动画原创。一辆刹车失灵的汽车在铁路附近的斜坡上狂飙，附近的柯南在路上发现了刹车油的痕迹后，便骑着滑板追赶失控的车子，最后成功阻止了更大的人员伤亡。驾驶汽车的是HO控股集团董事长细尾拓也，他需要将从海外购得的文化遗产“双面”交给第十一代市川海老藏，而当他认出前来领走柯南的是海老藏十分崇拜的毛利小五郎时，便邀请他们一行人前往歌舞伎院与海老藏见面。之后海老藏进行练习时，剧作家岩见进之介因身体不适被送往医院。细尾的车子被检查出刹车软管破裂，说明车子被什么人动了手脚。不幸的事情接连发生，第二天早晨，由总管薮崎由幸存放在储物室文件柜的双面被盗，细尾的秘书高桥钧被人发现勒死在车内，而HO控股集团财务秘书潮路由香里对高桥的死表现得异常悲伤。柯南与海老藏联手调查，得知警卫箕轮卓三在储物室捡到的一面是剧本，另一面是写有歌舞伎馆大门密码的纸条时，二人便前往有着将作废剧本裁成备忘录使用的习惯的岩见所在的医院。在这之后，柯南提出让自己一个人继续调查，在离开医院后遇到了摄影记者金子英司，他似乎掌握着许多警方不知道的秘密。

动画原创。柯南回到歌舞伎馆后与金子英司通话，约定在银座三号巷子的小路见面。然而来到那里后，柯南却被人用电击枪击昏，醒来时发现自己在即将拆除的废弃大楼的地下。因为柯南迟迟没有消息的少年侦探团和小兰开始寻找柯南，而海老藏听说柯南失踪后也加入了寻找的队伍。柯南用侦探徽章与少年侦探团取得联系，最后成功获救。柯南在地下废墟里发现了照相机，而后金子英司的遗体也在废弃大楼的地下被发现。柯南在回家途中窃听警方与小五郎那边的情况，逐渐知道了犯人的身份。夜晚，柯南与灰原调查了放在金子英司照相机里的内存卡，并重回发生刹车失灵案的斜坡进行了勘察，发现了关键的线索。之后柯南拜托警方进行了各个方面调查，得知了整个案件的真相。第三日白天，柯南仿照歌舞伎十八番中的《七面》，让沉睡小五郎来了一场精彩绝伦的推理秀……

动画原创。人气腹语术师天愿利一在现场披露了被人偶搭档夺取灵魂的腹语术师将妻子杀害的表演节目。天愿利一后来似乎真的陷入了分离性身份识别障碍，命令自己杀害妻子天愿和子的人偶的人格出现了。为了不让自己杀害和弟子登川春臣有外遇的妻子，天愿向小五郎提出委托希望他监视自己，小五郎拒绝后的第二天早上，天愿和子真的被杀害了。

动画原创。天愿利一坦白很可能是在自己的意识失去的时候杀害的，然而从现场的状况来看，跟天愿和子有外遇关系的天愿的弟子登川春臣被认为是嫌疑人，天愿利一最后被释放。案件似乎已经落幕，柯南却有各种各样的违和感。柯南与高木刑警重新调查了天愿利一的家，柯南在调查和餐具架并排的奖杯时，发现了自己产生违和感的原因。之后，柯南询问了高木一些事情，接近了事件的真相……

因为一张背着镰刀的人在露天浴池的水上奔跑的照片，柯南、兰、小五郎、平次、和叶造访了有着妖怪镰鼬出没传闻的立居旅馆，旅馆内还有来取材的记者中间台悟、小柳绿。旅馆老板娘大野高美的儿子大野康平讲述了自己1年前在露天温泉上看到镰鼬，并将溺水的自己救起的事情。一行人前往仓库里查看照片里出现的巨型镰刀，却发生了灯泡突然破裂，平次的右腕、小五郎手背、小柳绿的脸被割伤的事件。

