Ran et Sonoko vont à la patinoire avec Conan. Ils tombent sur un groupe d'amis, tous pratiquants de tir sportif. Lorsque Sonoko va aux toilettes, elle trouve la porte fermée, une pancarte indiquant une brève pause nettoyage. Des feux d'artifice débutent, lorsque Sonoko voit une personne masquée sortir des WC. À l'intérieur, une des pratiquantes de tir est retrouvée assassinée d'un coup au cœur par un fusil.

Ran et Sonoko vont à la patinoire avec Conan. Ils tombent sur un groupe d'amis, tous pratiquants de tir sportif. Lorsque Sonoko va aux toilettes, elle trouve la porte fermée, une pancarte indiquant un entretien. Des feux d'artifice débutent, lorsque Sonoko voit une personne masquée sortir des WC. À l'intérieur, une des pratiquantes de tir est retrouvée assassinée d'un coup au cœur par un fusil.

Il y a 20 ans, un groupe de braqueurs ont commis des larcins pour plus de 400 M de Yens. Mais lors de leur ultime vol, une employée de banque a été tuée. Le leader du groupe a voulu se dénoncer, mais ses partenaires l'ont tué pour se protéger. Conan résout une énigme dans un journal. Le prix est un voyage en croisière. 10 invités seulement sont autorisés à monter. A bord du bateau, plusieurs meurtres se produisent. Il semblerait également que ces meurtres soient liés à l'affaire des braqueurs, qui a eu lieu 20 ans auparavant.

Un acteur a été tué. La police a cependant du mal à démêler le vrai du faux, lorsque 3 personnes, chacune à son tour, admettent avoir commis le meurtre de la même façon.

Haibara, après avoir remarqué la Porsche noire de Gin garée dans la rue, entre avec Conan dans le véhicule pour y déposer un micro-transmetteur. En écoutant la conversation, ils découvrent que l'Organisation secrète se prépare à commettre un autre meurtre. Conan et Haibara les suivent, mais Gin se rend compte qu'il y a un micro dans la voiture et prévient ses complices. Gin et Vodka arrivent à destination. Là, une réception a lieu. Durant l'exposition d'une diapositive, un lustre tombe sur un des invités qui est mort écrasé.

L'inspecteur Megure a été prévenu d'un possible meurtre par Conan, en utilisant la voix de Shinichi. Au milieu de la foule, Haibara est enlevée, certainement par Pisco, le complice de Gin et Vodka. Enfermée dans une cave à vin, elle tente de trouver un moyen de s'enfuir. Mais Vodka et Gin arrivent à l'hôtel.

Haibara consomme de l'alcool chinois Paikaru suivant les instructions de Conan. Cela lui permet de reprendre temporairement sa forme adulte et de s'échapper par la cheminée. Mais Gin la rattrape et tente de lui extorquer des informations en lui tirant dessus. Sauvée in extremis par l'intervention de Conan et du professeur Agasa, les 3 s'échappent en voiture. Gin et Vodka éliminent Pisco, car il a été pris en photo par un journaliste, sans s'en être aperçu. Il s'avère également qu'une femme donne directement des ordres à l'organisation. Elle serait actrice et vivrait aux USA.

Les Détectives Juniors se rendent dans un salon de thé, en attendant l'arrivée du Professeur Agasa. À l'intérieur, deux hommes conversent de manière agitée. Lorsque l'un des deux s'absente pour aller aux WC, un camion fou percute le bâtiment et tue le second homme, assis près de la fenêtre.

Un producteur de musique demande de l'aide à Kogoro, car il reçoit depuis quelque temps des lettres de menaces chez lui. Ces menaces semblent être dirigées contre son épouse. Dans son manoir, il reçoit la visite d'un musicien européen. Celui-ci semble avoir connu l'épouse du producteur il y a presque dix ans. Une vive dispute éclate entre le musicien et le producteur. Lorsque tous les invités montent pour savoir ce qu'il se passe, le musicien est retrouvé mort d'une épée plantée dans le dos.

