【主线剧情】终于从灰原手中得到解毒剂试制品的柯南，恢复成了新一的状态，和兰以及众同学前往京都。在清水寺高台，新一一行人遇到了女演员鞍知景子一行，并得知一位姓出栗的男子曾经在此坠落。景子请求新一帮忙查明出栗的真正死因，而新一正准备调查时，不久却发生了命案，犯案现场被比拟成了天狗传说。新一在药效过了之后，急忙藏身于房间床底，并通过服部骗过了同学们。第二天，柯南醒来并再次吃下解毒剂恢复身体，随后，他和服部听到了鞍知的朋友阿贺田的惊叫声……连着两起案件似乎并没有其他线索，此外，由于解药的药性和自身的抗体，新一需要规律性服药。不久，大冈红叶的登场带来了新的案件，在一群网络水军受雇在街上制造“天狗暴乱”之后，新一等一行人再次遇到了新的惨剧……

【主线剧情】京都府警在临场过程中虽经过一番详细调查，在大冈红叶的帮助下，暗号大体破解。通过调查，新一等人先后得知景子、阿贺田和马山与出栗的那些过往旧事。案情发展的速度突然加快，与此同时，兰因为遇到了她“一直惦记”的冲田而变得神秘起来，得知这一状况的新一，思绪紊乱到不能正常思索案情，而在同一时刻，药物所维持的时间突然到来。新一种种不正常的行为，早已被一直持怀疑态度的世良看在眼里……

案情发展到现在已经进入到了尾声，在新一、服部和世良的推断之下，犯人的动机以及犯案的手法逐渐被揭开。案件结束之后，新一避开园子与世良，将兰拽到了一边，就“伦敦的告白”一事向她征求回复，结果新一收到的竟然是……

步美在路边摔倒，在路过的绿川纱希住的公寓接受治疗。过着朴素生活的纱希的房间里装饰着和男性的两张照片。纱希把花装饰在窗边后，一边眺望窗外一边嘟囔着“诶，朋友来了啊”。之后，步美带着柯南、光彦、元太、灰原去了纱希的公寓。步美说了开朗温柔的纱希的话，决定去见她。但是，站在窗边的纱希却有着奇妙的寂寞表情。纱希注意到了在外面的步美她们，露出了笑容。

纱希和步美他们说完后，说要去健身房就走了。与纱希分别的柯南等人开始巡视有没有什么事件。这之后，发生了汽车闯入建筑物的事故。在附近的柯南等人被突如其来的声音吓到，从健身房出来的纱希也去了事故现场。纱希发出惊讶的声音，被聚集在一起的看热闹的人们所关注。柯南注意到了在看热闹的人群中的堂岛多津子、立花淳之介、今野美千代看着纱希的样子。柯南问他有没有被人憎恨的记忆，纱希笑着离开了。

柯南和纱希发生了什么事，向多津子、立花、美千代确认。步美觉得纱希不可能是被人憎恨的人而感到困惑。多津子、立花、美千代回到了同一栋公寓，柯南向管理员小木狭一询问了3人的事情。102号房间的立花是一位很帅很受学生欢迎的女大学讲师。认真有礼貌的美千代住在302号房间，在贸易公司工作。住在1107号房的多津子是社会评论家。还决定了在电视上作为评论员出演。

柯南他们去了纱希的房间下面，确认了三人住的公寓。从纱希的房间只可以看到102号房，202号房这一排纵列。可以看到102号房间和302号房间，但1107号房间是死角。柯南、灰原等人认为纱希有可能从房间的窗户看到了立花、美千代房间的什么。102号房间的立花看到门上的报箱里装的信封里的东西而害怕。信纸上写着“好好看了啊”“不想被公开的话就送钱”，寄信人的名字是“知道秘密的女人”。