一行人回到旅馆为伤员包扎，此时大野康平的房间的日光灯和十几个气球同时破裂，紧接着，别馆里传来了老板娘的公公大野盆藏的惨叫声。由于露天温泉堵住了前往别馆的捷径，一行人从另一路径来到别馆查看情况，来到的时候发现大野盆藏已被镰刀刺死，房门上还有镰刀划破的痕迹。整个旅馆弥散着镰鼬的恐怖气息……

柯南、小兰、小五郎来到八幡神社参观川中岛古战场时，遇见了同样前来参观的大和警官、上原警官和诸伏警官，六人之后又遇到了约定在这里见面的长野县警竹田班成员鹿野晶次、秋山信介和三枝守。与竹田班成员分别后，柯南一行人参观川中岛古战场，大和警官在千曲川的桥上发现了有人头飘在河里，此人是长野县竹田班班长竹田繁，之后又在桥下发现了一具完全烧焦的尸体。负责这起案件的是长野县搜查一课课长黑田兵卫，他是符合朗姆部分特征的独眼、魁梧的男人。竹田的额头上被摁下了啄木鸟脚印形状的血迹，由此引出了长野县警内的组织“啄木鸟会”。紧接着，鹿野晶次被人在家中勒死，留在鹿野手机里的是“吾乃毗沙门天，毁灭啄木鸟，欲为军神”的宣言以及“啄木鸟还剩三只”的杀人预告。

案件的线索指向9年前和半年前的两起案件，这两起案件的犯人均被竹田射杀。犯人的亲属中没有人有能力作案，与9年前的犯人是从小到大的朋友的大和敢助成为了嫌疑人。大和与高明起了冲突，决定自己一个人开展调查。之后，秋山信介被车子拖着掉下了妻女山的悬崖，而他的手机上有着大和发来的短信。此时鉴识结果显示，在鹿野的脖子一侧的绳子上发现了大和的指纹，再加上有目击者在发现遗体的桥下看见过像大和的人，黑田决定申请逮捕令，务必将杀了三名警察的杀人魔大和敢助逮捕归案。

不知所踪的大和向高明发送了内容为“往事如流水”的短信，此时三枝守正借用高明的车子离开。三枝来到妻女山山中小屋，被埋伏在小屋里的犯人电晕。犯人似乎已经得逞，殊不知，鞭声肃肃，大河夜渡，长野县警正悄无声息地向这里靠近……

【动画原创】【《名侦探柯南：纯黑的噩梦》的联动故事】与小兰、小五郎一起到波洛咖啡厅吃的早餐柯南注意到，波洛咖啡厅里有一名可疑的男性顾客正观察着安室，放学之后，柯南又在波洛咖啡厅看见了他。光彦、元太和步美发现柯南正注意这名男子，想着会不会该男子和什么事件有关联，于是三人便悄悄跟踪他，然而当他们跟着该男子来到商业街时，男子突然消失了。柯南向安室打听这名男子的事情时，安室告诉他，3天前自己外出买东西时，曾被这名男子跟踪过。柯南立刻警觉起来，这名男子该不会是黑衣组织或者公安的人吧……

案件最后得到解决，男子不是组织的人，然而波本却接到了组织成员贝尔摩德的电话，贝尔摩德劝他最近的秘密调查适可而止，因为琴酒已经盯上了他……

博士抽中了蛋糕自助招待券，带着少年侦探团来到蛋糕自助餐厅，并在餐厅里认识了正在争夺博客人气排名的女演员北见沙弥和庄野杏奈，遇见了代替庄野杏奈经纪人照顾她的米原樱子。沙弥和庄野此时正在酒店里进行电视剧的拍摄，但她们之间的关系却非常差。期间，庄野问沙弥有没有看过自己的博客，并警告她如果不想自己的秘密被曝光最好能主动认输。柯南虽然查看了庄野的博客，却发现博客里并没有明确写出沙弥的秘密。然而没过多久，庄野就在密室中惨遭杀害。柯南根据现场的状况以及沙弥的反常行为，认为杀害庄野的犯人就是沙弥。