Conan découvre que Red Nocturne a avoir avec l'homme empalé qui vient d'être assassiné. Était-ce le harceleur ?

En rentrant de l'école, les Détectives Juniors tombent sur une alliance mêlée d'un crochet, avec un autre crochet à proximité. S'agissant probablement d'un 'SOS', ils décident d'entamer une enquête qui les mène dans une résidence avec de nombreux appartements.

Au centre commercial, les Détectives Junior prennent des reçus et lisent la liste des articles achetés. Un des ingrédients d'un client intrigue Conan, car il pourrait être toxique. Les jeunes amis commencent alors leur enquête pour savoir qui est ce mystérieux client.

Kogoro est invité à une œuvre de charité, qui lève des fonds pour les familles ayant subi un décès à la suite d'un accident de la route. Sur le chemin, il tombe sur une lettre de menace. Sur place, tous les invités admettent avoir reçu eux aussi ces mêmes lettres. Le lieu de la réception est un ancien manoir, dans lequel se trouvent d'innombrables masques. La propriétaire de la demeure demande à Kogoro d'enquêter sur la mort de la femme d'un des invités, mais le soir même, un coup de fil réveille Kogoro et Conan. Une voix trafiquée les avertit d'un meurtre. Ils découvriront le corps de la propriétaire avec de nombreux masques placés dans son lit.

Dans un chalet éloigné de la ville, Kogoro fait la rencontre d'un acteur jouant un détective à la télé. Il est accompagné de diverses personnes travaillant avec lui. Après une soirée arrosée, l'acteur remonte dans sa chambre pour se reposer. Il appelle peu après Kogoro sur son portable, et l'invite à le rejoindre pour continuer à parler de son travail. La conversation est coupée. Ensuite, un coup de feu retentit. L'on remarque un trou dans la fenêtre de l'acteur, qui git sur le sol, une balle dans la tête.

Conan découvre que la balle extraite de la plaie n'a pas subi de déformation. Il y avait également des rayures à l'intérieur du projectile. Le tueur aurait en effet vissé la balle sur une flèche, puis retiré la flèche après impact, laissant croire que la balle a été tirée d'un fusil.

Engagé pour protéger une riche femme d'un âge avancé, Kogoro se rend au domicile de celle-ci. Un coup de feu résonne dans la chambre de la dame, mais la porte est fermée à clef. Au sol, la dame a une blessure par balle au niveau du front. Le fils, la fille ainée et la domestique de l'héritière sont soupçonnés, les 3 ayant des dettes.

Le professeur conduit les Détectives Junior en forêt, pour y faire du camping. Ils tombent sur une caverne et y pénètrent en pensant y trouver un trésor. Hélas, ils tombent sur des criminels transportant un cadavre. Conan est touché par balle en tentant de fuir.

La police ayant été prévenue par Haibara et Agasa, les criminels ont pu être appréhendés. Ran se propose de donner du sang à Conan. Il semble qu'elle connaisse déjà son groupe sanguin. Conan se demande alors si son identité a été compromise.

Ran et Sonoko se préparent pour la pièce de théâtre. Conan est présent. Heiji s'est poudré le visage et déguisé pour faire croire à Ran que Shinichi et Conan sont deux personnes distinctes. Hélas sa petite-amie le démasque. Un homme s'effondre parmi les spectateurs. Il a été empoisonné par une boisson.

Le meurtre a été résolu par Shinichi. Il a pris un prototype d'antidote créé par Haibara, qui elle, s'est déguisée en Conan pour lui permettre de cacher son identité.

Haibara est mécontente du choix de Shinichi. Elle trouve qu'il s'expose trop en apparaissant en public. Elle continue de jouer le rôle de Conan pour le moment. Ran et Shinichi vont au restaurant, lorsqu'un meurtre par balle est commis. Un grand patron est tué par balle dans l'ascenseur.

