코난은 쿠도 신이치로서 테이탄 고교 수학여행에 참가한다. 교토 키요미즈 데라에서 구라치 케이코를 만나고, 케이코 일행이 수학여행원 일동과 같은 호텔이라는 이야기를 듣고 니시키 타로보가 가지고 있다는 암호를 해독하러 간다. 그러나 이후 니시키 타로보가 살해당하고, 천장에는 방사상으로 튄 피와 피 묻은 발자국들이 창문까지 이어져 있었다. 이후 사건의 상세한 내막을 조사하기 위해 케이코 일행과 쿠도 신이치 본인, 핫토리 헤이지와 세라 마스미 그리고 야아노코지 경위가 이기소야마라는 이름의 식당에 찾아간다. 그러나, 텐구가 나타났다는 괴성에 경찰 관계자들과 고교생 탐정 일동이 밖으로 나간 사이, 각각 화장실에 다녀왔다는 케이코 일행 중 이하야 신야가 나무 울타리에 걸쳐진 채로 칼에 찔려 살해당하고, 주위에는 10분 전엔 없었던 피묻은 발자국들이 난무해 있었다.

이후 더 이상 살인이 계속될지 모른다는 판단에 케이코 일행에게 경찰들을 붙여 호텔 방 안에 있게 한다. 그런데 마야마 미네토에게 무언가 메일이 오고, 메일의 지시에 따라 키요미즈 데라에 온 마야마 미네토. 그 메일의 작성자는 아가타 리키를 자칭했으나 아가타와의 통화를 통해 재차 확인한 메일주소는 'chestnut'으로 데쿠리(出栗) 미치오를 암시하는 주소였던 것이다. 이 때 그의 앞에 피묻은 발자국이 서서히 다가오고, 데쿠리 미치오의 목소리가 들려온다...

뛰어가다가 넘어져서 무릎이 까진 아유미를 보고 사키라는 여자가 달려와서는 친절하게 자기 집으로 데려가서 약을 발라 준다.

예쁘고 자상한 그 언니에게 반한 아유미는 소년 탐정단 아이들을 데리고 다시 그 언니 집을 찾아간다. 그런데 창가에 서서 무언가를 하염없이 바라보는 여자의 모습을 보고 코난은 그 여자에게서 왠지 어딘지 어두운 그림자를 느낀다.

다음 날 어떤 차가 건물을 들이받고 상수도관이 파열되는 사고를 일으키자 사람들이 사고 현장으로 몰려든다. 그런데 거기서 사키의 모습이 보이는데, 그 사키를 아주 무서운 눈초리로 째려보는 세 사람을 발견하는 소년 탐정단.

그 모습을 본 코난이 사키에게 누군가에게 원한을 살 만한 일을 한 적이 있냐고 묻자 애매한 말로 얼버무리는 사키. 뭔가 찜찜한 생각이 든 코난과 소년 탐정단은 그 세 사람에 관해 알아보기로 하는데...

사키가 건물 옥상에서 떨어져서 추락사하는 사고가 벌어지자 사람들이 몰려든다. 그런데 그 인파 속에서, 어제 교차로에서 사키가 교통 사고를 당할 뻔했을 때 있었던 할머니가 '역시'라고 말하면서 탄식을 내뱉는다.

이상하게 여긴 코난이 그 할머니에게 다가가서 혹시 어제 사키 누나가 사고를 당할 뻔했을 때 혼자 넘어진 게 아니라 누군가 밀친 게 아니냐고 물어보자 할머니는 맞다고 대답을 한다.

사키의 추락이 단순한 사고가 아니라 살해일 가능성이 높다고 직감하는 코난. 한편 경찰의 조사 결과 옥상의 난간에 쓸린 자국이 있고 사키의 귀고리가 떨어져 있었으며 CCTV에도 사키가 옥상으로 가는 장면이 찍혀 있었기 때문에

옥상에서 추락한 것으로 가닥이 잡힌다. 또한 탐문 수사 결과 마음씨 곱고 다정해서 누구나가 좋아하는 여자였는데 3년쯤 전부터 갑자기 사람이 돌변해서 주변 동료들을 협박해서 돈을 갈취하고 손님들한테까지

돈을 뜯어서 악평이 자자하다는 사실이 밝혀진다. 따라서 사키에게 원한을 품고 있을 만한 사람이 한둘이 아닌 것. 그러나 무언가 석연치 않은 느낌이 든 코난은 전날 사키를 무서운 눈초리로 째려봤던 세 사람에 대해 파헤쳐 보기로 하는데...

