Nichiuri Televisió ha organitzat un acte a Osaka en què anunciarà la producció d'una pel·lícula del monstre Gomera i en Yaiba l'Emmascarat per celebrar la inauguració de la seva nova seu. A l'acte hi assisteixen en Kogoro, en Conan i la seva colla, en Heiji i la Kazuha. Tot va sobre rodes fins que el cap del departament de Producció de Pel·lícules, l'Isato Yonekura, apareix mort en un magatzem.

L'inspector Ayanokoji, de Kyoto, s'uneix a la investigació després d'haver descobert una connexió entre el productor Yonekura i un tal Onda, mort un parell de dies enrere en un accident de trànsit. Mentrestant, una bomba explota en un magatzem abandonat i causa una altra víctima mortal. L'equip d'investigació de la policia decideix entrar a casa de l'únic sospitós, on farà un descobriment del tot inesperat.

En Conan i en Kogoro tornen a casa de l'Ishizawa per mirar de reconstruir el segrest. Mentrestant, la Haibara descobreix que els quatre implicats en els atemptats són els autors d'un robatori que va tenir lloc a Kobe deu anys enrere, i en Conan comença a lligar caps. En Kosugi, del departament de Producció, demana a la Ran i a la Kazuha que es presentin al càsting de la pel·lícula.

En Conan i en Heiji van a veure l'Ishizawa a l'hospital i li paren una trampa per localitzar el cinquè lladre del grup, que els dona la pista definitiva per trobar l'última bomba. Mentrestant, al famós gratacel Abeno Harukas, la Kazuha es prepara per presentar-se al càsting de la pel·lícula sense sospitar que ella, la Ran i tots els visitants de l'edifici corren un gran perill.

En Conan, la Ran i en Kogoro viatgen a Kanazawa per fer turisme i conèixer la ciutat, però pel carrer es troben la Mari, una noia que porta una bossa plena de diners que de seguida descobriran que són per pagar el rescat d'un segrest. Un segrest que s'acabarà complicant més del compte.

En Conan, la Ran i en Kogoro són a Kanazawa i s'han vist involucrats en un fals segrest. La suposada víctima, en Manabu Saikawa, ho havia orquestrat tot i quan el descobreixen acaba fugint. Aquell mateix dia, en Soichi Hayashi, el president de l'empresa, és agredit i acaba a l'hospital. En Conan de seguida troba pistes que el condueixen al responsable de l'atac. És en Manabu, també? O la cosa és més embolicada del que sembla?

La Naeko, dolguda perquè en Chiba no la reconeix, surt de festa amb unes companyes del Departament de Trànsit i s'emborratxa al karaoke. L'endemà, una d'aquestes companyes, la sergent Toko Momosaki, apareix morta al costat dels lavabos del parc de Beika Est. Les úniques pistes són la moneda de 100 iens deformada que l'assassí va deixar al costat del cos i els gronxadors que la víctima va assenyalar abans de morir.

En Conan investiga els tres possibles sospitosos de l'assassinat de l'agent de policia. Són tres homes que la Toko i la Shiori van detenir i interrogar uns dies enrere perquè havien comès infraccions de trànsit i havien intentat fugir sense pagar la multa. El trencall on els van detenir és molt a prop de l'agència d'en Kogoro, i en Conan creu que en Toru Amuro va veure alguna cosa des del Poirot.

Mentre investiguen l'assassinat de la Shiori Yagi, els inspectors d'Homicidis descobreixen un accident que hi va haver fa poc a prop de l'escenari del crim i que podria ser rellevant per esclarir els fets. El culpable continua buscant la tercera víctima per consumar la seva venjança, i la Naeko en pagarà les conseqüències. Mentrestant, la Yumi té una topada amb uns borratxos i rep l'ajuda d'un salvador del tot inesperat.

Els números, el senyal de trànsit... En Conan per fi aconsegueix fer encaixar totes les peces i descobreix la identitat de l'assassí. La misteriosa trucada que ha rebut en Chiba li donarà la pista final per trobar la Naeko, que està segrestada en un lloc desconegut. El culpable la vol utilitzar com a esquer per atraure la Yumi i consumar la seva venjança.

La Ran i en Conan han trobat un home a l'estació, el senyor Higuchi, que busca amb desesperació la seva dona, desapareguda fa tres dies. La Ran demana al seu pare que l'ajudi a buscar-la i ell, tot i que no de gaire bon grat, hi accedeix. En Conan i en Kogoro comencen a investigar el veïnat per trobar alguna prova d'on és i allà es trobaran una sorpresa que farà capgirar completament la investigació.

Una clienta contracta en Kogoro perquè trobi el seu animal de companyia, un armadillo, que s'ha perdut. En Kogoro i en Conan el busquen pel mercat del peix de Birinmon, però no tenen sort i decideixen agafar un taxi per tornar a casa. El taxista és un gran admirador del detectiu i està tan content de veure'l que decideix explicar-li la història d'uns germans molt misteriosos que el dia abans havien fet un trajecte una mica estrany amb el taxi.

En Kogoro rep una oferta per treballar de guardaespatlles d'un empresari amb pocs escrúpols que inverteix en peixos de colors. Ben aviat es confirma que realment necessita protecció.

Mentre observen ocells, en Conan ensenya als nens de la Lliga de Detectius Júnior a observar les persones. Aquesta nova habilitat els serà útil per resoldre, des de la distància, un cas de segrest ben complicat.

Una dona li demana a en Kogoro que l'ajudi a recuperar una joia que li han robat. El lladre li ha deixat una nota amb una ubicació. En Kogoro i la seva clienta s'hi dirigeixen sense saber que es tracta d'una mena de joc de pistes que els portarà d'una punta a l'altra de la ciutat. Mentrestant, en Conan investiga si el robatori podria estar relacionat amb un cas antic.