Après avoir résolu le meurtre, Shinichi subit les effets du prototype de l'antidote. Il se retrouve à nouveau dans le corps de Conan. Haibara l'aide à reprendre son apparence. Ran se demande ce que Shinichi voulait lui dire au restaurant.

Haibara explique à Conan qu'elle ne peut lui redonner de l'antidote, car il est trop dangereux à l'état de prototype. A l'agence de Kogoro, une femme explique qu'elle n'a plus de nouvelle d'un ami. Il ne lui reste de lui qu'une boîte à musique. La famille Mouri se rend chez la personne à qui appartenait la boîte. La nuit, le fils aîné se fait assommer peu après que Ran a vu l'ombre d'un vieil homme qui se faufilait.

La famille révèle que le grand-père décédé a caché des timbres valant une fortune. Conan et Kogoro aident à résoudre l'affaire et à retrouver le trésor perdu !

Ran et Sonoko manquent de se faire percuter par une voiture. La dame au volant souffre de vertiges et maux de tête. Après avoir conversé avec elle, Ran soupçonne l'époux d'être à l'origine des malaises de sa femme. Sûrement espère-t-il un accident afin de toucher l'argent de l'assurance. Avec un coup de pouce de Conan, Ran approfondit son enquête.

La famille Kogoro se rend dans un hôtel éloigné, après avoir gagné un séjour gratuit. Le propriétaire des lieux possède une grande collection de voitures. Il a cependant reçu des lettres de menaces concernant l'exposition de ses véhicules. Il s'avère qu'il aurait obtenu certaines voitures, en guise de compensation d'impayés que certains homme d'affaires lui devaient. Le propriétaire est retrouvé mort dans sa voiture le lendemain matin.

Le meurtre a été exécuté grâce à une couverture protectrice, placée sur le véhicule. Les gaz d'échappement ont étouffé le propriétaire.

Kogoro se rend à l'hôtel pour se détendre. Là, il tombe sur sa femme Eri, en présence d'un groupe d'amis, tous avocats. Le soir, Kogoro se retrouve très alcoolisé et quitte la table. Sa femme ne le retrouve pas. Lorsqu'ensemble, les amis le cherchent, ils le retrouvent endormi dans la chambre d'une collègue d'Eri, décédée par strangulation.

Le coupable est un des collègues d'Eri, qui a voulu faire payer à la victime la destruction de son village. Kogoro demande à Eri de revenir vivre avec lui, mais elle feint de ne pas l'entendre.

De voyage dans un autocar, un vieil homme meurt après avoir bu dans sa propre bouteille. La victime était un fervent opposant à la mise à disposition du bus du village au transport de touristes. L'enquête est difficile, car peu de villageois désirent témoigner. Le chef du village est poignardé le soir-même. Il était favorable à l'utilisation du bus.

Les meurtres n'ont aucun lien avec l'utilisation du bus à des fins touristiques, mais concernent l'accident qui a eu lieu 7 ans auparavant. Le meurtrier désire tuer tous les passagers ayant survécu à l'accident.

Disant vouloir se détendre, Kogoro va dans la campagne visiter un hôtel, pour en fait y goûter la bière locale. Sur place se trouvent également un couple : un entrepreneur et son épouse, une actrice avec un fort tempérament. Après plusieurs disputes, elle reste dans sa chambre pendant que plusieurs employés de l'hôtel font une excursion avec Ran et Conan. De retour, ils retrouvent l'actrice pendue dans sa chambre.

Conan exclut un suicide après avoir vu la scène du crime, mais peut-il trouver qui a réussi à se faufiler dans la pièce et à tuer l'actrice ?