柯南向住在504房间的沙弥问了话，进入庄野房间的方法和凶器就有了眉目。随后，柯南再次确认了庄野的博客，知道了沙弥的秘密。后来柯南在大家的对话中得到启发，识破了密室的诡计。柯南曾向灰原发送黑田兵卫的照片，询问灰原是否认识这个人，但在后来认为黑田除了对自己特别在意，其他并没有奇怪之处，且由于黑田在长野不会与自己产生太大交集，放下了对黑田的担忧。然而在案件解决后，黑田突然出现在柯南一行人面前，此时的黑田已经从长野调到东京，代替松本警视长担任了警视厅搜查一课管理官……

动画原创。失业的半崎安夫看见了公司职员竹寺等扮成的外星人受到了惊吓，从米妙寺的台阶上踩空跌落身亡。柯南一行人听取了同竹寺认识已有一年的松本幸大，以及事故发生时在现场的白领中岛亚里纱和多隆贝尔曼·苏珊的证词，感觉这次事故可能另有隐情。随后柯南他们以少年侦探团的名义进行调查，一步步靠近事件的真相，然而因为元太的一句话，又发生了新的事件……

动画原创。小五郎被委托找寻鸟海集团少爷失踪的未婚妻川口元子。小五郎和柯南来到川口居住的公寓后发现，3天前夜晚，川口通过电话告诉房东搬家，以及告诉上司打算辞去工作，2天前搬家公司的人就将川口房间的东西全部搬走。调查过程中川口元子的朋友须田久美出现，将川口的最后接触者指向独居老人寺门重美。柯南和小五郎来到寺门居住的米花住宅调查，寺门与其邻居宇野光江的描述却完全相反。之后一名男子在小五郎面前经过，宇野提醒这是与寺门关系很好的搬家公司职员松尾龙二。小五郎将线索整合起来，推理认为是寺门杀害了向她勒索的川口。然而，柯南感觉到搜查进行得过于顺利，有些莫名的违和感……

动画原创。小五郎接受委托担任偶像歌手丽莎·芭比露的保镖，柯南与小兰也借此机会参加了演唱会。然而演唱会开始后不久，火警报警器被按下，电闸被拉断，会场陷入一片混乱之中。两个戴着面具的男人跑上舞台准备绑架丽莎，却误将扮成丽莎模样的小兰绑走。小五郎在追踪的过程中借用了废品回收站社长竹山太吉的货车，却浑然不知小兰就在这辆货车上，发觉之时为时已晚。随着两名绑匪身份的确定，柯南、小五郎与高木警官来到了竹山的废品回收站，在竹山的电脑中发现有人在社交软件FACENET上冒充丽莎要求竹山在演唱会时将丽莎绑架，并且报警器必须有人从内部开门才能前往按下，说明演唱会工作人员中存在着共犯……

动画原创。竹山把关着小兰的冰箱非法抛弃在山里，随着冰箱里的氧气越来越少，小兰的性命愈发危险。身为父亲的小五郎决定在电视上向犯人吐露自己的心声，慷慨激昂的声音在城市里的各个角落回响……

动画原创。乘车回东京途中的柯南、小兰和小五郎遭遇了台风，将同销售员穗刈雄一，工厂老板武上均，背包族卡尔·莫里斯，议员秘书来栖纪子，住在附近的老人岛尾船，站长稻垣喜久雄，站务员上野雅子7人在车站度过一晚，7人中的每个人似乎都有可疑之处。小五郎从车站温泉出来后，发现上衣的口袋里被放入了一张纸片，纸片上写着“毛利先生，今夜此地将有杀人案，犯人是”，柯南逐渐意识到事情的不对劲。半夜11点10分，来栖纪子执意离开车站，之后被人发现死在站长室外。小五郎询问其余六人在案发时的动向，并出示衣服内的纸片。此时车站发生了停电事故，然而在来电之后，上野雅子却倒在了血泊中……

