【主线剧情】高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国，他帮助警方解决了很多棘手案件。某日，他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件，其中，有两名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟踪却被发现，黑衣给他灌下毒药后离开，当被警察发现时，工藤已变成了小孩儿的模样。

【主线剧情】趁警察不注意工藤逃到阿笠博士那里寻求帮助，这时担心工藤的小兰找也找到这里，为保护小兰安全，工藤隐瞒身份并在情急之下取名江户川柯南，阿笠博士将柯南托付给小兰照顾，回家后他们碰到了急匆匆出门办案的毛利小五郎，听说有黑衣人，柯南也跟着一起去。原来是董事长女儿谷晶子被绑架，在管家承认了自己是犯人且没有同伙后，却再次有人打来威胁电话……

【含主线信息】身体变小后柯南转入帝丹小学，并结识了步美、光彦和元太。某日，明星洋子来到毛利侦探事务所，说总感觉有人暗中监视她，为了更进一步了解真相，毛利一行人来到洋子住处，可开门后居然有具死尸横在门口，期间柯南发现了另一名演员优子的耳环并且还注意到洋子的经纪人山岸神态怪异，洋子、山岸、优子到底谁才是真正的凶手。

柯南和伙伴们去美术馆时捡到了一张画有奇怪符号的纸，大家自行成立少年侦探团去调查这些暗号，按照符号的指示先到达东京塔，在周围展开侦查却一无所获，休息的时候步美的新发现为柯南找到破解暗号的出口，大家一路寻找从东京铁塔到南部水族馆的标记，然而，事情并非那样顺利，柯南能破解暗号吗？暗中跟踪少年侦探团的黑衣人又是谁？

魔改剧情。小五郎带着小兰等人去京都参朋友的婚礼，在新干线上柯南看见了两名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼镜窃听到了不得了的事情——这辆新干线上有炸弹并且即将爆炸，眼看黑衣人离开新干线，柯南只能凭自己找到那只装有炸弹的黑皮箱，锁定了炸弹所在的车厢后，柯南对车厢里的四人进行试探，却毫无头绪，关键时刻元太的一句话提醒了他。

动画原创，园子和小兰被邀请去皆川家参加情人节派对，柯南悄悄尾随却被发现。皆川的母亲热情招待各位，但皆川却是一副不耐烦的样子，他拒绝了青梅竹马关谷香的巧克力，又对直道和若松冷嘲热讽，状态不佳的他决定外出透气，他的心仪对象好美也一起跟去，突然一声尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是谁在情人节制造了惨剧？

小川医生这两年来不断收到未署名的钱和玩具，实在是不知道来历，于是前往毛利侦探事务所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其实是中古品，而小兰也因此开始怀疑起柯南的身份。在前往小川医生工作的医院调查过程中看到柯南翻阅病例的小兰对柯南的怀疑也进一步加深。最终柯南在千钧一发之际成功解救了小川医生的孩子。而柯南也成功化解了小兰的怀疑。

城中美术馆冒出中世纪盔甲会自己走路的传闻，引起了小兰浓厚的兴趣打算一探究竟，没想到却意外地发现美术馆在一周后即将关闭。而购买美术馆的购买者真中计划将这里改造成酒店。小兰一行在参观地狱馆的过程中发现真中被钉在墙上，而在回放录像的时候发现竟然是展览的盔甲将真中杀害！但在回放了录影带和勘察现场之后柯南发现了犯人的犯罪手法并找出了真凶。

柯南和小兰在参加天下第一夜祭时碰到了作家世井，他让小兰帮忙拍了几张照片，这时，横沟警官找到世井说他的朋友今竹被杀，大家一起赶往犯罪现场，期间，世井用自己的文稿代替今竹的交给了《文艺时代》的记者，种种迹象表明世井就是凶手，可让人棘手的是此人有不在场证明——相机里那些照片，仔细推敲后柯南发现了其中的破绽。

某天一个自称是新一女朋友的量子前往毛利侦探事务所，此举引起了小兰极大的反感。其实量子被拜托看护著名足球运动员赤木英雄的弟弟赤木守，而小守竟遭绑架！迫于绑匪的压力量子不敢惊动警察才出此下策。在小兰拜访量子的时候柯南发觉了量子的难言之隐以新一的身份打来了询问电话。在柯南的推理帮助下终于找到被绑架的小守而英雄也在得知弟弟被找到后完美的赢得了比赛。

麻生圭二的人邀请来到月影岛，打听之后得知此人十二年前就在贝多芬的《月光》曲中诡异死去，至今岛上还流传着关于钢琴诅咒的流言，因为前任村长就是死在钢琴旁。柯南等人来的当天，正赶上前任村长的法事，突然钢琴声响起，大家冲进琴房后，看到的是资产家川岛先生的尸体。暮目警官到达的当晚，现任村长也被人刺死，身旁还留下了音符的暗号。

柯南注意到这些音符并将其解读，这时，当地的老警察说仓库里有麻生圭二留下来的乐谱，这种重要线索柯南自然不会放过，他和警察一起去找乐谱，而这期间，一直精神怪异的西本上吊死亡，脚下还留有遗书，柯南推断出这是他杀，当在看到麻生圭二留下来的乐谱后，柯南断定出了凶手，他利用变声领结和广播室说出真相。

柯南和步美他们一起玩捉迷藏的游戏，步美躲在一辆车的后车厢中，没想到竟然睡着。元太一直都找不到步美，最后柯南终于用无线电和她联络上了步美，但步美却在车的后备箱中发现了一个人头！刚好此时有件连续绑架少女杀人事件，柯南怀疑那辆车的两个男人就是那个事件的歹徒。为了救出步美柯南通过步美的描述利用滑板开始追踪步美。最终柯南成功追上了步美但所谓的连续杀人犯却是误会一场。