少年侦探团一行人走在马路上，偶遇一起坠楼案件，而一开始围观坠楼现场的三个人公寓管理员、住户堂岛女士和绿川的前男友是最可疑的，因为他们都有导致作案的动机。

在警方取证过程中，柯南回想起在命案不久前，发生在对街两栋楼之间的一件令人匪夷所思的事情：绿川究竟是在监视何人，绿川监视他人的目的又是什么？嫌疑三人组又为何在暗处对绿川怒目而视？从最初的车祸到第二次的杀人未遂，直到最终的惨剧发生，在其背后究竟隐藏着什么样的真相？

毛利小五郎荣获日本侦探协会颁发的最佳侦探奖。为了领奖，顺便放松一下身心，小五郎决定带着柯南和小兰一同前往福冈县北九州市。

由于小五郎曾经当过刑警，有着比较广泛的人脉关系，即便是在小仓这边，也有很要好的朋友呢！刚下火车，本来要陪小兰去游玩的小五郎就提出要去拜会自己以前在本厅时代的前辈、有“樱田门之虎”之称的前刑警深町虎三。

深町退休后做起了生意，把猛虎贸易公司经营得有声有色。不过他却在不久前因为头部遭到撞击而重伤入院，这次事件是意外还是故意伤害（或杀人未遂）还未可知。同时，猛虎贸易诸多相关产业的墙上都被某人使用红油漆涂鸦上一个“虎”字，因为社长重伤日久不能苏醒，公司二把手桐山专务即将登基，桐山害怕是归来的深町虎三之子虎彦因图谋篡班夺权，而计划对其造成人身伤害，特意委托小五郎大叔调查涂鸦一事。

社长秘书泉海在为进行调查的大叔引路时，偷偷向其透露社长受重伤一事也有可能是专务所为，这令偷听到全部对话的柯南，将追查嫌疑人的目标扩大。而另一边，和两位侦探分道扬镳的小兰，独自一人参观北九州的美景。

毛利小五郎带着柯南和小兰一同前往福冈县北九州市。来到福冈县北九州市，柯南跟着小五郎去拜访一位老上级，而小兰只得独自一人参观北九州的美景。

就在参观之时，一位年轻男子揽住了小兰，并轻声请求假扮情侣。为了摆脱身后追击的两名神秘男子，还没有弄清楚状况的小兰和年轻男子很快就被追兵发现，几人在扭打过程中，小兰身子突然向后一仰…

小兰在被推搡后并没有发生什么危险。转眼间，小兰就用空手道击倒了尾随而来的两人，并且带着虎彦逃走。倒地的二人虽然并无大碍，但眼看到手的鸭子飞了，只好带着一脸懊恼之色，转身迎接向他们追来的大叔。

经过一番了解，两名追人的男子终于亮出了他们的刑警身份。原来二人一直在追查目前深町社长遇袭案的最大嫌疑人虎彦，并跟随他来到了门司港。这时，利用窃听器搜集好所有线索的柯南急忙电联小兰，让她劝虎彦放心，因为一切的真相尽已掌握在手中。

而一心想要抓住真犯人的虎彦，此时正　开着深町社长的车，载着小兰准备去电视台公布深町社长遇袭的案情，却不知道危险正一步步向他们靠近……

毛利小五郎在收到别人支付的委托费后，又开始了赌马的败家活动。就在大叔为赌马输钱而懊恼之时，三位身份不明的委托人依次找到了他，虽说他们委托的是同一件事，但大叔碍于委托金而纷纷应承下来。只是，柯南无意之间发现三位委托人虽然是分头前来，实际上却是一个团伙。

第二天，柯南和大叔前往委托人的马场，见到了名赛马“白色烈酒”，两人开始向相关人员调查前几日马主收到恐吓信一事，马主在惊异之余也向大叔提出了保护赛马的委托申请。

原来，名马需要从马场运送到跑马场，于是大叔、柯南和小兰三人答应马主一同护送。运输中途，柯南发现相关人员中，除了马主以外的其他三人均为昨日扮装的委托人。很快，前方因为修路而出了一点小状况，问题解决后很快继续运送，谁知到了跑马场之后，马主惊讶地发现马已经被换掉了。