动画原创。从米花金融抢劫了3千万日元的宍户隆在两小时后因车祸身亡，他在出事之前将3千万藏在了某处，与此同时，昙柄寺的住持足立了全委托小五郎寻找给恐吓自己停止重建工程的犯人。小五郎在调查过程中发现，寅谷家的两兄弟寅谷金太和寅谷银助两兄弟在见到工程时表现得十分慌张。柯南和小五郎听闻了有关两兄弟的父亲寅谷荣作的奇怪的事情后，小五郎便以寅谷家的3人和消失的3千万日元为切入点紧抓不放，展开了各式各样的推理……

报道称BIG大阪队的比护隆佑和冲野洋子正在热恋当中，洋子的粉丝小五郎带着柯南和比护的粉丝灰原一起调查这件事情的真实性。比护和洋子在比护的前辈飞鸟悌耶经营的意大利餐厅里见面，然而这里的调酒师山田晃通、男服务生鸿江保人和女服务生伴场岭子找不到外出后未归的飞鸟。

鸿江收到了飞鸟发来的短信，让其将比护和洋子秘密带到仓库里与他见面，然而比护和洋子来到仓库以后，等待着他们的却是飞鸟的尸体。由于比护和洋子是尸体的第一发现人，他们遭到了目暮警部的怀疑……

动画原创。从露营地出游偏逢大雨，少年侦探团为了借厕所，造访森林中的雨宫家。在这个满是玩具的屋子里，似乎住着一对刚刚搬进来的“老兄”和“高个子”，但柯南很快注意到他们并非主人而是强盗。此时被强盗监禁的屋主雨宫真树大声呼救，少年侦探团救出真树后一同在屋中四处逃窜，以玩具为武器对抗追杀众人的强盗。一番僵持中，众人发现房间门的空隙里留有血迹——房门的另一边竟躺着真树的丈夫雨宫翔的尸体……

动画原创。柯南、小兰和小五郎来到池水与大海相接，景色随潮涨潮落的变化而变化的潮入公园游玩。退潮时分，柯南发现了一位倒在漫水桥下的男性。遗体的主人是第二代社长公岛龙次。由于其颈部有被勒的痕迹，小五郎开始调查这是意外事故还是杀人事件。根据公园管理人丹波永二郎的证言，在清晨退潮时，遗体还不在那里。千叶县的基照彦警官分别对龙次的妻子公岛葵、以及哥哥公岛裕太进行询问，然而，葵和裕太却互相怀疑着对方……

动画原创。柯南、小兰和小五郎从餐厅出来后偶遇事故现场，八木沼武志从停车场的应急楼梯上摔落致死。当时位于三楼应急楼梯的泷泽美咲提到自己在应急楼梯上遭到了八木沼的袭击，当时美咲逃向一边躲开了袭击，而八木沼直接越过栏杆从应急楼梯上摔了下去。据调查一个星期之前，八木沼闯入美咲家并将美咲的丈夫泷泽彰杀害后，从金库中抢走了价值一亿日元的宝石。小五郎经过推理认为八木沼是为了灭口而袭击美咲，然而当柯南看到八木沼的遗体后，发现美咲的证言中似乎有不同寻常的地方。于是柯南提出要和坐上美咲的车子一起兜风，并去到美咲的家中寻找证据……

因为看了前一天介绍拉面的特别节目，放学之后，柯南、小兰、园子以及世良一起去了小仓拉面店，在那里碰到了庄野由奈、水科宗辅、仲西修三人，他们三位分别是吃饭放很多醋、酱油或胡椒粉的稍稍有些奇怪的客人。这三个人走后，由美和苗子走进拉面店，听她们说那三个人是上周附近一起抢劫杀人案的嫌疑犯：由美和苗子在巡逻时发现了挥舞软管的犯人，二人包抄夹击，最后在小仓拉面店相遇，而拉面店内只有这三个人。

三人在案发后各有奇怪之处，此时拉面店长小仓功雅回想起，案发当晚三人到来之前，还有一个人也曾在拉面店，这个人就是由美的男朋友羽田秀吉，此时由美才道出自己追赶图中摔了一跤后遇见秀吉的事情。柯南建议由美给秀吉打电话，秀吉在电话中告诉由美犯人逃跑时有“咔叽咔叽”的声音，此时柯南和世良检查洗手间后恍然大悟。第二天夜晚，柯南、世良、高木、佐藤一同演戏抓捕犯人……