【魔改主线剧情】阿笠博士送给柯南一幅追踪犯人眼镜，柯南本想把发信器粘在小兰身上，却阴错阳差的粘在了来侦探事务所找爸爸的雅美手表上，根据女孩提供的信息柯南在赛马场找到了女孩的爸爸健三，事情本应就此结束，可第二天传来的却是健三的死讯，担心雅美有危险，柯南利用追踪器找到了一个高大的男人并非雅美，从柯南另一个参与此事的侦探口中得知此事并非寻人那么简单，深入调查过程中，又出现了一桩命案。

动画原创，柯南和小伙伴们在河里抓鱼时，发现对面的楼顶有人在射击河上的气球，并看到狙击手像是被人胁迫了一样，待那些人离开之后，柯南和伙伴们在对面的楼顶找到了留有3135134162数字的计算器，之后柯南便对着这些数字苦思冥想，认为求救者留下的162就是指162国道，找到相应的路段后，警察布好埋伏，却不见犯人身影，焦急等待的柯南突然意识到了暗号的真正含义。

少年侦探团帮隔壁班浩树找猫的时候，无意中在一户人家的浴室里发现尸体，柯南赶紧叫来警察调查，开门的是一个脾气很差的大叔，柯南冲进浴室却发现尸体不见了，而这个大叔却表示什么都不知道，自己则回二楼去睡觉让警察随便找，这时，臭脾气大叔的弟弟回家并帮忙一起寻找，经过一天的搜查，警察无获而返，但是不甘心的侦探团在夜里继续调查，柯南一人潜入，却遇到了危险……

毛利小五郎受古董收藏家丸传次郎之托，调查他太太丸稻子是否有外遇。结果遇到传次郎有客人来拜访。但是两三个小时过去后仍然不见传次郎的踪影，在进入的房间后发现传次郎已经被杀害！而房间的墙壁上也不满了剑痕。经过调查后犯罪嫌疑人锁定在了在小五郎之前来拜访传次郎的客人中。最终通过勘察现场柯南发现了死者留下了死亡讯息并最终找出了犯人。

动画原创。少年侦探团到商场看假面超人秀。在回去的路上，元太为了拿回忘在商场里的假面超人签名被关在了已经打烊的店里。谁知外表看似寂静的百货公司实际上却一点也不安静。戴著面具的人偶挟持了警卫和工作人员！看似单纯的强盗事件幕後竟还有共犯。遇上了强盗集团的少年侦探团正陷入极度的危险之中！最终少年侦探团的孩子们成功的化解了百货公司的危机。

柯南和小兰受邀请一起去参加初中老师松本的婚礼，没想到婚礼还没有开始老师就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老师有一个习惯，就是非常喜欢喝柠檬茶，因为那是她小时候的初恋情人最常拿给她喝的饮料。而犯人正是在柠檬茶里下毒来毒害松本的。在观看了录像之后柯南发现了犯人的目的，最后柯南让凶手现出原形，但是却也道出了一段令人心酸的往事。

动画原创。户屋英子是服装界的名设计师，但是她所设计的服装却抢先被其它的厂商发表上市。明明知道是她的秘书盗取商业机秘图利转售却又无可奈何。这天小兰被选为英子的模特和柯南，小五郎一起来到英子的公司。而就在这时突然发现英子的秘书美香被刺身亡。在勘察现场之后柯南最终发现了英子杀人的手法，而在铁证面前，户屋英子也承认了自己的罪行。

步美某日经过传说中的鬼屋，而且还看到屋内有鬼火！为了一探究竟柯南，步美，光彦还有元太一起出动来到这个传说中的鬼屋。因为屋主被杀后家里的其他人就突然间不知去向，于是许多闹鬼的传说就此传开。但在柯南和少年侦探团的各位探查之后发现了鬼屋中真的有人居住着！在调查了屋子之后柯南终于发现背后真正的秘密。最终杀害房子主人的凶手也自首承认罪行。

动画原创。小五郎作为顾问加入了洋子拍戏的剧组，拍摄结束后，小兰找男主角那智签名时却看到了他被摄影师安西威胁场景。晚上大家其乐融融的回旅馆聚餐，期间妙子曾回家取东西，她的未婚夫岛崎外出卖烟，回到旅馆后的妙子看到外出的安西神情充满恐惧。小兰和洋子外出买东西的路上，发现了死在神社的安西，柯南再次展现推理头脑，找出真凶。

小五郎三人阴错阳差的搭上了簱本家的豪华游轮，并遇到新婚夫妇夏江和小武，这时，簱本当家豪藏找孙女婿小武谈话，他识破了小武是自己害死的对头财诚勇夫的儿子。当大家都在餐厅用餐时，突然传来管家铃木的惨叫，豪藏遇害，大家把矛头指向小武并将他关进仓库，可是到了晚上，柯南又在夹板上发现了长孙女秋江丈夫的尸体，被禁足的小武也不见了踪影。

簱本家族的人聚在餐厅断定凶手就是小武 ，就在长女麻理子担心去厕所迟迟未归的儿子一郎时，游轮突然停电，随之而来的是一郎的惨叫，在黑暗中他被凶手刺伤了腿，小五郎在电源室发现这是有人蓄意的断电，他立刻命所有人留在餐厅，自己和柯南，小兰寻找线索，迷雾渐渐拨开，凶手真的是突然消失的小武吗？

动画原创。柯南、小兰和小五郎碰带了一个深情恍惚的少女，送去医院检查后，医生说少女暂时失去记忆，几人从仅有的信息中找到了她所住的饭店，柯南不停的询问让少女头疼而跑出酒店，突然有一辆汽车迎面开来，但少女灵敏被避开，调查过程中柯南发现这名女子身手矫健总能避开危险，她到底是什么人？为什么总遭到袭击？

动画原创。小兰的同学直子被绑架，当歹徒发现有警察时，便放弃交易开车冲进海里，直子再次下落不明，直子父亲的秘书花井很是担心。某日，小五郎突然接到不要在调查此事的要求，柯南察觉事有蹊跷，暗暗潜入直子家后听到了花井和直子爸爸的谈话，原来直子的爸爸再次接到歹徒电话，但他却不愿花五亿保女儿的性命，这让花井很生气，柯南躲在后备箱里，跟着他们来到交易场所，见到了所谓的「歹徒」。