코고로가 일본 탐정 연맹에서 주최하는 베스트 탐정 어워드에 선정이 돼서 그 기념 파티에 참석하기 위해 란, 코난과 함께 키타큐슈의 코쿠라를 찾는다. 란은 모처럼의 여행이라 여러 관광지를 돌아볼 생각으로 잔뜩 들떠 있는데, 코고로는 경시청 시절 선배가 코쿠라에서 회사를 경영하고 있다며 그곳에 들러야겠다고 말한다.

란은 가려면 혼자 가라고 하지만 사쿠라다몬의 호랑이라고 불렸다는 코고로의 선배에게 호기심이 생긴 코난은 코고로를 따라가겠다고 한다.

그렇게 란과 헤어져서 선배의 회사로 간 코난과 코고로. 그런데 코고로의 선배가 얼마 전에 넘어져서 머리를 받히는 바람에 의식 불명 상태로 입원해 있다는 것. 깜짝 놀란 코고로는 문병을 가려 하지만 회사의 전무인 키리야마는 치료에 방해가 될 수 있으니 문병은 가지 말라고 만류한다.

그 대신 키리야마가 새로이 사장이 되는 걸 막기 위해 협박의 의미로 회사와 자신의 집 문에 낙서를 한 범인을 찾아달라고 한다.

키리야마는 소위 망나니 자식으로 소문 난 사장의 아들을 유력한 용의자로 지목하는데...

토라히코를 붙잡아 가려는 괴한 둘을 란이 가라테로 제압하고 토라히코와 함께 달아난다. 그런데 알고 보니 그 두 사람은 낙서 사건의 범인이 토라히코라고 생각해서 잡으러 왔던 형사였던 것이다.

깜짝 놀란 란에게 걱정 말라며, 자신은 낙서를 하지도 않았고 아버지를 밀어뜨려 다치게 한 범인이 아니라고 말한다.

한편 란의 비명을 들은 코난은 란에게 전화를 걸어서 지금 코고로 아저씨가 필사적으로 란을 찾아다닌다며 토라히코가 범인이 아니라면 코고로 아저씨가 알아서 해결해 줄 거라며 토라히코를 설득해서 회사로 오라고 한다.

그래서 란이 코난의 말대로 토라히코를 설득하자 토라히코는 순순히 란의 말을 따르겠다고 말한다.

한편, 전화를 통해서 란에게 무슨 일이 생겼음을 직감한 코고로는 황급히 란을 찾아나섰다가 길거리에서 토라히코를 쫓아다니던 형사 둘과 딱 마주치는데...

경마장에서 돈을 거의 다 잃고 남은 돈을 마지막으로 쏟아부을 것인지, 그 돈으로 홧술이라도 마시러 갈 것인지 고민 중인 코고로에게 어떤 남자가 다가와 말을 건다.

자신을 프리랜서 경마 기자라고 소개한 남자는 코고로에게 어떤 사건을 의뢰한다. 그런데 사무실로 돌아와 보니 또 다른 의뢰인이 와 있었는데, 놀랍게도 그 의뢰인의 의뢰 내용이 첫 번째 남자가 의뢰한 내용과 똑같은 것이었다.

그런데 그 뒤에 또 한 명의 의뢰인이 찾아오는데, 그 의뢰인의 의뢰 내용도 같은 것임을 알고 코고로는 횡재했다는 생각에 기분이 좋으면서도 어안이 벙벙하다.

의뢰 내용은 10년에 한 번 나올까 말까 하는 희대의 경주마 화이트 스피리츠를 죽이겠다는 협박장을 보낸 사람으로부터 화이트 스피리츠를 지키기 위해 경호를 부탁한 것이었다.

마침 그다음 날 개최되는 레이스에 참가하기 위해 화이트 스피리츠를 운반차로 옮기는 과정을 경호하기 위해 코고로와 란, 코난이 마주의 차를 타고 동행하기로 한다.