动画原创。长井玩具店店主长井德次郎在夜里将黑丸信贷公司职员大城努推至桥下，前往河滩寻找”UFO”的少年侦探团发现了桥下的尸体。长井德次郎作案后回到玩具店内修理被大城努弄落的玩具火车头，随后柯南就找寻而至。长井德次郎在柯南的指证下认罪，同时发现，眼前的这位少年，似乎就是十年前来到玩具店里的那个孩子……

柯南、小兰跟随前来圣地巡礼的小五郎来到僵尸电影的取景地，在那里遇到了为探求僵尸出没的传闻的真相的平次与和叶，以及拍摄电影续集预告片的剧组，小五郎因误食毒蘑菇需进入别墅休养，一行人遂进入了别墅。拍摄暂告一段落后，制片人原胁崇却被发现中毒死亡，一同被发现的还有原胁死亡的录像以及手机里的遗书。

夜里，原胁叫来的扮演僵尸的群众演员包围了别墅，柯南与平次在与僵尸战斗时，摄像师江尻恭子又被人用美工刀杀害了。恭子遇害的房间内椅子上有她遇害时的录像，录像显示杀害恭子的人，居然是原胁！柯南和平次回到原胁的房间一看，原胁的尸体早已消失得无影无踪……

案件最终得到解决，平次准备在此向和叶表白，然而突然出现的僵尸破坏了气氛，于是平次放弃了表白的念头直接离开了……

动画原创。毛利小五郎在夜里追赶银行抢劫犯，却因恐高无法跳到另一栋大楼而无法继续逮捕，抢劫犯在之后被警方逮捕，然而其携带的手枪不见了。两天后因涉嫌欺诈被逮捕的榊泰三被保释接受采访，此时一个女人骑着摩托车开枪射伤了榊泰三，这把枪正是之前抢劫犯遗失的手枪。柯南和小五郎来到榊集团拜访榊泰三的亲信却遭嘲讽，在集团外守候的时候得知了犯人的真正目的。小五郎克服恐高爬到医院天台顶上阻止事件恶化，最后成功阻止犯人自杀并与犯人一同坠落到了柯南提前让目暮警官准备好的气垫上……

动画原创。委托人收到了杀人预告函后联系了毛利小五郎，小五郎前去拜访时，发现委托人宝田鱶一已经被秘书深海治行用利刃刺死。但实际上，早在两个小时之前，宝田先生就已经被人勒死了。深海先生因涉嫌破坏尸体被逮捕，另一方面，宝田先生的弟弟鲛二先生因在杀人预告函上留有指纹也遭到怀疑。

动画原创。目前案件的最大嫌疑人从鲛二变成了宝田的妻子美香太太，在路边发现的金色假发和路人的指正让警方认定美香太太就是嫌犯，而在柯南看来事件却还没有结束。如果将美香太太认定为嫌犯还是比较牵强，看似周密的布置却漏洞百出，经过多方查证后柯南终于有了线索，他们一开始都被先入为主的观念蒙蔽了。

放学后在波洛咖啡厅，园子提议要与小兰和世良三人组成女子乐队。期间安室出手化解了店内男子对园子挑衅，之后安室提出去录音棚帮助三人练习，于是柯南、安室、小兰、园子和世良一同来到了录音棚。由于房间已满，五人来到地下室内的休息室进行练习，并遇到了另外一组女子乐队。就在练习期间，该乐队的队长山路萩江被人勒死在录音棚中……

调查案件时，世良由背着吉他包的人想起了四年前自己在车站偶遇哥哥秀一的事情。跟秀一一起同行的还有两个人，一个人被称为“苏格兰威士忌”，他在秀一去给世良买票时教世良弹了贝斯，另一个人帽子压得很低，世良怀疑这个人就是安室。世良认为教他贝斯的人是哥哥秀一的朋友，然而安室却说他是警视厅公安部的卧底探员，同时也是被秀一杀死的男人……