动画原创。某天，小五郎，小兰和柯南三人走到坂口家时，讨论起了他的爱狗约翰和他八年前自杀的儿子，这是，突然冲出一名女子大喊小刚被约翰杀死，原来是坂口先生拜托小刚在他出差的时候照顾约翰，可没想到能酿成这样的悲剧，柯南在调查坂口儿子正人自杀的事时，发现正人的自杀和小刚有关，坂口成为最大的嫌犯，可他到底下了什么命令让约翰袭击小刚？

小五郎和他的大学同学在弁庆温泉旅馆举办柔道社同学会，参见的人都是小五郎的死党，大家一时兴起决定在烟火大会开始前打桌球消磨时间，只有由美一人回房休息，烟火大会开始前朋友们考虑到由美的脾气，便没去打搅她休息，结束后，大家一起去由美的房间，发现的却是由美举枪自尽的尸体，经过检查发现由美死于下午三点左右，也就是大家一起打桌球的时候。

经过小五郎和警察和志的勘查，推断出由美并非自杀而是他杀，小五郎也下定决心要为由美报仇亲手揪出犯人，并将目标锁定在阿淳、和志、行雄和纪子剩下的朋友中，这时，阿淳说自己曾在五点的时候看到过由美，案件出现了矛盾，死于下午三点的由美怎会在五点的时候出现，这到底是鬼魂还是凶手为了蒙蔽大家采取的手段？

动画原创。某天小五郎偶遇了大木田社长并把自己的名片给了他。之后的晚上大木田突发心脏病身亡，而小五郎和小兰，柯南为了配合调查也来到大木田的家里。在调查了现场之后柯南发现了大木田大量出汗的事实，而从现场外面的花和点心处发现了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社长和司机之间的矛盾后推理的方向也越加明确最终柯南以新一的身份告诉了暮目警官犯人的真实身份并抓获了犯人。

动画原创。大名鼎鼎的巽律师找小五郎来酒店谈事情，他希望小五郎可以找到自己妻子外遇的证据。晚上，小五郎等人经过巽律师家时，看到有好多警察，原来是巽太太被人谋杀，柯南在现场发现了订书针，而嫌犯最大的就是巽律师，可是凶案发生时他正和小五郎在一起，拥有完美的不在场证明，柯南决定重回酒店开始调查，洗衣输送管，酒店闹铃声还有订书针，将这些串在一起，真相只有一个。

小五郎录制全日本侦探社的录制节目时，制作人诹访被射杀，主持人松尾的嫌疑最大，因为他是射击高手，并且他曾在播放侦探短片的四分钟内离开过摄影棚，但柯南怎么也想不明白，他是如何在这么短的时间内往返于九楼和四楼之间，在了解了大楼构造后，柯南终于明白了凶手的伎俩，他麻醉了小五郎并借来摄像机，向全国实况转播了小五郎的推理秀。

得知小兰要去约会，柯南死缠烂打的跟着一起去了咖啡店，为哄柯南回家，小兰外出给他买蛋糕。小兰离开后，咖啡店里依次来了几位客人，有凶巴巴的女人、花花公子、美女律师、大学生和大块头男士，正在柯南猜测哪位是小兰的约会对象时，厕所传来惨叫，原来是凶巴巴的女人在厕所被人杀掉，但在柯南和美女律师的推断下，凶手浮出水面，之后柯南才知道小兰的约会对象居然是……

动画原创。阿笠博士带少年侦探团来到野外，并交给他们一张地图让他们去寻找宝藏，路上困难重重，但大家不畏艰险互相扶持，终于接近终点，柯南解开天之水与天之石的暗语，顺利找到了藏有宝物的底下通道，这里有两大袋珠宝，然而在途中碰到过的两个行迹可疑的男人突然出现，柯南采用智斗将他们打到后，又发现了一个大木箱，这才是阿笠博士想让他们找到的宝藏。

小兰受邀来到园子家的别墅，参加园子的姐姐绫子大学电影社的社员的聚会。被太田邀请在雨中散步小兰，突然遭到神秘绷带男的袭击，还好柯南等人赶到小兰才免遭伤害，大家决定报警可电话却打不通，而门外的吊桥也被人砍断，接着大家看到绷带怪人掳走知佳子，并森林里找了知佳子被肢解的尸体，深夜，绷带怪人潜入小兰房间，想要置小兰于死地。

柯南为保护小兰扭伤了脚，为安全考虑，大家决定集中到餐厅等待天亮。突然屋内停电，黑暗中，绷带怪人再次出现攻击小兰，但被小兰躲开。柯南根据目前找到的线索，确定凶手就是电影社部员中的其中一人，在想通了凶手为何多次袭击小兰的原因后，他将园子麻醉，借助园子之口，道出真相和凶手。

动画原创。柯南要陪步美拔牙时，被叶子医生婉拒。而当晚七点半不动产老板中本被杀，发现尸体的人就是叶子和管理员，虽然叶子有杀人的动机，但由于步美的证词，叶子有不在场的证明，因为她那时正在陪步美看七点半开始的假面超人。柯南一人在叶子家附近调查，看到叶子家和诊所一样的窗帘，柯南便知道了叶子的手法，并且那副假面超人的扑克也成了重要的证据。

动画原创。毛利侦探事务所来个叫典子的女人，她拜托小五郎帮她调查一个叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿丧服去扫墓的典子，便暗中跟踪，她离开后，柯南从典子的朋友那里得知，原来此人是典子的男友，但在六月份遇车祸而死，察觉到典子找北川是想复仇，他赶紧打电话给小五郎，当大家赶北川住处时，典子已至，柯南利用她死去男友最爱的虾蛄仙人掌让她放弃复仇。