这时，他们接到绑匪的电话，绑匪开价赎金一亿，大叔立刻询问嫌疑最大的运输车司机，得知司机因为家人被绑架而被迫行事，虽然很快司机的家人被释放，但是受害人对于绑匪的信息一无所知，这样让案情进入僵局……

之后，犯人出现在现金的交接现场上并被当场逮捕，柯南却觉得事出蹊跷。犯人不是绑架事件，而是特殊欺诈的受害人。少年侦探团的各位，开始对貌似犯人的人物睁大眼睛进行观察……

由于马主不肯配合，警方也不能强加干预，众人只好便衣跟随；面对歹徒接连留下的有关地点的暗号，众人也只好一边推理一边追踪，结果最终还是被犯人算计。就这样，案件发生的第二天一早，警笛响起……

一个62岁的占卜师在自己办公的地方被人杀害，在发现死者的位置，警方发现了不少线索，甚至因为死者前一天的电话，小五郎也被列为嫌疑人。只是有柯南的作证，小五郎才被排除了杀人嫌疑。而就在死者占卜师的仇人中，有三个人进入了柯南的视线。

早上，光彦、元太、步美来到了农民们贩卖蔬菜和水果的活动、米花町的农贸市场。步美因为去北海道的急事柯南不能来了而意志消沉。这个活动预定有目暮警部演讲。光彦他们走在停着很多厨房车的停车场旁边的小路上，从对面传来了门仓伸夫、山胁雄二、菅野佳织的说话声。佳织等人说了“按照计划，华丽地进行吧”这样的话，光彦等人推理山胁等人盯上了目暮，准备安装炸弹。

柯南、元太、光彦、步美、灰原和阿笠博士、小兰一起来到了KAGAMI工作室。阿笠博士被委托照看柯南他们院子里展示了好几个大型模型。秘书小忍带着柯南他们去参观用的巨蛋。小忍是神演播室社长加贺见荣三的女儿。步美用相机拍摄了摄影棚的样子。圆顶内森林广阔，头顶上装饰着呼唤天空的船、筋斗云等。

柯南、元太、光彦、步美、灰原和阿笠博士、小兰一起来到制作大型模型的KAGAMI工作室。人像模型的制作好像要花钱，考虑预算的营业主任羽生和考虑将来投资的设计师主任山县发生了争执。这个工作室经营困难，正在寻找收购的地方。然后，柯南他们正要回去的时候发生了事件。圆顶楼突然变暗，听到了什么人的惨叫。当听到无数易碎物品纷纷落下的声音后，灯光恢复了。在手办和模型掉落的圆顶楼，后脑勺被击倒的羽生倒在地上。

动画原创。少年侦探团和阿笠博士来到群马县的鬼齿村开采化石，这里据说发掘出了不得了的珍贵化石“月余石”，正当大家开采化石时，上厕所的灰原和步美竟然发现了化石馆馆主大神明的尸体，死因是氰化物中毒。警方在厕所的各个地方都没有发现毒物，群马县的山村警官认为这是自杀，但是柯南通过死者的除菌湿巾酸性较大这一点和厕所排气扇外死掉的虫子，推理出了事实真相……

动画原创。一位叫成濑纯的男性委托毛利小五郎，他的女友水沼果帆失踪了，在毛利小五郎到水沼果帆家调查时，竟然得知她在凌晨五点多从一座桥上跳河自杀。一位大学生潮哲也拍下了她自杀时的视频，一位出租车司机大原真纪还在凌晨两点多载过自杀的果帆。警方以自杀结案，但柯南在便利店看到大原买了两份便当和隐形眼镜清理液后，发现了事实真相，并把这起事件和三个月前的女大学生被从公园台阶上推落身亡建立起了联系……