动画原创。柯南、小兰、园子来到茨城县参加铃木热气球节，期间遇见了竞速选手水口先生与另一位选手奥田晃宏的争吵。之后三人乘坐热气球在空中欣赏美景时，目击了水口的热气球遭到了奥田的撞击，水口的热气球被划开口子被迫降落，但是在降落过程中却发生了意外——水口的妻子竟然从热气球中坠落！警方根据奥田的热气球上露出的藤条，推测是他故意划破水口的热气球导致迫降，最终引起水口妻子不慎从热气球中坠落的惨剧。不过案件的真相真的是这样吗？

动画原创。柯南、小兰、小五郎准备前往某地，却在山中被乡土史学家下村昌三告知他们走错了方向。在他们向下村询问住宿地点时，附近传来了“天狗”的声音。三人在附近的家庭旅馆住下，傍晚时分柯南和小兰目击了镇长真山庄司与工程公司管理人员今津重夫的争吵。第二天上午，当柯南和小五郎在等公交车的时候，小兰提议去附近的天狗洞窟走一走。三人来到洞窟门口遇见了草丛里不知在做什么的今津，随后村公所职员平井安太郎为他们开了门。正当平井为办公室中的天狗面具不见而疑惑时，柯南、小兰、小五郎从屏幕中看到有人在天狗庙的梁上上吊，并坠落了下去……

动画原创。白领女性广濑纯子作为顿比町杀人事件的嫌疑人遭到逮捕。据推测，被害者胜井优对广濑进行敲诈，广濑在无法忍受之下实施了犯罪。然而，小五郎在犯罪时间于米花町见到了广濑。顿比町和米花町之间隔着一小时车程，小五郎告诉目暮警部纯子不可能实施犯罪，不在场证明成立，广濑被释放……仍抱有疑虑的柯南、小五郎和小兰，从前男友松林敦郎和广濑公寓房东大口滨子那里打听来一些事，接近了事件的真相。

动画原创。柯南陪同小五郎喝酒时，附近的公交车站响起撞击的声音。二人马上赶到，发现一辆车停在十字路口附近，驾驶席上的菊池俊明已经昏迷，而前方倒在血泊里的堤直弘已经断气。菊池醒来后看到堤的遗体，一脸愕然。菊池和堤以前是公司的同事，据菊池说，一个打着伞的男人突然从十字路口冲出来，他慌张刹车但是没停住。在这之后，从堤的上衣里发现他的遗书，小五郎判断这不是一起行人横冲直撞的交通事故，而是自杀。然而，柯南却发现了菊池的可疑之处，认为这不是交通事故，也不是自杀，而是一起杀人事件……

动画原创。小五郎载着柯南和中西惠沿着海岸的公路上兜风。半年前，桐崎礼美在自家公寓上吊自杀，住在隔壁的中西惠因没能阻止礼美的自杀而感到自责。中西惠现在已经搬家，并在叔叔婶婶经营的老家的简易旅馆工作。这一天，小五郎与柯南由中西惠陪同游览了当地。得知桐崎曾使用假名不断躲避借钱的人后，柯南对只在最后用本名租房的事抱有疑问，而且柯南注意到还有其他令人难以理解的地方……

阿笠博士中奖拿到了餐饮券，少年侦探团便跟着来到了位于米花百货商店顶楼的高级餐厅，但是那里的主厨却被人刺中腹部受到重伤。柯南见状马上联系了百货商店各处的侦探团成员，正在挑选礼物的步美等人立马去楼梯口寻找犯人的下落，但当警察来后他们三人的证词却完全不一样。

柯南跟着步美等人调查他们目击犯人的楼层，圣诞节的百货商场人流量非常多，他们三人在目击犯人时都没有看到犯人的脸，综合他们当时所遇到的场景柯南有了线索。步美等人的证词都没有错误，出现不一致的原因是外观印象会受到周围环境的影响，而综合这些证词后符合条件的人只有一个。