就在小五郎因跟踪一个男人三天而大赚一笔高兴时，电视上播报出一个名叫根岸的人在红鬼村火祭被烧焦的消息，谁想此人正是小五郎跟踪了三天的人，而嫌疑最大的就是继承了根岸五亿财产的阿部丰，可根岸被杀的时候，阿部丰在外旅行，因此他有充分的不在场证明，可这些没能瞒过柯南的眼睛，他还是解开了阿部丰的「不在场证明」。

小五郎带柯南和小兰为四井集团董事长千金丽花庆生，宴会结束后，大家的车都遭到不明人士的破坏，丽花决定住在别墅，一班追求者也表示留下来陪她。当晚，丽花莫名失踪，大家在寻找丽花时，二阶堂被溺死在喷泉旁边，之后，小兰也遭到同样手法的袭击，被柯南所救，凶手利用空调致使停电，因此可以确定犯人就是别墅里的人，这时，丽花浸在水里的尸体被发现。

丽花身上有被捆绑的痕迹，柯南在调查中扭开水龙头的时候，发现水居然是从莲蓬头流出，确定了凶手之后，接下来就是找证据，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的声音让三船、五条、六田、一枝脱下外套，更加确定了自己的推测，在黑暗的别墅中，柯南指出凶手，而凶手的杀人动机则源于两年前。

动画原创。柯南小兰等人在修好高中看棒球赛时，理事长室的优胜锦旗被人割破，就在大家议论谁是犯人时，棒球队主投小伟自首说这件事是自己做的，而他的母亲却说是她做的，柯南认为事情不会那么简单，便和园子偷偷溜到理事长室，仔细观察了锦旗后，他知道了犯人是谁，并利用变声领结将大家叫到理事长室揭露了凶手。

园子、小兰和柯南三人一起参加摇滚乐团雷克斯的庆功宴，卡拉OK包厢内，大家都因雷克斯乐团将要解散而面露悲伤，在主唱达也演唱完《血红的维纳斯》后，中毒猝死，在场的人都有作案的嫌疑，柯南无意看到达也以前的乐团照片后，便明白了凶手是谁，他躲在暗处以工藤新一的身份将凶手揭露，而因这场凶案牵扯出的爱恨情仇也无疑让所有人扼腕叹息。

【主线剧情】某日，一个自称柯南妈妈的陌生女人来接他，柯南第一反应就是她可能是黑衣组织的人，因为她清楚柯南家的底细以及他的真实身份，期间，柯南虽趁机逃脱，但去找阿笠博士的时再次候被抓，他听到了那个女人和一个面具男讨论交易药物的事情，待他们离开后柯南按照那伙人留下了线索找到交易地点，可不幸的是他行迹暴露，面具人对他枪口相向……

动画原创。小五郎开车的时候帮助了车子出故障的堀田耕作，为表谢意，耕作留小五郎三人参加他的庆生聚会，期间耕作因儿女们的争吵以及女儿文子的到来大发雷霆而离席，之后，他的房间发生大爆炸，柯南在现场发现了儿子良二送给耕作的威士忌盒子，本以为良二是凶手，没想到他莫名失踪，大家又将矛头指向文子，可文子却说自己虽恨父亲，可凶手不是她，这时，柯南看到了室外的化肥……

动画原创。女性实业家儿岛郁子在家中被杀，死的时候她身着睡衣脸敷面膜，在这个案件中有三名嫌疑人，TM证券营业所的警卫泉、死者的女儿千寻以及尸体发现者吉冈，他们都曾在死者生前与她见面，泉可以暂时排除嫌疑，因为案发时他正好碰见小五郎，可千寻却说他有杀人动机，三名嫌疑人陷入了互相揭露动机之中，「凶手的指针」在他们三人徘徊，可真相只有一个。

大家一起去滑雪的时候，小五郎弄丢了别墅的钥匙，三人正愁没地儿住的时候，医科大学的大山教授认出小五郎并邀请他们去自己的别墅，并正巧碰上了大山教授学子们的聚会，期间，中原驱车下山买下酒菜，趁这个机会大家也都各自活动，可中原回来后，却发现大山教授被杀，柯南在现场根据教授留下的线索找到凶手。

动画原创。柯南去体育俱乐部馆参观时，正巧看到水上运动的西条、成濑和木岛发生争执的一幕，而体育俱乐部负责人佐伯和跳水代表西条也存在着某些不愉快。当晚，小五郎接到目暮警官的电话说西条死亡，因为没找到什么有用的线索，警方准备以意外死亡结案，可是柯南注意到这是件谋杀案，柯南找到目击证人并从他的绘画中看透事情的真相，凶手一定就是那个人。

【主线剧情】某日，侦探事务所来了一名不速之客，关西高中生侦探服部平次，他此次前来是要找工藤一较高下，这时，达村外交官的夫人前来拜托小五郎调查她儿子的女友幸子，跟着夫人一起来到府邸时没想到正好碰上达村外交官被人毒杀的现场，而且这是一件密室杀人，服部找到破案线索并成功破解了密室杀人的手法，而柯南却因感冒喝下服部给他的白干酒发高烧昏倒身体异常痛苦。

【主线剧情】小兰找来医生时，却发现柯南不见了，她四处寻找来到了犯罪现场，而服部已经开始了对凶手的指认，凶手就是死者的父亲利光，他本人也主动承认，这时，工藤新一出现，他推翻了服部的推测，并对凶手重新指认，服部甘愿认输，警方带走凶手后，工藤因心痛难耐顾不上和小兰说句话就躲了起来变回柯南，休息了三天后，他意识到老白干是让他恢复原形的方法。

柯南在朋友们去图书馆做读书报告时，警察突然来询问图书馆职员玉田失踪一事，馆长津川表示自己也不清楚，警察做了简单的搜寻后离开。但少年侦探团留到夜晚做深入调查，期间馆长曾鬼鬼祟祟的来过一次，等他离开后，大家发现馆长在利用图书馆进行贩毒交易，当他们找到被馆长杀害的玉田的尸体时，没想到馆长也发现了他们，少年侦探团能否顺利脱险？