令人印象深刻的修学旅行终于结束了，但柯南的危机才刚刚开始，因为在修学旅行中解决案件大出风头，被电视台记者拍下上了热搜，传闻已死的工藤新一突然现身，引起了朗姆三位嫌疑人的高度重视。与此同时，帝丹小学的东尾玛利亚无故缺席了，在东尾家对面的她其祖母家中的一系列解谜暗号，让少年侦探团大费周章，并在厕所中的饮水鸟处卡住，幸亏有柯南的提示，侦探团才顺利解开暗号，找到了失踪的玛利亚。

另一边，服部平次用案发现场的工藤新一是冲田总司这一说辞骗过了媒体记者，但是这并不能打消朗姆三嫌疑人的怀疑。朗姆还用机械音给安室透发了“Time is money，速度快，波本”的信息，目前情况的严峻度让工藤优作和工藤有希子亲自回国坐镇，并且工藤优作和赤井秀一探讨后得出“Asaca Rum”的暗号实际为“Carasuma”（乌丸莲耶）的惊人结论……

动画原创。毛利小五郎收到了一名叫毒岛丰子的女士的委托，本以为是个美女，没想到到了文字烧店，发现委托人竟然是个75岁的老太太。吃文字烧时，丰子女士发现自己的文字烧被人放了卷心菜心。她果断认为想要害死她的人就在她的三个闺蜜：布防英子、宇贺神京子、周防友子当中，她们在上学期间都被毒岛以各种方式被迫和男友分手。但是经过一番调查，真相却让人哭笑不得……

动画原创。有一个虚假的恐吓电话说他在银行设置了炸弹，结果导致踩踏事件。走在银行前的元太被神乐撞到并受伤。在病房得知，半个月前，神乐在建筑工地差点儿被爆炸的哑弹炸死，他的朋友川内山在SNS上发布了不幸的神乐的照片，并赢得了很多“赞”。柯南和他的朋友开始寻找对银行撒谎的罪犯。而第二天早晨，在公园被杀的大坪被发现，他是因为发现了什么而被灭口，这个事情和点赞事件有什么关联呢？

动画原创。到处都在相传神乐的运气极好。这后面一定有巨大的阴谋。

动画原创。鹿屋建设社长梅木弘道和野垣不动产公司职员水泽翔在管理地巡逻时发现了车。时隔40年，从车内发现了白骨化的佐伯由利的遗体。遗体的腹部被刀刺伤了。40年前消失的诅咒宝石，波吉亚之泪。当时有传言说由利逃走了，但是车内没有发现宝石。由利的孙子佐伯堇拜访了小五郎的事务所，就40年前的事件进行了商谈。

动画原创。时隔40年，在水库湖上发现了乘车的由利遗体。遗体的腹部被刀刺伤了。40年前消失的诅咒宝石，波尔吉亚的眼泪。当时有传言说由利逃走了，但是车内没有发现宝石。由利是40年前制作的电视剧《人是我杀的》（俗称我杀）的主演女演员，小渚的跟班人。柯南和小兰协助了想要证明祖母无罪的孙堇，从电视剧相关人员那里听到了这样的话。那个时候，小五郎和熟人水泽商量后被野垣不动产叫出来，卷入了火灾。

动画原创。少年侦探团和博士来到米花恐龙博物馆参观，在恐龙表演结束后，忽然有一个巨大的恐龙化石雕像倒塌了，馆长志田信久死于雕像之下。

动画原创。小五郎将作为嘉宾出演日卖电视台的广播节目“直到中午为止”的烦恼咨询环节。正式演出前，制片人万田照臣将导演鲸井守、播音员犬山二之助、广播作家矢代枫、助理导演阿部理惠介绍给小五郎。小五郎在得意忘形的万田的劝说下，喝了酒才正式开始。