Ayumi a aperçu un homme qui pourrait avoir commis un incendie criminel. Les inspecteur Takagi et Satou sont sur l'affaire. C'est aussi l'anniversaire de la mort du père de Satou, lui-même policier. Alors que Takagi appelle Satou pour lui révéler qui il pense être le coupable, il se fait assommer par derrière. Toutes les patrouilles sont envoyées à sa dernière destination connue.

Quelqu'un met le feu dans toute la ville ! Takagi et Sato sont affectés à l'affaire, mais Sato est distrait par autre chose. Les Détective Boys peuvent-ils les aider à le résoudre ?

Après un buffet, Kogoro est porté par Ran, car il est trop saoul pour marcher. Ils passent près d'un logement dans lequel deux hommes se disputent violemment. Le lendemain, ils apprennent qu'un des garçons de l'appartement a été poignardé. Son co-locataire avoue qu'ils ont fait semblant de se disputer pour se créer un alibi. Ils voulaient se venger d'un professeur.

Une cérémonie d'ouverture d'un téléphérique construit à travers une statue géante de la déesse sur les montagnes est en cours. Après le premier trajet, le président de l'entreprise touristique disparaît. Son corps est retrouvé mort sur la main de la Statue.

Une voiture est percutée d'une montagne et semble être un cas de base, mais les Détectives Boys trouvent un code. Peuvent-ils résoudre ce problème en essayant de cacher le code à Conan ?

Il y a un étang qui change de couleurs au cours de la journée. La légende dit que c'est l'esprit d'une épouse assassinée par son mari qui hante les lieux. Après une cérémonie de thé, le Grand Maître est retrouvé pendu dans la maison de l'étang.

Qu'est-ce que l'étang a avoir avec le meurtre ? Conan découvre comment le tueur a pendu la victime alors qu'il n'était pas présent.

Les Détectives Junior accompagnés du Professeur Agasa sont en forêt pour cueillir des champignons. L'un d'eux s'éloigne du groupe. Ils décident de se séparer pour le retrouver. Mais deux des jeunes amis sont poursuivis par un chasseur qui tente de les éliminer, pensant qu'ils ont été témoins d'un meurtre. Pendant ce temps, un ours légendaire rôde.

Les chasseurs d'ours sont à la recherche d'un ours légendaire. Conan décide de suivre le meurtrier pour voir pourquoi il a tué un homme, mais n'essaie pas de blesser quelqu'un d'autre.

Une femme a été assassinée dans une chambre d'hôtel de style kitch rétro. Quand ses amies ont ouvert la porte, la télévision payante, actionnée par pièces de monnaie, était encore allumée.

La voiture de location de la famille Mouri tombe en panne devant la villa d'un célèbre avocat. En attendant d'être dépannés, les Mouri sont invités à dîner à la villa. Le lendemain, l'avocat est retrouvé mort noyé. Il aurait été drogué par des somnifères. La police fait le rapprochement avec des lettres de menaces, signées d'un certain "TK".

Conan découvre un indice liant l'avocat assassiné, Kensuke Tachibana, et son ancien client "Tatsuya Kumada", tous deux avec un "T" et un "K" dans leurs initiales.

3 jeunes femmes ont été attaquées à coups de batte de baseball dans des lieux publics. Elles avaient toutes un look particulier, le yamanba : bronzage marqué, cheveux décolorés et maquillage blanc. La quatrième victime n'a pas survécu. L'inspecteur Megure semble très affecté par cette affaire, car elle lui rappelle une vieille histoire.

L'inspecteur Megure interpelle le suspect, qui voulait se venger de celle qui a tué son fils par accident. L'inspecteur Megure porte son chapeau pour cacher une cicatrice qui lui rappelle une des premières affaires sur lesquelles il a travaillé.

Une lettre de menace est envoyée. Le Kid prévient les autorités qu'il commettra un vol. Il est surpris que la police arrive à perturber ses plans et à le mettre en difficulté. En effet, les forces de l'ordre sont assistées de Shinichi, qui communique par radio depuis un hélicoptère.