动画原创。因洋子推荐慈善高尔夫大会，小五郎抓紧练习，而在高尔夫球场还有其他一行人打球，分别是某开发部的经理橘、课长安井、主任大久保和社员南，橘和安井的技术非常好，安井将球打完后，休息了一会儿便离开了，这时，球场突然发生爆炸，橘死亡，除离开的安井外，其他两人均受伤，小五郎顺利的推理出凶手就是安井，但柯南确认为真凶另有其人……

小五郎带小兰和柯南看上山看樱花时，因为迷路和爆胎被困在山上，这时又下起了雨，他们找到了一家寺院投宿，这里除了主持以外还有四个修行僧宽念、屯念、木念、秀念，在交谈中，柯南等人模糊的知道了下雨天雾天狗杀人的传说。第二天，宽念在修行的房间发现了主持被吊在房梁上的尸体，而同样的事情曾在两年前也发生过。

暮目警官赶来寺院展开调查，就在大家一筹莫展准备离开时，独自调查的柯南从被强大力量打破的墙壁、切口变形的走廊木板、被丢在树林里的角窗碎片和胶带中洞察到了凶手的犯案手法，以及凶手就在四个修行僧当中，他用阿笠博士给他的纽扣扩音器道出真相，而两年前以同样手法杀死修行僧忠念的居然另有其人。

动画原创。柯南、小兰和小五郎散步的时候，听到附近大楼传出女声的尖叫，闻声赶到的柯南等人发现不动产社长井本被杀，经过排查，犯人锁定在了曾经卖渔具的寺沢、来借钱的土桥和协商离婚的妻子贵子三人身上，柯南发现了凶手的法案手法后，利用简单的道具，提醒小五郎，最终犯人难逃法网。

【主线剧情】柯南随小五郎参加「名侦探小五郎推理公馆」电玩游戏的发布会时，碰到了游戏制作公司满天堂的三名员工中岛、上田和竹下，三人慌乱的存放行李后，赶往会场，期间，柯南偶然听到一高大黑衣男子的通话，并从中得知此人和黑衣组织有关，可还没能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南发现这是意料之外的杀人事件，柯南能否得到更多的关于黑衣组织的线索？

动画原创。委托人为表示感谢，招待小五郎三人温泉旅行，他们在搭乘汤之山县的列车上，遇到了两名争吵的医生佐藤、伊达，期间伊达曾生气离开。换乘休息的途中，警察在与汤之山线列车路线基本相同的花之街线列车上发现尸体，柯南洞察到伊达神情怪异有犯罪嫌疑，可他是怎么样在两趟不一样的列车上游走杀人的？

动画原创。清洁公司的董事藤井被楼上掉下的重物砸死，警察在尸体旁边发现了一个没有指纹的口风琴，柯南认为这并不是简单的意外事件而是谋杀，警察去清洁公司社长中山的办公室进行调查时，这里的监视器引起了柯南的兴趣，在对监视器进行了简单的操作后和摄影内容简单回查后，凶手浮出水面。

【主线剧情】柯南、小兰和小五郎参加了福尔摩斯旅行团，但此次旅行的主办人旅店的老板金谷，被人锁在车里推下山崖还引发的爆炸，而被孤立无法与外界联系的旅客，因为不希望再出现死者，都集合在旅店房间里，说自己已经知道凶手是谁的绫子，在车库里爆炸身亡，就在大家讨论谁是凶手时，突然停电，藤泽被某人用碎冰锥刺伤。

【主线剧情】凶手看似打破窗户逃了出去，但柯南和服部发现凶手就在屋内，并且否定了凶手是老板的猜测，而刚才的停电也是人为的。期间，服部一直很在意柯南的种种反应，对柯南产生了怀疑。事件渐渐明晰，服部和柯南知晓了凶手是谁以及他杀死老板和绫子的手法。为了保护自己是工藤的秘密，柯南将服部麻醉说出真相，可让他没想到的是，就是这个举动让服部肯定了柯南就是工藤。

动画原创。少年侦探团在儿童跑腿活动中，充当活动记录。一行人跟在儿童小宏后面摄影，可是小宏总是乱跑，期间还曾跑进过，一幢将要拆掉的废弃大楼里，小宏在躲过了两次人为制造的意外后，被人掳走，柯南从记录的中发现了蛛丝马迹，他们来到废弃大楼，并在地下室找到了小宏和一具尸体，这时，凶手将少年侦探团关到楼中，而外面拆除大楼已经开始，少年侦探团能否逃过一劫？

小五郎应画家花冈之邀前来谈话，可是等了许久仍没见到花冈的身影，就在小五郎生气要离开时花冈出现，与此同时，另一位住在对面的女插画家蝶野打来电话说要自杀，柯南等人亲眼看到蝶野从楼下坠落，赶到现场时蝶野已死，而这个看似自杀的案件其实是他人谋杀，凶手就是花冈，可蝶野从楼上跳下时，花冈正和大家在一起，他到底是怎么做到的？

动画原创。七年前载满相当于十亿日元金子的竜神号，突然出现在敷岛海面。以幽灵船为噱头的村长三上邀请小五郎来演讲，而他的真正目的是拜托小五郎找到金子的所在。演讲时，小五郎差点丧命讲台，凶手很有可能是岛上的守卫浜田，和旅行社职员上原，两人也似乎是旧识。当晚小五郎一路追踪袭击他的武士，却被人打晕掉入了凶手的陷阱，成了杀害浜田的凶手。

动画原创。就在警察要强行带走小五郎时，柯南在机械室和浜田的尸体上发现的有力证据帮他洗清了嫌疑，而目前最有可能杀人的就是上原，当大家要暗中逮捕上原时，木下出面说自己去劝他自首，五分钟后，屋内响起枪声，上原射伤木下逃跑。柯南重新回到竜神号调查并和铃一起进入海军山洞，却在这里发现上原的尸体……