动画原创。住在正上方的女性没有常识这样的咨询在广播节目中被提出来，住在东京都内公寓的公美在收音机里对正下方的十和子的房间怒吼。第二天早上，十和子的遗体被发现，目暮警部怀疑公美是犯人。昨天，公美注意到录音广播的CD放进了信箱，觉得这是十和子干的好事。据说十和子是广播制作人万田和分居中的妻子，对离婚坚决不答应。并且，判明了是万田将CD放入公美的邮箱里的。

动画原创。为了收购书籍，少年侦探团陪同玉木咖啡书吧的店主玉木裕次郎拜访了水谷明子家，由于明子出售书籍时并未经过书籍的所有者，正在住院的明子丈夫的同意，裕次郎并没有购买这些书籍。傍晚，泽田良介来到店里出示了手机里的一张带有10本左右古书的照片，并向裕次郎咨询这些书的价值，裕次郎鉴定过后认为这些书值250万日元，此时泽田变得非常生气。之后明子家的珍稀书籍被盗，明子怀疑小偷是裕次郎，便将裕次郎叫到家里询问情况。裕次郎回到咖啡厅后碰见了将照片中的10本书带来出售的泽田，裕次郎在鉴定过程中发现这些书正是水谷家失窃的书，与泽田起了争执。泽田推倒裕次郎逃跑后打电话给裕次郎约定在夜晚7点的公园见面，然而裕次郎来到公园后，发现的却是泽田的尸体……

小五郎带着柯南、小兰、咖啡店的安室透去见诸冈。碰头的黑兔亭是兔女郎接待客人的餐厅。诸冈和执事深町惇史出现后，小五郎确认了恐吓信的内容。那里贴着“如果不珍惜生命，就不要靠近黑兔亭”的剪贴文字。

诸冈指名兔女郎朝仓有里，边喝酒边愉快地交谈，有里一边吃水果一边喝酒。之后，有里痛苦地倒下了。目暮警官等人开始搜查，在有里喝的酒中检测出砒霜。有里虽然保住了性命，但是意识却没有恢复。

诸冈把自己受到威胁的事情告诉了目暮他们。诸冈认为有里喝错了犯人要杀害自己的毒药。但是，柯南指出诸冈和有里的玻璃杯形状不同，不可能出错。高木刑警认为犯人的目标很有可能是有里。安室确信能在有里的玻璃杯里混入毒药的是诸冈、深町、纱菜。柯南也认为3人中肯定有犯人……

小五郎收到恐吓信后，受到资产家诸冈的委托，与柯南、兰、安室一起在黑兔亭与诸冈、执事深町见面。恐吓信的内容是“如果不珍惜生命，就不要靠近黑兔亭”。之后，接待诸冈等人的兔女郎有里在喝酒后痛苦地倒下。有里虽然保住了一命，但意识不清。从有里的红酒中检测出砒霜，安室确信能在有里的玻璃杯中混入毒药的是诸冈、深町、兔女郎的纱菜。柯南也认为3人中有犯人。

发生了有人在黑兔亭有里的酒里放入砒霜的事件。有里虽然保住了一命，但意识不清。柯南认为在有里的玻璃杯里混入毒药的犯人在诸冈、深町、纱菜之中。安室和柯南一起从相关人士那里听故事的时候，慢慢地回想起小时候接受宫野爱莲娜治疗时的事情。受伤后来到宫野医院的安室偶然听到了爱莲娜和丈夫宫野厚司的对话。厚司一直在烦恼是否要去支援研究的设施。那个设施的赞助商是乌丸集团。

动画原创。柯南、步美、元太、光彦前往黑野须村，他们此行的目的竟然是抓昆虫人，而且元太还浮想联翩……突然，他们听到了一种恐怖的声音。众人寻找声音发现在黑野须村的森林里有一群村民在施工，他们很快就被在施工现场工人们凌厉的眼神惊吓到落荒而逃。在逃跑过程中遇到了几个穿着昆虫人服装的小孩，经过询问，这个村子里存在着蛾蛾公主的宝藏，大人们痴心寻宝，留下小孩们看守村子。