그런데 화이트 스피리츠를 무사히 대회장으로 옮겼다 싶은 순간 놀라운 사실이 밝혀지는데...

피가 묻어 있는 말 담요가 쓰레기로 버려져 있다는 제보를 받은 경찰이 달려가 보니 그 말 담요는 화이트 스피리츠의 것이 맞고, 또한 묻어 있는 피도 화이트 스피리츠의 것이라는 사실이 감식 결과 확인된다. 범인이 이미 말을 죽여 버렸을 가능성이 대두된 것. 설상가상으로 냄새를 맡은 기자들이 모리 코고로가 경호를 맡았는데도 결국 명마의 납치를 막지 못했다는 기사를 씀으로써 모리의 입장은 더욱 난처해진다. 한편, 코난은 범행의 대략적인 전모와 범인이 누군지까지는 확신이 가는데, 그들이 왜 명탐정인 모리 코고로를 끌어들였는지 하는 수수께끼가 풀리지 않아 답답해한다. 그래서 처음부터 범행을 다시 훑어보기로 하고 운반차를 바꿔치기한 현장으로 달려가는 코난. 그런데 그곳에 떨어져 있는 두 종류의 말 털을 발견한 순간 범행의 모든 윤곽을 확연히 간파한다. 그리고 결정적 증거를 확보하기 위해 코난은 모리의 목소리로 변조해서 타카기에게 어떤 부탁을 하는데...

점술사인 바바라 사다코라는 여자가 자택의 서재에서 변사체로 발견된다. 경찰이 수사를 해 보니 살해당한 곳은 다른 장소이고 살해 후 자택으로 옮긴 것이라는 사실이 밝혀진다. 그런데 사망 추정 시각이 어젯밤이라는 말을 들은 바바라의 비서는 그렇다면 모리 코고리가 뭔가를 알 수도 있을 거란 말을 한다. 왜냐하면 어제 저녁에 자신이 모리 코고로임을 밝힌 사람의 전화를 받고 바바라가 외출을 했다는 것. 깜짝 놀란 메구레가 즉시 모리를 불러 확인을 하자 모리는 자신은 그런 전화를 건 적도 없을뿐더러 바바라라는 여자 자체를 모른다는 것. 그런데 바바라의 컴퓨터에서 바바라가 작성한 걸로 보이는 문서가 발견되는데 그 안에는 용의자로 추정되는 세 사람이 적혀 있었다. 세 사람 다 바바라의 점괘가 틀리는 바람에 엄청난 피해를 입은 사람으로서 바바라에게 원망을 품고 있을 가능성이 컸다. 그런데 코난은 아무리 생각해도 일련의 정황들이 앞뒤가 들어맞지 않고, 더욱이 그들 셋 중 하나가 범인이라면 굳이 명탐정 모리를 사건에 끌어들인 이유가 납득이 가지를 않는데...

아유미, 겐타, 미츠히코는 '파머스 마켓' 행사장으로 가는 길에 폭탄 테러범으로 의심되는 인물들의 대화를 우연히 듣는다. 소년 탐정단은 각자 상상 속 코난의 조언을 들으면서 그들의 뒤를 밟지만, 결국 들키고 만다. 그런데 그들은 자신들이 싱가포르 레스토랑의 직원일 뿐이라고 주장하는데...

어린이 탐정단과 란은 아가사 박사와 함께 카가미 스튜디오를 방문한다. 코난 일행은 리모컨으로 움직이는 다양한 모형을 보며 스튜디오를 둘러본다. 한편 스튜디오에서 모형 제작을 담당하는 야마가타는,회사가 경영난에 부딪힌 것이 야마가타 부자 때문이라고 말하는 사장의 이야기를 우연히 듣고 마는데...

코난 일행은 전망대에서 쓰러진 하뉴를 발견한다. 그런데 어째서인지 하뉴의 상처에서 탈로스의 도료로 보이는 청동색 가루가 묻어 나온다. 건물을 샅샅이 수색했지만 범인과 흉기 모두 찾지 못한 채, 외부인이 범인이라는 방향으로 수사가 진행되는데...

