再次展现推理头脑，找出真凶。

小五郎三人阴错阳差的搭上了簱本家的豪华游轮，并遇到新婚夫妇夏江和小武，这时，簱本当家豪藏找孙女婿小武谈话，他识破了小武是自己害死的对头财诚勇夫的儿子。当大家都在餐厅用餐时，突然传来管家铃木的惨叫，豪藏遇害，大家把矛头指向小武并将他关进仓库，可是到了晚上，柯南又在夹板上发现了长孙女秋江丈夫的尸体，被禁足的小武也不见了踪影。

簱本家族的人聚在餐厅断定凶手就是小武 ，就在长女麻理子担心去厕所迟迟未归的儿子一郎时，游轮突然停电，随之而来的是一郎的惨叫，在黑暗中他被凶手刺伤了腿，小五郎在电源室发现这是有人蓄意的断电，他立刻命所有人留在餐厅，自己和柯南，小兰寻找线索，迷雾渐渐拨开，凶手真的是突然消失的小武吗？

动画原创。柯南、小兰和小五郎碰带了一个深情恍惚的少女，送去医院检查后，医生说少女暂时失去记忆，几人从仅有的信息中找到了她所住的饭店，柯南不停的询问让少女头疼而跑出酒店，突然有一辆汽车迎面开来，但少女灵敏被避开，调查过程中柯南发现这名女子身手矫健总能避开危险，她到底是什么人？为什么总遭到袭击？

动画原创。小兰的同学直子被绑架，当歹徒发现有警察时，便放弃交易开车冲进海里，直子再次下落不明，直子父亲的秘书花井很是担心。某日，小五郎突然接到不要在调查此事的要求，柯南察觉事有蹊跷，暗暗潜入直子家后听到了花井和直子爸爸的谈话，原来直子的爸爸再次接到歹徒电话，但他却不愿花五亿保女儿的性命，这让花井很生气，柯南躲在后备箱里，跟着他们来到交易场所，见到了所谓的「歹徒」。

小五郎和他的大学同学在弁庆温泉旅馆举办柔道社同学会，参见的人都是小五郎的死党，大家一时兴起决定在烟火大会开始前打桌球消磨时间，只有由美一人回房休息，烟火大会开始前朋友们考虑到由美的脾气，便没去打搅她休息，结束后，大家一起去由美的房间，发现的却是由美举枪自尽的尸体，经过检查发现由美死于下午三点左右，也就是大家一起打桌球的时候。

经过小五郎和警察和志的勘查，推断出由美并非自杀而是他杀，小五郎也下定决心要为由美报仇亲手揪出犯人，并将目标锁定在阿淳、和志、行雄和纪子剩下的朋友中，这时，阿淳说自己曾在五点的时候看到过由美，案件出现了矛盾，死于下午三点的由美怎会在五点的时候出现，这到底是鬼魂还是凶手为了蒙蔽大家采取的手段？