Une femme demande à Kogoro de retrouver un ancien ami, qu'elle a connu il y a plus de 30 ans. Après avoir obtenu son adresse, ils se rendent à son appartement. Son voisin le découvre décédé, une blessure à la tête et une photo de la cliente dans la main. Conan a remarqué que la dame a menti à plusieurs occasions.

La victime tient une photo du client de Kogoro - est-ce que cela fait d'elle la principale suspecte ? ! Qu'est-ce que le client cache d'autre à Conan et Kogoro ?

Conan, Ran, Heiji, Kazuha et Kogoro se rendent sur l'île des sirènes à la demande d'un client.

Un festival tourne au vinaigre lorsqu'un des concurrents est retrouvé mort dans une chute d'eau. Conan attend l'aide d'Heiji pour révéler le coupable, mais Heiji et Kazhua sont poussés d'une falaise !

Hattori Heiji emmène la famille Mouri vers une île, sur laquelle une légende raconte qu'il y avait des sirènes. Les personnes qui ont mangé de la chair de sirène auraient obtenu l'immortalité. Lors de la cérémonie annuelle célébrant la légende, 3 femmes sont assassinées.

Les Détectives Junior sont sollicités par un camarade de classe. Un homme s'est invité au restaurant familial pour travailler gratuitement. Ils le soupçonnent d'avoir caché le butin d'un casse d'une bijouterie sous la maison.

Ran, Sonoko et Conan sont dans une salle de jeux d'arcade. Ils y rencontrent leur professeur d'anglais, Jodie. Ran perd un match de jeux de combat contre le champion local. Ce jeu possède des capteurs de sensibilité, faisant sentir les coups reçus. Lorsque le champion affronte un autre challenger, il décède dans son fauteuil.

À la suite de la résolution de l'affaire, Jodie la professeure d'anglais est au téléphone avec une personne inconnue. Elle aurait découvert l'identité de Conan.

Sonoko emmène Ran essayer un cours de poterie, au cours duquel le beau-fils du professeur est assassiné. Il a été retrouvé étranglé par sa propre cravate.

Une fois la police arrivée, Conan est en mesure de révéler le coupable. Ran et Sonoko fabriquent de la poterie pour leurs bien-aimés.

Vodka et Gin sont attablés dans un bar. Ils parlent avec leur autre partenaire, Vermouth, une célèbre actrice blonde vue dans un épisode précédent. Le professeur Agasa et les Détectives Juniors sont en route pour une sortie ski. Durant le trajet en bus, plusieurs hommes armés et masqués prennent le bus en otage pour demander la libération d'un prisonnier. Haibara pense que le professeur de Ran, Jodie, fait partie de l'Organisation.

Après avoir neutralisé les preneurs d'otages, les passagers s'échappent du bus qui explose quelques instants plus tard. La professeure Jodie possède une certaine connaissance des armes. Conan réussit à évacuer Haibara sans qu'elle ne soit repérée par Jodie. Le passager mystérieux communique à la fin de l'épisode avec une personne inconnue, lui affirmant que la cible n'était pas présente.

Un homme reçoit des lettres de menaces et craint pour sa vie. Son ami vient à la rencontre de Kogoro dans un café, pour lui expliquer la situation. Ils marchent ensemble jusqu'à l'immeuble de l'ami menacé lorsque celui-ci tombe du haut de l'immeuble et meurt.

Une connaissance du professeur Agasa l'invite avec les Détectives Juniors. Il offre divers jouets et objets familiaux, car il déménage pour Londres. A son domicile, plusieurs chiens et leurs maîtres sont également présents. Mais un des chiens disparaît et son collier est retrouvé dans l'incinérateur.

Les Détectives Boys fouillent la maison à la recherche d'indices sur le chien disparu. Lorsque l'horloge grand-père ne sonne pas comme inspectée, elle est examinée de plus près.