经过一系列调查，柯南终于了解了蛾蛾公主宝藏的真相，但元太三人却被大人们发现，他们四个人被迫爬到树上。最终柯南告诉了村民们宝藏的真相……

动画原创。米花公园内发现了一具被人殴打致死的男性尸体——现年23岁的门胁荣二，经过警方调查，死者生前风评不佳，酗酒家暴，但死者的哥哥门胁优一和两兄弟的母亲门胁优子极力否认这一事实。经过一番调查，案件的嫌疑人逐渐转移到了门胁优子以前的学生——32岁的建筑工人高濑林太郎身上，而且他以前曾经跟踪调查过死者门胁荣二，但经过警方调查，案发时间段高濑有不在场证明。

动画原创。谁知这时，毛利小五郎接到了门胁家失火，门胁优子葬身火海的消息……柯南和毛利小五郎经过一番调查，发现高濑和与他相仿的替身交换，这样他就有了作案时间，但高濑不承认他是凶手，并准备乘坐水上巴士逃往浅草。得到真相的柯南，借助毛利小五郎在水上巴士上解决了这个悲剧案件。

动画原创。小五郎、柯南、小兰被邀请参加狗粮公司社长火乃宫安娜的生日派对。派对在停泊的大型游艇上举行，副社长稻村幸四郎和专务江波真知子正在给安娜送生日礼物。这时，从半地下船舱出现的戴着黑色雨衣、黑色手套、蒙面的男子用霰弹枪开火。被击中的安娜毙命。犯人一边剥去缠在脸上的黑色毛巾，一边趁着黑暗逃跑。

动画原创。小五郎、柯南、小兰被邀请参加狗粮公司社长火乃宫安娜的生日派对。派对在停泊的大型游艇上举行，副社长稻村幸四郎和专务江波真知子正在给安娜送生日礼物。这时，从半地下船舱出现的戴着黑色雨衣、黑色手套、蒙面的男子用霰弹枪开火。被击中的安娜毙命。犯人一边剥去缠在脸上的黑色毛巾，一边趁着黑暗逃跑。

动画原创。少年侦探团在公园踢球时偶然遇到了寡妇小森朋子。之后小森带着柯南一行人去植物园。在玩耍过程中，步美不慎迷失方向，后来被社长梶木浩平找到。之后小森和梶木两个人的感情急剧升温。几天后，阿笠博士陪同少年侦探团应小森邀请拜访她家，却正巧目击到已经与小森交往的梶木从三楼坠下……

动画原创。柯南、小兰、园子三人到露营地游玩，享受一顿园子精心准备的豪华游玩套餐，突然，他们听到了一声尖叫。 死者的死状非常奇特，脸上画着奇怪的妆，被人女装，嘴里还叼着螃蟹腿，死因是过敏死亡。更搞笑的是三位嫌疑人为了撇清嫌疑并嫁祸他人，在尸体上上做手脚并在搬运至其他地方。这场闹剧背后的命案凶手是谁呢？

动画原创。毛利小五郎应邀到HISHIDA剧场参加剧场新装修完成后的演讲会并发表当名侦探的秘诀。没想到，演出开始前，剧场内竟然接连发生了两起命案，剧场老板菱田顺子被这家剧场的前经理冷泉茂吉杀害，演员猪越健一郎被安保公司社长月野木秀树杀害。

动画原创。更让人奇怪的是，剧场内一名员工筑波芽衣经常时不时地提醒毛利小五郎引导他解决了这两起案件。但柯南发现这名员工有蹊跷，并且通过剧场内的杂志碎片找到了一起芦田大翔杀害大学教授的案件，并推理出筑波芽衣的目标是小兰的母亲妃英理。

动画原创。演出开始了，筑波芽衣果然以大学教授案件准备攻击妃英理，柯南麻醉了毛利小五郎，并说出了教授案的真相……