아가사 박사와 어린이 탐정단은 '달의 흔적' 화석이 발굴됐다는 오니노하 마을에 화석 발굴 체험을 하기 위해 방문한다. '달의 흔적' 발굴지 기사에 의문을 품은 기자 미야시타 또한 진실을 밝히기 위해 마을을 방문한다. 체험 활동을 하다가 함께 화장실에 간 하이바라와 아유미는 화장실에 쓰려져 있는 오오가미를 발견하는데.....

모리 탐정 사무소에 찾아와 사라진 연인을 찾아 달라고 의뢰한 나루세. 그의 연인인 카호의 집을 살펴보던 중, 코고로 일행은 경찰서에서 그녀가 자살했다는 연락을 받는다. 목격자의 증언과 정황을 보면 자살이 확실해 보이지만, 코난은 어쩐지 마음이 개운치가 않은데...

수학여행이 끝나고 다시 코난으로 돌아온 신이치. 인터넷에서 신이치가 살아 있다는 이야기가 큰 화젯거리가 되어, 그는 검은 조직에 생존 사실이 들킬 위기에 처한다. 한편, 어린이 탐정단은 결석한 마리아가 무사한지 확인하기 위해 마리아네 할머니의 집을 찾아간다. 탐정단은 마리아네 할머니가 손녀를 위해 남겨둔 화살표 암호를 풀어가며 마리아를 찾는데....

어린이 탐정단은 하이바라를 중심으로 그림자를 이용한 화살표 암호를 풀었지만, 화장실 쪽 메모에서 막히고 만다. 결국 그들은 코난의 도움을 받아서 물 먹는 새와 관련된 암호까지 풀어낸다. 하지만 마지막 방을 눈앞에 두고 어째서인지 문이 열리지 않아 더 나아갈 수가 없는데...

코고로는 팬의 초대를 받고 코난과 함께 몬자야키 가게에 간다. 하지만 초대장에 있던 사진과 전혀 다른 토요코의 모습에 코고로는 충격을 받는다. 토요코는 몬자야키를 먹다가 양배추 심이 목에 걸려 잠깐 숨을 못 쉬었는데, 누군가가 자기를 죽이려 한 거라면서 코고로에게 범인을 찾아 달라는 의뢰를 맡긴다.

은행에 폭탄을 설치했다는 장난 전화로 큰 소동이 일어나고, 그 소동에 휘말려 겐타와 지나가던 행인들은 병원에 실려 간다. 겐타와 함께 실려 간 카구라는 보름 전에도 불발탄 폭발 사고에 휘말려 큰 보상금을 받았었다. 어린이 탐정단은 짧은 기간 안에 보상금을 두 번이나 받게 된 카구라를 장난 전화 소동을 일으킨 범인으로 의심하는데...

어린이 탐정단은 카구라에게 찾아가 살해당한 오오츠보에 대해 이야기하지만 그가 거짓말을 하는 낌새는 느끼지 못한다. 어린이 탐정단은 다시 초넨텐을 찾아갔고, 코치야마가 헛소문을 퍼트렸다는 사실을 알아냈다.

범인의 정체가 점점 좁혀지는 가운데 갑자기 코난이 서둘러 카구라의 집으로 달려가는데...

댐의 바닥에서 40년 전에 ‘보르자의 눈물’을 가지고 행방불명된 유리가 백골 시체로 발견됐다. 스미레는 코고로에게 진상 조사를 부탁하지만, 시간이 많이 지나서 힘들다는 대답을 듣는다. 스미레와 코난 일행은 야마토 TV 건물 철거 현장에서 우연히 유리의 지인인 카노야를 만난다. 카노야에게 드라마 ‘제가 죽였어요’에 관한 이야기를 듣고 나서, 나기사를 만나러 요양 시설에 찾아갔는데...

화재 현장에 있었던 코고로는 다행히 크게 다치지 않았지만, 미즈사와는 누군가에게 살해당한 채로 발견된다. 게다가 코고로가 현장에서 주운 미즈사와의 휴대폰은 누군가가 사진을 모두 지운 상태였다. 한편, 코난과 아가사는 카노야를 찾아가서 ‘제가 죽였어요’의 마지막 장면을 확인한다. 그 후, 촬영장에서 가서 주변을 살펴본 코난은 무언가를 알아낸 듯한데...