这天，少年侦探团跟阿笠博士一起来到电影“哥美拉”的拍摄现场由博士的朋友三上导演带着参观。但这是电影的制片人龟井却说出了电影要在今年终结的事实。突然从休息室传出了松井的哀嚎声，原来松井竟然被人刺杀！当少年侦探团的各位赶到片场时看到了哥美拉刺杀龟井的现场！在追踪哥美拉后只找到被焚烧的哥美拉服。看似毫无头绪的现场在柯南缜密的勘察下最终发现了犯人的身份。

动画原创。小五郎的学长寺冈请他们吃烤肉的时候，突然接到一个名叫松山的人的电话，为劝说此人回归正道，寺冈匆忙赶去约见的码头，小五郎也要求一同前往，小兰和柯南尾随其后，到达码头后，寺冈单独去见松山，可不一会儿，大家就听到了枪声，松山因手枪走火意外死亡。暮目警官说手枪上除了寺冈和松山还有第三个人的指纹，柯南仔细思考之后，断定这枚指纹就是让犯人认罪的完美证据。

动画原创。在酒店吃饭时，一个神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟踪并进一步询问得知，此人名叫远藤，他的儿子被人绑架，为保儿子安全而没有报警，小五郎决定帮他。次日，犯人打来电话要钱，远藤听到了儿子说有螃蟹和鲸鱼，这是找到犯人据点的唯一线索，小兰、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鲸鱼的地方，柯南想起了漏掉的线索，顺利找到有「螃蟹和鲸鱼」的地方，将人质解救。

动画原创。这天小五郎带着小兰和柯南到外面吃完饭时巧遇大学时代的同学大村。因为有事商量他们一同到了大村的公寓。在屋里喝茶说话时，窗户玻璃突然碎了而在楼下的马路上突然有个男人倒地身亡。在警方调查下发现死者生田是在和同学聚会的途中出去后死亡的。而在勘察了现场之后柯南发现了犯人使尸体自动摔下的手法并以小五郎的声音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最终承认了罪行并坦白了自己杀人的原因。

动画原创。小五郎的师傅塩田，在剧院找到了处理威胁事件的小五郎，而此时，他们正赶上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戏码，可祥子却在演戏中被真正的毒杀，当所有的嫌疑都指向和水杯有关系的馆冈和中山时，塩田却摇头否认，期间小五郎意外受伤而离开。思考陷入瓶颈的柯南，从塩田突然谈起的芥川龙之介的《蜘蛛丝》得到启示，找出了凶手。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆参加推理之旅。活动规定，如果能够找出推理之旅的主办人就可以免费住宿并可获得一个包含某种病毒程序的磁盘。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南从栏杆上推了下去！之后柯南打电话询问阿笠博士关于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房间时柯南和小兰偶遇和明子发生口角的前田并被前田邀请却观看夜景。就在这时暗夜公爵却坠楼生亡！

这个从天而降死亡的人是江源，但从领结和皮带等细节可以看出暗夜公爵并不是江源，警察去江源房间搜查时，发现房门居然上有防盗锁，凶手把江源推下后是怎么逃脱的？在警察对其他人侦讯时，暗夜公爵将看守江源尸体的空手道高手打昏，还出现在了柯南、小兰和佐山面前，并完全躲开了小兰攻击，难道说凶手就是……

看到防盗锁上胶带的痕迹，又通过试验证实自己的推测，柯南轻松破解密室难题。在调查过程中，柯南在铜像附近找到了自己掉落的钢笔，他注意到酒店下的风，询问得知这叫「公主风」，将「公主风」和其他七位旅客的房间位置结合，柯南断定凶手就是那个人，这时，小兰急匆匆跑来说找到可以洗清前田嫌疑的证据，柯南利用小五郎展开了一场精彩的推理和实验。

动画原创。柯南三人在去郊游的路上听到一声惨叫，赶到现场的时候发现一名男子痛苦的躺在地上垂死挣扎，不一会就气绝身亡，在他的旁边有一瓶卡滋曼，化验结果显示，这名男子是中毒而死，有名警员说这个人是米花之狼，曾跟踪一个女孩子。警方找到这个叫西谷的女孩，询问后并未发现异常，但柯南认为案件定有蹊跷，经过反复调查和设想，他终于明白了犯人的作案手法。

园子邀请柯南和小兰到家中别墅度假而富泽财阀的别墅也建在旁边。当晚别墅突然停电而向外看时，柯南众人正好目击到富泽的父亲被杀害的现场，凌子看到凶手的样子，犯人竟然是死者的儿子熊三！在警方逮捕熊三时发现刚刚到达的老大和老二和熊三面貌竟然一模一样。但在柯南的调查下最终锁定了犯人并已园子的身份揭露了犯人的身份。

动画原创。少年侦探团在海滩度假的时候，偶然认识了春日财团的大少爷和他的女朋友小忍。元太玩球时捡到了小忍发出的SOS求救漂流瓶，顺着漂流瓶的方向，他们在一个洞窟找到小忍，原来这都是春日的安排，眼看海水满潮，无法原路返回，大家在柯南的指挥下顺利从洞穴另一边逃出，看到小忍还活着，春日露出丑恶嘴脸以步美为人质，关键时候小兰赶来，将春日制服。

动画原创。小五郎参加电影《死神阵内》试映会时，主演南条的太太拜托他帮忙处理最近收到的恐吓信，但南条却不以为然。夜晚各家媒体守在南条公司下等待死神阵内的出现，可没想到死神真的出现了，在大家追死神的时候，南条被杀，警方在凶案现场发现了许多黑色绝缘胶带，一波未平一波又起，去六楼的南条经理人吉野遭到枪袭，大家都认为电台导演大野嫌疑最大，但大野却说有一个人比他更有杀人动机。