Una onada de delictes i crims misteriosos fa anar de corcoll la policia metropolitana de Tòquio. Aparentment no hi ha res que els relacioni, tret que els delinqüents porten un full amb les instruccions per actuar. La Sato i en Takagi han descobert que el cervell de les trames és un tal Misao Hamanaka, un home que es fa dir "consultor criminal".

L'Ayumi troba un gat malferit en un parc. En Conan sospita que li han clavat una pallissa. Al cap de poc, en un restaurant proper, apareix el cadàver d'un dels empleats, que ha mort apunyalat. La roba que porta coincideix amb els fils que en Conan i la seva colla han trobat entre les urpes del gat, i els Detectius Júnior es fan el propòsit de trobar el culpable abans que la policia.

Només hi ha tres cambrers que no tenen coartada. Resulta que tots tres estaven especialment ressentits amb l'Uranari, però no tenien cap motiu per voler matar el director del Botchan. En Conan s'adona que hi ha una altra persona que no té coartada i descobreix el truc que va fer servir l'assassí per penjar el director a l'arbre sense que el fregadís de la soga deixés marques a la branca.

La Kazuha i en Heiji viatgen a Tòquio per assistir a l'exposició d'una joia excepcional anomenada Fairy Lip, Llavis de Fada. L'exposició, que també visitaran en Conan, la Ran i en Kogoro, l'organitza el senyor Jirokichi Suzuki, que l'ha publicitat als quatre vents amb la intenció de provocar en Kaito Kid perquè intenti robar-la i poder-lo enxampar. Un dels principals ideòlegs del sistema de seguretat que es farà servir és l'inspector Takaaki Morofushi, també conegut com a Komei. Qui guanyarà en enginy?

El senyor Suzuki ha organitzat una exhibició al seu museu per parar una trampa a en Kaito Kid, atrapar-lo i endur-se la glòria. L'objecte exposat es diu Fairy Lip, Llavis de Fada, i és la perla natural més gran del món. Per evitar que la robin, hi ha tot un equip de vigilància, inclosos en Heiji, en Conan i en Komei, l'inspector de la policia de Nagano. La perla estava protegida amb tota mena de mesures de seguretat però, tot i així, en Kaito Kid -disfressat de Kazuha- ha aconseguit endur-se-la. Per què no ha marxat, encara, la falsa Kazuha? Què trama, en Kid?

Una dona misteriosa molt bonica demana ajuda a en Kogoro per trobar el seu marit desaparegut: un empresari d'èxit amb una actitud molt estranya, que ha fugit de la seva dona i portava dies desaparegut. En Conan i en Kogoro li hauran de seguir la pista per veure quanta veritat hi havia en el relat de la seva dona.

Els Muto, reunits gràcies a la feina d'en Kogoro, tornen a ser una parella feliç i ben avinguda. Però, tot d'una, l'aparició d'un cadàver fa pensar que la felicitat ha durat ben poc a casa seva, i en Kogoro i en Conan es troben intentant esbrinar si realment tot ha passat com sembla i què ha passat amb l'altre empleat desaparegut de l'empresa.

En Conan, la Ran i en Kogoro han anat a dinar a un restaurant. Al reservat hi ha un grup de persones que fan el dinar de comiat d'una empresa que acaba de tancar. Un dels empleats li ofereix un ram de flors al president, que les olora i cau mort a terra. En Conan i en Kogoro ajudaran la policia a descobrir quin dels empleats l'ha matat i per què.

La Ran i en Conan acompanyen la Sonoko al centre comercial. Hi ha quatre noies ben somrients que promocionen una joguina, però de seguida descobreixen que entre bastidors no es porten tan bé. Una en pagarà les conseqüències i la Sonoko haurà de descobrir què ha passat i qui és la "foqueta dolenta" que hi ha darrere del crim.

A la joieria Kaneko han exposat un rellotge caríssim d'edició limitada. En Conan està molt preocupat, perquè pensa que un rellotge tan luxós en una botiga de barri té molts números d'acabar en mans d'algun lladre. D'altra banda, l'Ayumi no sap què posar al seu diari dibuixat i ho consulta a la colla. En Conan li aconsella que es comenci a fixar bé en tot el que vegi i que després dibuixi el que li hagi cridat més l'atenció. I això acabarà sent un factor determinant per resoldre el misteri d'aquest episodi.

En Kogoro té un nou client. Es tracta d'en Fusaya, un jove que vol trobar l'assassí del seu pare, que va morir fa deu dies quan van entrar a robar a casa seva. En Fusaya se sent culpable perquè el seu pare s'havia agafat festa per passar el dia amb ell, i per això el lladre el va trobar a casa. En Kogoro promet que trobarà l'assassí, però no té cap sospitós.

En Kogoro troba la dona misteriosa que els espiava davant de l'estació i la interroga per saber si podria estar relacionada amb el cas. Mentrestant, en Conan torna a la comissaria de Tebai i demana l'informe de l'autòpsia del senyor Ooide. La causa de la mort confirma la seva teoria. Tot seguit, en Conan convoca en Fusaya fent-se passar per en Kogoro i li explica com va morir el seu pare.

La Sonoko, la Ran i en Conan van a una cafeteria famosa pels dònuts de polpa de soja que serveixen. La Sonoko està molt emocionada, perquè són sense sucre i en podrà menjar tants com vulgui. El local és molt bonic i té un jardí preciós. A més, tot el que demanen és boníssim. Tot va bé fins que un dels clients va al lavabo i avisa que s'hi ha trobat el propietari del cafè estès a terra. Algú l'ha agredit i ell és el principal sospitós.