어린이 탐정단과 아가사는 공룡 쇼를 보기 위해서 베이카 공룡관을 방문한다. 그런데 공연이 끝나고 공룡관의 관장인 시다가 화석에 깔려 죽는 사건이 발생한다. 조사 결과, 누군가가 일부러 화석을 지탱하던 와이어를 끊었다는

사실이 밝혀진다. 알리바이가 있는 나이토와 카츠라가와가 용의 선상에서 빠지면서, 쿠치키가 유력한 용의자로 지목됐는데...

코고로는 술에 취한 채로 니치우리 TV의 라디오 방송에 출연해서 소란을 피운다. 다음 날 메구레가 코고로에게 급히 연락했는데, 코고로가 라디오에서 한 말 때문에 사건이 벌어졌을지도 모른다는 내용이었다. 처음에는 토와코를 살해한 범인으로 키지마가 의심됐지만, 사건을 조사할수록 토와코의 남편인 만다 프로듀스가 유력한 용의자로

몰리는데...

코난은 AD인 아베에게 야시로의 각본에 대한 이야기를 듣는다. 야시로는 그 각본을 계기로 만다를 은인으로 삼았다고 하지만, 쿠지라이는 반대로 만다의 무능력함을 확인했다고 한다. 야시로의 각본으로 제작된 라디오 드라마 녹음본을 들은 코난은, 사건의 진상을 파악하고 증거를 모으기 시작한다.

어린이 탐정단은 고서점 주인인 타마키와 함께 미즈타니의 집을 찾아간다. 미즈타니는 남편의 값비싼 희귀본을 팔려고 했지만, 타마키는 남편의 허락이 필요하다면서 매입을 거부했다. 한편, 사와다는 카페로 찾아와 타마키에게 희귀본의 사진을 보여 주면서 가격을 물어본다. 희귀본의 가격을 들은 사와다는 어쩐지 화가 난 모습으로 가게를

떠나는데...

코고로 일행과 아무로는 의뢰를 받고 ‘검은 토끼정’이란 버니 걸 클럽을 방문한다. 협박 편지는 검은 토끼정에 접근하지 말라는 내용이었지만, 의뢰인인 모로오카는 범인을 잡기 위해 코고로를 가게로 불렀다고 한다. 일행이 별다른 문제 없이 식사를 이어 나가던 도중, 갑자기 가게 직원인 유리가 쓰러지고 마는데...

유리를 독살하려고 한 용의자로 모로오카, 후카마치, 무라카미, 이 세 사람이 지목된다. 사건을 수사하던 중, 집사인 후카마치가 혼자 가게로 찾아와서 유리에게 돈 봉투를 건네다가 거절당했다는 사실이 드러난다. 무라카미 또한 아버지의 수술비 때문에 돈이 급한 상황이란 것이 드러난다. 한편, 아무로는 사건을 조사할수록 어쩐지 어린 시절의 기억이 떠오르는데...

란이 유리 씨의 백합 무늬 인조 손톱을 발견한 것을 계기로, 아무로와 코난은 범행 수법을 알아챈다. 모로오카는 이상한 낌새를 보이지 않았고, 무라카미는 독이 들었을지도 모르는 잔을 두고 다른 곳에 갔다는 이유로 용의자에서 제외됐다. 용의자는 후카마치 한 사람만 남았고, 아무로와 코난이 나서서 그의 범행을 밝힌다.

어린이 탐정단은 곤충 인간이 있다는 쿠로노스 마을을 방문한다. 그들은 우연히 장수풍뎅이 식당 앞에서 곤충 옷을 입은 카부토를 발견한다. 카부토는 어린이 탐정단에게 가가히메와 관련된 마을의 상황을 설명해 준다. 코난은 촌장님이 가가히메의 보물을 노렸다는 얘기가 마음에 걸려서, 마을을 돌아다니며 정보를 수집하는데....

코고로와 코난은 베이카 공원을 지나던 길에 메구레 경부를 만나서 사건 얘기를 듣는다. 쇠파이프로 머리를 얻어맞은 시신이 발견됐는데, 용의자는 피해자의 형인 유이치와 피해자 가족에 대해 캐묻고 다닌 타카세라고 한다. 유이치의 알리바이가 확인되는 바람에 타카세가 유력한 용의자로 떠오른 상황. 그런데 어찌 된 일인지 타카세에게도 확실한 알리바이가 있다고 하는데...?