这天小五郎把打同样喜欢麻将的肥田叫出来打麻将，可左等右等肥田都没出现，于是决定到肥田的金融公司去看个究竟。当他们到达肥田的住所时却发现肥田已经死亡！在询问死者习惯的时得知肥田有把钱弄成扇形并舔手指数钱的习惯，而小五郎根据这个判断凶手就是饭野。但在勘察现场之后柯南推理出犯人并不是饭野而是另有其人。最终在铁证面前凶手承认了自己的罪行。

【主线剧情】米花博物馆将要举办珠宝展，园子家的「黑暗星辰」也要参展，可在此之前，园子家收到了一封来自怪盗基德的盗取通知信，柯南解开通知信的暗号后来到杯户市立饭店屋顶，基德在月色中凭空到来，将警方内部搞的一团糟后，顺利逃跑，并留下通知信说他定会盗走「黑暗星辰」。宴会当天，园子的母亲给上船的每个人都发了一颗黑珍珠，混淆视听，可基德手法更高一筹，他伪装成了铃木会长登上船只。

茶木警官让所有宾客互相做暗号，防止基德混入其中，这时，船内突然暗了下来，光束中基德出现，铃木夫人毫不犹豫开枪射向他，一片混乱中，铃木夫人解释这是她请来的真田魔术师，小兰在纸牌魔术中抽到了基德的留言，而这时一颗颗散落的珍珠在地上爆炸，宾客们躁动不安，戴在铃木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉着小兰来到机房说他已知道谁是基德……

一群人为长门会长庆祝生日的时候，他的女婿光明不知被何人袭击发出惨叫，此时大家在楼下的阳台上看到长子秀臣口中含刀，当大家赶到时，光明已被推到铁栏杆外面气断身亡，案发之后的第二天，警方在池塘底部发现秀臣，看似自杀的尸体留下一封遗书，而且他违背常理的衣服，透露出秀臣是在案发前就被人毒害投入池塘中。

为找到更多的线索，柯南和服部对长门家的门卫和厨师等人逐一进行询问，并且在对个个房间的搜查中，找到了女仆口中的床单，而且根据秀臣房间的电话留言，两人重新推断出了秀臣的死亡时间，一切准备就绪，服部叫来目暮警官，重现当时犯案的场景，凶手就是那个人，但逼死凶手绝不是一个侦探想要的结果。

动画原创。小兰和园子去东都银行取钱的时候，碰上了抢银行的歹徒，他用枪威胁银行职员谷口将现金装入背包，趁歹徒放松警惕，苏醒过来的银行职员前岛正要从背后攻击的时候，电话铃声突然想起，前岛被射伤，此时，银行一片惶恐，谷口冲上去扑倒歹徒将他击毙。当警察赶到时，柯南注意到了电话铃声，他认为此事并非单纯的抢劫案，而是另有内幕。

动画原创。打棒球时，元太不小心伤到一名流浪画家，送到医院检查才知道他失去了记忆，后来画家悄悄离开。几日后，画家的尸体被发现，为调查真相，少年侦探团出动，他们按照画家的素描找到了一户叫早濑的家中，主人热情招待这群孩子，柯南留意到这位夫人丈夫的遗像和死者很相像，进一步调查后，他将银杏、窗户、烧焦的痕迹、带眼镜的被害者、墙壁上的画串联起来，没错！凶手就是她。

少年侦探团，在机缘巧合下和最受欢迎组合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃饭，高山为找搭档永野椎菜，一人跑出了演唱会的会场。后来在餐厅外，歹徒当着柯南的面将高山推入车中绑架，他们要求少年侦探团拿着TWO-MIX最新的歌曲练习带去交换人质，歹徒在电话里让少年侦探团把警察甩掉并让步美一人前去，于是柯南和步美调换身份。

柯南离开时虽交代元太他们把追踪眼镜交给警方，但想要立功的侦探团却私自行动，并利用眼镜找到柯南的位置，正要打电话报警的时候被歹徒发现。眼看就能将TWO-MIX解救，柯南却因元太等人的绑架，再度落入敌人手中，他戳穿歹徒想要练习带的目的后，歹徒恼羞成怒点燃屋内的汽油，柯南等人能否成功逃脱？

动画原创。小五郎骨折住院，某天夜晚他看到对面的房间有杀人的黑影，匆忙赶去后，却发现屋里什么都没有，接下来的几天，发生了同样的事情，主治医师白井说可能是因为疲劳而产生的幻觉，但柯南却认为事件没那么简单，他陪夜的当晚也看到了杀人场景，两人一起跑出去，当他赶到小五郎身边时，却发现小五郎已昏倒，旁边还躺着已经死去的江藤医生，小五郎就这样糊里糊涂的成了「杀人凶手」……

小兰、园子和柯南三人滑雪时，意外的碰到小兰的小学老师米原等人，并在他们的邀请下住进了滑雪别墅里，当晚，园子和米原被人袭击，之后还发现了迟到的杉山被人勒死的尸体，他们三个人手上分别写着「美」「奈」「子」三个字，看到这些字下田回到自己房间躲起来，柯南和阿笠博士联系后得知三年前杯户小学发生过自杀案件，当时自杀的学生就叫望月美奈子。

这时，二楼传来老师们的惨叫，柯南和小兰跑上去发现下田被人勒死，柯南立即开始找凶器，但并未找到，唯一能确定的是，凶手就在中村、米原和坂井之间，接下来的搜寻中，柯南在下田脖子上发现了头发，凶手就是那个人！可是该通过谁之口揭穿凶手呢，园子昏睡不了解案情，正值苦恼之时，他想到以工藤的的身份让小兰用便携电话说出真相，而小兰却在得知真相后痛哭不已。

放学后，光彦一伙儿聚在一起研究宽波段接受器时，无意中接听到了一个绑架恐吓电话，大家都很担心这个被绑架的女孩性命，便决定根据这通电话找到女孩，柯南根据歹徒陆续打给女孩爸爸的电话，和伙伴们一步步找到了被害人和歹徒的位置，成功解救人质。