코난과 코고로는 타카세가 있었다는 주점으로 찾아가서 CCTV 영상을 확인한다. 타카세가 알리바이 조작했다는 사실을 안 두 사람은, 도망가는 타카세를 쫓아 수상 버스에 올라탄다. 코고로가 타카세를 몰아세우나 싶었지만, 증거가 없어서 자백을 받아낼 수 없었다. 다음 선착장에 도착할 때까지 두 사람은 어떻게든 타카세의 죄를 밝히기 위해 애쓰는데...?

코고로 일행은 애견 사료 회사 해피와우의 사장인 안나의 생일 파티에 초대된다. 일행이 파티 장소에 도착한 순간, 복면을 쓴 괴한이 나타나서 안나를 산탄총으로 쏴 살해한 뒤 도망친다. 가장 유력한 용의자는 안나의 전 남자 친구였던 효도지만, 그는 안나의 집에 몰래 침입할 때 찍힌 영상과 그때 떨어트린 카드 덕분에 알리바이가 증명됐다. 하지만 코난은 효도가 범인임을 확신하는데...

안나가 살해당한 다음 날, 용의자였던 효도마저 죽은 채로 발견된다. 누가 범인인지 오리무중인 상황에서 코난은 샐리가 물어 온 수건을 보고 진상을 알아낸다. 사실 효도가 가짜 알리바이를 만들 수 있도록 도운 공범은 사건의 피해자인 안나였고, 원래 그들의 목적은 이나무라를 살해하는 것이었다고 한다. 하지만 효도에게는 안나가 아닌 진짜 공범이 따로 있었는데...

어린이 탐정단은 공원에서 홀로 시간을 보내던 토모코와 친해진다. 이들은 함께 식물원에 갔는데 아유미가 미아가 되고 만다. 카지키 덕분에 일행은 아유미를 찾을 수 있었고, 이 일을 계기로 토모코와 카지키는 연인 사이로 발전한다. 그러던 어느 날, 토모코에게 초대를 받고 그녀의 집을 방문한 어린이 탐정단은 카지키가 난간 밖으로 떨어지는 모습을 목격하는데...

코난, 란, 소노코는 함께 글램핑장에 방문한다. 호화로운 저녁 식사를 마치고 느긋하게 쉬던 일행은 누군가의 비명을 듣고 그쪽으로 달려간다. 그곳에 도착한 세 사람은 기괴한 모습으로 죽어 있는 토사키를 발견한다. 한편 용의자로 지목된 세 명이 서로의 텐트에 시신을 유기했다는 것이 드러나면서 사건은 더 미궁에 빠지는데...

코고로는 히시다홀에서 강연회를 열게 된다. 하지만 코고로의 강연회가 시작되기 전에 살인 사건이 발생하고 만다. 피해자를 발견한 곳은 시신이 문을 막은 탓에 아무도 드나들 수 없었던 대기실. 즉, 밀실이었다. 코고로는 강연이 미뤄진 1시간 안에 범인을 잡겠다고 호언장담한다. 한편, 코난은 자신과 같은 추리를 펼치는 여자 스태프가 자꾸 신경 쓰이는데...

레이제이의 자백을 받아서 히시다의 살인 사건이 해결된다. 하지만 그 결과, 이노코시 살해 사건의 관계자 모두에게 확실한 알리바이가 있는 난감한 상황이 벌어진다. 한편 코난과 아이는 사건 현장에 돌과 종이가 남겨진 것을 발견한다. 누가 의도적으로 가져다 놓은 듯하여 코고로에게 알리지만 무시당한다. 그런 그들의 모습을 메이라는 스태프가 주시하는데...

다음 날 아침, 포목점 사장인 소이치가 가게 앞에서 쓰러진 채로 발견된다. 범행 현장에서 금가루가 발견되어 금박 공예 수습생인 타쿠미가 의심받지만, 흉기에 날염용 톱밥이 묻어 있었기 때문에 날염 작업자인 린타로와 마나부가 유력한 용의자로 떠오른다. 그때 갑자기 마나부가 전화를 걸어 린타로가 무사하길 바란다면 몸값을 넘기라면서 협박을 하는데...