动画原创。柯南、小五郎和小兰驱车去北海道看丹顶鹤，偶然认识了饲养丹顶鹤的大伯，他邀请柯南他们去自己家入住，大伯的弟弟阿保热情招待他们，就在这个时候大伯的儿子阿浩和女儿则子为财产的事儿而来。之后，柯南等人一起去泡了温泉，回到屋子的时候发现大伯被人用十字弓射杀，而阿浩则跑去警局自首，但柯南依据自己对现场的勘查认为凶手另有其人。

动画原创。柯南与毛利小五郎等人受名小说家虎昌先生委托调查其妻子的外遇事件，于是小五郎带着小兰和柯南来到被称为吸血鬼山庄的虎昌家。当天晚上在书房看电影的虎昌先生却被人杀害！而凶案现场的门被从内部反锁，屋外的积雪已深，却未留下任何脚印，是真正的密室杀人案件。加之因为大雪警方也无法前来使得案情疑云重重。

动画原创。当晚发生杀人案件的书房是完全的密室，而屋外的雪地上也没有脚印。犯人是怎样到书房的呢？在大家都将凶嫌箭头指向搞外遇的妻子和情夫时，柯南却看出破绽。一桩多年前的恩怨所埋下了愤恨的杀机的事实渐渐浮出了水面。最终柯南发现了凶手的犯罪手法并将其公之于众，而凶手也最终承认了因为妹妹的去世而起杀念的事实。

动画原创。在插花艺术家冈野利香的个人纪念发表会上，酒店的经理白木突然离奇死亡，柯南注意到白木胸前的花，在偷偷潜入冈野利香的房间后，成功找到氟化氯和氢酸硅化物，看来凶手还要继续杀人，当柯南看到舞台冈野利香用以表演的花朵时，便急忙阻止它们绽放，因为白木死亡的秘密就藏在这些花朵之中。

小五郎因赶着去看洋子演唱会，从楼上摔下而骨折，和他同病房的有一个老人和因车祸受伤的年轻人。某天，柯南和朋友们去医院看望小五郎时，碰见老人的儿子关口，当大家讨论起近期发生的银行抢劫案时，关口和同病房的年轻人都神色怪异，注意到这点的柯南，暗中观察得知关口被那伙银行强盗威胁，但最终在柯南和少年侦探团的帮助下，关口的女儿得以解救。

动画原创。半年前银狐在完成了一件不露痕迹的暗杀后，消失匿迹。某日，一个叫潮文造的房屋中介公司社长，来事务所委托小五郎找出银狐，接受了他的委托后，柯南和小兰也随他们一起来到丹原山，进行登山活动，同行的还有五个登山者高梨恒、平井健一，能势新吾、三枝恭子和河边晃，而银狐很可能就在其中，第一条命案很快就发生了，当晚，小五郎也遭到袭击……

动画原创。次日，山岳庄内发出小兰的惨叫，柯南等人赶到后发现恭子被人刺杀，就在大家推测出谁是凶手时，河边晃、潮文造和管理员都不见了踪影，小五郎认为潮文造有危险便急忙跑入山中，不想却碰上地震，他们救了河边晃后返回山岳庄，河边晃承认了自己的罪行，但却否认自己是银狐，那么银狐到底是谁？潮文造又是出于什么样的目的委托小五郎？

动画原创。柯南、小兰和小五郎去滑雪的时候，和扮演雪女的明子以及她的替身住在了同一家旅社，期间，小兰曾看到雪山上有雪女出没。大家在愉快的滑雪回来后，柯南注意到一同出去的明子和洋子却并没有一起回来，当晚洋子邀请大家一起喝酒，明子因为咳嗽并未参加，次日，洋子跑来找小五郎说明子留下遗书自杀了，找到尸体后，柯南发现这根本就不是自杀，而是被人谋杀，凶手就是那个人！

动画原创。小五郎和朋友分开，一个人醉醺醺的在街上游荡时，碰到了有过几面之缘的佐知子，她邀请小五郎和她一起兜风，之后，小五郎在送佐知子回到家时，发现她的室友和美被杀，最有可能的人就是佐知子，但是她当时和小五郎在一起，有充分的不在场证明，那么到底是时间的错乱？还是凶手另有其人？

九十九七惠通过妃英理的介绍来到毛利侦探事务所，她拜托小五郎帮她重新调查丈夫著名魔术师九十九元康的死因，一行人来到九十九家中，见到了元康的三个学生真田一三 、三好麻子和白地裕士，简单的照面之后，他们来到元康的死亡现场——地下室，柯南仔细进行现场勘查，发现了电话上一串奇怪的数字，期间，小兰对柯南起了疑心，而暗中观察他，但柯南毫无意识。

破解密码后，元康留下的线索居然是……案件解决之后，小兰找借口把柯南带到了工藤家，并戳穿柯南就是新一的身份，这时，工藤的母亲有希子从美国回来，在她的帮助下，柯南逃过了小兰的质问。 次日，有希子带柯南来到乡下，原来她是受儿时朋友广美所托，来鉴别刚从巴西回来的叔父义房的「真假」，晚上，义房说他早就知道大家的怀疑，并从身上拿出一封恐吓信。

柯南用自己的方式证实了义房身份并未伪造，经过院子的时候，广美和有希子谈起了15年前自己母亲从这里落井死亡的事，突然，柯南看到了木门那边有个可疑人影。当晚，大家轮流洗澡时，去外面加柴的广美发出叫声，她看到了可疑人影，并在古井发现了二妈真知子的尸体，而家里的汽车也莫名被停到了森林。这时，薮内家的律师赶来宣读遗嘱，期间，义房差点被人蓄意设计的十字弓杀死。

柯南向大家分析凶手是有目的的要杀某个人，这时，警察说他们在木柴那里找到了一盒磁带和包有雨衣的凶器，听过磁带之后，柯南揭穿了想要杀死义房的凶手敬子，但当问及真知子的死亡时，敬子却矢口否认，柯南说凶手确实不是敬子而是另有其人，还没待他讲完案件，那个鬼鬼祟祟的墨镜男出现了，他居然是……